马氏珠母贝SNP标记开发及家系遗传多态性分析
马氏珠母贝3个野生种群及种群间杂交后代遗传多样性的ISSR分析
个 野生 种群 中挑 选 ３ ０个 雌 性 和 １ ０个雄 性 ， 剖 后 解 分 别人 工采 卵 、 采精 、 行 种 群 内人 工 授 精 ， 得 ３ 进 获
传 学和 分子 遗传 学 方 面 探 讨 了杂 种优 势 的机 理 ＿ 。 ５ Ｊ
我 国学者对 栉孔 扇 贝（ ｈ ｍ ｓａ ） Ｃ ｌ ｙ ｆ ａ 中国种 群 和俄 罗斯 种群 间杂 交 子 代 生 长＿， 、 国种 群 与 １本 种 ６ ＿中 ７ ３
杂交 育 种是水 产 动物育 种 的一种 传 统而有 效 的
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方 法 。两种 或两种 以上不 同类 型 的亲本 进行 杂交 可 以获得基 因组 合 不 同 的 杂交 后 代 ， 些 杂 交 能 够 产 有 生 优于 亲本 的优 良性 状 。贝类 的种 内杂 交 ， 别 是 特
马氏珠母贝养殖群体早期生长阶段的遗传多样性与有效亲本数量估计
马氏珠母贝养殖群体早期生长阶段的遗传多样性与有效亲本数量估计李俊辉;刘青云;杜晓东;邓岳文;王庆恒【摘要】In this paper the effects of selection for faster growth on genetic diversity and effective population size in the stock of pearl oysterPinctada fucata martensiiis reported. In May of 2012,a stock was established by the breeders collected from Daya Bay wild population. The female and male breeder numbers were 30 and 20,respectively. Selection practices were performed at days 6,23 and 80 after fertilization. The selection percentage was 50% at each time. Animals were sampled at days 3,30 and 120 after fertilization. Genetic diversity and effective population size were analyzed by using eight SSR primer pairs. The results showed that the average numbers of alleles at each sampling time were 3.750,3.875 and3.625,respectively. The average observed heterozygosities in the stock at each sampling time were 0.3242,0.5273 and 0.3724,respectively. The average expected heterozygosities in the stock at each sampling time were 0.5511,0.5613 and 0.5048,respectively. Effective population sizes at each sampling time were 38,28 and 30,respectively. A decrease in effective population size at each sampling time relative to the number of breeders used to develop the stock was detected. The present results suggested that selection practices could result in decreases in genetic diversity and effective population size in the stock of pearl oysterP.fucata martensii.%从大亚湾野生群体选择亲本繁育1个养殖群体，受精第6天、23天与80天分别进行优选，按50%选留比率选留快生长个体，分别在受精后第3天、30天120天取样，利用8对SSR标记分析养殖群体遗传多样性与估计有效亲本数量。
马氏珠母贝群体内遗传多样性的ISSR分析
（ ．广东 省应用 海 洋生物 学 重点 实验 室 ，中国科 学 院南海 海洋 研 究所 ，广 东 广卅Ｉ ５０ ０ １ １３ １
２ 安 徽 中医学 院 ，安徽 合 肥 ．
２０ ３ ） ３０ ８
摘
要 ：采用 ＩＳ 分 子标记 技术 ，对一 马 氏珠母 贝养殖 群 体 中个 体 大和个 体 小 的两 个 组 的遗 传 多样性 进行 分析 。５个 引物 在 ２个 ＳＲ
组 １０ 个 样品 中共 得到 ７ ０ ２个 清晰 的扩 增位 点 ，其 中多态 性位 点 ７ １个 ， 多态位 点百 分率 （Ｐ Ｂ ）为 ９ ．１％ Ｐ Ｐ ＮＥ 分 析结 Ｐ ８６ Ｏ ＧＥ 果 表明：个体大 的组 的遗传 多样 性水平高于 （ Ｐ Ｐ Ｂ＝９． ４ ４％ ，Ｉ０ ５ ，ｈ０２８ ，ｎ １４ ４ ＝ ． ２３ ＝ ．１１ ａ： ． ４４）小个体组 （ Ｐ ３ ９ Ｐ Ｂ＝８ ．１％．＝ ．０ ， ０６ Ｉ０３０８ ｈ ０１ １ ， ａ ：１ ０ 。两组 间 的遗传 分化 系数 Ｇｓ ． ４８ Ｐ ＝． ｎ ９ ５ ．５ ８ ６） ｔ ０ 。Ｕ ＧＭＡ 聚 类分 析表 明大 个体 组 内几乎 所有 的 贝 （ ７ 个 ）聚 在一 ＝０ ９ ４ 起 ，而 小个 体组 的贝 （ ０ 个 ）聚 成另 一支 。 ５
因组 Ｄ ＮＡ 的多态 性 ，有很好 的重 复性 ，而 且操 作简 单 、成本 较低 ，适 合大样 本 的检测 ，在 种群 遗传 学 、 种 质 资源 、分 类学 与种 系 发生 学等 方面 得 到迅速 应 用［６ ５１ －。近年 来 ＩＳ 标 记 应用 于植 物 遗传 多样 性方 面 ＳＲ 的研 究 比较 多 ，应 用 于动物 遗 传 多样性 研 究 已有 一 些报 道Ｌ 】 研 究利 用 Ｉ Ｓ 分 析技 术对 从 同一养 殖 ７ 。本 ＳＲ 群 体 中个体 较大和 个 体较 小的 贝的遗 传 多样性 进行 分析 比较 ， 旨在揭 示 同一群 体 中个 体大 小 的遗传变 异 ，
马氏珠母贝3个野生种群及种群间杂交后代遗传多样性的ISSR分析
马氏珠母贝3个野生种群及种群间杂交后代遗传多样性的ISSR分析吕林兰;杜晓东;王嫣;石耀华;王爱民【期刊名称】《水生生物学报》【年(卷),期】2008(32)1【摘要】运用ISSR分子标记技术分析了马氏珠母贝(Pinctada martensii)广西北海(BW)、广东大亚湾(DW)和海南三亚(SW)野生种群及其自繁子一代(BB1、SS1、DD1)和杂交子一代(BS1、BD1、DS1)9个群体各50个个体的遗传多样性.结果表明:3个野生群体遗传多样性分别是0.2585、0.2607和0.2571;3个自繁群体子一代遗传多样性分别是0.2504、0.2545和0.2527,3个杂交子一代遗传多样性分别是0.2747、0.2659和0.2784.种群间杂交增加了子代的遗传多样性,同时增加了杂交子一代与杂交亲本间的遗传距离,而自繁群体的遗传多样性与其来源的野生种群比较,遗传多样性降低.本文指出利用野生群体进行杂交育种应该纯化亲本才能获得杂种优势,人工育苗或选择性育种需要保持足够数量的繁殖亲本以避免遗传多样性降低.【总页数】7页(P26-32)【作者】吕林兰;杜晓东;王嫣;石耀华;王爱民【作者单位】盐城工学院,盐城,224003;广东海洋大学,湛江,524025;海南大学海洋学院,海口,570228;海南省热带水生生物技术重点实验室,海口,570228;广东海洋大学,湛江,524025;海南大学海洋学院,海口,570228;海南省热带水生生物技术重点实验室,海口,570228;海南大学海洋学院,海口,570228;海南省热带水生生物技术重点实验室,海口,570228;海南大学海洋学院,海口,570228;海南省热带水生生物技术重点实验室,海口,570228【正文语种】中文【中图分类】Q344+.5【相关文献】1.秦岭山区美容杜鹃五个野生种群遗传多样性的ISSR分析 [J], 赵冰;郑茜子;李厚华2.深圳梅林仙湖苏铁野生种群遗传多样性ISSR分析 [J], 王晓明;赖燕玲;徐向明;应站明;苏应娟;李月波;廖文波3.三个野生种群马氏珠母贝遗传多样性的RAPD分析 [J], 王爱民;阎冰;叶力;邓凤娇;张锡元;武波4.马氏珠母贝大亚湾和三亚野生种群内自繁及种群间杂交一代的RAPD分析 [J], 王爱民;丁小雷;邓凤姣;叶力;阎冰5.野生坛紫菜种群遗传多样性的ISSR分析 [J], 陈昌生;谢潮添;纪德华;徐燕;郭留超因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
两个马氏珠母贝养殖群体遗传多样性微卫星分析_闫学春
文章编号：1005-3832（2009）01-0005-05第22卷第1期2009年3月水产学杂志CHINESE JOURNAL FISHERIESVol.22，No.1Mar.2009DNA 分子标记自1980年出现以来，先后有RFLP 、RAPD 、AFLP 、SSLP 等多种分子标记，并已广泛用于动、植物遗传连锁图谱的构建及重要基因的定位和克隆。
微卫星（Microsatellite ）是一类以2～5个核苷酸为基本单位，多次串联重复的DNA 序列，具有数量多、分布广且均匀、多态性丰富、分析快速等优点，已成为遗传图谱构建、功能基因定位、标记QTL 、连锁分析、标记辅助选择、检测种群内遗传变异和种群间遗传距离等多项研究中的重要标记[1,2]。
鱼类微卫星研究进展很快，目前已在鲑、鳟、鲶、鳕、鲤、鲫、金鱼、斑马鱼、罗非鱼、日本河豚等几十种鱼类中分离到微卫星序列。
马氏珠母贝（又称合浦珠母贝）是我国和世界海水珍珠的主要种类。
自上世纪六十年代中期我国马氏珠母贝人工育苗取得成功并大批量生产之后，其养殖种苗则完全为人工苗，养殖规模因此得到很两个马氏珠母贝养殖群体遗传多样性微卫星分析闫学春，佟广香，匡友谊，梁利群，孙效文（中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,农业部水产生物技术重点开放实验室，黑龙江哈尔滨150070）摘要：以两个马氏珠母贝（Pinctada martensii Dunker ）养殖群体为对象，采用微卫星分子标记技术对两个群体的遗传结构进行了研究，分析了各群体内的遗传多样性和两个群体间的遗传分化。
结果表明，在广东养殖贝和三亚养殖贝群体中，分别获得232和230条扩增片段，两群体的平均观测杂合度分别为0.28和0.29，平均多态信息含量分别为0.44和0.46，平均有效等位基因数分别为2.25和2.13，显示两个群体的群体遗传多样性水平相差较小(p<0.05)，两群体间遗传变异性小，其遗传多样性处于中等水平。
两个马氏珠母贝养殖群体遗传多样性微卫星分析
两个马氏珠母贝养殖群体遗传多样性微卫星分析闫学春;佟广香;匡友谊;梁利群;孙效文【期刊名称】《水产学杂志》【年(卷),期】2009(022)001【摘要】以两个马氏珠母贝(Pinctada martensii Dunker)养殖群体为对象,采用微卫星分子标记技术对两个群体的遗传结构进行了研究,分析了各群体内的遗传多样性和两个群体间的遗传分化.结果表明,在广东养殖贝和三亚养殖贝群体中,分别获得232和230条扩增片段,两群体的平均观测杂合度分别为0.28和0.29,平均多态信息含量分别为0.44和0.46,平均有效等位基因数分别为2.25和2.13,显示两个群体的群体遗传多样性水平相差较小(p<0.05),两群体间遗传变异性小,其遗传多样性处于中等水平.两个养殖群体的基因分化系数(GST)为0.0448,群体之间属于轻度偏中度分化水平.【总页数】5页(P5-9)【作者】闫学春;佟广香;匡友谊;梁利群;孙效文【作者单位】中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,农业部水产生物技术重点开放实验室,黑龙江,哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,农业部水产生物技术重点开放实验室,黑龙江,哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,农业部水产生物技术重点开放实验室,黑龙江,哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,农业部水产生物技术重点开放实验室,黑龙江,哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,农业部水产生物技术重点开放实验室,黑龙江,哈尔滨,150070【正文语种】中文【中图分类】Q953【相关文献】1.鲤野生和养殖群体遗传多样性分析中的微卫星(SSLP)分析 [J], 梁利群;冯国军;常玉梅;汪海燕2.利用微卫星标记分析军曹鱼养殖群体的遗传多样性 [J], 李伟强; 汤保贵; 陈刚; 马骞; 黄建盛; 施钢; 潘传豪; 周晖; 谢瑞涛; 张健东3.不同凡纳滨对虾养殖群体的微卫星遗传多样性分析 [J], 唐芳;温贝妮;刘红4.不同凡纳滨对虾养殖群体的微卫星遗传多样性分析 [J], 唐芳;温贝妮;刘红5.利用微卫星标记分析马氏珠母贝4个养殖群体遗传结构 [J], 赵晓霞;邓岳文;杜晓东;王庆恒;黄荣莲;卢婧因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
马氏珠母贝(Pinctada martenssii)4个选育系的AFLP标记的开题报告
马氏珠母贝(Pinctada martenssii)4个选育系的AFLP标记的开题报告1. 研究背景及意义马氏珠母贝是珠母贝中经济价值较高的一种，广泛应用于珠宝加工等领域。
但当前马氏珠母贝的养殖产业仍面临多种问题，例如产业化规模小、品种单一等。
选育适应于不同养殖条件的高效率、高质量马氏珠母贝品种成为了马氏珠母贝养殖业的重要需求，而分子标记技术提供了潜在的工具来分析品种遗传多样性并进行品种选育和改良。
AFLP（全基因组扫描-扩增片段长度多态性）技术是一种基于PCR扩增的无需序列信息的基因组DNA指纹技术，具有检测多态性程度高、对基因组范围大、不依赖外部探针和引物库等优点。
因此，使用AFLP技术来分析不同选育系之间的遗传多样性，将促进选育工作的开展。
2. 研究目的本研究旨在利用AFLP技术揭示马氏珠母贝4个选育系之间的遗传多样性，为马氏珠母贝选育和改良提供理论和实验基础。
3. 研究内容(1) 取样和DNA提取：采集4个选育系的马氏珠母贝个体，收集足够数量的样品，并从其肌肉或血液中提取DNA。
(2) AFLP反应体系的构建：根据预试验结果确定反应体系的最优条件。
(3) AFLP反应产物的分离、扩增和分析：将AFLP反应产物通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，并通过荧光标记探针进行扩增和分析。
(4) 选育系间的遗传多样性分析：通过AFLP技术分析4个选育系之间的遗传多样性，包括遗传相似性系数、群体结构和聚类分析等方法。
4. 研究预期结果预计通过AFLP技术对4个选育系的马氏珠母贝进行遗传多样性分析，得到选育系之间的遗传关系、群体遗传结构等信息，揭示人工选择对种群基因多样性的影响，对马氏珠母贝的选育和改良工作提供初步理论和实验基础。
利用微卫星标记分析马氏珠母贝4个养殖群体遗传结构
利用微卫星标记分析马氏珠母贝4个养殖群体遗传结构赵晓霞;邓岳文;杜晓东;王庆恒;黄荣莲;卢婧【期刊名称】《基因组学与应用生物学》【年(卷),期】2010()5【摘要】2007年4月,从马氏珠母贝基础群体选取2、4、32和158个亲本分别繁殖4个子代群体,分别命名为P1、P2、P3和P4。
2009年7月,从这4个子代群体随机取样30个个体,利用7对微卫星引物分析其遗传结构。
结果表明,7对微卫星引物共检测到22个等位基因,每个座位的等位基因数目为2~4个,平均等位基因数为3个,平均有效等位基因数为2.3193。
P1、P2、P3和P4群体平均观测杂合度分别为0.4737、0.5489、0.6767和0.7143;P1、P2、P3和P4群体平均期望杂合度分别为0.4737、0.5489、0.6767和0.7143;P1、P2、P3和P4群体的多态信息含量分别为0.4472、0.4224、0.4726和0.4930。
本结果表明4个养殖群体均具有较高的遗传多样性,而且有效亲本数目对子代遗传结构有较大的影响,这为马氏珠母贝的遗传育种提供依据。
【总页数】6页(P879-884)【关键词】马氏珠母贝;有效亲本数量;子代群体;遗传结构【作者】赵晓霞;邓岳文;杜晓东;王庆恒;黄荣莲;卢婧【作者单位】广东海洋大学水产学院【正文语种】中文【中图分类】S917.4【相关文献】1.马氏珠母贝养殖群体早期生长阶段的遗传多样性与有效亲本数量估计 [J], 李俊辉;刘青云;杜晓东;邓岳文;王庆恒2.马氏珠母贝家系遗传结构的微卫星分析 [J], 汤健;管云雁;刘文广;何毛贤3.利用微卫星标记进行马氏珠母贝家系遗传结构分析与系谱认证 [J], 杜晓东;高远镇;邓岳文;王庆恒;陈伟耀4.两个马氏珠母贝养殖群体遗传多样性微卫星分析 [J], 闫学春;佟广香;匡友谊;梁利群;孙效文5.形态学和SNP标记分析马氏珠母贝杂交子代及其亲本群体的遗传结构 [J], 黄景; 潘肖兰; 许濛; 刘文广; 张华; 何毛贤因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
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马氏珠母贝SNP标记开发及家系遗传多态性分析李耀国;刘文广;林坚士;何毛贤【摘要】利用13个源自转录组序列的SNP标记对3个马氏珠母贝(Pinctadafucata)家系进行遗传多态性分析及聚类分析.结果显示,家系1#、3#、6#的平均期望杂合度(He)分别为0.307 8、0.318 9和0.382 7;平均观测杂合度(Ho)分别为0.342 2、0.341 0和0.394 2;平均多态信息含量(PIC)分别为0.243 5、0.247 9和0.297 7.结果表明,3个马氏珠母贝家系具低度或中度遗传多态性,为马氏珠母贝内SNP应用于遗传多态性分析等提供了基础.利用SNP标记对3个家系进行聚类分析,发现半同胞家系1#和3#在家系及个体聚类中均先聚在一起,然后再与亲缘关系较远的家系6#聚在一起.新开发的SNP标记能较准确地对家系及个体进行聚类,为SNP标记应用于马氏珠母贝遗传关系分析提供了研究基础.【期刊名称】《海洋通报》【年(卷),期】2016(035)001【总页数】7页(P96-102)【关键词】马氏珠母贝;SNP;遗传多态性;聚类分析【作者】李耀国;刘文广;林坚士;何毛贤【作者单位】中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东省应用海洋生物学重点实验室,广东广州510301;中国科学院大学,北京100049;中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东省应用海洋生物学重点实验室,广东广州510301;中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东省应用海洋生物学重点实验室,广东广州510301;中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东省应用海洋生物学重点实验室,广东广州510301【正文语种】中文【中图分类】S968.31马氏珠母贝（Pinctada fucata），又名合浦珠母贝，是世界上重要的海水珍珠贝，在中国广东、广西、海南沿海有着广泛分布。
海洋贝类养殖过程中普遍存在育种混乱、寄生虫病及环境胁迫等问题，给经济生产带来重大损失（Hine etal，2000；Liu etal，2012）。
通过常规的选择和杂交育种可对海水养殖品种进行遗传改良（汤娇雯等，2009）。
如利用单对配对法构建生长快、个体大的马氏珠母贝家系及定向选择改良经济性状（何毛贤等，2006；何毛贤等，2007）。
随着水产动物的遗传改良进入分子育种时代，利用分子标记进行辅助育种可以更准确地估计个体育种价值及加快育种速度（桂建芳等，2012；Taylor，2014）。
随机扩增多态性DNA（杜民等，2013）及扩增片段长度多态性标记（秦溱等，2014）、微卫星（李小宁等，2009；孙立元等，2014）和单核苷酸多态性（SNP）标记（Jianget al，2011）以及线粒体DNA标记（胡静等，2014）等已广泛应用于水产动物遗传育种研究。
马氏珠母贝中各种分子标记均得到开发及应用。
在群体及家系的遗传多态性分析方面，王爱民等（2000）利用随机扩增多态DNA标记对马氏珠母贝天然群体及养殖群体的遗传多样性进行了分析及比较，发现天然群体的遗传多样性大于养殖群体。
许成帅等（2013）采用微卫星标记对合浦珠母贝家系的遗传多态性进行了检测，发现总体上生长较快的家系遗传参数平均较大。
此外，Huang等（2014）在马氏珠母贝内开发了一批SNP标记并对其群体遗传结构进行了分析。
在性状关联分析方面，邓岳文等（2013）开展了马氏珠母贝生长性状与微卫星标记的关联分析，检测到与体质量、壳高、壳宽等显著相关的标记并确定了相应性状的优势基因型。
随着下一代测序技术的发展，通过高通量测序在马氏珠母贝内鉴定了大量的SNP标记，构建了高密度遗传连锁图谱并定位了一批数量性状位点（Shietal，2014；Lietal，2014）。
在各类分子标记中，SNP在基因组中因数量丰富且易于分型而成为理想的分子标记（Jonesetal，2013）。
多种方法如四引物扩增受阻突变体系PCR（Ye et al，2001），高分辨率溶解曲线法（Yu et al，2011），简化基因组测序法（Houston etal，2012）等均被用于SNP标记分型分析。
其中四引物扩增受阻突变体系PCR是一种相对简单、快速有效的SNP分型方法（Zhang et al，2013）。
该方法对每个SNP位点设计四条引物，并在两条核苷酸特异性引物的3端倒数第3位引入错配碱基以提高引物末端碱基结合特异性。
在长牡蛎（Crassostrea gigas Thunber g）（Kong etal，2014）等物种中已利用该方法进行SNP分型分析。
目前针对马氏珠母贝SNP标记的开发及应用还不是很深入，且尚未有关于SNP标记用于马氏珠母贝家系及个体聚类分析的相关报导。
该研究基于转录组测序序列开发了13个新的SNP标记，并利用这些标记对3个马氏珠母贝家系进行了遗传多态性分析及聚类分析，为SNP标记应用于马氏珠母贝遗传育种研究提供了基础。
1.1试验材料及DNA提取该研究中马氏珠母贝家系于2012年4月采用单对配对的方式构建，亲本选自深圳大鹏澳海区的养殖群体。
3个基础研究用家系（8月龄贝）分别为：1#（n= 49，个体编号1-49），3#（n= 49，个体编号50～98）和6#（n=56，个体编号99～154），其中1#和3#为具有共同父本的半同胞家系。
对3个家系全部个体分别取闭壳肌用95％乙醇固定。
采用E.Z.N.A软体动物DNA提取试剂盒（OMEGA）提取基因组DNA。
DNA浓度及质量分别通过分光光度计及1％琼脂糖凝胶电泳检测，稀释至50 ng/μL，-20°C保存。
1.2 SNP分型分析基于马氏珠母贝转录组测序数据（Huang et al，2013），采用SOAPsnp软件（Li et al，2009）筛选假定的SNP。
SNP位点两端的序列长度不短于100 bp，以适于引物设计，序列中无不确定碱基，符合上述标准的转录组序列中SNP位点定义为假定的SNP位点（Huangetal，2014），用于进一步验证分析。
利用四引物扩增受阻突变体系PCR在线引物设计程序（http：/// public_html/primer1.html）对59个假定SNP位点设计引物并进行分型分析。
PCR反应体积为25μL，含12.5 μL Premix Ex Taq（Takara），每条引物各0.5 μL（10 pmol/μL），1 μL DNA（50 ng/μL），0.25μLTaq酶（5U/μL）和9.25μLH2O。
程序为：94°C预变性5min，94°C30s，合适退火温度下1min，72°C 1min，35个循环；最后72°C延伸10min。
PCR产物经3.5％琼脂糖凝胶电泳检测后做分型分析。
将含有SNP位点的转录组序列所对应的氨基酸序列在NCBI蛋白质数据库中进行比对寻找同源性序列。
将SNP引起的碱基变异与标准氨基酸密码子表进行比较确定是否引起了编码氨基酸的变异。
1.3遗传多态性分析SNP位点的最小等位基因频率（MAF），观测等位基因数（Na），有效等位基因数（Ne），期望杂合度（He），观测杂合度（Ho），偏离哈代温伯格平衡（HW E）的概率均通过POPGENE version 1.32软件进行计算（Yeh etal，1999）。
多态信息含量通过软件PIC-Calc version 0.6（Shao et al，2013）进行计算。
1.4家系及个体聚类分析基于等位基因频率（Neiet al，1983），利用PowerMarkerversion 3.25（Liu etal，2005）软件对马氏珠母贝1#、3#和6#家系间及个体间遗传距离进行计算。
基于非加权配对算数平均法，使用MEGA 5（Tamura etal，2011）分别绘制3个家系及个体聚类图。
2.1 SNP引物序列及变异类型对59个假定SNP位点进行四引物扩增受阻突变体系PCR检测，结果显示13个位点具有多态性，其引物及特征见表1。
在59个假定SNP中，C/T转变所占比率最高（33.8％）。
其中SNP U101671-455可导致脯氨酸转变为谷氨酸，SNPU101773-373可导致丝氨酸转变为天冬酰胺。
结果见表1。
2.2家系遗传多态性分析利用经过分型验证的13个SNP标记对马氏珠母贝3个家系进行遗传多态性分析，四引物扩增受阻突变体系PCR如图1所示。
结果显示家系1#、3#和6#的平均期望杂合度（He）分别为0.307 8、0.318 9和0.382 7；平均观测杂合度（Ho）分别为0.342 2、0.341 0和0.394 2。
两个半同胞家系1#和 3#的平均PIC值分别为0.243 5和0.247 9，均属于较低的多态性（PIC<0.25）；家系6#的平均PIC值分别为0.297 7，属于中度多态性（0.25 < PIC < 0.5）（Botstein，1980）。
2.3马氏珠母贝家系及个体聚类分析基于1#、3#和6#家系间及个体间的遗传矩阵对家系及个体进行聚类分析，结果如图2所示。
其中a为半同胞家系1#和3#先聚在一起，6#则在另外分支。
个体聚类分析中，来自家系1#和3#的个体总体上先聚在一起，再与家系6#的个体聚类。
半同胞家系1#和3#的遗传距离最近（0.054 7），家系3#和6#的遗传距离最远（0.081 4）。
3.1 SNP类型该研究基于马氏珠母贝转录组数据开发了13个新的多态性SNP标记。
这些标记均位于基因编码区，因而SNP引起的碱基变异可能直接影响到转录产物。
其中SNPU101671-455（脯氨酸→谷氨酸）和U101773-373（丝氨酸→天冬酰胺）属于导致氨基酸序列改变的非同义突变。
这些非同义突变SNP可能是马氏珠母贝性状改变的直接DNA来源，其是否与性状相关联需要在马氏珠母贝群体中进行验证。
在59个假定SNP中，C/T转变所占比率最高（33.8％）。
高C/T转变比率在大西洋鲑（Salmo salar）（Hayesetal，2007）等物种中也同样被发现。
其原因可能是基因组中CpG二核苷酸中的胞嘧啶易被甲基化形成5-甲基胞嘧啶，继而自发脱氨基形成胸腺嘧啶（Cooperetal，1989）。
3.2家系遗传多态性分析利用SNP标记对马氏珠母贝3个家系进行分析，结果显示其平均PIC值分别为0.243 5、0.2479 和0.297 7。
相对于许成帅等（2013）报导的利用微卫星标记分析合浦珠母贝家系的遗传多态性低（壳长速长与慢长家系PIC值分别为0.31和0.39）。