第十一章 聚类分析
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1聚类分析内涵1.1聚类分析定义聚类分析(Cluste.Analysis)是一组将研究对象分为相对同质的群组(clusters)的统计分析技术.也叫分类分析(classificatio.analysis)或数值分类(numerica.taxonomy), 它是研究(样品或指标)分类问题的一种多元统计方法, 所谓类, 通俗地说, 就是指相似元素的集合。
聚类分析有关变量类型:定类变量,定量(离散和连续)变量聚类分析的原则是同一类中的个体有较大的相似性, 不同类中的个体差异很大。
1.2聚类分析分类聚类分析的功能是建立一种分类方法, 它将一批样品或变量, 按照它们在性质上的亲疏、相似程度进行分类.聚类分析的内容十分丰富, 按其聚类的方法可分为以下几种:(1)系统聚类法: 开始每个对象自成一类, 然后每次将最相似的两类合并, 合并后重新计算新类与其他类的距离或相近性测度. 这一过程一直继续直到所有对象归为一类为止. 并类的过程可用一张谱系聚类图描述.(2)调优法(动态聚类法): 首先对n个对象初步分类, 然后根据分类的损失函数尽可能小的原则对其进行调整, 直到分类合理为止.(3)最优分割法(有序样品聚类法): 开始将所有样品看成一类, 然后根据某种最优准则将它们分割为二类、三类, 一直分割到所需的K类为止. 这种方法适用于有序样品的分类问题, 也称为有序样品的聚类法.(4)模糊聚类法: 利用模糊集理论来处理分类问题, 它对经济领域中具有模糊特征的两态数据或多态数据具有明显的分类效果.(5)图论聚类法: 利用图论中最小支撑树的概念来处理分类问题, 创造了独具风格的方法.(6)聚类预报法:利用聚类方法处理预报问题, 在多元统计分析中, 可用来作预报的方法很多, 如回归分析和判别分析. 但对一些异常数据, 如气象中的灾害性天气的预报, 使用回归分析或判别分析处理的效果都不好, 而聚类预报弥补了这一不足, 这是一个值得重视的方法。
聚类分析定义及其应用

在生物信息学中,聚类分析被广泛用于基因组、蛋白质组和代谢组学的研究。 例如,可以将基因表达数据聚类为不同的模式,以发现潜在的生物过程;或者 将蛋白质相互作用网络中的节点聚类为不同的模块,以发现潜在的功能单元
聚类分析的应用
3. 市场细分
在商业中,聚类分析被用来进行市场细分。通过分析消费者的购买行为、人口 统计信息和其他特征,可以将消费者分为不同的群体,并针对每个群体制定不 同的营销策略
20XX
聚类分析定义及其应用
演讲者:xxx
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聚类分析的定义
目录
聚类分析的应用
聚类分析定义及其应用
聚类分析是一种无监督学习方法,它在统计学、机器 学习、生物信息学等领域有着广泛的应用。聚类分析 的主要目的是将数据集中的对象分组,使得同一组 (即,一个聚类)内的对象相互之间更相似(根据所选 的相似性度量),而不同组的对象尽可能不同
聚类分析的定义
评估和解释聚类结果
评估聚类结果的常见度量包 括轮廓系数(Silhouette Coefficient)、DaviesBouldin Index、CalinskiHarabasz Index等。此外, 为了解释聚类结果,我们通 常需要使用某种可视化工具 (如散点图、树状图、热力 图等)来展示聚类结果
聚类分析的定义
聚类算法
聚类算法是用于发现聚类的算法。这些算法可以大致分为以下几类 划分方法:这种方法首先将数据集随机划分为K个聚类,然后逐步改进聚类 以更好地匹配数据。代表性的算法有K-Means和K-Medoids
聚类分析的定义
层次方法:这种方法通过反复合 并最相似的聚类来形成一棵聚类 树。用户可以选择合并的次数, 或者通过剪切树来获得不同的聚 类数目。代表性的算法有BIRCH 和Agglomerative Hierarchical
聚类分析(改)

最短距离法也可用于对指标的分类,分类时可以用距 离也可以用相似系数。但用相似系数时应找最大的元 素并类,计算新类与其他类的距离应使用公式(3.19)。 最短距离法的主要缺点是它有链接聚合的趋势,因为 类与类之间的距离为所有距离中的最短者,两类合并 以后,它与其他类的距离缩小了,这样容易形成一个 比较大的类,大部分样品都被聚在一类中,在树状聚 类图中,会看到一个延伸的链状结构,所以最短距离 法的聚类效果并不好,实际中不提倡使用。
(1)当各指标的测量值相差悬殊时,先对 数据标准化,然后用标准化后的数据计 算距离,即兰氏距离。 (2)一种改进的距离就是马氏距离,它对 一切线性变换是不变的,不受指标量纲 的影响。它对指标的相关性也作了考虑, 我们仅用一个例子来说明。
以上几种距离均是适用于间隔尺度的变量,如果 指标是有序尺度或名义尺度时也有一些定义距离 的方法。
离差平方和法(或称Ward方法)
离差平方和方法是由Ward提出来的,许多资料上称 做Ward法。他的思想是来于方差分析,如果类分得 正确,同类样品的离差平方和应当较小,类与类之 间的离差平方和应当较大。
离差平方和法放弃了在一切分类中求的极小值的 要求,而是设计出某种规格:找到一个局部最优 解,Ward法就是找局部最优解的一个方法。 其思想是先将n个样品各自成一类,然后每次缩小 一类,每缩小一类离差平方和就要增大,选择使 增加最小的两类合并,直到所有的样品归为一类 为止。
Байду номын сангаас
在聚类分析中,不仅要考虑各个类的特征,而 且要计算类与类之间的距离。由于类的形状是 多种多样的,所以类与类之间的距离也有多种 计算方法。
(1) 最短距离法。(nearest neighbor或single linkage method)
聚类分析及其应用实例ppt课件

Outlines
聚类的思想 常用的聚类方法 实例分析:层次聚类
在整堂课的教学中,刘教师总是让学 生带着 问题来 学习, 而问题 的设置 具有一 定的梯 度,由 浅入深 ,所提 出的问 题也很 明确
3. 实例分析:层次聚类算法
定义:对给定的数据进行层次的分解
第4 步
➢
凝聚的方法(自底向上)『常用』
思想:一开始将每个对象作为单独的
第3 步
一组,然后根据同类相近,异类相异 第2步 的原则,合并对象,直到所有的组合
并成一个,或达到一个终止条件。 第1步
a, b, c, d, e c, d, e d, e
X3 Human(人) X4 Gorilla(大猩猩) X5 Chimpanzee(黑猩猩) X2 Symphalangus(合趾猿) X1 Gibbon(长臂猿)
在整堂课的教学中,刘教师总是让学 生带着 问题来 学习, 而问题 的设置 具有一 定的梯 度,由 浅入深 ,所提 出的问 题也很 明确
离差平方和法( ward method ):
各元素到类中心的欧式距离之和。
Gp
Cluster P
Cluster M
Cluster Q
D2 WM Wp Wq
G q
在整堂课的教学中,刘教师总是让学 生带着 问题来 学习, 而问题 的设置 具有一 定的梯 度,由 浅入深 ,所提 出的问 题也很 明确
凝聚的层次聚类法举例
Gp G q
Dpq max{ dij | i Gp , j Gq}
在整堂课的教学中,刘教师总是让学 生带着 问题来 学习, 而问题 的设置 具有一 定的梯 度,由 浅入深 ,所提 出的问 题也很 明确
聚类分析详解ppt课件

以上我们对例6.3.1采用了多种系统聚类法进行聚类,其结果 都是相同的,原因是该例只有很少几个样品,此时聚类的过 程不易有什么变化。一般来说,只要聚类的样品数目不是太 少,各种聚类方法所产生的聚类结果一般是不同的,甚至会 有大的差异。从下面例子中可以看到这一点。
动态聚类法(快速聚类)
(4) 对D1 重复上述对D0 的两步得 D2,如此下去 直至所有元素合并成一类为止。
如果某一步Dm中最小的元素不止一个,则称此现 象为结(tie),对应这些最小元素的类可以任选一对 合并或同时合并。
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二、最长距离法
类与类之间的距离定义为两类最远样品间的距离, 即
DKL
max
iGK , jGL
聚类分析应注意的问题
(1)所选择的变量应符合聚类的要求
如果希望依照学校的科研情况对高校进行分类,那么可以 选择参加科研的人数、年投入经费、立项课题数、支出经 费、科研成果数、获奖数等变量,而不应选择诸如在校学 生人数、校园面积、年用水量等变量。因为它们不符合聚 类的要求,分类的结果也就无法真实地反映科研分类的情 况。
主要内容
引言 聚类分析原理 聚类分析的种类 聚类分析应注意的问题 聚类分析应用 聚类分析工具及案例分析
聚类分析的种类
(1)系统聚类法(也叫分层聚类或层次聚类) (2)动态聚类法(也叫快速聚类) (3)模糊聚类法 (4)图论聚类法
系统聚类法
对比
常用的系统聚类方法
一、最短距离法 二、最长距离法 三、中间距离法 四、类平均法 五、重心法 六、离差平方和法(Ward方法)
对比
k均值法的基本步骤
(1)选择k个样品作为初始凝聚点,或者将所有样品分成k 个初始类,然后将这k个类的重心(均值)作为初始凝聚点。
聚类分析法ppt课件全

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1.2.2 动态聚类分析法
1.2 聚类分析的种类
(3)分类函数
按照修改原则不同,动态聚类方法有按批修改法、逐个修改法、混合法等。 这里主要介绍逐步聚类法中按批修改法。按批修改法分类的原则是,每一步修 改都将使对应的分类函数缩小,趋于合理,并且分类函数最终趋于定值,即计 算过程是收敛的。
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1.2.2 动态聚类分析法
1.2 聚类分析的种类
(2)初始分类 有了凝聚点以后接下来就要进行初始分类,同样获得初始分类也有不同的
方法。需要说明的是,初始分类不一定非通过凝聚点确定不可,也可以依据其 他原则分类。
以下是其他几种初始分类方法: ①人为分类,凭经验进行初始分类。 ②选择一批凝聚点后,每个样品按与其距离最近的凝聚点归类。 ③选择一批凝聚点后,每个凝聚点自成一类,将样品依次归入与其距离
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1.2 聚类分析的种类
(2)系统聚类分析的一般步骤 ①对数据进行变换处理; ②计算各样品之间的距离,并将距离最近的两个样品合并成一类; ③选择并计算类与类之间的距离,并将距离最ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ的两类合并,如果累的个
数大于1,则继续并类,直至所有样品归为一类为止; ④最后绘制系统聚类谱系图,按不同的分类标准,得出不同的分类结果。
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1.2 聚类分析的种类
(7)可变法
1 2 D kr
2 (8)离差平方和法
(D k 2 pD k 2 q)D p 2q
D k 2 rn n ir n n p i D i2 pn n ir n n q iD i2 qn rn in iD p 2 q
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聚类分析解析课件

类间距的度量
类:一个不严格的定义
定义9.1:距离小于给定阀值的点的集合 类的特征
◦ 重心:均值 ◦ 样本散布阵和协差阵 ◦ 直径
类间距的定义
最短距离法 最长距离法 重心法 类平均法 离差平方和法 等等
最小距离法(single linkage method)
极小异常值在实际中不多出现,避免极 大值的影响
类的重心之间的距离
对异常值不敏感,结果更稳定
离差平方和法(sum of squares
method或ward method)
W代表直径,D2=WM-WK-WL
即
DK2L
nL nk nM
XK XL XK XL
Cluster K
Cluster M
Cluster L
◦ 对异常值很敏感;对较大的类倾向产生较大的距 离,从而不易合并,较符合实际需要。
如表9.2所示,每个样品有p个指标,共 有n个样品
每个样品就构成p维空间中的一个点
:第i个样品的第k个指标对应的取值
◦ i=1……n; k=1……p
:第i个样品和第j个样品之间的距离
◦ i=1……n; j=1……n
点间距离测量问题
样品间距离与指标间距离 间隔尺度、有序尺度与名义尺度 数学距离与统计距离 相似性与距离:一个硬币的两面
类图上发现相同的类
饮料数据
16种饮料的热量、咖啡因、钠及价格四种变量
SPSS实现
选择Analyze-Classify-Hierarchical Cluster, 然 后 把 calorie ( 热 量 ) 、 caffeine ( 咖 啡
因)、sodium(钠)、price(价格)选入 Variables, 在Cluster选Cases(这是Q型聚类:对观测 值聚类),如果要对变量聚类(R型聚类) 则选Variables, 为 了 画 出 树 状 图 , 选 Plots , 再 点 Dendrogram等。 可以在Method中定义点间距离和类间距 离
SPSS第11章聚类分析

• ③在图11.2中单击“Plots”按钮,进入对话框,如图11.2示。
• 选择“Variable Importance Plot”中“Rank Variable”的“by variable”,以便显示在两步聚类中各个变量重要性的图形, 再选择“Continue”按钮,回到原来菜单。
学习目标
解释聚类分析的基本概念
熟悉系统聚类分析方法 分析“Classify”菜单,阐述聚类分析与判别分析的基本原理和基本操作。用 实例说明5种方法的具体实现过程,解释其主要功能、背景知识及其主要选择 项。
第11章 聚类分析和判别分析
• 11.1 聚类分析和判别分析过程综述 • 11.2 两步聚类
11.4 分层聚类分析 11.6 判别分析
• ⑤单击“OK”按钮,在Output窗口和“Data View”中显示计算 结果。
2)基本输出结果与解释
•①首先,给出了最终的聚类结果(3类),并且给出了各类的 每个变量的均值与标准差(图略)。
•②其次,给出了3个分类中男女性、经济收入、教育水平变量 的分布状况图11.4。 •③给出了变量均值的95%置信区间在3类中的对比图图11.5。 •④图11.6所示,给出了一系列图形(本例中有6张图)表示给 个变量在聚类中的重要性。
预先并不知道类的特征,甚至不知道类的数目,因此要选择聚类的基 础变量、距离测量标准以及聚类标准。
11.1.3 Classify的功能
•SPSS的“Classify”菜单中提供了5种分类分析。 •① 两步聚类(TwoStep Cluster)提供了可以同时 根据连续变量和分类变量进行聚类的功能。
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2、不是一种统计推论技术。而是将一组观察值的结构特性予以数量 化的一种客观方法。因此,在推论统计中非常重要的正态性、线性和 方差齐性等要求,对聚类分析几乎没什么作用。但如果变量间有多重 共线性,则会影响聚类分析的结果。
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多重共线性是指特征变量之间存在精确的相关关系或高度相关关系。
Id 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 a b c d e f g h i j k l X1 24 20 20 25 22 21 21 22 21 24 22 21 X2 20 17 19 20 18 17 19 18 20 19 17 X3 25 22 24 24 23 21 25 22 23 25 23 22
1、聚类分析,又称集群分析(Cluster Analysis),是一种常用的多元统计方法,是根 据事物之间的相似性和相异性,将事物归入到不同的“类”中去的过程。 这里的“类”,数学上也叫“集群”,是指由某方面性质相同或相似的事物组成的集 合。
2、“物以类聚,人以群分”。在科学研究工作中,最基础的一项工作就是对研究对象进 行分类,以便更好地把握对象的实质规律。聚类分析能够很好地帮助人们对研究对象进行 数值分类。
第十一章 聚类分析
一、聚类分析概述
二、相似性的衡量 三、层次聚类分析 四、非层次聚类分析
五、聚类分析的SPSS过程
一、聚类分析概述
(一)什么是聚类分析
(二)聚类分析的目的与原则 (三)聚类分析的性质 (四)聚类分析要解决的基本问题 (五)聚类分析的基本流程
什么是聚类分析?
有时也可基于实际考量而设定某些决定“类”数目的准则,例如:“如果 “类”数介于3-6之间,则研究发现将较易处理和沟通”。等等。
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“类”的解释
一旦经由聚类分析而找出“类”后,我们应设法来描述这些“类”。 常用的一种方法是以“类”的重心——即“类”内的各事物点在各变量上的平均 数值,来描述该“类”。(条件:等距资料,在原始变量的空间上进行聚类。) 此外,我们还可以计算“类”的变异情形,如“类”内各点间的平均距离或各点 与重心间的平均距离,来辅助描述该“类”。
所谓完备的指标体系,是说入选的指标是充分的,其他任何新增变量对辨别事物差异 无显著性贡献。如果所选指标不完备,则导致分类偏差。比如要对家庭教养方式进行分类, 就要有描述家庭教育方式的一系列变量,这些变量能够充分地反映不同家庭对子女的教养 方式。
简单地说,聚类分析的结果取决于变量的选择和变量值获取的两个方面。变量选择越 准确、测量越可靠,得到的分类结果越是能描述事物各类间的本质区别。
(ba) c d e (ba) 0 D d ik c 6 0 d 5 3 0 e 6 10 11 0 在此一新的距离矩阵, 因为d cd 3为最小,故将c与d合并得一“类”( c, d), 再计算(c, d)到其他“类”的最小 距离: d (c,d)(b, a) min(d c(ba) , d d(ba) ) min(6,5) 5 d (c,d)e min(d ce , d de ) min(10,11) 10 可得一新的距离矩阵如 下: (ba) (cd) e (ba) 0 D d ik (cd) 5 0 e 6 10 0
三、层次聚类分析
将成对事物间的相似性加以衡量后,接着应利用聚类方法将各事物归入““类”” 中。聚类的方法有好多种,常见的有层次聚类和非层次聚类两大类,后者以K平 均数法(K-Means methods)应用较广,又称快速聚类法。 **层次聚类方法: 通常是把观测样本中的每一个个案或指标体系中的每一个变量看作是一个独 立的小类,计算它们所有的两两之间的距离,在比较这些距离后把距离最小的两 个聚为一个小类。然后计算这个新类与其他各类之间的距离,再把其中距离最小 的聚为一类,如此不断地进行下去,直到所有个体或所有变量聚为一个大类为止。 当然,也可以用相反的过程,即,先把所有的事物视为一个大类,然后再依据相 似性的准则把各事物划分成较不相似的两个类,如此继续下去直到所有的事物都 自成一个类为止。 这两种过程,前者称为“集结式层次聚类方法”,后者称为 “区分式层次聚类方法” 层次聚类不仅可以将个案或变量分为若干类,而且可以形成一个类属间的 层次关系,还可以依据分类的过程绘制个体或变量的谱系关系图。
1. 聚类分析的前期准备工作 聚类分析是以完备的数据文件为基础的,一般还要求各个观 测变量的量纲一致,即各变量取值的数量级一致。
所以,聚类分析前要检查各变量的量纲是否一致,不一致则 需进行转换,如将各变量均作标准化转换就可保证量纲一致。
2. 聚类分析的主要方法 Q聚类分析:
对个案进行分类。使具有共同特征的个案 聚集在一起。
单一连锁法举例
设有一包含五个事物点 的距离矩阵如下: a a b D d ik c d e 0 2 6 7 6 0 9 5 0 3 0 b c d e
8 10 11 0
首先将最近的两个事物 合并,因为d ba 2最小,故得 一“类”(b,a)。然后计算( b,a)到其他“类”的最小 距离: d (b,a)c min(d bc , d ac ) min(9,6) 6 d (b,a)d min(d bd , d ad ) min(5,7) 5 d (b,a)e min(d be 5, d ae ) min(8,6) 6 得一新的距离矩阵如下 :
集结式层次聚类方法的演算步骤
1、设有n个事物,首先每个事物均自成一个“类”,并列成一个n×n的对称 距离(或相似)矩阵D={dik}。 2、从距离矩阵中找出最近的(最相似的)两个“类”u和v,设其距离为duv。 3、将u和v 这两个“类”合并,成为“类”(uv)。将原距离矩阵中相对应于 “类”u 和“类”v的行和列删除,然后加上一个新的行和列,表明“类” (uv)和其他“类”之间的距离。
ij
k 1
ik
jk
欧氏距离平方:公式略。 绝对值距离:两个体在每一个变量上取值之差的绝对值的总和。 切比雪夫距离:两个体在任意一个变量上取值之差的绝对值的最大值。 等等;
2、计数数据: 卡方相似性测度:公式略。 等等; 3、二分变量: 二值 欧氏距离、二值欧氏距离平方 等等。
d ij max X ik X jk
层次聚类分析 聚类分析
R聚类分析:对观察变量进行分类。
非层次聚类分析:它先对数据进行初始分类,然后逐步调整,得到最后分类。
以快速聚类法(K- Means methods)应用最广泛,是由研究者 指定类别数的大样本资料的逐步聚类分析, 。
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类数的决定
“类”数目的决定是聚类分析的一项重要决策。但尚无一个客观的标准程 序可供遵循,通常,以各连续分类步骤下“类”间的距离作为参考。例如, 可以事先设定一个距离,一旦“类”间的实际距离超过此一预定的距离时 就停止继续聚类;或是当两个聚类步骤间的“类”距离剧增时就停止聚类。
3、在心理学研究中, 经常遇到的分类包括两种情况:一是对研究样本或个案的分类, 即根 据每个个案的一系列观测指标,将那些在这些观测量方面表现相近的个案归为一类, 将那 些在这些观测量方面的表现很不相同的个案归为不同类;二是对观测量的分类,即将一系 列的观测量归类合并为性质明显不同的少数几个方面。 也就是说,在SPSS的聚类分析功能中,可以对数据文件的“行”进行分类,也可以对 数据文件的“列”进行分类。
dij X ik X jk
k 1
m
关联衡量
1、个案之间的相似性:如果事物的属性全部以名义变量来表示时,则两事物之间的相似性可 以用配合系数(matching coefficient)或相似比(similarity ratio)来衡量。 配合系数: Sij a b , 式中, a为i和j这两个事物共同具有的 属性数目, b为i和j共同不具有的属性数目 ,m为属性总数。
4、重复第2步和第3步骤n-1次,直到所有的事物并入同一“类”为止。
集结式层次聚类方法之连锁法(linkage methods)
1、单一连锁法。 以最小的点际距离作为“类”间的距离,故又称为最小距离法或最 近邻法。 2、完全连锁法。 以最大的点际距离为“类”间的距离,故又称为最大距离法或最远 邻法。 3、平均连锁法。 以平均点际距离作为“类”间的距离,故又称为平均距离法。
聚类分析要解决的基本问题
主要解决三个基本问题: 1、我们如何衡量各事物之间的相似性? 2、假设我们能衡量每一个事物与其他事物的相对相似性, 我们又要如何将相似的事物归入同一“类”内? 3、当聚类完成后,如何来描述这些“类”?同时又如何 知道所得到的类别(集群)是真实的,而不是某种统计上 的加工品?
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(三)相似性的衡量
各事物间相似程度的衡量方法有好多种,大致可分成两大类: 1、距离衡量(distance measures)。 2、关联衡量(association measures) 。
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距离衡量
很多相似性的衡量是以点与点间的距离为代表。点与点间距离的计算方法有很多,根据数据的不同类 型,可以选择不同的计算距离: 1、连续的等距数据: 欧几里得距离: d m ( X X ) 2
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聚类分析的基本流程
(一)研究问题(探索性的还是验证性的?) (二)变量的选择 (三)相似性的衡量 (四)聚类方法的选择 (五)“类数” 的决定 (六)“类”的解释 (七)“类”的验证
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(二)变量的选择