转基因罗非鱼
摄食转基因大豆罗非鱼各组织中转基因成份的检测研究
摄食转基因大豆罗非鱼各组织中转基因成份的检测研究
陶冉;刘梅;王雷;蒋克勇;王宝杰
【期刊名称】《检验检疫学刊》
【年(卷),期】2009(019)002
【摘要】利用转基因豆粕制作的饲料,喂养吉富罗非鱼,分别于投喂1h、4h和8h 以后取罗非鱼胃内容物、肠道内容物和粪便,并分别于4周、7周和继续饥饿2周后,取罗非鱼不同组织,提取DNA,检测转基因大豆中的外源基因在各种组织中的分布,结果显示在胃内容物、肠内容物、粪便、心脏、肝脏、肠、胃、卵巢、精巢、脑、鳃丝、脾脏、胆囊、肌肉等不同部位的DNA中都能检测到外源基因的存在,说明转基因大豆中的外源DNA并不能被罗非鱼的消化道完全降解,其DNA片段可能通过消化吸收进入鱼体的各种组织.
【总页数】4页(P22-25)
【作者】陶冉;刘梅;王雷;蒋克勇;王宝杰
【作者单位】中国科学院海洋研究所,青岛;中国科学院海洋研究所,青岛;中国科学院海洋研究所,青岛;中国科学院海洋研究所,青岛;中国科学院海洋研究所,青岛
【正文语种】中文
【中图分类】Q503
【相关文献】
1.转基因大豆及制品中转基因成分检测技术研究进展 [J], 蒋亦武;黄明;王保战;杭宝建;何健;李顺鹏
2.大豆异黄酮中转基因大豆成分检测研究 [J], 徐宝梁;王炳武;吴亚君;陈颖;苏宁;白双义;张青文
3.实时荧光PCR技术在快速检测植物及其加工产品中转基因成份中的应用 [J], 朱文斯;朱水芳;黄茜华;杨伟;李大勇
4.大豆异黄酮中转基因大豆成分检测研究 [J], 徐宝梁
5.大豆样品中转基因大豆含量不确定度的评定 [J], 高宏伟;刘心同;陈世山;丁士兵;昃向君;施昌彦
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罗非鱼亲种培育及繁殖
罗非鱼适宜生长的温度范围为25-32℃，过高或过低都会影响其生 长和繁殖，需根据季节变化和养殖要求进行调节。
光照控制
适当的光照是罗非鱼生长和繁殖所必需的，需合理安排光照时间和强 度。
疾病防治
预防措施
定期对鱼体进行检查，及时发现并处理问题，避 免疾病的发生。
药物治疗
在疾病发生时，根据病情选择合适的药物进行治 疗，注意药物的用法用量和安全使用。
疾病防治
定期检查幼苗的健康状况，及时采取 防治措施，确保幼苗的成活率和生长 质量。
03 罗非鱼繁殖技术
繁殖环境与设施
池塘条件
选择安静、避风、向阳、无污染 的区域，池塘深度在1.5米以上
，底部平坦且容易排水。
水质要求
保持水质清新，溶氧量在每升4 毫克以上，pH值在7-8.5之间，
水温在25-30摄氏度之间。
失败案例一：管理不善导致繁殖失败
总结词
管理不善导致罗非鱼亲种培育及繁殖的 失败。
VS
详细描述
某养殖户在罗非鱼繁殖期间疏于管理，未 能及时调整繁殖环境的关键因素，导致亲 鱼未能成功排卵或受精，进而影响了幼鱼 的成活率，最终导致繁殖失败。
失败案例二：疾病暴发导致种群崩溃
总结词
疾病暴发导致罗非鱼亲种培育及繁殖遭受重 大损失。
孵化与育苗
孵化方法
采用静水孵化、流水孵化等方法，根据实际情况选择合适的孵化 方式。
温度与光照控制
控制好水温在25摄氏度左右，避免阳光直射和极端温度，保持水 质稳定。
幼苗培育
及时将幼苗移入育苗池进行培育，合理控制密度，适量投喂饲料， 加强水质管理，提高幼苗成活率。
04 罗非鱼亲种培育 及繁殖管理
饲养管理
转基因罗非鱼
收稿日期:2006210225;修订日期:2007206207基金项目:国家重点基础研究发展计划(编号:2006C B101805)资助作者简介:贝锦新(1977—),男,广东揭西人;博士;主要从事鱼类分子免疫学研究。
E 2mail :beijinxin @ 通讯作者:林浩然,E 2mail :lsslhr @ ;T el :020*********综述鱼类基因数据库与生物信息学在鱼类基因开发上的应用贝锦新 张 勇 李文笙 刘晓春 林浩然(中山大学水生经济动物研究所,广州 510275)APP LICATION OF GEN OME DATABASES AN D BIOINFOR MATICSIN EXP LORATION FOR FISH GENESBEI Jin 2X in ,ZH ANG Y ong ,LI W en 2Sheng ,LIU X iao 2Chun and LIN Hao 2Ran(Institute o f Aquatic Economic Animals ,Sun Yat 2Sen (Zhongshan )Univer sity ,Guangzhou 510275)关键词:鱼类基因组;同线性分析;同源比对;基因开发K ey w ords :Fish gen ome ;C onservation of synteny ;H om ology search ;Data mining中图分类号:Q78 文献标识码:A 文章编号:100023207(2008)0320387206 近十年来,随着分子生物学技术的发展,各国际组织间的合作研究使得资源基因组计划得以普遍实施。
各种动物、植物基因组数据库均在互联网上陆续发布,生物信息量随之迅猛增长,然而如何利用并发掘这些数据蕴涵的宝藏,从中提取解释生命个体生长发育、免疫调节以及病害控制等机理的宝贵信息,已成为人类所面临的巨大挑战。
因此,以获取、加工、储存、分配、分析和解读生物信息为手段,综合运用数学、计算机科学和生物学工具的交叉学科———生物信息学[1]由此诞生。
罗非鱼品种与育种
三、罗非鱼的育种现状
（一）育种方法 1选择育种 选择育种是最传统和有效的育种手段之一。
2杂交育种
综合目前国内外的研究报道，在许多杂交组合中能获 得全雄的组合仅有6个： 1)莫桑比克罗非鱼♀×霍诺鲁姆罗非鱼♂； 2)尼罗罗非鱼♀×霍诺鲁姆罗非鱼♂； 3)尼罗罗非鱼♀×巨鳍罗非鱼♂； 4)尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂,此组合在我国得到 广泛的应用，具有较大的实用价值； 5)尼罗罗非鱼♀×易变罗非鱼♂； 6)黑罗非鱼♀×霍诺鲁姆罗非鱼♂。
（2）克隆
采用遗传失活精子刺激卵裂雌核发育鱼卵, 用热休克处理诱导保留第二极体获得了第一 代克隆雌鱼。成熟后,再用同样方法生产克隆 二代。研究表明,克隆系开口期的存活率显著 降低,全雌同源克隆系的体重变异系数显著降 低
6标记辅助育种
Kocher等发表了尼罗罗非鱼的第一张遗传 连锁图谱,并着手对重要经济性状进行定位。 Agresti等构建了一个3杂交的罗非鱼家系 [Om×(Oa×ROn)]的遗传图谱,为判别耐寒、 耐盐等数量性状的基因位点,进行标记辅助育 种提供了理论基础。
2尼罗罗非鱼（Tilapia nilotica）
尼罗罗非鱼原产地非洲约旦的坦噶尼喀湖， 1978年长江水产研究所引入。尼罗罗非鱼是 罗非鱼中最大型的品种，而且骨刺少，肉质 细嫩且富于弹性，味道鲜美，其风味可与海 洋鲷鱼、比目鱼媲美。每100 g肉中含蛋白质 20.5 g、脂肪6.93 g以及钙、磷、铁、维生素 等，营养价值亦高。
3奥利亚罗非鱼（Oreochromis aurea）
奥利亚罗非鱼1981年由广州水产研究所和中国 水产科学研究院淡水渔业研究中心先后通过 香港从台湾引进试养。从1984年起，逐步向 全国推广养殖，较多的是作杂交亲本使用。
奥利亚罗非鱼体形侧扁，背部隆起；体色蓝
从生物角度论证转基因
从生物角度论证转基因目前论证转基因食品无害的科学论据主要集中于两条：1.人类摄取蛋白质的时候，（通常情况下）不是直接摄取，而是把食物蛋白质分解成氨基酸，然后把氨基酸再合成自己身体所需的蛋白质。
既然合成人体蛋白质的时候是按照人体自身要求选取所需氨基酸的，那这个过程绝对是无害的。
2.有人担心转基因植物在生长过程中，能够防止病虫害。
担心病菌和虫子吃了转基因植物都死了，人吃了会不会也中毒。
其实转基因植物的基因里植入了对昆虫和病毒产生有害蛋白质（进入昆虫体内合成毒素）的基因。
而这种蛋白质对人类没有影响。
简而言之，转基因食品中植入的防害基因，只是针对病虫害的，不是针对人的。
利用转基因和非转基因豆粕制作的饲料,喂养吉富罗非鱼,分别于4周、7周取样,对其体重和血液指标进行了检测。
实验显示,投喂转基因饲料7周以后，增重率和血清指标,转基因组与非转基因饲料组相比没有显著差异。
全血指标中白细胞数目、大血小板比率、平均血小板体积和血小板体积分布宽度4项指标显著高于非转基因饲料组,而且差异达到极显著水平。
由以上结果可见,转基因大豆与非转基因大豆相比,对罗非鱼的一些生理过程造成了一定的影响,但是并未对其生长造成可见的影响。
……结果显示在胃内容物、肠内容物、粪便、心脏、肝脏、胃、肠、卵巢、精巢、脑、鳃丝、脾脏、胆囊、肌肉等不同部位的DNA中都能检测到外源基因的存在,说明转基因大豆中的外源DNA并不能被罗非鱼的消化道完全降解,其DNA片段可能通过消化吸收转移到鱼体的各种组织。
核酸等“基因食品”对人体健康并无多大帮助。
人类基因组计划中国项目执行人、中国科学院遗传研究所杨焕明教授日前对所谓的“基因食品”提出置疑。
记者见到一张报纸的版面正中登着一幅杨教授与人合影的照片。
“我都不知道这是什么时候拍的，未经我同意就用于商业目的。
”对于这种打着“基因”大旗的伪基因现象，教授表示愤慨和抗议。
近年来，随着人类基因组计划“工作草图”的绘制完成，一股“核酸”热忽然在神州大地上兴起，以保健品名义出现的“基因食品”一时间充斥着大小媒体，屡见报端。
罗非鱼品种与育种
（二）问题与展望
罗非鱼因其性成熟早、繁殖快,在池塘养殖中 通常造成繁殖过剩、密度过大、个体过小,从 而影响产量的提高。罗非鱼雄鱼生长速度比 雌鱼快30%左右,且个体大。所以,进行罗非鱼 单雄性养殖可有效控制其养殖密度,减少生殖 耗能,有利于提高罗非鱼的养殖产量和效益。 通过罗非鱼种间杂交生产全雄罗非鱼子代是 目前生产上采取的主要措施。
（2）克隆
采用遗传失活精子刺激卵裂雌核发育鱼卵, 用热休克处理诱导保留第二极体获得了第一 代克隆雌鱼。成熟后,再用同样方法生产克隆 二代。研究表明,克隆系开口期的存活率显著 降低,全雌同源克隆系的体重变异系数显著降 低
6标记辅助育种
Kocher等发表了尼罗罗非鱼的第一张遗传 连锁图谱,并着手对重要经济性状进行定位。 Agresti等构建了一个3杂交的罗非鱼家系 [Om×(Oa×ROn)]的遗传图谱,为判别耐寒、 耐盐等数量性状的基因位点,进行标记辅助育 种提供了理论基础。
4红罗非鱼
红罗非鱼（彩虹鲷）我国大陆最早引进红罗 非鱼是1973年，1981年从台湾重新引入红 罗非鱼并进行了选育和养殖推广。它是尼 罗罗非鱼♀×莫桑比克罗非鱼♂杂交的突 变种。因其体色纯红，型似真鲷，体腔无 黑膜，肉质鲜嫩，且生长快，产量高，效 益好，颇受消费者喜爱。世界上包括以色 列、美国、泰国、菲律宾等国家和我国台 湾地区进行红罗非鱼的养殖。
3奥利亚罗非鱼（Oreochromis aurea）
奥利亚罗非鱼1981年由广州水产研究所和中国 水产科学研究院淡水渔业研究中心先后通过 香港从台湾引进试养。从1984年起，逐步向 全国推广养殖，较多的是作杂交亲本使用。
奥利亚罗非鱼体形侧扁，背部隆起；体色蓝 灰色，鳃盖后有一深蓝色斑块。咽喉部呈银 灰色。鱼体两侧有垂直暗带。成鱼背部略带 蓝黑色，腹部颜色较淡。背鳍边缘红色，胸 鳍淡灰色透明，臀鳍、腹鳍深蓝色。尾鳍有 蓝绿色斑点，但与尼罗罗非鱼不同的是，不 形成明显的纵向或横向的暗带条纹，其末端 平截不分叉。幼鱼背鳍有一大黑点，以后逐 渐消失。体色会因环境的改变而迅速加深或 变淡。
我国罗非鱼产业化发展和思考
稿
ＷＷＷ ｓ ｆ ｓ ｃｎ ｉ ｆ ｈｉ ｛ ｔ
虱 罗非鱼产业化发 展和思考
中国水 产科 学研究院淡水渔业研究 中心 杨 弘 祝璨琳 单航宇
罗 非 鱼 是世 界 性 主要 养 殖 鱼类 之
一
通过选择体形标准 、健康的吉富 品系罗
，
是 联合 国粮 农组 织 （Ａ ）向全 世 ＦＯ
的奥尼鱼 ，则开创了具有 我国特 色的雄
杨 弘
我 国 罗 非 鱼 产 业 技 术 体 系 首席科学家
性化罗非鱼养殖 ，推动 了我国罗非鱼产 业快速发展 。
最近几年来 ，随着吉富 罗非鱼的推
广 ，又进一步促进了养殖业发展 。我国 罗非鱼产量 已从 １ ９ ９ ８年的 ５ 万吨增加 ３ 到 ２ １ 的 １３１９万 吨 ，产 量 和 出 ００年 ３． ８ 口量稳居世界第一 ，罗非鱼养殖 已成 为 出 口创汇和渔民增收 的重要途径 。 本 文就 我 国 罗非 鱼 产业 化 现状 和 发展作一论述 ，并对现代工业化养殖思 路和 理念在罗非鱼产业中的应用前景谈
包括种内杂交和种间杂交 ，由于杂
优 点 ，适合 池塘 精养 、山塘 水库 养殖 、 网箱养殖 、流水高密度养殖 、工厂 化养
殖等多种模式 。 虽 然我 国早 在 １５ ９６年就 从 越南 引 进了莫桑比克罗 非鱼 ，但真 正大规 模养 殖 罗非鱼 是从 １７ ９ ８年 引入 尼罗 罗 非鱼
４７
特 稿
Ｉ￣Ｗ ｛ ｌ ｒ ｆ ｝ ＮＡ ！ ＿ ｓ １ ｉ ｓ ， ｃ
富 罗非 鱼等 的 选育 中得 到 应用 。利 用
这 些遗传 标记 进 行 分子标 记 辅助 选 育 以及 杂 种 优势预 测 ，可提 高 传统 育 种 工作的预见 眭和加速育种 的进程 。 实 践证 明 ，选 择 育种 和 杂 交育 种 等传 统 育种方 法 仍 然是 罗 非鱼 育种 的 主要 手 段 ，而 细胞 工程 与基 因 工程 育 种 离生 产 尚有 一定 距 离。根 据 当前 的 实 际 ，罗 非 鱼 育 种 应 当是 传 统 方 法 、 细胞 工 程 与基 因工 程 、标 记 辅 助育 种 相结合 ， 集形态学 测定 、 分子标记分析 、 数 量遗 传统 计 、个体 物理 标 识 等 的综 合技 术 育 种。在 育 种 目标 方面 ，应针
罗非鱼基因敲除技术的建立及其在性别决定与分化研究中的应用
5、农业应用：在农业领域，基因敲除技术也被广泛应用于作物改良。通过 删除或改变特定基因，科学家们可以创造出具有抗逆性、高产量、优质品质等特 性的作物品种，为农业生产提供帮助。
三、前景与挑战
尽管基因敲除技术具有广泛的应用前景，但它也面临着一些挑战。首先，技 术的效率和准确性需要进一步提高。尽管现有的基因编辑工具（如CRISPR-Cas9） 已经非常强大，但仍有可能出现脱靶效应或其他未预期的副作用。其次，该技术 的成本较高，尤其是在临床应用中。因此，需要进一步的研究和开发以降低其成 本，使其更广泛地应用于临床实践。
3、基因治疗：基因敲除并不只用于研究。在某些情况下，它可以作为一种 治疗策略应用于疾病治疗。例如，通过删除导致疾病的突变基因，或导入健康的 替代基因，可以为遗传性疾病提供长期的治疗方案。
4、模型生物研究：基因敲除技术在模型生物（如小鼠、果蝇等）的研究中 也发挥了重要作用。通过对模型生物的基因进行修改，研究人员可以模拟人类疾 病的发展过程，从而更深入地理解疾病的机制和治疗方法。
3、相关疾病治疗
罗非鱼基因敲除技术也可以应用于相关疾病的治疗。例如，研究特定基因缺 陷如何导致生殖系统疾病可以为开发新的治疗方法提供思路。此外，通过基因敲 除技术修饰致病基因，可能为基因疗法提供新的契机。
四、未来展望
1、技术优化
随着生物技术的发展，罗非鱼基因敲除技术将不断得到优化和改进。未来， 可能将实现更高效、精确和可靠的基因敲除方法，从而能够更深入地研究罗非鱼 及其他水生生物的性别决定与分化机制。
一、建立技术
1、引出问题
罗非鱼是一种具有较高遗传多样性和经济价值的鱼类。然而，关于其性别决 定与分化机制的研究仍不充分。为了深入探究罗非鱼的性别发育机制，研究者需 要建立基因敲除技术来研究相关基因的功能。
转基因鱼的研究进展与商业化前景
因鱼一旦逃逸会对 自然水生态环境 产生怎样的影响。因此应建立 高度 自然化 的环境 以获得可靠的数据客观评价 生态 风险， 有效的物理 拦截 、不育化处理 等生物学控制策略仍是保 证转基 因鱼安全应用 的关键措施。
关键 词：转基因鱼；应用研究；生态安全
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转基因罗非鱼
转基因罗非鱼
朱遐
【期刊名称】《生物技术通报》
【年(卷),期】1995(000)004
【摘要】英国斯旺西University College of wales(UCS)和菲律宾Freshwater Aquaculture Center of CentraI Luzon State University间协作进行的“改良罗非鱼遗传操作项目”,将向孵卵所及其它研究中心提供经遗传操作的鱼。
其目的是使捕捞时鱼的体积更大。
在常规繁育过程中,罗非鱼的大小是有一定限度的。
当将雄性和雌性罗非鱼置于同一池中混养时,鱼达到性成熟的速度比野生状态更快。
然后鱼进行繁殖并产生大量鱼苗,使鱼池变得过度拥挤。
过度拥挤阻
【总页数】1页(P18-18)
【作者】朱遐
【作者单位】
【正文语种】中文
【中图分类】S965.1
【相关文献】
1.摄食转基因大豆罗非鱼各组织中转基因成份的检测研究 [J], 陶冉;刘梅;王雷;蒋克勇;王宝杰
2.吉丽罗非鱼(尼罗罗非鱼♀×萨罗罗非鱼♂)及其两亲本遗传变异的微卫星分析 [J], 郭瑄;李学军;聂国兴;孔祥会
3.对虾抗菌肽转基因水稻抑制饲料腐败和防治罗非鱼细菌病害的初步研究 [J], 宫
魁;王雷;付亚萍;王宝杰;刘文真;蒋克勇;刘梅
4.吉奥罗非鱼(新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂)和4个近缘遗传型罗非鱼的遗传差异的RAPD、SSR比较分析 [J], 李思发;陈林;蔡完其
5.进口转基因大豆(Roundup Ready)对吉富罗非鱼生长和生理的影响 [J], 刘梅; 陶冉; 王雷; 王宝杰; 蒋克勇
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收稿日期:2006210225;修订日期:2007206207基金项目:国家重点基础研究发展计划(编号:2006C B101805)资助作者简介:贝锦新(1977—),男,广东揭西人;博士;主要从事鱼类分子免疫学研究。
E 2mail :beijinxin @ 通讯作者:林浩然,E 2mail :lsslhr @ ;T el :020*********综述鱼类基因数据库与生物信息学在鱼类基因开发上的应用贝锦新 张 勇 李文笙 刘晓春 林浩然(中山大学水生经济动物研究所,广州 510275)APP LICATION OF GEN OME DATABASES AN D BIOINFOR MATICSIN EXP LORATION FOR FISH GENESBEI Jin 2X in ,ZH ANG Y ong ,LI W en 2Sheng ,LIU X iao 2Chun and LIN Hao 2Ran(Institute o f Aquatic Economic Animals ,Sun Yat 2Sen (Zhongshan )Univer sity ,Guangzhou 510275)关键词:鱼类基因组;同线性分析;同源比对;基因开发K ey w ords :Fish gen ome ;C onservation of synteny ;H om ology search ;Data mining中图分类号:Q78 文献标识码:A 文章编号:100023207(2008)0320387206 近十年来,随着分子生物学技术的发展,各国际组织间的合作研究使得资源基因组计划得以普遍实施。
各种动物、植物基因组数据库均在互联网上陆续发布,生物信息量随之迅猛增长,然而如何利用并发掘这些数据蕴涵的宝藏,从中提取解释生命个体生长发育、免疫调节以及病害控制等机理的宝贵信息,已成为人类所面临的巨大挑战。
因此,以获取、加工、储存、分配、分析和解读生物信息为手段,综合运用数学、计算机科学和生物学工具的交叉学科———生物信息学[1]由此诞生。
也正是依靠生物信息学的辅助,人类基因组计划最终在2003年基本完成,基因组序列数据的拼接和组装也陆续完善。
各种鱼类大约占据了50%的脊椎动物种类,有着长远的进化史[2]。
因此,利用这些丰富的鱼类资源,研究与系统发育和进化相关的种间保守或者特异的遗传和分子机制就显得相当重要。
但相对于高等脊椎动物而言,鱼类的分子生物学研究比较滞后。
在鱼类基因开发过程中,大部分是通过不同鱼类或者是其他高阶元物种的基因序列同源性,设计简并引物进行目的片段扩增;或者通过表达序列标签(Ex pressed se 2quence tags ,EST )数据库发现并筛选鱼类功能基因。
随着鱼类的基因组全序列测序拼接工作的不断完善,通过生物信息学和分子生物学的方法,新的鱼类功能基因逐渐被发现,这种技术路线采用了反向生物学的原理,即从基因到蛋白质再到功能研究的途径来发现新的生物活性分子[3]。
国外科学家已经筛选到一批与发育、生殖及免疫相关的功能基因,而国内对于鱼类新功能基因的开发研究起步较晚,因此,我们应当运用生物信息学结合分子生物学的手段,发掘鱼类以及其他生物基因组数据库中的关键信息,开发并研究鱼类重要的功能基因,使得我国在这一领域能够有创新性的成果。
为此,本文综述了目前鱼类基因组数据库的研究现状,并结合例子介绍利用这些数据库进行基因开发的几种方法。
1 鱼类基因公共数据库资源111 斑马鱼(Danio rerio ,zebrafish )斑马鱼隶属鲤形目(Cypriniformes )鲤科,由于个体小、周期产卵且产卵周期短、产卵量高、卵大、体外受精、胚胎透明、体外发育、胚胎早期发育快和易于大量获得样品等独有的特点而成为目前世界公认的模式脊椎动物之一。
单倍体斑马鱼基因组由25条染色体组成,含有117×103Mb (1Mb =106个碱基对或bp ),大约为哺乳类基因组大小的二分之一[4]。
2001年2月开始,英国Sanger 研究所开始了斑马鱼全基因组测序工作;主要通过BAC (Bacterial artificial chrom os ome )、PAC(P12derived artificial chrom os ome )文库的克隆测序和拼接,以及基因组鸟枪法测序(Whole genome shotgun sequencing )和组装两种策略。
目前,该研究所和国际同行已经测序并拼接了6653条DNA 片段,包含碱基约116×103Mb (参照:http ://w w w 1sanger 1ac 1uk/Projects/D 2rerio/)。
许多不同的服务器都提供了最新的斑马鱼基因组序列拼接数据,并能进行下载和比对(表1)。
同时,以美国华盛顿大学为代表的许多研究所也进行了不同规模的EST 测序工作,这些丰富的斑马鱼EST第32卷第3期水生生物学报V ol.32,N o.32008年5月ACT A HY DROBI O LOG IC A SI NIC AMay ,2008序列资源均能在互联网数据库(表1)中进行比对或提取。
其中最重要的数据库资源,是由美国俄勒冈大学(University of Oreg on)负责维护的斑马鱼信息网络平台(The Z ebrafish In2 formation Netw ork,ZFI N,表1)。
它整合了大量的有关斑马鱼研究的信息资源,包括基因组数据、EST数据、研究参考文献、研究人员和单位等。
此外,它还提供斑马鱼突变体,EST 或cDNA,以及相关单克隆抗体等资源。
表1 主要的鱼类分子生物信息数据库互联网链接地址T ab11 The UR Ls of several major fish genom ic databases维护单位(Service provider)简要说明(C omments)数据库互联网链接地址(Uniform Res ource Locator)美国,NC BI (United S tates of America, National Center for Biotechnology In formation)斑马鱼基因组、鸟枪法测序片段、EST等http://w w w1ncbi1nlm1nih1g ov/genome/seq/BlastG en/Blast2G en1cgi?taxid=7955包括罗非鱼、fugu、黑青斑河 、三刺鱼和斑马鱼等各种鱼类的原始基因组、EST测序片段,提供MEG AB LAST以及discon2tigu ous MEG AB LAST两种比对方式http://w w w1ncbi1nlm1nih1g ov/T races/trace1cgi?cmd=show&f=blast&m=blast&s=blast支持以染色体位点的形式查找和显示基因信息,可以选择不同的物种http://w w w1ncbi1nlm1nih1g ov/mapview/包括blastp等比对蛋白数据库工具http://w w w1ncbi1nlm1nih1g ov/BLAST/英国(United K ingdom) The Sanger Institute 斑马鱼基因组测序拼接序列数据库http://w w w1sanger1ac1uk/cgibin/blast/subm itblast/d rerio/ad2vancedE NSE M BL (European Bioin formatics Institute and The SangerInstitute)欧洲E BI和S ANGER研究所提供包括斑马鱼、fugu、黑青斑河 、三刺鱼,medaka等鱼类、哺乳类以及其他物种的基因组序列信息查询和下载http://w w w1ensembl1org/index1htm l提供最新递交的斑马鱼、斑点叉尾 、虹鳟鱼、多鳍鱼、七鳃鳗、大西洋鲑鱼、fugu和黑青斑河 等鱼类原始基因组、EST等测序序列信息http://trace1ensembl1org/cgibin/tracesearch美国TIG R (US A,The Institute for G enom ic Research)提供妊丽鱼、大西洋鲑鱼、鲶鱼、fugu、朴丽鱼、底 、medaka、虹鳟、斑马鱼等鱼类的EST序列比对http://tigrblast1tigr1org/tgi/英国MRC(UK,M edical Research C ouncil)提供fugu的基因组各个拼接序列不同的版本,原始序列以及EST序列信息http://fugu1biology1qmul1ac1uk/blast/法国GE NOSCOPE(France)提供黑青斑河 鱼基因组全序列的比对工具http://w w w1genoscope1cns1fr/externe/tetraodon/美国J GI(US A,DOE JointG enome Institute)Fugu基因组序列拼接第四版数据库http://genome1jgi2ps f1org/cgi bin/runAlignment?db=T akru4&advanced=1日本东京大学Mbase (medaka genome database, university of T oky)M edaka基因组序列、EST序列以及BAC文库序列数据库http://mbase1bioweb1ne1jp/～dclust/medaka top1htm l美国NIH(US A,National Institutes of Health)提供斑马鱼EST序列数据库http://zgc1nci1nih1g ov/日本遗传学研究所(Japan,National Institute of G enetics)M edaka全基因组鸟枪测序片段、拼接片段数据库http://dolphin1lab1nig1ac1jp/medaka/#about project美国华盛顿大学(W ashington University)含有约20万条来源于不同组织或发育阶段的斑马鱼EST序列http://w w w1genetics1wustl1edu/fish lab/frank/cgi2bin/fish/美国俄勒冈大学(university of Oreg on)The Z ebrafish In formation Netw ork;整合了大量的有关斑马鱼研究的信息资源,包括基因组数据、EST数据、研究参考文献、研究人员和单位等http://z fin1org/388 水 生 生 物 学 报32卷112 青 (Oryzias latipes,Medaka)青 是一种淡水颌针目(Beloniformes)鱼类;体型小、生长周期短、繁殖力强、卵透明,对于水中溶氧及温度的变化适应能力较强;可作为环境、癌症以及发育等研究领域的一种实验对象[5]。