亲缘系数计算

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本程序设计时, 采用的是动态定义过程, 不需 要事先注明个体的数量, 也不需要绘制通径图, 只
要将个体和亲本的代号输入相应表格中即可。如 果个体的某个亲本不详, 我们用“ 0”代替, 不能省 略, 否则计算结果可能出错。
参考文献
[1] 盛志廉, 陈瑶生. 数量遗传学[M]. 北京: 中国农业出版社 2002. [2] 张沅, 张勤. 家畜育种学[M]. 北京: 北京农业大学出版社 1993.
Next For i = 1 To x
For j = 1 To x If c(i, 1) = c(j, 2) <> 0 Or c(i, 1) = c(j, 3) <> 0 Then
a(i, j) = 0.5 a(j, i) = 0.5 ElseIf c(i, 2) = c(j, 2) <> 0 Or c(i, 3) = c(j, 3) <> 0 Then If i = j Then a(i, j) = 0.25 a(j, i) = 0.25 End If ElseIf c(i, 2) = c(j, 2) <> 0 And c(i, 3) = c(j, 3) <> 0 Then a(i, j) = 0.5 a(j, i) = 0.5 End If Next Next For i = 1 To x If c(i, 2) + c(i, 3) = 0 Then a(i, i) = 1 ElseIf c(i, 2) * c(i, 3) = 0 Then For j = 1 To x If c(i, 2) = c(j, 1) Then
的世代数的总和。
收稿日期: 2005- 07- 25
公式( 1) 简单直观, 易于理 解 , 但 是 当 个 体 x
的系谱相对复杂时, 计算量大, 很容易出错。
Emik 等( 1949) 提出亲缘协 方 差 法 计 算 亲 缘
系数, 使计算过程简化, 其计算方法如下[2]:
RSD=
COVSD
( 2)
( Liaoning Agricultural Vocation- Technical College , Yingkou of Liaogning 115214, P.R.China)
Abstr act: Based on programming of Excel’s Macro and VBA, this paper realized the statistical analysis of relationship coefficient, so that the method can largely improve the accuracy of cow’s analysis and be used on every level within the industry even by the technicians in dairy farms. Key wor ds: Excel; Relationship Coefficient; VBA; Macro
在奶牛生产实践中, 准确估算出群体内任意 两个个体的亲缘系数, 不仅可以了解该群体的血 缘关系, 而且对群体的选种选配、防止近交衰退和 品系繁育等工作都有着重要的指导意义。
为此, 本文以协方差为基础, 利用 Excel2000 中的宏和 VBA 语言编程, 设计出了计算亲缘系数 的计算程序, 供同行参考。
《《乳业科学与技术》》 2005 年第 6 期 (( 总第 115 期))
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EXCEL 在奶牛亲缘系数估计上的应用
范 强, 周丽荣, 丁 岩 ( 辽宁农业职业技术学院畜牧兽医系, 辽宁营口 115214)
摘 要: 本文通过 Excel 宏和 VBA 语言编程, 实现了个体间亲缘系数计算的程序设计, 提高了 Excel 对 数据的处理能力, 可供业内、基层乃至牧场技术人员参考使用。 关键词: Excel; 亲缘系数; VBA; 宏
3 计算实例
假设一个奶牛群体的畜群系谱如图 1 所示, 试计算个体 20 和 79 的亲缘系数。
图 1 11 个个体所构成的畜群系谱图
从该系谱中可以看出, 个体 20 是亲子交配 ( 16 和 56) 的后代, 近交系数 0.25; 个体 79 是半同 胞( 14 和 35) 的后代, 近交系数 0.125; 而 20 和 79
p=j ElseIf c(i, 3) = c(j, 1) Then
p=j End If a(i, i) = 1 For m = 1 To i - 1
a(i, m) = a(p, m) * 0.5 a(m, i) = a(i, m) Next
Next Else For j = 1 To x If c(i, 2) = c(j, 1) Then
中图分类号: S823.1; TP391.13 文献标识码: B 文章编号: 1671- 5187(2005)06- 0285- 03
The Application of Excel in Cow’s Relationship Coefficient Evaluation
Fan Qiang, Zhou Lirong, Ding Yan
79←35←16→56→20 N=4
所以, 20 和 79 的亲缘系数为:
R20·79= ∑0.5N×(1+F16) $(1+F20)×(1+F79)
= (0.53+0.54+0.53+0.54) =0.3162 $(1+0.25)×(1+0.125)
可见, 分析群体内任意两个个体的亲缘系数,
需要进行大量的演算过程。如果采用 Excel 宏处
《《乳业科学与技术》》 2005 年第 6 期 (( 总第 115 期))
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的共同祖先只有一个, 即个体 16, 其 近 交 系 数 为
0。
在该系谱中, 通过 16 连接 20 和 79 的通径链共有
四条:
79←14←16→20
N=3
79←14←16→56→20 N=4
79←35←16→20
N=3
p=j End If If c(i, 3) = c(j, 1) Then
q=j End If For m = 1 To i - 1
a(i, m) = 0.5 * (a(p, m) + a(q, m)) a(m, i) = a(i, m) Next a(i, i) = 0.5 * a(p, q) + 1 Next End If Next For i = 1 To x For j = 1 To x b(i, j) = a(i, j) / (a(i, i) * a(j, j)) ^ 0.5 Next Next Cells(1, y + 2) = " 亲缘系数" Range(Cells(1, y + 1), Cells(1 + x, x + y + 1)). FormulaArray = b End Sub 至此, 我们完成了亲缘系数的程序设计。
理上述数据, 不仅可以提高计算速度, 而且结果会
更准确。
首先, 将畜群系谱转化成下列表格, 若亲本未
知, 用“ 0”代替, 具体见表 1。
表 1 个体间的血缘关系表
98


12


11


16


56
16

35
16
98
14
16
12
36
11
12
79
35
14
10
35
36
20
16
Βιβλιοθήκη Baidu
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然后, 打开含有“ 亲缘系数”宏的电子表格, 在 单元格 A1: C12 之间输入相关数据 ( 如图 2) , 同 时按下“ Alt+F8”组合键, 执行“ 亲缘系数”, 每一对 个体的亲缘系数自动显示在相应的单元格中。
"COVSS×COVDD
其 中 , COVSD 为 个 体 S 和 D 的 亲 缘 协 方 差 ,
COVDD 和 COVSS 分别为个体 S 和 D 的自身亲缘协
方差。
2 程序设计
首先运行 EXCEL2000, 打开一个工作簿, 在 工作表“ Sheet1”中建立一个应用宏, 取名为“ 亲缘 系数”, 并保存, 全部 VBA 代码如下:
其中, 个体 20 和 79 的亲缘系数为 0.3162, 与 人工计算的结果完全一致。
图 2 不同个体间的亲缘系数效果图
4 讨论
Excel2000 是目前广泛使用的数据分析软件, 数据处理能力强大。本程序是以其附带的 VBA 语 言进行简单编程, 不仅实现特定功能的数据分析, 而且也避免购买其他专利软件的费用支出, 降低 了生产成本。
Sub 亲缘系数() x = [a1].CurrentRegion.Rows.Count - 1 y = [a1].CurrentRegion.Columns.Count ReDim a(x, x), b(x, x), c (x, y)
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范 强等: EXCEL 在奶牛亲缘系数估计上的应用
For i = 1 To x For j = 1 To x a(i, j) = 0 Next For j = 1 To y c(i, j) = Cells(i + 1, j) Next
1 基本原理
设某一个体 x, 双亲分别为 S 和 D, 共同祖先
为 A, 则 S 和 D 之间的亲缘系数 RSD 可用下式计 算[1]
RSD= ∑0.5N×( 1+FA)
( 1)
"( 1+FS)×(1+FD)
其中, FS、FD 和 FA 分 别 为 亲 本 S、D 和 共 同 祖
先 A 的近交系数, N 为 S 和 D 分别到共同祖先 A
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