基因组测序与序列组装
基因组学-课件-4基因组测序与序列组装PPT文档56页
36、“不可能”这个字(法语是一个字 )，只 在愚人 的字典 中找得 到。--拿 破仑。 37、不要生气要争气，不要看破要突 破，不 要嫉妒 要欣赏 ，不要 托延要 积极， 不要心 动要行 动。 38、勤奋，机会，乐观是成功的三要 素。(注 意：传 统观念 认为勤 奋和机 会是成 功的要 素，功的第 三要素 。
39、没有不老的誓言，没有不变的承 诺，踏 上旅途 ，义无 反顾。 40、对时间的价值没有没有深切认识 的人， 决不会 坚韧勤 勉。
61、奢侈是舒适的，否则就不是奢侈 。——CocoCha nel 62、少而好学，如日出之阳；壮而好学 ，如日 中之光 ；志而 好学， 如炳烛 之光。 ——刘 向 63、三军可夺帅也，匹夫不可夺志也。 ——孔 丘 64、人生就是学校。在那里，与其说好 的教师 是幸福 ，不如 说好的 教师是 不幸。 ——海 贝尔 65、接受挑战，就可以享受胜利的喜悦 。——杰纳勒 尔·乔治·S·巴顿
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基因组测序实验报告
基因组测序实验报告简介：本实验旨在通过测序技术对样本的基因组进行测序，以获得DNA 序列信息，并利用这些数据来研究基因组的结构、功能以及与疾病之间的关联。
以下是对实验过程、方法和结果的详细描述。
实验材料和方法：材料：1. 样本 DNA：从细胞中提取的 DNA 样本，采用常规的提取方法获得。
2. 高通量测序仪：使用 Illumina HiSeq 2000 进行高通量测序。
方法：1. DNA 提取：使用DNA提取试剂盒，按照说明书中的步骤从细胞中提取 DNA 样本。
2. DNA 文库构建：将样本 DNA 进行片段化处理，通过末端修复、加入接头等步骤，构建 DNA 文库。
3. 测序：将构建好的 DNA 文库装入高通量测序仪中，进行测序。
4. 数据处理：经过测序仪的运行后，得到原始的测序数据，需要进行数据处理和分析。
结果及讨论：1. 数据质量评估：对测序得到的原始数据进行质量评估，包括测序质量、测序深度和 GC 含量等。
通过评估，我们可以得出数据的可靠性，并为后续数据分析提供基础。
2. 数据预处理：对原始数据进行去除接头序列、低质量碱基修剪、过滤和去除PCR 重复等预处理步骤，以得到更加干净和高质量的数据。
3. 读长组装：使用序列拼接软件将测序数据进行组装，得到尽可能长的连续序列，称为 contig。
通过 contig 可以获得样本的基因组信息。
4. 基因注释：对得到的基因组序列进行注释分析，包括基因预测、基因功能注释、基因富集分析等，以揭示基因组的结构和功能。
5. 变异检测：通过比对样本的基因组序列与参考基因组序列，识别样本中的变异位点，包括SNP、InDel等。
这些位点的分析可以帮助我们了解个体之间的遗传差异，并探索与疾病相关的变异位点。
6. 结果分析和总结：根据实验的结果进行分析，并结合相关文献资料进行讨论，总结出实验的结果和相关的结论。
结论：本实验通过基因组测序技术对样本进行了测序，并得到了样本的基因组序列信息。
基因组学-课件-4基因组测序与序列组装
4.1 DNA测序的方法
• DNA测序技术主要有两种方法，都是在20 世纪70年代中期发明的。 • A. 双脱氧链终止法（the chain termination method），是通过合成与单 链DNA互补的多核苷酸链来读取待测DNA 分子的顺序。 • B. 化学降解法（chemical degradation method），是将双链DNA分子用化学试剂 处理，产生切口，用同位素标记进行测序。
A.通用引物：与载体DNA中 附近插入片段的顺序退火， 可引入新链的合成。 B.内部引物：提供一系列端 部以及内部可完成长序列顺 序的克隆。
中英联合实验室
B.化学降解法
• 基本原理：在选 定的核苷酸碱基中 引入化学基团，再 用哌啶处理使DNA 分子在被修饰的核 苷酸位置降解。
中英联合实验室
同时完成4组反应，A、G、C、T 链终止法：主流技术，易于机械化自动控制 化学降解法：试剂含有毒性主要原因是链终止法。
测序技术的发展
• 放射性同位素标记底物：灵敏度高 • 荧光标记物：灵敏度与分辨力，便于仪器阅 读。一种碱基一种颜色（A红色，G黄色，C 蓝色，T绿色） • 毛细管电泳：取代聚丙烯凝胶平板电泳，96 个泳道，每次可同时进行96次测序，每轮实 验不到2小时，1天可完成近千次反应
• 光点测序pyrosequencing：无须电泳，每 连接dNTP时释放1个焦磷酸，焦磷酸在磷 酸化酶的作用下转换为化学能，发出光亮 。每次只加入1种dNTP • DNA芯片测序：将各种排列顺序的寡聚核 苷酸点在芯片上，DNA分子与芯片温浴， 能杂交的寡聚核苷酸都会在确定位置发出 信号，获取信息进行对比组装。
A.双脱氧链终止法
• 天然的DNA聚合酶不能满足，需要进行改造
Chapter 3 基因组测序,序列组装,基因鉴定
4 CGTTAGAT 4 ACGTTAGA
3 3 ACGTTAGA TACGTTAG 5 GTTAGATC 1 ATACGTTA 3 TACGTTAG 4 2 5 ACGTTAGA CGTTAGAT GTTAGATC 互补序列为：ATACGTTAGATC 样品序列为：TATGCAATCTAG 计算机分析杂交图象 并由探针的重叠情况 推导样品的核酸序列
2）单分子测序法(single-molecule seguencing)
单分子测序法是美国Los Alames国家实验室 (LANL )发展的一种通过检测标记在单个分 子上的荧光进行DNA快速测序的方法。模板 DNA分子首先通过酶法修饰或合成，使不同 的荧光素标记不同的碱基，然后，用两个激 光束(或称激光镊子lasertweezer)夹住标记 的DNA分子，将其置于液流系统，从被固定 的核苷酸上游端开始用外切酶逐一切下被标 记的核苷酸， 通过单分子荧光探测器检测液 流中切下的标记核苷酸，再根据检测到的信 号顺序确定DNA顺 序。
● 4组特异反应
碱基 特异修饰方法
G
A+G
C+T C
Ph8.0,用硫酸二甲酯对 N7进行甲基化,使 C8-C9键对碱基裂解有特殊敏感性 pH2.0 哌啶甲酸可使嘌呤环的N原子化,从 而导致脱嘌呤,并因此消弱腺嘌呤和鸟嘌呤 的糖苷键 肼可打开嘧啶环,后者重新环化成五元环后 易除去 1.5mol/L NaCl存在时,可用肼除去胞嘧啶
3）Maxam-Gilbert 法所用的化学技术
①先用限制性内切酶把DNA切成10—200bp 的测序材料； ②用碱性磷酸化酶处理该片段，消除5′末端上的磷酸； ③在5′OH端标记 32P，用多核苷酸磷酸激酶催化； ④标记片段变性为单链； ⑤用特异的化学试剂作用于不同的碱基进行修饰，然后用 哌啶切断反应碱基的多核苷酸链，紧接着用四组不同的特 异反应可以使末端标记的DNA分子切成不同长度的片段， 产生一组其末端都是该特异碱基的长度不等的DNA片段； ⑥经电泳和放射性自显影后，从4个反应系统统一阅读，待 测DNA的全部核苷酸序列就可直接读出。
生物信息学中的基因组测序与组装
生物信息学中的基因组测序与组装生物信息学是一门综合性科学，是生物学、计算机科学、统计学等领域交叉的产物。
其中，基因组测序与组装是生物信息学领域研究的一个重要方向。
本文将介绍基因组测序与组装的相关内容，并讨论其在生物学领域中的应用与意义。
一、基因组测序基因组测序是指对生物体的DNA序列进行测定的过程。
DNA 的序列信息决定了生物体的所有遗传信息，因此基因组测序是深入了解生物的基础。
自上世纪70年代以来，基因组测序技术得到了飞速的发展，经历了串联测序、基于酶切的方法、大规模并行测序等不同的发展阶段。
现在，高通量测序技术已经成为最常用的基因组测序方法。
高通量测序技术利用DNA复制、分离、扩增等基本生物学原理，在大规模平行的情况下对DNA分子进行测序。
目前，Illumina、Ion Torrent、PacBio、OXFORD NANOPORE等公司都提供高通量测序平台，其中Illumina公司的测序机占据着主导地位。
二、基因组组装基因组测序得到的是短片段的DNA序列，需要使用一定的算法将这些片段组装成完整的基因组。
基因组组装是基于高通量测序技术的基因组学研究中的一个重要过程，可以得到更加完整的基因组信息，为后续的基因功能和结构解析提供基础数据。
基因组组装可以分为参考序列组装和无参考序列组装。
前者需要使用一个已知序列的参考基因组作为模板，将短序列映射到参考序列上进行拼接。
而后者则是指在没有已有参考序列的情况下，仅凭短序列片段组装出完整的基因组。
基因组组装过程中面临的主要问题是基因组重复序列的拼接，其中Tandem Repeat（TRs）和Low Complexity Regions（LCRs）是组装过程中的尤其重要的挑战。
目前，基因组组装的算法也在不断发展和完善，例如短序列组装可以使用SOAPdenovo2，SPAdes等软件，长序列组装则可以使用Canu，Flye等软件。
三、应用与意义基因组测序和组装技术的应用范围很广，主要包括以下几个方面：1. 基因组学研究：用于获取生物体的完整基因组信息，并深入了解其基因结构，功能和遗传进化等方面的信息。
基因组测序实验报告
基因组测序实验报告一、实验背景随着生命科学的迅速发展，基因组测序技术已成为研究生物遗传信息的重要手段。
通过对生物体基因组的测序，可以深入了解基因的结构、功能以及它们与生物表型之间的关系。
本次实验旨在对某特定生物样本进行基因组测序，以获取其完整的遗传信息。
二、实验目的1、掌握基因组测序的基本原理和实验流程。
2、对实验样本进行高质量的基因组测序。
3、分析测序数据，获取样本的基因信息。
三、实验材料与方法（一）实验材料1、待测序的生物样本（如细胞、组织等）。
2、基因组提取试剂盒。
3、测序试剂和仪器。
（二）实验方法1、样本采集与处理从生物体中采集合适的样本，并进行预处理，如去除杂质、细胞破碎等。
2、基因组 DNA 提取按照试剂盒说明书进行操作，提取高质量的基因组 DNA。
3、文库构建对提取的 DNA 进行片段化处理，并添加接头等构建测序文库。
4、测序使用选定的测序平台（如 Illumina 等）进行测序。
5、数据处理与分析对测序得到的原始数据进行质量控制和过滤。
利用生物信息学软件进行序列比对、组装和注释。
四、实验结果（一）测序数据质量评估1、测序深度和覆盖度测序深度达到了预期值，平均覆盖度较高，保证了数据的可靠性。
2、碱基质量分布碱基质量值分布符合正常范围，表明测序准确性较高。
（二）基因组装结果1、基因组大小和结构成功组装出样本的基因组，确定了其大致大小和结构特征。
2、基因预测与注释预测到了众多的基因，并对其功能进行了初步注释。
（三）变异检测1、单核苷酸多态性（SNP）检测检测到了一定数量的 SNP 位点，并对其在基因组中的分布进行了分析。
2、插入缺失（InDel）检测发现了一些 InDel 变异，探讨了其可能对基因功能的影响。
五、结果分析与讨论（一）实验结果的可靠性通过对测序数据质量的评估和多种分析方法的验证，本次实验结果具有较高的可靠性。
但仍可能存在一些局限性，如测序深度不足导致某些区域的信息缺失等。
一讲基因组测序与序列组装
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03
基因组序列组装
序列组装的基本流程
序列读取
通过测序技术获取基 因组序列的原始数据。
序列质量评估
对原始数据进行质量 评估，去除低质量序 列和错误序列。
序列比对
将高质量序列比对到 参考基因组或组装到 独立的基因组上。
序列拼接
将比对或独立基因组 上的序列片段拼接成 完整的基因组。
组装后验证
对组装得到的基因组 进行验证，确保其完 整性、准确性和一致 性。
下一代测序技术
总结词
更高通量、更低成本、更短周期的测序技术。
详细描述
下一代测序技术是一种尚未完全成熟的测序技术，目 前正处于研究和发展阶段。相比于前几代测序技术， 下一代测序技术将具有更高的通量、更低的成本和更 短的周期等特点。它可能采用更加先进的纳米技术、 光学技术和生物信息学技术等手段，以提高测序的准 确性和速度。下一代测序技术的出现将为基因组学和 生物医学领域的研究提供更加高效装得到的基因组的完整性，包括染色 体水平的完整性和基因水平的完整性。
准确性评估
评估组装得到的基因组的准确性，包括单核苷酸水 平上的准确性和结构变异上的准确性。
一致性评估
评估组装得到的基因组的一致性，包括不同 组装方法或不同数据集之间的一致性和内部 的一致性。
04
基因组测序与序列组装的挑 战与前景
例如，通过研究水稻基因组，科学家们发现了与抗旱、耐盐等抗逆性状相关的基因，为培育抗逆性更强的水稻品种提供了重 要的理论依据。
病原微生物基因组研究
病原微生物基因组研究是利用基因组测序和序列组装技术来了解病原微生物的基因组结构和功能，旨 在发现新的药物靶点、疫苗候选基因和诊断标记物等。
基因组组装的几个阶段
基因组组装的几个阶段1.引言1.1 概述基因组组装是一项重要的生物信息学任务，旨在将原始的DNA片段重新组合成完整的基因组序列。
在这个过程中，需要经历几个关键阶段。
本文将详细介绍基因组组装的几个阶段及其重要性。
基因组组装的第一阶段是数据质量控制和预处理阶段。
由于测序技术等因素的限制，原始DNA序列可能包含错误或低质量的片段。
因此，在组装之前，需要对原始数据进行质量控制和预处理，以去除噪声和提高数据的准确性和可靠性。
这一步骤包括去除低质量的碱基，修剪适配器序列，过滤重复的片段等等。
通过数据质量控制和预处理，我们可以获得高质量的数据，为下一阶段的组装提供可靠的基础。
基因组组装的第二阶段是序列拼接阶段，也被称为contig拼接。
在这个阶段，通过将大量的短序列片段（reads）按照其重叠关系进行拼接，得到长度更长的连续序列（contig）。
这个过程依赖于计算机算法和数学模型，例如格拉布斯算法和De Bruijn图。
通过序列拼接，我们可以在一定程度上重建原始DNA序列，但仍然存在一些空缺和不确定性。
基因组组装的第三阶段是contig的连接和填充，也被称为scaffolding。
在这个阶段，利用额外的信息，如配对的reads间的距离和方向关系，对contig进行进一步的排序和连接，填补contig之间的空缺。
这些额外的信息可以来自于配对的短序列片段（paired-end reads）或长读长度的第三代测序技术。
scaffolding可以提高基因组组装的连续性和准确性，从而得到更接近真实基因组序列的结果。
综上所述，基因组组装可以分为数据质量控制和预处理、序列拼接以及contig的连接和填充三个阶段。
每个阶段都具有其独特的重要性和挑战，但它们共同协作以实现高质量的基因组组装。
随着测序技术的不断发展和算法的改进，基因组组装的效果和精确度也将不断提高，为生物学研究和应用提供更精准和全面的基因组信息。
1.2 文章结构文章结构部分的内容如下:文章结构本文主要讨论基因组组装的几个关键阶段。
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先将染色体打成比较大的片段(几十-几百Kb), 利用 分子标记将这些大片段排成重叠的克隆群(Contig), 分别 测序后拼装. 这种策略叫基于克隆群(contig-based)的策 略. A
大片段contig 小片段测序拼装
B
C
A
B
C
两种策略的比较
鸟枪法策略 不需背景信息 时间短 需要大型计算机 得到的是草图(Draft) 指导测序策略 构建克隆群 (遗传、物理图谱) 需要几年的时间
5.人类基因组计划
人类基因组计划 （Human genome project）于1990年启 动，我国于1999年加 入该计划，承担其中 1%的任务，即人类3 号染色体短臂上约 30Mb的测序任务。
5.1 人类基因组计划的目的
阐明人类基因组30亿个碱基 对的序列，发现所有人类基 因，并搞清其在染色体上的 位置; 破译人类全部遗传信息，使 人类第一次在分子水平上全 面地认识自我; 解码生命、了解生命的起源、 了解生命体生长发育的规律; 认识种属之间和个体之间存 在差异的起因、认识疾病产 生的机制以及长寿与衰老等 生命现象、为疾病的诊治提 供科学依据。
得到精细图谱
4.5 其他测序路线
重要区域优先测序 人们对感兴趣的基因或与疾病相关的 基因优先测序. 如:人类主要组织相容性复合区位于第6号 染色体,与人类免疫系统有关，因而优先 测序.
EST (Expressed sequence tag) 测序
EST是一种重要的基因组图分子基因组的基因序列. 优点: A mRN量测序,即可获得大量EST的序列; C EST为基因的编码区,不包括内含子和基因间区域, 一次测序的结果足以鉴定所代表的基因;
各重叠群间仍有间隙
顺序间隙 物理间隙
↓
测序时遗漏的测序
↓
载体或宿主菌 选用不当而被丢失 的顺序
解决办法:通过限制测序：是指将一段染色体区段的DNA 顺 序进行组装. 一些已绘制了遗传图与物理图的微生物基 因组测序中也采用这一方法. 如高等植物拟南芥基因组的测序完全依据 克隆重叠群,先进行各个BAC克隆的随机测序, 再进行序列组装； 水稻基因组测序计划采取得策略与此相同.
3.4 非常规测序 毛细管电泳
用毛细管电泳取代聚丙烯凝胶平板电泳,节省时 间,加快测序进程,其他程序同链终止法或化学测序法.
光点测序
脱氧三磷酸核苷酸连接到DNA 3‟-末端时会释放1 个焦磷酸(PPi) ,焦磷酸在磷酸化酶的作用下转化为化 学能,并发出光亮.由此,往反应液中每次只加入1种核 苷酸,当加入的核苷酸结合时,反应液发出亮点,并记录 核苷酸种类;当核苷酸未结合时,反应液中的核苷酸酶 迅速分解此核苷酸,由此来测定DNA序列.
A
小片段测序
B
C
计算机拼装
CAATGCATTA… …GCAGCCAATGC
GAP
错装
实例:流感嗜血杆菌基因组的测序及 顺序组装
超声波打断纯化的基因组DNA ↓ 琼脂糖电泳收集1.6∼2.0Kb的区段、纯化 ↓ 构建到质粒载体中 ↓ 随机挑选19687个克隆,进行28643次测序,得到可读顺序 为11 631 485 bp ↓ 组装成140个覆盖全基因组范围的独立的顺序重叠群, ↓
C0t(1/2)值与基因组复杂性成正比。
2. 什么是基因？
是遗传信息的物理和功能单位，包含产生 一条多肽链或功能RNA所必需的全部核苷酸 序列。 基因分类： 编码RNA的基因，如rRNA基因，snRNA 基因等； 编码蛋白质的基因
基因的不连续性
Intron 和Exon:
大多数真核生物蛋 白质基因的编码顺 序(Exon)都被或长 或短的非编码顺序 (Intron)隔开
顺序复杂性
DNA 的复性 遵循二级反应动力学，可表述为： dCt / dt = -KC02
反应达 t 时，单链DNA浓度 = Ct
C0 = 单链 DNA起始浓度 K＝ 复性速度常数
Cot(1/2) = 1/K (mol. Sec / L) 常数
1
Ct/C0 1
0
0
C0t(1/2)
C0t(1/2)
Maxam-Gilbert 法所用的化学技术
碱基 特异修饰方法
G
A+G
C+T C
Ph8.0,用硫酸二甲酯对 N7进行甲基化,使 C8-C9键对碱基裂解有特殊敏感性 pH2.0 哌啶甲酸可使嘌呤环的N原子化,从 而导致脱嘌呤,并因此消弱腺嘌呤和鸟嘌呤 的糖苷键 肼可打开嘧啶环,后者重新环化成五元环后 易除去 1.5mol/L NaCl存在时,可用肼除去胞嘧啶
采集5个自愿者的DNA样品的公开 数据主要为BAC 克隆的顺序,共 4443.3Mb GeneBank下 载104018个 BAC末端顺序
完成约2700万次 插入子末端测序, 总长14800Mb
与 基 因 芯 片 上 6 5,0 00 种 可 能 的 八聚体进行杂交从而形成特定 1 ATA C G T TA 的结合图形 2 2 C G T G AT C G T TA TA G AT
4 C4GA C G G TA G A T TA T AT
3 3 A C G T TA G A TA 5 G T TA G AT C 1 ATA C G T TA 3 4 2 5 TA C G T TA G A C G T TA G A C G T TA G AT G T TA G AT C 互 补 序 列 为 ： ATA C G T TA G AT C 样 品 序 列 为 ： TAT G C A AT C TA G 计算机分析杂交图象 并由探针的重叠情况 推导样品的核酸序列
第一讲 基因组测序与序列组装
任科教师: 余爱丽 生命科学院 分子生物 学与生物信息学系
主要内容:
什么是基因组 什么是基因 DNA测序的方法 DNA序列的组装 人类基因组计划 水稻基因组计划 后基因组学
1. 什么是基因组
基因组就是一个物种中 所有基因的整体组成。 基因组有两层意义：遗 传物质和遗传信息。 要揭开生命的奥秘， 就需要从整体水平研究 基因的存在、基因的结 构与功能、基因之间的 相互关系。
D 终止密码子 -------TAATG-------
J 起始密码子
3. DNA测序的方法
链终止法测序 化学降解法测序 自动化测序 非常规DNA测序
3.1 链终止法测序(the chain termination method) 基本原理: 通过合成与单链DNA互补的多核苷酸链， 由于合成的互补链可在不同位置随机终止反 应，产生只差一个核苷酸的DNA分子，从而 来读取待测DNA分子的顺序。
4.3 指导测序与序列组装
建立在基因组图谱基础上的”鸟枪法”,即所谓” 指导鸟枪法”或”指导测序”。
在人类基因组进入测序组装阶段就采用此方法， 其基本步骤如下 参考人类基因组图,特别是大量的STS位标作为基点, 进行序列组装，排成重叠克隆群.
技术路线与要求
制备单链模板 ↓ 将单链模板与一小段引物退火 ↓ 加入DNA多聚酶 4种脱氧核苷酸
A 高酶活性
B 无5‟→3´外切酶活性 C 无3´→5´外切酶活性 ddATP/ddCTP/ddGTP/ ddTTP 的3‟碳原子连接 的是氢原子,不是羟基
A 克隆于质粒中DNA→用碱或热变性
B M13克隆单链DNA C 噬粒克隆DNA D PCR产生单链DNA
分别加入少量4种双脱氧核苷酸 ↓
将4种反应产物分别在4条泳道电泳 ↓
根据4个碱基在4条泳道的终止位置读出基因序列
3.2 化学降解法测序
基本原理: 在选定的核苷酸碱基中引入化学集 团,再用化合物处理,使DNA分子在被修 饰的位置降解.
技术路线
将双链DNA样品变为单链 ↓ 每个单链的同一方向末端都用放射性同位素 标记,以便显示DNA条带 ↓ 分别用不同方法处理,获得只差一个核苷酸的 降解DNA群体 ↓ 电泳,读取DNA的核苷酸顺序
5.2 人类基因组草图的完成
2000年6月26日是人类 历史上值得纪念的一天。 人类基因组的工作草图 已经绘制完毕并于这天 向全世界公布。最终完 成图要求测序所用的克 隆能忠实地代表常染色 体的基因组结构，序列 错误率低于万分之一。
5.3 人类基因组测序策略
A.
Celera Genomics 人类基因组的测序 策略
基因家族
一群具有一致的或相似顺序的基因,有的还担负 类似的生物学功能, 可以相互补偿, 比如:E2f transcription factor
Mouse symbol E2f1 E2f2 E2f3
Human Ortholog E2F1 E2F2 E2F3
E2f4 E2f5 E2f6
E2F4 E2F5 E2F6
什么是C 值？
通常是指一种生物单倍体基因组DNA的 总量.
在真核生物中，C值一般随着生物的进化而 增加，高等生物C值一般大于低等生物。 C值悖理： 生物的复杂性与基因组的大小并不完全成比 例增加
阴影部分为一个门内C-值的范围
动物
真菌 等 细菌
重复顺序
高度重复顺序： 长度：几个——几千个bp 拷贝数：几百个——上百万个 首尾相连，串联排列 集中分布于染色体的特定区段（如端粒，着丝粒等） 也称卫星DNA 中度重复顺序： 一般分散于整个基因组中； 单一顺序： 基因主要位于单一顺序 动物中单一顺序约占50％ 植物中单一顺序约占20％ 长度和拷贝数差别很大
化学法测序实例
哌啶
3.3 自动化测序
基本原理 与链终止法测序原理相同,只是用不同 的荧光色彩标记ddNTP,如ddATP标记红 色荧光,ddCTP标记蓝色荧光, ddGTP标 记黄色荧光, ddTTP标记绿色荧光.由于 每种ddNTP带有各自特定的荧光颜色,而 简化为由1个泳道同时判读4种碱基.