生物信息学课程作业

2011年生物信息学作业

姓名：寇明刚

班级：08级生物科学1班学号：200874010112

任课教师：牛世全

1、记录相关网站及论坛网址（如何查询到该网址的方法）。

（1）NCBI ：https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,/

（2）DDBJ ：http://www.ddbj.nig.ac.jp/

（3）EMBL ：https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,/

（4）北大生物信息学中心 https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,/chinese/

（5）中科院计算所智能信息处理重点实验室生物信息学:

https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,/index.php

（6）北大生物信息中心:

https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,/chinese/documents/bioinfor/overview/web1/1.html （7）生物谷生物信息学：https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,/bioinfo.htm

（8）中国生物论坛：https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,/

（9）中国生物谷论坛：https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,/

（10）生物谷：https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,/

2、利用你所学的数据库检索方法获得一段DNA序列 (基因或 mRNA)，写出序列名称、登录号 (accession #)、序列特点 (CDS, 外显子等)。

ORIGIN

1 actggggtct tctccatgcg gctcgggcta tgacagcctc cgtgctcctc cacccccgct

61 ggatcgagcc caccgtcatg tttctctacg acaacggcgg cggcctggtg gccgacgagc

121 tcaacaagaa catggaaggg gcggcggcgg ctgcagcagc ggctgcagcg gcggcggctg

181 ccggggccgg gggcgggggc ttcccccacc cggcggctgc ggcggcaggg ggcaacttct

241 cggtggcggc ggcggccgcg gctgcggcgg cggccgcggc caaccagtgc cgcaacctga

301 tggcgcaccc ggcgcccttg gcgccaggag ccgcgtccgc ctacagcagc gcccccgggg

361 aggcgccccc gtcggctgcc gccgctgctg ccgcggctgc cgctgcagcc gccgccgccg

421 ccgccgcgtc gtcctcggga ggtcccggcc cggcgggccc ggcgggcgca gaggccgcca

481 agcaatgcag cccctgctcg gcagcggcgc agagctcgtc ggggcccgcg gcgctgccct

541 atggctactt cggcagcggc tactacccgt gcgcccgcat gggcccgcac cccaacgcca

601 tcaagtcgtg cgcgcagccc gcctcggccg ccgccgccgc cgccttcgcg gacaagtaca 661 tggataccgc cggcccagct gccgaggagt tcagctcccg cgctaaggag ttcgccttct 721 accaccaggg ctacgcagcc gggccttacc accaccatca gcccatgcct ggctacctgg 781 atatgccagt ggtgccgggc ctcgggggcc ccggcgagtc gcgccacgaa cccttgggtc 841 ttcccatgga aagctaccag ccctgggcgc tgcccaacgg ctggaacggc caaatgtact 901 gccccaaaga gcaggcgcag cctccccacc tctggaagtc cactctgccc ggtaaatgac 961 gacctattcc cagccctggt cttccggctc tgctccagct tcttctccgc tcgcacccgg 1021 gcgatcccgg gtgcgtttct gttctcttcc tggtctgccc tagcggctct gcacccctgg 1081 gagcccgagc atggctggct gggtctgcct gcactgcctc gagttgagct ggtccctggc 1141 tctccctggg tgaggggtgg cttgtggaga cctcggctag cttccctctc cctctgcgcc 1201 ccgccctccc cagcccctga caccaattta aggatgagaa attgaccaga aaacagctcc 1261 ccaaattgcc cctccctatt cattctctca aaaatggctt cagtgtagaa gcttcgagta 1321 ttgggacggg cacccagaaa ggaggcaggc acagaagtgt tgtaccttga gcctggcgct 1381 aaggtgtggg ccgttggacc aggctatcac tcgaggctgc ctacgcgctg ctcctgcagg 1441 atggccgggt tggggaagtc actggagccc tgggtgattt catttcagtt cagaactaac 1501 taccttcccc actgaccctc taggctttag cagaagacag gattgtacag cgggtggcaa 1561 agagcagccg ggcgctgcaa ggcgggtggc tcagatcgag ctgtcgccta tgccctggct 1621 ggggtccgat ccctgtgtaa cttgccttct cccttgtctt ctagacgtgg tctcccatcc 1681 ctcggatgcc agctcctata ggagggggag aaagaagcgc gtgccttata ccaaggtgca 1741 attaaaagaa cttgaacggg aatacgccac gaataaattc attactaagg acaaacggag 1801 gcggatatca gccacgacga atctctctga gcggcaggtc acaatctggt tccagaacag 1861 gagggttaaa gagaaaaaag tcatcaacaa actgaaaacc actagttaat ggattaaaaa 1921 tagagcaaga aggcaacttg aagaaacgct tcagaactcg ttgctttgcc cagataatga 1981 taataatgct taataataat tgaagaatgg gaaagagaaa gagacagaga ctggcatttt 2041 cctctcccga aggagatctc tttctcttta atggaatcta caactgtttt aaaactttaa 2101 gaaaggtaaa gactgccagt tcttccgcca accccatcag cccagcccgt taaatgtcaa 2161 acgtcaaccc ccaaaatacg caatttcaga taagttacgc agttactgaa atcttgtaag 2221 tatttaagtg atcgttacat tttaggacac tgcgttagat ggtaataatc tggaagttgg 2281 ttacaaacgc aagaggccat tgtaaacatc tgcttgtcct tcttaggtcg ccattccctt 2341 tgcatgttaa gcgtctgctc aggtaaatct tagtgaaatt cctaccgttg ttgtacgttc 2401 tgcaaaacat tttatgtata gatttagagg ggaaacgaga aggtactgaa ataatgatct 2461 tggaatattt gctgtgaagg gagaaaggga gagaaaactc ttctgaggat catttgtctt 2521 ggtagtatag taaaaccaac cagctgaacc tttcaggcta caagagaacc cgggtcggta 2581 atgtcttttt aagaataatt tttaattgct tataacaagc atattttgtg gcatttgaac 2641 tatatttact gctccaatat ccgttatttt ccaaaggatt ttgtatcttt ttgaaaatgt 2701 ttacatcatc agatgatcca cagaattcac tttatgtgag atctcccgag agtttccatc 2761 ccaacatgat ggactttggt ttgaacacaa ttcgtttttt catttgaatt ggcatttccc 2821 aatatttgct aaacatttgc tggagaaatc atttttcttt tttctttttt agaaaactca 2881 gaatgaaaat tcattcccct gaaatattta ggtgtctata ttctatattt tgatctatta 2941 agggattagt atttttccat gtttattgtg ttatcagagt gcattagaaa gattagtgat 3001 tcatcttcac agcacatttt taatcaagca gttatttcaa ccagcacatt cgttttgttc 3061 atattcacta tagaatgata tcttgtaaat aaagacattc agcacactgt gaaaatgtat 3121 ttgtgcacct gctttttaaa tatttctact aaaaatgaaa aaaaaaaacc cttagacctg 3181 tagatagtga tatcgtaata ttaattgtta ataaaatagt cactgcc

CDS join(30..951,1665..1909)

/gene="HOXA13"

/note="Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefseq."

/codon_start=1

/product="homeobox protein Hox-A13"

/protein_id="NP_000513.2"

/db_xref="GI:24497554"

/db_xref="CCDS:CCDS5412.1"

/db_xref="GeneID:3209"

/db_xref="HGNC:5102"

/db_xref="HPRD:00847"

/db_xref="MIM:142959"

LOCUS NC_000007

Official Full Name homeobox A13provided by HGNC

3、利用internet资源查找一个生物信息学有关的免费软件，并介绍其使用方法。RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构

rasmol使用方法(1)

作者:swallowx 整理时间:2005-08-31

目前在结构生物学领域有许多图形显示的程序，每个都有自己不同的特点。可能很多人知道rasmol，除了图形界面中的一些功能外，该程序的命令行方式有着很强大的功能。下面将介绍一些常用的使用方法。

Rasmol（https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,/）程序有多种版本，有unix, windows, Mac等。

另外还有一个windows和linux版本https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,/rastop/，该版本将一些原来rasmol菜单下没有的命令加入菜单，比原来的版本方便。

在unix系统下，读入结构文件可以直接用命令的方式，如 rasmol 1crn.pdb. 在windows 下，可以先打开raswin, 然后在File的菜单下读入结构文件。Rasmol 所识别的文件有下面几种：

pdb： Brookhaven Protein Databank，来源于 https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,

nmrpdb NMR multi-pdb file format

mopac mopac file format; either cartesian or z-matrix format。

mdl Molecular Design Limited's MOL file format

mol2 Tripos' Sybyl Mol2 file format。

xyz MSC's XMol XYZ file format。

alchemy Tripos' Alchemy file format。

charmm CHARMm file format。

如果想读入Charmm软件包的结构文件，用命令行的方式是：rasmol –charmm 1crn.crd.

在打开rasmol后，会出现两个窗口，一个是图形窗口，另外一个是命令行窗口。可以在图形窗口中进行一系列的结构操作，但是有些的操作还需要命令行来补充。下面就将常用的命令进行一下总结。

restrict protein：在图形窗口中去除所有的非蛋白质原子。

restrict lys: 在图形窗口中去除所有的非lys残基。

select all: 选择所有的原子。

select protein：选择蛋白质原子。

select hetero：选择非蛋白质，非DNA原子。

一、常用的选择命令：

1. 结构文件中链的选择：

每条链都有一个字母或数字表示。选择一条链时，必须用:或*说明字母代表链。比如：select :d 选择d链的所有原子

select *d 选择d链的所有原子

select :d,:e 选择d或e链的所有原子

select glu:2 选择2号链的所有glu。

2. 通过残基名称选择

PDB文件中每个残基都有1-3个字符串的名称。所有的氨基酸用3字符表示，DNA，RNA用单字符表示。水分子用HOH表示。其他的配体的名称可以用文本编辑器打开PDB文件搜索，配体原子对应的坐标在文本中由HETATM开头，而蛋白质或DNA的原子是以ATOM开头，见下面的例子：

ATOM 1902 O GLY R 62 -32.180 -32.765 46.907 1.00 38.84

HETATM 1955 O HOH 1 -26.069 -22.429 17.059 1.00 53.88

有些基团的名称含有数字，如SO3，PO4。在选择这些残基时，残基需要加上方括号，如select [SO3]. 钙原子或其他金属原子一般用2字符表示，如CA, MN,MG, ZN. 如果需要选择钙原子，可以用”select ca”. 钙原子ca的表示与蛋白质的a碳原子表示冲突，因此如果PDB 结构中有钙原子，只想选择蛋白质的a碳原子，可以用select protein and *.ca. 另外一些例子有：

select lys:a 选择A链的所有lys.

Select (lys,arg) and :b 选择B链的lys或arg。

3. 通过残基的数字选择

每个残基都有一个数字相对应，下面是一些选择的例子：

Select 32 选择每条链的32号残基以及32号杂原子

Select 19-32 选择每条链的19-32号残基以及19-32号杂原子

select 19-32 and not hetero 选择每条链的19-32号残基

select 19-32 and hetero 选择19-32 号杂原子

select 19-32:y 选择Y链的19-32号残基

select asp47 选择所有链的47号位置的asp

4. 原子的选择

PDB文件中每个原子都有一个序列号对应，可以在图形界面上点击，查看序列号。如果想选择原子可以用：

Select atomno = 131 选择第131个原子

Select atomno = 217, atomno = 1426 选择第217和1426号原子

select atomno >= 195 and atomno <= 277 选择195-277号原子

PDB原子名称，PDB文件中所有的原子的命名采用标准命名，CA表示a－碳原子CB表示b－碳原子，以此类推。CG, CD, CE, CZ, CH (gamma, delta, epsilon, zeta, eta)。N7 (7th nitrogen in a residue), O2P (second oxygen on a phosphorus), OE2 (second oxygen on an epsilon carbon), HD1 (1st hydrogen on a delta carbon). 可以在图形界面中点击原子，然后在命令行窗口上读取原子信息。其他实例：

select *.cg 选择所有g位的碳原子。

select lys.cg 选择所有赖氨酸的g位的碳原子

select :a.cg 选择A链所有g位的碳原子

select lys:a.cg 选择A链所有赖氨酸的g位的碳原子

select 27-42:a.cg 选择A链从27到42位氨基酸的g位的碳原子

select *.h? 选择所有2字符的氢原子

select *.h??? 选择所有的氢原子。

元素名称，键入全名，如magnesium, iron, sulfur等。

另外一些选择实例：

用户可以自定义一些区域进行操作，比如：

define activesite（15,67,109）

select activesite

color green

另外可以通过下面的命令选择某个残基周围的其他原子：

select within（4.5, ser72) 选择ser72周围4.5?内的原子。

如果不想选择该范围内的某个残基，可以用:

select within（4.5, ser72) and not lys80

二、进一步的操作：

在选择了一些基团后，就可以对它们进行进一步的操作，比如修改残基的表示方法，可以变成球棍模型，空间堆积模型等等。也可以对它们进行不同的着色。rasmol提供了多种图形显示方法，对原子的显示有wireframe，spacefill，sticks，ball and stick，对于二级结构的显示有ribbons，strands和cartoons。另外还有backbone的显示方法。

在选择了一个残基后，可以有下列操作：

select 172:A

color green 将该残基着绿色

wireframe 0.5 数字表示一个相对值，此时可以看见该残基变粗了。

此时可以在图形界面中的display菜单中选择sticks ，spacefill或ball and stick的方式。然后在命令行窗口可以进行参数设定，比如，在将残基变成ball and stick方式后，在键入 spacefill 0.3，可以发现原子的表示比原来要小，如果在键入wireframe 0.1，可以发现，化学键的表示变细了。通过这种方法，可以很容易区分所感兴趣的残基。

rasmol使用方法(2)

作者:swallowx 整理时间:2005-08-31

1. Backbone，ribbons，strands，trace

backbone可以将多肽链表示为通过C－碳原子相互连接的方式。Backbone加上数字可以控制化学键的粗细。如果想将化学键表示为虚线，可以用backbone dash的命令。可以用color backbone yellow将其着黄色。

与backbone类似的命令是trace，该命令将backbone表示进行了圆滑处理。Trace temperature的命令，可以用不同粗细来标示结构中温度因子的大小，温度因子越大，标示越粗。

Ribbons，和strands是二级结构的不同表示方法。Ribbons，strands后跟参数可以控制其宽度。

2. Background

可以用 background yellow将图形界面的背景着黄色。

3. Hbonds和Ssbonds

用该命令要求rasmol搜索氢键，rasmol可以报告氢键的数目。可以用hbonds on或hbonds off控制氢键在图形界面中的显示。也可以将氢键表示换成不同的颜色，用color hbonds yellow可以将默认的红色该为黄色。

Ssbonds用于表示二硫键，用法与hbonds类似。

另外用color hbonds type，可以用不同的颜色表示不同距离范围内的氢键，比如用红色表示螺旋中的氢键，而黄色表示折叠间的氢键，而转角的氢键用洋红色表示。

4. Label

在选择某个残基后，要向对其进行标记，可以用label，同时通过Set fontsize来控制字

体大小，用Set fontstroke控制比划宽度。比如选择R链40位的lys的NZ原子可以用：

select lys40:https://www.360docs.net/doc/c23644623.html,

label lys40

color label yellow

就可以在NZ原子的位置表上lys40。

另外label后面跟不同的参数可以控制label的内容，比如：

%a 原子名称，如上例，将只显示NZ

%b %t 晶体学中的B－值或温度因子

%c %s 多肽链名

%e 显示元素名，上例就是N原子。

%i 结构文件中对应的原子号。

%n 结构文件中对应的残基名

%r 结构文件中对应的残基号

%M NMR Model Number (with leading "/")

%A Alternate Conformation Identifier (with leading ";")

用color label yellow 将用黄色标记。

5. Renumber

有时PDB文件中N-末端的第一个残基的位置不是从1开始，而是从其他数字开始，为了处理方便，可以用renumber将其该为1号开始。也可以在renumber后加数字来选择不同的起始。

6. Save

在选择了一些感兴趣的基团后，可以用save命令来保存所选择的基团的坐标。操作是save myfile.pdb。还可以跟不同的文件格式将它们保存为不同的结构文件，可以用save mdl(alchemy或xyz) myfile。

7. Script

如果进行了很多操作，最后想保留这些历史，可以用write script或write rasmol来保存，下次只要调用角本文件即可，操作是write script myfile。调用时可以用source myfile 或script myfile。

8. Show

Show的功能较多，可以跟不同的参数，比如：

show information: 可以给出结构文件的信息，比如什么蛋白质，多少肽链等。

show phipsi: 给出所有的phi,psi角度。

show RamPrint：给出拉氏图(rasmachandran plot)

show selected { group | chain | atom }：给出选择的内容。

show sequence: 给出氨基酸，核酸序列。

show symmetry：给出晶体结构晶胞参数等。

show translation(rotation,zoom)：在图形界面上平移,转动或缩放后，给出这些信息。

9. Structure

用该命令可以要求Rasmol计算二级结构(dssp算法)，可以给出螺旋，折叠的个数。如果PDB 结构中有这些信息，将直接使用，而不通过计算。根据这些信息，rasmol定义了helix, sheet 以及turn，因此可以用select helix等来选择二级结构，然后进行不同的操作。

10．图形位置控制

a. Centre

控制旋转中心或滚动中心。比如 centre lys140，将中心从原来整个分子的中心转移至lys140上。

b. Rotate，translate

控制旋转角度，平移位置。比如分子绕x轴旋转10度，用rotate x 10，反向则用rotate x -10。translate的使用同rotate。

c. Zoom

控制缩放大小，比如zoom 100。

d. Reset

显示回到初始显示位置

11. 原子颜色的控制

rasmol有默认的原子颜色，比如碳原子用灰色表示。可以用下面的方式将其变为绿色：select carbon, color green.

12. rasmol的默认定义类

rasmol有自己定义的类，比如芳香族氨基酸对应aromatic,即如果想选择所有的芳香族氨基酸，可以直接用select aromatic。其他的还有:

AT Acidic Acyclic

Aliphatic Alpha Amino

Aromatic Backbone Basic

Bonded Buried CG

Charged Cyclic Cystine

Helix Hetero Hydrogen

Hydrophobic Ions Large

Ligand Medium Neutral

Nucleic Polar Protein

Purine Pyrimidine Selected

Sheet Sidechain Small

Solvent Surface Turn

Water

4、了解Pubmed的使用及文献检索方法，以“saline-alkali soil 和microbial ecology ”为关键词查找相关文献，并至少翻译五篇摘要或一片全文。

Iron/dextran sulfate multilayered microcapsules for controlled release of

10-hydroxycamptothecin.

Abstract

Stable 10-hydroxycamptothecin (HCPT) microcrystals with a length of about 5-10μm and a ζ-potential of -38.5mV were produced by pH-induced reprecipitation in presence of a stabilizer hydroxypropylmethylcellulose. Sequential layer growth was achieved by the layer-by-layer (LbL) assembly of Fe(3+) and dextran sulfate (DS) on the surface of HCPT microcrystals via both electrostatic interaction and chemical complexation process. The satisfactory drug loading content (67.2±0.82%) as well as high encapsulation efficiency (60.56±0.82%) for four bilayers of Fe(3+)/DS coating was achieved. Both in vitro and in vivo release study revealed that the release time increased as the number of deposited Fe(3+)/DS bilayers increased. These results indicated that such iron-polysaccharide multilayered microcapsules can be a promising approach for the construction of an effective controlled release delivery system of HCPT as well as other drugs with potential cytotoxicity or short half-life time.

Distribution and variation of paclitaxel and cephalomannine contents in wild Taxus cuspidate

Abstract

Paclitaxel and cephalomannine contents in wild Taxus cuspidata were determined by HPLC. The results indicated that paclitaxel and cephalomannine contents in T. cuspidate at the sunny side were slightly higher than that at the shadow side in the current-year and biennial branches. Paclitaxel and cephalomannine contents had no obvious regularity in leaves. Paclitaxel and cephalomannine contents were both the highest in the bark, then in the current-year branches, lower in the current-year

leaves, and the lowest in the fruits. There were no remarkable correlation between stem diameter and paclitaxel and cephalomannine contents in the current-year branches and leaves. Significant difference was observed among samples collected in different period, and higher paclitaxel and cephalomannine concentrations were detected at the dormancy stage than that at the flower and fruit stages.

umina-based analysis of microbial community diversity

Abstract

.Microbes commonly exist in milieus of varying complexity and diversity. Although cultivation-based techniques have been unable to accurately capture the true diversity within microbial communities, these deficiencies have been overcome by applying molecular approaches that target the universally conserved 16S ribosomal RNA gene. The recent application of 454 pyrosequencing to simultaneously sequence thousands of 16S rDNA sequences (pyrotags) has revolutionized the characterization of complex microbial communities. To date, studies based on 454 pyrotags have dominated the field, but sequencing platforms that generate many more sequence reads at much lower costs have been developed. Here, we use the Illumina sequencing platform to design a strategy for 16S amplicon analysis (iTags), and assess its generality, practicality and potential complications. We fabricated and sequenced paired-end libraries of amplified hyper-variable 16S rDNA fragments from sets of samples that varied in their contents, ranging from a single bacterium to highly complex communities. We adopted an approach that allowed us to evaluate several potential sources of errors, including sequencing artifacts, amplification biases, non-corresponding paired-end reads and mistakes in taxonomic classification. By considering each source of error, we delineate ways to make biologically relevant and robust conclusions from the millions of sequencing reads that can be readily generated by this technology

Effects of salinity and Na+/K+ in percolating water from saline-alkali soil on the growth of Litopenaeus vannamei

Abstract

In order to develop shrimp farming with the percolating water from coastal saline-alkali soil, the effects of the salinity and Na+/K+ in this percolating water on the survival, growth, metabolism, and glutamic oxaloacetic transaminase (GOT), glutamicpyruvic transaminase (GPT) and Na+-K+-ATPase activities of Litopenaeus vannamei were investigated. The shrimps were cultured at the salinity 5, 10 and 15

and at the Na+/K+ ratios of 20, 40, 50, 60, 70 and 90 for 20 days. The results showed that the survival rate, growth rate, and enzyme activities of the shrimps were the highest at salinity 15, and the shrimps had higher survival rate, growth rate, and enzyme activities at the Na+/K+ ratios of 40 and 50, suggesting that after an appropriate preparation, the percolating water from coastal saline-alkali soil was available to culture the shrimps

Towards the human colorectal cancer microbiome.

Abstract

Multiple factors drive the progression from healthy mucosa towards sporadic colorectal carcinomas and accumulating evidence associates intestinal bacteria with disease initiation and progression. Therefore, the aim of this study was to provide a first high-resolution map of colonic dysbiosis that is associated with human colorectal cancer (CRC). To this purpose, the microbiomes colonizing colon tumor tissue and adjacent non-malignant mucosa were compared by deep rRNA sequencing. The results revealed striking differences in microbial colonization patterns between these two sites. Although inter-individual colonization in CRC patients was variable, tumors consistently formed a niche for Coriobacteria and other proposed probiotic bacterial species, while potentially pathogenic Enterobacteria were underrepresented in tumor tissue. As the intestinal microbiota is generally stable during adult life, these findings suggest that CRC-associated physiological and metabolic changes recruit tumor-foraging commensal-like bacteria. These microbes thus have an apparent competitive advantage in the tumor microenvironment and thereby seem to replace pathogenic bacteria that may be implicated in CRC etiology. This first glimpse of the CRC microbiome provides an important step towards full understanding of the dynamic interplay between intestinal microbial ecology and sporadic CRC, which may provide important leads towards novel microbiome-related diagnostic tools and therapeutic interventions.

1、铁/硫酸右旋糖酐为多层微胶囊释放10-羟基树碱的控制

摘要：10- 羟基树碱(HCPT)微晶稳定长度大约5-10μm和ζ-potential -38.5 mV上产生的再沉淀 pH-感应到存在,羟丙基甲基纤维素稳定剂。序贯层生长,达到了一层一层r(LbL)大会的铁的(3 +)和硫酸右旋糖酐(DS)表面上的微晶HCPT通过静电相互吸引和络合两个过程。

满意的药物(67.2±0.82%加载内容)以及封装效率高(60.56±0.82%)的四双分子层铁(3 +)/ DS涂料进行了实现。两个体外和体内释放的调查显示,释放时间的增加,随着数量的铁沉积(3 +)/ DS 双分子层增加。这些结果表明,这样的铁-多聚糖多层微胶囊可以是一个有前途的方法用于建设输送系统,有效的控制释放HCPT以及其他潜在的细胞毒性药物或半衰期短时间。

2、分布、变化和三尖杉宁碱紫杉醇含量对红豆杉野生影响

摘要：紫杉醇含量和三尖杉宁碱对红豆杉野生影响用高效液相色谱法测定了。结果表明,紫杉醇含量和三尖杉宁碱在向阳影响略高于影子现年方面和2年生枝。和三尖杉宁碱紫杉醇含量没有明显的规律性的叶子。紫杉醇和三尖杉宁碱内容都是最高的,然后现年树皮树枝,较低的叶子现年最低的水果。没有显著相关性三尖杉宁碱茎粗和紫杉醇含量现年树枝和树叶。观察样品之间差异显著,收集在不同时期和更高的紫杉醇的含量进行检测, 三尖杉宁碱的休眠阶段比花和果实的阶段

3、生物群落的多样性的荧光分析

摘要：微生物均普遍存在不同程度的复杂性和多样性。纵使培养技术无法获得真实的微生物群落的的多样性，但是可以通过把16s核糖体RNA保存来克服这些缺点。最近454焦磷酸测序同时去测成千上万的16S rDNA序列(绿色)着已经颠覆了传统的复杂的微生物群落的特征。到目前为止，基于454 pyrotags的学说占主导地位，但是生产跟多的低花费的测序平台已经发展起来了。在这里，我们用荧光测序去设计16S扩增子的分析策略，评价其通用性、实用性和潜在的并发症。我们制造和测序。

4、盐度、钠的影响在+ / - K +水从土壤渗漏盐碱地生长的凡纳滨对虾

摘要：为了发展农业水渗漏的虾从沿海盐碱地土壤的影响,盐度和钠/ K +水在这从生存、生长、代谢,丁酮二酸的转氨酶(得到)的摄取, 谷丙转氨酶转氨酶(GPT)和钠-K、atp酶对凡纳滨对虾活动进行调查分析。虾在盐度有5、10、15和钠/ K + 20的比值、40、50、60、70年和90年为20天。结果表明,成活率、生长速率、中虾及酶活性最高,在盐度15虾有较高的成活率、生长速率、及酶活性在钠/ K + 40到50的比值,这表明在一个适当的准备,从土壤水从沿海盐碱地现有的文化的虾。

5、研究人类结直肠癌的肠道菌群。

摘要：多重因素驱动结直肠粘膜从健康到零星癌变的发展,越来越多的证据把肠道内细菌和疾病发生和发展联系起来。因此,本研究的目的是为了提供第一个高分辨率的与人类肠道癌联系起来的肠道菌群生态失调的图谱。为此,结肠肿瘤组织和邻近良性组织被进行了深层rRNA序列比较。结果显示微生物聚集区和在这两个位点之间有明显差异。虽然在内部个别地点CRC患者是可变的,但是都形成了一个适合Coriobacteria和其他益生菌群落,而提出潜在肠道致病菌在肿瘤组织中很少。作为肠道微生物在成人生活基本是稳定的,这些研究结果表明,肠道癌与生理和代谢变化导致细菌变异相关。这些微生物在肿瘤微环境有一个明显的竞争优势,从而似乎取代致病菌可能牵涉到CRC病因。这个第一次探索CRC肠道菌群对于了解整个肠道微生物生态学和零星的CRC间的动态影响提供了重要一步,有可能提供异常肠道菌群重要诊断工具和治疗措施。