肃南县皇城镇野血牦牛复壮改良家牦牛的对比试验
肃南县:扎实开展“肃南牦牛”整群工作
肃南县：扎实开展“肃南牦牛”整群工作
佚名
【期刊名称】《甘肃畜牧兽医》
【年(卷),期】2022(52)11
【摘要】肃南牦牛是肃南县的特色畜种,具有地方品种资源优势。
为进一步做强做大地方优势特色产业,推动肃南县牦牛产业高质量发展,近日,肃南县畜牧兽医服务中心组织专业技术人员在大河乡大岔村开展了“肃南牦牛”核心群整群工作,对符合标准的牦牛进行了体高、体斜长、胸围、管围、体重等指标的测定、登记和耳标佩戴等工作,并建立了档案资料,实行了一畜一卡,做到了测定数据可靠、资料齐全、标记明显。
【总页数】1页(P74-74)
【正文语种】中文
【中图分类】S82
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肃南牦牛群体遗传结构、选择信号分析和ROH检测
中国畜牧兽医 2022,49(8):2992-3005C h i n aA n i m a lH u s b a n d r y &V e t e r i n a r y Me d i c i n e 肃南牦牛群体遗传结构㊁选择信号分析和R O H 检测鲍 麒1,2,3,包鹏甲1,2,3,马晓明1,2,3,吴晓云1,2,3,孟光耀1,2,3,褚 敏1,2,3,曹红梅4,郎建英4,安玉峰4,梁春年1,2,3,阎 萍1,2,3(1.中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,兰州730050;2.农业农村部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室,兰州730050;3.甘肃省牦牛繁育工程重点实验室,兰州730050;4.肃南裕固族自治县畜牧兽医服务中心,肃南734400)摘 要:ʌ目的ɔ试验旨在对肃南牦牛进行群体遗传结构㊁选择信号分析和连续纯合片段(R O H )检测,挖掘肃南牦牛的种质特性相关基因㊂ʌ方法ɔ选择肃南牦牛㊁巴州牦牛㊁斯布牦牛㊁九龙牦牛和天祝白牦牛5个牦牛品种共计48头牦牛进行全基因组重测序,采用基因组变异检测流程(G A T K )获得高质量的单核苷酸多态性(S N P )标记进行下游分析;对5个牦牛品种的基因型数据进行主成分分析㊁祖先成分分析和系统进化树分析以确定其群体结构;对5个牦牛群体进行R O H 检测以及近交系数计算;采用综合单倍型评分(i H S )方法筛选共有高频R O H 区域内受选择位点㊂ʌ结果ɔ5个牦牛品种共鉴定出15092883个S N P s ,主要分布于内含子区域㊂亲缘关系计算结果显示,所有个体均不存在三代以内亲缘关系,满足后续分析要求㊂主成分分析表明,5个牦牛品种可以显著地分为5个类群,其中肃南牦牛群体内遗传变异较小㊂群体结构分析显示,肃南牦牛包含其他4种牦牛祖先成分,其中天祝白牦牛祖先成分所占的比例最大㊂R O H 分析显示,5个牦牛品种共检测到8426个R O H s 片段,其中高频R O H 区域421个㊂相比于其他4个牦牛品种,肃南牦牛的R O H 片段总长度和数目最多,具有较高的连锁程度,其近交系数远大于其他牦牛群体㊂在肃南牦牛高频R O H 区域上注释得到465个候选基因,主要富集到与机体发育㊁大脑形态形成㊁脂肪氧化相关的通路,包括胚胎骨骼系统形态发生㊁前后模式规范㊁甲状腺发育通路和H i p p o 通路,其中与胚胎发育及组织分化过程相关的基因有同源框A 3(H O X A 3)㊁H O X A 5㊁H O X D 3,与肉品质相关的基因有花生四烯酸12B (A L O X 12B )㊁A L O X 15B ㊁A L O X E 3,与中脑发育相关的基因为成纤维细胞生长因子8(F G F 8)㊂在7号染色体1个高频R O H 区域中(C h r 7:12661870-13045935)鉴定到3个共享基因(核内不均一性核糖核蛋白K (HN R N P K )㊁驱动蛋白27(K I F 27)㊁G 激酶锚定蛋白1(G K A P 1))与牦牛共有的高原适应性有关㊂对共有高频R O H 区域内的位点进行i H S 分析,鉴定到的受选择基因主要与抗病性㊁内质网分泌蛋白加工及细胞周期调节相关,包括N -α乙酰转移酶25(N A A 25)㊁内质网分子伴侣29(E R P 29)㊁跨膜蛋白16(TM E M 116)㊁T R A F 型锌指结构域蛋白1(T R A F D 1)㊁H EC T 结构域E 3泛素连接酶4(H E C TD 4)基因㊂ʌ结论ɔ本研究从全基因组水平系统评估肃南牦牛的遗传多样性和遗传背景,鉴定了肃南牦牛R O H 区域内与表型相关的基因,并重点挖掘了与其他牦牛品种共享高频R O H 区域内的受选择基因,为肃南牦牛种质资源开发㊁利用提供了重要理论依据㊂关键词:肃南牦牛;群体遗传结构;连续纯合片段;选择信号中图分类号:S 827.2文献标识码:AD o i :10.16431/j.c n k i .1671-7236.2022.08.015 开放科学(资源服务)标识码(O S I D ):收稿日期:2022-01-17基金项目:国家重点研发计划(2021Y F D 1600200);现代农业(肉牛牦牛)产业技术体系建设专项资金(C A R S -37);中国农业科学院创新工程项目(25-L Z I H P S -01);科技援青合作专项(2020-Q Y -212);甘肃省科技计划资助(20J R 5R A 580)联系方式:鲍麒,E -m a i l :b a o q i n e t w o n @163.c o m ;包鹏甲,E -m a i l :b a o p e n g ji a @c a a s .c n ㊂鲍麒和包鹏甲对本文具有同等贡献,并列为第一作者㊂通信作者梁春年,E -m a i l :c h u n n i a n 2006@163.c o m ;阎萍,E -m a i l :p i n g ya n l z @163.c o m G e n e t i c S t r u c t u r e ,S e l e c t i o n S i g n a l A n a l y s i s a n dR O HD e t e c t i o n o f S u n a nY a kP o pu l a t i o n B A O Q i 1,2,3,B A OP e n g j i a 1,2,3,MA X i a o m i n g 1,2,3,WU X i a o y u n 1,2,3,M E N G G u a n g y a o 1,2,3,C HU M i n 1,2,3,C A O H o n g m e i 4,L A N GJ i a n y i n g 4,A N Y u f e n g 4,L I A N GC h u n n i a n 1,2,3,Y A NP i n g1,2,3(1.L a n z h o u I n s t i t u t e o f H u s b a n d r y a n dP h a r m a c e u t i c a lS c i e n c e s ,C h i n e s eA c a d e m y o f A g r i c u l t u r a l S c i e n c e s ,L a n z h o u 730050,C h i n a ;2.K e y L a b o r a t o r y o f An i m a lG e n e t i c s39928期鲍麒等:肃南牦牛群体遗传结构㊁选择信号分析和R O H检测a n dB r e e d i n g o nT ib e t a nP l a t e a u,M i n i s t r y o f A g r ic u l t u r e a n dR u r a lA f f a i r s,L a n z h o u730050,C h i n a;3.K e y L a b o r a t o r y o f G a n s u f o rY a kB r e e d i n g E n g i n e e r i n g,L a n z h o u730050,C h i n a;4.A n i m a lH u s b a n d r y a n dV e t e r i n a r y S e r v i c eC e n t e r o f S u n a nC o u n t y,S u n a n734400,C h i n a)A b s t r a c t:ʌO b j e c t i v eɔT h ea n a l y s i so f p o p u l a t i o n g e n e t i cs t r u c t u r e,s e l e c t i o ns i g n a l a n a l y s i sa n dR O H d e t e c t i o n w e r e p e r f o r m e dt oS u n a n y a kt oe x p l o r et h e g e n e sr e l a t e dt ot h e g e r m p l a s mc h a r a c t e r i s t i c s o f S u n a n y a k.ʌM e t h o dɔAt o t a l o f48y a k sw e r e c o l l e c t ed f r o mS u n a n y a k,B a z h o uy a k,S i b u y a k,J i u l o n gy a ka n d T i a n z h u W h i t e y a kf o r g e n o m er e s e q u e n c i n g.G e n o m e A n a l y s i s T o o l k i t(G A T K)m u t a t i o nd e t e c t i o n p r o c e s sw a su s e dt oo b t a i nh i g h-q u a l i t y s i n g l en u c l e o t i d e p o l y m o r p h i s m(S N P)f o r d o w n s t r e a ma n a l y s i s.P r i n c i p a l c o m p o n e n t a n a l y s i s,a n c e s t r a l c o m p o n e n ta n a l y s i s a n d p h y l o g e n e t i c t r e e a n a l y s i sw e r eu s e d t od e t e r m i n e t h e p o p u l a t i o ns t r u c t u r eo f5y a kb r e e d s.R O H d e t ec t i o na n di n b r e ed i n g c oef f i c i e n tc a l c u l a t i o no f5y a k p o p u l a t i o n s w e r ec a r r i e do u t.Ac o m p r e h e n s i v eh a p l o t y p es c o r e(i H S)w a su s e dt os c r e e ns e l e c t e ds i t e s i ns h a r e dh i g h-f r e q u e n c y R O Hr e g i o n s.ʌR e s u l tɔB y a n a l y z i n g t h eS N P s i d e n t i f i e d f r o m5y a kb r e e d s,a t o t a l o f 15092883S N P s w e r ei d e n t i f i e d.T h ei d e n t i f i e d S N P s w e r e m a i n l y d i s t r i b u t e di nt h ei n t r o nr e g i o n s.T h e r e s u l t s o f k i n s h i p c a l c u l a t i o n s h o w e d t h a t a l l i n d i v i d u a l s d i dn o t h a v ek i n s h i p w i t h i n3g e n e r a t i o n s,w h i c h m e t t h er e q u i r e m e n t so fs u b s e q u e n ta n a l y s i s.P r i n c i p a l c o m p o n e n ta n a l y s i s s h o w e d t h a t t h e5y a kb r e e d s c o u l d b e s i g n i f i c a n t l y d i v i d e d i n t o5g r o u p s,a n d t h e g e n e t i c v a r i a t i o nw i t h i nt h e S u n a n y a k g r o u p w a s s m a l l.T h e p o p u l a t i o n s t r u c t u r e s h o w e d t h a t S u n a n y a k c o n t a i n e do t h e r4y a k a n c e s t o r s,a m o n g w h i c hT i a n z h uW h i t e y a k a c c o u n t e d f o r t h e l a r g e s t p r o p o r t i o n.R O Ha n a l y s i s s h o w e d t h a t a t o t a l o f8426R O Hf r a g m e n t sw e r e d e t e c t e d i n5y a kb r e e d s,o fw h ic h421w e r e i nh i g h-f r e q u e n c y R O Hr e g i o n s.C o m p a r e dw i t ht h eo t h e r4y a kb r e e d s,S u n a n y a kh a d t h e l a r g e s t t o t a l l e n g t ha n dn u m b e ro fR O H r e g i o n sa n dh a dah i g h e rd e g r e eo fl i n k a g e,a n di t s i n b r e e d i n g c o e f f i c i e n tw a s m u c hl a r g e rt h a nt h a to fo t h e r y a k p o p u l a t i o n s.465c a n d i d a t e g e n e s w e r e a n n o t a t e do nt h eh i g h-f r e q u e n c y R O H r e g i o no fS u n a n y a k,m a i n l y e n r i c h e di n p a t h w a y s r e l a t e d t ob o d y d e v e l o p m e n t,b r a i nm o r p h o g e n e s i s,a n d f a t o x i d a t i o n,i n c l u d i n g e m b r y o n i c s k e l e t a l s y s t e m m o r p h o g e n e s i s,a n t e r i o r a n d p o s t e r i o r p a t t e r n s p e c i f i c a t i o n,t h y r o i dd e v e l o p m e n t p a t h w a y s a n dH i p p o p a t h.A m o n g t h e m,g e n e s r e l a t e d t oe m b r y o n i cd e v e l o p m e n t a n d t i s s u ed i f f e r e n t i a t i o n (h o m e o b o xA3(H O X A3),H O X A5,H O X D3),m e a t q u a l i t y(a r a c h i d o n i c a c i d12B(A L O X12B), A L O X15B,A L O X E3),a n d m i d b r a i nd e v e l o p m e n t(f i b r o b l a s t g r o w t hf a c t o r8(F G F8))w e r e i d e n t i f i e d.I na d d i t i o n,3s h a r e d g e n e s(h e t e r o g e n e o u sn u c l e a r r i b o n u c l e o p r o t e i nK(H N R N P K), k i n e s i n f a m i l y m e m b e r27(K I F27),G k i n a s ea n c h o r p r o t e i n1(G K A P1))w e r e i d e n t i f i e di na h i g h-f r e q u e n c y R O Hr e g i o no n c h r o m o s o m e7(C h r7:12661870-13045935),w h i c hw e r e r e l a t e dt o t h e p l a t e a u a d a p t a t i o n s h a r e d b y y a k.T h e i H S a n a l y s i s o f l o c i w i t h i n t h e s h a r e d h i g h-f r e q u e n c yR O H r e g i o ni d e n t i f i e d s e l e c t e d g e n e st h a t w e r e m a i n l y a s s o c i a t e d w i t h d i s e a s e r e s i s t a n c e, e n d o p l a s m i c r e t i c u l u m-s e c r e t e d p r o t e i n p r o c e s s i n g,a n dc e l lc y c l er e g u l a t i o n,i n c l u d i n g N-a l p h a-a c e t y l t r a n s f e r a s e25(N A A25),e n d o p l a s m i cr e t i c u l u m p r o t e i n29(E R P29),t r a n s m e m b r a n e p r o t e i n16(T M E M116),T R A F-t y p ez i n cf i n g e rd o m a i nc o n t a i n i n g1(T R A F D1)a n d H E C Td o m a i nE3u b i q u i t i n p r o te i n l i g a s e4(H E C T D4)g e n e s.ʌC o n c l u s i o nɔT h i s s t u d y s y s t e m a t i c a l l yi n v e s t i g a t e d t h e g e n e t i cd i v e r s i t y a n d i d e n t i f i e dc a n d i d a t e g e n e s r e l a t e d t o t r a i t so fS u n a n y a ka t t h e g e n o m e-w i d e l e v e l,p r o v i d i n g a n i m p o r t a n t t h e o r e t i c a l b a s i s f o r t h e d e v e l o p m e n t a n du t i l i z a t i o no f S u n a n y a k g e r m p l a s mr e s o u r c e s.K e y w o r d s:S u n a n y a k;p o p u l a t i o n g e n e t i c s t r u c t u r e;R O H;s e l e c t i o n s i g n a l牦牛(B o s g r u n n i e n s)在生物学分类上属于偶蹄目(A r t i o d a c t y l a)牛科(B o v i d a e)牛亚科(B o v i n a e)中国畜牧兽医49卷牛属(B o s),主要分布于青藏高原及其毗邻高山㊁亚高山高寒地区[1]㊂目前,全世界现有牦牛约2200万头,其中95%以上分布在中国[1]㊂据国家畜禽遗传资源品种名录(2021年版),中国牦牛现有18个地方品种以及2个培育品种,主要分布在中国西藏㊁青海㊁甘肃㊁四川等地[2]㊂肃南牦牛是青藏高原型牦牛的地方类群,主要分布于张掖市肃南裕固族自治县,群体数量约6万头㊂肃南牦牛毛色以黑褐色为主,体型外貌上带有野牦牛的特征,是肃南地区唯一在培的牦牛品种㊂从全基因组层面解析肃南牦牛的遗传变异,有助于进一步了解这一品种牦牛的特性以及挖掘经济性状相关的候选基因㊂群体结构的鉴定是群体基因组学的研究基础,探索不同群体之间的系统发育关系㊁聚类分析结果和祖先成分组成,可以了解不同物种的分类地位和分化程度,在群体亲缘关系鉴定㊁物种起源分析㊁种群历史等研究中发挥作用[3-4],为下游分析提供背景信息㊂选择信号(s e l e c t i o ns i g n a l)包括选择性清除和搭车效应,是挖掘与表型相关基因的重要手段[5]㊂随着高通量测序技术成本的不断降低,利用选择信号解析物种之间性状差异的研究日益普遍㊂刘真[6]利用遗传分化指数(F s t)法对短脂尾的蒙古羊和瘦尾的藏羊群体进行选择信号分析,筛选出50个与脂类代谢相关的基因,如过氧化物酶体增生激活受体γ(P P A R G)㊁视黄酸受体γ(R X R G)㊁溶质载体家族27成员2(S L C27A2)㊁酰基辅酶A合成酶长链家族成员6(A C S L6)等㊂S h e n等[7]利用跨群体复合似然比(X P-C L R)㊁F s t和θπ比值(θπr a t i o)方法对延边牛和非洲热带牛的重测序数据进行选择信号分析,筛选出3个与冷适应性相关的候选基因(皮质醇稳定蛋白(C O R T)㊁成纤维细胞生长因子5(F G F5)㊁脂肪酸合酶(C D36)),从基因组层面解析了延边牛的耐寒机制㊂吴林慧等[8]在对恩施黑猪的选择信号研究中发现一系列基因分别与胴体长度㊁精子形成㊁骨骼肌分化和总产仔数相关,包括溶血磷脂酸受体2 (L P A R2)㊁N A D H脱氢酶1α复合体亚基(N D U F A13)㊁肌细胞增强因子2B(M E F2B)和芳烃受体基因(A H R)㊂连续纯合片段(R O H)是指二倍体生物基因组中出现的连续纯合区域[9],能够用来评估家畜近交系数㊁推断种群历史㊁辅助解析某些复杂性状的形成机制[10]㊂F e r e n㊅c a k o v i'c等[11]利用4个家牛(瑞士褐牛㊁德国弗莱维赫牛㊁挪威红牛㊁蒂罗尔灰色牛) S N P数据,基于R O H长度和系谱估计分别计算近交系数F R O H与F P E D,结果发现R O H长度>8和16M B 时估计的F R O H和F P E D接近,且利用F R O H评估各牛种之间近交水平的结果与F P E D评估的结果一致㊂W u 等[12]在对20头皖南黑猪R O H分析中鉴定到1913个R O H s,利用R O H长度计算的平均基因组近交系数为0.5234,呈现高度近交的状态,揭示了皖南黑猪目前出现繁殖性能衰退的原因㊂莫家远等[13]对包括东山猪在内的4个广西地方猪种进行R O H检测,注释的候选基因主要富集在与免疫㊁繁殖和肉品质相关的通路㊂X u等[14]对金华猪群体筛选出的高频R O H区域进行注释,鉴定到与生殖相关的基因(同源框A3(H O X A3)㊁H O X A7㊁H O X A10和H O X A11),肉质相关基因(成肌细胞决定基因1(M Y O D1)㊁脂素家族蛋白3(L P I N3)和β-连环蛋白样蛋白1 (C T N N B L1))㊁食欲相关基因(核连蛋白2(N U C B2))和抗病力相关基因(黏蛋白抗原4(M U C4)㊁M U C13㊁M U C20㊁L e i s h m a n o l y s i n-l i k e肽酶(L M L N)㊁整合素蛋白β5(I T G B5)㊁心脏发育蛋白1(H E G1)㊁溶质载体家族12成员8(S L C12A8)和肌球蛋白轻链激酶(M Y L K))㊂与基因芯片技术相比,全基因组测序检测精度高,对基因组完整度依赖性小,能发现更多单核苷酸多态性(S N P)或稀有位点,因此能找到更短的R O H 片段,有利于检测亲缘关系较远的物种之间的杂合度,避免出现R O H假阳性情况[15]㊂目前,关于肃南牦牛在全基因组范围内的群体遗传结构解析以及功能基因挖掘的研究鲜见报道㊂基于此,本研究对肃南牦牛以及巴州牦牛㊁九龙牦牛㊁斯布牦牛㊁天祝白牦牛4个著名牦牛品种进行10ˑ全基因组重测序,对其进行遗传结构㊁R O H以及选择信号分析,比较不同牦牛之间的异同,以期为肃南牦牛的育种改良工作提供基础信息㊂1材料与方法1.1样本采集、D N A提取与全基因组重测序本研究选择肃南牦牛(S u n a n)㊁巴州牦牛(B a z h o u)㊁九龙牦牛(J i u l o n g)㊁斯布牦牛(S i b u)和天祝白牦牛(T i a n z h u)5个牦牛品种进行全基因组重测序分析㊂样本分别采集于甘肃省肃南裕固族自治县㊁新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州㊁四川省九龙县㊁西藏自治区墨竹工卡县和甘肃省天祝藏族自治县,样本数分别为8㊁8㊁12㊁10和10头㊂所有个体采集颈静脉血液10m L于E D T A抗凝管中,置于-20ħ待测㊂使用E a s y P u r e血液基因组D N A 提取试剂盒(北京全式金生物技术有限公司)提取血样D N A,通过测定A260n m/A280n m比值和1.0%琼脂49928期鲍麒等:肃南牦牛群体遗传结构㊁选择信号分析和R O H检测糖凝胶电泳筛选,检测提取D N A的质量和完整性㊂用C o v a r i s超声波D N A破碎仪将合格的基因组D N A样本随机分成片段㊂对片段D N A进行末端修复,在3'-端加入碱基A连接测序接头,吸附富集后进行P C R扩增形成测序文库㊂构建好的文库在B G I S E Q-500平台进行测序㊂测序得到的原始图像数据通过B G I S E Q-500B a s eC a l l i n g软件转换为原始数据,以F A S T Q文件格式存储㊂1.2全基因组序列比对及变异检测使用T r i m m o m a t i c[16]对原始读长(r a wr e a d s)进行质控,去除适配器序列㊁污染和低质量r e a d s,将高质量的r e a d s与最新的牦牛参考基因组(G C A_ 005887515.1)比对得到S AM文件(S e q u e n c e A l i g n m e n tM a p)㊂使用S AM t o o l s(v1.9)将S AM 文件排序并转换为二进制格式(B AM)[17]㊂对上游得到的每个样本的B AM文件采用G A T K v4.1.8.0进行S N P鉴定,采用M a r k D u p l i c a t e s㊁H a p l o t y p e C a l l e r和S e l e c t V a r i a n t s模块获取S N P 的原始文件[18]㊂通过V a r i a n t F i l t r a t i o n模块,设置 Q U A L<30.0㊁Q D<2.0㊁F S>60.0㊁MQ<40.0㊁H a p l o t y p e S c o r e>13.0 的过滤条件,对上游得到的初始V C F文件执行硬过滤,最终得到含有高质量S N P的V C F文件㊂采用s a m t o o l s f l a g s t a t[17]命令计算每个样本的统计信息,包括平均覆盖率㊁原始读长计数㊁映射读长和正确配对的读长比率㊂考虑到基因型数据的低等位基因频率以及性别因素可能会影响后续的分析,使用P L I N Kv1.9[19]剔除最小等位基因频率(MA F s)<0.05㊁个体检出率<0.95㊁S N P检出率<0.99㊁无染色体分配和性染色体上的S N P,参数设置为 --m a f0.05--m i n d0.05--g e n o0.01--c h r1-29 ㊂1.3群体基因组学分析基于S N P信息,采用P L I N K进行主成分分析(P C A)以确定群体间的遗传结构㊂P C A的可视化基于R包g g p l o t2完成㊂使用A D M I X T U R E软件[20]中最大似然估计方法进行祖先成分分析,最佳K值的确定参考E v a n n o等[21]的方法㊂采用P L I N K软件过滤强连锁S N P位点(--i n d e p-p a i r w i s e5010 0.3),随后构建遗传距离矩阵,使用脚本转换为M E G A格式后采用邻接法构建系统进化树㊂1.4亲缘关系系数计算为了消除亲缘关系较近的样品对下游分析的影响,采用K I N G软件[22]计算两两个体之间的亲缘关系系数,剔除存在三代以内亲缘关系的个体,即关系判断阈值>0.0442的样本㊂亲缘关系矩阵可视化使用R包c o r r p l o t完成㊂1.5连锁不平衡分析采用P o p L D d e c a y软件[23]计算每个品种的连锁不平衡(L D)程度,并使用软件自带的P l o t_ M u l t i P o p.p l脚本绘制L D衰减曲线图㊂1.6R O H分析及近交系数计算每个个体的R O H使用P L I N K软件计算,参数设置为 --h o m o z y g--h o m o z y g-d e n s i t y50--h o m o z y g-g a p100--h o m o z y g-k b300--h o m o z y g-s n p 50--h o m o z y g-w i n d o w-h e t3--h o m o z y g-w i n d o w-s n p50--h o m o z y g-w i n d o w-t h r e s h o l d0.05 ㊂对得到的R O H数量和长度进行统计和分类,使用G r a p h P a d P r i s m8.0软件进行展示㊂参考M c q u i l l a n等[24]方法计算近交系数(F R O H),计算公式为:F R O H=常染色体上R O H片段长度之和/常染色体总长度之和㊂将各自群体内检测到R O H的S N P进行频次统计,以频率T o p5%的S N P定义为高频S N P,将其构成的R O H区域作为高频R O H区域㊂使用s n p E f f和B E D t o o l s对各品种高频R O H区域进行基因注释,并对定位到的基因及重叠基因分别进行G O功能和K E G G信号通路富集分析㊂1.7选择信号分析和候选基因定位R O H的形成受到自然选择和人工选择的影响,检测R O H片段中位点的选择强度可能会鉴定到与表型相关的关键基因[12]㊂采用r e h h包[25]分别计算各高频R O H区域内S N P的综合单倍型评分(i H S),将i H S评分T o p1%的位点定义为强受选择位点㊂针对i H S法得到的受选择位点,使用1.6的方法对其进行注释筛选出候选基因㊂为了缩短计算时间,使用R包p a r a l l e l进行并行计算㊂2结果2.15个牦牛群体变异检测结果本研究对巴州牦牛㊁九龙牦牛㊁斯布牦牛㊁肃南牦牛以及天祝白牦牛共48个样本进行重测序,共获得816G高质量数据,平均每个样本获得了17G的数据,平均测序深度为7.14ˑ㊂将高质量测序数据比对到参考基因组之后,平均比对率为98.864%㊂为了进行后续群体遗传分析,对5个群体一同进行S N P变异检测,经过滤后得到15092883个S N P 位点㊂此外,5个群体S N P的注释结果显示,各牦牛群体中的S N P位点分布相似,主要都位于内含子区域,其次是基因间区㊁基因下游区域㊁基因上游区域㊁外显子区域,平均占比分别为51.47%㊁37.96%㊁4.57%㊁4.49%㊁1.09%(表1)㊂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`H .B #"/#.,I Z [a b A F J 4%B "#&3/#.#A &",&.B 68=<<8566@=65>668==;6@8>;;866=;7>=Z [c b A F N )O .%B "#&3/#.#A &",&.B667@6=766>7>?=666556@6@8?6>=66?8@7<Z [`=H .B #"/#.,I "#/,).?78;657?56?<6??>8==<86875;5@8??8=66?(''&8期鲍麒等:肃南牦牛群体遗传结构㊁选择信号分析和R O H检测2.2牦牛群体结构分析对5个地方牦牛群体进行主成分分析㊁亲缘关系分析㊁群体祖先成分分析和系统进化树分析的结果见图1㊂由图1可知,5个牦牛群体按照第一主成分(2.5397%)和第二主成分可以区分开(1.8990%),说明5个群体间没有杂交现象,与品种所处的地理位置相符合㊂除肃南牦牛群体内较为聚集外,其他4个牦牛品种群体内较分散(图1A)㊂亲缘关系结果显示,5个牦牛群体内亲缘关系较低,关系判断阈值均<0,不存在三代以内亲缘关系的个体,满足后续分析的要求(<0.0442)(图1B)㊂祖先成分分析显示,最佳分群数为4群;K=2时,巴州牦牛首先被鉴定出来,肃南牦牛与天祝白牦牛祖先成分相似; K=3时,巴州牦牛㊁九龙牦牛㊁天祝白牦牛可以明显区分;K=4时,肃南牦牛拥有其他4个牦牛祖先成分,且天祝白牦牛祖先成分所占比例最高(图1C)㊂系统进化树显示,巴州牦牛㊁九龙牦牛㊁斯布牦牛㊁肃南牦牛和天祝白牦牛群体各自聚集在一个分支上,肃南牦牛聚集在进化树一端,其他4个牦牛品种集中在进化树另一端(图1D)㊂A,5个牦牛群体的主成分分析;B,5个牦牛群体的亲缘关系鉴定;C,祖先成分分析;D,系统进化树A,P r i n c i p a lc o m p o n e n ta n a l y s i s o ff i v e y a k p o p u l a t i o n s;B,G e n e t i c r e l a t i o n s h i p i d e n t i f i c a t i o n o ff i v e y a k p o p u l a t i o n s; C,A n c e s t r a l c o m p o n e n t a n a l y s i s;D,P h y l o g e n e t i c t r e e图1群体基因组学分析F i g.1P o p u l a t i o n g e n o m i c s a n a l y s i s2.3L D分析为了评估不同牦牛群体的L D情况,采用P o p L D d e c a y分别计算各个群体的成对r2值,用于衡量L D水平(图2)㊂L D分析显示,5个牦牛L D 衰减的顺序为:九龙牦牛>斯布牦牛>天祝白牦牛>巴州牦牛>肃南牦牛㊂7992中国畜牧兽医49卷图2L D分析F i g.2L i n k a g e d i s e q u i l i b r i u ma n a l y s i s2.4R O H基本统计及基因组近交系数结果在5个牦牛品种中共检测到8426个R O H s,不同群体R O H数量和长度高度相关,介于0.98~ 0.99之间(图3A)㊂按照R O H长度进行分类,可将R O H分为3类(0~0.5M b;0.5~1M b;>1M b), R O H数目在0~0.5M b大小的占绝大部分,其次是0.5~1M b的R O H㊂肃南牦牛㊁天祝白牦牛㊁巴州牦牛㊁九龙牦牛和斯布牦牛分别存在26㊁4㊁3㊁1和1个>1M b的R O H(图3B)㊂每条染色体都有R O H分布,高频R O H主要位于22㊁16㊁4㊁2和9号染色体(图3C)㊂所有品种中R O H平均长度最长为肃南牦牛(133.33M B),最短为天祝白牦牛(52.02M b)㊂R O H数量和高频R O H数量排序为:肃南牦牛>九龙牦牛>天祝白牦牛>巴州牦牛>斯布牦牛;平均近交系数排序为:肃南牦牛>巴州/九龙牦牛>天祝白牦牛>斯布牦牛(表2)㊂A,群体内每头个体R O H总数目与R O H总长度的散点图;B,短㊁中和长片段R O H数量直方图;C,不同染色体R O H分布直方图A,S c a t t e r p l o t o f t h e t o t a l n u m b e r o fR O Ha n d t h e t o t a l l e n g t h o f e a c h i n d i v i d u a l i n t h e p o p u l a t i o n;B,H i s t o g r a mo f t h e n u m b e r o f s h o r t,m e d i u ma n d l o n g R O H;C,H i s t o g r a mo f t h en u m b e r o fR O Ho nd i f f e r e n t c h r o m o s o m e s图3R O H分析F i g.3R O Ha n a l y s i s89928期鲍 麒等:肃南牦牛群体遗传结构㊁选择信号分析和R O H 检测表2 R O H 和近交系数统计T a b l e 2 R O Ha n d i n b r e e d i n g nu m b e r s t a t i s t i c s 种群P o p o u l a t i o n s 样本数S a m p l e s R O H s高频R O H s数量H i gh f r e q u e n c yR O H sR O H 平均长度A v e r a g e l e n gt h o fR O H /M bR O H 总体特征G e n e r a l c h a r a c t e r i s t i c s o fR O H近交系数F R O H平均值ʃ标准差M e a n ʃS D 范围I n t e r v a l 平均值ʃ标准差M e a n ʃS D范围I n t e r v a l 巴州牦牛B a z h o u 812856561.89160.63ʃ48.32122~2800.023ʃ0.0080.017~0.043九龙牦牛J i u l o n g 1219819961.90165.08ʃ25.77121~2040.023ʃ0.0040.017~0.029斯布牦牛S i b u1012266146.05122.60ʃ28.1095~2020.018ʃ0.0050.015~0.031肃南牦牛S u n a n82573128133.33321.63ʃ37.24248~3880.049ʃ0.0070.037~0.063天祝白牦牛T i a n z h u1013616852.02136.10ʃ33.92115~2340.019ʃ0.0050.015~0.0332.5 高频R O H 区域基因注释与富集分析对高频区域内S N P 进行注释,其中巴州牦牛㊁九龙牦牛㊁斯布牦牛㊁肃南牦牛和天祝白牦牛分别定位到58㊁73㊁52㊁465和35个基因,其中包含核内不均一性核糖核蛋白K (HN R N P K )㊁驱动蛋白27(K I F 27)㊁G 激酶锚定蛋白1(G K A P 1)等3个重叠基因,均位于7号染色体㊂对肃南牦牛筛选出的候选基因进行富集分析,以Q -v a l u e <0.05作为筛选条件,结果显示肃南牦牛富集到17条G O 条目(R N A 聚合酶对转录的负调控Ⅱ㊁A T P 结合㊁胚胎骨骼系统形态发生㊁脂肪氧合酶通路等)和2条K E G G 信号通路(N o t c h 信号通路和H i p po 信号通路)(表3)㊂此外,对3个重叠基因的富集分析结果显示,这些基因参与了16个G O 条目和3条K E G G信号通路,包括基因表达调控㊁细胞连接㊁胰岛素受体信号通路的正调控㊁体元投射通路等(图4)㊂表3 肃南牦牛候选基因的富集分析结果T a b l e 3 R e s u l t s o f e n r i c h m e n t a n a l y s i s o f c a n d i d a t e g e n e s o f S u n a n y a k 条目T e r m sI D P 值P -v a l u e Q 值Q -v a l u e N o t c h 信号通路N o t c hs i g n a l i n gp a t h w a y b t a 043300.0001630.0145H i p p o 信号通路H i p p o s i g n a l i n gp a t h w a yb t a 043900.0007800.0412核浆N u c l e o p l a s m G O :00056548.15E -181.64E -14细胞液C yt o s o l G O :00058293.88E -103.90E -07R N A 聚合酶对转录的正向调控ⅡP o s i t i v e r e g u l a t i o no f t r a n s c r i p t i o nb y R N A p o l y m e r a s eⅡG O :00459442.31E -091.55E -06细胞质C y t o p l a s m G O :00057374.88E -092.45E -06细胞核N u c l e u sG O :00056341.88E -087.57E -06R N A 聚合酶对转录的负调控ⅡN e g a t i v e r e g u l a t i o no f t r a n s c r i p t i o nb y R N A p o l y m e r a s eⅡG O :00001229.89E -083.31E -05D N A 结合D N Ab i n d i n g G O :00036773.09E -078.86E -05相同的蛋白结合I d e n t i c a l p r o t e i nb i n d i n gG O :00428028.73E -070.000211A T P 结合A T Pb i n d i n gG O :00055249.48E -070.000211D N A 结合转录激活因子活性,R N A 聚合酶Ⅱ特异性D N A -b i n d i n g t r a n s c r i p t i o na c t i v a t o r a c t i v i t y ,R N A p o l y m e r a s eⅡ-s pe c if i c G O :00012284.55E -060.0009149992中 国 畜 牧 兽 医49卷续表条目T e r m sI D P 值P -v a l u e Q 值Q -v a l u e 胚胎骨骼系统形态发生E m b r y o n i c s k e l e t a l s y s t e m m o r p h o g e n e s i s G O :00487042.49E -050.00417脂肪氧合酶通路L i p o x y g e n a s e p a t h w a y G O :00193723.33E -050.00514甘油三酯脂肪酶激活T r i g l y c e r i d e l i p a s e a c t i v i t y G O :00048064.78E -050.00686前/后模式规范A n t e r i o r /p o s t e r i o r p a t t e r n s p e c i f i c a t i o n G O :00099526.82E -050.00861甲状腺发育T h y r o i d g l a n dd e v e l o p m e n t G O :00308786.86E -050.00861转录抑制因子复杂物T r a n s c r i p t i o n r e p r e s s o r c o m pl e x G O :00170537.41E -050.00876金属离子结合M e t a l i o nb i n d i n gG O :00468728.70E -050.00971图4 重叠基因富集分析结果F i g .4 E n r i c h m e n t a n a l y s i s r e s u l t s o f o v e r l a pge n e 2.6 选择信号分析为了解高频R O H 区域受到的选择作用,采用基于单体型(h a p l o t y p e )的i H S 方法对5个牦牛群体共有的高频R O H 区域进行选择信号检测,结果显示,候选基因主要定位在16号染色体3个高频R O H 区域上(C h r 16:64780362-65091013;C h r 16:75041712-75388110;C h r 16:68520840-68824137)㊂N -α乙酰转移酶25(N A A 25)在每个品种基因组上都筛选出来(图5)㊂巴州牦牛基因组上筛选到内质网分子伴侣29(E R P 29)㊁跨膜蛋白16(T M E M 116)㊁T R A F 型锌指结构域蛋白1(T R A F D 1)(图5A ),斯布和肃南牦牛基因组上筛选到E R P 29㊁TM E M 116(图5C ㊁5D )㊂天祝白牦牛基因组上除了N A A 25和T R A F D 1外,还筛选到H E C T 结构域E 3泛素连接酶(H E C T D 4)(图5E )㊂00038期鲍 麒等:肃南牦牛群体遗传结构㊁选择信号分析和R O H检测A~E ,分别代表巴州牦牛㊁九龙牦牛㊁斯布牦牛㊁肃南牦牛和天祝白牦牛共享高频R O H 区域i H S 分析A -E ,T h e i H Sa n a l y s i s i n s h a r e dR O Hi s l a n d s o fB a z h o u ,J i u l o n g ,S i b u ,S u n a na n dT i a n z h u W h i t e y a k ,r e s p e c t i v e l y 图5 5个牦牛群体共有高频R O H 区域i H S 分析F i g .5 i H S a n a l y s i s i n s h a r e dR O Hi s l a n d s o f f i v e y a k p o pu l a t i o n s 3 讨 论3.1 5个牦牛品种群体结构分析肃南牦牛是肃南地区在培的牦牛品种,其与国内其他牦牛品种之间的分化程度㊁分类地位以及进化历史尚不清楚,群体基因组学研究有助于在基因组水平解决这个问题㊂相比于其他牦牛群体,肃南牦牛群体内部存在最小的变异幅度,可能是因为肃南牦牛由于种质资源开发时间较晚与地理环境原因,因此其变异幅度较小㊂肃南牦牛与其他牦牛群体在基因组水平上差异较大,其在系统发育树分支长度远长于其他4个牦牛品种㊂祖先成分分析能够推断每个材料的基因组变异来源于假设亚群的可能性[20]㊂肃南牦牛包含了其他4种牦牛群体祖先血统,这可能与肃南牦牛培育及改良过程中引入其他牦牛品种优良个体有关,这也与前期文献报道的一致[26]㊂在各个成分中,其包含天祝白牦牛祖先成分的比例最大,表明肃南牦牛群体与天祝白牦牛群体存在广泛交流,这也与二者所处的地理位置较近相符合[26-27]㊂根据变异程度㊁进化距离和祖先成分推断,肃南牦牛可能是在长期外部交流下产生的一个独特类群,与地理距离最近的天祝白牦牛交流广泛㊂3.2 R O H 分析家畜经过较强人工选育后,会导致特定区间纯和度的增加,使得群体内R O H 富集的频率增加,基因组多样性也随之降低[28]㊂对5个品种的R O H 分类显示,牦牛R O H 片段普遍较短(<2M b),统计发现0~0.5M b 的R O H 数目最多,其次是0.5~1M b 片段,说明小片段R O H 对整个基因组的近交贡献最大㊂相比于其他4个牦牛品种,肃南牦牛的R O H 片段总长度和数目最多,其原因可能是肃南牦牛经过高度的近交选育,核苷酸多样性最低㊂近交会增加纯和等位基因频率,从而增加R O H 的长度和数量,因此R O H 也常被用来评估家畜群体的近交配程度[10]㊂本研究计算结果显示肃南牦牛平均近交系数要高于其余4个牦牛群体,其原因可能与其育种模式有关,即使用有限数量的高品质公牛作为父本进行人工授精,造成群体的近交水平的显著增加㊂由于L D 状态受到家畜近交水平的影响,驯化程度越高,选择强度越大的群体,L D 衰减越慢[10]㊂肃南牦牛和巴州牦牛相对其他3种牦牛具有较高的连锁程度,这可能与其受到较强的选择强度有关的,这同样解释了肃南牦牛群体具有较高近交水平的结果㊂肃南牦牛高频R O H 区域注释到465个候选基因,富集到22条显著通路,其中胚胎骨骼系统形态发生㊁前后模式规范㊁甲状腺发育通路与机体发育和1003中国畜牧兽医49卷大脑形态形成有关,且参与3条通路的主要为同源异形盒(H o m e o b o x,H O X)基因家族成员(H O X A3㊁H O X A5㊁H O X D3)㊂H O X蛋白是一种转录因子,在胚胎发育过程参与组织分化过程[29]㊂此外研究还发现H O X家族成员与毛囊形成和毛发生长密切相关,参与调控角蛋白和角蛋白关联蛋白的表达,维持毛囊正常形态等[30]㊂甲状腺发育通路包含F G F8基因,该基因与中脑发育有关,在肢体发育的诱导㊁启动和维持中起作用[31-32],且有研究显示F G F8在小鼠表皮中过表达会抑制毛囊的发育[33]㊂H O X A3㊁H O X A5㊁H O X D3和F G F8这4个基因可能参与调控肃南牦牛毛发生长过程,值得进一步研究㊂脂肪氧合酶通路包含4个基因,其中3个为脂氧合酶(L O X)基因家族成员编码基因(A L O X12B㊁A L O X15B㊁A L O X E3),该家族主要参与氧化不饱和脂肪酸如花生四烯酸等特定的过氧化物[34]㊂研究显示添加花生四烯酸会影响动物肉类的适口性[35],该类基因可能与肃南牦牛肉品质有关㊂参与显著通路的基因主要以基因家族的形式出现,这一特点可能与肃南牦牛品种培育过程中特定功能的强化有关㊂另外还富集到一条H i p p o通路,该通路最初在果蝇中被发现,被认为是一种保守的信号通路,在控制器官大小㊁限制细胞增殖和诱导细胞凋亡方面发挥着重要作用[36],可能与肃南牦牛机体发育有关㊂对各高频R O H区域筛选的候选基因取交集,发现HN R N P K㊁K I F27㊁G K A P13个基因在5个牦牛品种中是共享的,均位于7号染色体1个高频R O H区域中(C h r7:12661870-13045935)㊂对共享基因的富集分析结果显示,3个基因参与了胰岛素受体信号通路的正调控通路㊂B a o等[37]研究表明胰岛素相关通路是牦牛能够适应高原环境的主要调节机制之一,胰岛素的动态调节有助于高原动物更好地利用能量,抵御恶劣的自然环境㊂参与脑室系统开发通路的K I F27是哺乳动物中C O S2的同源基因之一,其功能是作为H e d g e h o g信号通路的调节因子,参与胚胎期发育㊁组织修复㊁器官形成等过程[38],也有小鼠上的研究证明该通路在低氧条件下肺血管重建过程中发挥作用[39]㊂HN R N P K是一种对细胞周期有广泛影响的R N A结合蛋白㊂小鼠研究中发现,血红素氧合酶的破坏可能增强h n R N P K介导的蛋白翻译抑制,进而削弱β-c a t e n i n/h n R N P K调控的基因表达,这是协同肺修复和再生所必需的[40]㊂相比平原地区的牛,牦牛生活在高原低氧极端环境中,其肺部结构发生了一系列适应性变化,如牦牛的囊状期较短,肺泡期较长,肺脏发育时间较早等[41],推测h n R N P K基因与牦牛低氧气浓度影响下的肺功能修复过程有关㊂本研究鉴定的3个共享基因可能通过胰岛素代谢㊁肺血管重建和肺功能修复途径参与高原适应性的调节,这一结果有助于解析牦牛高原适应性进化的分子机制和遗传原理㊂3.3受选择基因分析i H S统计量可以灵敏地检测正选择信号及近期选择,可用来揭示选择信号背后的功能基因[42]㊂本研究用i H S方法对共有高频R O H区域内的位点进行选择信号分析,发现5个牦牛16号染色体上3个高频R O H区域(C h r16:64780362-65091013;C h r16:75041712-75388110;C h r16:68520840-68824137)内部分S N P受到强烈选择,这3个相邻区段可能是5个牦牛品种在染色体序列发生不断重组的进化过程中保留下来的受选择热点区域㊂注释结果显示,该区段得到5个不同的基因(N A A25㊁E R P29㊁T M E M116㊁T R A F D1㊁H E C T D4),这些基因部分或全部牦牛品种中检测到,可能与滑动窗口和步长的大小设置有关㊂N A A25在每个品种中都鉴定出,该基因编码N-端乙酰转移酶B复合体(N a t B)的辅助亚基,能够乙酰化蛋氨酸残基,可能在正常细胞周期进程中起作用[43]㊂除九龙和天祝白牦牛外,E R P29在其他牦牛都鉴定出,该基因编码蛋白是内质网腔内的一种驻留蛋白,参与内质网分泌蛋白的加工过程[44]㊂T M E M116在巴州牦牛㊁斯布牦牛和肃南牦牛上鉴定出,该基因编码蛋白属于跨膜蛋白(T M E M)家族,与细胞间㊁细胞内的信号传导㊁免疫相关疾病相关[45]㊂T R A F D1在巴州牦牛和天祝白牦牛中鉴定出来,该基因负向调控人类和哺乳动物的T o l l样受体(T L R)和R I G-Ⅰ样受体(R L R)信号转导[46]㊂T L R介导的信号通路与免疫反应中病原体的消除㊁获得性免疫体系的建立有关[47]㊂R L R是识别胞浆中病毒R N A的主要受体,在抵抗病毒感染的过程起关键作用[48]㊂T M E M116㊁T R A F D1受到强烈选择可能与牦牛品种良好的抗病性有关㊂在天祝白牦牛中鉴定到H E C T D4,该基因在人上可能编码E3泛素蛋白连接酶[49]㊂其在牦牛中的作用尚不清楚,需要进一步的验证㊂本研究受选择分析中显著位点集中在16号染色体3个相邻区段上,推测是由于牦牛之间分化程度较低,牦牛共有高频R O H区段内位点受2003。
坚持牦牛杂交改良,发展牧区经济
坚持牦牛杂交改良,发展牧区经济
左学明;袁有清
【期刊名称】《中国牦牛》
【年(卷),期】1990(000)004
【总页数】2页(P39-40)
【作者】左学明;袁有清
【作者单位】不详;不详
【正文语种】中文
【中图分类】S823.3
【相关文献】
1.利用野血牦牛杂交改良本地牦牛后代生长发育指标的测定 [J], 本国俊;东洪亮
2.用野血牦牛杂交改良甘南牦牛试验 [J], 郭淑珍;李保明;杨非;扎考;张红霞;郝恩茂;马俊清;刘俊余;杨振宇
3.用3/4和1/2野血牦牛杂交改良甘南牦牛试验 [J], 郭淑珍;李保明;杨非;扎考;张红霞;马俊清;杨振宇;刘俊余
4.肃南牦牛导入野牦牛杂交改良试验观察 [J], 张发慧
5.野牦牛冻精与家牦牛杂交改良试验 [J], 张成祥
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高寒牧区野、家牦牛杂交试验效果分析
ｍｍ， 每年刮西北 大风 日数 ３ ～４ ， ０ ０ｄ 主要 出现 在 行显著性分析。
３ 测 定 结 果
３ １ 体 形外貌 ．
２ 材料 与 方 法
２ １ 试验 牛 ．
试验 组犊 牛体 形 外 貌 一致 ， 毛色 黑 褐 色 ， 角 ， 有 明显 的特 征是 嘴端全 部 为灰 白色 ， 甲比本地 牛高 ， 鳍 少数 受母 体影 响 ， 毛色随母 体 ， 无角 ， 体格 发育 良好 ，
３ 讨 论 与 总 结
１．３ ， ９３ ｇ 比传 统 的 阉割 方 式 （ ５ ６ ｇ 提 高 １． ３ ｋ ）
２． ； ０６ 实验组全期平均 日增重 比传统方式 阉割提 实 验表 明 ， 出生仔 猪 ７日龄 施行 阉割 ， 对 手术简 高 ２． 。雄 性仔 猪 ７日龄 阉割值得 推广 。 ０６
体格大、 肉量多、 产 抗逆性强 的特点， 与家牦 牛杂交 ２ ３ 测定 方 法 ． 以提高生产性能， 达到提纯复壮的 目的， 取得 了良好 的经济社会效益 。
出生犊 牛 的 体尺 体重 在 出生 当 日测 定 ， 周岁 及 １５周 岁体 尺体重 均 在早晨 空腹称 重测 定 。 Ｉ
，
对 照组平均 体重分 别 为 １．７ 和 １． １ ， ３０ ２ ９ 分 增加 １．９ ， ３４ 母犊牛提高 １．８／ 试验组公犊平均 ７８ ； ９ ６
２０ 母犊 １８ 公犊 牛平 均体 别增加 ８ ５ 和 ６８ ； 验组 公 犊 牛平 均 体 高 比 体高 增加 １．４ ， 增 加 １．９ ； ．７ ．９ 试 对照组 增加 ４９ ， 犊提 高 ４ ５ ６公 犊平 均体 长 长增 加 ９９ ， 增加 ９４ ， 犊 平 均胸 围增加 ．１／ 母 ９ ６ ．７／； ９ ．１／ 母犊 ９ ６ ．Ｏ／ 公 ９ ６ 增加 ６ ２ ， 犊 增 加 ６ ５９ ； 犊 平 均 胸 围增 加 ６８ ， ．０ 母 ． ０／ 公 ６ ．９ 母犊增加 ９０ ， ． ２／ 差异均极显著 （ ＜００） ９ ５ Ｐ ．１ 。 ５８ ， 增加 ５ ５ ， ．２ 母犊 ．４／ 差异 均 极 显著 （ ０Ｏ ） 见表 １ ９ ６ Ｐ＜ ．１ ， 。
导入外血对本地牦牛复壮的效果分析
第 ３ 卷第 ５ ２ 期
２ ０ 年 ９月 ０６
中国牛 业科学
Ｃｈ ｎ ａ ｔｅ Ｓ ｉ ｎ ｅ ｉ ａ Ｃ ｔ ｌ ｅｅ ｃ
Ｖｏ１ ３ Ｎｏ． ．２ ５ Ｓｐ． ２０ ｅｔ ０６
文章编号 ：０ １９ １ （ ０ ６０ —０ ８０ １０ — １１ ２ ０ ）５０ ２ —２
收 稿 日期 ：０ ６０— ４ ２ ０ —４０
作者 简介 ： 张予辉 （９１ ， ， １７ 一）男 新疆和静人 ， 助理兽医师 ， 主要从事畜牧兽 医工作 。
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第５ 期
张予辉等： 导入外血对本地牦牛复壮的效果分析
２ ９
２ ２ 牦牛 的 成活 率 、 形 率与 发病 率 ． 畸
壮， 结果表 明： 同等条件下导入外血组犊牛生长发育明显加快 ， 抵抗力加强、 成活率、 畸形率都有 很 大的提 高， 以 达到复 壮耗 牛群体 的 目的 。 可
关键 词 ： 牦牛 ； 导入 外血 ； 复壮
中图分类号 ：８ ３ ２ ￥ ２ ． 文献标识码 ： Ａ
新疆兵团农 ２ ２３团地处天 山南麓 、 师 ２ 焉耆盆 地北部 ， 属中温带大陆性干燥气候， 具有夏热、 冬冷、 春暖、 秋凉四季分明的气候特点。干燥少雨 ， 日照充 足， 无霜 期长 ， 年 以温和 气 候 为主 。２３团有 着辽 全 ２ 阔的山区牧场 ， 其中大 多是海拔 ２８０ｒ ０ ｎ以上的高 寒山区牧场， 放牧着三十多年前从西藏引入的牦牛
２ 。 品种退化 已成为我团春季耗牛犊死亡率上升的 重要原因之一 。目前 ， 在生产实践中， 通过导入野牦 牛血是复壮牦牛的主要措施［ 。为了防止耗牛的 １ ｑ］
进一步退化 ， 提高生产性能， 进而提高畜牧业整体效 益 及牧 民群 众 的生 产 、 活水平 ， 到复壮 耗牛 群体 生 达 的 目的， 近几年 ２３团从甘肃省天祝白牦牛场、 ２ 青海
大通牦牛改良当地牦牛效果观察
大通牦牛改良当地牦牛效果观察雷有鹏;保善科;马俊贵【期刊名称】《草食家畜》【年(卷),期】2012(000)001【摘要】Haibei Reign Branch Township, which had just Chajiermeng Datong yak yak Efficacy trials of local improvements, improved offspring body size, body mass index and meat productivity was significantly higher than the local yak, the t test, the difference was significantly （P〈0.01）.%摘要：青海海北州牧科所在刚察吉尔孟乡进行了大通牦牛改良当地牦牛效果观察试验，改良后代的体尺、体重指标和产肉性能明显高于当地牦牛，经t检验，差异极显著（P〈0．01）。
【总页数】2页(P38-39)【作者】雷有鹏;保善科;马俊贵【作者单位】青海省海北州牧科所,青海西海镇810200;青海省海北州牧科所,青海西海镇810200;青海省海北州牧科所,青海西海镇810200【正文语种】中文【中图分类】S813.22【相关文献】1.肃南县牦牛导入大通牦牛血液复壮改良技术试验 [J], 王娅波2.用1/4野血牦牛改良当地牦牛效果初探 [J], 常明华3.大通牦牛改良地方牦牛效果观察 [J], 樊凤霞;骆正杰4.大通牦牛改良青海环湖型牦牛效果分析 [J], 柴顺仓;康延珍;王雪祯;陈翠琼5.大通牦牛杂交1代和当地杂种牦牛外形体尺性状比较研究 [J], 李生辉因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
甘肃省肃南县皇城地区包虫病流行病学调查与防治对策
甘肃省肃南县皇城地区包虫病流行病学调查与防治对策作者：牛鸣朱金德蔺军牛卫东裴刚来源：《中国医药科学》2011年第24期[摘要] 目的了解肃南县皇城镇包虫病流行现状，为制定预防控制对策提供基数资料。
方法根据卫生部《2006-2015年全国重点寄生虫病防治规划》和《甘肃省包虫病病情基线调查方案》的要求进行调查。
结果皇城镇人群患病率为0.953%（38/3989）；儿童血清学检测阳性率1.80%（11/611）；犬粪抗原检测阳性率5.15%（32/621）；家畜感染率22.91%（115/502）。
结论皇城镇人群患病率高，与当地特殊的自然环境和生活习惯等因素有关，应进一步强化包虫病的防治工作。
[关键词] 包虫病/棘球蚴病；流行病学调查；皇城；肃南[中图分类号] R532.32 [文献标识码] C [文章编号] 2095-0616（2011）24-115-02肃南县是全国唯一的裕固族自治县，其最东端的皇城镇，因独特的地理和人文环境，丰富的野生动物资源，大量牧养家畜及庞大数量的家犬等构成该地区包虫病传播流行的有利条件。
据报道，该地区的牲畜牦牛和羊棘球蚴的感染率在75.51%和87.17%，犬的感染率为26.67%[1]，但迄今尚无系统全面的人群棘球蚴病流行情况的调查资料。
为了解现阶段皇城镇包虫病的流行状况及流行因素，掌握流行动态，探索并制订适合皇城镇包虫病防治的对策，皇城镇中心卫生院与肃南县疾病预防控制中心于2010年，承担了“中央补助地方公共卫生专项资金包虫病防治项目”，对皇城地区开展了包虫病的流行病学现况调查，现将调查结果分析如下。
1 资料与方法1.1 调查点基本情况肃南县由三块不连片的地域组成，东部皇城镇为一块独立的区域，是一块与肃南县的主体区域不相毗连的“飞地”，距肃南县城东南325千米处，位于祁连山东段北坡，其南部为冷龙岭山地，北部为盖掌大板山地，东连天祝藏族自治县，西接山丹军马场。
海拔2 500～5 254米，属湿润山地草原气候，年平均气温1～2℃，水资源丰富，草木繁茂，属草甸草场草原，东西长约95千米，南北宽约72千米，草原总面积3 972平方千米。
久治县含野血牦犊牛与当地同龄牦犊牛体尺的比较研究
摘 要： ４ 对 ７头周岁含野血牦犊牛和 ２ １头当地同龄牦犊牛进 行了体尺测定 ， 结果 ： 一岁含野血牦犊牛平 均体 高 ９ ．０ ｍ， 均体长 ９ ．０ ｍ， 均胸 围 １７ ｍ， 均 管 围 １． ０ ｍ， 均 活重 ９ ． ０ ｇ 一 岁 当地 牦犊 牛平 均 体高 ０２ｃ 平 ６９ｃ 平 １ｃ 平 ２ ７ｃ 平 ３ ４ｋ ； ８ ．０ ｍ， ６ ７ ｃ 平均体长 ９ ．０ ｍ， ３ ３ ｃ 平均胸 围 １５ ９ ｃ 平均管 围 １ ．０ ｍ， １ ．０ ｍ， ３ ０ｃ 平均 活重 ８ ．０ ｇ ８ ２ ｋ 。表明一岁 含野血牦犊牛 的 生长性能优于本地 同龄牦犊牛 。 关键词 ： 牦牛 ； 体尺测定 ； 含野血牦牛 中图分类号 ：８ ８２ Ｓ５．３ 文献标识码 ： Ａ 文章编号 ：０ ３７ ５ （０ ０ ０ － ２ －１ １０ － ０ ２ １ ）４０ １ ９ ０ ０ Ｃｏ ｐ ｒ ｓ ｎ ｏ ｄｙ— ｓｚ ｎｄ ｓ ｓ ｏ ｋ ｌ ｅ ｔ ｉ ｏ ｄ ｍ ａ ｉｏ ｆ Ｂｏ — ｉｅ Ｉ ｅ ｅ ｆＹａ Ｃａ ｖ ｓ ｗｉｈ Ｗ ｌ Ｂｌ ｏ ｄ
２ 纪８ Ｏ世 ０年 代 ， 治 县 牧 区 牲 畜 承 包 到 户 。近 久 ３ ０年来 ， 地 区牧户 牛群 始终 处于 封 闭 的 自繁 自育状 本 态 ， 牛近 亲繁殖 十分 严重 ， 牦 由此 引起 牛群整 体生 产性 能普遍下降 ， 影响到地区畜牧业经济健康稳定发展 ， 为 有效遏制因近亲繁殖导致的生产性能下降 ， ０ ５ 自２０ 年 起 ， 治县开 始实施 牦 牛提纯 复壮 工程 ， 久 增加 畜牧 业科 技 含量 ， 从青 海省大 通 种 牛 场 引进 含 野 血牦 牛 种 公 牛 （ １４野 血 ） 淘 汰 当地 种 公 牛 ， 当 地 牦 牛 群 配 种 含 ／ ， 与 繁 殖 。为 了解 含野 血 牦犊 牛 生 长 性 能 ， 与 当地 牦 犊 并 牛 进行 比较 ， 我们进 行 了两者 体尺 指标 的 比较 研究 。 １ 材料 与方 法 １１ 动 物来 源 ：７头 含 野血 牦 犊 牛 来 自配 备 含 野 血 ． ４ 牦 牛种公 牛 的牛群 ；１ 当地 牦犊 牛来 自当地 自繁 牦 ２头 牛群。 １２ 测定 内容 与方 法 ： 尺 指标 包括 ， 高 ， 围 ， ． 体 体 胸 体 斜 长和管 围 ， 牦牛 站在平 坦地 按常 规方 法逐项 测量 ， 将 牦 牛活重在 清晨 空腹 时用 电子 称称重 。
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征 ；有 明晰 的灰 色背 脊 线 ，额 毛 、眼 睑 、鼻 镜为 灰 白色 ，体躯 毛 色呈 黑色 或夹 有棕 色纤 维 。
皇 城 镇 牦牛 处 于 低水 平 的饲养 状 态 。 同时 ，加 牦牛 的效 果 比较详 见表 １ 。
和 品种 的不 断 退 化 ，致 使 该镇 牦 牛体 重 逐 年 下 降 。因此 ，利用 野 由表 可 以看 出 ，１ ／ ４ 野 血牦 牛初 生重 、６ 月龄 及 １ ８ 月龄 体 重 比 血 牦牛 对 家牦 牛 的复 壮改 良极 为重 要 。 当地家 牦 牛分 别 增加 Ｉ － ８ ｌ ｋ ｇ 、４ ． ７ ５ 和５ ０ ． ５ ｋ ｇ ，分 别提 高 １ ４ ％、 ５ ． ７ ％和 ３ ５ ％。 １ ／ ４ 野 血 牦 １ ８ 月龄 平 均体 高 和胸 围分 别 比同龄 家牦 牛 １ 测定地点的选择
２ 数据统计 分析
牦 牛体 尺体 重数 据 的处理 和分 析进 行统 计 分析 。
地 区属 湿润 山地 草原 气 候 ，海拔 ２ ５ ０ ０ —４ ５ ０ ０ ｍ 之 间 ，年平 均 气 ２ ． １ 体 型外 貌
温１ ℃ ～２ ℃ ，无 霜 期 ７ ０—１ ２ ０ ｄ ，年 日照时 数 ２ ２ １ １ ｈ ，年 降水 量 体 型 结 构 紧 凑 偏 向 肉 用 型 ，体 质解 释 ，发 育 良好 ，背 腰 平 ３ ２ ０～ ４ ０ ０ ｍｍ。境 内 共有 草 原 面 积 ２ ８ ９ ７ ｋ ｍ ，可 利 用 草 原 面积 ２ 直 ，前 胸 开 阔 ，肢 稍 高 而 结 实 。具 有 明显 的野 血 牦 牛 的外 貌 特
会经 济 及科 技 文 化 等 多种 因素 的制 约 ，牦 牛 缺乏 人 为 的定 向的 培 定 的各 年 龄段 体 重具 有一 定 的差 异 ，但 总体 来讲 ，１ Ｎ野 血 牦牛 生 育 ，其 生 产性 能 较 低 ，成年 公 牦 牛平 均 体 重 约３ ２ ０ ｋ ｇ ，母 牦 牛约 长 发育 较快 ，产 肉力较 高。 １ ／ ４ 牛继 承 了野生 牦 牛 的抗逆 性 和适 应 ２ ０ ０ ｋ ｇ ，适 龄母 牦 牛 年 产奶 量不 足 １ ８ ０ ｋ ｇ ，成 年 牦牛 屠 宰 率仅 为 性 强 等特 点 ，犊 牛越冬 死 亡率 小 于 １ ％。体 型外 貌 头形 角形 毛色 都 ４ ７ ％～ ４ ８ ％。近 年 来 ，由于 掠 夺 式 经 营 和草 场 退 化及 超 载 过牧 ， 具有１ ／ ４ 野血 牦 牛之 特征 。
测 定 地点 选择 在 皇城 镇北 极 和北 峰 两村 ，６ Ｐ 牧 民 ，随机 选择 高 １ ２ ． ２ ｅ ｍ和 ｌ ９ ． ９ ２ ｅ ｍ，提高 幅度 分 别为 １ ４ ． ３ ％和 １ ６ ． ８ ％，体格 大 于 家 牦牛 ６ ３ 头为 对照 组 ，１ ／ ４ 野 血牦 牛５ ７ 头为 实验 组 。
代 为研究对 象，分 别测定 了杂种 牦牛和 家牦牛初 生重 、６ 月龄 、１ ８ 月龄体重 。结果： １ ／ ４ 野血 牦牛初生重 、６ 月龄 、１ ８ 月龄体 重 均极 显著 高于 同龄 家牦 牛。 ［ 关键词］ 野血 牦牛 复壮改 良 效果对 比试验
肃 南 县 皇 城 镇 地 处 祁 连 山 东 段 北 坡 ，其 南 部 为 冷 龙 岭 山 地 ，北 部 为盖 掌 达 扳 山地 ，海 拔 在２ ５ ０ ０～５ ２ ５ ４ ｍ。境 内大部 分
家牦 牛
表１ １ ／ ４ 野血牦牛 、家牦牛生长发 育测定
ｌ ％ ，体 魄强健 ，四肢 有 力 ，觅食 能 力强 ，采 食范 围广 ，可充 分 利 经 过 对 皇城 镇 引 进 １ ／ ４ 野 血 牦 牛 后 裔 适 应 性 的观 察 和 生 长 发 用 高山草 场 。 育 的抽 样 测定 ，１ Ｎ野血 牦 牛 引进 后适 应性 良好 ，生 长发 育 正常 ， 参考文献 １ ］ 阎凭 ，潘和平 ． 野 牦牛种质特性 的研究和利用【 Ｊ ］ ． 中国畜 牧兽医 ， 情 期配 种 期 ，性欲 旺 盛 ，雄 性 特 征 明显 ，表现 凶 悍 ；其 后裔 体 形 ［
冷 季漫 长 等 特点 ：牧 草生 长 期 短 ，太 阳辐 射 强 ，草 场 以高 山灌 丛 ２ ． ２ 遗 传 性 稳 定 草场 为 主 。 南于 这 种特 殊 的 生态 环 境 和严 酷 的 自然 选 择 ，牦 牛 不 体 型 外 貌特 征 的稳 定 遗传 ：毛 色黑 或 夹有 棕 色纤 维 ，后 裔 中 但 具 有 很 强 的生 活 能 力 ，而 且 具 有 耐 严 寒 耐 粗 饲 的体 质 体 态 结 没有出现杂色个体 ，保持了新品种的特征 。即嘴 、鼻 、眼睑为灰 构 和生 理 机 能 ，在 终年 野 外 放牧 、无 补饲 的极 为粗 放 的饲 养 管 理 白色 。具 有 清 晰可 见 的灰 色 背线 ，背腰 平 直 ，前 胸开 阔 ，肢 高 而 条件 下 ，能 正常 地 繁衍 并 生 产畜 产 品 。 由于 长期 的 自然环 境 ，社 结 实 。 目 前 ，１ ／ ４ 野 血牦 牛依 旧以终 年放 牧 为主 ，如 表 所见 ：在 测
中国畜牧兽 医文摘 ２ ０ １ ５ 年
３ １ 卷
第３ 期
繁 殖 育 种
肃 南县皇城镇野血 牦牛复壮 改 良家牦 牛 的对 比试验
任宝虎
（ 肃南县皇城绵羊 育种场 ，甘肃肃 南
［ 摘
７ ３ ４ ０ ３ １ ）
要］ 引入 １ ／ ４ 野血牦牛 ，改 良当地 牦牛所生产的野血后代 ，均表现 出明显的杂种优势 。作者 以野牦牛和 家牦牛 杂交后