BioEdit
科研工具软件大全(亲测可用)
软件名称Endnote X6 大客户 破解版 SPSS 20.0（附加 spss20永久许可Design-Expert.V8.0.6orign8.0专业版破解版Eviews7.2 绿色免安装BioEdit7.0.9.0LabVIEW 8.5 中文安装版yEd Graph Editor 3.5.0.2 Stylewriter 4.02.02STATA 12破解绿色版SigmaPlot 12.0破解版S-plus2000Primer Express 3.0Periodic Table v2.9.0Mr.F试剂耗材管家MindManager9中文版 含注册码JoinMap4.0破解版FastPCR 5.4Daemon Tools 4.45.4mdi jade V5.0 免费绿色版SIMCA-PUltraEdit 18.20中文破解版由烈火汉化Visual C++ 6.0WinISO V5.3.0.125 绿色特别版vasp52Qt 4.8.2office2003【Image J】描述Endnote作为一款经典的文献管理软件，它的功能可以分为以下几个方面：首先，它是一个文献检索工具，可以在软件界面搜索多个数据库，而无需逐一打开数据库网站；其次，它是一个文摘及全文的管理工具，可以帮助我们高效管理大量的文献信息。
另外，它也是一个引文编排工具，可以自动帮助我们编辑参考文献的格式；最后，它还是一个文献共享与协作工具可以说，以上任何一个环节效率的提高，都可以极大地改善科研工作者的“生存”质量。
SPSS是世界上最早的统计分析软件，由美国斯坦福大学的三位研究生Norman H. Nie、C. Hadlai (Tex) Hull 和 Dale H. Bent于1968年研开发成功，同时成立了SPSS公司，并于1975年成立法人组织、在芝加哥组建了SPSS总部。
1984年SPSS总部首先推出了世界上第一个统计分析软件微机版本SPSS/PC+，开创了SPSS微机系列产品的开发方向，极大地扩充了它的应用范围，并使其能很快地应用于自然科学、技术科学、社会科学的各个领域。
第四章 bioedit多序列比较的实际应用
由于这些比较通常都希望能够推测新蛋白的功能， 不管它们是双重比较还是多序列比较，都可以回 答大量的其它的生物学问题。例如：在搜集的比 较序列中，可以看出隐含于蛋白之中的物种进化 关系，以便于更好地理解蛋白的进化。研究一个 家族中的相关蛋白的差异，分析进化压力和生物 秩序对于功能相关的蛋白进化影响。研究完多序 列比较中的高度保守区域，我们可以对蛋白质的 整个结构进行预测，并且猜测这些保守区域对于 维持
>gi|14786152|ref|XP_029934.1| matrix metalloproteinase 9 preproprotein [Homo sapiens] MSLWQPLVLVLLVLGCCFAAPRQRQSTLVLFPGDLRTNLTDRQLAEEYLYRYGYTRVAEMRGESKSLGPALLLLQKQLSLPETGELDSA TLKAMRTPRCGVPDLGRFQTFEGDLKWHHHNITYWIQNYSEDLPRAVIDDAFARAFALWSAVTPLTFTRVYSRDADIVIQFGVAEHGDG YPFDGKDGLLAHAFPPGPGIQGDAHFDDDELWSLGKGVVVPTRFGNADGAACHFPFIFEGRSYSACTTDGRSDGLPWCSTTANYDTD DRFGFCPSERLYTQDGNADGKPCQFPFIFQGQSYSACTTDGRSDGYRWCATTANYDRDKLFGFCPTRADSTVMGGNSAGELCVFPF TFLGKEYSTCTSEGRGDGRLWCATTSNFDSDKKWGFCPDQGYSLFLVAAHEFGHALGLDHSSVPEALMYPMYRFTEGPPLHKDDVN GIRHLYGPRPEPEPRPPTTTTPQPTAPPTVCPTGPPTVHPSERPTAGPTGPPSAGPTGPPTAGPSTATTVPLSPVDDACNVNIFDAIAEI GNQLYLFKDGKYWRFSEGRGSRPQGPFLIADKWPALPRKLDSVFEERLSKKLFFFSGRQVWVYTGASVLGPRRLDKLGLGADVAQVT GALRSGRGKMLLFSGRRLWRFDVKAQMVDPRSASEVDRMFPGVPLDTHDVFQYREKAYFCQDRFYWRVSSRSELNQVDQVGYVTY DILQCPED >gi|15718389|dbj|BAB68366.1| gelatinase [Paralichthys olivaceus] MRCCALAVCLVLVIVQDGWSLPLRSISVTFPGDILKNVTDTDLAETYLKRFGYLDKMHRSGFQSMVSTAKALKMMQRQMGLKETGKLD KSTLEAMKQPRCGVPDVANYQTFEGDLKWDHNDVTYRTLNYSPDMESSLIDDAFARAFKVWSDVTPLTFTRLYEGTADIMISFGKADH GDPYPFDGRNGLLAHAYPPGEGVQGDAHFDDDEHWTLGNGPAVKTLYGNADGAMCHFPFTFEGKSYTSCTTDGRTDNLPWCATTAD YSRDGKYGFCPSELLYTVGGNADGAKCVFPFVFLEKEYDSCTKEGRSDGYRWCATTANFDQDQKYGFCPSRDTAVFGGNSEGEPCH FPFVFLGKEYDSCTSEGREDGKLWCSTTDNYDEDAKWGFCDDEGYSLFLVAAHEFGHALGLDHSNIREALMYPMYTYVEDFSLHKDDI EGIQYLYGRGTGPDPTPPQPTSTTTTPNPTEEPEPTTPQPVDPTRDACKLTKFDTITMIENELHFFENGNYWKMPSRGDGGLKGPFSLS ERWPALPAVIDSAFEDLLTKNMYFFSGNRFWVYTKEGVLGPRSIEKLGLPTSIQKVEGALQRGKGKVLLFTEESFWKFDLKSQKMDKGY PKSTDYVFGGVPNDAHDVFQYKGHMYFCRDSFYWRMNSRRQVDRVGYVKYDLLKCSDSY >gi|13591993|ref|NP_112317.1| matrix metalloproteinase 9 (gelatinase B, 92-kDa type IV collagenase) [Rattus norvegicus] MNPWQPLLLVLLALGYSFAAPHQRQPTYVVFPRDLKTSNLTDTQLAEDYLYRYGYTRAAQMMGEKQSLRPALLMLQKQLSLPQTGELD SETLKAIRSPRCGVPDVGKFQTFEGDLKWHHHNITYWIQSYTEDLPRDVIDDSFARAFAVWSAVTPLTFTRVYGLEADIVIQFGVAEHGD GYPFDGKDGLLAHAFPPGPGIQGDAHFDDDELWSLGKGAVVPTYFGNANGAPCHFPFTFEGRSYLSCTTDGRNDGKPWCGTTADYD TDRKYGFCPSENLYTEHGNGDGKPCVFPFIFEGHSYSACTTKGRSDGYRWCATTANYDQDKLYGFCPTRADVTVTGGNSAGEMCVF PFVFLGKQYSTCTGEGRSDGRLWCATTSNFDADKKWGFCPDQGYSLFLVAAHEFGHALGLDHSSVPEALMYPMYHYHEDSPLHEDDI KGIQHLYGRGSKPDPRPPATTAAEPQPTAPPTMCPTAPPMAYPTGGPTVAPTGAPSPGPTGPPTAGPSEAPTESSTPVDNPCNVDVFD AIADIQGALHFFKDGRYWKFSNHGGSQLQGPFLIARTWPALPAKLNSAFEDPQSKKIFFFSGRKMWVYTGQTVLGPRSLDKLGLGSEVT LVTGLLPRRGGKALLISRERIWKFDL KSQKVDPQSVTRLDNEFSGVPWNSHNVFHYQDKAYFCHDKYFWRVSFHNRVNQVDHVAYVTYDLLQCP >gi|467621|emb|CAA55127.1| matrix metalloproteinase 9 [Bos taurus] MSPLQPLVLALLVLACCSAVPRRRQPTVVVFPGEPRTNLTNRQLAEEYLYRYGYTPGAELSEDGQSLQRALLRFQRRLSLPETGELDST TLNAMRAPRCGVPDVGRFQTFEGELKWHHHNITYWIQNYSEDLPRAVIDDAFARAFALWSAVTPLTFTRVYGPEADIVIQFGVREHGDG YPFDGKNGLLAHAFPPGKGIQGDAHFDDEELWSLGKGVVIPTYFGNAKGAACHFPFTFEGRSYSACTTDGRSDDMLWCSTTADYDAD RQFGFCPSERLYTQDGNADGKPCVFPFTFQGRTYSACTSDGRSDGYRWCATTANYDQDKLYGFCPTRVDATVTGGNAAGELCVFPF TFLGKEYSACTREGRNDGHLWCATTSNFDKDKKWGFCPDQGYSLFLVAAHEFGHALGLDHTSVPEALMYPMYRFTEEHPLHRDDVQ GIQHLYGPRPEPEPRPPTTTTTTTTEPQPTAPPTVCVTGPPTARPSEGPTTGPTGPPAAGPTGPPTAGPSAAPTESPDPAEDVCNVDIF DAIAEIRNRLHFFKAGKYWRLSEGGGRRVQGPFLVKSKWPALPRKLDSAFEDPLTKKIFFFSGRQVWVYTGASLLGPRRLDKLGLGPEV AQVTGALPRPEGKVLLFSGQSFWRFDVKTQKVDPQSVTPVDQMFPGVPISTHDIFQYQEKAYFCQDHFYWRVSSQNEVNQVDYVGYV TFDLLKCPED
生物信息学软件的使用
多序列比对实例
输入文件的格式(fasta)： >KCC2_YEAST NYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN…… >DMK_HUMAN DFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK……. >KPRO_MAIZE TRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN…… >DAF1_CAEEL QIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD…… >1CSN HYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNLLNN……
Clustal简介
CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个 序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两 两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化 指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从 最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列 并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入 为止。ClustalW是现在用的最广和最经典的多 序列比对软件
多序列比对工具－clustalX
Clustalx是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对 工具，由Higgins D.G. 等开发。和网络版的Clustalw 有异曲同工之效. 有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版， DOS版的clustlw，windows版本的clustalx等。
输入控 制命令 输入文 件名称
输出控 制命令
程序 名称
结果保存 uscle进行比对过程演示
Genedoc与BioEdit的简单介绍
GeneDoc是一个特别的排列程序，有很好的 蛋白质排列注释和分析、描影和结构定义功能 部件，就像一个反映排列的内在的进化树。 BioEdit也是一个生物序列编辑器，它的基本 功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、处理和 分析
最经典的bioedit使用说明书共66页PPT
谢谢！
1
0
、
倚
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审
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。
61、奢侈是舒适的，否则就不是奢侈 。——CocoCha nel 62、少而好学，如日出之阳；壮而好学 ，如日 中之光 ；志而 好学， 如炳烛 之光。 ——刘 向 63、三军可夺帅也，匹夫不可夺志也。 ——孔 丘 64、人生就是学校。在那里，与其说好 的教师 是幸福 ，不如 说好的 教师是 不幸。 ——海 贝尔 65、接受挑战，就可以享受胜利的喜悦 。——杰纳勒 尔·乔治·S·巴顿
最经典的bioedit使用说明书
6
、
露
凝
无
游
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天
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。
7、翩翩新 来燕，双双入我庐 ，先巢故尚在，相 将还旧居。
8
、
吁Байду номын сангаас
嗟
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于
我
若
浮
烟
。
9、 陶渊 明（ 约 365年 —427年 ），字 元亮， （又 一说名 潜，字 渊明 ）号五 柳先生 ，私 谥“靖 节”， 东晋 末期南 朝宋初 期诗 人、文 学家、 辞赋 家、散
核酸序列格式转化工具
核酸序列格式转化工具是用于将不同格式的核酸序列文件进行转换的软件。
这些工具通常支持多种常见的序列格式，如FASTA、GENBANK等，并允许用户轻松地在这些格式之间进行转换。
以下是一些常见的核酸序列格式转化工具：
Geneious：这是一个功能强大的生物信息学软件平台，支持多种序列格式，并提供直观的界面来进行序列的导入、编辑和导出。
BioEdit：BioEdit是一个免费的生物序列编辑器和分析工具，支持多种序列格式，并具有序列转换功能。
Sequencher：这是一个商业化的序列分析软件，支持多种序列格式，并提供高级的序列编辑和转换功能。
EMBOSS：EMBOSS是一个开源的生物信息学软件包，其中包含多个用于序列格式转换的工具，如seqret。
Format Converter：一些在线工具网站也提供序列格式转换功能，用户可以通过上传文件并选择目标格式来进行转换。
使用这些工具时，请确保您了解不同格式之间的差异和限制，以便正确地进行转换。
此外，建议在转换前备份原始文件，以防出现意外情况。
如果您不确定如何选择合适的工具或如何进行转换，请参考相关软件的文档或在线教程。
生物信息学名词解释
名词解释：Consensus sequence：共有序列，指多种原核基因启动序列特定区域内，通常在转录起始点上游-10及-35区域存在一些相似序列。
1、FASTA序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。
2、Similarity相似性：是直接的连续的数量关系，是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA碱基或氨基酸残基顺序所占比列的高低。
3、genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。
该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释；第三部分是引文区，提供了这个记录的科学依据；第四部分是核苷酸序列本身，以“//”结尾。
4、模体（motif）：短的保守的多肽段，含有相同模体的蛋白质不一定是同源的，一般10-20个残基。
5、查询序列（query sequence）：也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。
6、打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。
包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。
7、空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。
8、PDB：PDB中收录了大量通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构，记录有原子坐标、配基的化学结构和晶体结构的描述等。
PDB数据库的访问号由一个数字和三个字母组成（如，4HHB），同时支持关键词搜索，还可以FASTA程序进行搜索。
9、Prosite：是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、可帮助识别蛋白质家族的统计特征。
构建系统发育树需要注意几个问题
构建系统发育树需要注意的几个问题1 相似与同源的区别：只有当序列是从一个先人进化不合而来时，它们才是同源的。
2 序列和片段可能会彼此相似，可是有些相似却不是因为进化关系或生物学功能相近的缘故，序列组成特异或含有片段重复或许是最明显的例子；再确实是非特异性序列相似。
3 系统发育树法：物种间的相似性和不同性能够被用来推断进化关系。
4 自然界中的分类系统是武断的，也确实是说，没有一个标准的不同衡量方式来概念种、属、科或目。
5 枝长能够用来表示类间的真实进化距离。
6 重要的是明白得系统发育分析中的计算能力的限制。
任何构树的实验目的大体上确实是从许多不正确的树中挑选正确的树。
7 没有一种方式能够保证一颗系统发育树必然代表了真实进化途径。
但是，有些方式能够检测系统发育树检测的靠得住性。
第一，若是用不同方式构建树能取得一样的结果，这能够专门好的证明该树是可信的；第二，数据能够被从头取样(bootstrap)，来检测他们统计上的重要性。
分子进化研究的大体方式关于进化研究，要紧通过构建系统发育进程有助于通过物种间隐含的种系关系揭露进化动力的实质。
表型的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据有着明显不同。
Sneath和Sokal(1973)将表型性关系概念为依照物体一组表型性状所取得的相似性，而遗传性关系含有先人的信息，因此可用于研究进化的途径。
这两种关系可用于系统进化树(phylogenetictree)或树状图(dendrogram)来表示。
表型分枝图(phenogram)和进化分枝图(cladogram)两个术语已用于表示别离依照表型性的和遗传性的关系所成立的关系树。
进化分枝图能够显示事件或类群间的进化时刻，而表型分枝图那么不需要时刻概念。
文献中，更多地是利用“系统进化树”一词来表示进化的途径，另外还有系统发育树、物种树(species tree)、基因树等等一些相同或含义略有不同的名称。
系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。
DNA序列分析软件介绍
DNA序列分析软件介绍Antheprot:蛋白质序列分析软件包ANTHEPROT 4.5是位于法国的蛋白质生物与化学研究院(Institute of Biology and Chemistry of Proteins)用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。
软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。
应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。
更重要的是该软件能够提供蛋白序列的一些二级结构信息，使用户有可能模拟出未知蛋白的高级结构。
Applied Biosystems Primer Express:这是ABI公司销售附送的软件，可用于设计引物和探针，尤其适用于荧光PCR探针的设计，可以精确计算寡核苷酸与荧光基团鳌合后的Tm值。
可以预测引物与引物之间与模板之间等的二级结构。
Artemis R5:A DNA sequence viewer and annotation tools，一个DNA序列查看器与注释工具，可以以图形形式查看序列的各种分析结果与特性，程序读取EMBL与GENBANK格式的序列与纯DNA序列。
以Java写成，需要安装JRE1.2。
BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件，功能非常强大，使用十分容易。
功能包括:序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制等等。
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。
BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。
BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。
基因组序列分析实例
• 第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标
（1）Ampr：水解β-内酰胺环，解除氨苄的毒性。
（2）tetr ：可以阻止四环素进入细胞。
（3）camr：生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。
（4）neor（kanr）：氨基糖苷磷酸转移酶，使G418（卡
那霉素衍生物）失活。
（5）hygr：使潮霉素β失活。
Copy Edit 菜单选择Copy或Copy Sequence(s)
Cut Edit 菜单选择Cut 或Cut Sequence(s)
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Sequence菜单
1.Basic Manipulations / Sequence Menu
基本处理、 序列菜单
2.Masks 屏蔽：在BioEdit中Masks （屏蔽）在 这一点上有一点薄弱，主要用于RNA比较分 析功能。关于在BioEdit中如果使用屏蔽看 Masks。
• 序列相似程度很低时，NJ法会出现长枝吸 引现象，有事严重干扰进化树的构建。
• 如果序列高度相似，各种方法都会得到不 错的结果，模型间的差别也不大。
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• NJ和ML都需要选择模型。蛋白质序列和 DNA序列的模型选择是不同的，蛋白质一般 选泊松修正（Poisson correction）,核酸一般 选Kimura-2参数（Kimura 2-parameter）。
• 第三步：看多克隆位点（MCS）。它具有多个限制酶的单一切点，便 于外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某 种标志基因的失活，而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放 置目的基因。
• 第四步：再看外源DNA插入片段大小。质粒一般只能容纳小于10Kb的 外源DNA片段。一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定 ，转化效率越低。
实验二 核酸序列分析
实验二核酸序列分析【实验目的】1、掌握已知或未知序列接受号的核酸序列检索的基本步骤；2、掌握使用BioEdit软件进行核酸序列的基本分析；1、熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析（内含子/外显子分析）；2、了解基因的电子表达谱分析。
【实验原理】针对核酸序列的分析就是在核酸序列中寻找基因，找出基因的位置和功能位点的位置，以及标记已知的序列模式等过程。
在此过程中，确认一段DNA序列是一个基因需要有多个证据的支持。
一般而言，在重复片段频繁出现的区域里，基因编码区和调控区不太可能出现；如果某段DNA片段的假想产物与某个已知的蛋白质或其它基因的产物具有较高序列相似性的话，那么这个DNA片段就非常可能属于外显子片段；在一段DNA序列上出现统计上的规律性，即所谓的“密码子偏好性”，也是说明这段DNA是蛋白质编码区的有力证据；其它的证据包括与“模板”序列的模式相匹配、简单序列模式如TATA Box等相匹配等。
一般而言，确定基因的位置和结构需要多个方法综合运用，而且需要遵循一定的规则：对于真核生物序列，在进行预测之前先要进行重复序列分析，把重复序列标记出来并除去；选用预测程序时要注意程序的物种特异性；要弄清程序适用的是基因组序列还是cDNA序列；很多程序对序列长度也有要求，有的程序只适用于长序列，而对EST这类残缺的序列则不适用。
1. 重复序列分析对于真核生物的核酸序列而言，在进行基因辨识之前都应该把简单的大量的重复序列标记出来并除去，因为很多情况下重复序列会对预测程序产生很大的扰乱，尤其是涉及数据库搜索的程序。
2. 数据库搜索把未知核酸序列作为查询序列，在数据库里搜索与之相似的已有序列是序列分析预测的有效手段。
在理论课中已经专门介绍了序列比对和搜索的原理和技术。
但值得注意的是，由相似性分析作出的结论可能导致错误的流传；有一定比例的序列很难在数据库里找到合适的同源伙伴。
对于EST序列而言，序列搜索将是非常有效的预测手段。
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NBRF/PIR 格式
Phylip
Task1： 输入BCL2
登陆到GeneBank网站，搜索下载如下6个物种BCL2 protein，存成 *.gb文件。
[Bos taurus] [Mus musculus] [Rattus norvegicus] [Epinephelus coioides] [Felis catus] [Danio rerio]
Task1: 结果
序列编辑
操作主要在Edit菜单，但也有些快捷键
编辑模式
Sequence菜单里也有部分序列编辑选项，如
双序列比对
首先，选定待比对的两序列
其次，到Sequence->Similarity Matrix内选定打分矩阵
最后，到Sequence->Pairwise alignment里选择比对算 法。
结果
结果图形显示
以比对结果为活动框，打开File->Graph view，可进行更 精细人性化的显示。
Task 2: 序列编辑和比对
1. 对导入的BCL2序列尝试进行插入gap和删除gap，大小 写转换，序列彩色显示；
2. 任选两条BCL2蛋白序列，选择打分矩阵，进行双序列比 对；
3. 用graph view显示比对结果，并尝试对界面中的显示选 项做改变处理；
质粒图
质粒图：
编辑、修改和标识质粒序列； 编辑限定性定性内切酶标识的质粒图；
外挂程序
安装目录bioedit/apps/下
序列编辑比对
BCL2家族蛋白为例：
序列输入 序列编辑 序列比对 比对结果显示 其它
序列输入
手动输入 文件输入 剪切板输入 网络获取
1.0α/ 1.0α 版本都是未完成的问题版本；
2.0版完成基本功能，并增加了图形界面；
3.0版增加了疏水亲水面互交的2-D浮雕数据绘图和一些更多的序列操作法；
4.0版为绘制和注解质粒载体增加了图形界面；
4.7.1版本中修改了处理序列信息和存储方法，允许快速保存和打开大的排列序列容量 增加到20,000；
手动输入
1. File->New alignment
2. Sequence->New sequence
增添新序列信息
名称
保存、应用
内容
类型
描述
文件输入
支持格式
GeneBank格式
Fasta格式
NBRF/PIR 格式
Cluster/Phylip 格式
GeneBank格式
内容
下载
Fasta格式
随 着 发 展 ， BioEdit 功 能 大 幅 增 强 ， 可 用 做 序 列 编 辑 、 RNA 分 析 、 寻 找 特 征 序 列 、 质 粒 图 绘 制 等 。 此 外 ， BioEdit还支持诸如Blast、ClustW等外挂序列分析程序， 可支持超过20000个序列的多序列文件。
发展史
简介
BioEdit 是 一 个 生 物 序 列 编 辑 器 与 分 析 工 具 软 件 ， 可 在 Windows 95/98/NT/2000中运行，基本功能是提供蛋白 质核酸序列的编辑排列处理和分析。
/bioedit/bioedit.html
Thank you!
在5.0版中增加了自动注解序列、手动使用所有的标准Genbank功能部件， 且增加了序列排序和分型组控制注解行以及残基和非残基字符的鉴别；
之后Bioedit功能趋于稳定，每版多为细节改动。
功能
序列编辑、手动/自动比对
蛋白质序列分析
氨基酸组分分析
疏水性轮廓 信息熵图
RNA分析
RNA序列比对、结构预测等
从 File->New alignment ， 打 开 其 中 一 个 新 文 件 ， 然 后 从 File>Import->Sequence alignment file内复选所有*.gb文件，将6种物 种的BCL2序列同时导入。
另，请尝试从File->Open中直接复选导入6物种BLC2序列的结果。
Task 3: 使用Dot plot比对
任选两条BCL2蛋白序列，使用Sequence->Dot plot， 设置参数，进行比对，并查看结果。
Task 4: 蛋白序列分析
1. 任选一条蛋白序列； 2. 到Sequence->Protein内，查看
蛋白质组分 疏水性分布图
相关资料
BioEdit中/英文使用说明书； BioEdit+Guide.ppt