酶与基因组学
药物基因组学在临床用药中的应用
药物基因组学在临床用药中的应用药物基因组学是研究药物在个体基因水平上的作用机制及差异的学科。
随着基因检测技术的不断进步，药物基因组学在临床用药中的应用逐渐受到重视。
通过个体基因检测，可以了解个体对药物的代谢能力、药效及药物不良反应等信息，从而实现个性化用药，提高用药效果，降低药物不良反应的发生率。
本文将就药物基因组学在临床用药中的应用进行深入探讨。
一、药物代谢酶基因多态性与用药效果药物在体内的代谢主要依赖于肝脏的代谢酶系统，其中CYP450家族是最重要的代谢酶之一。
CYP450酶的基因多态性导致个体对药物的代谢能力存在差异，进而影响药物的药效和毒性。
例如，CYP2D6基因的多态性与华法林的抗凝作用有关，CYP2C9基因的多态性与索烷胺的代谢有关。
因此，在临床实践中，对该类药物的个体化用药需要考虑到患者的基因型信息，以避免药物代谢异常引发的不良反应。
二、药物受体基因多态性与药效除了药物代谢酶外，药物的受体也是药物基因组学研究的重要方向。
药物受体的基因多态性可能会影响药物与受体的结合亲和力，进而影响药效。
例如，β2肾上腺素受体的基因多态性与β受体阻滞剂的临床疗效有关；ACE基因的多态性与ACE抑制剂降压效果相关。
了解患者的受体基因型信息，有助于制定更合理的用药方案，提高治疗效果。
三、药物基因组学与药物不良反应药物不良反应是药物治疗的常见问题之一，严重时可能危及患者生命。
药物基因组学研究发现，个体对药物不良反应的易感性与患者的基因型密切相关。
例如，华法林的出血不良反应与CYP2C9和VKORC1基因的多态性有关；乙戊醇引发的肝损伤与HLA基因的多态性相关。
因此，在用药前通过基因检测筛查患者的易感基因，有助于预测药物不良反应的风险，避免不必要的用药风险。
四、药物基因组学在临床应用中的挑战和展望尽管药物基因组学在临床应用中具有广阔的前景，但也面临着一些挑战。
首先，基因检测技术的成本相对较高，限制了药物基因组学在临床中的大规模应用。
酶分子的改造名词解释
酶分子的改造名词解释酶是生物体内用于催化化学反应的特殊蛋白质分子。
它们在细胞内起着至关重要的作用，参与几乎所有需要催化的生化反应。
然而，人类科学家发现，通过改造酶分子的结构和性质，可以进一步提高其催化效率和特异性，从而开辟了许多新的应用领域。
酶的改造方法可以分为两大类：一是合成生物学方法，通过改变酶分子的基因组或蛋白质序列来实现酶分子的改造；二是蛋白质工程方法，通过对酶分子的物理化学性质进行改变来实现酶的改造。
在合成生物学方法中，科学家们首先通过基因编辑技术对酶的基因组进行改造。
通过改变酶分子的基因组，可以使其产生特定的突变，从而改变酶的基本结构和性能。
例如，突变可能导致酶结构的稳定性增加，从而提高酶的催化效率；或者改变酶的亲和性，使其对底物的结合更加紧密。
此外，还可以通过引入外源基因来增强酶的催化活性或扩展其底物范围。
通过这些基因编辑技术，科学家们能够创造出全新的酶分子，具有特定的催化性质，可用于合成特定的化合物或处理环境中的有害物质。
另一方面，蛋白质工程方法是通过对酶分子的物理化学性质进行改变来实现酶的改造。
这些方法包括对酶分子的结构进行修饰、改变酶的局部结构以及引入特定的功能基团等。
例如，通过改变酶分子的酸碱性环境，可以改变其催化活性和特异性；或者通过引入特定的化学基团，可以增强酶的催化效率或改变其底物选择性。
蛋白质工程方法的发展使酶的改造更加灵活和高效，为应用于医药、环境保护、食品工业等提供了更多可能性。
酶分子的改造在许多领域中都具有广泛的应用前景。
在医药领域，改造酶分子能够增强药物的活性、改善药物的代谢途径、降低药物的副作用等。
在环境保护领域，改造酶分子可以应用于废水处理、大气污染控制等领域，从而提高环境质量和保护生态系统。
另外，改造酶还可以应用于食品工业中的食品添加剂的生产、酿酒业的发酵过程优化等。
总之，通过改造酶分子，可以创造出具有更高催化效率和特异性的酶，为我们解决许多重大问题提供了强有力的工具。
基因组学-名词解释
Chromosome walking，染色体步移，通过鉴定克隆DNA的重叠(chóngdié)部分来构建克隆重叠群的一种方法Contig，（重叠(chóngdié)群）一组连续的重叠DNA序列C-value paradox，（C值悖论(bèi lùn)）在每一种生物中其单倍体基因组的DNA总量是特异的，被称为C值 (C Value)。
C值和生物结构(jiégòu)或组成的复杂性不一致的现象称为C值悖论CpG island，（CPG岛）人类基因组中大约56%的基因上游(shàngyóu)富含GC 的DNA区域Physical gap，（物理间隙）指构建基因组文库时被丢失的DNA序列，它们从已有的克隆群体中永久性地消失Restriction mapping，限制性酶切图谱，通过分析限制性酶切片段的大小确定DNA分子中限制性酶切位点Scaffold,骨架序列，序列间隙分开的一系列序列重叠群Genomics, 基因组学，研究生物基因组和如何利用基因的一门学问。
用于概括涉及基因作图、测序和整个基因组功能分析的遗传学分支。
Proteomics, 蛋白质组学，用来研究蛋白质组的各种技术Histone code，组蛋白密码，组蛋白化学修饰的模式影响各种细胞活性的假说Map-based cloning，又称定位克隆(positional cloning),用该方法分离基因是根据目的基因在染色体上的位置进行的,无需预先知道基因的DNA 顺序,也无需预先知道其表达产物的有关信息Restriction fragment length polymorphism (RFLP)，限制性片段长度多态性，因为在其一端或两端存在多态性限制位点而产生的长度各异的限制性片段Epigenetics，表观遗传学，是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表达的可遗传的变化的一门遗传学分支学科pseudogene, （假基因）一个失活，即无功能性的基因拷贝nucleoid,（拟核）原核生物中的含DNA区域fluorescent in situ hybriduzation, 荧光原位杂交，一种通过观察荧光标记在染色体的位置而确定标记物的技术sequence tagged site mapping,序列标签位点，基因组中唯一的一段DNA序列mapping reagent,作图试剂，在STS作图中使用的一种分布于单个染色体或整个基因组的DNA片段集合SSLP, 简单序列长度多态图，一系列表现长度多态性的重复序列variable number of tandem repeat, 可变数串联重复，由十几个核苷酸的重复序列拷贝组成的简单序列长度多态图，也叫小卫星short tandem repea t,短序列重复，由二，三或四核甘酸重复单位顺序排列组成的一种简单序列多态性，也叫微卫星l ong(or short) interspersed nuclear element,长散布重复片段，一种基因组范围的重复序列(xùliè)，常常具有转座活性RNA world, 进化(jìnhuà)早期所有生化反应以RNA为中心(zhōngxīn)的时期genetic mapping, 遗传(yíchuán)作图，采用遗传学技术构建基因组图谱physical mapping（物理图）采用分子生物学技术(jìshù)构建基因组图谱的方法内容总结（1）Chromosome walking，染色体步移，通过鉴定克隆DNA的重叠部分来构建克隆重叠群的一种方法Contig，（重叠群）一组连续的重叠DNA序列C-value paradox，（C值悖论）在每一种生物中其单倍体基因组的DNA 总量是特异的，被称为C值 (C Value)。
基因组概论
1994年人类基因组遗传图谱发表。 人类基因组工作框架已于2000年6月由人类基因组计划国际合作组完成。 在此基础上经整理、分类和排列后，人类基因组图谱及其初步分析结果于2001年2月12日正式公布。 2004年10月发表了人类基因组常染色质全序列，（人类基因组的常染色质部分中）其中99%的序列已被确定，
基因组计划是指以获得某物种基因组全序列为主要目标的科学计划。 如人类基因组计划（human genome project，HGP），小鼠基因组计划，家狗基因组计划，细菌基因组
计划等。
主要任务
一、修正后的HGP主要内容 HGP主要任务及内容
内容
物理图 遗传图
序列图
确定染色体DNA上诸如限制性内切酶识别 位点，或序列标志点（STSs）等的位置图 确定标志位点在染色体DNA上的线性排列 顺序。标志位点间的图距以遗传学（重组 ）距离表示、单位为厘摩尔根（cM） 测定人类24条染色体的、由3×109个核苷 酸组成的全部DNA序列，绘制人类基因组序 列图谱
第四节 基因组学
基因组学（Genomics） 指对所有基因进行基因组作图（包括遗传图谱、物理图谱、转录图谱，核苷酸序列分析，基因定位 和基因功能分析的一门科学。
基因组学研究包括两亚领域 以全基因组测序为目标的结构基因组学（structural genomics） 以基因功能鉴定为目标的功能基因组学（functional genomics)又称为后基因组学 （postgenome）研究。
基因的特点
三大特点： 自我复制（半保留复制）：是生物得以繁衍，保证物种稳定，保持生物的基本特征。 基因决定性状： 能够突变
蛋白/酶
能够突变
致死突变 非致死突变
2024年高级植物生理学第一章-植物生理与分子生物学(共111张PPT)
abc4-1 和 abc4-2为相同基因的不同等位基因；
3 植物基因的结构
克隆植物中编码蛋白质基因的方法：
① 根据蛋白质测序结A克隆。
拟南芥mtDNA 376kb ，人mtDNA为16.6kb，前者比后者 RNA基因多1个，蛋白质基因27:13。
在同一细胞 中可有不同长度的mtDNA。
mtDNA有分子内、分子间重组，也可与核、叶绿体基因组 DNA重组。因此mtDNA的重排、序列加倍、与外源DNA整合的几 率很高，由此产生新的嵌合基因。细胞质雄性不水稻 菠菜 小麦 玉米
已知DNA序列的植物质体基因组
长度/bp P基因数 R基因数
154478
88
45
155939
102
45
163953
118
46
134525
108
54
150725
100
47
134545
84
50
140387
111
47
GenBank编号 NC-000932 NC-001897 NC-002693 NC-001320 NC-002202 NC-002762 NC-001666
DNA 核小体
螺线管 超螺线管 染色单体
核小体
③ 真核基因组中存在着重复序列。 高度重复序列；中度重复序列；单一序列。
④ 真核基因属于断裂基因，编码序列中存在有内含子 。
DNA(基因)
前导区
编码区
extron
intron
尾部区
mRNA
起始密码
终止密码
⑤ 真核基因转录调控区很大，可远离启动子上千个碱 基。
多数 被子植物 cpDNA在120~160kb之间；
dna酶的名词解释
dna酶的名词解释DNA酶，全称为脱氧核酸酶（Deoxyribonuclease），是一种酶类，具有特定的功能和作用，主要用于处理和修复DNA分子。
DNA酶在细胞中发挥着关键的作用，对DNA的复制、修复、重组等过程起着至关重要的作用。
DNA酶的职能主要包括：1. DNA复制DNA酶在DNA复制过程中扮演着关键的角色。
在细胞分裂和繁殖过程中，DNA需要复制出一份准确的拷贝，以传递基因信息给下一代细胞。
DNA酶可以识别DNA上的特定序列，并将其切割开来，形成一个起始点，便于DNA复制酶将新的DNA链合成在起始点上。
这样，DNA酶能够为DNA复制提供一个正确定位的起点。
2. DNA修复DNA的损伤可能会导致基因突变、细胞死亡等严重后果。
DNA酶在DNA修复中起到关键的作用。
当DNA损伤后，DNA酶能够检测并切割受损的DNA链，去除受损的碱基或链断裂部位。
然后，DNA酶会招募其他修复酶，填补被切割的DNA链，使其完整恢复。
这种修复过程可以减少DNA的突变率，维护细胞的健康和遗传稳定性。
3. DNA重组DNA重组是指DNA分子之间的交换、重排和重组，以产生新的DNA序列组合。
DNA酶在DNA重组中起到调节和催化的作用。
通过切割和连接DNA分子的方式，DNA酶可以实现DNA序列的重新组合，从而产生新的遗传信息。
DNA重组对于生物进化、遗传变异和基因多样性的形成具有不可忽视的意义。
例如，免疫系统通过DNA重组在抵御外源性病原体时产生多样性的抗体。
4. 基因测序DNA酶在基因组测序中应用广泛。
通过利用特定的DNA酶，可以在DNA分子上进行精确的切割和标记。
这样，科学家们可以将DNA分子片段经过测序技术进行测序，并重新组合得到完整的基因组序列。
DNA酶在测序中的应用给生命科学研究带来了巨大的进展，也给医学诊断和生物工程领域带来了重要的突破。
综上所述，DNA酶是一类在细胞生物和实验室中广泛应用的酶类，其具有复制、修复、重组和测序等多种功能。
1基因与基因组学
mRNA 前体
5′--------AAUAAA ---------- GU------- 3′
含有II类启特动异子因的子基因，基因末端保
守5′的----A--A--TAAAAUAA顺AA序-及----下---游-- GGUT或----T--富- 含3′ 区,
被mR多N聚A 3腺′端苷加酸约化2特0P0个o异lyA因(A。子)聚识合别酶，在
mRNA 5′--------AAUAAA ------AAAAAAAA 3′
多聚腺苷酸化
25
真核生物基因的结构
调控序列
结构基因
调控序列
Enhancer
promoter
CAAT box TATA box UTRexon
exon
Poly(A) 加尾信号
UTR exon
5′
response
element
20
(1)．启动子和上游启动子元件（II类）
➢ TATA盒（TATA Box）:
位于-25～-30bp，TATAAAA/TATATAT 与TFII（RNA聚合酶复合物）结合，启动 基因转录。
-30
-25
+1
21
➢ CAAT盒（CAAT Box）
位于-70～-80bp，GG C/ T CAATCT, 与CTF结合，决定启动子转录效率。
随着遗传学的发展，人类对于基因的认识逐步深入，基因 概念也随之发展。基因概念发展经过几个时期。
(1)遗传“因子” 基因的最初概念是来自孟德尔的遗传“因子”，认为生物
性状的遗传是由遗传因子所控制的，性状本身是不能遗传 的，控制性状的遗传因子才是遗传的。 1909年，丹麦学者W．L．Johannsen提出了“基因”(gene) 一词，代替了孟德尔的遗传因子，并由此形成了“颗粒遗 传”学说，认为在杂种中等位基因不融合，各自保持其独 立性，这也是孟德尔遗传规律的核心。
基因组学总结
Roche 454（GS FLX Titanium System）超高通量测序技术原理2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System，被《Nature》杂志以里程碑事件报道，开创了边合成边测序的先河。
2007年又推出了性能更优的第二代基因组测序系统——Genome Sequencer FLX System。
2008年10月，454推出了全新的GS FLX Titanium系列试剂和软件，让GS FLX的通量一下子提高了5倍，准确性和读长也进一步提升。
GS FLX 测序原理：GS FLX系统的测序原理和GS 20一样，也是一种依靠生物发光进行DNA序列分析的新技术；在DNA 聚合酶，ATP硫酸化酶，荧光素酶和双磷酸酶的协同作用下，将引物上每一个dNTP的聚合与一次荧光信号释放偶联起来(图1)。
通过检测荧光信号释放的有无和强度，就可以达到实时测定DNA序列的目的。
此技术不需要荧光标记的引物或核酸探针，也不需要进行电泳；具有分析结果快速、准确、灵敏度高和自动化的特点。
Roche GS FLX System是一种基于焦磷酸测序原理而建立起来的高通量基因组测序系统。
在测序时，使用了一种叫做“Pico TiterPlate”（PTP）的平板，它含有160多万个由光纤组成的孔，孔中载有化学发光反应所需的各种酶和底物。
测序开始时，放置在四个单独的试剂瓶里的四种碱基，依照T、A、C、G的顺序依次循环进入PTP板，每次只进入一个碱基。
如果发生碱基配对，就会释放一个焦磷酸。
这个焦磷酸在各种酶的作用下，经过一个合成反应和一个化学发光反应，最终将荧光素氧化成氧化荧光素，同时释放出光信号。
此反应释放出的光信号实时被仪器配置的高灵敏度CCD捕获到。
有一个碱基和测序模板进行配对，就会捕获到一分子的光信号；由此一一对应，就可以准确、快速地确定待测模板的碱基序列。
rna酶的作用
rna酶的作用
RNA酶是基因转录的关键调控因子，它可以切割、拼接RNA序列、调节转录率，从而调控蛋白质表达水平。
因此RNA酶在基因组修饰和转录的过程中是非常重要的调节物质。
中国科学家在早期研究中就发现RNA酶可以分子上地作用在基因表达调控过程中起到重要作用。
RNA 酶在DNA分子上对外来DNA片段进行切割，同时也可以把外源RNA分子从其中分离出来。
此外，它们除了可以处理特定RNA片段，还可以用于处理拆分、重新组装和更改RNA片段。
另外，RNA酶还可以延长原生转录的复性片段，其中包括用于mRNA修饰的转录后修饰因子，从而调节mRNA的稳定性，及调节mRNA的转录率。
基于这些作用，RNA酶可以在生物学和医学研究中发挥重要作用。
例如，RNA酶可以节省时间，减少实验次数，让研究人员快速发现基因的表达特性，并为其他药物研究提供有价值的信息。
中国研究人员以这种RNA酶作用为基础，进行了多个药物研究，为药物研发提供了重要的参考依据。
因此，可以说RNA酶在基因转录过程中发挥了极其重要的作用，不但可以促进基因组的长度的扩充和DNA的精细加工，而且还可以节省研究时间，为药物研发提供了重要依据。
中国科学家通过对RNA酶的研究，进一步提升了改善人类健康质量，应用RNA酶作用这一重要科学原理，为保护人类健康做出了重要贡献。
基因整合与重组的机制及其生物学意义
基因整合与重组的机制及其生物学意义随着人类科技的不断发展，生物学这门学科也得到了极大的发展。
作为生物学的一个分支学科，基因组学已经成为研究生命的最新工具。
基因组学在了解整个生物体的遗传信息中扮演了重要的角色。
但是，基因组学并不是万能的。
对于重组、融合和复制的诸多问题，基因组学还不能解释得很好。
因此，科学家们不断探索，希望能够更加深入地了解基因的变化和整合机制。
什么是基因整合与重组？基因整合，简单来说，就是将在一个个体中分别存在的两个或多个具有相同或不同的功能的基因组合成一个功能完整的基因。
这种过程在某些生物体中被广泛应用，这些生物体被称为‘杂交同源’。
重组是指在不同染色体间或同一染色体上，由于基因的断裂、交换以及转移等过程，所产生的新的基因组合。
整体来说，基因整合和重组过程都可以激活隐性基因，从而增加染色体偏位引起的疾病的风险。
基因整合与重组的机制基因整合与重组的机制成为了研究的重点。
根据遗传学的知识，这里简单介绍一下这两种过程的主要机制。
基因整合的机制在基因整合过程中，两种或多种不同的基因组合成为一个新的基因。
这种过程的发生取决于基因间的串联、线性排列、物理分隔、功能分割以及二元交配。
因此，并不是所有的基因都可以被整合在一起。
需要注意的是，基因整合不一定意味着基因的点突变，因为在一个基因组合的过程中，两个基因在全序列中可能只有一些小区域是基因交换的区域。
由于一些微不足道的突变，以及位置错误，有时候这种过程产生的新基因并不是功能完整的。
在实践中，常常出现这种情况，造成我们对基因整合和重组的理解不完整。
基因重组的机制基因重组通常包括两种子过程，即染色体的拆裂和联合。
在胚胎发育期间，染色体可以在互为同源的染色体（Homologous Chromosome）之间进行居中游离和重配。
这个过程发生在微丝附着网（Spindle Apparatus）上。
当新截断的染色体进行合并和互补重建时，就会形成新的基因组合。
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Assembly of the Individual Sequences
Keep adding individual sequencing reads to build larger and fewer contigs
Assembly of the Individual Sequences
Eventually all sequencing reads merge to a single consensus sequence (a large contig) for each chromosome.
DNA
RNA
protein
phenotype
genomic DNA
databases
cDNA ESTs UniGene
protein sequence databases
/
20世纪人类科技发展史上的三 大创举
90年代人类基因组计划 60年代人类首次登上月球 40年代第一颗原子弹爆炸
高通量DNA序列分析技术
• 人类基因组计划的成功很大程度上得益于有效减少 DNA测序成本的技术更新。通过改良测序方法，不断 提升其自动化程度，DNA测序的成本降低了100倍，从 20世纪70-80年代$10/bp降低到本世纪初$0.1/bp！
• 如果一个熟练的DNA序列分析人员采取早期80年代方 法每天测定1000 bp计算，人类基因组（约3×109bp） 的全序列分析，至少也得需要100名这样的工人花上 100年的时间才能完成。而2000年代的高通量测序仪可 达到月测序1-6 Mbp！
2000 Mb / run
Applied Biosystems SOLiD
3000 Mb / run
Sanger sequencing
1
3
2
4
maybe 800 bp long
Roche / 454 : Genome Sequencer FLX
• Real Time Sequencing by Synthesis • Chemiluminescence detection in pico titer plates • Amplification: emulsion PCR • Pyrosequencing • up to 400,000 reads / run • on average 250 bases / read • up to 100 Mb / run
研究人员介绍说：“有人容易得胃癌，有人则不太容易。易得 胃癌的那部分人，即为胃癌易感人群。”以幽门螺杆菌感染为 例，它是胃癌发生的重要因素之一，全世界近一半的人口感染 有幽门螺杆菌，不过，最终发展成胃癌的只有大约1%。“对 胃癌等疾病易感是由基因决定的，我们研究的问题就是，什么
样的基因影响着胃癌的发生？” 这种差异的专业说法叫“单核苷酸多态”（SNP），它影响着 人们是否会患某种疾病及发病时间的早晚。从理论上讲，只要 在致癌环境中暴露的时间足够长，每个人都有最终患上癌症的 可能，但易感人群对致癌的环境因素更敏感，使他们在短时间
为什么在同一个地方生活的人、年龄相近、习惯相似，有的生活 如常、有的却得了胃癌？近日，南京医科大学副校长沈洪兵领衔 的研究团队，成功筛查出2个新的胃体癌易感基因位点。这是世 界上首次专门针对中国人群胃癌易感基因位点的研究，该成果已 在国际顶尖学术期刊《自然》（遗传）杂志上发表。该研究从基
因层面证明了“胃癌会遗传”的可能性。 新发现 是否易患胃癌，因各人基因而异 南医大此次发现的2个“基因位点”都与中国人群胃体癌发病显 著相关。其中一个增加了患胃体癌41%的风险。
线体基因皆是来自母亲。 由于粒线体缺乏用来检查复制错误的能力，因此粒线体DNA （mDNA）的变异速率比细胞核DNA（一般所指的DNA）更快。 粒线体的突变速率快了20倍，这使mDNA能够用来较为精确地追
溯出母系祖先。 与每个细胞核皆只有两套染色体组成的核基因组不同，粒线 体基因组在每个粒线体当中，皆有大约10个以环状DNA，整个细 胞里则约有8000个。每个环DNA上有16569个碱基对，共组成37 个基因，其中13个是蛋白质编码，22个是RNA基因。这些基因大
二、人类基因组计划的进展状况 （1）截至 1998 年 10 月，完成 1.8 X
108bp，占 计划的 6％。 （2）完成一系列模式生物全基因组测定
（3）DNA 测序技术飞速提高 1998.5.9 J.C. Venter 等宣布，组建商 业公司，投入 3 亿美元，3 年内完成。
2000.6 完成并公布
发生。 这些不良生活习惯带来的患癌风险要远远高于单个易感基因的
风险度。
Mol. Psychiatry：基因ABCC9决定睡眠时间长短
A KATP channel gene effect on sleep duration: from genomewide association studies to function in Drosophila
• 我时常被问及这样的问题：纯科学与应用科学究竟哪个对世界 更重要。为了应用科学，科学本身必须存在。假如我们停止科 学的进步而只留意科学的应用，我们很快就会退化成中国人那 样，多少代人以来他们（在科学上）都没有什么进步，因为他 们只满足于科学的应用，却从来没有追问过他们所做事情中的 原理。这些原理就构成了纯科学。中国人知道火药的应用已经 若干世纪，如果他们用正确的方法探索其特殊应用的原理，他 们就会在获得众多应用的同时发展出化学，甚至物理学。因为 只满足于火药能爆炸的事实，而没有寻根问底，中国人已经远 远落后于世界的进步。我们现在只是将这个所有民族中最古老 、人口最多的民族当成野蛮人。
Unfair competition: Celera delivering the same goods but can use IC data, while
IC cannot use Celera data.
Assembly of the Individual Sequences
Individual sequencing reads are compared to each other and where they overlap can be assembled to create contigs
第一节 人类基因组计划
一、人类基因组计划的启动 1986 年诺贝尔奖获得者
R.Dulbecco（杜尔贝科）提出人 类基因组计划
美国政府决定于 1990年正式启 动HGP，预计用 15 年时间，投入
30 亿美元，完成 HGP。 HGP逐渐扩展为多国协作计划。 参与者包括：美、英、日、法、德
和中国（1993年）
基因组学
——酶与生物催化
• 1883年8月15日，美国著名物理学家、美国物理学会第一任会长 亨利。奥古斯特。罗兰(1848－1901)在美国科学促进会（AAAS） 年会上做的演讲。该演讲的文字后发表在1883年8月24日出版的 Science杂志上，并被誉为“美国科学的独立宣言”。中科院科 学时报社主办的《科学新闻》杂志2005年第5期全文发表了这篇 演讲的中译文。
Celera: Craig Venter
Intl. Cons: Francis Collins
International Human Genome Sequencing Consortium
Sequencing Strategies
Public effort- strategy:
Celera - strategy:
多与呼吸作用有关。
Part 2. New evidence and perspective( The Research Of Africa population).
Nat. Genet.：沈洪兵等发现两个胃癌易感基因位点
A genome-wide association study identifies new susceptibility loci for non-cardia gastric cancer at 3q13.31 and 5p13.1
Roche / 454 Genome Sequencer FLX
100 Mb / run
Pyrosequencing---454 Sequencing
Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors Margulies, M. Eghold, M. et al. Nature. 2005 Sep
内患癌症的可能性更高。
老说法 易感≠致病 还是要注意饮食 “癌变有20多种因素，仅仅归结于基因或遗传，是片面的。与 饮食、生活方式甚至心理等各种因素密切相关。”不利的基因
突变并不意味着以后必然会得胃癌。 “更何况，虽基因无法改变，但我们可通过改变饮食习惯和生 活方式降低危险。”爱吃腌渍食品等含大量的硝酸盐和亚硝酸 盐食物，多食经过煎、炸的鱼、肉类食品；低硒、高盐饮食， 这些都增加得胃癌风险。调查显示，吸烟男性死于胃癌的人数 是不吸烟的2倍；啤酒和威士忌酒中可能含有亚硝胺而导致胃癌
Celera’s view of International Consortium
Unfair competition: IC delivering the same goods but with state funding.
International Consortium’s view of Celera
目前？？？
$2/1 Mbp 3 Gbp/machine/day
Applied Biosystems ABI 3730XL 1 Mb / day
Roche / 454 Genome Sequencer FLX
100 Mb / run
Illumina / Solexa Genetic Analyzer