细菌三型分泌蛋白序列的分段特征提取研究
嗜水气单胞菌Ⅲ型分泌系统研究进展
嗜水气单胞菌Ⅲ型分泌系统研究进展王娜;张小军;刘永杰;陆承平【摘要】主要对嗜水气单胞菌Ⅲ型分泌系统、效应蛋白及其致病机理等方面的研究进展进行了综述.细菌分泌系统的发现是近年来细菌致病机制研究的重要进展,许多革兰氏阴性细菌借助于细菌的分泌系统,分泌出毒性因子和效应蛋白,与寄主进行分子交流.【期刊名称】《河北科技师范学院学报》【年(卷),期】2011(025)001【总页数】4页(P21-24)【关键词】嗜水气单胞菌;Ⅲ型分泌系统;效应蛋白;研究进展【作者】王娜;张小军;刘永杰;陆承平【作者单位】南京农业大学动物医学院,江苏南京,210095;南京农业大学动物医学院,江苏南京,210095;南京农业大学动物医学院,江苏南京,210095;南京农业大学动物医学院,江苏南京,210095【正文语种】中文【中图分类】S852.61嗜水气单胞菌(Aeromonas hyd rophila),作为气单胞菌的模式种,隶属于气单胞菌科(Aermonadaceae)气单胞菌属(Aeromonas),为嗜温、有动力的气单胞菌群[1]。
该菌普遍存在于淡水、污水、淤泥、土壤和人类粪便中,对水产动物、畜禽和人类均有致病性,可导致鱼类的爆发性败血症,已给我国渔业生产带来相当大的经济损失。
人类感染该菌可引起胃肠炎、腹膜炎、败血症等[1,2],是一种典型的人—兽—鱼共患病病原,其致病作用已成为当今公共卫生关注的问题。
现普遍认为嗜水气单胞菌的致病性与其产生的毒力因子密切相关。
已知的致病因子主要有外毒素(气溶素、溶血素和细胞毒性肠毒素等)、胞外蛋白酶(丝氨酸蛋白酶、核酶和淀粉酶等)、结构蛋白(转铁蛋白、S层蛋白、外膜蛋白和菌毛等)和信号相关蛋白(如分泌系统蛋白等)。
细菌分泌系统的发现是近年来细菌致病机制研究的重要进展。
致病菌为了在宿主体内生存、繁殖和扩散,必须分泌一些蛋白性质的毒力因子;而一些非致病菌为了适应其生活环境,也向外分泌一些蛋白质。
细菌III型分泌系统
认为T3SS和鞭毛系统同源，示意图如下
三、Ⅲ型分泌系统分泌机制及调控
细菌的 Ⅲ 型分泌系 统是一步性分泌 , 是 sec不依赖性的所分 泌的效应蛋白不在 胞浆间隙中停留 , 也 不被切割 , 直接从胞 质输送到细胞表面。 Ⅲ型分泌系统的分 泌信号长期以来被 认为是位于分泌蛋 白的 N端的 15～20 个氨基酸。
分泌过程的翻译后调控与系统中刺激这个调控的生理信号和与宿主因子 的接触有关。 •分泌蛋白识别注 射装置的机制很 复杂，需要多种 信号肽、分子伴 侣 ( 伴侣蛋白)和 辅助蛋白的帮助。 在这些蛋白的帮 助 下分泌蛋白才 能从直接从细菌 的胞质中分泌到 细 胞外。
•其中，T3SS注射装置对分泌效应蛋白的调节具有一定的选择性。T3SS注射 装置只允许少量的分泌蛋白通过。分泌蛋白必须 正确识别和通过不同的注射 装置。分泌蛋白首先识别 注射装置的开口，然后开始伸展通过狭窄的注射装 置口，进入宿主细胞后形成效应蛋白。
Psic A、Sicp 编码Ⅲ型分泌 系统
动、植物致病菌的Ⅲ型分 泌系统有许多高度保守的 主要结构成分 ，由20种以 上的蛋白质组成，是所有 已知蛋白分泌系统中最复 杂的；在分泌中，不同的 蛋白发挥各自的功能。 Ⅲ型分泌系统的组分包括： 分泌蛋白质、伴侣蛋白、 分泌器蛋白和调节蛋白。
T3SS模型图
细菌Ⅲ型分泌系统
安徽农业大学预防兽医学 11720695 杨骁
主要内容
一、Ⅲ型分泌系统的概述 二、Ⅲ型分泌系统的结构和组成 三、Ⅲ型分泌系统分泌机制 四、Ⅲ型分泌系统与细菌致病性 五、Ⅲ型分泌系统的特点 六、Ⅲ型分泌系统的展望
一、细菌分泌系统的概述
细菌分泌系统的发现,是近年来细菌致病机制研 究的重要进展。 致病菌为了在宿主体内生存、 繁殖和扩散, 必须 分泌一些蛋白性质的毒力因子; 而一些非致病菌 为了适应其生活环境, 也向外分泌一些蛋白质。
中国沿海新报道的三种产毒拟菱形藻
doi: 10.7541/2018.130中国沿海新报道的三种产毒拟菱形藻董焕嫦1, 2黄春秀1, 2李扬1, 2(1. 华南师范大学生命科学学院，广州市亚热带生物多样性与环境生物监测重点实验室，广州 510631; 2. 华南师范大学生命科学学院，广东省水产健康安全养殖重点实验室，广州 510631)摘要: 为了明确我国海域拟菱形藻属(Pseudo-nitzschia)物种的产毒特征, 从中国沿海建立了15个拟菱形藻单克隆培养株系, 利用高效液相色谱-质谱联用法对其多莫酸特征进行检测, 在10个株系中检测到多莫酸。
结合光学显微镜下的群体特征和透射电镜下的超微形态学特征, 以及基于核糖体转录间隔区的分子系统学数据, 确认上述10个产毒株系分别隶属于3个物种：尖细拟菱形藻P. cuspidata、伪柔弱拟菱形藻P. pseudodelica-tissima、伪善拟菱形藻P. fraudulenta, 其中伪善拟菱形藻是我国的新记录种。
建立尖细拟菱形藻的11个尖细拟菱形藻株系, 其中3个株系未检出多莫酸, 其余8个株系有检出, 单细胞产毒水平为0.4—5.5 fg。
建立伪柔弱拟菱形藻株系2个, 1个未检出多莫酸, 另1个株系的单细胞产毒量为1 fg。
建立伪善拟菱形藻株系2个, 纯种培养株系均未检出多莫酸。
利用卤虫(Artemia salina)对部分藻株进行混培诱导, 其中尖细拟菱形藻(MC4049)和伪柔弱拟菱形藻(MC3015)的产毒水平略有下降, 单细胞产毒水平分别由2、1 fg降至0.2、0.4 fg, 而伪善拟菱形藻(MC4074)的产毒能力则有显著改变, 单细胞产毒水平由未检出上升至17.5 fg。
研究丰富了我国产毒拟菱形藻的物种多样性, 明确了其物种信息和产毒水平, 可为后续深入研究提供基础数据。
关键词: 拟菱形藻; 多莫酸; 物种多样性; 形态; 核糖体转录间隔区; 卤虫中图分类号: Q949.27 文献标识码: A 文章编号: 1000-3207(2018)05-1057-09拟菱形藻属(Pseudo-nitzschia Peragallo)物种是全球近岸水域广布的浮游硅藻, 因部分物种能够产生记忆缺失性贝毒(Amnesic Shellfish Poisoning, ASP)—多莫酸(Domoic acid, DA)而备受关注[1, 2]。
大丽轮枝菌分泌蛋白提取方法比较_肖红利
中国农业科学 2014,47(12):2348-2356Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.12.007大丽轮枝菌分泌蛋白提取方法比较肖红利，桂月晶，祁伟彦，陈捷胤，李 蕾，徐 明，戴小枫（中国农业科学院农产品加工研究所，北京 100193）摘要：【目的】采用超滤法（UF）、三氯乙酸沉淀法（TCA）、离子交换富集法（IEX）分别从大丽轮枝菌（Verticillium dahliae）高致病性菌株VdG1培养上清液中提取分泌蛋白，对提取样品进行质谱鉴定。
寻找适合大丽轮枝菌分泌蛋白的提取方法，为大丽轮枝菌分泌蛋白组深入研究奠定基础。
挖掘大丽轮枝菌分泌蛋白中潜在的致病相关蛋白，为其深入功能验证及致病机理研究提供平台。
【方法】3种方法提取大丽轮枝菌VdG1分泌蛋白，shot-gun方法进行质谱鉴定。
利用生物信息学软件WoLFPSORT、SignalP、TMHMM、PHOBIUS对其中经典分泌蛋白进行预测。
通过CAZy和PHI数据库进行经典分泌蛋白中碳水化合物水解酶（CAZy）和病原菌寄主互作因子（PHI）注释，BLASTp软件进行RxLx、LysM、Cys Pattern等模体蛋白比对分析。
提取的蛋白样品接种感病棉种（军棉1号）进行样品生物学活性及致病性检测。
【结果】TCA法、IEX法和UF法制备大丽轮枝菌分泌蛋白，其提取效率分别为1.18、0.96和0.56 mg·L-1。
SDS-PAGE电泳检测显示UF法提取的蛋白样品条带少而模糊。
而TCA法和IEX法提取的蛋白样品条带较多，样品的纯度也较高；经生物信息学软件预测分析，提取的蛋白样品中含有经典分泌蛋白分别为124、112和75个；质谱鉴定的分泌蛋白中含有潜在致病因子分别为98、85和57个；另外，IEX法制备大丽轮枝菌分泌蛋白效果较好，具有小分子偏好性，且能够保持样品的生物学活性，该蛋白样品接种棉花叶片能够引起萎蔫、坏死的症状。
铜绿假单胞菌Ⅲ型分泌系统的研究进展
ｔｈｅ
ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｈａｎｇｅｓ ｏｆ
ｅｓｃａｐｅ
ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｍｍｕｎｅ ｃｅｌｌｓ．
Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｔ３ＳＳ ｃｏｕｌｄ ｈｅｌｐ
ｔｏ
ｃｌａｒｉｆｙ ｔｈｅ ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ ｏｆ Ｐ５Ｐ“ｄＤ聍ｌｏ行口５
ｎＰｒ“ｇｉ玎０５“，ａｎｄ ｍｏｒｅ ｉｍｐｏｒｔａｎｔｌｙ，ｔｏ ｐｒｏｖｉｄｅ ｎｅｗ ｉｄｅａｌｓ ｆｏｒ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ａｎｄ ｄｒｕｇ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ＰｓＰ“ｄｏ，村。村ｎｓ ｎＰｒ“ｇ ｚ艴０５ｄ；ＴＳＳＳ；ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ；Ｔ３ＳＳ
ＣＦ）患者，是其致死的重要原因。在机械性气道损 伤、免疫抑制或患有艾滋病、肿瘤的患者常常引起急 性肺炎。目前已知，Ⅲ型分泌系统（ｔｙｐｅⅢｓｅｃｒｅ—
ｔｉｏｎ
ｓｙｓｔｅｍ，Ｔ３ＳＳ）是造成真核细胞损伤的决定性
毒力因素，它是一针管样结构，能够直接将效应蛋白 输入宿主细胞，并受到多系统复杂而精细的调控。 本文将近几年来有关铜绿假单胞菌Ⅲ型分泌系统的 相关研究做一简要综述，以期为铜绿假单胞菌的治 疗策略提供新思路。
３
Ｔ３ＳＳ的调控
铜绿假单胞菌Ｔ３ＳＳ的表达与环境条件密切相 关，其中与宿主细胞接触和低钙浓度是诱导其相关 基因表达的两个重要条件。代谢压力、ＤＮＡ损伤、 高钙等不利环境则抑制Ｔ３ＳＳ的表达。针对不同环 境做出不同反应不仅有利于细菌节省能源，而且适 时表达Ｔ３ＳＳ有利于减少抗体产生，逃避宿主免疫 系统攻击。铜绿假单胞菌接受环境信号后Ｔ３Ｓｓ表 达的调控主要表现在蛋白质的调控和Ｔ３ＳＳ装置的 装配调控两方面。至于其接受环境信号后Ｔ３Ｓｓ如 何启动，目前还不十分清楚。
细菌III型分泌系统
分泌器蛋白：不同三型
1) 内膜转运蛋白的Lcr D家族， 可形成一个中央通道； 2) 细胞质ATP酶Ysc N家族，其同源性蛋白在已知的细菌、 真核、
古细菌三型分泌系统中均存在； 3) Ysc O、 Ysc P及同源蛋白这个位点被氨基酸同源性小或 无的基因
所占据； 4) Ysc F、 Ysc l 、Ysc K ， Ysc L家族有完全的亲水特性， 可能位于
细胞质； 5 ) Yop N 及同源性蛋白位于细菌表面，在钙离子存在条件下以及不
接触真核细胞时，通道关闭； 6) Ysc C家族及其同源性蛋白是形成通道使分泌蛋白穿过外膜；
7)形成鞭毛的成分等。
I、Ⅲ型分泌系统是sec不依赖性的，Ⅱ、Ⅳ型是sec依赖性的。
现已发现的Ⅲ型分泌系统 主要存在于耶尔森氏菌 ( Yersinieae ) 、肠炎 沙门氏菌 ( Salmonella enterica) 、志贺氏菌 ( Shigella) 、埃希氏大 肠杆菌 ( Escherichia coli )等；
目前认为革兰氏阴性菌的分 泌系统有 5个类型, 即 Ι~ V 型,均由一些具有特殊功能 的蛋白质、 多肽组成。另 外 ,第五种大分子分泌途径 和质粒的接合转移有关。
IV型
根据是否依赖信号肽 ( signal sequence ，sec)的特点，可将其 分为 sec依赖性和sec不依赖性 两类。
细菌Ⅲ型分泌系统
安徽农业大学预防兽医学 11720695 杨骁
主要内容
一、Ⅲ型分泌系统的概述 二、Ⅲ型分泌系统的结构和组成 三、Ⅲ型分泌系统分泌机制 四、Ⅲ型分泌系统与细菌致病性 五、Ⅲ型分泌系统的特点 六、Ⅲ型分泌系统的展望
一、细菌分泌系统的概述
2009年度南京师范大学国家自然科学基金资助项目清单
2009年度南京师范大学国家自然科学基金资助项目清单学院姓名申请项目名称资助类别金额(万元)数科院（6项）纪春岗L-函数，二次域以及其它数论问题面上项目27魏加群有限维猜测及其相关问题与理论研究面上项目24陈二才动力系统中的拓扑压与维数理论面上项目26曹海涛二维光正交码及相关设计的研究面上项目25王丽大型稀疏非对称线性方程组的预处理及高效算法研究面上项目26赫海龙辛几何中的开“格罗莫夫-威腾”不变量青年基金16物科院（4项）童培庆准周期与非周期系统的若干动力学和相关问题的研究面上项目34马青玉基于声偶极振动矢量的磁感应磁声衍射层析成像技术研究面上项目36肖振军B介子物理高阶QCD修正计算和唯象研究面上项目36张宁异型（复合）铁磁∕铁电复合材料中的电致变磁导效应与微振发电面上项目42化科院（7项）黄晓华稀土作用于辣根细胞膜的若干生物无机化学行为研究面上项目35孙培培高活性纳米金属的制备及其催化有机反应的研究面上项目35魏少华酞菁/二氧化硅靶向给药体系的构建及其光动力活性研究面上项目35杨维本不同结构吸附树脂对典型抗生素类有机物的吸附行为与机理面上项目36韩敏金属纳米晶的可控合成、组装及多功能异质纳米结构的构筑青年基金18李卉卉环境中有机污染物分子与人类肿瘤相关DNA作用机制的研究青年基金19张卉纳米界面上蛋白质构象及其电化学性能青年基金20生科院（11项）陈双林黏菌代表种的DNA标识区段及遗传多样性的研究面上项目25戴亦军不同共代谢基质控制嗜麦芽寡养单胞菌的吡虫啉代谢途径的机理研究面上项目35邵蔚蓝一株嗜冷菌及镶嵌其细胞壁的大型颗粒的研究面上项目35蒋国芳黄脊雷篦蝗的种群遗传结构和系统地理格局研究面上项目31马飞脊椎动物miRNA基因的起源与进化分析面上项目32杨州微囊藻表型转化的野外原位研究面上项目32戴传超广谱植物内生菌优化花生连作土壤微生物区系的研究面上项目30陈龙镉激活神经细胞mTOR通路诱导凋亡及雷帕霉素靶向调控抗凋亡分子机理面上项目31陈华群内皮细胞肌球蛋白轻链激酶调节小鼠肾脏发育及其机制面上项目31裴建军嗜热厌氧乙醇杆菌中还原力感应蛋白介导乙醇代谢调控的分子机理青年基金20陈玉清抗菌肽CM4对癌细胞与正常细胞的选择性与机理青年基金20地科院（17项）汤国安基于DEM的黄土高原地貌形态空间格局研究重点项目150汪涛基于知识网络视角的高科技园区产业空间集聚研究——以苏南为例面上项目30黄震方基于文化视角的区域旅游发展机制与模式研究——以长江三角洲地区为例面上项目30方斌我国东部地区耕地利用的综合优化模式研究——以浙江省浦江县为例面上项目30李云梅面向湖泊水色遥感的多源数据融合与生成研究面上项目35刘学军融合地形结构的DEM质量分析研究面上项目35张雪英面向GIS的文本空间关系解析机制研究面上项目35赵媛中国石油资源流动空间格局演化规律与形成机制研究面上项目36吴江滢辽宁暖和洞年纹层状石笋全新世东亚季风气候记录与驱动机制研究面上项目49张茂恒中更新世以来大九湖盆地泥炭沉积的气候地层学研究面上项目50刘金娥互花米草对苏北盐沼沉积物有机碳库功能格局影响机理面上项目49齐相贞不同繁殖方式的外来入侵植物的扩散机制研究青年基金18周年兴旅游地景观格局演变机制及优化研究：以武陵源为例青年基金18刘会玉植物入侵对不同尺度栖息地时空变异的响应及其预测青年基金20杨昕基于DEM的黄土高原流域边界剖面谱研究青年基金18吴明光基于庞加莱对偶的三维自由拓扑模型青年基金18张卡基于非下采样Contourlet变换的多源影像自动匹配方法研究青年基金18电自院（1项）田恩刚网络控制系统的随机建模、分析与综合面上项目19动院（2项）杨宏旻烟气中单质汞的等离子放电协同光催化氧化特性研究面上项目30王延华生态土壤污水处理系统温室气体的量化和产生机制研究—太湖流域为例面上项目20请项目主持人按照国家自然科学基金项目及经费管理办法，填报项目计划书。
致病菌Ⅲ型分泌系统特有效应蛋白的预测及其特有模体分析
致病菌Ⅲ型分泌系统特有效应蛋白的预测及其特有模体分析刘颖;王涛;王尚;王静;高志贤;牛超【期刊名称】《解放军预防医学杂志》【年(卷),期】2016(34)2【摘要】目的对病原菌Ⅲ型分泌系统(TTSS)效应蛋白在非致病菌中进行直系同源基因预测,以获得病原菌Ⅲ型分泌系统特有效应蛋白,并进一步对特有效应蛋白模体构成进行分析,旨在更深入地认识TTSS效应蛋白,为理论研究和生物学实验提供参考。
方法利用彼此最佳blast方法对效应蛋白在构建的非致病性细菌蛋白质数据库中进行直系同源基因预测,并利用Inter Pro Scan对预测获得的特有效应蛋白序列进行模体搜索分析。
结果在49个收集整理的致病菌Ⅲ型分泌系统效应蛋白序列中,有18个效应蛋白在非致病菌中存在直系同源基因,31个效应蛋白(即TTSS特有效应蛋白)在非致病菌中没有直系同源基因;对31个Ⅲ型分泌系统特有效应蛋白序列进行模体分析,获得了12个效应蛋白特有模体。
结论 31个致病菌Ⅲ型分泌系统特有效应蛋白序列的获得,为更精确地在致病性细菌基因组内预测获得新的效应蛋白序列奠定了基础;12个效应蛋白特有模体的获得及其基因本体注释分析进一步理解了效应蛋白的作用机制。
【总页数】4页(P152-154)【关键词】Ⅲ型分泌系统(TTSS);效应蛋白;模体【作者】刘颖;王涛;王尚;王静;高志贤;牛超【作者单位】军事医学科学院卫生学环境医学研究所【正文语种】中文【中图分类】R96;S85【相关文献】1.基于生物信息学的致病菌特有基因预测及分析 [J], 牛超;王月兰;岳俊杰;程义勇;高志贤;梁龙2.致病菌Ⅲ型分泌系统分子伴侣序列保守性分析及新伴侣的预测 [J], 汪莉;王玉民;汪琼;郭志云;梁龙;黄培堂3.细菌外毒素序列中特有模体的识别及其基因本体注释分析 [J], 牛超;王月兰;岳俊杰;宁保安;高志贤;梁龙4.迟钝爱德华氏菌Ⅲ型分泌系统效应蛋白功能域预测 [J],5.10种预测的鹦鹉热衣原体Ⅲ型分泌系统效应蛋白的定位分析 [J], 伍海英;唐婷;张旭;潘奕良;郭壮;全淑芬;陈丽丽因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
信息， 如基因本体 Ｇｎ ｎ ｌ ｙ 、 ｅｅ ｔｏ ）功能域等等 。由于序列数 Ｏ ｏｇ
据是最容易得到的 ， 因此第一类方法最 为普遍 。本文也将氨
基酸序列数据作为研究对象 ， 从中抽 取特征 。
【 关键词 】 特征提取 ； 三型分泌 系统 ； 氨基酸序列
０ 引言
一
由于验证效应蛋 白需要复杂 的生物实验 ， 生物学家亟需 套计算方法来预测可能 的效应蛋 白。
细菌分泌系统 的发现 ， 近年来细菌致病机制研究 的重 是
要进展 。革兰氏阴性菌有许多分泌蛋 白通过多种机制被运送
２ 已有 的蛋 白质序 列特征 提取 方法
员发现许多效应蛋 白的氨基酸序列 Ｎ端存 在一些共 同特点 。
如 ： ５ 氨基酸 中至少有 １％的丝氨酸 ； １ 前 ０个 ０ 前 ２个残基 缺
３ 分段 特征 提取方 法
根据 已有 的研究发现 ， 三型分泌系统效 应蛋 白的 Ｎ端序
少酸 牲氨基酸 ； 第三或第 四个氨基酸是异亮氨 酸、 亮氨 酸、 缬
三型分泌系统的效应蛋 白，并 根据 已知效应蛋 白的特点 ， 分 段考察 氨基酸序列 Ｎ端 ， 取得 了良好 的分类效果 。
位置特征 ； 第二类考虑物理化学和生物性质 ， 比如溶剂可接
触性 、 极性 、 二级结构等等 ； 第三类结合现有数据库 中的注释
１ 三型 效应 蛋 白氨基酸 序列 的 已知特性
长度 。根据这些论断 ， 我们将效应蛋 白 Ｎ端氨基酸序列分
有的效应蛋 白都满足这些特征 ，有 的只满足其 中的 １ 条或 ２
条， 也有的所有都不满足 。
为三段 ， 分别进 行考察 ， 即提取数 据集 中所有 蛋 白质 样本 的
※基金项 目： 本文受上海海事大学校基金项 目（０ ￣ ｏ ９ 资助。 ２ １ｏ ｏ ）
９ ． ，０４ ５６ ７ ．％和 ９ ．％。从 这 一 结果 可 以看 出 ， 三段 的特 征 ％ ２ ７ 将
５ 为第二段 ，１１０ ０ ５～０ 为第三段 。 对这三段序列分别 统计 ｋ 联
性 。分 泌系统是其 中非常重要 的运输机 制之一 ， 目前 已发现 的有五种分泌系统Ⅲ 由一些具有特殊功能的蛋白质组成 。其 ， 中 ．革 兰氏阴性菌三型分泌系统 （ ｈ ｐ ｌ ｓｃｅ ｏ ｓ Ｔ ｅｔ ｅＩ ｅｒｔ ｎｓ ． ｙ ｌ ｉ ｙ
ｔｒ， ｓ ） ｅ ｙｒｓ 与多种危害性极大的动植物病害相关 ， 鼠疫 、 ｎ 如 痢
２１年 ０ 月第 １期 ０２ ４ ０
细菌三型分泌蛋白序列的分段特征
（ 上海海 事大 学信 息工 程学 院
【 摘
中国
上海
２ １０ ） ０ ３ ６
要】 三型分泌 系统广泛存在 于动植物致病茵中 ， 是最复杂的蛋 白质分泌 系统之 一。 三型分泌 系 统可 以向宿主细胞分 泌
守， ２ 由 ０种 以上的蛋 白质组成 ， 是最复杂 的蛋 白质分泌系统
之一。虽然构成 Ｉ Ⅱ型分泌系统的结构蛋 白保守 ， 但是该系统 所分泌出去 的效应蛋 白（ｆｃｏ） ｅｅｔｒ差异性 很大 ， ｆ 如何识 别这些 蛋 白质 ， 出引导 它们分泌 的信 号 ， 于 了解该 系统 的机制 找 对 具有及其重要 的作用。
毒力 因子。 又称效应蛋白， 而导致疾病 的发作。 目前 已知的三型分泌 系统的效应蛋 白很有限 ， 从 它们并没有明确 的分泌信号 ， 识
别较 困难。本 文主要介绍三型分泌 系统效应蛋 白的计算预 测方法 ， 根据其 Ｎ端序 列的特 点 ， 采取分段式的特征提取 ， 取得 了良
好的预测效果。
疾 、 稻 白叶枯病 等等目 水 。三型分泌 系统 的组成 结构高 度保
要 的． 所以受到越来越多生物学研究者 的重视 。 蛋 白质序列 的特征提取直接关 系到预测质量 的高低 ， 因
此是 基于计算方法的蛋 白质功能预测研究 中的关键环节 。目 前。 研究人员 已开发 了多种蛋 白质序列特征提取方法 。根据
并结合模式分类算法将这些信息用适当的数学计算方法来描述或表示使之能够准确反映蛋白质的序列信息与功能之徊j存在的某种关联这一过程对于蛋白质功能研究是非常重要的所以受到越来越多生物学研究荇的重视
Ｓ ｉｎ ｅ＆ Ｔｅ ｈ ｏ ｏ ｙ Ｖｉ ｏ ｃｅ ｃ ｃ ｎ ｌｇ ｓ ｎ ｉ
项 目与课 题
科 技 视 Ｐｒ －
所利用 的数据 资源不 同 ， 这些方 法主要可 以分为三类 ： 于 基
氨基 酸单体或 多联体 的组成 和位置 的方法 ， 利用氨基 酸的
物理 、 化学及生物性质 的方法［ 以及基 于注 释的方法 。第一 ６ １ ． 类主要是 考察 氨基 酸单 体或 氨基 酸多联 体的出现频率 、 出现
本 文从 蛋白质氨基 酸序列 出发 ， 提取序列 特征用于识别
氨酸 、 脯氨酸 ， 或者有 时是丙氨酸 ， 并且 常常跟在脯氨 酸 、 或 极性 、 碱性氨基酸之后［ ３ １ 。可以看出 ， 这些共性都是 比较笼统 的， 导致泌出 的具体信号是否存在 尚无定论 。而且并不 是所
列可能隐含着 分泌信号 前 ｌ ， ５个氨基 酸被认为是最 重要的 区域 ， 而分泌信 号通常包含在前 ５ 氨基酸 区域 内［ 然而 ０个 ８ １ ； 也有学者认为最 大的分 泌信号 区域 应 包含 前 １０个 氨基 酸 ０
从蛋 白质序列 中提取能够表示序列 特征的有效信息 ， 并 结合 模式分类算 法 ， 将这些信息 用适 当的数学 、 算方法 来 计 描述 或表示 ， 使之能够准确反映蛋 白质 的序列信 息与功能之
间存在 的某种关联 ， 这一过程对于蛋 白质功能研究是 非常重
到菌体细胞外 ，直接与宿 主细胞发生相 互作用 而发挥其 毒
ｓ Ｅ Ｅ＆Ｔ ｃ ｃＩＮｃ Ｅ ＨＮ。Ｌ 。ＧＹ Ｖ ｓ。Ｎ 科技视界 Ｉ４ ＩＩ ７
２１年 ｏ 月第 １期 ０２ ４ ０
Ｓｎ＆ｅｎ ｇ ｉ 科 ｃ Ｔｈｌ ｉ ｃ ｅ ｃｏｙｓ ｉ 技 视ｏ界 ｏ ｅ Ｖｎ
项 目与课题
前 １０个氨基酸 ， ０ 然后分 为三段 ， 分别为 １ １ — ５为第 一段 ，６ １～