磁珠富集法筛选方正银鲫的三、四核苷酸重复微卫星DNA
磁珠富集法随机筛选大菱鲆基因组SNP标记

磁 珠 富集法 随机筛选大 菱鲆基 因组 S N P标记
董 晓丽 一 , 徐建 勇 , 陈松林
( 1 . 中国水产科学研究 院黄海水产研究所 , 山东 青岛 2 6 6 0 7 1 ;
2 - 中国水 产科 学研究 院黑龙江水产研究所 , 黑龙江 哈尔滨 1 5 0 0 7 0 ) 摘要 : 利用磁珠富集法随机筛选 了大菱鲆 ( S c o p h t h a l m u s m a x i m u s ) 基 因组 7 8 2 0 b p的序列 , 获得 了 3 5个 S N P标 记, S N P标记的含量约为 0 . 4 4 8 %。超过 6 8 %的 S N P标记 由碱基转换造成 , 不足 2 9 %的 S N P标记 由碱基的颠换 造成。 使用磁珠 富集法对 目的基 因 K C 7 0的检测发现 , 7 2 5 b p的片段上 发现 7 个S N P标记 。 此结果证 实 , 该方法 不仅能够随机筛 选基 因组 S N P标记 , 还能筛选 目的基 因的 S N P标记 。 关键词 : S N P; C E L I ; B s t ; 大菱鲆 ; 随机
S NP s we r e d e t e c t e d f r o m 7 8 2 0 b p DNA s e q u e n c e s . a b o u t O . 4 4 8 %. Mo r e t h a n 6 8 p e r c e n t s o f t h e S NP s we r e c a u s e d b y b a s e t r a n s i t i o n
磁珠富集法筛选池蝶蚌微卫星分子标记

磁珠富集法筛选池蝶蚌微卫星分子标记陶然;史建伍;邱齐骏;盛军庆;王军花;洪一江【期刊名称】《南昌大学学报(理科版)》【年(卷),期】2014(000)003【摘要】Microsatellites molecular markers of Hyriopsis Schlegelii were obtained by using magnetic beads enrichment.The genomic DNA was firstly cut by Sau3AI,Then,the purified fragment was linked to Brown adapter.These fragments were hybridized with a biotin-labeled SRS (simple repeat sequenced)probe (AC) 12.The hybrid mixture was incubated with magnetic beads coated with streptavidin.After washing to re-move the non-SSR fragments,the eluted single-stranded DNA contained the selected microsatellites DNA. The target DNA were amplified by using primers according to the linkers.The PCR product was cloned in-to the pMD19-T vector and transformed into DH5α.In this study,110 of 212 pos itive clones were se-quenced and 60 clones were identified as microsatellites sequences.In microsatellites sequences,the repeat-ed number of 80% sequences were above 10 repeats and 21.4% sequences were perfect.In addition,30 pairs of primers were designed according to microsatellites sequences and 10 pairs were used to amplify spe-cial fragments.These results showed that magnetic beads enrichment was an efficient method to acquire microsatellites.In a word,the microsatellites which were obtained can offer useful genetic markers for stud-ying the diversity of HyriopsisSchlegelii in the future.%通过磁珠富集的方法分离池蝶蚌(Hyriopsis Schlegelii)的微卫星分子标记。
用磁珠富集法快速制备银鲫微卫星标记

测 ,估计 D A浓度为 10 g 。取约 1 N 5 / L n 5 银鲫 基因组 D A,加入含有限制性 内切酶 M o 的酶切 N bI
缓冲体系 (0 L 中,于 3 20 ) 7℃下温育 3h后 , 加入不同浓度 的蔗糖 (0 、20 0 、40g L , 10 0 、30 0 / ) 离心 (2 0 rn 2 ) 2 0ra , 2h ,收集 40~ 0 p目 0 /i 0 90b 的片段并纯化。
备 的感受态 大 肠杆 菌 Ececi c i H o中 ,得 到微 卫 星 序 列 文 库 ;经用 同位 素 一 s rh lD 5t h i a o P标 记 的探 针 ( A 二 次筛选 ,获得 25个阳性克隆 ,对其测序 ,得 24个含微卫 星序列 , C) 3 2 完美 型 、非完 美型 、复合 型 序列分别 占总数 的 5.% 、2.% 、1.% 。除探针 中使 用 的 ( A G ) 复单元 外 ,还 观察 到 ( A 28 87 85 C / T 重 G/ C ) ( C C 的重复序列。设计 ] T A T ) 6 3对引物 , 择合 成 3 选 O对引物 ,经聚丙烯酰胺凝胶筛选 , 对 可以获 9
哮
维普资讯
第 6期
1 3 接 头 的制备 与连 接 .
姬 长虹 , : 等 用磁 珠 富集 法快 速制备 银 鲫微 卫 星标 记
得清晰条带 ,其 中 3对为单态 ,6对 为多态 。
关键 词 : 银鲫; 微卫星; 磁珠富集
中 图分 类号 : 97 9948 ¥1 ;Q 5.6
文 献标识 码 : A
银鲫 C r s s ua s i l 是鲫 的近缘亚种 , a su art b i a i u g eo 广泛分布于亚 、欧大陆的温带水域 ,在中国盛产于
磁珠富集法筛选白鲢的微卫星分子标记

磁珠富集法筛选白鲢的微卫星分子标记鲁翠云;孙效文;曹洁;梁利群【期刊名称】《农业生物技术学报》【年(卷),期】2005(13)6【摘要】通过磁珠富集法筛选白鲢(Hypophthalmichtys molitrix)的微卫星分子标记.从血液中提取白鲢大片段基因组DNA,限制性内切酶Sau3AI部分消化,使大部分片段介于400~900bp,低熔点琼脂糖凝胶回收.在筛选的基因组片段上连接1个20bp的双链接头,构建白鲢全基因组PCR文库,用生物素标记的微卫星探针(CA)15进行筛选,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,获得含有微卫星的单链序列;将这些序列通过PCR扩增,连接pGEM-T载体,转化入感受态大肠杆菌(Escherichia coli)DH5α,得到一个微卫星序列文库;又经同位素标记的微卫星探针(CA)15进行第2次筛选,获得149个阳性克隆,经测序分析,获得微卫星序列138个,这可用引物设计软件PrimerPremier 5.0设计引物81对.【总页数】5页(P772-776)【作者】鲁翠云;孙效文;曹洁;梁利群【作者单位】中国水产科学院黑龙江水产研究所,哈尔滨,150070;中国水产科学院黑龙江水产研究所,哈尔滨,150070;大连水产学院,大连,116023;中国水产科学院黑龙江水产研究所,哈尔滨,150070【正文语种】中文【中图分类】S9【相关文献】1.磁珠富集法开发长臀鮠微卫星分子标记 [J], 孔杰;蒋晓红;周洲;张竹青;周路;李道友2.磁珠富集法筛选池蝶蚌微卫星分子标记 [J], 陶然;史建伍;邱齐骏;盛军庆;王军花;洪一江3.磁珠富集法筛选兰州鲇微卫星分子标记 [J], 魏大为;连总强;吴旭东;王发新;肖伟;张利平4.磁珠富集法筛选实验豚鼠微卫星分子标记 [J], 朱亮;蔡月琴;屠珏;应华忠;徐剑钦;陈民利5.用磁珠富集法分离亚麻基因组微卫星分子标记 [J], 邓欣;陈信波;龙松华;王孝纯;高原;何东锋;王进;王玉富因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
磁珠富集法筛选西施舌微卫星序列

磁珠富集法筛选西施舌微卫星序列朱立静;孙中响;陈淑吟;吉红九;许晓风;沈颂东【期刊名称】《南方水产科学》【年(卷),期】2011(007)004【摘要】采用生物素-磁珠吸附微卫星富集法(FIASCO)筛选西施舌(Coelomactra antiquata)微卫星分子标记.结果获得含有重复次数不少于5次的微卫星序列38个,其中完美型占68.4%,非完美型26.3%,混合型5.3%.除探针中使用的CA和GA 2种重复外,还得到ATTG、CGTG和TGTTG的重复序列.微卫星重复次数主要集中在5 ~46次,最高为70次.利用这些微卫星序列设计了14对引物.该研究筛选出的微卫星标记为进一步研究西施舌的遗传多样性提供帮助.%In this experiment, magnetic bead hybridization method was used to enrich the microsatellite loci in Coelomactra antiquate. As a result, 38 microsatellites that repeated no less than 5 times were found. Among the 38 microsatellites, 68.4% are perfect, 23. 7% are imperfect and the rest are compound (7. 9% ). In addition to the biotin-labeled SRS (simple repetitive sequence) probe CA and GA, there are ATTG, TG, CGTG and TGTTG in the microsatellites. Microsatellite repeats mainly from 5 to 46 times, and the most repetitive number is 70. We designed 14 pairs of SSR-primers using these microsatellite sites, which will facilitate the studies on the genetic diversity of C. Antiquata.【总页数】6页(P10-15)【作者】朱立静;孙中响;陈淑吟;吉红九;许晓风;沈颂东【作者单位】苏州大学医学部细胞生物学系,江苏苏州215123;江苏省海洋水产研究所,江苏南通226007;苏州大学医学部细胞生物学系,江苏苏州215123;江苏省海洋水产研究所,江苏南通226007;南京师范大学生命科学学院,江苏南京210046;南京师范大学生命科学学院,江苏南京210046;苏州大学医学部细胞生物学系,江苏苏州215123【正文语种】中文【中图分类】S917.4【相关文献】1.基于磁珠富集法开发并筛选西川红景天的微卫星标记 [J], 王久利;雷淑芸;陈世龙;张发起2.磁珠富集法筛选大弹涂鱼CA微卫星序列 [J], 张晓菊;薛良义;林天势;蔡灿3.磁珠富集法筛选西施舌微卫星序列 [J], 朱立静;孙中响;陈淑吟;吉红九;许晓风;沈颂东4.磁珠富集法筛选虾夷扇贝微卫星序列 [J], 赵莹莹;朱晓琛;孙效文;梁利群5.磁珠富集法与小片段克隆法筛选鲤微卫星的比较研究 [J], 孙效文;贾智英;魏东旺;鲁翠云;梁利群因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
磁珠法核酸片段筛选

磁珠法核酸片段筛选
磁珠法核酸片段筛选是一种常用的分离和纯化核酸片段的方法。
该方法利用特定的磁性珠子,通过其与特定的核酸片段的亲和性,将目标核酸片段选择性地吸附到磁珠上,然后利用磁场将磁珠与其他非目标核酸片段分离,最终实现目标核酸片段的纯化和富集。
具体的步骤通常包括以下几个方面:
1. 选择合适的磁珠:根据目标核酸片段的特异性,选择具有相应亲和基团的磁珠,例如,可以选择具有亲和性标记(如生物素或抗体)的磁性珠子。
2. 将磁珠与亲和配对物结合:将具有特定亲和性的配对物(如生物素亲和剂或抗体)与磁珠进行结合,以便与目标核酸片段特异性结合。
3. 样品处理:将待处理的样品(如总DNA或RNA提取物)
与磁珠/亲和配对物复合物进行混合,目标核酸片段与磁珠上
的配对物发生相互作用并结合到磁珠上。
4. 分离与洗涤:通过施加磁场,将含有目标核酸片段的磁珠/
核酸复合物聚集起来,然后将非目标核酸片段溶液去除,进行洗涤步骤以去除杂质。
5. 脱附与洗脱:用适当的缓冲液使目标核酸片段与磁珠脱离,并以高纯度的核酸片段形式洗脱。
磁珠法核酸片段筛选具有选择性高、操作简便、高通量等优点,广泛应用于基因组学研究、基因诊断、药物开发等领域。
磁珠富集法筛选白鲢的微卫星分子标记

• 1 材料和方法
• 1.1白鲢基因组DNA片段的提取和酶切
采白鲢的血液,每0.1mL血浆加0.9 mL裂解液, 37 ℃消化过夜,用等体积的酚、氯仿和异戊醇混 合液(25: 24 :1)抽提3 次。然后用0.05 mol/LTris-HCl(pH8.0)和0.01 mol/L EDTA (pH 8.0)透析16 h 。无水乙醇沉淀,溶于0.1×TE。 用限制性内切酶Sau3A I酶切,1% 琼脂糖凝胶电 泳检测,切下400~ 900 bp片段用试剂盒进行回收 备用。
• 1 .6 连接T-载体,克隆 建立10µL连接反应体系:2×连接酶缓 冲液5µL, pGEM-T vector 1µL,插入DNA片 段2µL,T4DNA连接酶1µL(3U/µL ),加无菌 去离子水补足10µL,同时T载体自身连接作 为对照,4℃连接过夜。用CaCl2制备的感受 态大肠核心序列重 复次数应当在一个非常高的水平上,避免由于微 卫星核心序列过短,造成微卫星标记筛选中多态 性引物比例过低而造成浪费。本研究所得到的白 鲢微卫星序列重复数在10次以上的占总数的 71.74% ,这对于筛选PIC高的分子标记,进行白 鲢野生甚至养殖种群的遗传多样性研究是十分有 利的。
• 1 .4 .3 磁珠吸附富集
磁珠上包被有链霉亲和素,可与探针上的生 物素结合,从而通过磁力将探针连同所需的微卫 星序列一同分离出来。 将杂交完毕的杂交液加入已平衡好的磁珠中, 25 ℃温育20min ,并轻轻摇动使生物素和链霉亲 和素充分结合。温育结束后,将离心管放置到磁 力架上,去除溶液。依次用洗液I,洗液II, 洗 液III 洗涤磁珠,去除不含有微卫星的序列。洗 涤方法是:洗液I在室温洗2 次,每次静置10min; 洗液 II在68℃洗2次,每次静置15 min;洗液III 在室温快速洗2次,即可基本将不含微卫星的序列 去除干净。
磁珠法分离纯化DNA原理及其步骤

磁珠法别离纯化DNA原理及其步骤日期:2021-05-22 来源:互联网标签:核酸纯化核酸别离磁珠法纯化DNA摘要: 磁珠法纯化DNA主要是利用利息交换吸附材料吸附核酸,从而将核酸和蛋白质等其细胞中其他物质别离。
本文主要概述了磁珠法纯化DNA原理、核酸别离与纯化的原那么、核酸别离与纯化的步骤。
欢度大力神杯之夏,参与BRAND竞猜活动,获赠BRAND产品!GeneCopoeia:qPCR mix免费试用体验活动开场!磁珠法纯化DNA主要是利用利息交换吸附材料吸附核酸,从而将核酸和蛋白质等其细胞中其他物质别离。
本文主要概述了磁珠法纯化DNA原理、核酸别离与纯化的原那么、核酸别离与纯化的步骤。
磁珠法纯化DNA原理磁珠法核酸纯化技术采用了纳米级磁珠微珠,这种磁珠微珠的外表标记了一种官能团,能同核酸发生吸附反响。
硅磁(Magnetic Silica Particle)就是指磁珠微珠外表包裹一层硅材料,来吸附核酸,其纯化原理类型于玻璃奶的纯化方式。
离心磁珠是指磁珠微珠外表包裹了一层可发生离心交换的材料(如DEAE,COOH)等,从而到达吸附核酸目的。
不同性质的磁珠微珠所对应的纯化原理是不一致。
使用磁珠法来纯化核酸的最大优点就是自动化。
磁珠在磁场条件下可以发生聚集或分散,从而可彻底摆脱离心等所需的手工操作流程。
Omega拥有全面的磁珠法核酸别离试剂盒,基于这种技术的试剂盒,名称前都有’Mag-Bind’。
核酸别离与纯化的原那么核酸在细胞中总是与各种蛋白质结合在一起的。
核酸的别离主要是指将核酸与蛋白质、多糖、脂肪等生物大分子物质分开。
在别离核酸时应遵循以下原那么:保证核酸分子一级构造的完整性:排除其他分子污染。
核酸别离与纯化的步骤大多数核酸别离与纯化的方法一般都包括了细胞裂解、酶处理、核酸与其他生物大分子物质别离、核酸纯化等几个主要步骤。
每一步骤又可由多种不同的方法单独或联合实现。
1. 细胞裂解:核酸必须从细胞或其他生物物质中释放出来。
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第4 卷 1
Vo. 141
第 1期
No .1
淡
水
渔
业
21 0 1年 1月
J n 2 1 a.0 l
F e h tr F s e e r s wae 正 银 鲫 的 、 四核 苷 酸 一
重 复 微 卫 星 DNA
曹 , 云 , 虎 , 远 , 奇 , 凤 , 文 柱 鲁翠 郑先 储志 张天 赵元 孙效
3 C lg 厂 i ee adL eSi c,S ag a Oen U i rt,Sa g a 2 10 ) . ol e0 Fs r s n i c ne h nh i ca n e i e h i f e v sy h nh i 0 36
Ab ta t Ma n t e d n i h d meh d w s u e o ioae o y r h c t —a d tta u lo i e r p a c o ael e sr c : g ei b a se r e to a s d t s ltd p l mop i r n er n c e t e e tmir s tl t c c i d i
传统 的放射性 同位素杂交法相结合 ,进行 二次筛选 微卫星分 子标记 。结 果显示 :对 6 2个 阳性克 隆进行测 序分 5
析 ,获 得 微 卫 星 序 列 80个 ,其 中 完 美 型 5 2个 ( 7 7 % ) 0 4 6 . 5 ,非 完 美 型 10个 ( 7 5 % ) 混 合 型 l8 个 4 1 .0 , 1 (4 7 % ) 1.5 。用 引 物 设 计 软 件 pi e3 ls 线 设 计 引物 13对 ,选 择 合 成 7 r rpu 在 m 6 6对 ,引 物 多 态 性 通 过 二 倍 体 野 生 鲫
D A f m F n z e gsv r re nc q C rs u uau gb l B o h ) o bnn e rdt n l a ii t e y r — N o a gh n i e u i a 3( a as s rts i i r l e a i a e o( l ) c m i gt a io a rdo oo bi c ias s uau gbl Boh ) C rsi rts ieo( l ) ;微 卫 星 ;磁 珠 富 集 法 ua i c 中图 分 类 号 :¥1 . ;Q 5 974 94 文 献标 识码 :A 文章 编 号 :10 —9 7( 0 1 0 -0 23 006 0 一2 1 ) 10 2 47
( aasu uau iei B o h )b g ei b a s C rsisa rtsgb l o( lc ) yma n t e d c
CAO u , L Cu u , ZHENG a h , CHU iy a Zh U iy n Xin. u Zh . u n 一,
De e o v l pm e f p l m o ph c t i n t t a uc e td e a nto o y r i r —a d e r n l o i e r pe t m i r s t lie l c n Fa z n iv r c u i n c r c o a e lt o ii ng he g sl e r c a a p
群体进行检测。检 测结 果显 示 ,3 0对 引物表 现 出不 同程 度 多态性 ,等位 基 因数在 3~8之 间 ,多 态信 息含 量 ( I ) 0 4 6 0 8 2 间,其 中 8 %为高度 的多态性位点 ( I PC 在 .0 6~ .0 3之 a r s t 65 ostv lne r e u nc da trt e s c n ee t n. 80 ir s tlies q e e r s — z to e ul, 2 p iiec o swe e s q e e fe h e o d s lci o 0 m c o ae l e u nc swee io t
ZHANG a qi一 , ZHAO a f n , S Tin— Yu n,e g UN a — n Xio we
( .ntueo i c neadTcnl y ainOen U i rt,D l n i n g 16 2 ; 1Istt fL eSi c n eh o g ,D l ca n e i i f e o a v sy a a ,La i 10 3 i on
(.大连海洋大学生命科学与技术学院,辽宁大连 162 ; 1 103
2 .中国水产科 学研 究院 黑龙 江水产研 究所 ,哈 尔滨 10 7 5 0 0;
3 海 海洋 大学生命 科 学与技 术 学院 ,上 海 .上
209 ) 000
摘 要 :通 过 生 物 素 磁 珠 富 集 法 开 发 方 正 银 鲫 ( aas sa rts i l ( l h ) 、四 核 苷 酸 重 复 的微 卫 星 ,并 与 C rs u uau gb i Bo ) 三 i eo e