DNA条形码-植物
基于DNA条形码的植物物种鉴定和保护
基于DNA条形码的植物物种鉴定和保护DNA条形码是20世纪初由加拿大科学家保罗·海贺所提出的一项技术。
它利用物种个体细胞中线粒体的COI基因区域编码，将基因数据与物种信息联系起来，形成一个基于DNA序列的物种鉴别技术。
随着生物大数据时代的到来，基于DNA条形码的植物物种鉴定和保护也成为了热门的研究领域。
如何进行基于DNA条形码的植物物种鉴定呢？其实很简单。
首先，需要对所研究的物种进行采样，并取其线粒体COI基因区域的DNA样本。
然后，需要选取一组COI引物，对DNA样本进行PCR扩增和测序。
最后，将所得的DNA序列与已知的菌种DNA数据库进行对比，从而识别所研究物种的物种信息，进而实现物种鉴定。
使用基于DNA条形码的植物物种鉴定技术有哪些好处呢？首先，这项技术可以用于检验植物样本的物种真实性。
有时候，虽然植物的名称看上去是正确的，但实际上却属于其他物种，这就会导致很多误解和错误。
使用基于DNA条形码的鉴定技术可以排除这种情况的发生，从而保证了植物样本的可靠性。
其次，通过基于DNA条形码的植物物种鉴定技术，可以减少植物标本和样本的消耗。
在过去的实践中，植物学家在记录植物标本和样本时，需要搜集大量信息，涉及很多生物学、生态学等方面的知识，并且意外损坏标本和样本的可能性也比较大。
而采用基于DNA条形码的植物物种鉴定技术，这一问题可以得到解决。
该技术只需要取得一小片植物组织，并进行DNA提取、PCR扩增等后续处理即可，不需要大量的植物组织和标本，同时也可以较大程度上降低标本和组织的损坏率，保证植物样本的使用寿命。
基于DNA条形码的植物物种鉴定技术对植物保护也具有重要意义。
目前，一些植物物种面临着严重的灭绝威胁，基于DNA条形码的鉴定技术可以帮助我们更好地了解和保护它们。
例如，了解海南木兰、珍珠贝母等植物物种的DNA条形码序列信息，可以有助于研究其生态环境、分布区域和种群大小等信息，进而采取有效的保护和管理措施，保护植物物种的生存环境和种群数量。
DNA条形码技术研究进展及其在植物检疫中的应用展望
DNA条形码技术研究进展及其在植物检疫中的应用展望大部分生物学家认为地球上的物种有1 500万种左右。
自林奈创立双命名法以来，超过170万种生物已经被分类及命名。
按照目前常规的分类方法，要完成地球上所有生物的鉴定工作，可能在以后的几百年内都无法完成。
随着分子生物学和生物信息学的飞速发展．DNA条形码技术成了生物分类学中新的研究热点。
所谓DNA条形码是通过一段DNA序列来识别某一生物物种。
这一概念认为像在超市里用扫描仪读取条形码一样，通过快速分析DNA中的一小段可识别地球上的每种植物或动物。
生物分类是人类认识自然的第1步。
正确地识别和区分物种对于生产、科研具有十分重要的意义。
因此，生物的分类鉴定是一项十分重要的工作。
Tautz于2002年首先提出以DNA序列信息作为分类学系统的平台。
Hebert于2003年提出用线粒体细胞色素C氧化酶亚基I这一特定基因的片段作为DNA条形码的基础，给所有生物进行编码，因此Hebert也被称为DNA条形码之父。
生物条形编码协会于2004年成立，目前会员超过50个国家的200个以上组织。
该协会的最终目标是建立标识地球上每1个物种的唯一的DNA条形码。
2007年5月10日，世界上第1个DNA barcoding鉴定中心在加拿大University of Guelph成立，从而大大推动了DNA条形码技术的研究及应用。
1 DNA条形码原理DNA是生物的遗传信息载体。
遗传基础的不同，决定了生物的多样性。
由于每种生物物种的DNA序列都是唯一的，就给DNA条形码提供了物质基础，每个位点上都有A、T、G、C 4种选择，理论上讲，45个碱基长度的DNA序列通过不同排列组合就可以获得10亿种可选择的编码。
但是，由于部分碱基的保守性，几十个碱基的长度不能提供足够的编码信息，而现代分子生物学的发展，扩增几百个碱基长度的序列已经很容易了。
所以，目前的DNA条形码分析都是基于几百个碱基长度的DNA序列。
DNA条形码可准确快速鉴定植物物种
DNA条形码可准确快速鉴定植物物种DNA条形码可准确快速鉴定植物物种准确的物种鉴定是人类认知自然和可持续发展的必要前提。
由于形态学特征鉴定物种难以满足科学发展的巨大需求，DNA条形码提供了可信息化的分类学标准和有效的分类学手段，成为进展最迅速的学科前沿之一。
针对热带雨林树种条形码研究的共同需求，近日，来自中国科学院西双版纳热带植物园5个不同研究组的科技人员在该园重点实验室相互合作，对补蚌20公顷大样地树木条形码开展合作研究。
根据CTFS样地建设标准，补蚌20公顷大样地于2006年开始并于2007年完成建设。
目前，该样地是中国最大的热带雨林永久观测样地，与长白山、古田山、鼎湖山以及台湾福山、莲花池等20～25公顷大样地，共同构成了一系列由温带到热带纬度梯度上的永久观测样地。
该园进化生态组博士Ferry已于去年完成该样地包含所有树种约2000多个个体的样品采集工作，并挑选出770多份有待进一步分析测试，以确定各树种的DNA条形码标准基因序列。
随着大规模的生命扫描即国际生命条形码计划的启动，中国作为全球的4个中心节点之一，该合作研究的开展，有利于建立和探索发现新种和隐存种的理论及方法，并为中国扫描生命的浩大工程发挥必要的作用，为实现像在超市购物一样“扫描一下”条码就可以清楚地叫出一种从未见过的生物的名称这一目标而努力。
据悉，中国已加入了全球生命条码计划，大规模的测序计划于去年初启动，其目标是5年内取得代表着50万个物种的500万号标本的DNA条形码记录。
对于动物，由于线粒体DNA进化的速度很快，所以可以把年轻的物种区分开来。
动物条形码的基因是线粒体的细胞色素C氧化酶I基因（COI基因），该基因约有650个“字母”，构成了每一个物种的DNA条码。
然而对于植物，COI基因作为条码可能有困难，因为线粒体DNA在植物中的进化速度太慢。
科学家认为植物特有的叶绿体可能是一个不错的选择，但有时可能需要2到3个不同的候选基因区域来担任植物DNA条码的任务。
基于DNA条形码技术的动植物物种鉴定研究
基于DNA条形码技术的动植物物种鉴定研究随着环境污染、生态失衡等问题的不断加剧，动植物物种保护日益重要。
然而，传统的物种鉴定方法对于某些物种而言存在局限性，尤其是在鉴定复杂物种时。
这时候，基于DNA条形码技术的物种鉴定方法就显得尤为重要。
DNA条形码可被定义为一段长度相对较短的DNA序列，它能够足够识别物种间的差异，从而实现物种的精准鉴定。
DNA条形码技术的鉴定原理DNA条形码技术的核心在于，选择一个相对保守的DNA序列区域，它在同一分类群中的差异较小，在不同分类群中的差异较大。
常用的DNA序列区域包括核糖体RNA的18S、ITS、28S、COI、matK等。
在实际应用中，首先需要进行样品的采集和样品中DNA的提取。
然后，通过PCR扩增目标DNA序列，随后DNA测序以得到具体的序列，最后使用基于比对、聚类、树状图等算法的分析方法，对鉴定结果进行准确性的判断。
DNA条形码技术的优势相较于传统的物种鉴定技术，基于DNA条形码技术的物种鉴定具有以下优势：1. 精准度高：通过DNA条形码，可以实现对物种的高精准度鉴定，避免了传统鉴定方法的误判和混淆。
2. 高效性：DNA条形码技术实现了对大规模样品的快速自动化处理，极大提高了鉴定效率。
3. 可靠性好：基于DNA条形码的物种鉴定方法具有较高的稳定性和可重复性，保证了鉴定数据的可靠性。
4. 无损鉴定：DNA条形码技术能够通过非侵入性的方式进行样品鉴定，减少了对样品的破坏和浪费。
DNA条形码技术在实际应用中的研究DNA条形码技术在实际应用中已得到广泛应用，并取得了各种成功的案例。
例如，在动物保护领域，DNA条形码技术可对非法的野生动物贸易进行监控。
例如，以国内常见的熊掌为例，传统的鉴定方法存在很大的NGS假阳性误判率。
但通过使用基于DNA条形码的方法，可大幅度减少这样的误判率，实现对熊掌的精准鉴定。
在植物保护领域，DNA条形码技术也有广泛的应用。
例如，随着濒危植物生存环境的不断恶化，保护关键物种变得尤为重要。
植物DNA条形码技术在品种鉴定中的应用
植物DNA条形码技术在品种鉴定中的应用一、引言DNA条形码技术是一种基于DNA序列的新型鉴定技术，通过特定的DNA序列区域来鉴定和区分不同的物种。
近年来，植物DNA条形码技术在品种鉴定方面得到了广泛应用。
本文将从植物DNA条形码技术的原理、应用案例以及优势等方面，探讨其在植物品种鉴定中的重要作用。
二、植物DNA条形码技术的原理植物DNA条形码技术的核心原理是利用特定的DNA序列区域来区分物种。
这个DNA序列区域被称为DNA条形码，通常是植物基因组中高度变异的DNA片段。
通过对这个DNA条形码进行测序和比对，可以获得物种之间的遗传差异信息，进而实现对不同物种的鉴定和区分。
三、植物DNA条形码技术的应用案例1. 品种鉴定：植物DNA条形码技术可以帮助鉴定不同植物品种，特别对于形态特征相似的品种，通过DNA条形码的比对可以更加准确地进行鉴定。
2. 反洗种：植物DNA条形码技术还可以用于鉴定市场上的植物产品是否为原产地品种，以防止假冒伪劣产品的流通。
3. 种质鉴定：对于植物种质资源的保护和利用来说，植物DNA条形码技术也具有重要的应用价值。
可以通过比对种质资源的DNA条形码，鉴定其种属信息和遗传差异，为种质资源的保护和利用提供科学依据。
四、植物DNA条形码技术的优势1. 高通量：植物DNA条形码技术可以快速、高通量地进行大规模样品的鉴定，大大提高了工作效率。
2. 高保真度：DNA条形码是植物基因组中高度变异的DNA片段，其遗传信息的保真度较高，可以准确地反映物种之间的遗传差异。
3. 高鉴定率：相比传统的形态学鉴定方法，植物DNA条形码技术在鉴定准确率上具有明显优势，尤其适用于形态特征相似的品种。
五、总结植物DNA条形码技术作为一种新型的鉴定技术，在植物品种鉴定中具有重要的应用价值。
其原理简单，操作方便，可以快速、准确地鉴定不同植物品种，为植物科研、种质保护和市场监管提供了有力的工具。
随着技术的不断发展和应用的推广，相信植物DNA条形码技术在未来的品种鉴定中将会发挥更加重要的作用。
DNA条形码技术在植物中的研究现状_闫化学
DNA条形码技术在植物中的研究现状_闫化学DNA条形码技术是一种通过特定的DNA序列来进行物种鉴定的新技术。
它通过鉴定和分析物种的特定DNA序列，实现了对物种的快速、准确和高通量的鉴定。
DNA条形码技术在动物物种鉴定中得到了广泛应用和研究，然而在植物中的研究相对较少。
本文将探讨DNA条形码技术在植物中的研究现状。
DNA条形码技术在植物中的研究主要集中在以下几个方面。
首先，针对植物种的DNA条形码技术的开发与优化是近年来的热门研究课题。
由于植物基因组的复杂性和多样性，传统的DNA条形码技术在植物中存在一定的挑战。
因此，研究人员正在努力开发新的分析方法和技术来解决这些问题。
例如，一些研究者利用多个基因组区域的DNA片段进行分析，以提高物种鉴定的准确性和可靠性。
其次，DNA条形码技术在植物物种识别和系统演化中的应用也是研究的重点之一、通过对植物物种进行DNA条形码分析，可以不仅可以准确鉴定植物物种，还可以研究不同物种之间的亲缘关系和系统发育演化。
例如，研究者通过对植物的DNA条形码序列进行比较和分析，发现了一些植物物种之间的细微差异和演化关系。
这些研究对于植物系统分类和种质资源保护具有重要意义。
此外，DNA条形码技术在植物种群遗传结构和种群进化中的研究也开始引起了研究人员的关注。
通过对植物物种的DNA条形码序列进行比较和分析，可以研究植物种群间的遗传结构、种群演化和迁移。
例如，一些研究结果显示，植物种群的遗传多样性和种群结构与地理环境和栖息地状况密切相关。
这些研究对于了解植物种群演化和种群保护具有重要意义。
总的来说，DNA条形码技术在植物中的研究现状尚处于起步阶段，但已经取得了一些重要的研究成果。
随着技术的进一步发展和完善，相信DNA条形码技术将在植物科研和应用中发挥更大的作用，并为植物物种鉴定、系统演化、遗传结构和商品鉴定等提供更多的研究手段和方法。
基于DNA条形码技术的植物系统发育分析
基于DNA条形码技术的植物系统发育分析植物学是生物学的一个重要的分支领域之一，主要研究植物生长、繁殖、进化等方面的知识。
在这个领域内，植物系统学是一个基础性的分支，主要研究植物的相似性和关系。
近年来，DNA条形码技术已经成为植物系统学研究的一种重要手段，被广泛应用于物种鉴定、系统分类、种群遗传结构分析等方面。
本文将介绍基于DNA条形码技术的植物系统发育分析。
一、DNA条形码技术简介DNA条形码技术是一种基于比较分子生物学研究的技术，其主要思想是通过研究物种固有的DNA序列作为物种的标志来实现物种分类和鉴定等方面的研究。
DNA条形码技术的核心是选择一个适当的、高变异的、易扩增的核苷酸序列作为物种识别标记，通过对该序列的扩增和测序，可以鉴定物种的确切身份。
目前，被广泛应用的DNA条形码序列主要包括ITS、matK、rbcL、trnL等。
二、DNA条形码技术在植物系统学中的应用1、物种鉴定和分类DNA条形码技术可以通过结合传统分类学方法，来鉴定和分类物种。
通过测定物种的DNA条形码序列，可以识别物种的身份，并确定其分类地位。
一项关于香蕉亚属（Musa）DNA条形码序列的研究表明，该技术可以成功地鉴定出100%的物种，无需依赖传统的形态学特征。
2、种间交叉DNA条形码技术可以用来研究种间的交叉基因流。
交叉基因流是指不同物种之间相互交叉的基因的现象。
在某些情况下，交叉基因流会导致种间的汇流，形成一个新的基因池。
在进行交叉基因流研究时，DNA条形码序列可以提供按照基因序列大小排序的数据，提供了比传统的形态学、遗传标记等更加直观和全面的信息。
3、种源分析DNA条形码技术可以应用于种源分析，即通过比较不同物种之间的DNA条形码序列，来分析种源的进化途径和路径。
在植物系统学中，这种应用主要用于研究植物进化树和植物分支演化的关系。
一些最新的研究发现，DNA条形码序列在植物系统发育的分析中具有良好的应用前景。
三、DNA条形码技术的潜在应用1、物种遗传多样性评估除了可以用于物种鉴定、分类、种间交叉等方面的研究，DNA条形码技术还可以应用于评估不同物种在遗传多样性方面的表现。
植物DNA条形码研究进展
总之，植物DNA条形码技术作为一种新兴的生物分类学和生态学研究工具， 已经在多个领域取得了显著成果。然而，仍需加强技术研究和应用探索，以更好 地服务于生物多样性保护、生态监测和环境治理等方面的工作。随着相关技术的 不断发展，我们有理由相信，植物DNA条形码技术将在未来为解决环境和生物多 样性问题提供更有效的方法。
植物DNA条形码研究进展
01 一、研究意义
目录
02 二、技术发展
03 三、应用领域
04 四、未来挑战
05 参考内容
随着分子生物学和生物信息学的快速发展，植物DNA条形码技术已成为生物 分类学和生态学研究的重要工具。DNA条形码是一种利用基因序列作为识别生物 物种的新兴技术，其目的是通过比较物种间的DNA序列差异来准确、快速地鉴定 物种。本次演示将综述植物DNA条形码的最新研究进展，包括其研究意义、技术 发展、应用领域以及未来挑战。
三、药用植物DNA条形码鉴定研 究进展
1、常用DNA条形码基因片段
目前，常用的药用植物DNA条形码基因片段包括rbcL、matK、psbA-trnH等。 这些基因片段在药用植物中具有较高的多态性，为物种鉴定提供了丰富的信息。 其中，rbcL和matK基因片段在植物分类学研究中应用广泛，而psbA-trnH基因片 段在药用植物鉴定中具有较高的分辨率。
3、存在的问题和挑战
尽管DNA条形码技术在药用植物鉴定中具有广泛的应用前景，但仍存在一些 问题和挑战。例如，对于一些形态特征相近的物种，DNA条形码技术可能无法准 确区分；另外，由于药用植物种类的多样性和复杂性，建立通用的DNA条形码数 据库仍需进一步努力。
四、未来发展方向
1、加强药用植物DNA条形码数 据库建设
Байду номын сангаас
DNA条形码技术在动植物物种鉴定中的应用
DNA条形码技术在动植物物种鉴定中的应用DNA条形码技术是一种新兴的分子生物学技术，它可以通过对物种特定的DNA区段进行扩增和测序，从而为物种鉴定提供高效、准确的手段。
自从DNA条形码技术在2003年提出以来，其在动植物物种鉴定、生物多样性研究、食品安全监测等领域得到了广泛的应用。
动物物种鉴定中的应用在动物物种鉴定方面，DNA条形码技术可以解决传统分类学无法解决的许多问题，例如对于外形相似，但分子水平存在巨大差异的物种，传统分类学很难准确定位其分类位置。
利用DNA条形码技术可以识别物种间的遗传差异，准确地鉴定物种。
动物种类数目繁多，不同物种的DNA测序技术方案通常也会有所不同。
不过目前来看，最常用的DNA条形码序列为mtDNA的cytochromec oxidase subunit I (COI)和ITS2 (Internal Transcribed Spacer)序列。
近年来，高通量测序技术的应用给DNA条形码研究带来了巨大的推动，可以同时鉴定数以万计的动植物品种。
同时，在动物保护中，DNA条形码技术也可以为野生动物分析提供有效手段。
例如，对于一些濒危物种，在采样过程中DNA样本的提取会带来很大的损伤。
传统的种系组分析可能会因为样本提取的方式导致鉴定出错误的分类结果，而DNA条形码技术由于其基于DNA序列的鉴定特征，在样本提取时对DNA片段的长短、数量变异性等也有相应的容错度。
此外，由于样本的可降解性，DNA条形码技术比传统分类学的标本保存容易得多，能够有效保存物种的种系信息。
植物物种鉴定中的应用在植物物种鉴定方面，DNA条形码技术也已经得到广泛的应用。
对于目前传统分类学无法准确标识的一些物种，通过对其基因组序列的测序，修改其圈分子标记，就可以将其精准地区分出来，并对其进行归类和研究。
DNA条形码技术在植物的遗传多样性分析中也有应用。
例如，可以利用DNA条形码技术识别复杂的草地和落叶乔灌丛等生态系统中的植物，这些植物彼此之间存在密切的关系，通常是由于其共同的分支起源而发生的。
植物DNA条形码研究简介
植物DNA条形码摘要DNA条形码技术是利用标准的、具有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段在物种内的特异性和种间的多样性而创建的一种新的生物身份识别系统, 从而实现对物种的快速自动鉴定。
尽管这一技术在理论上和具体应用上仍存在很多争论, 但DNA条形码概念自2003年由加拿大分类学家Paul Hebert首次提出后就在世界范围内受到了广泛关注。
该技术在动物研究中已得到广泛的应用，所采用的标准片段是线粒体COl基因中约650 bp长的一段。
然而在植物DNA条形码的研究进展相对缓慢，目前尚处于对所提议的各片段比较和评价阶段，还未获得一致的标准片段。
由于植物中线粒体基因组进化速率较慢，因此条形码片段主要在叶绿体基因组上进行选择，被提议的编码基因片段主要有rpoB，rpoC1，matK,rbcL，UPA，非编码区片段有trnH-psbA，atpF-atpH,psbK-psbl,此外还有核基因ITS。
关键词DNA条形码，物种识别，ITS, matK, 形态分类学，植物DNA条形码, rbcL, trnH-psbA，DNA barcoding，DNA barcode，plant DNA barcoding期刊或会议生命条形码联盟(CBOL):由研究条形码的学者、专家所组成的国际性组织。
2008年2月在昆明召开“中国生命条形码研究战略研讨会”。
会议邀请十余名国外顶级专家以及国内植物、动物、微生物的知名学者，就DNA条形码的研究技术、策略和进展以及条形码管理发表演讲。
中国科学院、国家自然科学基金委员会及科技部领导和近150名国内外专业人士参加了本次会议。
2009年，为了明确中国生命条形码研究的发展战略，部署与生命条形码相关的各项工作，由中国科学院牵头，中科院动物研究所承办的“生命条码联盟（CBOL，the Consortium for the Barcode of Life）中国会议”近日召开。
本次大会的主题是：建立国内的生命条形码合作平台，保持独立性并体现特色，在此基础上实现与国际进行接轨合作。
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提交序列 步骤与原理
最后，将分析完成的序列，采用Sequin 软件向GenBank 提交基因序列，获得相应的序列登记号。
测序与分析 步骤与原理
步骤：
Sequin开始界面
优点
准确性高 快捷，鉴定效率高
样品要求低 用于传统形态学分类难区分的物种
不受个体发育阶段影响 发现、鉴定新物种与隐存种
步骤与原理
收集样品
DNA提取
纯度检测
PCR引物 设计
提交序列
测序及 序列分析
PCR扩增 及产物纯化
样品采集 步骤与原理
采集信息主要包含研究人员的野外采集记录、标本信 息、鉴定信息等。
primer1(10pmol/μl) 2μl
primer2(10pmol/μl) 2μl
Taq 酶
1-2U
Template
1ul（质粒10ng足够，不要超过1ug）
加样顺序依上述体系从上至下顺序，加入到PCR管中.进行PCR, 设计相对应的扩增程序。
一般条件：94℃5min-- (94℃30s 55℃30s 72℃30s-1min)2030次循环-- 72℃7min-- 4℃ 5min
测序与分析 步骤与原理
2、建树的相关软件和步骤
构建进化树的主要步骤是比对，建立取代模型，建立进化 树以及进化树评估。鉴于以上对于构建系统树的评价，结合本 实验室实际情况，以下主要介绍N-J Tree构建的相关软件和操 作步骤。
Clustal X 和 MEGA 构建N-J系统树
测序与分析 步骤与原理
Clustal X 建树
打开Clustal 程序 载入源文件
序列比对
掐头去尾
Trees-Draw Nபைடு நூலகம்J Trees
Trees-Output Format Options
Trees View
重新载入剪切 后的序列
测序与分析 步骤与原理
Mega 建树
用Clustal X 程序进行比对 剪切后生成aln文件
PCR
步骤与原理
原理：PCR（Polymerase Chain Reaction）即聚合酶 链式反应，是指在耐热DNA聚合酶与启动子的参与下，以 母链DNA为模板，以特定引物为延伸起点，通过变性、退 火、延伸等步骤，体外复制出与母链模板DNA互补的子链 DNA的过程。是一项DNA体外合成放大技术，能快速特异
PCR产物 步骤与原理
PCR产物检测： 采用凝胶电泳法，方法同DNA检测。
PCR产物纯化： 产物的纯化常使用QIAEX Ⅱ琼脂糖凝胶提取试剂盒(Qiagen)
测序与分析 步骤与原理
测序： PCR产物纯化后送生物试剂公司测序
分析： 测序结果的碱基序列采用MEGA或PAUP计算种内和
中间的K2P距离，并根据计算结果构建N-J系统发育树
基本步骤：以NCBI为例
登录NCBI主页
点击BLAST
点击 Nucleotide BLAST
点击Format
点击BLAST!
得到result of BLAST
在Search文本框中 粘贴检测序列
测序与分析 步骤与原理
2) 序列格式：FASTA格式 又称Person格式
由于EMBL和GenBank数据库格式较为复杂，所以为了分析方便就出现 了十分简单的FASTA数据格式
按照同种植物尽量增加产地数，每个产地采集1-2个物 种的原则。
DNA提取 步骤与原理
CTAB法原理:CTAB(Hexadecyl trimethyl ammonium
bromide,十六烷基三甲基溴化铵)，是一种阳离子去污剂, 具有从低离子强度溶液中沉淀核酸与酸性多聚糖的特性。 在高离子强度的溶液中(>0.7mol/L NaCl),CTAB与蛋白质 和多聚糖形成复合物，只是不能沉淀核酸.通过有机溶剂 抽提，去除蛋白、多糖、酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可 使核酸分离出来。
树可分为“有根树”和“无根树”两类。 有根树是具有方向的树，包含唯一的节点，将其作为树中 所有物种的最近共同祖先。把有根树去掉根即成为无根树 一棵无根树在没有其他信息（外群）或假设（如假设最大 枝长为根）时不能确定其树根。无根树是没有方向的，其中线 段的两个演化方向都有可能。
测序与分析 步骤与原理
2003 年，加拿大Guelph 大学Hebert 等首次正式提出了DNA 条形码 概念，2004 年成立了生物条形码联盟，目前有来自50 个国家的两百多 个组织成为其成员，2007 年5 月加拿大Guelph 大学组建了世界上第一 个DNA barcoding 鉴定中心，2009 年1 月正式启动“国际生命条形码计 划”，中国科学院代表中国与加拿大、美国和欧盟共同为iBOL 4 个中心 节点。线粒体细胞色素C氧化酶基因COⅠ具有引物通用性高和进化速率 快等优点，是理想的动物DNA 条形码。而且，大量研究结果证明了 COⅠ条形码对动物物种的识别和鉴定切实可行
标准
概述
在种间有明显的遗传差异和分化，同时种内变异 足够小
片段足够短，便于一个反应完成测序工作，而且便 于DNA提取和PCR扩增 ，尤其是存在降解的材料
存在保守区域，便于设计通用引物
现状
概述
在上世纪末期，科学工作者就已经采用小的基因片段对细菌、病毒、
原生生物等缺乏足够形态特征的类群进行识别研究。
测序与分析 步骤与原理
系统发育树(phylogenetic tree)
在研究生物进化和系统分类中，常用一种类似树状分支的 图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的 图形称为系统发育树。
通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分 子系统树(molecular phylogenetic tree) 。图型中，分支的末 端和分支的联结点成为结（node），代表生物类群，分支末端 的结代表仍生存的种类。
地在体外扩增任何目的DNA。
PCR引物设计 步骤与原理
引物设计原则
“黄金11条”
1.引物最好在模板DNA的保守区内设计； 2.引物长度一般在15~30碱基之间 ； 3.引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好接近72℃； 4.引物3′端要避开密码子的第3位； 5.引物3′端不能选择A，最好选择T； 6. 碱基要随机分布； 7. 引物自身及引物之间不应存在互补序列； 8. 引物5′ 端和中间△G值应该相对较高，而3′ 端△G值较低； 9.引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰； 10. 扩增产物的单链不能形成二级结构； 11. 引物应具有特异性。
2、DNA样品不纯，DNA降解，抑制后续酶解和PCR反应
解决方法：
尽量取新鲜材料，低温保存材料避免反复冻融； 液氮研磨或匀浆组织后，应在解冻前加入裂解缓冲液； 在提取内源核酸酶含量丰富的材料的DNA时，可增加裂解液中螯合剂的含 量，细胞裂解后的后续操作应尽量轻柔； 所有试剂用无菌水配制，耗材经高温灭菌； 将DNA分装保存于缓冲液中,避免反复冻融； 高温裂解时，时间适当延长； 增加吸附的时间、或低温沉淀小心操作。
输入Title，作者， 联系方式等
添加序列
保存序列
GenBank格式的界面 最后修改
发送邮件，提交序列
添加序列的 注释信息
取样
问题及解决方法
注意：
1、尽可能增加种内的取样个数，至少3-5个产地，每种1-2个体 2、详细记录野外采集记录、标本信息、鉴定信息
DNA提取 问题及解决方法
1、CTAB溶液在低于15℃ 时会形成沉淀析出，因此，在将其加入冰冷的植物 材料之前必须预热，且离心时温度不要低于15℃
截止目前，在DNA条形码数据库收录的，符合条形码标准的，有90 ％以上都是来自动物界(其中昆虫纲最多)。
现状
概述
现状
不过，COⅠ在植物中应用效果较差，因此，核糖体 ITS 序列和质体rbcL、matK 和trnH-psbA 等序列也相 继被引入植物的DNA 条形码研究，并处于热门研究中。
优点
概述
将提取的DNA溶液稀释100倍，用GeneQuant pro DNA/RNA calculator（Amersham Pharmacia Biotech）测定 A260、A280值。根据A260/A280判断DNA的纯度， A260/A280的值在1.7～1.9之间为合格，根据A260值计算 DNA浓度和得率。
促 进 了 先 秦 时期学
汇报题目
植物DNA条形码的研究
作者：刘 锋
汇报内容
1
DNA条形码概述
2
步骤及原理
3 常见问题及解决方法
4
思考及展望
概念
概述
DNA条形码（DNA barcode）是指生物体内 能够代表该物种的、标准的、有足够变异的、易 扩增且相对较短的DNA片段
是利用一个或少数的几个DNA片段对地球上 现有物种进行识别和鉴定的一项新技术，是近年 来进展最迅速的学科前沿之一。
构建系统发育树步骤
1、建树前的准备工作
1) 相似序列的获得：BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是目前常用的数据库搜索程序
基本思路：首先找出检测序列和目标序列之间相似性程度最高的片段， 并作为内核向两端延伸，以找出尽可能长的相似序列片段。
测序与分析 步骤与原理
PCR条形码设计 步骤与原理
主要步骤：
找到Primer3站点
贴上模板序列
ITS 、rbcL和trnH-psbA均 有较好的通用引物， matK 则无。
重要参数设定
收获引物
引物设计检验
PCR操作 步骤与原理
PCR体系（总体积20μl）：