转录调节位点和转录因子数据库介绍_张光亚
转录调控的基本机制与研究方法
转录调控的基本机制与研究方法转录调控是生物学中一个重要的研究领域，它涉及基因表达的调控机制，尤其是转录过程中的调控。
本文将介绍转录调控的基本机制和研究方法。
一、转录调控的基本机制转录调控的基本机制是在基因表达过程中调节RNA聚合酶的选择和结合，从而控制基因转录的速度和效率。
RNA聚合酶是开链酶，它可以将DNA分子的两条链分离，然后加入新的核苷酸，从而合成RNA。
RNA聚合酶在转录时，需要与调控因子一起联合作用，才能在某些区域上停留和转录，而在其他区域上则避免转录。
转录调控的机制有几种：1. 转录因子转录因子是蛋白质，它可以控制RNA聚合酶在DNA上的结合位置和转录速度。
转录因子有许多类别，包括激活子、抑制子、组蛋白修饰因子等。
激活子可以促进转录过程的进行，而抑制子则可以扼杀转录活动。
组蛋白修饰因子则可以改变DNA的化学信息，从而影响RNA聚合酶的选择和结合。
2. RNA剪接RNA剪接是指，在RNA分子合成的过程中，剪去不必要的结构，并将不同的RNA片段组合成一个已知的顺序。
剪接的目的是产生不同类型的mRNA分子，这些分子可以编码不同类型的蛋白质。
RNA剪接的过程对调控基因表达和转录发挥了重要作用。
3. RNA降解RNA降解是指，由于某些成因或外部原因，RNA分子发生了错误或变异，从而被分解成较小的片段。
降解的RNA片段可以对基因表达和转录产生不同程度的影响。
二、转录调控的研究方法转录调控的研究方法多样，具体包括以下几种：1. ChIP-Seq技术ChIP-Seq是测定蛋白质结合到某一具体DNA区域的技术。
该技术利用大量的DNA片段测定特定蛋白质结合的位置和频率，从而确定蛋白质在基因表达中的作用。
2. RNA-Seq技术RNA-Seq是测定RNA中所有的转录产物和表达谱的技术。
利用RNA-Seq技术，可以测定某个组织中基因的表达量和转录利用率。
该技术可广泛应用于基因功能研究、癌症早期诊断和开发新药等领域。
二型免疫细胞（Th2
二型免疫细胞（Th2/ILC2）在肺部过敏性炎症中作用机制的研究进展张亚光1 孙兵2 （1.西安交通大学第一附属医院Med -X 研究院免疫代谢性疾病研究所，西安 710049；2.中国科学院分子细胞科学卓越创新中心，上海 200031）中图分类号 R392 文献标志码 A 文章编号 1000-484X （2024）01-0011-10［摘要］ 二型炎症反应主要由二型免疫细胞和二型细胞因子介导，例如二型辅助型T 细胞（Th2细胞）和二型先天样淋巴细胞（ILC2细胞），以及IL -4、IL -5、IL -13等。
二型炎症反应在体液免疫、抗寄生虫、中和毒素、组织损伤修复和再生等过程中发挥重要调控作用，但其也有促进疾病发生的作用。
目前认为二型炎症反应主要在皮肤、呼吸道、消化道和脂肪等组织中发挥生理和病理性作用，是导致过敏性疾病发生的主要炎症反应类型。
呼吸道由于其特殊的免疫微环境，是二型炎症高发区域，涉及的疾病包括慢性鼻窦炎、过敏性鼻炎、过敏性哮喘、过敏性支气管肺曲霉菌病、嗜酸性粒细胞增多的慢性阻塞性肺疾病等。
本文将重点综述二型炎症反应中的关键免疫细胞Th2和ILC2细胞在肺部过敏性炎症中的最新研究进展和过敏性炎症相关疾病靶向治疗的情况。
［关键词］ 二型辅助型T 细胞；二型先天样淋巴细胞；肺部过敏性炎症Progress on mechanism of type Ⅱ immune cells （Th2/ILC2） in allergic pulmonary inflammationZHANG Yaguang 1， SUN Bing 2. 1. Med -X Institute ， Center for Immunological and Metabolic Diseases ， the First Affiliated Hospital of Xi'an JiaoTong University ， Xi'an 710049， China ； 2. Center for Excellence in Molecular Cell Science ， Chinese Academy of Sciences ， Shanghai 200031， China［Abstract ］ The type Ⅱinflammatory response is primarily mediated by type 2 immune cells and cytokines ， such as helper 2 cells （Th2） and group 2 innate lymphoid cells （ILC2）， along with IL -4， IL -5 and IL -13. This response plays crucial roles in humoral immunity ， parasite defense ， toxin neutralization ， tissue damage repair and regeneration. However ， type -Ⅱ immune response can alsocontribute to the development of diseases. Currently ， type Ⅱ inflammation is recognized to have physiological and pathological impli‐doi ：10.3969/j.issn.1000-484X.2024.01.002张亚光，西安交通大学第一附属Med -X 研究院特聘研究员，博士生导师，西安交通大学青年拔尖人才。
转录调节位点和转录因子数据库介绍_张光亚
１０生物学通报２００５年第４０卷第１１期２００３年即Ｗａｔｓｏｎ和Ｃｒｉｃｋ发表ＤＮＡ双螺旋结构５０周年，宣布了人类基因组计划的完成，与此同时，其他许多生物的基因组计划已完成或在进行中，在此过程中产生的大量数据库对科学研究的深远影响是以前任何人未曾预料到的。
然而遗憾的是，许多生物学家、化学家和物理学家对这些数据库的使用甚至去何处寻找这些数据库都只有一个比较模糊的概念。
基因转录是遗传信息传递过程中第一个具有高度选择性的环节，近２０年来对基因转录调节的研究一直是基因分子生物学的研究中心和热点，因此亦产生了大量很有价值的数据库资源，对这些数据库的了解将为进一步研究带来极大便利，本文对其中一些数据库进行简要介绍。
１ＤＢＴＳＳＤＢＴＳＳ（ＤａｔａＢａｓｅｏｆＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌＳｔａｒｔＳｉｔｅｓ）由东京大学人类基因组中心维护，网址：ｈｔｔｐ：／／ｄｂｔｓｓ．ｈｇｃ．ｊｐ。
最初该数据库收集用实验方法得到的人类基因的ＴＳＳ（ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌＳｔａｒｔＳｉｔｅｓ，转录起始位点）数据。
对转录起始位点（ＴＳＳ）的确切了解具有非常重要的意义，可更准确的预测翻译起始位点；可用于搜索决定ＴＳＳ的核苷酸序列，而且可更精确地分析上游调控区域（启动子）。
自２００２年发布第一版以来已作了多次更新。
目前包含的克隆数为１９０９６４个，含盖了１１２３４个基因，在ＳＮＰ数据库中显示了人类基因中的ＳＮＰ位点，而且现在含包含了鼠等其他生物的相关数据。
ＤＢＴＳＳ最新的版本为３．０。
在该最新的版本中，还新增了人和鼠可能同源的启动子，目前可以显示３３２４个基因的启动子，通过本地的比对软件ＬＡＬＩＧＮ可以图的形式显示相似的序列元件。
另一个新的功能是可进行与已知转录因子结合位点相似的部位的定位，这些存贮在ＴＲＡＮＳＦＡＣ（ｈｔｔｐ：／／ｔｒａｎｓｆａｃ．ｇｂｆ．ｄｅ／ＴＲＡＮＳＦＡＣ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）数据库中，免费用于研究，但ＴＲＡＮＳＦＡＣ专业版是商业版本。
转录因子功能研究方法及其在药用植物次生代谢调控中的前景
１转录因子 的结构和分类 转录 因子 是生物体 内一类起调 控作用 的反 式作用 因子 ，
它通 过与 真核基 因启 动子 区域 中的顺式 作用 元件特 异性 结 合 ，激 活包括 Ｒ Ｎ Ａ聚合酶 Ｉ Ｉ 的转入复 合物 的活 性，激活 或抑 制 结 构 基 因 的转 录 。转 录 因子 通 常 由 Ｄ Ｎ Ａ 结合区 （ Ｄ Ｎ Ａ ｂ ｉ ｎ ｄ ｉ ｎ ｇ ｄ ｏ ｍ ａ ｉ ｎ ， Ｂ Ｄ ） ， 核定位信 号区 （ ｎ ｕ ｃ ｌ ｅ ａ ｒ ｌ ｏ ｃ ａ ｌ ｉ ｚ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｓ ｉ ｇ ｎ ａ ｌ ，Ｎ Ｌ Ｓ ） ，转 录 调控 区 （ ｔ ｒ ａ ｎ ｓ ｃ ｒ ｉ ｐ ｔ ｉ ｏ ｎ ｒ ｅ ｇ ｕ ｌ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｄ ｏ ｍ ａ ｉ ｎ ）和寡聚化位点 区 （ ｏ ｌ ｉ ｇ ｏ ｍ ｅ ｒ ｉ ｚ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｓ ｉ ｔ ｅ ）四个功 能区域组 成。根据 Ｄ Ｎ Ａ结合功能域的不 同，转 录因子可 以分 为 Ｍ Ａ Ｄ Ｓ ｂ ｏ ｘ 、ｂ Ｚ Ｉ Ｐ 、Ｍ Ｙ １ ３ 和 ｂ Ｈ Ｌ Ｈ等多个不 同家族 。 目前， 主要还是根据其 Ｄ Ｎ Ａ结 合 域 进 行 分 类 。 ２转录 因子功 能研 究方法 转录 因子调控着许 多生理化 学过 程，比如次生代谢调控 、 细胞形态建成 、花 与种 子的发育 以及对外界环境压 力的应答 。 目前 ，对转录 因子功能 的研 究已经形 成一种模 式 。首先，克 ■ 隆有关转录 因子基 因源 克隆方式获得。采 用同源克 隆时 ，首先 比对 同源植物基 因序 列，找 出保守序列，设计简 并引物 ，克隆出基因片段 ：再用 ５ ’一 和 ３ ’－ Ｒ Ａ Ｃ Ｅ的方法获 得基 因全 长，序 列比对初 步分析该基因功能 ；继而构建植物 表达 载体 ，通过转入原植物进行过表达或 转入 异源 植物进行 异位表达，通过 以下几种方式来探索其 调控机制 。
转录调控网络的重要调控基因和途径
转录调控网络的重要调控基因和途径近年来，随着转录调控网络研究的深入，人们越来越认识到转录调控基因和途径在基因表达调控中的重要性。
转录调控网络是一种复杂的基因调控系统，它由多个基因和蛋白质分子相互作用形成的调控关系网络。
本文将重点介绍转录调控网络中的重要调控基因和途径。
一、转录因子（TFs）转录因子是转录调控网络中的重要组成部分，它们能够与DNA结合并调控靶基因的转录过程。
转录因子的调控作用可以通过直接与DNA结合的方式或与其他蛋白质相互作用的方式实现。
其中，有一些转录因子在多个转录调控网络中都扮演着重要角色，如p53、CREB、NF-κB等。
p53是一种被广泛研究的转录因子，它在细胞应激和DNA损伤等情况下发挥重要的调控作用。
p53可以激活或抑制一系列基因的表达，从而参与细胞的自我修复和凋亡等生物过程。
CREB是一种在神经系统中广泛表达的转录因子，它参与了学习、记忆和神经保护等功能的调控。
CREB通过与其他转录因子或辅因子相互作用，调控多个基因的表达，进而影响神经系统的功能。
NF-κB是一种重要的转录因子家族，在免疫和炎症反应中发挥着重要作用。
NF-κB通过与DNA结合，调控多个免疫相关基因的表达，从而影响免疫细胞的发育和功能。
二、非编码RNA（ncRNA）除了转录因子外，非编码RNA也是转录调控网络中的重要调控元件。
非编码RNA包括microRNA（miRNA）、长链非编码RNA （lncRNA）等。
它们通过与mRNA相互作用，调控基因的转录水平或蛋白质的翻译过程。
miRNA是一类长度约为22个核苷酸的小分子RNA，它主要通过与靶mRNA的3' UTR相互作用，调控基因的转录水平。
miRNA的调控作用在多个生物过程中发挥重要作用，如发育、细胞增殖和分化等。
lncRNA是一种长度较长的非编码RNA，它具有多样的调控机制。
lncRNA可以与DNA、RNA或蛋白质相互作用，调控基因的表达水平。
基因转录和转录因子的调控机制
基因转录和转录因子的调控机制在生物学中，基因是细胞中指导组成蛋白质的遗传信息的一段DNA序列。
而基因表达则是指把基因的遗传信息转化成蛋白质的过程。
这个过程经过两个主要的步骤：转录和翻译。
转录是将DNA序列转化为RNA分子的过程，它由一个重要的酶RNA聚合酶（RNA polymerase）来完成。
RNA聚合酶在细胞核内扫描DNA序列，识别开放的DNA区域，开始合成RNA。
在这个过程中，RNA聚合酶沿着DNA链运动，并合成了一个互补的RNA链。
这个过程还需要转录因子的参与。
转录因子是一些蛋白质，它们结合到DNA上，并与RNA聚合酶一起协调转录。
转录因子的调控是基因表达过程中重要的一环。
它是指转录因子的表达量和活性的变化方式，从而调节RNA聚合酶与启动子的结合。
这种转录因子的调控是对特定基因的表达量进行调控的重要手段。
转录因子的表达量受到多种因素的影响。
其中包括：基因组标记（如DNA甲基化和组蛋白修饰）、转录因子自身的调节和转录因子与DNA的互作。
这些因素可以通过多种调节机制来进行调控。
DNA甲基化是指甲基基团结合到DNA序列的过程。
它可以使基因的表达受到负面影响，但也可以帮助维持基因的稳定性。
DNA甲基化是一个广泛存在于各种生物中的过程，它对转录因子的结合和DNA启动子的使用都会有影响。
另一个影响基因表达和转录因子调控的因素是组蛋白修饰。
组蛋白是一种蛋白质，被包裹在DNA上，以帮助其组织和结构。
组蛋白修饰可以是化学修饰，例如乙酰化或磷酸化。
这些修饰可以影响组蛋白的交互方式和DNA的结构。
这些改变可以影响RNA聚合酶的结合和启动子的使用，从而对基因表达产生影响。
除了基因组标记和组蛋白修饰之外，另一个重要的影响因子是转录因子自身的调节。
这种调节可以通过转录因子的产生和降解来进行调制。
此外，还有一些辅助因子，如激酶、磷酸酶和DNA修复蛋白等，可通过与转录因子的交互来影响基因表达。
最后，转录因子与DNA的互作也是调节基因表达的重要机制。
生物大数据技术解析转录调控网络的机制
生物大数据技术解析转录调控网络的机制转录调控是细胞内基因表达调控的重要过程。
在生物体发育、分化和响应环境刺激中，转录调控网络起着关键作用。
生物大数据技术作为一种有力工具，为我们深入理解转录调控网络的复杂机制提供了新的途径。
本文将以生物大数据技术为基础，解析转录调控网络的机制。
转录调控网络由转录因子和DNA结合位点组成。
转录因子是调控基因表达的蛋白质，能与DNA结合，促进或阻碍基因的转录。
DNA结合位点是转录因子与DNA结合的特定区域，通过识别DNA序列上的特定模式，转录因子能够选择性结合到目标基因。
生物大数据技术可以通过转录组学、表观基因组学和遗传学等手段来解析转录调控网络的机制。
其中，转录组学是研究细胞内所有转录过程的总和，通过测定RNA的表达水平来研究基因调控。
通过高通量测序技术，我们可以获取大规模的转录组数据，并使用生物大数据平台进行分析。
在转录组学研究中，差异表达基因分析是一个重要的方法。
通过比较不同条件下的转录组数据，我们可以鉴定出在不同生理状态下表达量发生变化的基因。
进一步分析这些差异表达基因的调控因子和结合位点，可以揭示转录调控网络的机制。
例如，通过转录组数据分析，研究人员发现一些转录因子在不同癌症类型中表达异常，进而发现它们与肿瘤发生和发展密切相关。
这为研究人员提供了新的治疗靶点。
表观基因组学是研究DNA甲基化、组蛋白修饰等表观遗传调控的一门学科。
生物大数据技术可以帮助我们分析表观基因组学数据，揭示转录调控网络的表观调控机制。
例如，研究人员发现一些甲基化酶的突变会导致肿瘤发生，这与表观基因组学的调控失衡有关。
通过分析表观基因组学数据，我们可以了解转录因子和DNA结合位点在不同组织和疾病中的表观调控模式，为研究疾病的发生和发展提供线索。
此外，遗传学也是解析转录调控网络机制的重要手段。
生物大数据技术可以帮助我们研究基因突变对转录调控网络的影响。
例如，通过分析大规模基因组数据，研究人员可以发现一些与某种疾病相关的基因突变，进而推断这些基因突变对转录因子与DNA结合位点之间的相互作用产生影响。
转录因子与转录调控机制研究
转录因子与转录调控机制研究转录因子（transcription factor）是影响基因表达的一种重要分子，它们能够结合到基因的启动子区域上，调节基因转录。
研究转录因子及其作用机制，对于深入理解遗传调控及相关疾病的发生发展具有重要意义。
一、转录调控机制的概述在细胞内，基因的转录及翻译过程是由一系列复杂的调控机制来控制的。
其中，转录调控机制是影响基因表达的主要机制之一。
转录调控主要包括两个方面：启动子调控和转录因子调控。
启动子调控从名字上就能看出，它主要是对基因的启动子区域进行调节，以此来影响基因的转录。
基因启动子区域是指基因的转录起始点周围的一段序列，其中包含着各种调节元件（regulatory elements），如转录因子结合位点、增强子（enhancer）等。
启动子调控的主要目的是通过激活或抑制这些调节元件的作用，来调节基因的转录。
另一方面，转录因子调控则主要涉及到转录因子的作用。
转录因子是一种结构特殊的蛋白质，它们能够结合到调节元件上，并与转录物转录酶（RNA polymerase）等其他分子相互作用，共同调节基因的转录。
转录因子的种类非常多，可以分成活性转录因子和沉默转录因子两类，其中活性转录因子包括激动转录因子和抑制转录因子两种。
它们分别能够促进或抑制转录。
二、转录因子的研究历程尽管转录因子的研究开始于20世纪60年代，但只是借助化学物质研究其某些性质，如结构和酶活性。
直到20世纪80年代中期，基因克隆和DNA测序技术的发展，为转录因子的研究提供了重要工具。
同时，利用重组DNA技术，也为转录因子的大量生产提供了便捷手段，从而使得转录因子研究迈上了一个快速发展的道路。
在转录因子的研究中，研究者对其结构、分布、生理功能等方面进行深入的研究。
由于转录因子的种类非常多，因此它们的生理功能也有所不同。
例如，NF-κB （核因子κB）是一种具有重要免疫调节功能的转录因子，它在多种炎症、免疫反应等生理过程中都扮演着重要角色。
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１０生物学通报２００５年第４０卷第１１期２００３年即Ｗａｔｓｏｎ和Ｃｒｉｃｋ发表ＤＮＡ双螺旋结构５０周年，宣布了人类基因组计划的完成，与此同时，其他许多生物的基因组计划已完成或在进行中，在此过程中产生的大量数据库对科学研究的深远影响是以前任何人未曾预料到的。
然而遗憾的是，许多生物学家、化学家和物理学家对这些数据库的使用甚至去何处寻找这些数据库都只有一个比较模糊的概念。
基因转录是遗传信息传递过程中第一个具有高度选择性的环节，近２０年来对基因转录调节的研究一直是基因分子生物学的研究中心和热点，因此亦产生了大量很有价值的数据库资源，对这些数据库的了解将为进一步研究带来极大便利，本文对其中一些数据库进行简要介绍。
１ＤＢＴＳＳＤＢＴＳＳ（ＤａｔａＢａｓｅｏｆＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌＳｔａｒｔＳｉｔｅｓ）由东京大学人类基因组中心维护，网址：ｈｔｔｐ：／／ｄｂｔｓｓ．ｈｇｃ．ｊｐ。
最初该数据库收集用实验方法得到的人类基因的ＴＳＳ（ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌＳｔａｒｔＳｉｔｅｓ，转录起始位点）数据。
对转录起始位点（ＴＳＳ）的确切了解具有非常重要的意义，可更准确的预测翻译起始位点；可用于搜索决定ＴＳＳ的核苷酸序列，而且可更精确地分析上游调控区域（启动子）。
自２００２年发布第一版以来已作了多次更新。
目前包含的克隆数为１９０９６４个，含盖了１１２３４个基因，在ＳＮＰ数据库中显示了人类基因中的ＳＮＰ位点，而且现在含包含了鼠等其他生物的相关数据。
ＤＢＴＳＳ最新的版本为３．０。
在该最新的版本中，还新增了人和鼠可能同源的启动子，目前可以显示３３２４个基因的启动子，通过本地的比对软件ＬＡＬＩＧＮ可以图的形式显示相似的序列元件。
另一个新的功能是可进行与已知转录因子结合位点相似的部位的定位，这些存贮在ＴＲＡＮＳＦＡＣ（ｈｔｔｐ：／／ｔｒａｎｓｆａｃ．ｇｂｆ．ｄｅ／ＴＲＡＮＳＦＡＣ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）数据库中，免费用于研究，但ＴＲＡＮＳＦＡＣ专业版是商业版本。
ＤＢＴＳＳ对匿名登录的用户是免费的，该网站要求用户在使用前注册，用户注册后即可使用。
主页分为２个区域，一个介绍网站的部分信息和用户注册，另一区域为用户操作区，该区约分为１０个部分，可分别进行物种和数据库的选择、ＢＬＡＳＴ、ＳＮＰ以及ＴＦ（转录因子）结合部位搜索等部分。
后者的使用可以见网页中的Ｈｅｌｐ部分，里面有比较详细的介绍。
ＤＢＴＳＳ还提供了丰富的与其他相关网站的链接，如上文提到的ＴＲＡＮＳＦＡＣ数据库、真核生物启动子数据库（Ｅｕｋａｒｙｏｔ－ｉｃＰｒｏｍｏｔｅｒＤａｔａｂａｓｅ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｐｄ．ｉｓｂ－ｓｉｂ．ｃｈ／）以及人类和其他生物ｃＤＮＡ全长数据库等。
２ＪＡＳＰＡＲＪＡＳＰＡＲ是有注释的、高质量的多细胞真核生物转录因子结合部位的开放数据库。
网址ｈｔｔｐ：／／ｊａｓｐａｒ．ｃｇｂ．ｋｉ．ｓｅ。
所有序列均来源于通过实验方法证实能结合转录因子，而且通过严格的筛选，通过筛选后的序列再通过模体（ｍｏｔｉｆ）识别软件ＡＮＮ－Ｓｐｅｃ进行联配。
ＡＮＮ－Ｓｐｅｃ利用人工神经网络和吉布斯（Ｇｉｂｂｓ）取样算法寻找特征序列模式。
联配后的序列再利用生物学知识进行注释。
目前该数据库收录了１１１个序列模式（ｐｒｏｆｉｌｅｓ），目前仅限于多细胞真核生物。
通过主页界面，用户可进行下列操作：１）浏览转录因子（ＴＦ）结合的序列模式；２）通过标识符（ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）和注解（ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ）搜索序列模式；３）将用户提交的序列模式与数据库中的进行比较；４）利用选定的转录因子搜索特定的核苷酸序列，用户可到ＣｏｎＳｉｔｅ服务器（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｈｙｌｏｆｏｏｔ．ｏｒｇ／ｃｏｎｓｉｔｅ）进行更复杂的查询。
ＪＡＳＰＡＲ数据库所有内容可到主页下载。
与相似领域数据库相比，ＪＡＳＰＡＲ具有很明显优势：１）它是一个非冗余可靠的转录因子结合部位序列模式；２）数据的获取不受限制；３）功能强大且有相关的软件工具使用。
ＪＡＳＰＡＲ与ＴＲＡＮＳＦＡＣ（一流的ＴＦ数据库）有较明显的差异，后者收录的数据更广泛，但包含不少冗余信息且序列模式的质量参差不齐，是商业数据库，只有一部分是可以免费使用。
用户在使用过程中会发现二者的差异，这主要是由于二者对数据的收集是相互独立的。
另外该数据库还提供了相关的链接：如ＭａｔＩｎｓｐｅｃｔｏｒ检测转录因子结合部位，网址ｈｔｔｐ：／／ｔｒａｎｓｆａｃ．ｇｂｆ．ｄｅ／ｐｒｏｇｒａｍｓ／ｍａｔｉｎｓｐｅｃｔｏｒ／；ＴＥＳＳ转录元件搜索系统，网址ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｉｌ．ｕｐｅｎｎ．ｅｄｕ／ｔｅｓｓ／。
转录调节位点和转录因子数据库介绍!张光亚!!方柏山（华侨大学生物工程与技术系福建泉州３６２０２１）摘要转录水平的调控是基因表达最重要的调控水平之一，对转录调节位点和转录因子的研究具有重要意义。
介绍了ＤＢＴＳＳ、ＪＡＳＰＡＲ、ＰＲＯＤＯＲＩＣ和ＴＲＲＤ等相关数据库及其特征、内容和使用。
关键词转录调节位点转录因子数据库生物信息学!基金项目：国务院侨办科研基金资助项目（０５ＱＺＲ０６）!!通讯作者２００５年第４０卷第１１期生物学通报１１３ＰＲＯＤＯＲＩＣＰＲＯＤＯＲＩＣ（ＰＲＯｋａｒｙｏｔＩＣＤａｔａｂａｓｅＯｆＧｅｎｅＲｅｇｕｌａ－ｔｉｏｎ）数据库目的是系统地组织有关原核基因表达信息，并将该信息整合到调节网络中。
基于此目的，转录因子结合位点、该位点与其他相互作用的蛋白、启动子结构操纵子组成均通过搜寻原始文献组合关联起来。
目前的版本主要着眼于一些致病菌如Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（铜绿假单胞菌），Ｌｉｓｔｅｒｉａｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ（单核细胞增生李斯特式菌）和Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒｐｙｌｏｒｉ（幽门螺旋杆菌），同时也收录了大肠杆菌和枯草杆菌以验证所提供的相关工具。
ＰＲＯＤＯＲＩＣ运用关系数据库模型（ｒｅｌａｔｉｏｎａｌｄａｔａｂａｓｅｍｏｄｅｌ），这是一种修正的ＴＲＡＮＳＦＡＣ数据库结构，已经越来越适合于细菌的需求［３］。
该数据库以收录生物的全基因组序列为基本结构骨架，另外有基因、转录单位、启动子、结合位点、蛋白质组的功能和结构信息以及信号转导和代谢网络等几部分组成。
目前该数据库的研究人员主要从结构上描述调节子（ｒｅｇｕｌｏｎ）、转录因子、ＤＮＡ结合位点的互作以及对基因的活化和抑制。
ＰＲＯＤＯＲＩＣ的网址为ｈｔｔｐ：／／ｐｒｏｄｏｒｉｃ．ｔｕ－ｂｓ．ｄｅ．４ＴＲＲＤＴＲＲＤ（ＴｈｅＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎＲｅｇｕｌａｔｏｒｙＲｅｇｉｏｎｓＤａｔａｂａ－ｓｅ，转录调节区域数据库）由西伯利亚分校细胞与遗传学研究所于１９９３年组建，其目的是通过实验方法收集有关真核基因调节区域的数据。
网址ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗｍｇｓ．ｂｉｏｎｅｔ．ｎｓｃ．ｒｕ／ｍｇｓ／ｄｂａｓｅｓ／ｔｒｒｄ４／。
它包括转录调节区域的模块结构以及它们在所有组成调节单元中的分类地位，主要包括：１）顺式元件；２）提供ＤＮＡ－蛋白质和蛋白质－蛋白质在相邻部位作用的复合元件；３）组成基本转录复合物的启动子；４）调节转录水平的增强子和沉默子；５）ＤＮＡ５′和３′区的转录调节区域；６）完整的基因转录调节体系。
目前最新的版本为４．０，它通过引入新的数据表示格式，提供了更全面关于基因表达调节模体的描述以及这些调节区域的结构特征，以达到计算机可阅读的最大信息。
ＴＲＲＤ包括５个相互联系的部分：ＴＲＲＤＧＥＮＥＳ（包含所有ＴＲＲＤ收录的基因以及它们的调节单元的基本信息）、ＴＲＲＤＳＩＴＥＳ（包含转录结合因子结合部位的详细信息）、ＴＲＲＤＦＡＣＴＯＲＳ（包含ＴＲＲＤ收录的转录结合因子的详尽描述）、ＴＲＲＤＥＸＰ（包含基因表达谱的描述）和ＴＲ－ＲＤＢＩＢ（包含ＴＲＲＤ收录所有参考文献的目录）。
ＴＲＲＤ收录的基因根据种属特异性、基因编码的蛋白质的类型以及基因的功能等进行分类。
今后收录的基因将着重于控制造血作用、内分泌、免疫系统和应急反应的基因。
除了上面介绍的数据库以外，还有许多有关转录调节位点和转录因子的数据库，如：ＡＣＴＩＶＩＴＹ（功能性ＤＮＡ／ＲＮＡ位点活性）ｈｔｔｐ：／／ｕｔｉｌ．ｂｉｏｎｅｔ．ｎｓｃ．ｒｕ／ｄａｔａｂａｓｅｓ／ａｃｔｉｖｉｔｙ．ｈｔｍｌ；ＤＢＴＢＳ（Ｂａｃｉｌｌｕｓｓｕｂｔｉｌｉｓ启动子和转录因子数据库）ｈｔｔｐ：／／ｄｂｔｂｓ．ｈｇｃ．ｊｐ／；ＤＰＩｎｔｅｒａｃｔ（大肠杆菌ＤＮＡ结合蛋白结合位点）ｈｔｔｐ：／／ａｒｅｐ．ｍｅｄ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ｄｐｉｎｔｅｒａｃｔ；ＨｖｒＢａｓｅ（灵长类线粒体ＤＮＡ调控区域序列）ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈｖｒｂａｓｅ．ｏｒｇ／；ＰＬＡＣＥ（植物顺式作用ＤＮＡ元件）ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｄｎａ．ａｆｆｒｃ．ｇｏ．ｊｐ／ｈｔｄｏｃｓ／ＰＬＡＣＥ；ＰｌａｎｔＰｒｏｍ（植物ＲＮＡ聚合酶ＩＩ识别的启动子序列）ｈｔｔｐ：／／ｍｅｎｄｅｌ．ｃｓ．ｒｈｕｌ．ａｃ．ｕｋ／；ＴＲＡＮＳＣｏｍｐｅｌ（真核基因复合调控元件）ｈｔｔｐ：／／ｃｏｍ－ｐｅｌ．ｂｉｏｎｅｔ．ｎｓｃ．ｒｕ／ｎｅｗ／ｃｏｍｐｅｌ。
参考文献１ＹｕｔａｋａＳ．，ＲｉｕＹ．，ＳｕｍｉｏＳ．ｅｔａｌ，ＤＢＴＳＳ，ＤａｔａＢａｓｅｏｆＴｒａｎｓｃｒｉｐ－ｔｉｏｎａｌＳｔａｒｔＳｉｔｅｓ：ｐｒｏｇｒｅｓｓｒｅｐｏｒｔ２００４，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ，２００４，３２，７８—８１．２ＡｌｂｉｎＳ．，ＷｙｎａｎｄＡ．，ＰａｒＥ．ｅｔａｌ，ＪＡＳＰＡＲ：ａｎｏｐｅｎ－ａｃｃｅｓｓｄａｔａｂａｓｅｆｏｒｅｕｋａｒｙｏｔｉｃｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｂｉｎｄｉｎｇｐｒｏｆｉｌｅｓ，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ，２００４，３２：９１—９４．３ＲｉｃｈａｒｄＭ．，ＫａｒｓｔｅｎＨ．，ＨｅｉｋｏＢ．ｅｔａｌ，ＰＲＯＤＯＲＩＣ：ｐｒｏｋａｒｙｏｔｉｃｄａｔａｂａｓｅｏｆｇｅｎｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ，２００３，３１（１）：２６６—２６９．４ＫｏｌｃｈａｎｏｖＮ．Ａ．，ＩｇｎａｔｉｅｖａＥ．Ｖ．，ＡｎａｎｋｏＥ．Ａ．ｅｔａｌ，ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎＲｅｇｕｌａｔｏｒｙＲｅｇｉｏｎｓＤａｔａｂａｓｅ（ＴＲＲＤ）：ｉｔｓｓｔａｔｕｓｉｎ２００２，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ，２００２，３０（１）：３１２—３１７．５ＭｉｃｈａｅｌＹ．Ｇ．ＴｈｅＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙＤａｔａｂａｓｅＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎ：２００４ｕｐ－ｄａｔｅ，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ，２００４，３２：３—２２．６ｈｔｔｐ：／／ｄｂｔｓｓ．ｈｇｃ．ｊｐｈｔｔｐ：／／ｔｒａｎｓｆａｃ．ｇｂｆ．ｄｅ／ＴＲＡＮＳＦＡＣ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｐｄ．ｉｓｂ－ｓｉｂ．ｃｈ／ｈｔｔｐ：／／ｊａｓｐａｒ．ｃｇｂ．ｋｉ．ｓｅｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｈｙｌｏｆｏｏｔ．ｏｒｇ／ｃｏｎｓｉｔｅｈｔｔｐ：／／ｔｒａｎｓｆａｃ．ｇｂｆ．ｄｅ／ｐｒｏｇｒａｍｓ／ｍａｔｉｎｓｐｅｃｔｏｒｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｉｌ．ｕｐｅｎｎ．ｅｄｕ／ｔｅｓｓ／ｈｔｔｐ：／／ｐｒｏｄｏｒｉｃ．ｔｕ－ｂｓ．ｄｅｈｔｔｐ：／／ｗｗｗｍｇｓ．ｂｉｏｎｅｔ．ｎｓｃ．ｒｕ／ｍｇｓ／ｄｂａｓｅｓ／ｔｒｒｄ４／ｈｔｔｐ：／／ｕｔｉｌ．ｂｉｏｎｅｔ．ｎｓｃ．ｒｕ／ｄａｔａｂａｓｅｓ／ａｃｔｉｖｉｔｙ．ｈｔｍｌｈｔｔｐ：／／ｄｂｔｂｓ．ｈｇｃ．ｊｐ／ｈｔｔｐ：／／ａｒｅｐ．ｍｅｄ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ｄｐｉｎｔｅｒａｃｔｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈｖｒｂａｓｅ．ｏｒｇ／ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｄｎａ．ａｆｆｒｃ．ｇｏ．ｊｐ／ｈｔｄｏｃｓ／ＰＬＡＣＥｈｔｔｐ：／／ｍｅｎｄｅｌ．ｃｓ．ｒｈｕｌ．ａｃ．ｕｋ／ｈｔｔｐ：／／ｃｏｍｐｅｌ．ｂｉｏｎｅｔ．ｎｓｃ．ｒｕ／ｎｅｗ／ｃｏｍｐｅｌ（ＢＨ）睡眠大脑的不连通性当我们入睡时，意识渐渐消失，但大脑仍保持活跃，一项新研究帮助解释了这个现象。