生物软件汇总
生物软件汇总
三维分子类
RASMOL 2.7.2.1 观看生物分子3D微观立体结构的软件。非常有名，巨棒！RasTop 2.03 为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件
CHIME 2.6 SP5 直接在浏览器中观看3D分子。
MolMol 2k.2 将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件。CrystInfo 1.0 用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3d结构。PDViewer PDB格式文件的查看程序。
DS ViewerPro 5.0 trail 3维分子浏览工具。
ICMLite 2.8 3维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能。
VMD 1.82 3维分子浏览工具，可以进行动态显示。
CN3D 4.1 3D分子结构观察软件。
WPDB 2.2 PDB文件检索显示分析软件。
DTMM 4.1 Demo 3维分子模型显示、编辑与构建程序。
gopenmol2.32 显示并分析分子结构及其特性的软件。
POV-Ray 3.6b3 生成三维图像工具软件。
WinMegaPov 1.0 3D渲染软件POV-Ray非官方编译软件。
MolPOV 2.0.8 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Mol2Mol 5.2.1Demo 分子文件格式转换软件。
PovChem 2.1.1 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Ortep-3 for Windows 1.076 生成分子的热椭圆形点图软件。
PLATON1.07 通用结晶学软件工具。
Mage 6.35 读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。
Prekin 6.35 将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件的软件。
Swiss-PdbViewer 3.7 sp5 PDB文件显示与分析软件。
DINAMO 蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。PCMolecule2 Lite 查看PDB格式文件的免费软件。
StrukEd Demo 化学分子编辑与三维模型生成软件。
JMVC 4 Pre Alpha 0.1 使用JAVA技术编写的三维分子查看器。
Re_View 1.0 读取及分析XYZ格式三维分子文件的软件。
Oscail X 用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包。
Moilin X 分子构建与观察软件。
Tinker 4.1 与Moilin配套的DOS下的分子设计建模软件。
Biodesigner 0.75 免费的分子建模与显示软件。
MoluCAD Demo 02年11月版全功能的分子建模与显示工具软件。Viewer Activex Control 5.0 三维分子显示控件。
ACD/3D Viewer for ISIS 4.5 免费的ISIS Draw三维显示插件。
Amira 3.1 Demo 高等三维显示建模系统。
PyMOL 0.95 免费且公开源代码的三维分子显示、动画、编辑程序。
Qmol 3.01 基于OpenGL的三维分子显示软件。
Protein Explorer2.3 Alpha RASMOL衍生出的软件。
WinMGM 2.0b 分子图像程序。
Chimera 1.1872 免费的交互式分子模型显示程序；和
Jmol v9 java语言写成的开放源代码的免费三维分子显示程序；
Ramachandran Plot Explorer 0.65 蛋白分子显示软件；
YASARA View 4.4.28 免费分子显示软件
ProteinScope LE 1.0.1 免费PDB蛋白三维显示软件
DNA分析
DNAuser 1.0 DNA序列处理软件。
JaMBW 1.1 分子生物学软件包。
DNATool 6.0.122 功能很全面的DNA序列分析工具包。
pDRAW 1.1.60 DNA分析与绘图软件,可绘制线性或环形DNA图。
ANNHYB 4 b22 用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件。
ABIView 1.0 ABI格式文件显示与编辑软件。
Chromas 2.23 ABI格式文件显示与编辑软件。
DNAssist 2.0 DNA序列分析工具。
DNAProbe 核苷酸序列设计工具。
DnaSP 3.53 基因多态性分析软件。
DFW 2.21 DNA分析软件。
Artemis R5 以Java语言写成的序列查看工具。
ACT R2 以Java语言写成的序列比较查看器。
GDA 1.1 主要用来进行不连续基因数据的统计分析。
RDP 1.09 从一组比对核酸序列中查找可能的重组序列软件。
Sequencher 4.1.4 Demo 序列拼接软件。
MeltCalc 2.06 自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件。
基因探索者1.0 Demo 中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件。ConsInspector 3.3 DNA蛋白结合位点预测识别软件。
MatInd 2.2与MatInspector 2.2 快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具。GBuilder 1.23 JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件。
GenomePixelizer 2002.2.15版帮助理解基因组中的簇基因（clustering gene）之间的相互关系的软件。
LabBook Genomic XML Viewer 3.3.0.41 图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件。Gene Construction Kit 2.5 Demo 管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件。
Genalysis 2.1.2 评估版比较基因组或大量基因序列的工具软件。
GenescanView 查看基因扫描（genescan）格式.fsa文件的小软件。
WinGene 2.31 分析核酸序列的多用工具软件。
Sequin 5.00 数据库GenBank, EMBL, DDBJ 查询软件。
Pyxis 1.0 分析一组功能相关的基因形成的基因簇是否具有统计学意义的软件。GenomeComp 1.3 中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物基因组比较工具
Apollo 1.4.4 Java语言开发的基因组注释显示编辑软件
SNPHunter 1.65 SNP（单核苷酸多态性）查找软件。
SSRHunter 1.3 SSR（Simple Sequence Repeat，即简单序列重复，又称微卫星DNA）位点查找软件。
iCE 3.4 Java语言编写的显示基因指纹图及相关数据的软件。
RNA分析
RNA draw RNA二级结构分析软件。
RNAstructure 3.71 预测RNA二级结构图。
RnaViz 2.0 RNA二级结构图绘制程序。
loopDloop 2.07b Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件。
Circles 0.1.0 使用比较的方法分析RNA二级结构软件。
RNAFold RNA二级结构分析软件。
SStructView 1.2 用JAVA脚本语言写成的RNA二级结构显示软件
Vienna RNA Package 维也纳大学RNA二级结构预测与比较软件包
蛋白质分析
ANTHEPROT 5.0 蛋白序列分析软件包。
pSAAM 蛋白序列分析软件包。
VHMPT 螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件。
aminoXpress 5.02 免费的多功能蛋白分析软件包。
WinPep3.01 分析蛋白序列的工具软件。
MPEx 2.1 研究膜蛋白拓扑学结构和其它特性的JAVA软件。
Osprey 1.0.1 蛋白质相互作用网络可视化系统
PIN 显示蛋白质交互作用网络和功能注释软件。
InterViewer 3.0 显示和分析蛋白交互作用软件
生化教学
mmp.zip 将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来。
linpath.zip 线性酶反应模拟软件。
protlab 3.01 蛋白质纯化仿真软件。
MOLMED.ZIP 生化基础概念演示教学程序。
Biochem1.75 生化教学文件。
photo 光合作用教学程序。
8个教学辅助程序包括化学键教学、光合作用、减数分裂、有丝分裂，还包括日蚀等等。《生物化学》练习题软件本套题共包括14章内容，每章练习题有单项选择和多项选择两套题，题库总题数近700道。
Adrenalin 肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示。
Virtual Cell Lab 2.0 多媒体细胞生物学教学程序。
生物画板5.0 专门用于编写生物类教学文档工具软件。
中文生物化学三大代谢图
Virtlab 2.0 用于教学目的的虚拟的分子生物学实验室软件
生化工程
brd.zip 生物反应器（发酵罐）设计软件。
BioStat 4.1 BioStat B发酵罐控制程序。
PenSim v2.0 青霉素发酵模拟软件。
BioProSim 4.0 发酵实时模拟软件。
SuperPro Designer 5.1评估版计算机辅助设计特别是生物工艺设计的软件包。
序列格式转换
vised 1.1 序列输入分析和格式转换软件。
ForCon 1.0 多序列文件格式转换软件。
SeqVerter 1.581 序列格式转换软件。
GeneStudio Pro Public Beta 6 序列格式显示、编辑与转换工具软件。
FASTA/BLAST SCAN 4.1beta FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件。
RevComp 2.4 序列格式转换软件。
SeqnConverter 2.3 将不同格式的序列文件转换成FASTA格式软件。
MatchCode2.0 将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件。
BioCocoa 1.5 提供给软件开发者Objective-C语言的各种序列格式的读写支持模块DNACompress 免费的DNA序列压缩软件
PCR相关
primer Premier 5.0 Demo 引物设计工具。
Oligo 6.65 Demo 引物分析著名软件。
Primer D'Signer 1.1 专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件。Array Designer 2.03 Demo 批量设计DNA和寡核苷酸引物工具，
Beacon Designer 2.12 Demo 实时荧光定量PCR分子信标(Molecular beacon )及TaqMan探针设计软件。
NetPrimer JAVA语言写成的免费引物设计软件。
PC-Rare 基于OFD(Octamer Frequency Disparity)法的选择特定PCR引物的软件。DNAWorks 1.1 帮助进行基因合成的设计寡核苷酸序列的免费程序。
TGGE-STAR PCR结合梯度凝胶电泳实验引物设计软件。
The Primer Generator 在线引物设计程序。
Primer 3 比较有名的在线引物设计程序。
E-PCR 查找DNA序列的STSs(sequence tagged sites序列标签位点）的在线工具软件。Primo Pro 3.4 在线PCR引物设计java系列软件。
Primer Selection 基于xprimer的在线引物设计软件。
PCR primer selection 选择引物用来扩增序列的一段精确区域的在线程序。
Web Primer 斯坦福大学提供的在线引物设计软件。
序列综合分析
MACAW 2.05 多序列构建与分析软件。
Clustal W 1.83 用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件。
Clustal X 1.83 Clustal W Windows界面程序。
FASTA 34t21b5d 数据库中查找同源序列软件。
GeneDoc 2.6.02 对序列进行相关分析等操作。
BLAST 2.2.9 与NetBlast2.2.9 数据库中查找类似序列的软件及客户端软件。
SeqPup 0.9 生物分子序列编辑与分析软件。
K-Estimator 6.1 进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数。
BioEdit 6.0.7 序列编辑器与分析工具软件。
DAMBE 4.13 综合性序列工具软件。
LaserGene 5.01 Demo 综合性序列工具软件。
SeaView 图形化多序列队列编辑器。
Jalview1.7b 用Java语言写的多序列队列编辑器。
DNASIS 2.5 Demo 序列综合分析工具。
DNASIS Max Trail 2.5 序列综合分析工具。
Genamics Expression 1.1 演示版是一个DNA与蛋白序列分析工具。
Vector NTI Viewer 4.0.1 载体查看软件。
Jellyfish 3.0 多功能序列分析软件。
ProSeq 2.9 beta 核酸序列编辑与种群遗传学分析软件。
SMS 2 DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合。
DS GENE 1.5 Trail 核酸与蛋白序列综合性分析软件。
Staden 2003.0.1 综合序列装配、编辑、分析软件包。
Vector NTI Suite 8 Demo 综合性蛋白核酸分析工具包。
INCA 0.38 Java 脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序。
ISYS v1.33 build #140 NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台。
DNAScriptor 1.00 DNA与蛋白序列综合分析软件。
Sequence Quickie-Calc 2.5 DEMO 非常紧凑的分子生物学工具软件。
PhyloGrapher（2003.4.3）用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件。Woderful生物信息学系统2.5试用版综合中文序列分析软件。
bioxm 2.2 DNA序列资料的常规分析软件。
SeWeR 3.0 基于WEB的常用序列分析工具集。
WinBlast v.0.1.5 免费的NCBI BLAST程序windows界面程序。
BioRead Blast和Fasta结果编辑处理程序
SeqVISTA 1.5 java语言编写的核酸或蛋白序列图像显示、比较软件
GENOME EXPLORER Java语言编写的生物信息学综合工具软件
进化树分析
phylip 3.6a3 进化树分析软件，并可绘制进化树。
TreeView 1.6.6 进化树处理软件。
GeneTree 1.3 比较基因与种系进化树的程序。
NDE 0.5.0 用来编辑NEXUS格式文件的程序。
TreeMap 1.0 用来可视地比较主、从进化树的程序。
Spectrum 分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件。
Phyltools 1.32 计算与处理进化树数据的软件。
tree-puzzle 5.0 核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具。
ATV 1.92 JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件。TREECON 1.3b Demo 构建和绘制进化树的软件包。
ProBiosys 1.0 比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件。COMPONENT 2.0 分析进化树免费软件。
NJplot 小巧的显示进化树的免费软件NJplot。
MEGA 2.1 免费分子进化遗传分析软件
PAUP 4 PAUP的快速使用手册
常用生物学软件简介
网址： https://www.360docs.net/doc/1015161857.html,/ 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：a) 已知一个PC R引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。 h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。 网址： Oligo 6.71 Demo（引物设计软件）：https://www.360docs.net/doc/1015161857.html,/Soft/2006/112.htm Oligo—引物设计软件电子教程（引物设计和评估） Oligo 6 Tour 主要功能介绍 https://www.360docs.net/doc/1015161857.html,/ 2．Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector⑴NTI：作为Vecto r NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。BioPlot⑵：BioPlot 是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以绘制50种以上预定制的蛋白质特征图谱，如疏水性和抗原性；并将序列与特征图谱和活性序列区域一一对应。BioPlot还可以对核酸序列进行8种不同类型的分析，如：退火温度、自由能和GC含量等。AlignX⑶：AlignX可以对多个蛋白质或核酸序列进行同源比较，以寻找不同序列之间的同源区域或相似性很高序列中的不同碱基，并绘制进化树；为下一步设计PCR引物、探针及研究系统发育提供基础。AlignX可以识别所有标准TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept 和ASCII Text。ContigExpress⑷：Contig Express是用来对多个小核酸片段进行拼接而形成连续的长序列。这些小片段可以是Text序列，也可以是直 接从自动测序仪得到的测序图。它用同一个浏览窗口来组织序列片段和拼接结果，同时还有一个由多个子窗口组成的窗口将序列和它们的特性测序图及拼接示意图分别对应。拼接的结果可以直接保存成GeneBan k、EMBL或FASTA文件。Vector NTI Suite⑸其他功能：支持多用户。提供PubMed/Entrez－Search、B last Search、Blast Viewer和3D－Mol(用来看PDB文件)等在线工具。 网址： Vector NTI7.0 中文使用手册 Vector NTI Suite 9.1 Demo（综合性蛋白核酸分析工具包）https://www.360docs.net/doc/1015161857.html,/Soft/2007 /460.htm https://www.360docs.net/doc/1015161857.html,/solutions/vectornti/index.html 3．DNAStar 是一款基于Windows和Macintosh平台的序列分析软件，特点是操作简单，功能强大。主
(完整版)分子生物学试题及答案(整理版)
分子生物学试题及答案 一、名词解释 1．cDNA与cccDNA：cDNA是由mRNA通过反转录酶合成的双链DNA；cccDNA是游离于染色体之外的质粒双链闭合环形DNA。 2．标准折叠单位：蛋白质二级结构单元α－螺旋与β－折叠通过各种连接多肽可以组成特殊几何排列的结构块，此种确定的折叠类型通常称为超二级结构。几乎所有的三级结构都可以用这些折叠类型，乃至他们的组合型来予以描述，因此又将其称为标准折叠单位。 3．CAP：环腺苷酸（cAMP）受体蛋白CRP（cAMP receptor protein ），cAMP与CRP结合后所形成的复合物称激活蛋白CAP（cAMP activated protein ） 4．回文序列：DNA片段上的一段所具有的反向互补序列，常是限制性酶切位点。 5．micRNA：互补干扰RNA或称反义RNA，与mRNA序列互补，可抑制mRNA的翻译。 6．核酶：具有催化活性的RNA，在RNA的剪接加工过程中起到自我催化的作用。 7．模体：蛋白质分子空间结构中存在着某些立体形状和拓扑结构颇为类似的局部区域 8．信号肽：在蛋白质合成过程中N端有15~36个氨基酸残基的肽段，引导蛋白质的跨膜。 9．弱化子：在操纵区与结构基因之间的一段可以终止转录作用的核苷酸序列。 10．魔斑：当细菌生长过程中，遇到氨基酸全面缺乏时，细菌将会产生一个应急反应，停止全部基因的表达。产生这一应急反应的信号是鸟苷四磷酸(ppGpp)和鸟苷五磷酸（pppGpp）。PpGpp与pppGpp的作用不只是一个或几个操纵子，而是影响一大批，所以称他们是超级调控子或称为魔斑。 11．上游启动子元件：是指对启动子的活性起到一种调节作用的DNA序列，-10区的TATA、-35区的TGACA 及增强子，弱化子等。 12．DNA探针：是带有标记的一段已知序列DNA，用以检测未知序列、筛选目的基因等方面广泛应用。13．SD序列：是核糖体与mRNA结合序列，对翻译起到调控作用。 14．单克隆抗体：只针对单一抗原决定簇起作用的抗体。 15．考斯质粒：是经过人工构建的一种外源DNA载体，保留噬菌体两端的COS区，与质粒连接构成。16．蓝-白斑筛选：含LacZ基因（编码β半乳糖苷酶）该酶能分解生色底物X-gal(5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷)产生蓝色，从而使菌株变蓝。当外源DNA插入后，LacZ基因不能表达，菌株呈白色，以此来筛选重组细菌。称之为蓝-白斑筛选。 17．顺式作用元件：在DNA中一段特殊的碱基序列，对基因的表达起到调控作用的基因元件。18．Klenow酶：DNA聚合酶I大片段，只是从DNA聚合酶I全酶中去除了5’→3’外切酶活性 19．锚定PCR：用于扩增已知一端序列的目的DNA。在未知序列一端加上一段多聚dG的尾巴，然后分别用多聚dC和已知的序列作为引物进行PCR扩增。 20．融合蛋白：真核蛋白的基因与外源基因连接，同时表达翻译出的原基因蛋白与外源蛋白结合在一起所组成的蛋白质。 二、填空 1． DNA的物理图谱是DNA分子的（限制性内切酶酶解）片段的排列顺序。 2． RNA酶的剪切分为（自体催化）、（异体催化）两种类型。 3．原核生物中有三种起始因子分别是（IF-1）、（IF-2）和（IF-3）。 4．蛋白质的跨膜需要（信号肽）的引导，蛋白伴侣的作用是（辅助肽链折叠成天然构象的蛋白质）。5．启动子中的元件通常可以分为两种：（核心启动子元件）和（上游启动子元件）。 6．分子生物学的研究内容主要包含（结构分子生物学）、（基因表达与调控）、（DNA重组技术）三部分。7．证明DNA是遗传物质的两个关键性实验是（肺炎球菌感染小鼠）、（ T2噬菌体感染大肠杆菌）这两个实验中主要的论点证据是：（生物体吸收的外源DNA改变了其遗传潜能）。 8．hnRNA与mRNA之间的差别主要有两点：（hnRNA在转变为mRNA的过程中经过剪接，）、 （mRNA的5′末端被加上一个m7pGppp帽子，在mRNA3′末端多了一个多聚腺苷酸(polyA)尾巴）。 9．蛋白质多亚基形式的优点是（亚基对DNA的利用来说是一种经济的方法）、（可以减少蛋白质合成过程中随机的错误对蛋白质活性的影响）、（活性能够非常有效和迅速地被打开和被关闭）。 10．蛋白质折叠机制首先成核理论的主要内容包括（成核）、（结构充实）、（最后重排）。 11．半乳糖对细菌有双重作用；一方面（可以作为碳源供细胞生长）；另一方面（它又是细胞壁的成分）。所以需要一个不依赖于cAMP—CRP的启动子S2进行本底水平的永久型合成；同时需要一个依赖于cAMP—CRP的启动子S1对高水平合成进行调节。有G时转录从（ S2）开始，无G时转录从（ S1）开
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件简 介 公司内部编号：（GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster
斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显着性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退
生物学软件_大全
生物学软件大全 1.三维分子类 RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构 RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件 CHIME：直接在浏览器中观看3D分子 MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序 Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子 Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具 ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示 CN3D：3D分子结构观察软件 WPDB：PDB文件检索显示分析软件 DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序 Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具 gopenmol：显示并分析分子结构及其特性 POV-Rayv：生成三维图像工具软件 MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件 Mol2Mol：分子文件格式转换软件 PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件 Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图 PLATON：通用结晶学软件工具 Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件 Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件 Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件 DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件 StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件 JMVC：使用JA V A技术编写的三维分子查看器 ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件 Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包 Moilin：分子构建与观察软件 Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模 Biodesigner：免费的分子建模与显示软件 MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件 MarvinView：JA V A语言编写的化学分子二维与三维显示程序 ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件 Amira：高等三维显示建模系统 AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包
分子生物学期末试题
分子生物学期末试题 分子生物学期末考试试题 一、名词讲明 1、反式作用因子：能直截了当或间接地识别或结合各类顺式作用元件核心序列，参与调控靶基因转录效率的蛋白质。 2、基因家族： 3、C值矛盾：C值是指真核生物单倍体的DNA含量，一样的，真核生物的进化程度越高，C值越大，但在一些两栖类生物中，其C值却比哺乳动物大的现象。缘故是它含有大量的重复序列，而且功能DNA序列大多被不编码蛋白质的非功能D NA所隔开。 4、核型：指一个物种所特有的染色体数目和每一条染色体所特有的形状特点。 5、RNA editing：转录后的RNA在编码区发生碱基的突变、加入或丢失等现象。 二、判定： 1、真核生物所有的mRNA都有polyA结构。（X ） 组蛋白的mRNA没有 2、由于密码子存在摇摆性，使得一种tRNA分子常常能够识别一种以上同一种氨基酸的密码子。 （√） 3、大肠杆菌的连接酶以ATP作为能量来源。（X ）
以NAD作为能量来源 4、tRNA只在蛋白质合成中起作用。（X ） tRNA还有其它的生物学功能，如可作为逆转录酶的引物 5、DNA聚合酶和RNA聚合酶的催化反应都需要引物。（X ） RNA聚合酶的催化反应不需要引物 6、真核生物蛋白质合成的起始氨基酸是甲酰甲硫氨酸（X ） 真核生物蛋白质合成的起始氨基酸是甲硫氨酸 7、质粒不能在宿主细胞中独立自主地进行复制（X ） 质粒具有复制起始原点，能在宿主细胞中独立自主地进行复制 8、RNA因为不含有DNA基因组，因此按照分子遗传的中心法则，它必须先进行反转录，才能复制和增殖。（X ）不一定，有的RNA病毒可直截了当进行RNA复制和翻译 9、细菌的RNA聚合酶全酶由核心酶和ρ因子组成。（ X ） 细菌的RNA聚合酶全酶由核心酶和σ因子组成 10、核小体在复制时组蛋白八聚体以全保留的方式传递给子代。（√） 11、色氨酸操纵子中含有衰减子序列（√） 12、SOS框是所有din基因（SOS基因）的操纵子都含有的20bp的lexA结合位点。（√） 三、填空：
分子生物学 题库汇总
名词解释： 1.基因(gene)：是一段携带功能产物（多肽，蛋白质，tRNA和rRNA和某些小分子RNA）信息的DNA片段，是控制某种性状的的遗传单位。 2.基因组(genome)：泛指一个有生命体、病毒或细胞器的全部遗传物质；在真核生物，基因组是指一套染色体（单倍体）DNA。 3、端粒:以线性染色体形式存在的真核基因组DNA末端都有一种特殊的结构叫端粒。该结构是一段DNA序列和蛋白质形成的一种复合体，仅在真核细胞染色体末端存在。 4、操纵子:是指数个功能上相关的结构基因串联在一起，构成信息区，连同其上游的调控区（包括启动子和操纵基因）以及下游的转录终止信号所构成的基因表达单位，所转录的RNA为多顺反子。 5、顺式作用元件:是指那些与结构基因表达调控相关、能够被基因调控蛋白特异性识别和结合的特异DNA序列。包括启动子、上游启动子元件、增强子、加尾信号和一些反应元件等。 6、反式作用因子:是指真核细胞内含有的大量可以通过直接或间接结合顺式作用元件而调节基因转录活性的蛋白质因子。在反式作用因子中，可直接或间接结合RNA聚合酶的，称为转录因子。 转录调节因子结构 DNA结合域 酸性活域 脯氨酸富含域 TF 转录激活域 谷氨酰胺富含域 蛋白质-蛋白质结合域 （二聚化结构域） 7、启动子:是RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列。 8、增强子:位于真核基因中远离转录起始点，能明显增强启动子转录效率的特殊DNA序列。它可位于被增强的转录基因的上游或下游，也可相距靶基因较远。 9、基因表达:是指生物基因组中结构基因所携带的遗传信息经过转录、翻译等一系列过程，合成特定的蛋白质，进而发挥其特定的生物学功能和生物学效应的全过程。 10、信息分子:调节细胞生命活动的化学物质。其中由细胞分泌的调节靶细胞生命活动的化学物质称为细胞间信息分子；而在细胞内传递信息调控信号的化学物质称为细胞内信息分子。 11、受体:是存在于靶细胞膜上或细胞内能特异识别生物活性分子并与之结合，进而发生生物学效应的的特殊蛋白质。 12、分子克隆:在体外对DNA分子按照即定目的和方案进行人工重组，将重组分子导入合适宿主，使其在宿主中扩增和 繁殖，以获得该DNA分子的大量拷贝。 13、蛋白激酶:是指能够将磷酸集团从磷酸供体分子转移到底物蛋白的氨基酸受体上的一大类酶。 14、蛋白磷酸酶:是具有催化已经磷酸化的蛋白质分子发生去磷酸化反应的一类酶分子，与蛋白激酶相对应存在，共同 构成了磷酸化和去磷酸化这一重要的蛋白质活性的开关系统。 15、基因工程:有目的的通过分子克隆技术，人为的操作改造基因，改变生物遗传性状的系列过程。 16、载体:能在连接酶的作用下和外源DNA片段连接并运送DNA分子进入受体细胞的DNA分子。 17、转化:指质粒DNA或以它为载体构建的重组DNA导入细菌的过程。 18、感染:以噬菌体、粘性质粒和真核细胞病毒为载体的重组DNA分子，在体外经过包装成具有感染能力的病毒或噬菌 体颗粒，才能感染适当的细胞，并在细胞内扩增。 19、转导:指以噬菌体为载体，在细菌之间转移DNA的过程，有时也指在真核细胞之间通过逆转录病毒转移和获得细胞DNA的过程。 20、转染:指病毒或以它为载体构建的重组子导入真核细胞的过程。 21、DNA变性:在物理或化学因素的作用下，导致两条DNA链之间的氢键断裂，而核酸分子中的所有共价键则不受影响。
生物学软件大全
生物学软件大全 1. 三维分子类 RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构 RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件 CHIME：直接在浏览器中观看3D分子 MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件 raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构 PDViewer：PDB格式文件的查看程序 Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具 ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示 CN3D：3D分子结构观察软件 WPDB：PDB文件检索显示分析软件 DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序 Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构及其特性 POV-Rayv：生成三维图像工具软件
MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件 Mol2Mol：分子文件格式转换软件 PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件 Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图PLATON：通用结晶学软件工具 Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件 Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件 DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件 JMVC：使用JA VA技术编写的三维分子查看器ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件 Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin：分子构建与观察软件 Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模Biodesigner：免费的分子建模与显示软件 MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件MarvinView：JA VA语言编写的化学分子二维与三维显示程序 ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件
常用生物软件大汇总(精)
常用生物软件大汇总 序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析->结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Vector NTI Suite 还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。 l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构 l Align X-序列相似性比较 l Align Xblocks-序列局部完全相同比较 l ContigExpress-将小片段拼装成长序列 l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式 l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具 l Matrix Editor-矩阵数据编辑 l Tools Manager-连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。 Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W 进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange 快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供 选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。 DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys 公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG 的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI 的界面影响,DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、
常用生物软件简介汇总(window 版)
一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：69 00美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理
的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，E XCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster 成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Tr eeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一
生物常用软件学习
Excel 提速12招 https://www.360docs.net/doc/1015161857.html,生物谷网站Excel是一个全能的电子表格，它功能强大、操作方便，除了可以快速地生成、格式化各种表格外，还可以对表格中的数据完成很多数据库的功能。下面向您介绍几个快速使用Excel的方法技巧。 1、快速启动Excel。若您日常工作中要经常使用Excel，可以在启动Windows时启动它，设置方法： （1）启动“我的电脑”进入Windows目录，依照路径“Start Menu\Programs\启动”来打开“启动”文件夹； （2）打开Excel 所在的文件夹，用鼠标将Excel图标拖到“启动”文件夹，这时Excel的快捷方式就被复制到“启动”文件夹中，下次启动Windows就可快速启动Excel了。 若Windows已启动，您可用以下方法快速启动Excel。方法一：双击“开始”菜单中的“文档”命令里的任一Excel工作簿即可。 方法二：用鼠标从“我的电脑”中将Excel应用程序拖到桌面上，然后从快捷菜单中选择“在当前位置创建快捷方式”以创建它的快捷方式，启动时只需双击其快捷方式即可。 2、快速获取帮助。对于工具栏或屏幕区，您只需按组合键Shift＋F1，然后用鼠标单击工具栏按钮或屏幕区，它就会弹出一 个帮助窗口，上面会告诉该元素的详细帮助信息。 3、快速移动或复制单元格。先选定单元格，然后移动鼠标指针到单元格边框上，按下鼠标左键并拖动到新位置，然后释放 按键即可移动。若要复制单元格，则在释放鼠标之前按下Ctrl即可。 4、快速查找工作簿。您可以利用在工作表中的任何文字进行搜寻，方法为：(1)单击工具栏中的“打开”按钮，在“打开”对话 框里，输入文件的全名或部分名，可以用通配符代替；(2)在“文本属性”编辑框中，输入想要搜寻的文字，最好是您认为是唯一的单词或短语，以便搜寻更容易成功；(3)选择“开始查找”即可。在找到满足条件的文件前，“打开”对话框的状态栏都会显示“找到了0个文件”的信息，您应该耐心等待，只有当“打开”按钮由灰化状态变成可用状态时，才表明搜寻结束。 5、快速打印工作表。若选择“文件”菜单中“打印”命令来打印，会出现“打印”对话框让您选择，程序繁琐。若要跳过该对话 框，您可以单击“常用”工具栏上的“打印”按钮或者按下Shift键并单击“打印预览”按钮，Excel将使用“选定工作表”选项打印。 6、快速切换工作表。按Ctrl＋PageUp组合键可激活前一个工作表，按Ctrl＋PageDown组合键可激活后一个工作表。您还可 用鼠标去控制工作表底部的标签滚动按钮快速地移动工作表的名字，然后单击工作表进行切换。 7、快速切换工作簿。对于较少工作簿切换，可单击工作簿所在窗口。要对多个窗口下的多个工作进行切换，用“窗口”菜单 最方便。“窗口”菜单的底部列出了已打开了工作簿的名字，要直接切换到一个工作簿，从“窗口”菜单选择它的名字即可。“窗口” 菜单最多能列出9个工作簿，若多于9个，“窗口”菜单则包含一个名为“多窗口”的命令，选用该命令，则出现一个按字母顺序列出所有已打开的工作簿名字的对话框，只需单击其中需要的名字即可。 8、快速插入Word表格。Excel可以处理Word表格中列出的数据，您可用以下方法快速插入Word表格：(1)打开Word表 格所在的文件；(2)打开要处理Word表格的Excel文件，并调整好两窗口的位置，以便能看见表格和要插入表格的区域；(3)选中Word中的表格；(4)按住鼠标左键，将表格拖到Excel窗口中，松开鼠标左键将表格放在需要的位置即可。 9、快速链接网上的数据。您可以用以下方法快速建立与网上工作簿中数据的链接：(1)打开Internet上含有需要链接数据的 工作簿，并在工作簿选定数据，然后单击“编辑”菜单的“复制”命令；(2)打开需要创建链接的Excel工作簿，在需要显示链接数据的区域中，单击左上角单元格；(3)单击“编辑”菜单中的“选择性粘贴”命令，在“选择性粘贴”对话框中，选择“粘贴链接”按钮即可。 若您想在创建链接时不打开Internet工作簿，可单击需要链接处的单元格，然后键入(=)和URL地址及工作簿位置，如：=https://www.360docs.net/doc/1015161857.html,/[filel.xls]。
分子生物学试题库汇总复习课程
第2章染色体与DNA 名词解释 原癌基因：细胞内与细胞增殖相关的正常基因，是维持机体正常生命活动所必须的，在进化上高等保守。当原癌基因的结构或调控区发生变异，基因产物增多或活性增强时，使细胞过度增殖，从而形成肿瘤。 复制：以亲代DNA或RNA为模板，根据碱基配对的原则，在一系列酶的作用下，生成与亲代相同的子代DNA或RNA的过程。 转座子 (transposon 或 transposable element)：位于染色体DNA上可自主复制和位移的基本单位。包括插入序列和复合转座子。 半保留复制：以亲代DNA双链为模板以碱基互补方式合成子代DNA，这样新形成的子代DNA 中，一条链来自亲代DNA，而另一条链则是新合成的，这种复制方式叫半保留复制。 染色体：染色体是遗传信息的载体，由DNA、RNA和蛋白质构成，其形态和数目具有种系的特性。在细胞间期核中，以染色质形式存在。在细胞分裂时，染色质丝经过螺旋化、折叠、包装成为染色体，为显微镜下可见的具不同形状的小体。 核小体：是构成真核生物染色体的基本单位，是DNA和蛋白质构成的紧密结构形式，包括200bp左右的DNA和9个组蛋白分子构成的致密结构。 填空题 1.真核细胞核小体的组成是DNA和蛋白 2.天然染色体末端不能与其他染色体断裂片段发生连接，这是因为天然染色体末端存在端粒结构。 3.在聚合酶链反应中，除了需要模板DNA外，还需加入引物、DNA聚合酶、dNTP和镁离子。 4.引起DNA损伤的因素有自发因素、物理因素、化学因素。 5.DNA复制时与DNA解链有关的酶和蛋白质有拓扑异构酶Ⅱ、解螺旋酶、单链DNA结合蛋白。 6.参与DNA切除修复的酶有DNA聚合酶Ⅰ、DNA连接酶、特异的核酸内切酶。 7.在真核生物中DNA复制的主要酶是DNA聚合酶δ。在原核生物中是DNA聚合酶Ⅲ。 8.端粒酶是端粒酶是含一段RNA的逆转录酶。 9.DNA的修复方式有错配修复、碱基切除修复、核苷酸切除修复、DNA的直接修复。 选择题 1.真核生物复制起点的特征包括（B） A. 富含G-C区 B. 富含A-T区 C. Z-DNA D. 无明显特征 2.插入序列（IS）编码（A） A.转座酶 B.逆转录酶 C. DNA合成酶 D.核糖核酸酶 3.紫外线照射对DNA分子的损伤主要是(D) A.碱基替换 B.磷酸脂键断裂C。碱基丢失 D.形成共价连接的嘧啶二聚体 4.自然界中以DNA为遗传物质的大多数生物DNA的复制方式（C） A.环式 B.D环式 C.半保留 D.全保留 5.原核生物基因组中没有（A） A.内含子 B.外显子 C.转录因子 D.插入序列 6.关于组蛋白下列说法正确的是(D) A.为中性蛋白 B.为酸性蛋白 C.进化上不具保守性 D.染色体结合蛋白 7.DNA聚合酶Ⅰ（C） A.是复制酶，但不是修复酶 B.没有模板依赖性 C.有5′→3′外切酶活性 D. 5′→3′聚合酶活性极强
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoretix?Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由T urner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠
生物软件汇总
生物软件汇总 三维分子类 RASMOL 2.7.2.1 观看生物分子3D微观立体结构的软件。非常有名，巨棒！RasTop 2.03 为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件 CHIME 2.6 SP5 直接在浏览器中观看3D分子。 MolMol 2k.2 将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件。CrystInfo 1.0 用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3d结构。PDViewer PDB格式文件的查看程序。 DS ViewerPro 5.0 trail 3维分子浏览工具。 ICMLite 2.8 3维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能。 VMD 1.82 3维分子浏览工具，可以进行动态显示。 CN3D 4.1 3D分子结构观察软件。 WPDB 2.2 PDB文件检索显示分析软件。 DTMM 4.1 Demo 3维分子模型显示、编辑与构建程序。 gopenmol2.32 显示并分析分子结构及其特性的软件。 POV-Ray 3.6b3 生成三维图像工具软件。 WinMegaPov 1.0 3D渲染软件POV-Ray非官方编译软件。 MolPOV 2.0.8 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。 Mol2Mol 5.2.1Demo 分子文件格式转换软件。 PovChem 2.1.1 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。 Ortep-3 for Windows 1.076 生成分子的热椭圆形点图软件。 PLATON1.07 通用结晶学软件工具。 Mage 6.35 读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。 Prekin 6.35 将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件的软件。 Swiss-PdbViewer 3.7 sp5 PDB文件显示与分析软件。 DINAMO 蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。PCMolecule2 Lite 查看PDB格式文件的免费软件。 StrukEd Demo 化学分子编辑与三维模型生成软件。 JMVC 4 Pre Alpha 0.1 使用JAVA技术编写的三维分子查看器。 Re_View 1.0 读取及分析XYZ格式三维分子文件的软件。 Oscail X 用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包。 Moilin X 分子构建与观察软件。 Tinker 4.1 与Moilin配套的DOS下的分子设计建模软件。 Biodesigner 0.75 免费的分子建模与显示软件。 MoluCAD Demo 02年11月版全功能的分子建模与显示工具软件。Viewer Activex Control 5.0 三维分子显示控件。 ACD/3D Viewer for ISIS 4.5 免费的ISIS Draw三维显示插件。 Amira 3.1 Demo 高等三维显示建模系统。 PyMOL 0.95 免费且公开源代码的三维分子显示、动画、编辑程序。 Qmol 3.01 基于OpenGL的三维分子显示软件。 Protein Explorer2.3 Alpha RASMOL衍生出的软件。 WinMGM 2.0b 分子图像程序。 Chimera 1.1872 免费的交互式分子模型显示程序；和
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