CTDNA标本处理的标准操作程序
DNA制片过程
DNA制片过程制片过程1.固定（宫颈标本）医生用宫颈刷刷取标本后，将宫颈刷头取下放入固定液中，使取得的宫颈细胞标本得到及时的固定保存。
2.消化将固定液瓶放于振荡器上振荡半小时，直至粘液被完全消化，标本呈细颗粒状——细胞分散成细胞悬液止。
3.离心宫颈刷取物标本或痰标本消化好的标本液使其细胞均匀分布，另取一支7ml试管，倒入标本液4~5ml，放入离心机中以2500转/分转速离心4分钟。
从离心机中取出后，倒去上清夜。
根据沉淀的标本量加入适量固定液，再用一次性吸管反复抽吸使其混合均匀备用。
浆膜腔积液1）将标本先摇匀，将浆膜腔积液标本倒入一支50ml或15ml刻度离心管，放入离心机中以3000转/分转速离心5分钟。
2）从离心机中取出后，倒入上清液。
（或用一次性滴管吸除上清液，具体操作可视沉淀物性状而定）4.制片宫颈刷取物制片将转头置入离心涂片机（兰丁高科公司）中备好，吸取混匀的标本液加入转头孔中，以1500转/分的速度离心涂片4分钟，制成薄层细胞片1-2张。
细胞片经充分干燥后，经Feulgen-THionin染色，用DNA细胞自动检测分析仪扫描。
浆膜腔积液根据标本的性质，合理选择使用离心涂片机制片或者推片。
染色过程1）将制好的标本片干燥。
2）固定：将标本片置入无水乙醇中固定30分钟，回收无水乙醇。
3）B.S液固定60分钟，回收B.S液。
4）水洗3到5次，尽量控干水分。
5）酸化水解：5N HCL 25摄氏度酸解60分钟。
6）水洗3到5次。
7）DNA染液67分钟（25摄氏度）。
8）水洗6到8次。
9）用漂洗液漂洗3次，第1次1分钟、第2次3分钟、第3次4分钟。
10）水洗3到5次。
11）脱水：分别经95%乙醇、95%乙醇、无水乙醇、无水乙醇各2分钟。
12）吹干、贴条形码，中性树胶封片。
DNA定量筛查实验流程
宫颈癌DNA筛查步骤，制片标准化流程
筛查步骤
制片流程
一、接收标本，登记病人信息并编号
1. 检查是否少液、漏液
2. 标本瓶上信息是否对应清晰正确
3. 输入病人信息
二、细胞收集
1. 锥形试管编号，向内加入4ml样本密度分离液，将标本在旋涡振荡器上振荡1min
2. 锥形管倾斜45度，滴管取8ml样本加入试管中200r离心3 min，去除8ml 上清液
3. 800r离心10min，去除全部上清液
4. 加1.5ml次缓后于旋涡振荡器上1min混匀
三、常规制片
1. 振荡器上混匀，静置30s-60s后取0.75ml液体，加入常规制片套管内制片，
沉降时间10min
2. 倒去上清液，加入1ml无水乙醇
3. 取下套管，玻片放置于卧式染缸中用电吹风热风吹干，冷却然后进行DNA 染色
四、DNA染色
1. 95%酒精30min，流水洗4-5次，沥干
2. 固定液60min，流水洗4-5次，沥干
3. 分化液45min，流水洗4-5次，沥干
4. 硫堇60min，流水洗4-5次，洗涤后在水中浸泡5-10min
5. 95%酒精2min
6. 无水酒精2min
五、DNA封片（干封）。
标本前处理标准操作程序
标本前处理标准操作程序1.目的：保证标本处理标准化、规范化，使不规范操作因素对实验结果造成的影响减至最小。
2.适用待处理标本范围：线粒体DNA标本3.操作人：张英王松涛4.标准操作程序a）双手戴上手套，从冰箱取出标本，将化验单和试管依次编号后，在15ml有盖离心管中加血样，以冷蒸馏水稀释至15ml，反复颠倒混匀。
室温或4℃下以3000rpm/min离心10分钟。
b）缓慢倾倒上清，注意勿将白色沉淀倒出，加0.1%Triton-X100（预冷）至15ml，混匀，如上离心，弃去手套。
c）双手换上新手套，用镊子(夹取灭菌物品专用)取出1.5ml离心管，对应标本编号，置于离心管架上，将沉淀加入1~2mlDNA抽提液（10mM Tris-Cl PH 8.0，10mM EDTA，10mM NaCl），混匀，悬浮白细胞，加10%SDS至终浓度为0.5%，剧烈震荡至无团块。
加蛋白酶K(20mg/ml)至终浓度为100μg/ml，混匀，55℃三小时或37℃过夜消化。
水浴完成后用镊子将水浴板取出。
d）在上清中加入1/5体积的5M NaCl，混匀，以1000rpm/min离心10分钟。
e）把上清转入新的管中，用2倍体积的无水乙醇（预冷）沉淀DNA，短时离心，DNA贴壁后倒掉上清，用70%乙醇清洗DNA两遍。
倒掉上清，短时离心，吸干上清后，干燥DNA，用TE溶解DNA。
f）完全溶解后的DNA经分光光度仪测定OD260/OD280比值>1.8者可用于有关的研究工作。
计算DNA含量 (1 OD260=50μg DNA)。
提取后的DNA均以1.5 ml Eppendorf管贮存，注明样品所属家系、编号等资料。
贮存的DNA样品应置于–20℃保存，长期不用者应–70℃保存。
e）PCR时取上清液1µl点样上机，收拾台面至准备状态。
DNA提取(采集)、保管、移送、检验、数据转换及垃圾数据清理工作规范
DNA提取（采集）、保管、移送、检验、数据转换及垃圾数据清理工作规范1目的全面规范现场生物物证和各类涉案人员样本的DNA提取、采集、保管、移送、检验、数据转换及垃圾数据清理工作。
2原则要遵循及时、全面、准确、客观的基本原则。
3范围适用于全省各级公安机关的现场生物物证和各类涉案人员样本的DNA提取、采集、保管、移送、检验、数据转换及垃圾数据清理工作。
4依据本规范的制定依据如下文件：GA/T382-2014《法庭科学DNA实验室建设规范》；GA/T383-2014《法庭科学DNA实验室检验规范》；GA/T1162-2014《法医生物检材的提取、保存、送检规范》；GA/T1163-2014《人类DNA荧光标记STR分型结果的分析及应用》；GA/T1161-2014《法庭科学DNA检验鉴定文书内容及格式》；GB/T21679-2008《法庭科学DNA数据库建设规范》；GA/T 965-2011《法庭科学DNA亲子鉴定规范》；《公安机关查找被拐卖儿童DNA检验技术应用规范（试行）》（公刑[2009]625号）；CNAS-CL28《司法鉴定/法庭科学机构能力认可准则在法医物证DNA鉴定领域的应用说明》。
5术语和定义5.1现场生物物证检材（以下简称“DNA检材”）来源于案（事）件现场，并可进行常规物证、DNA检验，从而能为侦查提供线索、为法庭提供证据的生物样本，或含有、承载可进行常规物证、DNA检验的生物样品的物品。
现场生物物证检材一般包括血液（斑）、唾液（斑）、精液（斑）、毛发、骨骼、脱落细胞、阴道内容物（斑）、人体组织、分泌物、排泄物以及烟头、果核、口杯、口香糖等。
5.2污染在提取、保存和送检过程中，混杂入原始检材中，导致法医遗传学检验结果异常的外源性生物物质。
5.3对照样本从生物样品在载体上的附着部位附近空白处提取的样品。
5.4比对样本已知来源的，在法医物证DNA检验中用于比对参照的样品。
比对样本一般包括被害人、嫌疑人或直系亲属的样品。
亲子鉴定DNA提取标准操作规程
DNA提取标准操作规程1. 目的：规范不同检材的DNA提取操作程序，确保DNA质量，保证STR分型结果准确性。
2. 原理：Chelex-100 是一种由苯乙烯、二乙烯苯共聚体组成的化学螯合树脂，含有成对的亚氨基二乙酸盐离子，可螯合多价离子，特别是对高价金属离子有很高的亲和力和螯合作用。
在低离子强度、碱性及煮沸的条件下，可以使细胞膜破裂，并使蛋白质变性，通过离心除去Chelex颗粒，使其结合的物质与DNA 分离。
磁珠法提取核酸是通过细胞裂解液裂解细胞，从细胞中游离出来的核酸分子被特异的吸附到磁性颗粒表面，而蛋白质等杂质不被吸附而留在溶液中。
反应一定时间之后，再在磁场作用下，使磁性颗粒与液体分开，回收颗粒（即磁珠-DNA 混合物），再用洗脱液洗脱即可以得到纯净的DNA。
3. 操作者：具有法医物证检验资格的广西区妇幼司法鉴定所技术人员。
4. 标本：5％EDTA抗凝全血、8-10ml胎儿羊水、5％EDTA抗凝脐血、FTA纸血斑、口腔拭子、5-10根带毛囊的毛发、绒毛细胞。
5 试剂：5.1 试剂的厂家及规格：5.1.1 DNA抽提试剂 Chelex-100 伯乐公司（Bio-Rad Laboratories, Inc. CA U.S.A）。
5.1.2 DNA抽提试剂 Promega PP18或PP21 DNA System抽提试剂盒。
5.1.3 DNA抽提试剂口腔棉签制备基因组DNA试剂盒（G&T，U.S.A）5.1.4 无水乙醇分析纯5.1.5 异丙醇分析纯5.1.6 无菌的超纯水由实验室技术人员制备。
5.2 试剂的配制：5.2.1 5％Chelex-100的配制：称取5克粉状Chelex-100于试剂瓶中，加入灭过菌的超纯水至100ml。
5.2.2 灭菌超纯水的制备：用干净的试剂瓶装超纯水1升左右，经121℃灭菌30分。
6 仪器及设备：6.1 生物安全柜。
6.2 高速离心机。
6.3 超速冷冻离心机。
肿瘤血液ctdna提取步骤
肿瘤血液ctdna提取步骤全文共四篇示例，供读者参考第一篇示例：肿瘤血液ctdna提取是一种非侵入性的方法，用于分析肿瘤细胞在血液循环中释放的DNA。
这种方法可以帮助医生了解肿瘤的遗传变异情况，从而指导治疗方案的制定和调整。
下面就来详细介绍一下肿瘤血液ctdna提取的步骤。
第一步：采集血液样本肿瘤血液ctdna提取的第一步是采集患者的血液样本。
通常使用的是完全干净的血液管，确保不含有外源性DNA。
血液样本可以是患者的全血或血浆，通常采集的是静脉血样本。
第二步：离心分离DNA采集到血液样本后，需要进行离心分离以获取纯净的DNA。
离心分离一般需要在4摄氏度下进行，确保DNA的完整性和稳定性。
离心后，将上清液小心转移至新的离心管中，避免干扰物质的污染。
第三步：DNA提取提取ctdna的关键步骤是将DNA从血液样本中分离出来。
目前常用的方法有化学提取法和商业化的DNA提取试剂盒。
化学提取法主要包括蛋白酶K消化和DNA酚-氯仿提取法。
DNA提取试剂盒则是根据特定的原理和离心技术来实现DNA的提取。
第四步：纯化DNA提取到的DNA通常还会包含一些其他的杂质，因此需要进行纯化处理以获得纯净的ctdna。
纯化的方法主要包括等温扩增（PCR）法和柱式纯化法。
等温扩增法是通过PCR反应来扩增ctdna的数量，柱式纯化法则是利用大小分子筛选的原理将杂质和ctdna分离。
第五步：定量和质检提取和纯化得到的ctdna需要进行定量和质检，确保提取的质量和纯度满足后续的实验要求。
常用的定量和质检方法包括紫外分光光度测定法和琼脂糖凝胶电泳法。
根据定量和质检的结果，可以调整ctdna的用量和纯度。
第六步：保存和储存最后一步是将提取得到的ctdna保存和储存起来，以备后续的实验使用。
通常将ctdna保存在-80摄氏度的冰箱中，避免DNA的降解和损伤。
同时可以将ctdna存储在硅胶柱或硅胶棒上，以便长期保存和再提取。
通过以上的步骤，可以成功地提取肿瘤血液ctdna，并对其进行分析和研究。
临床基因扩增实验室标本前处理标准操作程序
临床基因扩增实验室标本前处理标准操作程序目的保证标本处理标准化、规范化，使不规范操作因素对实验结果造成的影响减至最小。
2 该SOP变动程序本文件的变动，可由任一使用该文件的工作人员提出，报经室负责人决定。
如通过则公布实行。
3 适用待处理标本范围临床基因扩增实验室现行检测项目。
4 标准操作程序4.1 DNA血清类（例如HBV）⑴双手戴上手套，从冰箱取出标本，将验单和试管依次编号，收起验单，弃去手套。
⑵双手换上新手套，用镊子(夹取灭菌物品专用)取出1.5ml离心管，对应标本编号，置于离心管架上。
⑶将移液器调到50µl，先吸取50µlDNA提取液加入到编好号的离心管中。
然后吸取50µl 血清，加入离心管中混匀，注意每吸取一份血清标本应更换一次枪头。
处理全部标本，然后将离心管插到水浴板上，用镊子放入水浴锅，沸水浴10分钟。
⑷水浴完成后用镊子将水浴板取出，转至4℃静置8～12小时，然后10000转5分钟离心，取上清液2µl点样上机。
⑸收拾台面至准备状态。
4.2 RNA血清类（例如HCV）⑴双手戴上手套，从冰箱取出标本，将验单和试管依次编号，收起验单，弃去手套。
⑵双手换上新手套，用镊子(夹取灭菌物品专用)取出0.5ml灭菌离心管，对应标本编号，置于离心管架上。
⑶先用5～40µl的移液器，吸取10µlRNA提取液A加入到编好号的离心管中，再用40～200µl 的移液器吸取50µl 血清加入，最后用200～1000 µl移液器加入200 µlRNA提取液B，在震荡器上震荡混匀，冰上放置5分钟，然后6000转1分钟离心。
⑷去上清，留沉淀。
加入450µl 用DEPC水配制的75﹪的预冷乙醇洗涤沉淀，然后6000转1分钟离心，去上清。
相同方法再洗一次，吸干上清，65℃10分钟烘干。
⑸给烘干的沉淀中加入18 µl的反应液I，混匀，再加入2 µl逆转录酶，充分混匀，瞬时离心（3秒），放入温箱，37℃45分钟逆转录。
ctdna质控方案
ctdna质控方案I. 简介CTDNA（循环肿瘤DNA）是一种在血液中存在的肿瘤特异性DNA，它可以提供肿瘤的遗传信息和突变情况。
为了确保准确性和可靠性，制定CTDNA质控方案至关重要。
本文将介绍一个综合的CTDNA质控方案，旨在确保实验过程及结果的准确性和一致性。
II. CTDNA样本采集与存储准确和可靠的CTDNA质控必须从样本采集和储存过程开始。
以下是一系列的步骤来确保高质量的CTDNA样本：1. 采集：使用合适的采集管和方法采集新鲜的血液样品，避免溶血和外来污染。
2. 预处理：对采集的样本进行标准处理，如离心、血清分离等。
确保预处理的一致性以减少功效差异。
3. 存储：将预处理后的样本在-80℃低温冰箱中存储，并避免多次冻融循环，以减少DNA降解的可能性。
III. CTDNA提取与富集为了提取和富集目标DNA，下面的步骤是CTDNA质控方案中的关键环节：1. 提取：使用优质的DNA提取试剂盒，根据厂商说明书进行提取步骤，并严格控制实验条件和操作手法的一致性。
2. 富集：采用合适的CTDNA富集方法，如磁珠、抗体、PCR等，确保富集效率高、选择性好，并有效地去除干扰物质。
IV. CTDNA质量评估为了评估CTDNA的质量，以下是几种常见的质量评估方法：1. 摄影图分析：使用电泳或定量PCR等技术，观察和测定样本中的DNA片段长度分布和浓度。
2. 质控样品：建立一组已知基因突变和拷贝数变异的质控样品，通过分析这些样品并对比结果来确保实验准确性和一致性。
3. 重复检测：对同一样本进行多次检测，检查结果的一致性和重复性。
V. 数据分析与解释CTDNA质控方案的最后一步是数据分析和解释。
以下是几个关键环节：1. 引物设计：使用合适的引物设计软件，确保引物的特异性和灵敏度，有效避免假阳性或假阴性结果。
2. 扩增反应：选择适当的PCR条件、酶和试剂，优化扩增反应的效率和准确性。
3. 数据解读：使用可靠的数据解读工具和数据库，对测序结果进行生物信息学分析，识别突变、拷贝数变异等。
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CT-DNA标本处理的标准操作程序
一、目的：
规范临床基因扩增检验实验室对临床标本的处理，提高检测结果的准确率。
二、适用范围：
中山大学达安基因股份有限公司沙眼衣原体核酸扩增荧光检测试剂盒。
三、职责：
由临床基因扩增检验实验室专业技术人员制定程序文件，实验室负责人审核，科室主任批准实施。
四、程序：
1、将样本及阴性对照品置室温解冻后，振荡混匀。
2、向装有分泌物标本的试管中加入1ml无菌生理盐水，充分振荡混匀。
3、吸取液体转至1.5ml离心管中，于12000rpm离心5分钟。
4、弃上清，加入DNA提取液50ul，振荡混匀后，置100℃水浴/干浴10分钟。
5、取阴性对照品50ul，加到1.5ml离心管中。
加入50ulDNA
提取液，振荡混匀，放入100℃水浴/干浴 10min。
6、转至4℃静置8～12小时，10000rpm离心5min，保留上
清4℃保存备用（如需长期保存请放置于-20℃）。
7、离心管取出转移至加样区，取上清液2ul加样进行PCR
扩增。
此标准操作变更程序：如果本操作程序使用者在实际工作中发现其存在问题，则应向科室负责人提出，科室负责人则召集所有与本程序有关的的人员讨论，以决定是否需要变更本程序。
CT样本处理流程图。