pubmed数据库操作
PubMed生物医学数据库检索方法与技巧

MH - Adrenergic beta-1 Receptor Antagonists/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics MH - Biological Availability MH - *Bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics MH - Comorbidity MH - *Coronary Disease/complications/drug therapy/physiopathology MH - *Drugs, Generic/economics/pharmacokinetics MH - *Heart Failure/complications/drug therapy/physiopathology MH - Humans MH - *Hypertension/complications/drug therapy/physiopathology MH - Perioperative Care/methods MH - Therapeutic Equivalency MH - Treatment Outcome
1997年6月开始向全球开放
特色:具有收录范围广、内容全、检索途径 多、检索体系完备等特点,部分文献还可在 网上直接免费获得全文。
2. PubMed数据来源
MEDLINE: [pubmed-indexed for medline] In Process Citations:每天收录,尚 未经规范处理的数据。[pubmed-in process] Publisher-Supplied Citations:由出 版商提供的电子文献,每条记录标有 [PubMed-as supplied by Publisher]。
pubmed文献检索方法

pubmed文献检索方法摘要:一、PubMed简介二、文献检索方法1.基本检索2.高级检索3.检索策略三、检索实例四、检索技巧1.关键词选择2.运用布尔操作符3.限制检索范围五、文献管理与分析工具六、总结与建议正文:一、PubMed简介PubMed是由美国国立卫生研究院(NIH)开发和维护的一个免费生物医学文献数据库,包含了大量的生物医学、生命科学、化学等领域的研究文献。
它为广大科研工作者、医生和药师等提供了便捷的文献查询途径。
二、文献检索方法1.基本检索在PubMed首页,可以通过输入关键词或输入文献的题名、作者、出版年份等进行基本检索。
基本检索的结果会按照相关性排序。
2.高级检索点击检索框下方的“高级检索”按钮,可以进入高级检索界面。
高级检索允许用户对检索词、检索范围、文献类型等进行更详细的设定,从而提高检索的准确性。
3.检索策略在检索过程中,可以采用一些策略提高检索效果。
例如,使用截词符(*)进行词干检索,或将关键词用引号括起来进行精确检索。
三、检索实例以下是的一个检索实例:假设我们想查找关于“新冠病毒”(SARS-CoV-2)的研究文献,可以在检索框中输入“SARS-CoV-2”或“新冠病毒”,然后点击检索按钮。
检索结果会包括与新冠病毒相关的文章,如病毒基因序列、疫苗研究、治疗方法等。
四、检索技巧1.关键词选择选择合适的关键词是提高检索效果的关键。
可以通过查阅相关领域的专业词典、综述文章等,了解研究领域的主要术语和概念。
2.运用布尔操作符布尔操作符(AND、OR、NOT)在检索过程中起到筛选和组合检索词的作用。
例如,输入“新冠病毒AND 疫苗”,可以检索到同时涉及新冠病毒和疫苗的文章。
3.限制检索范围在检索过程中,可以通过设置文献类型、发表年份、语言等限制条件,缩小检索范围,提高检索的针对性。
五、文献管理与分析工具PubMed提供了多种文献管理与分析工具,如引文导出、文献收藏、文献标签等。
Pubmed-数据库文献推送-----My-NCBI定制方法

用户名、密码、邮箱 (username、password、email)
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱtep1:
2.点击进入My NCBI
Step1:
3.点击注册
Step1:
4.注册信息:
1)用户名 2)密码:至少8位字母+数字 3)Email:用于推送符合条件的文献
Step1:
5.点击注册成功
注册成功
Step2:
1.点击进入定制过程
Step2:
4.点击保存
Step2:
2.输入检索式
Step2:
3.点击开始检索
Step2:
5.命名、保存
已定制完成的 信息内容
Step3:
2. 保存
Step3:
1.选择自动推送 频率、时间、 格式、数量
Step3:
3.设置成功,回到 检索界面后退出
Step4:
图书馆/信息中心
2014-12-25
1、 My NCBI 是PUBMED数据库中的一项自助式
信息推送服务; 2、用户需要注册; 3、用户自行定制检索式,My NCBI自动文献检索
和更新推送; 4、用户可定制多个课题;
确定课题内容: 如:糖尿病神经损伤的光疗法
确定检索式:
phototherapy and diabetic neuropathy
进入注册邮箱 激活链接
太复杂了! 找我们吧:
我们替您完成:
第1-3步
您只需做:
第4步(进入自己的邮箱---激活链接)
2019SUCCESS
POWERPOINT
2019/6/11
2019SUCCESS
THANK YOU
2019/6/11
pubmed的使用

第3章 PubMed检索PubMed是因特网上最著名的免费Medline数据库,是由美国国立医学图书馆的生物信息技术中心(National Center for Biotechnology Information ,NCBI)提供的,其网址为:/PubMed/。
该系统于1997年开始使用,与以往的Medline 光盘数据库相比,它具有收录范围广、更新速度快、界面友好等特点,并且由于NCBI与多家出版商达成协议,出版商在期刊出版之前或在期刊出版的同时,将期刊论文题录提供给PubMed, 通过部分文献的链接可到达出版商的网站,从而获取相应期刊的全文。
3.1 PubMed的收录范围PubMed的数据主要有4个部分,即Medline、OLDMEDLINE 、In Process Citations、Record Suppled by Publisher。
Medline:与我们通常使用的Medline数据库收录的范围、年代、内容相同,但数据更新速度较快。
OLDMEDLINE:收录了1950-1965年间的美国医学索引(IM)中的题录。
In Process Citations:是一个临时性的数据库,收录准备进行标引的题录和文摘信息,每天都在接受新的数据,进行文献的标引和加工,每周把加工好的数据加入到Medline中,同时从In Process Citations库中删除。
In Process Citations中的记录标有[PubMed- in process]的标记。
Record supplied by publisher:出版商将期刊文献信息电子版提供给PubMed后,每条记录都标有[PubMed- as supplied by publisher]的标记,这些记录每天都在不停地向In Process Citations库中传送,加入到In Process Citations后,原有的标记将改为[PubMed- in process]的标记。
PubMed 数据库使用介绍

Copyright ©2006
Evidence Based Medicine Center,Lanzhou University
Copyright ©2006
Evidence Based Medicine Center,Lanzhou University
Copyright ©2006
Evidence Based Medicine Center,Lanzhou University
Evidence Based Medicine Center,Lanzhou University
Copyright ©2006
二、PubMed收录范围(1)
(一)MEDLINE
——全世界70多个国家和地区的4800余种生物医学期刊 ——自1966年至今数据1400万余条 ——内容每周更新一次,内容涉及医学、护理学、牙科学、兽医学、 卫生保健和前临床科学等。 ——标识[PubMed - indexed for MEDLINE] ——1950 年到1965年全世界生物医学期刊 ——目前数据大约200多万条 ——标识[PubMed - OLDMEDLINE for Pre1966] ——1996年8月开始增加该数据库,只提供基本的引文信息和文摘, ——每天更新,经过标引以后进入MEDLINE,并从PreMEDLINE 中删除这些记录。 ——标识[MEDLINE in process]
Copyright ©2006
Evidence Based Medicine Center,Lanzhou University
Copyright ©2006
2、主题检索(MeSH Database)
Evidence Based Medicine Center,Lanzhou University
pubmed数据库及获取文献小技巧

Pubmed数据库概况
收录5642种期刊,NLM于1988 年成立文献选择技术审查委员会 (Literature Selection Techni cal Review Committee, LSTRC) , 专门从事审核期刊、评价 其内容、增选新刊,同时剔除不符合要 求的已收录期刊。
Pubmed数据库概况
投药与剂量
按摩疗法
副作用
血液
激动剂
并发症
拮抗剂与抑制剂
诊断
分析
药物疗法
生物合成
生物合成
血液
血液
化学 。。。。。。
病因学 。。。。。。
青霉素/副作用
类风湿/病因学
加权检索
加权检索减少了检出量, 实际上是提高了检准率, 因为加权检索是将文献重点讨论的内容检索出来特 别是当文献检出量较多时, 加权检索是一种缩小检索 范围的有效方法。
Gastric Neoplasms Gastric Cancer Stomach Cancer Stomach Neoplasms
Stomach Neoplasms
款目词
主题词
Mesh Database
high blood pressure
✓ 副主题词
✓ 副主题词
青霉素可组配的副主题词: 类风湿可组配的副主题词:
LASTAU(Last Author) 最后一个作者(通讯作者)
IP(Issue):
期号、部分号、增刊号
IS(ISSN):
国际标准刊号
LA(Language):
原文语种
检索字段及标识符
MH(Mesh Terms):
主题词
MAJR(Mesh Major Topic): 主要主题词
pubmed使用方法

MEDLINE的数据均进行过主题词标引,其可以使检索结果更加 准确和全面。 记录标注[PubMed - indexed for MEDLINE]
简介
PreMEDLINE是一个临时性医学文献数据库。它 每天都在不断地接受新数据,并进行加工(主 题标引等),加工完成后每周向Medline数据库 进行添加。
PubMed检索2000年以来有关65岁以上老人阿尔 茨海默病(Alzheimer Disease)死亡率(mortality) 的多元分析 (meta analysis)文献
65 meta analysis 2000 Alzheimer Disease mortality
检索结果处理
检索结果显示、保存 检索结果的过滤 全文获取 My ncbi个性化服务
检索结果的处理
在文献管理软件中对结果进行分析、标准化处理等
过滤器(filter)的使用演示
全文的获取
全文的链接:提供电子全文的链接 免费的全文链接: Open Access、 PMC 无电子全文的,提供馆藏链接
Entrez平台 (/Entrez/)
Entrez资源整合系统可 检索NCBI提供的30余 个数据库,且系统内数 据库间广泛多项联系, 这种联系可通过检索结 果中Link连接实现。
Entrez平台
Entrez所包含的数据库类型多样,基因序列、结构、文献、基 因组等有机结合。
sensitive search,查全率较高)与特异性(narrow,specific search,
查准率较高)
Finding Systematic Reviews
提供systematic reviews、meta analysis、reviews of clinical trials、
pubmed数据库使用方法

pubmed数据库的使用方法本文以 pubmed中的一篇文章 Inhibition of Notch pathway attenuates the progression of human immunodeficiency virus-associated nephropathy. 为例来说明pubmed数据库的使用方法。
在pubmed中检索到该篇文章后,网址是 /pubmed/23389453在页面左侧稍微靠上的地方,显示有该文章所属的期刊名字,如下图所示:上图中棕色横线标注处显示的就是收录该文章的期刊的名字(是缩写),鼠标移动到该缩写的期刊名字上后,会弹出提示框显示该期刊的全名。
棕色横线标注处同行的后边是这篇文章在该期刊中是哪一年的哪一期以及该文章的doi编号等信息。
双击棕色横线标注处的链接,将可以查看该期刊的更多详细信息。
页面的右上角有时候会显示出该篇文章的全文获取链接,如下图所示:在上图的棕色横线标注处,有时可以看到一个矩形的图标,那就是该篇文献的全文下载链接。
点击该链接将来到收录该文章全文的期刊或者数据库的该篇文章的网络下载页面,例如该篇文献的网络下载页面如下图所示:上图红色链接标注处出现了一个登陆框,要求进行登陆,这表明你没有下载该篇文献的权限。
上图中绿色横线标注处是当你有此篇文献下载权限时,点击下载文献全文的位置。
没有该篇文献全文下载权限的话,是无法下载到此文献的,如果您是通过seek68数字图书馆提供的pubmed入口来到此页面,则有很大机会直接就具有该篇文献的下载权限,如下图所示:上图是通过seek68提供的pubmed入口下载文献有该篇文献下载权限时出现的页面,大家可以比较与上一图的不同之处,即没有出现登陆框,并且绿色横线标注处也有所不同,提示您点击绿色横线标注处的链接即可以下载到此文章。
不过pubmed并不是对所有文章都给出全文下载链接,此时就需要根据pubmed所揭示的该文章被收录于什么期刊或者什么数据库等信息,来到相应的期刊或数据库网址中下载文章。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
基本检索
自动词语匹配检索 著者检索 期刊检索 截词检索 词组检索
布尔逻辑检索
基本检索
截词检索: 可通过在词干后加“*”检索以 该词干开头的所有词的文献。
需要注意的是:截词检索将关闭PubMed的 自动单词匹配功能以及Mesh主题词的扩展检索功 能 。如:输入heart attack*,不会启动自动匹配 功能检索与之匹配的Mesh主题词“Myocardial Infarction”及其下位更专指的主题词的相关文献。
高级检索
PUBMED的Advanced Search页面整合了 多种对检索有用的辅助功能,可实现如下操作:
• Searching by a specific field • Browsing the index of terms • Combining searches using history • Displaying the search details
nature
Searching by a specific field
高级检索
PUBMED的Advanced Search页面整合了 多种对检索有用的辅助功能,可实现如下操作:
• Searching by a specific field • Browsing the index of terms • Combining searches using history • Displaying the search details
基本检索
自动词语匹配检索 著者检索 期刊检索 截词检索 词组检索
布尔逻辑检索
基本检索
以作者姓全称加名首字缩写的格式输入姓名, PubMed通过自动匹配自动在作者字段进行检索。
可通过在姓名前后加双引号并加作者字段标识 [au] 关闭该功能,如:“Smith J”[au]
基本检索
以作者姓全称加名首字缩写的格式输入姓名, PubMed通过自动匹配自动在作者字段进行检索。
高级检索
通过“Search Builder”检索框下面的 “Show Index”选项可查询在所有字段或某一特 定字段中的索引,可以从索引中选择一个或几个 词来完善检索策略。
chronic proctitis
高级检索
PUBMED的Advanced Search页面整合了 多种对检索有用的辅助功能,可实现如下操作:
基本检索
自动词语匹配检索 著者检索 期刊检索 词组检索 截词检索
布尔逻辑检索
基本检索
自动词语匹配检索 著者检索 期刊检索 词组检索 截词检索
布尔逻辑检索
基本检索
对于输入检索框中未加标识的检索词, PubMed依次在下列词表中查找匹配的内容:
1.MeSH translation table 2.Journals translation table 3.Full Author translation table 4.Author index
概况
收录从1948年至今80多个国家和 地区37种文字的5000多种生物医学期 刊上的文献2400多万条。每日更新 (周二到周六),每天增加2000- 4000条完整记录。PUBMED引文90% 为英文文献,79%有英文摘要。
概况 基本检索 高级检索 主题词途径检索 临床查询检索 单引文匹配检索 检索结果处理
Heart attack
自动匹配检索
"myocardial infarction"[MeSH Terms] OR ("myocardial"[All Fields] AND "infarction"[All "myocardial infarction"[MeSH Terms] OR Fields]) OR "myocardial infarction"[All ("myocardial"[All Fields] AND "infarction"[All Fields]) OR Fields] OR ("heart"[All Fields] Fields] OR AND "myocardial infarction"[All "attack"[All Fields]) "heart attack"[All ("heart"[All Fields] ANDOR "attack"[All Fields]) OR Fields] "heart attack"[All Fields]
1. 加双引号,如:“single cell”
2.加标段标识[tw]: single cell[tw]
3.使用短横线“-”将两词连接起来:single-cell
4.使用截词符*:single cell*
基本检索
基本检索
自动词语匹配检索 著者检索 期刊检索 截词检索 词组检索
布尔逻辑检索
概况 基本检索 高级检索 主题词途径检索 临床查询检索 单引文匹配检索 检索结果处理
基本检索
自动词语匹配检索 著者检索 期刊检索 截词检索 词组检索
布尔逻辑检索
基本检索
1. 直接在检索框中输入刊名全称、Medline缩写 及ISSN,PubMed通过自动匹配自动在刊名 字段进行检索。 2. 使用PubMed资源的“Journals Database” 查询特定期刊上的文章。
基本检索
高级检索
作者检索:
通过Advanced Search页面中的“Search Builder ”下拉列表选择“Author”字段,在字段 后的检索框中输入作者姓名,姓名的输入具有自 动完成属性。
高级检索
期刊检索: 通过Advanced Search页面中的“Search Builder ”下拉列表选择“Journal”字段,在字 段后的检索框中输入刊名全称、Medline缩写及 ISSN
检索字段及标识符
AD(Address): 第一作者所属单位和地址 ALL(All Fields): 全部字段 AU(Author): 作者姓名 DP(Publication Date): 出版时间 EDAT(Entrez Date): 录入时间 1AU(First Author Name): 第一作者姓名 FAU(Full Author Name): 作者姓名全称(02年以后) LASTAU(Last Author) 最后一个作者(通讯作者) IP(Issue): 期号、部分号、增刊号 IS(ISSN): 国际标准刊号 LA(Language): 原文语种
基本检索
Mesh转换表 期刊名转换表 Keyword(s) 作者索引表 作者姓名转换表 经过转换后的 检索式
Pubmed系统 进行检索 Details分析
11
基本检索
1、Mesh转换表 由Mesh词、款目词、Mesh副主题词、 文献类型词、药理作用词、一体化医学语言系统词及 化学物质名称等组成。
可通过在姓名前后加双引号并加作者字段标识 [au] 关闭该功能,如:“Smith J”[au]。
基本检索
如果只输入作者的姓,则PubMed会 在所有字段中对其进行检索,如只想将其 作为作者检索,需加作者字段标识[au]。 2002年以后的论文,如果提供作者 全名,可使用作者全名进行检索。作者姓 名可正序或倒序。如:juila s wong或 wong julia s。为了区分姓名全称与首字 缩写,需加标全名字段标识[fau],如: peterson do[fau]
推荐使用刊名全称或缩写查找,因为 有些过早的文献没有ISSN。
science
Science[ta]
基本检索
1. 直接在检索框中输入刊名全称、Medline缩写 及ISSN,PubMed通过自动匹配自动在刊名 字段进行检索。 2. 使用PubMed资源的“Journals Database” 查询特定期刊上的文章。
• Searching by a specific field • Browsing the index of terms • Combining searches using history • Displaying the search details
高级检索
检索史按检索式运行的顺序列出各检索式,包括 检索式序号、检索策略、检索时间、检索到的文献条 数。 检索史最多保存100条检索式,检索史将在离开 PubMed或其他Entrez数据库8小时后消失。 单击检索式后的文献数链接可显示该检索式的检 索结果。 可通过检索策式的序号对检索策略进行组配,如: #2 AND #6, #3 AND (drug therapy OR diet therapy) 单击检索史窗口下方的Clear History按钮可将所 有检索式删除。
检索字段及标识符
MH(Mesh Terms): 主题词 MAJR(Mesh Major Topic): 主要主题词 PG(Pagination): 页码(起页) PT(Publication Type): 出版类型 SB(Subset): 文献子集 SH(Mesh Subheadings): 副主题词 TA(Journal Title Abbreviation): 刊名缩写 TI(Title): 文章题名 TIAB(Title/Abstract): 题名摘要 TW(Text Words): 文本词 VI(Volume): 卷号
PubMed数据库检索介绍
河北医科大学图书馆
于伟
概况 基本检索 高级检索 主题词途径检索 临床查询检索 单引文匹配检索 检索结果处理
概况 基本检索 高级检索 主题词途径检索 临床查询检索 单引文匹配检索 检索结果处理
概况
PubMed() 是由美国国立医学图书馆( National Library of Medicine,NLM) 的国家生 物技术信息中心(National Center for Biotech-nology Information , NCBI) 开 发的一个以网络为基础的医学文献检 索系统 , 是 NCBI 庞大的检索体系 Entrez 的一部分。