scar分子标记技术及其在水产动物研究中的应用
几种DNA分子标记技术及其在水产动物中的应用

第2卷 1
第8 期
现
代
渔
业
信
息
Vo . No 8 1 21 . Au .2 0 g, 0 6
20 0 6年 8月
M ODERN FI HEI S UES NFOR 【 I ATI ON
几 种 DNA分 子 标 记 技 术 及 - 在 水 产 动 物 中 的 应 用 ) g
.
对核 D NA进行 R L F P分析 ,探讨物种 的分类 、起源 等 虽 有一些 报道 ,但是 由于操作 过程 繁琐 ,因而 限制 了该技 术的应用 。由于动 物线 粒体 D NA ( D mt NA) 分子量小 ,结 构 简 单 ,可 直接 酶切 进行 R L F P分析 ,因此 目前 R L F P技 术在 水产动物 中的应用 主要 是对 mt A 的分析 。 DN B r 等 对大麻哈鱼的 mt NA进 行了限制性内切 egW D 酶分析 ;Sy u S等 对 Oroho s i t u e o m ec rminl i s的 mt A oc DN 进行 了亚种鉴定; 李思发等 对 长江 中 、下游不 同江段鲢 、 鳙 、草 鱼 、青 鱼天然 群体 的 mt DNA的 N / 、C t 因 D56 yb基 和 D. o p区片段进行 了 R L Lo F P分析; 戴建华等 对鲇 鱼 、 胡子鲇 、 鱼、 鲤 鳗鲡等的肝脏 mt NA分别 进行 了 R L 分 析。 D FP
性 同位素 ,因而使该技术 的应用受 到了限制。
D NA分 子标 记 是指 由 于 D NA分 子发生 缺 失 、插 入 、
1 R L . F P标 记 在 水 产 动 物 研 究 中的 应 用 2
易位 、倒 位 、重排或 由于存在 长短 与排 列不一 的重复序 列
DNA分子标记技术在水产动物中的研究综述

DNA分子标记技术在水产动物中的研究综述摘要:分子生物学的飞速发展及其各项技术的广泛应用,对水产动物的研究工作产生了很大的影响.DNA分子标记在水产动物研究中的广泛应用,对于优良品种的选育、亲缘关系和品系家系的鉴定、重要经济性状基因的定位克隆以及大规模疾病的防治有重要的作用。
关键词:DNA分子标记;RFLP;RAPD;AFLP;水产动物近年来,由于物种种质退化、病害频繁、养殖环境恶化等问题,严重制约了水产养殖业的发展。
将分子标记技术广泛的应用到水产动物研究,不仅有利于选育优良品种和对养殖品种的遗传改良、野生种质资源的恢复、保护,而且还有利于防止种质退化,使水产动物养殖走上健康养殖的道路。
当前,RFLP、RAPD、AFLP 和微卫星DNA等分子标记技术,已被广泛地应用到水产动物遗传育种、疾病检测及系统发育领域的研究中。
1DNA分子标记技术DNA分子标记技术是以基因组DNA的多态性为基础的一种新型遗传标记技术,它可以直接反映生物个体在DNA水平上的差异。
与传统的遗传标记相比,DNA 分子标记具有标记位点多、遗传信息量大、实验重复性强、不受生物的年龄、发育阶段、性别和养殖环境条件的影响等特性,因此倍受遗传学家和育种学家的青睐,已被广泛地应用于生物的基因定位、基因克隆、遗传育种等诸多方面,并成为分子生物学与分子遗传学研究的主要内容之一。
如今,应用于遗传育种领域的DNA分子标记技术主要有:RFLP;RAPD;AFLP;微卫星DNA。
2 几种DNA分子技术在水产动物中的研究进展2.1 RAPD标记2.1.1 RAPD标记的原理及其特点RAPD即随机增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA),是在PCR 基础上发展起来的一项分子标记技术,是由美国科学家J.Williams和J.Welsh 两个研究小组于1990年几乎同时建立的。
基本原理是用一系列(通常为数百个)不同的碱基顺序随机排列的寡核苷酸单链(一般10bp)作为引物,对所研究的基因组DNA进行PCR扩增。
分子标记技术在水产动物研究中的应用

t e e的遗传多样性 , an ) os 为了解该珍稀物种 的遗传背景 提供 了基本资料 】 .刘萍等 (04 用微卫 星技术对 中 20 ) 国对虾( e e e e &n u 渤海湾群体 ( H) 辽 Fn r n u i m ) no a s e p B 、 东湾群体 (D) L 和海州湾群体 ( Z 的 3个野生群进 H ) 行7 个基因位点的遗传参数分析 , 结果表明, 渤海湾群 体和辽东湾群体之间遗传分化较弱, 海州湾群体与另 2个地理 群 间则 产生 了中等 程度 的分 化 J 云 国等 .刘
有利于野生种质资源的恢复、 保护 , 从而使水产动物健 康养殖 走上可持 续 发 展 的道 路. 目前 , 一些 常 用 的分
子标记 如 同工酶 、 FP和 微卫 星 等 , AL 已被 广泛 地 应 用
们 的遗传相 似度水平 差 不多 , 仅在 Sr9 仅 t 1标记 上 有 5
到水产动物系统发育、 遗传育种及疾病检测等领域的 研究 中.
关键词 : 分子标记 ; 水产动物 : 系统发育 ; 遗传育 种; 疾病检测
中图分 类号 : 8 Q 7
文献标识码 : A
文章编号 : 3- 7 (08 ¥- 2- 0 8 4920 )2 28 4 4 0 0 0
分 子标 记是 以个 体 间遗传 物质 内核 苷酸序 列变异 为基础的遗传标记 , 直接揭示来 自D A的变异. N 分子 标记技 术的发展对 动 物遗 传学 产 生 了革命 性 的 影 响 , 利用分 子标记可 以快 速直接 的观察 和探 究到整 个基 因
转基因技术在水产动物中的运用

转基因技术在水产动物中的运用转基因技术是一种通过修改生物体的基因组来实现特定性状改良的生物技术。
近年来,随着科技的进步,转基因技术在农业、食品、医药等领域得到了广泛应用。
其中,转基因水产动物的研发与应用也取得了显著的进展。
本文将探讨转基因技术在水产动物中的运用目的和方法,以及其可能带来的优势与未来发展的前景。
转基因技术在水产动物中的运用旨在提高养殖产量、改善水产品品质、增强抗病性能及优化生长速度等方面。
通过转基因技术,科学家们可以精准地改变水产动物的遗传性状,进而提高其养殖效益和生产效率。
转基因技术在水产动物中的运用方法主要包括基因操作和基因表达两个方面。
基因操作涉及通过人工手段将外源基因导入水产动物体内,以实现对其基因组的改造。
而基因表达则是在转基因后,通过一定的环境或刺激条件,使得外源基因得以在受体细胞中表达出特定的蛋白质。
通过转基因技术,水产动物的养殖产量得到了显著提高。
例如,科学家们将生长激素基因导入三文鱼体内,成功培育出了生长速度较普通三文鱼快30%的转基因三文鱼。
转基因技术也在改善水产品品质方面发挥了重要作用。
例如,通过导入特定的基因,成功降低了水产品中的脂肪和胆固醇含量,使其更符合健康饮食的需求。
与传统养殖方法相比,转基因技术具有明显优势。
转基因技术可以大幅度提高水产动物的产量和生产效率,降低生产成本。
通过转基因技术改良的水产品品质更优,具有较强的市场竞争力。
转基因技术还可以增强水产动物的抗病性能,减少疾病的发生,降低养殖风险。
虽然转基因技术在水产动物中的运用具有显著优势,但我们也需要其可能带来的潜在风险。
例如,转基因水产动物的食品安全问题、对生态环境的潜在影响以及伦理道德方面的争议等。
因此,在推广应用转基因技术的同时,还需要进行全面的风险评估与安全管理,确保其在实现经济效益的同时,遵循科学、安全和可持续发展的原则。
转基因技术在水产动物中的运用具有巨大的发展潜力。
通过不断的研发与实践,我们有信心克服各种挑战,实现转基因技术在水产动物领域的广泛应用,为人类提供更为优质、安全和可持续的的水产品。
微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用

微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用作者:黎玉元姚一彬孙念来源:《湖南饲料》 2013年第2期黎玉元姚一彬孙念(湖南农业大学水生生物学实验室长沙410128)摘要:微卫星分子标记与普通分子标记相比,它具有更多的优点,因其重复性好,多态性高,含量丰富且呈共显性遗传的特点,已成为目前最受欢迎的分子标记之一,并且得到了广泛应用。
本文结合国内外的研究,主要对微卫星的形成机理、特点,以及在水产动物中的应用等方面进行综述,并对其前景进行了展望。
关键词:微卫星标记:水产动物:应用微卫星(Micro-satellite)是一种比小卫星DNA具有更短重复单元的DNA序列,它是由少数几个核苷酸(多数为2-4个)为单位多次串联重复的DNA序列,因此又被称之为简单重复序列(SingleSequence Repeats,SSR)、简短串联重复序列(ShortTandem Repeats,STR)或简单序列长度多态性(Simple sequence length Polymorphism,SSLP)。
在对微卫星的构成与分布的研究中发现重复单元的构成与分布是不一致的,因此可以将微卫星DNA序列分为3种类型:间断型(interrupted)、单一型(pure)和复合型(compound),由于微卫星具有诸多优点,因此很快就发展为一种新兴的分子标记技术,并得到了广泛应用。
1 微卫星形成的机理关于微卫星形成的机理存在着多种说法,其中主流说法有两种:第一种形成机理是DNA聚合酶滑动,在一个或多个重复单位未配对的构型中,DNA复制期间模板链和新生链瞬间分离,如果由不配对的重复序列引起的变性不断修复,则导致一个或多个重复单位的增加或丢失:第二种形成机理是DNA重组过程中,由于与不同DNA分子简单重复单位,以错位排列的构型配对和发生遗传变换导致重复单位的增加或减少。
2微卫星分子标记的特点微卫星分子标记是一种中性”标记,受生物发育时期和环境”的影响非常小,所以能够更加客观地反映生物之间的本质差异及种群结构和进化历史,微卫星作为一种新兴的分子标记主要具有以下特点:2.1 分析操作简单易行因为微卫星分子标记采用了单位点DNA指纹技术,所以它使取样的范围得到了一定程度的扩大,同时也相应地减轻了取样工作的困难和对研究对象的影响,再加上它具有检测容易、方便,重复性较好的特点,因而使其应用更加大众化。
分子生物学在水产养殖学上的应用研究进展

分子生物学在水产养殖学上的应用研究进展摘要:随着近些年分子生物学的迅速发展,其技术在水产养殖学上的应用也越来越广泛。
本文综述了近些年来分子生物学技术在水产养殖学上的应用研究进展,并阐述其技术原理、特点以及应用情况,旨在为以后的水产品分子生物学相关研究和实验提供基础资料和可能思路。
关键字:分子生物学;水产养殖;应用进展Abstract:With the rapid development of the molecular biology in recent years,it applies in aquaculture more and more widely.This thesis summarizes the research progress of molecular biology for aquaculture in the recent years and describes its principle,characteristics and application,which aims to provide fundamental data and possible thinking with future aquaculture about molecular biology.Key word:molecular biology;aquaculture;application一直以来,水产养殖业的传统印象都是技术含量低,但随着技术研发的进步,一代代科研人员投身于水产养殖业,致力于用生物技术改变水产现状。
分子生物学作为一门综合性、应用性极强的学科,也开始应用于水产养殖业上,通过分子生物学的一些生物技术,我们可以达到非常好的应用效果,应用分子生物学,可以对水产品或者养殖水域环境进行改善和提高,如提高鱼类性能、疾病防治以及保护水域环境等等。
1 分子生物学概论1.1 分子生物学概念分子生物学是从分子水平研究生命本质的一门新兴边缘学科,其核心内容是在核酸与蛋白质水平上研究基因的复制、表达及其调控,即“基因的分子生物学”,它的发展为人类认识生命现象带来了前所未有的机会,也为人类利用和改造生物创造了极为广阔的前景,是生命科学及相关专业本科生重要的专业基础课。
分子遗传标记及其技术在水产生物中的研究与应用

第 l卷第 1 5 期 20 02年 5 月
水 产 学 杂 志
CH I NES J I NAI OF F S E o 瓜 , I HERI . Fq
Vo1 1 No. . 4, 2 M ay.2 0 02
文 章 编 号 :05—3 3 {0 10 10 82 20 )2—06 —1 01 0
分 子 遗 传 标 记 及 其 技 术 在 水 产 生 物 中 的 研 究 与 应 用
邢 晶 晶
( 连 水 产学 院 , 连 162 ) 大 大 10 3 摘 要 : 文 总结 了 现代 生 物学 所发 展 出来 的各类 分 子 标记 , 对分 子 标 记 技术 在水 生 生 物 中的研 究 和应 本 并 用进 行 了一 简 单综 述 。
记 加 以介 绍 。 11 线 粒 体 D A( tN . N mD A) 8 代 以来 , 粒 体 D A 由于 具 有 进 化 速 度 快 、 系 遗 传 和 分 子 简 单 易 于 分 析 等 特 点 而 O年 线 N 母
成 为研究 近缘种 间和 种 内群 体 间遗传 分 化 的有 力 工具 。在 真核 生 物 的细 胞 内 , 约 9 % 的 大 9 标 记 技 术
分 子标 记 ( l u r a e) 广义上讲是 指可遗传 的并 可检测 的 D A序列 或蛋 白质。狭 o c am k m e l r r从 N 义 的分 子 标 记 概 念 只是 指 D A 标 记 , 这 个 界定 现 在 被 广 泛 采 纳 。 本 文 是 从 广 义 上 的 分 子 标 N 而
12 基 于  ̄ t m 杂交 的 R L ( etco a m n l g y1 p i , . h e F P R s i i f g ete t rtn r n h TD l锄 限制性 片段 长度 多态 性 ) 1r 1
DNA分子标记及其在水产动物研究中的应用

用和推广。 所以 , 一般 R L 分析中所使用的探针 芯 片分 析技术 。 FP l A L 标 记 _ 3 FP 是随机克隆的与被检测物具有一定同源性的单拷 A L ( m li rg n e g oy r F P A pie Fame tL nt P l - fd h mo 贝或低 拷 贝基 因组 片段 或 c N D A片段 。 pi ) hs 即扩增片段长度多态性。 m 它是 19 年 由荷 93 12 R P 标记 . AD
路。当前 ,F P R P A L R L 、A D、 F P和微卫星 D A等分 靠性 , N 因为它由限制性内切酶切割特定位点产生 , 子标记技术 ,已被广泛地应用到水产动物遗传育 无表型效应 , 其检测不受外界条件 、 性别及发育阶 种、 疾病检测及 系统发育领域 的研究中。 段的影响 ; 第二 , 起源于基因组 D A的 自然变异 , N 1 分 子标 记概 述 依据 D A上 丰富 的碱基变异不需任何诱 变剂处 N 分子标记是 以个体间生物的大分子 ,尤其是 理 ; 第三 , 多样性 , 通过酶切反应来反 映 D A水平 N 生物体的遗传物质 一D A核苷酸序列变异为基 上所有差异 , N 因而在数量上无任何 限制 ; 四 , 第 等 础的遗传标记。其发展对动物遗传学产生了革命 位基因间是共显性的。非等位基 因间不存在上位
R P R no l A pie oy rhcD A) 兰 K yee 司 的 Zba A D( admy m li Pl p i N fd mo egn 公 aeu和 V s 明的一种标 o发
即随机扩增多态性 D A N 。它是 2 0世纪 9 年代 , O 由 Wii s等发现的一种分子标记。它是 以聚合 la lm 酶链 反应(C ) P R技术 为基础 的 , 以样 品 D A为模 N 板 ,以一个人工合成的碱基顺序随机排列 的寡核
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SCAR分子标记技术及其在水产动物研究中的应用SCAR分子标记技术及其在水产动物研究中的应用摘要:特异性片段扩增区域(SCAR)标记是建立在RAPD-PCR标记技术基础上的一种单基因位点多态性标记技术。
与其他的分子标记相比,它具有操作简捷,快速准确,成本较低,单位点多态性高,特异性和重复性较高,稳定性好等特点,是一种有效的分子标记。
因此,随着近几年分子生物学的快速发展,在种质纯度及品种鉴别、分子标记辅助育种、高密度遗传图谱构建、抗病基因连锁定位等方面得到了广泛应用。
文章回顾国内外有关SCAR标记的研究进展,着重阐述SCAR 标记在水产动物研究中的应用,为后期相关的研究工作提供分子遗传学依据。
关键词:SCAR标记;水产动物;应用中图分类号:S917 文献标识码:A 文章编号:1674-0432(2013)-04-0251-1特异性片段扩增区域(Sequence Characterized Amplified Region,SCAR)是由PARAN I和MICHELMORE RW在1993年首次提出的。
该分子标记建立在RAPD-PCR分子标记基础之上的一种新型有效的分子标记技术[1],主要是基于特异的RAPD片段序列,以两端序列设计1对引物(含18-24个碱基),并且在较高的退火温度下进行的特异性序列扩增,从而实现由RAPD标记到SCAR标记的转化。
SCAR标记直接采用专一性特异引物进行PCR扩增,避免了引物筛选、估算相似性等复杂的过程,且排除了随机引物结合位点之间的竞争,使稳定性和重复性显著提高。
目前,SCAR分子标记技术已被广泛的应用于基因定位、辅助育种、种质鉴定和遗传连锁图谱构建等方面研究。
[2-5]1 SCAR标记的原理SCAR标记主要是在序列未知的DNA标记(RAPD,AFLP等)基础上,对其特异PCR扩增产物进行回收,克隆和测序,根据扩增产物的两端序列设计特异性引物(一般比RAPD引物长,通常18-24个碱基),对DNA片段再进行PCR特异性扩增,把与DNA片段相对应的单一位点鉴别出来。
由于SCAR标记扩增位点单一,退火温度较高,对反应条件不敏感,一般表现为长度的多态性,为共显性标记,有时也表现为扩增片段的有无,为显性标记。
[6]2 SACR标记的特点SCAR分子标记技术是基于RAPD技术建立起来的,由于SCAR分子标记技退火温度较高,对反应条件不敏感,所以该方法与一般常规的分子标记方法相比,具有方便快捷、重复性好、可靠性高、对DNA 质量要求低等优点[7],不需要经过酶切、连接、电泳、银染等过程,只需简单的PCR和琼脂糖凝胶电泳就能进行大规模的快速检测大量个体,且结果稳定。
[1]SCAR分子标记类似于STS,揭示的信息量大,可作为物理图谱和遗传图谱之间的锚定位点,有利于构建高密度的遗传图谱,并能进行种间图谱研究或比较同源性研究。
[8]3 SACR标记在水产动物研究中的应用3.1 逆选育与遗传性状保存利用SCAR分子标记技术进行辅助育种,能够克服表现型鉴定和性状基因的困难,提高回交育种效率。
中国水产研究者已成功地将其应用于重要经济型养殖鱼类良种选育与保存之中。
例如,孙效文等[9]以荷包红鲤抗寒品系、黑龙江鲤、荷包红鲤以及荷包红鲤抗寒品系(父本)与柏氏鲤(母本)杂交F2的DNA样品为材料,获得2个与鲤抗寒性状相关的SCAR标记,成功的反映了两个群体在抗寒能力上的差异。
高风英等[10]应用SCAR技术,对奥利亚罗非鱼(Oreochromisco aureus)群体进行分析,以2个SCAR标记,区分3个不同的奥利亚罗非鱼群体,并将为后期的选择育种提供分子依据。
佟雪红等[11]利用RAPD和SCAR复合分子标记技术对建鲤、黄河鲤及其正反杂交子代4个群体进行RAPD-SCAR扩增图谱的比较,寻找两亲本的特征标记,探讨子代优势产生的分子机理,为下阶段良种培育提供重要的遗传学依据。
3.2 优良种质分子鉴定和遗传图谱构建SCAR用于优良种质分子鉴定,克服了RAPD、AFLP等分子标记的不足,使种质鉴定更为快速准确。
杨弘等[12]利用RAPD-SCAR复合分子标记技术对日本鳗(Anguilla japonica)、欧洲鳗(Anguilla anguilla)和美洲鳗(Anguilla rostrata)的DNA进行SCAR扩增,得到37个特异性标记,可用来区分这3种鳗鱼。
童芳芳等[13]成功的将RAPD-SCAR复合分子标记技术应用于三种黄颡鱼(普通黄颡鱼、光泽黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼),进行SCAR扩增,并获得特异标志性SCAR 标记条带,实现准确有效地鉴别了三种黄颡鱼。
郑伟等[14]利用SCAR 复合分子标记技术,测定了所检的48尾鱼黄颡鱼,分属于普通黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)、瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)和光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)。
司伟等[15]运用RAPD-SCAR复合分子标记技术对建鲤雌核发育的F1代进行分析,有效地区分杂交鱼与雌核发育鱼,建立了雌核发育的分子鉴别技术。
此方法不仅提高了育种速度,而且缩短了育种周期,为相关的研究工作提供分子遗传学依据。
3.3 种质资源的保护和品种纯度的检测通过SCAR分子标记技术检测水产动物良种的真伪和纯度,弥补了表型检测技术和同工酶检测技术的不足,为审定新品种、保护优质种质等方面提供了新的技术鉴定方法,可以在水产动物幼苗状态完成,而且准确性高,检测时间短。
在水产动物研究中,董志国等[16]通过检测是否有该品种特有的SCAR特异性片段,对杂交种F1代的纯度进行鉴定,用以质量监测。
栾会妮等[17]将SSR标记和SCAR标记结合,对3种鲤鱼品种内及品种间的遗传差异进行研究,检测其纯度,可明显提高筛选的准确性。
3.4 其他SCAR还在基因克隆、基因定位等方面表现出它的优越性。
朱慧兰[18]利用SCAR标记,成功的克隆了小麦SSH文库中IN-61-2全长cDNA,在缺铁或赤霉菌侵染时均能诱导其表达。
张海英等[19]用AFLP-SCAR复合标记克隆出2条与黄瓜花叶病(WMV)抗、感基因相关的特异性条带,提高抗性育种效率。
此外,王晓维等[20]还将小麦的AFLP标记转化为SCAR标记,从中选择多位点和较高多态性的引物,能够区分品种种子的纯度。
但在水产动物中研究较少。
4 问题与展望自从上世纪90年代以来,分子标记技术一直广泛的应用于水产动物优良种质的鉴定和优良性状基因的挖掘。
鉴于SCAR标记技术的操作快捷方便、成本低等多种优点,受到了科研工作者的广泛重视。
目前,SCAR和SCAR复合分子标记技术主要应用于水产动物种质资源鉴定,在其他方面的应用相对较少,相信随着分子生物学技术的不断进步,SCAR标记技术方法水产动物种质资源鉴定、优质相关经济性状的挖掘等方面的研究将更加深入,并有着广泛的应用前景。
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