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老司机带你解锁ImageJ长度分析

老司机带你解锁ImageJ长度分析

⽼司机带你解锁ImageJ长度分析ImageJ分析长度⼀般⽅法最常见的长度分析为直线的长度分析,在ImageJ新建线段长短、粗细不⼀的图⽚:分析步骤:1、点击Analyze -> Set Measurements进⼊测量参数界⾯,选择Bounding rectangle参数,Area 与Limit to threshold,点击OK:2、Image -> Adjust -> Threshold选中五个不同的形状,红⾊代表选中:3、Analyze -> AnalyzeParticles分析粒⼦,选择Display results、Add to Manager,点击OK:得到测量结果,Width为各形状长度:此外对于简单的长度测量还可以使⽤⼿动测量的⽅法,选择Straight直线⼯具沿着形状绘制直线后点击Analyze -> Measure进⾏测量形状1长度,与前述⽅法相同所得长度⼀致,均为97:扩展:⾮直线的⼿动长度计算,以拟南芥初⽣根长度分析为例。

步骤:1、使⽤ImageJ软件打开待分析图⽚:2、选择⼯具栏Segmented line⼯具,⼿动确定锚点追踪主根长度:这样追踪的主根长度不够平滑,可使⽤Edit-> Selection -> Fit Spline进⾏处理后点击Analyze ->Measure进⾏测量。

对于Fit Spline处理的效果可见下图,右侧是原始折线,左侧为Fit Spline 处理后的效果:ImageJ计算植物根系长度以2016年Front Plant Sci⽂献【1】中的拟南芥初⽣根(primary root)长度分析为例给⼤家分享使⽤ImageJ计算曲线长度。

分析步骤:1、ImageJ软件(FiJi版本ImageJ 1.52 t)File -> Open打开⽰例图⽚(为RGB格式图⽚)。

Process -> Enhance Contrast增强对⽐度,默认Saturated pixels 0.3%:左侧为原图,右为Enhance Contrast处理效果:2、Image -> Type -> HSB Stack将RGB格式图⽚转换为HSB格式,即H(hues)表⽰⾊相,S(saturation)表⽰饱和度,B(brightness)表⽰亮度H。

软件Image J使用教程

软件Image J使用教程

作图软件:Image J介绍:该软件可以计算选定区域内分析对象的一系列几何特征,分析指标包括:长度,角度,周长,面积,长轴,短轴,圆度等。

参考:解螺旋-套路课01-第三章-第3节两种应用:免疫组化定量分析,计数免疫组化定量分析3种方法:手动、自动1、自动2【1】手动定量1.打开图片File –open –找到图片2.选择完所有阳性结果后,再同一进行计算Analyze –tools –ROI manger(感兴趣区域)然后标签栏选择第3个标签(以任意形状选取感兴趣区域)【2】自动定量11. 打开图片File –open –找到图片2. 彩图转换为8bit灰度图Image –type –8-bit3. 设定阈值Image –adjust –threshold系统会自动设定一个阈值,并将阈值之上的面积进行统计,此时打开免疫组化原始图片,手动调节阈值大小,当我们设定的阈值能够比价好的反应免疫组化的生物学意义时,就使用此时的阈值统计4. 统计Analyze –measure得到4个参数:area(阳性区域总面积),mean(平均光密度),min(最小光密度),max(最大光密度),后续作图用。

【3】自动定量21. 打开图片File –open –找到图片2. 彩图转换为RGBImage –type –RGB stack在得到的图片中,通过拖动下方的进度条,选取对比度最显著的那张3. 设定阈值Image –adjust –threshold系统会自动设定一个阈值,并将阈值之上的面积进行统计,此时打开免疫组化原始图片,手动调节阈值大小,当我们设定的阈值能够比价好的反应免疫组化的生物学意义时,就使用此时的阈值统计4. 统计Analyze –measure得到4个参数:area(阳性区域总面积),mean(平均光密度),min(最小光密度),max(最大光密度),后续作图用。

计数例如:克隆形成实验定量分析两种方法:手动计数、自动计数【1】手动计数1. 打开图片File –open –找到图片2. 点击工具栏第7个按钮“多点计数工具”在每个克隆上进行点击,每点一下,图上就会多一个软件加上的点3. 所有的点都选上之后,点击analyze –measure软件会生成一个结果图拉到最下面,就可以看到一共有多少点【2】自动计数1. 打开图片File –open –找到图片2. 彩图转换为8bit灰度图Image –type –8-bit3. 设定本张图中最大克隆和最小克隆设置最大克隆:点击工具栏第3个按钮,然后圈出本图中最大的克隆,再analyze –measure,看这个克隆的面积,例如area = 276设置最小克隆:点击工具栏第3个按钮,然后圈出本图中最小的克隆,再analyze –measure,看这个克隆的面积,例如area = 544. 设定阈值Image –adjust –threshold系统会自动设定一个阈值,并将阈值之上的面积全部用红色标记如果不合适,可手动调节因为阴影的存在,软件把这些阴影也识别为阳性结果,我们需要通过对克隆大小的限定,从而将阴影排除在阳性结果之外5. 通过对克隆大小的限定,从而将阴影排除Analyze –analyze particles在size(pixel^2)处填入克隆的大小范围,结合第3步的结果设置:30---300,点击“OK”这样,阴影就被排除了6. 拉到最低,便可以看到克隆的数量。

imagej使用教程

imagej使用教程

imagej使用教程ImageJ是一款免费开源的图像处理软件,被广泛应用于生物医学图像的分析和处理中。

本教程将向您介绍如何使用ImageJ进行基本的图像处理。

1. 安装ImageJ首先,您需要从ImageJ的官方网站(https:///ij/)下载并安装ImageJ软件。

根据您的操作系统,选择适合的安装程序进行安装。

2. 打开图像在ImageJ的菜单栏上,选择"File"(文件),然后点击"Open"(打开)。

浏览您的计算机,选择要处理的图像文件并点击"Open"(打开)按钮。

3. 调整图像大小如果您需要调整图像的大小,可以在菜单栏上选择"Image"(图像),然后点击"Adjust Size"(调整尺寸)。

在弹出的对话框中,输入所需的宽度和高度,并选择插值算法。

点击"OK"(确定)按钮应用更改。

4. 调整亮度和对比度您可以在菜单栏上选择"Image"(图像),然后点击"Adjust"(调整)来调整图像的亮度和对比度。

在弹出的对话框中,拖动亮度和对比度滑块,直到您满意为止。

点击"OK"(确定)按钮应用更改。

5. 进行滤镜处理ImageJ提供了多种滤镜工具,以改变图像的外观。

在菜单栏上选择"Process"(处理),然后点击"Filters"(滤镜)来选择所需的滤镜效果。

在弹出的对话框中,您可以调整滤镜的参数,然后点击"OK"(确定)按钮应用更改。

6. 测量图像特征ImageJ允许您测量图像中的各种特征,如面积、长度、角度等。

在菜单栏上选择"Analyze"(分析),然后点击"Measure"(测量)来测量图像的特征。

在弹出的结果窗口中,您可以查看测量结果。

imagej基本操作

imagej基本操作

imagej基本操作
ImageJ是一个强大的图像处理软件,以下是其基本操作:
1. 打开图像:选择“File”菜单中的“Open”选项,然后选择要打开的图像文件。

2. 图像显示:在“Display”菜单中选择不同的颜色通道或颜色模式来显示图像。

3. 调整图像大小:选择“Image”菜单中的“Resize”选项,然后输入新的图像大小。

4. 裁剪图像:选择“Edit”菜单中的“Crop”选项,然后选择要裁剪的区域。

5. 调整亮度/对比度:选择“Image”菜单中的“Adjust”选项,然后选择“Brightness/Contrast”进行调整。

6. 滤镜处理:选择“Process”菜单中的“Filter”选项,然后选择不同的滤镜进行处理。

7. 测量工具:选择“Analyze”菜单中的“Measure”选项,然后选择要测量的长度、角度等参数。

8. 绘制线条或标记:选择“Draw”或“Label”工具,然后在图像上绘制线条或标记。

9. 保存图像:选择“File”菜单中的“Save As”选项,然后选择要保存的文件格式。

10. 退出程序:选择“File”菜单中的“Exit”选项,然后保存所有未保存的更改。

以上仅是ImageJ的基本操作,它还有更多高级功能和工具,可以进一步探索并掌握。

最新imagej教程PPT课件

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2. 北橋的DIMM用到的主要電壓是3.3V,AGP用到的主要電壓 是1.5V(4XGP),3.3V為2XAGP,TNT為4XAGP.
3. Vddq部分電路:
3
3 .3 V C
12V 2 .2 K
1 10
U2 2A 7621 4 36K
15
Q 1A 2
16 1
C
C C 8 .2 K
5
G -T Y P E Q E T
2. 當G-TYPEDET為低電平時,U22的4Pin為1.24V,使U22的3Pin
電位為3.4V左右.這時Q1的VDS電壓降為3.3V-1.5V=1.8V.相當于
一個串聯穩壓電路.
VDDQ= R1+R2 *1.24=(1+R1/R2)1.24=1.5V R2
三.Fat-Tire架构
★北橋(815) U97
2. 2. PCI擴展槽 PCI作為一种擴展槽,主要用于插聲卡,网 卡,SCSI卡等.DIMM槽作為內存插槽,可以提供64位線寬的 數据,常見的SDRAM有66MHZ,83MHZ,100MHZ和133MHZ, 另外還有72線和30線的內存插槽和72線只能提供32位線 寬的數据,現已被淘汰.
主板上主要的時鐘頻率:(FBB)
功能:1.連接CPU与高速外設,如System,Memory, AGP,Display,Cach 2. 緩沖二級外設為CPU的連接,使二級外設与CPU的速度匹配.
815 IC 主要有以下几個功能接口:
1. CPU Interface:
a. 64 根數据線;
b. 32根地址線; c. 22 根控制線.
(3)点击Analyze Particles选项,出现右侧对 话框。输入要统计的碳化物的尺寸范围。

imagej常用功能教程

imagej常用功能教程

ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。

 step 1.首先打开软件后,开启图档ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。

 step 1.首先打开软件后,开启图档step 2.请先做校正,选择Analyze底下的Calibrate选项,再选择校正的模式,使用Uncalibrate OD,再按ok按下ok之后会出现校正的图形Step 3.在要分析的第一条(first lane)加上一个长型框(工具列第一个选项),再按下Analyze/Gels/select first Lane快速键(Ctr+1),此时框架中会出现一个号码1,之后可以移动框架到第二个lane再选择Analyze/Gels/select second Lane快速键(Ctr+2),当然可以一直加下去,最后按Analyze/Gels/plot Lanes快速键(Ctr +3)。

Step 4.分析以后会出现图型表示你刚选择的框内的影像强度,此时可以看到有几个比较高的区段,就是我们想定量的band,使用直线工具(工具列第五个选项)先将图形中高点为有band的区域和没有band的区域分开再,使用魔术棒工具(工具列第八个选项)点选要分析的区域。

Step 5.当我们点选分析时,在result的对话视窗会出现分析的数据,依序点选就会出现每个band的值。

注:当我们选择分析的条带也可以是横向选取,就可以只比较相同大小的DNA 的含量,同样也可以应用在western blot或其它类似实验条带的分析上。

 使用ImageJ 分析图像中的颗粒数[] 原创教程,转载请保留此行1,到本站资料下载-实用小工具栏目下载 ImageJ 并安装。

2,打开ImageJ并打开要分析的图片。

请看演示图片。

3,把图像二值话或者设定阈值。

选择Image - Adjust - Threshold...根据提示设定你需要的阈值。

imagej使用方法2篇

imagej使用方法2篇

imagej使用方法2篇ImageJ是一款功能强大的图像处理软件,它提供了丰富的图像处理和分析工具,被广泛应用于各个领域,如生物学、医学、材料科学等。

本篇文章将介绍ImageJ的基本使用方法,帮助读者快速上手。

第一篇:ImageJ使用方法(上)一、ImageJ的安装与启动在使用ImageJ之前,首先需要下载并安装该软件。

ImageJ的官方网站提供了Windows、Mac和Linux系统的安装包,用户可以根据自己的操作系统选择相应的版本进行下载。

安装完成后,双击打开软件图标即可启动ImageJ。

在启动过程中,系统可能会提示安装Java环境,请按照提示进行操作。

二、图像的导入与显示ImageJ支持多种图像格式,包括常见的BMP、JPG、PNG等格式,用户可以通过以下几种方式将图像导入ImageJ中:1. 点击菜单栏中的“File”,选择“Open”选项,然后在弹出的文件选择窗口中找到并选择要导入的图像文件。

2. 直接将图像文件拖拽到ImageJ的界面上。

3. 使用快捷键Ctrl+O(Windows系统)或Command+O(Mac系统)打开图像文件。

导入图像后,ImageJ会自动显示图像的缩略图,并在软件窗口的上方显示图像的完整路径和名称。

三、图像处理与分析1. 亮度、对比度调整:点击菜单栏中的“Image”,选择“Adjust”子菜单,然后可以对图像的亮度和对比度进行调整。

2. 图像缩放:点击菜单栏中的“Image”,选择“Scale”选项,在弹出的对话框中输入缩放比例,即可对图像进行放大或缩小。

3. 噪声去除:点击菜单栏中的“Process”,选择“Noise”,然后选择“Despeckle”选项,可以去除图像中的噪声。

4. 图像滤波:点击菜单栏中的“Process”,选择“Filters”选项,然后可以选择不同的滤波算法对图像进行滤波处理。

5. 边缘检测:点击菜单栏中的“Process”,选择“Find Edges”选项,可以对图像进行边缘检测。

image j 教程

image j 教程

image j 教程
很抱歉,由于我是一个AI语言模型,无法直接为您提供图片
J教程及相应的内容。

以下是一个关于如何使用图片J进行图像处理的简单教程,尽
管没有标题的存在,但仍然可以帮助您理解相关的操作步骤和技巧。

1. 打开图片J软件并导入图像:启动图片J软件,然后使用菜
单栏中的“文件”选项来导入您想要处理的图像文件。

选择图像
并点击打开按钮。

2. 裁剪图像:在图片J的工具栏中,选择裁剪工具(通常是一
个带有剪刀图标的按钮),然后用鼠标拖动来选择您想要裁剪的区域。

一旦区域选择完毕,点击裁剪按钮并保存您的结果。

3. 调整图像大小:如果您需要改变图像的尺寸,可以使用图片J的调整大小工具。

在工具栏中选择该工具,然后输入您想要
的新尺寸数值。

确认后,图片J会自动调整图像大小并保存结果。

4. 图像增强:图片J提供了一系列图像增强的功能,例如亮度
调整、对比度调整、色彩平衡等。

选择您想要修改的图像增强选项,调整相应参数,并保存修改后的图像。

5. 滤镜效果:图片J还提供了多种滤镜效果,例如模糊、锐化、浮雕等。

选择您想要的滤镜效果,调整参数(如果有),并保
存结果。

6. 图像分析:图片J也可以用于图像分析,例如测量距离、计算像素比例等。

通过选择相应的图像分析工具,在图像上点击并标记所需的区域,图片J会自动计算并显示相关结果。

请注意,这里提供的仅是一个简要的图片J教程,实际应用中可能涉及到更多的操作和功能。

您可以自行探索图片J,尝试不同的功能,根据自己的需求进行图像处理。

希望这个简单的教程对您有所帮助!。

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(二片拖入imagej。imagej能识别鼠标所 在位置的像素点坐标。记下标尺上单位长度所对应的像素点 距离。此标尺中1405个像素点距离对应100 um。
(2)设置281个像素点对应20 um。
(3)将需要设置标 尺的金相照片拖入软 件。点开Scale Bar对 话框。
imagej软件对金相照片加标尺和碳化物统计
报告人:马凯
目录
(一)Imagej软件介绍 (二)Imagej软件给金相照片加标 尺
(三)Imagej软件统计第二相
(一)imagej软件介绍
• ImageJ能打开任意多的图像进行处理。除 了基本的图像操作,比如缩放,旋转, 扭 曲,平滑处理外,ImageJ还能进行图片的 区域和像素统计,间距,角度计算,能创 建柱状图和剖面图,进行傅里叶变换。
(4)在ScaleBar对话框里设置需要的标尺长 度,位置,颜色等。
(5)将已经设置好 标尺的金相照片导 出。
对比度高的第二项统计
(1)将要统计第二相的金相照片拖入imagej。
M42一次淬火三次回火后500×金相照片
(2)将金相照片转换成8-bit格式。
(2)调节碳化物和基体的对比度,以尽量清 晰准确显现碳化物的轮廓为止。
(3)点击Analyze Particles选项,出现右侧对 话框。输入要统计的碳化物的尺寸范围。
(4)结果依次碳化物数目、面积大小,平均 尺寸,面积分数。这里面积单位是平方微米, 如果没有Set Scale,面积以像素点为单位。
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