高通量测序原理和应用
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Cycle 2-n: 重复前面的步骤
Base Calling
TG C TAC GAT …
1
2
3
4
5
6
7
8
9
TTTTTTTGT…
The identity of each base of a cluster is read off from sequential images
CS 负 责 将 待 测
New campus in Shenzhen:
Shenzhen branch:
Thanks ！
– 目标区域测序 (外显子测序)
– 表观（bisulfite、MeDIP、ChIP-seq）
RNA 水平 – 小RNA测序 – RNA-seq（DGE、转录本）
全基因组测序
全基因组测序在医口中的应用
– 单个临床细菌、真菌等微生物的基因组研究 – 多个同属菌株的基因组比较及群体进化 – 宏基因组 – 疾病样本的重测序 – ……
目标区域测序
目标区域测序
目标区域测序
目标区域测序在医口中的应用
– 单基因病外显子测序 – 复杂疾病外显子测序
– 某种疾病已知的相关基因深度测序以挖掘突变位点等
– ……
表观-Bisulfite
表观-Bisulfite
表观-MeDIP
表观-MeDIP
表观-ChIP-seq
表观-ChIP-seq
表观在医口中的应用
– 组蛋白修饰及转录因子研究 – 全基因上的DNA甲基化图谱
– 高CpG区域的甲基化图谱
– ……
Small RNA 测序
Day1
Day2
Day3
Day4
Small RNA 测序
Small RNA在医口中的应用
– 两种差异样本之间的Small RNA比较 – MicroRNA和基因表达差异综合
Single Read
来自百度文库
Paired End
Indexed Sequencing
Indexed Sequencing是指将多种样品混合后进行
测序的技术。 这是为了充分利用solexa高通量的特点，有助于 降低成本。
应用
DNA 水平 – 全基因组测序（de novo和Resequencing）
– 用于可变剪接的筛选
– 用于RNA水平的SNP分析 – ……
Hiseq 2000
Hiseq 2000
High-seq 2000
Some of our partners on cancer and complex disease studies
Welcome to BGI.
Beijing branch: Hangzhou branch:
混合样品测序
Single-Read Sequencing
Single-Read Sequencing(SR, 单向测序)指只检测
基因片段一端的序列信息。
互补接头
接头
基因序列
接头
Paired-End Sequencing
Paired-End Sequencing
(PE, 双向测序)是指检 测基因片段的两端序列 信息。
样品“种植”于检测 芯片(Flow Cell)中 并进行扩增。 GA 负 责 对 芯 片 内的基因片段进行 边合成边测序反应 (SBS)，收集碱基 信息。
Single-Read Sequencing
单向测序
Paired-End Sequencing
双向测序
Indexed Sequencing
高通量测序原理和应用
沈
峰
深圳华大基因研究院
Illumina/Solexa genome analyzer
3’5’-
…-5’
G T A T T T T C G G C A C A G A C T C T G G
A T
Cycle 1:按顺序加入反应试剂 合成第一个碱基 清除未反应的碱基和试剂
激发碱基荧光并收集荧光信号 去除阻断基团和荧光基团
– 生物标记
– ……
RNA-seq
– 基因表达差异（DGE） – 转录本
DGE
DGE
转录本
Fragment buffer
N6 primer Superscript III
mRNA DNA
RNase H
DNA polymerase I ds cDNA
转录本
RNA-seq在医口中的应用
– 用于癌驱动基因的筛选 – 用于融合基因的筛选
Base Calling
TG C TAC GAT …
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TTTTTTTGT…
The identity of each base of a cluster is read off from sequential images
CS 负 责 将 待 测
New campus in Shenzhen:
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Thanks ！
– 目标区域测序 (外显子测序)
– 表观（bisulfite、MeDIP、ChIP-seq）
RNA 水平 – 小RNA测序 – RNA-seq（DGE、转录本）
全基因组测序
全基因组测序在医口中的应用
– 单个临床细菌、真菌等微生物的基因组研究 – 多个同属菌株的基因组比较及群体进化 – 宏基因组 – 疾病样本的重测序 – ……
目标区域测序
目标区域测序
目标区域测序
目标区域测序在医口中的应用
– 单基因病外显子测序 – 复杂疾病外显子测序
– 某种疾病已知的相关基因深度测序以挖掘突变位点等
– ……
表观-Bisulfite
表观-Bisulfite
表观-MeDIP
表观-MeDIP
表观-ChIP-seq
表观-ChIP-seq
表观在医口中的应用
– 组蛋白修饰及转录因子研究 – 全基因上的DNA甲基化图谱
– 高CpG区域的甲基化图谱
– ……
Small RNA 测序
Day1
Day2
Day3
Day4
Small RNA 测序
Small RNA在医口中的应用
– 两种差异样本之间的Small RNA比较 – MicroRNA和基因表达差异综合
Single Read
来自百度文库
Paired End
Indexed Sequencing
Indexed Sequencing是指将多种样品混合后进行
测序的技术。 这是为了充分利用solexa高通量的特点，有助于 降低成本。
应用
DNA 水平 – 全基因组测序（de novo和Resequencing）
– 用于可变剪接的筛选
– 用于RNA水平的SNP分析 – ……
Hiseq 2000
Hiseq 2000
High-seq 2000
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Beijing branch: Hangzhou branch:
混合样品测序
Single-Read Sequencing
Single-Read Sequencing(SR, 单向测序)指只检测
基因片段一端的序列信息。
互补接头
接头
基因序列
接头
Paired-End Sequencing
Paired-End Sequencing
(PE, 双向测序)是指检 测基因片段的两端序列 信息。
样品“种植”于检测 芯片(Flow Cell)中 并进行扩增。 GA 负 责 对 芯 片 内的基因片段进行 边合成边测序反应 (SBS)，收集碱基 信息。
Single-Read Sequencing
单向测序
Paired-End Sequencing
双向测序
Indexed Sequencing
高通量测序原理和应用
沈
峰
深圳华大基因研究院
Illumina/Solexa genome analyzer
3’5’-
…-5’
G T A T T T T C G G C A C A G A C T C T G G
A T
Cycle 1:按顺序加入反应试剂 合成第一个碱基 清除未反应的碱基和试剂
激发碱基荧光并收集荧光信号 去除阻断基团和荧光基团
– 生物标记
– ……
RNA-seq
– 基因表达差异（DGE） – 转录本
DGE
DGE
转录本
Fragment buffer
N6 primer Superscript III
mRNA DNA
RNase H
DNA polymerase I ds cDNA
转录本
RNA-seq在医口中的应用
– 用于癌驱动基因的筛选 – 用于融合基因的筛选