(分子生物学本科生课件)蛋白质磷酸化-2014
分子生物学基础PPT课件

RNA的种类与结构
• rRNA(核糖体RNA):与蛋白质结合形成核糖体,参与 蛋白质合成
RNA的种类与结构
RNA的结构特点
单链结构,局部存在双链区域
存在多种修饰和二级结构,如茎环结构、 假结等 不同种类的RNA具有不同的结构和功能 域
RNA的合成与加工
转录
以DNA为模板,通过RNA聚合酶 催化合成RNA
蛋白质的结构与功能
研究蛋白质的结构、功能及其相互作 用,以及蛋白质在生命过程中的作用 机制和调控。
基因表达的调控
研究基因表达的时空特异性及其调控 机制,包括转录因子、表观遗传学修 饰等。
分子生物学与其他学科的关系
与遗传学的关系
与生物化学的关系
分子生物学是遗传学的重要分支,遗传学 为分子生物学提供了研究基础和理论框架 。
DNA的复制与修复
01
DNA复制的过程:起始、延伸和 终止。
02
DNA复制的酶:DNA聚合酶、解 旋酶、连接酶等。
03
DNA复制的特点:半保留复制、 边解旋边复制。
04
DNA修复的类型:直接修复、切 除修复、重组修复和SOS修复等 。
DNA的转录与表达
DNA转录的过程:起始、延伸和终止。
转录的酶:RNA聚合酶。
microRNA的调控作用
microRNA通过与mRNA的3’端非编码区结合,抑制mRNA的翻译 或促进其降解,从而调节基因表达。
信号转导与基因表达的关联
细胞外的信号分子通过信号转导途径,激活或抑制细胞内的转录因子 ,从而调节基因表达。
06
分子生物学技术与应用
DNA重组技术
DNA限制性内切酶
识别特定DNA序列,切割双链DNA。
生物化学分子生物学部分课件--蛋白质代谢

用统计 法尝试 确定含 多种核 苷酸的 密码子 的碱基 组份
1964年Nirenberg等发现将核苷酸三联体与对应 的AA-tRNA放在一起,AA-tRNA就会结合到 核糖体上去。
核糖体结合 实验:
Decoding of the Genetic code
Proteins are synthesized at rough ER
核糖体 20世纪50年代Paul Zamecnik通过将同位素标记的氨基酸注射 到大鼠体内,按不同时间取肝脏分析同位素标记的氨基酸跑到 哪里去了。时间长了会在任何地方都有同位素标记,但在注射 后数分钟就检测,同位素全部跑到了含有RNA的小颗粒中(即 核糖体, ribosome)。
密码的特点
• 连续性 • 兼并性
在不同生物中使用同义密码子的频率是不相同 的——偏爱密码
• 摆动配对(变偶现象) • 通用性
– 线粒体的密码有一定的差别 – AUG—起始密码和甲硫氨酸 – UAG、UAA、UGA—终止密码
硒半胱氨酸是大肠杆菌的第21个拥有密码子 的氨基酸(识别UGA)
高浓度时取代 正常Cys,用 在同步辐射实 验中
丙氨基酰tRNA:Ala-tRNAala 精氨基酰tRNA:Arg-tRNAarg 甲硫氨基酰tRNA: Met-tRNAmet
起始密码子AUG编码的Met由tRNAimet (真 核) 或tRNAfmet(原核)转运。 真核细胞起始密码子编码的Met不须甲酰化 大肠杆菌起始密码子编码的Met须甲酰化
The final solution
几乎同时,Gobind Khorana成功地合成了 非随机重复的多聚核苷 酸。当这些多聚物得到 的结果与 Nirenberg的 结果进行比较时,得到 了确切的密码子信息。 如 (AC)n得到的结果是 H和T等量参入,而密 码的分布是等量的CAC 和ACA,因此CAC对应 H, ACA对应T.
医学分子生物学 蛋白质的修饰与降解

利用电泳、免疫共沉淀、色谱、生物质 谱、生物信息学等方法,对修饰蛋白质及 修饰位点进行鉴定。
第二节
蛋白质的降解
蛋白质的降解途径
• 泛素-蛋白酶体通路:需能,高效、特异的 蛋白质降解过程,控制着动植物体内绝大 多数蛋白质的降解。
• 自噬-溶酶体:不需能量。主要降解细胞外 和细胞膜蛋白质
泛素-蛋白酶体系统
溶酶体
蛋白质的修饰
概念:是指蛋白质翻译后进行共价修饰加工的过程, 通过一个或几个氨基酸残基加上修饰基团而改变 蛋白质的性质。
目的:调节蛋白质的活性,使蛋白质结构更为复杂, 功能更完善。
蛋白质的修饰
• 磷酸化修饰 • 脂基化修饰 • 甲基化修饰 • 乙酰化修饰 • 类泛素化修饰 • 巴豆酰化修饰
一、磷酸化修饰
泛素化过程的关键酶
• 泛素激活酶E1:细胞只表达一种E1,将泛素转 移到泛素结合酶E2上;
• 泛素偶连酶E2:约50种,E2与许多E3作用; • 泛素连接酶E3:约1000种,直接或间接与底物
蛋白结合,促进泛素从E2的硫酯键转移到底物 蛋白上,作为被UPS识别和降解的靶向信号。
泛素化反应
1. 泛素的活化:以ATP为能量,将泛素C-端的羧基 连接到泛素活化酶E1的巯基上,形成一个泛素和 泛素活化酶E1之间的硫酯键。
• 大多数蛋白质通过26S蛋白酶体以ATP和泛素依赖 方式降解;11S-20S-11S,11S-20S-19S,PA20020S-19S以不依赖ATP和泛素的方式降解一些调节 蛋白、氧化蛋白及衰老蛋白。
泛素的结构与组成
• 泛素含有76个氨基酸残基, 广泛存在于真核生物, • 泛素的氨基酸序列极其保 守。 •泛 素 共 价 结 合 于 底 物 蛋 白 的赖氨酸残基上,将底物蛋 白进行泛素化标记而被UPS 特异识别并迅速降解。
分子生物学---11蛋白质磷酸化和信号转导

蛋白质磷酸化和信号转导一、蛋白质磷酸化过程和功能1、蛋白质磷酸化p r o t e i n p h o s p h o r y l a t i o n(1)过程:P r o t e i n k i n a s e(蛋白激酶)P r o t e i n p h o s p h o r y l a t e d p r o t e i nA T P A D PP h o s p h a t a s e(磷酸酶)P i(2)主要磷酸化位点(对有-O H的氨基酸进行磷酸化)丝氨酸(S e r)/苏氨酸(T h r):磷酸化之后电荷发生变化使蛋白质活性改变酪氨酸(T y r):磷酸化之后通常招募其他蛋白因子,使下游蛋白质活性改变(3)蛋白质磷酸化的功能生物热力学;蛋白质降解;酶活性的调控(激活o r抑制);蛋白质相互作用2、重要的蛋白激酶(1)C D K s:c y c l i n-d e p e n d e n t k i n a s e周期蛋白依赖性蛋白激酶,属于一组调控细胞周期的S e r/T h r蛋白激酶,和周期蛋白c y c l i n协同作用发挥激酶活性,作用于细胞周期的不同阶段(2)R T K s:R e c e p t o r T y r o s i n K i n a s e受体酪氨酸激酶,是具有酪氨酸激酶活性的受体,如E G F R(表皮生长因子受体)(3)C y t o p l a s m i c P r o t e i n-T y r o s i n e K i n a s e s:非受体酪氨酸激酶,存在于细胞质中,大部分结构中存在S H2、S H3结构域,是磷酸化的结合位点。
如S r c、J A K、F A K等二、信号转导1、信号转导的种类E n d o c r i n e(内分泌):激素P a r a c r i n e(旁分泌):神经递质A u t o c r i n e(自分泌):生长因子2、信号转导的步骤(1)信号分子的合成(2)信号分子释放(3)信号分子传导(4)信号分子与受体结合(5)激活细胞内信号通路(6)细胞内信号传导3、信号转导通路的几个重要的酶蛋白激酶;蛋白磷酸酶;G蛋白偶联受体;离子通道;细胞核受体;转录因子4、信号转导通路的种类及途径(1)细胞内受体介导的信号通路:信号分子一般为激素如孕酮(p r o g e s t e r o n e)、甲状腺素(t h y r o x i n)、维甲酸(r e t i n o i c a c i d)过程:血液中的激素分子从血管中游离出来进入细胞,与细胞质中的受体形成复合物,复合物进入细胞核内对基因的转录表达进行调控。
蛋白磷酸化与蛋白激酶(医学相关)

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(7)核糖体S6激酶(S6K)
包括S6KⅠ和S6KⅡ,能催化核糖体 S6蛋白磷酸化。
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(8)整合素连接激酶
整合素连接激酶(intergrin-linked kinase,ILK)可直接磷酸化PKB/Akt, 其活性依赖PI3K。
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PINCH, ILK domain structures & interacting partners
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1. 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(serine/ threonine protein kinase,S/T-PK)催化 丝氨酸/苏氨酸的羟基磷酸化。
NH HC CH2 OH OC
NH HC CH2 OC
O OP O
O
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(1)蛋白激酶A(protein kinase A,PKA)
• 与蛋白质或多肽底物结合; • 与磷酸供体ATP/GTP结合; • 转移磷酸基到底物相应的氨基酸残基上。
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2. 调节结构域/亚基 同源性较低。 作用: 调节酶的活性; 靶向作用,与酶的亚细胞定位有关。
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(二)蛋白激酶的种类
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真核细胞的蛋白激酶可分为五类: ① 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 ② 酪氨酸蛋白激酶 ③ 组/赖/精氨酸蛋白激酶 ④ 半胱氨酸蛋白激酶 ⑤ 天冬氨酸/谷氨酸蛋白激酶
• 广泛分布于各组织的胞质,以Ca2+依赖 的形式从胞质中移位到细胞膜上,此过程 称之为转位。PKC转位是其活化的标志。
蛋白质磷酸化

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(续表) PhosphoSitePlusTM PHOSPHONET
/ homeAction.do
该数据库是PhosphoSite的新版,它是 基于网络的数据库,主要收集的是蛋白
该数据库是磷酸化位点的三维结构数据 库,储存了来自phospho.ELM 数据库 的信息,在结构和氨基酸残基水平的信 息非常丰富。
/ PPEP/
该数据库是由10类磷酸化蛋白结合域 (PPBD)介导的人的蛋白-蛋白相互作 用数据库。
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生命奥秘
残基水平
cSNP 蛋白质 数据库 dbSNP和蛋白质 数据库
表4 预测非特异性或组织特异性磷酸化位点的工具
数据库名称 NetPhos 2.0 CRP[63]
DISPHOS 1.3 NetPhosYeast 1.0 NetPhosBac 1.0
网址
http://www.cbs.dtu.dk/ services/NetPhos/
生命奥秘
3.3.2 同位素代谢标记技术
15N标记法(15N labeling)是Oda等人最早提出的一种同位素代谢标记技术,它是在培养基中分别掺入 14N和15N来寻找差异表达蛋白的一种方法。虽然该方法非常适用于追踪单个磷酸化位点的动力学变化,但它 仅限于分析那些表达水平相对较高的蛋白质。SILAC(stable isotope labeling by amino acid in cellculture) 技术[25]出现以后,很快取代了15N标记法。SILAC技术,即细胞培养过程中氨基酸的稳定同位素标记,具有显 著的优点(表2),因而迅速获得认可并在国际著名实验室中广泛使用。已经使用过的稳定同位素标记氨基酸 有精氨酸(Arg)、赖氨酸(Lys)、酪氨酸(Tyr)和亮氨酸(Leu)等。
蛋白质分子的化学修饰课件

催化去磷酸化反应的酶,将蛋白 质上的磷酸基团去除。
蛋白质磷酸化修饰 磷酸化修饰的种类
调节蛋白质活性
磷酸化修饰可改变蛋白质 的构象或活性位点,从而 调节其功能。
参与信号转导
磷酸化修饰在细胞信号转 导过程中起着关键作用, 可影响细胞生长、分化、 代谢等过程。
蛋白质稳定性
磷酸化修饰可影响蛋白质 的稳定性,通过调节蛋白 质降解途径来影响细胞内 蛋白质水平。
2023
PART 04
蛋白质甲基化修饰
REPORTING
甲基化修饰的种类
赖氨酸甲基化
赖氨酸残基的ε-氨基上加上甲基 基团,包括单甲基化、二甲基化
和三甲基化。
蛋氨酸甲基化
蛋氨酸残基的α-氨基上加上甲基基 团,通常为N-甲基化。
精氨酸甲基化
精氨酸残基的胍基上加上甲基基团 ,包括N-甲基化和N,N-二甲基化。
2023
PART 03
蛋白质糖基化修饰
REPORTING
糖基化修饰的种类
O-糖基化
糖基磷脂化
发生在蛋白质的丝氨酸或苏氨酸的羟 基上,由糖苷酶催化。
将糖基连接到脂质分子上,形成糖脂 。
N-糖基化
发生在蛋白质的氨基上,由糖苷酶催 化。
糖基化修饰的酶类
糖基转移酶
催化糖基从供体转移到受体上。
糖苷酶
催化糖苷键的断裂,释放出糖基 。
泛素化
泛素化是指将泛素分子加到蛋 白质的特定位点上,可以调节 蛋白质的降解和功能。
甲基化
甲基化是指将甲基基团加到蛋 白质的特定位点上,可以调节 蛋白质的构象和与其他蛋白质
的相互作用。
蛋白质分子化学修饰的功能
调节蛋白质活性
调节蛋白质稳定性
蛋白质磷酸化

PI3K/Akt/GSK-3β 可以调控神经细胞 的生长和发育,GSK-3抑制剂则被看 作是糖尿病和阿尔茨海默氏症的可能 治疗药物。
实验设计
细胞裂解
免疫沉淀 p-AKT
GSK-3β 蛋白 的荧光标记
GSK-3β与p-AKT 激酶反应
Elution buffer洗 脱p-GSK-3β蛋白
WB检测p-GSK3β 的量
CAM激酶
钙调蛋白激酶(CaM-kinase) 是一类丝氨酸/苏氨酸激酶。一 个钙调蛋白可以结合4个Ca2+。 Ca2+同钙调蛋白结合形成钙-钙 调蛋白复合物(calciumcalmodulin complex),就会 引起钙调蛋白构型的变化,增强
了钙调蛋白与许多效应物结合的 亲和力。
在不同的细胞中,Ca2+-钙调蛋 白复合物可以同CaM-蛋白激酶、 cAMP磷酸二酯酶、以及质膜中 的Ca2+运输蛋白结合, 将它们 激活,进行信号的放大。
激素与其受体在肌肉细胞外表面相结合,诱发细胞质cAMP的合 成并活化A激酶,再将活化磷酸基团传递给无活性的磷酸化酶激 酶,活化糖原磷酸化酶,最终将糖原磷酸化,进入糖酵解并提供 ATP。
C激酶与PIP2、IP3和DAG
蛋白激酶C(protein kinase C,PKC)是G蛋白偶联受体系统中的效应 物,在非活性状态下是水溶性的,蛋白激酶C的激活是脂依赖性的, 需要膜脂DAG 的存在,同时又是Ca2+依赖性的,当DAG在质膜中出 现时,胞质溶胶中的蛋白激酶C 被结合到质膜上,然后在Ca2+的作用 下被激活。
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2020/10/22
蛋白质磷酸化与非磷酸化
非活性蛋白与活性蛋白的构象之间的转换是通过可逆共价修饰 调节蛋白质的方式,蛋白激酶则是这一过程催化磷酸化的重要蛋白, 而磷酸酯酶是去磷酸化的重要蛋白.
已经发现在人体内有多达2000个左右的蛋白质激酶和1000个左 右的蛋白质磷酸酶基因。蛋白质的磷酸化是指由蛋白质激酶催化的 把ATP或GTP上γ位的磷酸基转移到底物蛋白质氨基酸残基上的过程, 其逆转过程是由蛋白质磷酸酶催化的,称为蛋白质脱磷酸.
2、DAG作用:激活蛋白激酶C,将存在于靶蛋白质中得丝氨酸和 苏氨酸残基磷酸化,
改变靶蛋白质的活性。如:糖原合成酶磷酸化后,停止合成 糖原。
3、DAG与IP3的协调作用 IP3- →细胞质中Ca2 + ↑-→ 糖原合成酶活性↑ 蛋白激酶C- →使IP3 诱导增高糖原磷酸化酶活性的过
程终止。
4、DAG的激活机理 DAG-→ 增加蛋白激酶C对Ca2 + +的亲合性-→ 在Ca2
化亚基。当cAMP-依赖蛋白激酶的调控亚基结合时,激酶解离成两个具有 催化活性的蛋白激酶(由催化亚基形成)和一个二聚的调控亚基。
cAMP-依赖蛋白激酶被活化后,它解离出来的活性蛋白酶能够催化 ATP分子与目标代谢酶分子的磷酸化反应。一般是代谢酶的Ser或Thr残基 的羟基被ATP磷酸化,其结果是代谢酶被抑制或激活。cAMP即是通过上述 机制实现对代谢酶活性的调控。
C激酶的活性也受磷脂酰丝氨酸的影响,原因是后者大大提高了C激酶对于 Ca2+的亲和力,从而使得C激酶能被生理水平的Ca2+离子所活化。C激酶主要实施对 丝氨酸、苏氨酸的磷酸化,它具有一个催化结构域和一个调节结域。
2020/10/22
1、IP3作用:IP3与IP3受结合后,变构,钙通道打开,贮于内 质网的Ca2+释放入细胞质内,使胞质Ca2+浓度升高,引起一 系列效应。如:平滑肌收缩等.
+生理水平上被活化。蛋白激酶C为 77kd , 催化区抑制调节区 ,当DAG结合到蛋白激酶C上,解除酶的调节区的抑制作用,使 酶发20挥20/1催0/22化活性。
2020/10/22
4)cGMP依赖的蛋白激酶 (cGMP dependent protein kinase,,GPK)
1963年从肾脏首次发现cGMP
2020/10/22
• 跨膜结构区:是连接受体细胞内、外两部分,镶 嵌在细胞膜中的结构,在靠近膜内侧C端常常是由 碱性氨基酸形成簇状结构。
• 胞内活性区:保守性较高,由三个不同的部分组 成。与跨膜区相连的近膜区包括41-50个氨基酸, 可能是RPTK活性的功能的调节部位。第二部分为 活性位点所在的催化区,其氨基酸组成具有很高 的保守性。该区含有ATP结合位点和底物结合位点 ,可能是不同类型RPTK底物特异性的决定区域。 第三部分是多变的C末端,包括70-200个氨基酸, 主要是由小分子量氨基酸组成的亲水性结构,具
多种激活剂与质膜上特异受体结合→磷脂酶C →肌醇磷脂(PIP2) 水解
三磷酸肌醇(IP3)&aM―PK←Ca2+↑←胞内Ca2+池
一系列细胞蛋白磷酸化
PKC
磷酸肌醇级联放大的细胞内信使是磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸(PIP2)的两个 酶解 产物:肌醇1,4,5-三磷酸(IP3)和二酰基甘油(DAG)。C激酶(PKC)是 依赖于Ca2+的蛋白质激酶。由于IP3所引起的细胞质Ca2+浓度升高,导致C激酶从胞 质转运到靠原生质膜内侧处,并被DAG和Ca2+的双重影响所激活。
2020/10/22
根据是否有调节物来分又可分成两大类: 信使依赖性蛋白质激酶(messenger-dependent protein
kinase),包括胞内第二信使或调节因子依赖性蛋白激酶及激 素(生长因子)依赖性激酶两个亚类;非信使依赖型蛋白激酶。
2020/10/22
2020/10/22
1、Ser/Thr蛋白激酶 蛋白磷酸化是蛋白激酶将磷酸基因转移到特定底物蛋白上的共价修
饰过程,调控蛋白质的酶学活性或生物学功能,分为: ①cAMP依赖的PK ②Ca2+/磷脂依赖的PK ③ Ca2+/ (CaM)钙调蛋白依赖的PK ④cGMP依赖的PK ⑤近年发现新成员——DNA依赖的PK
⑴cAMP依赖的蛋白激酶( cAMP dependent protein kinase.PKA) cAMP-依赖蛋白激酶是一种四聚蛋白酶,含有两个调控亚基和两个催
具有受体功能的酪氨酸 蛋白激酶 (receptor protein tyrosine kinase, RPTK)。包括三个结构域 :胞外的配体结合区,细胞内部具有酪氨酸蛋白 激酶活性的区域和连接这两个区域的跨膜结构。 胞外配体结合区:RPTK的N端大约500-850个氨 基酸组成亲水性胞外配体结合区域,氨基酸序列 变化较大,是不同RPTK与相应配体特异性结合 的结构基础。
2020/10/22
结构与功能 • 2个调节亚基(R)+2个催化亚基(C)→PKA全酶复合体(R2C2
)(无cAMP时,无活性) • cAMP与特异R亚基结合→构象变化→成为R亚基二聚体+2个有活
性C亚基,各种哺乳动物细胞可不同水平表达3种C亚基亚型 (CαCβCγ)和4种R亚基亚型(RⅠ α RⅠ β RⅡ α RⅡ β) →结 合成全酶PKA Ⅰ型和 Ⅱ型.
2020/10/22
2020/10/22
2) Ca2+ /磷脂依赖的蛋白激酶( Ca2+/phospholipid dependent protein kinase)
经第二信使Ca2+ 、甘油二酯DG或磷脂酰丝氨酸刺激而激活的蛋白激酶称为 Ca2+ /磷脂依赖的蛋白激酶,是肌醇磷脂信号传导通路的关键环节。
5)DNA依赖的蛋白激酶( DNA dependent protein kinase,DNA-PK)
是一类存在于细胞核内,能被DNA激活的特异的 Ser/Thr PK ,可引起多种核结合蛋白磷酸化
2020/10/22
2. 酪氨酸蛋白激酶
对于许多生长因子受体的研究表明,跨膜的酪 氨酸蛋白激酶在信息传递过程中起着重要作用。