质粒拷贝数计算
质粒拷贝数的测定方法
生物技术通讯LETTERS IN BIOTECHNOLOGY1999年 第10卷 第1期 Vol 10 No.1 1999质粒拷贝数的测定方法周 涛摘要 在研究生物工程重组蛋白产量的过程中，质粒的拷贝数是一个需要重点考虑的参数，对它进行精确定量至关重要。
本文概述了几种主要的测定方法的原理和特点。
关键词 质粒拷贝数；测定方法Determination methods of plasmid copy numberZhou Tao(Institute of Biotechnology, Beijing,100071)Abstract Plasmid copy number, the number of expression vectors in each cell, is a key parameter in the study of productivity of recombinantmicroorganisms. Recognition of the importance of this parameter has givenrise to a number of methods for its determination. this article focuses on the principles and charactistics of these methods.Key words plasmid copy number; determination method细菌质粒是双链、闭环的DNA分子，是独立于细菌染色体之外进行复制和遗传的辅助性遗传单位。
质粒在一般情况下对宿主细胞的生存不是必需的，但质粒含有某些基因，可以补充细菌基因的不足，有利于细菌的生存。
质粒DNA的复制要由复制细菌染色体的多种酶共同完成，在宿主中复制的程度差异很大。
质粒拷贝数指的是每个细胞中所含的质粒的个数。
低拷贝数的质粒DNA在宿主细胞分裂前只能复制1～2次，而多拷贝数质粒可以在细胞分裂前复制成10～200拷贝。
DNA拷贝数的计算方法
MW代表 克/摩尔，单位dolton：1dolton即表示1g/mol
1摩尔= x 10(23)次摩尔分子(拷贝数)
均匀分子量（MW）:
dsDNA=(碱基数) x ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ660道尔顿/碱基)
ssDNA=(碱基数) x (330道尔顿/碱基)
ssRNA=(碱基数) x (340道尔顿/碱基)
获得拷贝数计算公式:
x 10(23)次拷贝数/摩尔) x (浓度) / (MW g/mol) = copies/ml.
即：
x 10(23)) x (g/ml) / (DNA length x 660) = copies/ml.
或
x 10(23)) x (ng/ul x 10(-9) ) / (DNA length x 660) = copies/ul.
dna拷贝数的计算方法1a260吸光度值dsdna50ugmlssdna33ugmlssrna40ugml核酸浓度od260dilutionfactor334050ngul平均分子量mw代表克摩尔单位道尔顿dolton即1dolton1gmol1摩尔6021023平均分子量mw
v1.0可编写可改正
1A260吸光度值＝ds DNA 50 ug/ml=ss DNA 33 ug/ml=ss RNA 40 ug/ml
2
例：
3000碱基质粒，浓度100 ng/ul，MW= 3000 bp x 660 dalton/bp = x
1
v1.0可编写可改正
10(6) daltons，即1 mol = x 10(6) g。
[100ngx10(-9)]g/x10(6)＝摩尔
实时定量PCR测定治疗性HBV_DNA疫苗工程菌的质粒拷贝数
广东药科大学学报Journal of Guangdong Pharmaceutical University Sep,2023,39(5)实时定量PCR测定治疗性HBV DNA疫苗工程菌的质粒拷贝数陈孟璋，何星垚，林汉森（广州广药益甘生物制品股份有限公司，广东广州511495）摘要：目的比较不同的定量方法和总DNA制备方法对实时定量PCR（real-time quantitative PCR,qPCR）测定治疗性HBV DNA疫苗工程菌的质粒拷贝数（plasmid copy number,PCN）的影响，为建立快速简便的治疗性HBV DNA 疫苗工程菌的PCN测定方法提供参考。
方法通过试剂盒提取法、Triton X-100煮沸法和培养基煮沸法分别制备总DNA样品用于qPCR检测，使用绝对定量方法和相对定量方法计算不同制备方法样品的PCN，并对测定结果进行统计学分析。
结果试剂盒提取法制备的样品经绝对定量和相对定量计算PCN，结果分别为43.10±4.02和42.92±3.98，显著低于Triton X-100煮沸法的结果（69.32±6.51和68.58±6.42）以及培养基煮沸法的结果（75.73±7.46和76.15±7.50）。
任一样品制备方法，比较其绝对定量和相对定量结果，差异均无统计学意义。
结论qPCR的绝对定量和相对定量计算方法都适用于治疗性HBV DNA疫苗工程菌PCN测定，Triton X-100煮沸法更适合于总DNA模板制备。
关键词：HBV疫苗；DNA疫苗；实时定量PCR；质粒拷贝数中图分类号：R392.1文献标识码：A文章编号：2096-3653（2023）05-0087-06DOI:10.16809/ki.2096-3653.2023051703Determination of plasmid copy number of therapeutic HBV DNA vaccine engineered strain by real-time quantitative PCRCHEN Mengzhang*,HE Xingyao,LIN Hansen(Guangzhou Guangyao Yigan Biological Products Co.,Ltd.,Guangzhou511495,China)*Corresponding author Email:**************Abstract:Objective To compare the effects of different quantitative methods and total DNA preparation methods on the plasmid copy number(PCN)determination of therapeutic HBV DNA vaccine engineered strain by real-time quantitative PCR(qPCR),so as to provide reference for the establishment of a rapid and simple method for the PCN determination of therapeutic HBV DNA vaccine engineered strain.Methods Total DNA samples were prepared for qPCR by kit extraction method,Triton X-100boiling method and medium boiling method, respectively.The PCN of samples prepared by different methods was calculated by absolute and relative quantification methods,and the results were statistically analyzed.Results The absolute and relative quantification results of PCN of samples prepared by kit extraction method were43.10±4.02and42.92±3.98, respectively,which were significantly lower than those obtained by Triton X-100boiling method(69.32±6.51) and medium boiling method(75.73±7.46).There was no significant difference between the absolute and relative quantitative results of any sample preparation method.Conclusion Both the absolute and relative quantitative methods of qPCR are suitable for the determination of PCN of therapeutic HBV DNA vaccine engineered strain, and the Triton X-100boiling method is more suitable for the preparation of total DNA template.Key words:HBV vaccine;DNA vaccine;real-time quantitative PCR;plasmid copy number收稿日期：2023-05-17基金项目：广东省重大科技专项（2012A080204009）作者简介：陈孟璋（1985－），男，硕士，制药工程师，主要从事生物医药研发和临床试验研究，Email：**************。
dna拷贝数的计算方法
1. dsDNA : (6.02×1023)×(ng/ul×10-9)/(DNA length×660)=copies/ul= (9.12×1011)×(ng/ul)/(DNA length) 2. ssDNA: (6.02×1023)×(ng/ul×10-9)/(DNA length×330)=copies/ul= (1.82×1012)×(ng/ul)/(DNA length) 3. ssRNA: (6.02×1023)×(ng/ul×10-9)/(DNA length×340)=copies/ul= (1.77×1012)×(ng/ul)/(DNA length)
DNA拷贝数的计算方法
3000碱基质粒，浓度100 ng/ul，MW= 3000 bp x 660 dalton/bp =1.98 x 10(6) daltons，即1 mol =1.98 x 10(6) g。
[ 100ng x 10(-9) ]g/1.98 x 10(6)＝摩尔数copy数＝摩尔数x 6.02 x 10(23)＝3x 10(10) copies/ul.
(6.02 x 10(23)次拷贝数/摩尔) x (浓度) / (MW g/mol) = copies/ml.
即：
(6.02 x 10(23)) x (g/ml) / (DNA length x 660) = copies/ml.
或
(6.02 x 10(23)) x (ng/ul x 10(-9) ) / (DNAபைடு நூலகம்length x 660) = copies/ul.
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dna拷贝数的计算方法dna拷贝数计算基因拷贝数计算方法dna拷贝数拷贝数计算公式质粒拷贝数计算拷贝数计算质粒拷贝数计算公式质粒拷贝数计算网址浓度换算拷贝数计算
DNA拷贝数的计算方法
1A260吸光度值＝ds DNA 50 ug/ml=ss DNA 33 ug/ml=ss RNA 40 ug/ml
核酸浓度＝(OD260) x (dilution factor) x [33或40或50]=ng/ul
MW代表克/摩尔，单位dolton：1dolton即表示1g/mol
计算copy数
做 qRT-PCR 的时候经常需要计算 DNA 拷贝数(Copy Number)，比较烦，用下面的方法这就方便多了。
其实计算方法是相通的，只不过一个是带有分步推理过程，一个是直接计算而已！一、分步推理如何计算核酸拷贝数1A260吸光度值=dsDNA 50ug/ml=ssDNA 33ug/ml=ssRNA 40ug/ml核酸浓度＝(OD260)×稀释倍数×(33 或 40 或 50)=ng/ulMW 代表克/摩尔，单位 dolton ：1dolton 即表示 1g/mol 1 摩尔=6.02×1023摩尔分子(拷贝数)平均分子量(MW)：dsDNA=碱基数×660 道尔顿/碱基ssDNA=碱基数×330 道尔顿/碱基ssRNA=碱基数×340 道尔顿/碱基得到拷贝数计算公式：mLmol g MW mL g mol mol copies /copies //)/copies 1002.6)/(1002.62323=⨯⨯=⨯⨯）（）浓度（（摩尔数 即(6.02×1023)×(g/ml)/(DNA length×660)=copies/ml.或(6.02×1023)×(ng/ul×10-9)/(DNA length×660)=copies/ul.例：3000 碱基质粒，浓度 100 ng/ulMW=3000bp×660dalton/bp=1.98×106daltonS=1.98×106g/mol ，即1mol=(100ng×10-9)g/1.98×106＝摩尔数copy 数＝摩尔数×6.02×1023＝3×1010copies/ul.。
质粒后续各项检测指标
质粒后续各项检测指标（原创实用版）目录1.质粒的概念与作用2.质粒的检测指标3.质粒检测的常用方法4.质粒检测的重要性正文一、质粒的概念与作用质粒（Plasmid）是一种裸露的、结构简单、独立于细菌拟核 DNA 之外并具有自我复制能力的双链环状 DNA 分子。
质粒在基因工程中起着至关重要的作用，它是基因工程的运载体，可以将外源基因导入受体细胞，并在受体细胞中进行自我复制。
二、质粒的检测指标在基因工程中，对质粒进行检测是非常重要的一个环节，其检测指标主要包括以下几个方面：1.质粒的大小：通常使用限制性内切酶消化质粒，然后通过琼脂糖凝胶电泳检测其大小。
2.质粒的纯度：质粒的纯度是指质粒在总 DNA 中所占的比例。
常用的检测方法有琼脂糖凝胶电泳和 PCR 方法。
3.质粒的拷贝数：拷贝数是指在一定条件下，质粒在细胞中的复制次数。
拷贝数的检测方法有 PCR 方法、荧光定量 PCR 方法等。
4.质粒上的外源基因：外源基因的检测主要是通过 PCR 方法、荧光定量 PCR 方法、Western Blot 等方法进行。
三、质粒检测的常用方法1.琼脂糖凝胶电泳：琼脂糖凝胶电泳是一种常用的质粒检测方法，可以检测质粒的大小、纯度等指标。
2.PCR 方法：PCR 方法可以检测质粒上的外源基因、拷贝数等指标。
3.荧光定量 PCR 方法：荧光定量 PCR 方法可以对质粒进行快速、准确的检测。
4.Western Blot：Western Blot 可以用于检测质粒上的外源基因是否表达成蛋白质。
四、质粒检测的重要性在基因工程中，对质粒进行检测是非常重要的，因为只有确保质粒的质量和纯度，才能保证外源基因能够准确地导入受体细胞，并在受体细胞中进行正常的复制和表达。
DNA拷贝数的计算方法
DNA拷贝数的计算方法
1A260吸光度值＝ds DNA 50 ug/ml=ss DNA 33 ug/ml=ss RNA 40 ug/ml
核酸浓度＝(OD260) x (dilution factor) x [33或40或50]=ng/ul
(6.02 x 10(23)次拷贝数/摩尔) x (浓度) / (MW g/mol) = copies/ml.
即：
(6.02 x 10(23)) x (g/ml) / (DNA length x 660) = copies/ml.
或
(6.02 x 10(23)) x (ng/ul x 10(-9) ) / (DNA length x 660) = copies/ul.
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例：
3000碱基质粒，浓度100 ng/ul，MW98 x 10(6) daltons，即1 mol =1.98 x 10(6) g。
[ 100ng x 10(-9) ]g/1.98 x 10(6)＝摩尔数copy数＝摩尔数x 6.02 x 10(23)＝3x 10(10) copies/ul.
MW代表克/摩尔，单位dolton：1dolton即表示1g/mol
1摩尔= 6.02 x 10(23)次摩尔分子(拷贝数)