如何利用ImageJ测量显微图像的长度
如何利用ImageJ测量显微图像的长度
如何利用ImageJ测量显微图像的长度？
ImageJ是一款小巧开放的图像分析软件，可以从其官方网站上免费下载。
下面就对如何利用ImageJ进行图像测量作一简单介绍：
1、从文件菜单打开你要测量的图像。
2、从工具菜单选择，如果测量的是直接则选择直线工具（line tool），要不然则选择分段线
工具（segemented line）或手写工具(freehand)。
3、 选择线形工具时，移动鼠标至需要测量长度的位置1，按下左键不放，拖动至测量位置
2松开鼠标。
Line
Segemented line
freehand
位置1
位置2
4、如果选择的是分段线工具时，在位置1按下鼠标没轨迹移动至要改变方向的位置2，点
击鼠标，再移至位置3，点击鼠标，……，至终点位置X，双击鼠标。
位置3
位置2
位置1
位置x
5、如果选择的是手写工具则，在位置1点鼠标不松开，然后按希望的轨迹移动，到目标位
置2松开即可。
位置1
位置2
6、在分析（analyze）菜单下，选择测量命令（measure）或按ctrl+M完成测量，长度单位
是像素。
7、测量结果以文本形式显示一个名为results的窗口中，可以选择保存为文本文件备用，图
中结果为1348像素，利用原有的比例尺信息可计算出实际距离，关于比例尺的设置将另外撰文介绍。
imagej用法
imagej用法ImageJ是一款强大的图像处理软件，广泛应用于生命科学、医学和材料科学等领域。
它具有开源、跨平台、丰富的插件支持等特点，使其成为科研人员和工程师们常用的图像分析工具。
本文将介绍ImageJ的基本用法，帮助用户更好地利用这一工具进行图像处理和分析。
1. ImageJ简介1.1 ImageJ的特点•开源：ImageJ是一款免费、开源的软件，用户可以自由获取、使用和修改源代码。
•跨平台：ImageJ支持多种操作系统，包括Windows、macOS和Linux，保证用户在不同平台上都能方便地使用。
•插件支持：ImageJ具有强大的插件体系，用户可以通过安装插件扩展功能，满足不同领域的需求。
1.2 安装与启动1.下载：在ImageJ官方网站上下载适用于您操作系统的版本。
2.安装：解压下载的压缩包，将文件夹移动到合适的位置即可。
3.启动：进入ImageJ文件夹，找到并运行可执行文件（如ImageJ.exe），即可启动ImageJ。
2. 基本操作2.1 打开图像在ImageJ中，可以通过以下方式打开图像：•文件-> 打开：选择要打开的图像文件。
•拖放：将图像文件直接拖放到ImageJ窗口中。
2.2 图像显示与导航•放大与缩小：利用工具栏上的放大和缩小工具，或者使用鼠标滚轮进行图像的放大和缩小。
•导航：在ImageJ窗口中，可以使用滚动条或者拖动图像来导航图像。
2.3 测量与标注•测量工具：通过工具栏上的测量工具，可以测量图像中的长度、面积等。
•标注：利用文本工具在图像上添加文字标注，方便说明和标记。
3. 图像处理3.1 图像滤波与增强•滤波器：ImageJ提供了多种滤波器，包括平滑、锐化、边缘检测等，可通过“处理-> 滤波器”进行选择。
•对比度与亮度：可以通过“图像-> 对比度/亮度”调整图像的对比度和亮度。
3.2 阈值处理与分割•阈值处理：可以通过“图像-> 调整-> 阈值”设置阈值，将图像转换为二值图像。
ImageJ软件给图片添加标尺
用Image J软件给图片加标尺Image J是著名的免费图像分析软件。
首先打开图片（点击图1中Open按钮）图1然后点击图2中set scale设置相关参数。
图2原图片实际像素及大小用Photoshop中看出（图3所示）。
像素为1360×1024，大小为23.99×18.06 cm。
由于对拍摄实物进行了640倍放大，计算出1360像素对应拍摄实物的长度为（23.99×10000/640μm）。
然后计算一个像素对应长度。
如图4所示设置参数，设置参数为3.60像素对应1.00微米,然后点上Global，有效数字与图4中相同，点OK。
具体数据仔细计算后得到，这里只是简单说明。
图3图4 然后点击图5所示，设置标尺格式。
图5图6表示设定参数后最终所得效果，可以随心设定标尺长度，颜色，字体大小，位置等，点OK确定。
然后按图7另存为想要的格式（一般Jpeg或Tiff即可）就可。
图6 图7仅供个人用于学习、研究；不得用于商业用途。
For personal use only in study and research; not for commercial use.Nur für den pers?nlichen für Studien, Forschung, zu kommerziellen Zwecken verwendet werden.Pour l 'étude et la recherche uniquement à des fins personnelles; pas à des fins commerciales.обучения,для исследований и не должны которые используются толькодля людей,использоватьсявкоммерческихцелях．以下无正文仅供个人用于学习、研究；不得用于商业用途。
老司机带你解锁ImageJ长度分析
⽼司机带你解锁ImageJ长度分析ImageJ分析长度⼀般⽅法最常见的长度分析为直线的长度分析，在ImageJ新建线段长短、粗细不⼀的图⽚：分析步骤：1、点击Analyze -> Set Measurements进⼊测量参数界⾯，选择Bounding rectangle参数，Area 与Limit to threshold，点击OK：2、Image -> Adjust -> Threshold选中五个不同的形状，红⾊代表选中：3、Analyze -> AnalyzeParticles分析粒⼦，选择Display results、Add to Manager，点击OK:得到测量结果，Width为各形状长度：此外对于简单的长度测量还可以使⽤⼿动测量的⽅法，选择Straight直线⼯具沿着形状绘制直线后点击Analyze -> Measure进⾏测量形状1长度，与前述⽅法相同所得长度⼀致，均为97：扩展：⾮直线的⼿动长度计算，以拟南芥初⽣根长度分析为例。
步骤：1、使⽤ImageJ软件打开待分析图⽚：2、选择⼯具栏Segmented line⼯具，⼿动确定锚点追踪主根长度：这样追踪的主根长度不够平滑，可使⽤Edit-> Selection -> Fit Spline进⾏处理后点击Analyze ->Measure进⾏测量。
对于Fit Spline处理的效果可见下图，右侧是原始折线，左侧为Fit Spline 处理后的效果：ImageJ计算植物根系长度以2016年Front Plant Sci⽂献【1】中的拟南芥初⽣根（primary root）长度分析为例给⼤家分享使⽤ImageJ计算曲线长度。
分析步骤：1、ImageJ软件（FiJi版本ImageJ 1.52 t）File -> Open打开⽰例图⽚（为RGB格式图⽚）。
Process -> Enhance Contrast增强对⽐度，默认Saturated pixels 0.3%：左侧为原图，右为Enhance Contrast处理效果：2、Image -> Type -> HSB Stack将RGB格式图⽚转换为HSB格式，即H(hues)表⽰⾊相，S(saturation)表⽰饱和度，B（brightness）表⽰亮度H。
ImageJ 技能之长度和面积测量
ImageJ技能之细胞长度和面积测量
上两篇小编给大家分享了细胞计数和荧光定量分析的方法。
为响应广大忠粉的需要，今天小编给大家分享一下细胞长度和面积测量方法，最简单的方法就是可以直接在我们Revolve正倒置一体显微镜上做长度和面积测量。
Revolve正倒置一体显微镜
下图就是在显微镜上直接测量长度和面积
如果大家还是觉得不过瘾，小编再给大家分享另外一种办法-ImageJ技能之长度和面积测量。
这是一张我们Revolve正倒置一体显微镜镜头下的微滴图片（与上图为同一倍数图片）。
接下来我们就通过ImageJ来测量长度和面积吧。
Step1:ImageJ打开一张需要测量的图片。
File→Open
Step2:选择直线工具，在标尺上画出单位长度的直线,想要数值更精确可放大图片；
Step3:选择Analyze->Set Scale。
Known distance输入所画直线长度数值（此图为200），Unit of length输入单位（此图为um），Global复选框打钩（将此标准用于全部图片），点击OK
Step4:在需要测量的图片上用直线选择需要测量的长度或者用区域选择工具选择需要测量的面积；
Step5:Ctrl+M（Measurement），结果会显示并记录在Results窗口中。
其中Length显示的即为换算后的长度数值。
与显微镜测量结果基本一致。
软件Image J使用教程
作图软件：Image J介绍：该软件可以计算选定区域内分析对象的一系列几何特征，分析指标包括：长度，角度，周长，面积，长轴，短轴，圆度等。
参考：解螺旋-套路课01-第三章-第3节两种应用：免疫组化定量分析，计数免疫组化定量分析3种方法：手动、自动1、自动2【1】手动定量1.打开图片File –open –找到图片2.选择完所有阳性结果后，再同一进行计算Analyze –tools –ROI manger（感兴趣区域）然后标签栏选择第3个标签（以任意形状选取感兴趣区域）【2】自动定量11. 打开图片File –open –找到图片2. 彩图转换为8bit灰度图Image –type –8-bit3. 设定阈值Image –adjust –threshold系统会自动设定一个阈值，并将阈值之上的面积进行统计，此时打开免疫组化原始图片，手动调节阈值大小，当我们设定的阈值能够比价好的反应免疫组化的生物学意义时，就使用此时的阈值统计4. 统计Analyze –measure得到4个参数：area(阳性区域总面积)，mean(平均光密度)，min(最小光密度)，max(最大光密度)，后续作图用。
【3】自动定量21. 打开图片File –open –找到图片2. 彩图转换为RGBImage –type –RGB stack在得到的图片中，通过拖动下方的进度条，选取对比度最显著的那张3. 设定阈值Image –adjust –threshold系统会自动设定一个阈值，并将阈值之上的面积进行统计，此时打开免疫组化原始图片，手动调节阈值大小，当我们设定的阈值能够比价好的反应免疫组化的生物学意义时，就使用此时的阈值统计4. 统计Analyze –measure得到4个参数：area(阳性区域总面积)，mean(平均光密度)，min(最小光密度)，max(最大光密度)，后续作图用。
计数例如：克隆形成实验定量分析两种方法：手动计数、自动计数【1】手动计数1. 打开图片File –open –找到图片2. 点击工具栏第7个按钮“多点计数工具”在每个克隆上进行点击，每点一下，图上就会多一个软件加上的点3. 所有的点都选上之后，点击analyze –measure软件会生成一个结果图拉到最下面，就可以看到一共有多少点【2】自动计数1. 打开图片File –open –找到图片2. 彩图转换为8bit灰度图Image –type –8-bit3. 设定本张图中最大克隆和最小克隆设置最大克隆：点击工具栏第3个按钮，然后圈出本图中最大的克隆，再analyze –measure，看这个克隆的面积，例如area = 276设置最小克隆：点击工具栏第3个按钮，然后圈出本图中最小的克隆，再analyze –measure，看这个克隆的面积，例如area = 544. 设定阈值Image –adjust –threshold系统会自动设定一个阈值，并将阈值之上的面积全部用红色标记如果不合适，可手动调节因为阴影的存在，软件把这些阴影也识别为阳性结果，我们需要通过对克隆大小的限定，从而将阴影排除在阳性结果之外5. 通过对克隆大小的限定，从而将阴影排除Analyze –analyze particles在size（pixel^2）处填入克隆的大小范围，结合第3步的结果设置：30---300，点击“OK”这样，阴影就被排除了6. 拉到最低，便可以看到克隆的数量。
imagej使用教程
imagej使用教程ImageJ是一款免费开源的图像处理软件，被广泛应用于生物医学图像的分析和处理中。
本教程将向您介绍如何使用ImageJ进行基本的图像处理。
1. 安装ImageJ首先，您需要从ImageJ的官方网站（https:///ij/）下载并安装ImageJ软件。
根据您的操作系统，选择适合的安装程序进行安装。
2. 打开图像在ImageJ的菜单栏上，选择"File"（文件），然后点击"Open"（打开）。
浏览您的计算机，选择要处理的图像文件并点击"Open"（打开）按钮。
3. 调整图像大小如果您需要调整图像的大小，可以在菜单栏上选择"Image"（图像），然后点击"Adjust Size"（调整尺寸）。
在弹出的对话框中，输入所需的宽度和高度，并选择插值算法。
点击"OK"（确定）按钮应用更改。
4. 调整亮度和对比度您可以在菜单栏上选择"Image"（图像），然后点击"Adjust"（调整）来调整图像的亮度和对比度。
在弹出的对话框中，拖动亮度和对比度滑块，直到您满意为止。
点击"OK"（确定）按钮应用更改。
5. 进行滤镜处理ImageJ提供了多种滤镜工具，以改变图像的外观。
在菜单栏上选择"Process"（处理），然后点击"Filters"（滤镜）来选择所需的滤镜效果。
在弹出的对话框中，您可以调整滤镜的参数，然后点击"OK"（确定）按钮应用更改。
6. 测量图像特征ImageJ允许您测量图像中的各种特征，如面积、长度、角度等。
在菜单栏上选择"Analyze"（分析），然后点击"Measure"（测量）来测量图像的特征。
在弹出的结果窗口中，您可以查看测量结果。
ImageJ测量实际尺寸：设置和添加标尺
ImageJ测量实际尺⼨：设置和添加标尺01设置像素与实际长度的⽐例关系很多时候，我们获得的图⽚尤其是⾮原始图⽚或者没有写⼊像素与实际长度关系，这个时候如果要对图⽚中的形状进⾏实际测量，⽐如实际长度、⾯积之类的测量，就需要知道图⽚像素与实际长度的⽐例关系。
1、打开⼀张图⽚，左上⾓会告诉我们这张图⽚的长宽像素乘积；2、先将图⽚适当放⼤（以便秒描绘直线），使⽤直线⼯具沿着图⽚标尺两端进⾏描绘；描绘的时候可以按住shift键，保证直线⽔平；下图为了展⽰⽅便，把描绘的红⾊直线稍微偏离了⽐例尺⽩线。
3、Analyze-Set Scale，设置⽐例关系：Distance in pixels：刚刚描绘的直线长度为91.5 pixels，这个值不⽤设置，⾃动测量得到；Known distance：描绘的直线所代表的实际长度，10；Unit of length：设置单位为µm，按照⽐例尺下⾯的单位来设置；这样就得到了图⽚上⾯每⼀个像素所代表的实际长度，所以下⾯有Scale：9.15pixels/µm。
有了这样的关系之后，我们利⽤Image J对位图以像素为单位进⾏测量或者计算的时候，就与实际长度联系起来了。
Global：对于所有打开的照⽚应⽤该⽐例关系。
如果有同批次同镜头视野的多张照⽚，可以勾选此选项，⼀次性将所有照⽚中像素所对应的实际距离进⾏设置。
4、点击OK之后，照⽚的⼤⼩将以实际长度55.64×40.87µm来表⽰，在后⾯括号内保留像素为单位的⼤⼩（500×374）。
5、这时每个像素将代表⼀个实际距离。
因此可以进⾏⼀些测量，⽐如利⽤魔棒⼯具配合容差（Tolerance）选择并测量右下⾓细胞的⾯积；⾯积测量具体见《选区和选区管理⼯具》、《⾓度测量、粒径测量和其他基础测量》两篇⽂章。
这个细胞的⾯积就是157.915µm2；02添加⽐例尺如果只有⼀张图⽚有⽐例尺，⽽其他同⽐例关系的图⽚没有⽐例尺，⼀般是同⼀拍照设备+同样视野倍数，那么可以为其他图⽚添加⽐例尺。
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如何利用ImageJ测量显微图像的长度？
ImageJ是一款小巧开放的图像分析软件，可以从其官方网站上免费下载。
下面就对如何利用ImageJ进行图像测量作一简单介绍：
1、从文件菜单打开你要测量的图像。
2、从工具菜单选择，如果测量的是直接则选择直线工具（line tool），要不然则选择分段线
工具（segemented line）或手写工具(freehand)。
3、 选择线形工具时，移动鼠标至需要测量长度的位置1，按下左键不放，拖动至测量位置
2松开鼠标。
Line
Segemented line
freehand
位置1
位置2
4、如果选择的是分段线工具时，在位置1按下鼠标没轨迹移动至要改变方向的位置2，点
击鼠标，再移至位置3，点击鼠标，……，至终点位置X，双击鼠标。
位置3
位置2
位置1
位置x
5、如果选择的是手写工具则，在位置1点鼠标不松开，然后按希望的轨迹移动，到目标位
置2松开即可。
位置1
位置2
6、在分析（analyze）菜单下，选择测量命令（measure）或按ctrl+M完成测量，长度单位
是像素。
7、测量结果以文本形式显示一个名为results的窗口中，可以选择保存为文本文件备用，图
中结果为1348像素，利用原有的比例尺信息可计算出实际距离，关于比例尺的设置将另外撰文介绍。