单核苷酸多态rs386585341影响miR-499a-3p下游调控免疫和血管新生的网络
单核苷酸多态性及其在畜牧兽医领域的研究进展
单核苷酸多态性及其在畜牧兽医领域的研究进展内蒙古赤峰市024031内蒙古赤峰市喀喇沁旗农牧局2内蒙古赤峰市024400 内蒙古赤峰市农牧科学研究所3内蒙古赤峰市024031内蒙古赤峰市动物疫病预防控制中心4内蒙古赤峰市024000摘要：单核苷酸多态性(SNPs)主要指基因组DNA中特定核苷酸位置的改变，如转换、颠换、插入或缺失。
序列多态性。
与其他遗传标记如限制性片段长度多态性(RFLP)和微卫星标记(STRS)相比，SNP标记有两个显著的特点。
SNP是基因组中的双等位基因，其等位基因频率在任何人群中都可以准确估计，便于高通量批量检测。
SNPs在基因组中分布广泛，具有最丰富的遗传多样性，并且许多SNPs与生物性状的变异有关，因此它们是研究遗传变异的候选基因或位点。
因此，SNP的研究有助于解释不同个体间表型性状的差异，以及不同群体和个体对疾病和环境因素反应的差异。
关键词：单核苷酸多态性；检测方法；动物；分子标记辅助育种；品种鉴定；疾病研究；一、SNP的常用检测方法1.测序法。
测序法是SNP的经典检测方法，是最直接、最准确的方法，该方法对于发现未知的SNP十分有效，检出率可达到100%，还可区分SNP的突变碱基类型和突变位置。
DNA测序技术分别经历了第一代测序技术到第三代测序技术的发展。
第一代测序代表技术是Sanger发明的双脱氧链终止法（Chain Termination Method），也称为Sanger法，人类基因组计划（Human Genome Project，HGP）采用的大规模测序技术正是基于Sanger法。
Sanger采用的是末端终止法，目前已可测长达1 000 bp的DNA片段，对每一个碱基的读取准确率可高达99.99%。
第二代测序技术意义上真正实现了高通量，测序原理为微循环阵列法，使用边合成边测序技术。
主要技术平台有454焦磷酸法平台（每个测序片段长度最大500 bp）、Solexa基因组分析仪（每个测序片段长度仅为75 bp）和SOLiD高通量测序仪。
细胞因子基因单核苷酸多态性与乙型肝炎临床转归的关系
细胞因子基因单核苷酸多态性与乙型肝炎临床转归的关系潘菁【摘要】@@ 乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)感染与慢性乙型肝炎、肝硬化、原发性肝细胞肝癌密切相关.我国是乙型肝炎的高流行区,现有慢性HBV感染者约9 300万人,其中慢性乙型肝炎患者约2 000万例[1].乙型肝炎病毒感染机体后,大部分被感染者可自发清除病毒,仅5%~10%的被感染者发展为慢性乙型肝炎.不管是病毒因素,还是宿主因素,最终都是通过影响患者免疫系统对病毒的免疫应答反应而影响乙肝的临床转归,而免疫应答状态主要由宿主的遗传因素决定.在HBV 感染中细胞因子主要通过直接抑制病毒复制和间接调节宿主免疫应答的方式发挥作用.【期刊名称】《重庆医学》【年(卷),期】2011(040)029【总页数】3页(P3009-3011)【关键词】肝炎,乙型,慢性;细胞因子类;多态性,单核苷酸【作者】潘菁【作者单位】重庆医科大学第一附属医院检验科,400016【正文语种】中文乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)感染与慢性乙型肝炎、肝硬化、原发性肝细胞肝癌密切相关。
我国是乙型肝炎的高流行区,现有慢性HBV感染者约9 300万人,其中慢性乙型肝炎患者约2 000万例[1]。
乙型肝炎病毒感染机体后,大部分被感染者可自发清除病毒,仅5%～10%的被感染者发展为慢性乙型肝炎。
不管是病毒因素,还是宿主因素,最终都是通过影响患者免疫系统对病毒的免疫应答反应而影响乙肝的临床转归,而免疫应答状态主要由宿主的遗传因素决定。
在HBV感染中细胞因子主要通过直接抑制病毒复制和间接调节宿主免疫应答的方式发挥作用。
细胞因子基因多态性,表现为单核苷酸多态性(Single nucleotidepolymorphisms,SNP),SNP是指出现在基因序列中特定位置的单个核苷酸的置换。
近来,宿主免疫相关的遗传基因多态性与HBV感染和临床转归的联系日益引起研究者们的兴趣。
单核苷酸多态SNP
单核苷酸多态SNP人类基因组计划研究成果表明，不同个体的基因都是一样的但在序列上有极小的遗传差异,即遗传多态(genetic polymorphism)，其中最主要的是单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism, SNP)。
所谓单核苷酸多态是指特定的核苷酸遗传变异在人群中出现频率大于1%，它与“种系突变(germline mutation)”在概念上的区别在于种系突变在人群中出现的频率远远<1%。
一般来说，种系突变存在于引起稀有遗传性疾病的基因编码序列，而SNP存在于整个基因组且出现的频率约为每600个碱基对左右就有1个SNP。
人类基因组中至少有300万个SNP。
研究表明，基因编码序列的SNP往往引起基因产物氨基酸的改变；非编码序列的SNP可影响基因表达水平。
所以，这些功能性SNP可造成不同个体对疾病特别是慢性复杂性疾病易感性和对药物治疗反应性的差异。
近10年来，国内外学者在研究SNP与肿瘤易感性方面进行了大量的探索，并发现一些多态等位基因与常见肿瘤易感性相关。
概括而言，这些基因主要包括：(1)致癌物代谢酶基因，(2)DNA修复基因，(3)针对感染原的免疫反应相关基因，(4)细胞凋亡和周期调控基因。
最近，SNP尤其是药物通路基因的SNP与肿瘤化疗和放疗敏感性以及毒副作用的关系也成为研究的热点。
因为SNP是性质稳定的DNA水平的生物标志、可用外周血淋巴细胞检测而取材容易、检测方法相对简单经济，所以学者们正在积极探讨利用SNP作为预测肿瘤发生和发展以及疗效和预后的生物标志的可能性。
单核苷酸多态作为肿瘤易感性标志代谢酶基因多态与肿瘤易感性大多数环境致癌物需经过代谢激活后才有致癌作用，而代谢也可以使致癌物失去活性。
因此，个体对致癌物作用的敏感性取决于代谢激活和代谢解毒的平衡。
激活活性高而解毒活性低的人可能处于易感状态，相反则可能处于低风险状态。
参与代谢内源性和外源性化学物质的代谢酶在人群中分布呈多型性，即酶的活性有很大的个体差异。
基因组单核苷酸多态性与疾病相关性分析
基因组单核苷酸多态性与疾病相关性分析基因组单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs）是指在基因组中单个碱基的变异，例如A碱基变为C碱基，这种变异常常还伴随着表现型的改变。
SNPs是研究人类遗传学和疾病遗传学的重要内容。
过去几十年来，人们在不同的人类基因组项目中鉴定了约10亿个SNPs，其中有一部分与疾病发生和进展有关。
一、SNPs对疾病的影响SNPs是人类遗传多样性的主要来源。
一个基因的SNPs可能导致蛋白质功能的改变、RNA表达的调节以及疾病的发生和进展。
SNPs对疾病的影响是复杂的，其中有些SNPs直接影响蛋白质功能，有些SNPs通过调节基因表达对功能性蛋白的产生和转运进行调节，还有些SNPs是某些疾病的标志物，通过分析这些SNPs可以更好地了解病理学。
SNPs还可以通过遗传变异与环境相互作用，影响疾病的风险。
二、SNPs与疾病的关联SNPs与各种人类疾病有关联。
目前已经有大量的研究揭示了SNPs与疾病之间的关系。
以白血病为例，白血病是一种造血系统肿瘤，包括急性髓性白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性粒细胞白血病等多种类型。
近年来，研究者发现一些SNPs与白血病的发生和进展紧密相关。
例如HOXA9基因的SNPs可以影响白血病的治疗效果和预后。
另外，MTHFR基因的SNPs与急性髓性白血病的敏感性和药物代谢也有关系。
除白血病外，糖尿病、肺癌、甲状腺癌、乳腺癌等恶性肿瘤、风湿性关节炎、心脑血管疾病等都与SNPs密切相关。
这些研究结果为临床医学的精准医学和个性化医疗提供了重要科学依据。
三、SNPs的检测技术SNPs的检测技术是通过各种方法检测DNA中的SNPs位点，从而确定基因类型。
目前常用的检测技术包括：聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）、实时荧光聚合酶链式反应（Real-time PCR）、质量分析性能较高的基因芯片、新一代测序技术等。
单核苷酸多态性与肿瘤化疗敏感性的研究进展
单核苷酸多态性与肿瘤化疗敏感性的研究进展作者：王新国刘丽萍阚锳本巴吉韩军赞梅来源：《健康必读·下旬刊》2012年第08期【中图分类号】R735.34 【文献标识码】A 【文章编号】1672－3783(2012)08－0488－01【关键词】单核苷酸多态性；肿瘤；化疗敏感性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是指在基因组内某一特定核苷酸位置上存在的碱基突变(包括转换、颠换、插入、缺失)，其在群体中的分布频率均不低于1%。
SNPs在人类基因组中广泛存在，平均每500-1000个碱基对中就有1个，估计其总数达300万个甚至更多。
理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是三或四等位多态性，因为这种变异可以是C－T （在其互补链上则为G－A）转换，也可以是C－A、G－T、C－G、A－T 颠换。
实际上，三或四等位多态性的情况较少见，几乎可以忽略，通常所说的SNP都是二等位多态性。
C－T转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异的SNP约占2/3，这种SNP是决定人类疾病（尤其是多基因疾病）易感性［1］和药物反应差异性(敏感性)［2］，作为第三代分子遗传标记，具有比第一代、第二代遗传标记高密度、稳定和易于分型检测的优势，已成为一类新的遗传标记，因而在疾病特别是多基因疾病研究领域显示了巨大的优势。
SNP有以下几点特性：1、 SNP 适于快速、自动化的筛查和基因分型：SNP是二等位基因，即二态性标记，在基因组筛查中SNP往往只需+/-的分析，而不用分析片段的长度，有利于自动化技术的应用。
2、 SNP在基因组中的相对稳定性：SNP是高度稳定的，尤其是处于编码区内的SNP（cSNP），能广泛应用于遗传分析或基因诊断。
3、用于基因分型及等位基因频率的估算：SNPs的二等位多态性特点使我们对疾病易感基因进行基因型和等位基因频率分布的研究统计中变得简便易行。
单核苷酸多态性的研究及其生物学意义_康静婷
1单核苷酸多态性及其生物学意义单核苷酸多态性（single nucleotide polymorph－ism，SNP）是指相同或不同物种个体的基因组DNA序列同一位置上的单个核苷酸存在差别的现象。
其中多态性（polymorphism）指的是形态多样性和状态（选择）多样性，在这里是基因水平上的多态性，指一个基因座位上存在多个等位基因（allele），它是基因组中发生频率最高的点突变（point mutation），在已知DNA的多态性中占了大约90%［1］。
同时，也发现每1000个碱基中就有一个会发生变异［2］，它在一个种群中的发生率至少在1%水平［3］。
因此，具体地说，SNP指的是基因组序列中单核苷酸（A、T、C和G）改变时所发生的DNA序列的多态性变化，即基因组内特定的核苷酸位置上存在2种或更多不同的碱基，其中最少一种在群体中的频率不低于1%。
诚然，单就某一个体的某个基因座位（locus）而言，最多只能有2个等位基因，分别来自父母双方的同源染色体。
但是，SNP体现了多态性的群体概念特性，即在群体中不同个体在等位基因的拥有状态上所存在的差别，这样，一个座位上可以有多于2个的等位基因。
例如，位于6p21.3（6号染色体短臂2区1带3亚带）、有220多个不同功能基因的hla［人类白细胞抗原（HLA）的基因］复合物是人体中多态性最丰富的基因系统，其等位基因的数目有1031个之多，且均为共显性（codominance）基因，如果按随机组合的方式，在人群中的基因型可达1012种之多。
可以想见，除了同卵双生之外，任何2个个体间hla相关基因型完全相同的可能性是极其微小的。
这样的多态性使得种群能够针对各种病原体产生合适的免疫应答反应，从而能够应付多变的环境因素。
另一方面，多态意味着变异多端，其中包含了诸多不同于野生或正常等位基因的致病或异常等位基因信息。
现在，在SNP数据库中报道的SNP数量已经超过了9×106个［4］。
miRNA—499及相关单核苷酸多态性在肿瘤中的研究进展
miRNA—499及相关单核苷酸多态性在肿瘤中的研究进展MicroRNAs（miRNAs）与肿瘤的关系是近几年的研究热点。
大量的实验研究表明，MicroRNAs及其相关单核苷酸多态性在基因中的调控，可能在肿瘤形成、发展、转移中发挥着主导作用。
目前随着多种新技术的出现并对MicroRNAs 研究的进一步深入，关于miR-499及单核苷酸多态性（rs3746444）与肿瘤的关联性和用于治疗肿瘤的研究有了深入进展。
本文拟就miR-499及单核苷酸多态性在肿瘤中的相关研究进展作一综述。
标签：Micorna-499；miRNA-499相关单核苷酸多态性（rs3746444）；肿瘤（乳腺癌）微小RNA（microRNA，miRNA）是一类高度保守、长度约23个核苷酸的内源性非编码单链RNA，通过与其靶基因结合而进一步发挥其调控作用。
miRNA 相关单核苷酸多态性是基因水平上因为单个核苷酸的变异引起DNA序列的多态性。
现阶段，随着基因水平研究的进一步深入，发现肿瘤的发生、发展与多数miRNA及相关单核苷酸关系密切，而且，人类在部分肿瘤正在尝试用miRNA去诊治。
1.miR-499的生成、作用及相关单核苷酸多态性miRNA-499（miR-499）是2005年由Bentwich等[1]利用计算机模拟分析和miR芯片技术新发现的一种微小RNA。
多种种属的大部分都已被确定位于Myh7b 编码基因的内含子中。
编码miRNA的基因在细胞核内RNA聚合酶Ⅱ催化下转录生成初级miRNA（pri-miRNA），而后pri-miRNA被加工成pre-miRNA即miRNA 前体，经载体输送至胞质；miRNA前体被剪切成20-25个核苷酸长度的双链成熟体miRNA，在RNA解旋酶作用下，双链成熟miRNA分解为成熟的单链miRNA 和对应的互补链，后者被水解，而成熟的单链miRNA结合到RNA诱导的基因沉默复合物（RISC）中，形成RISC复合物。
microRNA相关单核苷酸多态性与肿瘤的关系
microRNA相关单核苷酸多态性与肿瘤的关系
梁趚荔;李姝锦;倪培华
【期刊名称】《检验医学》
【年(卷),期】2014(000)005
【摘要】微小RNA（miRNA）是一类高度保守的非编码小RNA，可作用于转录及转录后调控基因的表达。
miRNA参与许多生物途径，可发挥癌基因或抑癌基因的作用。
miRNA相关的单核苷酸多态性（SNP）对于肿瘤的发生、发展有一定影响，并与肿瘤的早期诊断、预后和治疗相关。
本文综述了近年来发现的miRNA相关SNP与肿瘤关系的研究，并从miRNA基因自身多态性和miRNA靶基因的SNP两方面论述其对不同肿瘤的影响和作用。
【总页数】6页(P435-440)
【作者】梁趚荔;李姝锦;倪培华
【作者单位】上海交通大学医学院附属瑞金医院检验系，上海200025;上海交通大学医学院附属瑞金医院医学检验2009级，上海200025;上海交通大学医学院附属瑞金医院检验系，上海200025
【正文语种】中文
【中图分类】Q74
【相关文献】
1.MicroRNA靶位点单核苷酸多态性在肿瘤中的研究进展 [J], 高芬;孙小丽;罗喜平
2.microRNA结合位点单核苷酸多态性与肿瘤易感性的研究进展 [J], 王梦洁;孟碧;
刘阳晨
3.肿瘤中MicroRNAs与NF-κB关系的相关研究进展 [J], 孙蕾娜(综述);孙保存(审校)
4.MicroRNA相关单核苷酸多态性与眼部疾病关系的研究进展 [J], 张沐;康丽华;管怀进
5.精神分裂症相关单核苷酸多态性调控microRNA功能研究进展 [J], 梁文权; 侯豫; 赵存友
因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
单核苷酸多态rs386585341影响miR-499a-3p下游调控
免疫和血管新生的网络
丁素玲;张志伟;杨茜洋;朱宝玲;张伟伟;王翔飞;杨向东
【期刊名称】《中国动脉硬化杂志》
【年(卷),期】2022(30)4
【摘要】目的发生在microRNA基因前体或成熟序列或靶基因3′非翻译区结合位点的单核苷酸多态性(SNP)可能通过影响microRNA对靶基因的识别调控过程,参
与许多疾病如肿瘤、神经系统疾病、肌肥大、心血管疾病等的发生发展过程。
本研究采用生物信息学技术分析位于miR-499a-3p种子序列第4位的SNP
rs386585341 A>G可能影响生物学过程及信号通路。
方法应用RNAfold数据库
预测rs386585341 A>G是否影响pre-miR-499a的二级结构,分别构建pre-
miR-499a-A和pre-miR-499a-G过表达质粒检测rs386585341 A>G是否影响
成熟miR-499a的表达,利用基因表达谱芯片和生物信息学分析rs386585341
A>G对miR-499a-3p功能的影响,取差异基因表达谱和TargetScan靶基因交集,
分析rs386585341不同等位点miR-499a-3p-A和miR-499a-3p-G靶基因差异。
结果rs386585341 A>G不影响pre-miR-499a的二级结构,也不影响成熟miR-499a-5p和miR-499a-3p的表达水平,但影响成熟miR-499a-3p调控的靶基因网络。
取差异表达基因(DEG)谱行GO和pathway分析,发现miR-499a-3p-A和miR-499a-3p-G展示不同的生物学功能,miR-499a-3p-A的下游基因网络主要富集在免疫调控方面,而miR-499a-3p-G的下游基因网络主要富集在血管新生方面;
下调表达基因和TargetScan靶基因交集分析得到4个miR-499a-3p-A直接靶基因(Spry2、Pcnx、Ndufa5及Tcf7l2),而未能得到miR-499a-3p-G直接靶基因,提
示miR-499a-3p种子区域第4号位由A转换成G后,调控靶基因方式可能由促进靶基因mRNA的降解转换为仅抑制靶基因的蛋白翻译。
结论rs386585341 A>G 可能通过影响miR-499a-3p下游调控网络在免疫和血管新生方面发挥功能。
【总页数】9页(P295-303)
【作者】丁素玲;张志伟;杨茜洋;朱宝玲;张伟伟;王翔飞;杨向东
【作者单位】复旦大学附属中山医院心血管研究所;复旦大学附属中山医院生殖医学中心;复旦大学生物医学研究院;复旦大学附属中山医院吴淞医院心内科
【正文语种】中文
【中图分类】Q81
【相关文献】
1.血管内皮生长因子反义寡脱氧核苷酸联合血管生成素-1对糖尿病视网膜病变大鼠视网膜血管渗漏及新生血管生成的影响
2.S100β基因单核苷酸多态性对miRNA 靶向调控的影响
3.核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3炎症小体对糖尿病性视网膜病变新生血管形成和血管拟态标志物的影响
4.α_(2A)-肾上腺素能受体基因调控区单核苷酸多态性对基因转录活性的影响
5.基于整合生物信息学和网络药理学策略探索CD14+免疫细胞调控白塞病血管炎症免疫的生物分子网络的机制
因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。