肿瘤与基因PPT课件

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显微切割+直接测序
激光捕获显微切割
原理：利用紫外激光对生物样本进行 切割和分离，通过弹射装置将 目的细胞收集于EP 管内。 功能：通过从诊断明确的组织中切取 获得的细胞或细胞成份，提取 核酸，可用于PCR 、DHPLC 等。
切割之前的目的癌巢
切割之后，可见目的癌 巢已取走
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Mutation-riched PCR
原理：利用ras基因家族某个密码子部位存在已知的限制性内切酶位点， 如K-ras基因第12密码子的BstNI位点，第13密码子有BgⅠⅡ位点。用 连续二次的巢式PCR来扩增包括K-ras第12、13密码子的DNA片段，在 两次扩增反应之间用相应的内切酶消化扩增的DNA片段，野生型因被 酶切而不能进入第二次PCR扩增，而突变型则能完整进入第二次PCR扩 增并得到产物的富集。
测序技术发展历程
Ion Semiconductor Sequencing （2011） Next-Gen Sequencing （2005以后） Sanger Sequencing （1977）
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直接测序法
原理：双脱氧终止法 特点：直接测出碱基序列，明确突变 类型。耗时长：2~3天。
Frederick Sanger 13 August 1918 – 19 November 2013)
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ARMS 方法
原理：等位基因特异性扩增法（Allele Specific Amplification，ASA ）建立于1989年，是PCR技术应用的发展，也称扩增阻滞突变系统 （Amplification Refractory Mutation System ， ARMS）、等位基 因特异性PCR（Allele Specific PCR， ASPCR）等。
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第二代测序技术：核心思想是边合成边测序（Sequencing by
Synthesis)，即通过捕捉新合成的末端的标记来确定DNA的序列，现有的 技术平台主要包括Roche/454 FLX、 Illumina/Solexa Genome Analyzer 和Applied Biosystems SOLID system。

把一个人的DNA全展开，长度相当于从地球到太阳610
次。
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肿瘤是一种环境因素与遗传因素相互作用导致的疾病, 大多数的 环境致病因素的致癌作用都是通过影响遗传基因起作用的。
人 类 基 因 组
环 境 因 素
物理因素 化学因素
生物因素 体内微环境
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基因变异的类型
癌基因：点突变（K-Ras、H-Ras）、插入突变（Int-2）、扩增（myc, erbB 、Ras）、重排（Trk、Ret）染色体易位（Bcr/Abl、Bcl-2）、低 甲基化（ER、PR）。 抑癌基因：突变（P53、P16）、丢失（Rb、P53）、失活（DCC）、 高甲基化。 促进肿瘤转移的基因（MTA1、C-KIT、EF1A） 抑制肿瘤转移基因(nm23-H1 、BRMS1、H2-K、KISS1)
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基因检测与肿瘤？
风险预测
早期筛查 鉴别诊断
临床分期
预后判断
治疗选择
疗效判断
复发监控
我是否易 得某种肿 瘤？
我现在 是否可 能有肿 瘤？
如： CtDNA CTC PSA CEA AFP ……
我的肿 瘤是什 么类型 的？
如： EML4-ALK HER2 MSI ……
我的肿 瘤扩散 了吗？
我的肿 瘤会如 何进展？
第三代测序技术：采用单分子读取技术，不再需要PCR扩增步骤，进
一步降低了测序成本。包括单分子即时DNA测序、HeliScope单分子测序 、基于荧光共振能量转移的即时DNA测序、纳米孔单分子测序。
纳米微孔测序原理
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荧光定量PCR
原理：应用一对双标记Taqman探针，分别针对双等位SNP的不同基因型， 只有完全匹配的探针扩增出各自对应的基因型；用两种荧光染料Fam， Hex（Vic）分别标记这两种探针，就可以在一次PCR反应中完成对单个 SNP位点的基因型判定。 特点：针对固定的已知突变、操作简便、耗时短（2h）
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一个人的基因组信息要用3GB的光盘存储。
一个人每分钟敲击60字，每天工作8小时，50年才能
全部记录一个人的DNA信息。 每个人体内都有数万亿细胞，每个细胞的细胞核内
都有46个（23对）染色体。
每个独立染色体就叫DNA。 如果展开，仅一个细胞内的DNA就能有1.83米，如果
如： CTC Ct-DNA ……
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基因检测方法介绍
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基因变异的检测方法
显微切割+直接测序 测序法
荧光定量PCR法
ARMS 方法 Mutation-riched PCR
PCR-SSCP
甲基化的检测（Northern印迹，Western印迹，HRM） FISH CtDNA ......
肿瘤与基因
人类基因组计划
人类基因组计划（HGP）于1990年正式启动了2003年完成了所有研究 目标。已完成的基因序列图覆盖了人类基因组99%的区域，精确率达 到了99.99%。那是一部长达100万页，每页3，000个字符的巨著！
诺贝尔获得者杜伯克曾说:人类的DNA序列是人类的真谛，这个世界上 发生的一切事情，都与这序列息息相关。
最适合 我的治 疗是什 么？
如： EGFR ERCC1 HER2 ……
我的治 疗起作 用了吗？
我的肿 瘤回来 了吗？
如： CTC Ct-DNA ……
如： BRCA1/2 CDH1 APC MMR RET ……
如： CTC Ct-DNA ……
如： 21基因 CTC 放疗敏感 PAM50 MSI 放疗毒副 ……
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肿瘤的发生源于遗传物质DNA的改变 这种改变是多步骤完成的多个基因变化的细胞进化过程 不仅癌基因之间有协同作用，癌基因与抑癌基因之间也存在协同作用
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基因检测
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基因检测的分类
诊断性基因检测
多数用于有症状单基因疾病诊断
单基因疾病症状出现前的诊断 预测性基因检测 数用于多基因常见疾病的遗传风险预测 个体化用药基因检测 多用于指导临床药物治疗