NCBI查基因 编码区 启动子区 外显子
基因启动子序列的查找
启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因mRNA的详细信息界面
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启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因mRNA的详细信息界面，找到exon（第一外显子）的位置：1-174bp
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启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； •进入P53基因FASTA信息的界面，确定第一外显子的长度： •第一外显子位于基因5’端1-174bp的位置，由于基因为从右向左反向转录，第一外 显子位于启动子（ 7687550-7689550bp ）的左侧174bp：7687376--7687550bp； •第一外显子+启动子： 7687376--7689550bp
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启动子序列的查找
4、下载启动子区与第一外显子区的序列；下载启动子区与第一外显子区的序列； 数据保存为FASTA格式，用word打开。
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启动子序列的查找
4、下载启动子区与第一外显子区的序列； 去除序列中的段落标记：Word-查找替换-特殊格式-段落标记-全部替换
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启动子序列的查找 1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）
选择特定物种的P53基因，例如human.
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启动子序列的查找
1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例） 获得human p53基因的详细信息
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启动子序列的查找
2、确定此基因在染色体上的位置和转录方向（正向/反向）； •在染色体上的位置： Chromosome 17 - NC_000017.11 •转录方向：从右向左，反向转录，说明启动子区与第一外显子区位于 此段基因的右侧。
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基因序列查找
基因组区域，转录，产出：p53基因在不同转录本中的信息—点击GenBank
一步一步教你使用NCBI查找DNA
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
应用UCSC_Ensembl查找基因启动子(promoter)、内含子、外显子序列-表观遗传学论坛-生物秀论坛
在讲述某个基因的启动子查询之间，我们有必要对基础知识进行一下复习和总结。
先看一下中心法则：启动子是在DNA转录为RNA这一步过程中发挥作用的，在此要与顺序数为负（-1，-2，……），向下游（3’端）数的碱基为正（+2，+3，……）区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于为/。
进入项Genome Browser,进入基因组浏览器入口，如下图在Organism的下拉菜单中选择Rat，在assembly的下拉菜单中选择最新日期Nov. 2004可，如下图所示：然后点击Submit，返回的页面如下：结果显示该基因的已知序列和相关mRNA序列，点击Known Gene中的第一个序列，出现包含这序列的图解概要。
为了获得这个区域更清晰的图像，可以点击紧靠zoom out的1.5X按钮，如下图：对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。
起连接作用的内含子以非常细的线条表示。
翻译的方向由沿着细线的箭头指示。
本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。
按照视图利用页面底部的Track Controls按钮，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。
在考虑这些路径内究竟存在那些资料之前，对这些路径的内容和表现做一个简要的讨论是必要的，许多这些讨论是由外界提供给UCSC的。
Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。
Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较。
若查询启动子区域，我们需要将Ensembl Genes选择为dense 或full模式，点击Refresh，即刷新，出现下图：图中多出了Ensembl Genes的预测路径，我们在红框中圈出。
利用Pubmed Map viewer查找基因序列
利用Pubmed Map viewer查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）来源：dxy/lovelifeangel 发布时间：2009-09-22 查看次数：2234下面以大鼠（rattus norvegicus）的结缔组织生长因子（C T G F）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer页面，网址/mapview/index.html在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。
我也推荐大家使用这个序列。
4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA 格式，还有一个是GenBank 格式。
我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。
6．在Sequence Format 后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。
一步一步教你使用 NCBI 查找DNAmRNAcDNAProteinpromoter引物设计BLAST 序列比对等
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
寻找启动子区域和预测转录因子结合位点
寻找promoter区域
•
genomes
• 在clade选择Mam的数据库，gene中输入ANKH
• 点击Tables
• 在track中选择RefSeq Genes，在output format中选择sequence
• 复制白底黑色区域即为promoter区域。
白底黑字 为启动子
区域
紫底黑字 为基因区
域
粉底黑字为编 码区，ATG为 启示密码子
寻找promoter区域
• 在前两张幻灯片中选择FASTA • 在右边Change region shown输入到 • Display options选择Show reverse complement • 可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一个bp的差距，可
• 点击get output。 选择genomic。
寻找promoter区域
• 选择Promoter/Upstream by 2000 bases • Exons in upper case, everything else in lower case外显子大写，其他小写
寻找promoter区域
寻找promoter区域
• /index.htmlhuman 输入 ankh • 选择Gene，点击 GeneID ENSG • 点击左边的Export data
寻找promoter区域
• 5 Flanking sequence 输入2000 • Options for FASTA sequence中Genomic选5 Flanking sequence， • deselect all • 点击Next（不管正反此法都适用）
• 选择Promoter/Upstream by 2000 bases • Exons in upper case, everything else in lower case外显子大写，其他小写
NCBI_功能详细介绍
NCBI_功能详细介绍NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物医学和基因组学研究数据的资源库和数据库。
NCBI的主要目标是促进和推动生物医学研究的发展，并为科学家、医生和公众提供相关信息。
NCBI提供了各种各样的数据库和工具，用于存储、检索和分析生物医学和基因组学数据。
下面是一些NCBI提供的主要功能的详细介绍：2. GenBank：GenBank是一个基因序列数据库，存储了全球范围内的基因序列数据。
研究人员可以通过GenBank获得基因序列和相关信息，用于基因功能研究、进化分析和生物信息学研究。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对工具，用于比对给定的DNA、RNA或蛋白质序列与NCBI数据库中的序列。
BLAST可以帮助研究人员确定新序列的相关性，并找到与其相似的序列。
4. Entrez：Entrez是一个综合性的引擎，可以对NCBI的不同数据库进行全文。
研究人员可以通过Entrez进行文献检索、基因和蛋白质注释、序列比对等操作，方便地获取各类生物学数据。
5. PubChem：PubChem是一个化学物质数据库，存储了数百万种化合物的化学结构和相关信息。
研究人员可以通过PubChem化合物的属性、药理学和毒理学数据，以及相关的文献信息。
6. OMIM：OMIM（Online Mendelian Inheritance in Man）是一个遗传疾病数据库，提供了人类遗传疾病的基因和表型信息。
研究人员可以通过OMIM了解各种遗传疾病的发病机制、遗传模式以及相关基因的功能。
7. RefSeq：RefSeq是一个参考序列数据库，存储了各个物种的基因组和转录组序列。
RefSeq提供了基因的注释信息，包括基因的外显子、内含子、启动子、终止子等区域的序列。
NCBI使用方法介绍
NCBI使用方法介绍一、Map viewer查找基因序列，RNA，启动子下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1、A. 打开Map viewer页面，网址为在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。
2、B. 点击“GO”：C. 在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter：说明一下：1.1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
1.2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。
我也推荐大家使用这个序列。
1.3、点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，1.4、点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank 格式。
我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。
1.5、在Sequence Format后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。
在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。
你会看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA 片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。
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问题：NCBI中怎样查找编码区/非编码区、起始密码子、启动子、外显子/内含子。
启动子
一般定义启动子，都是upstream 1000bp，downstream1000bp的那段序列。
或者根据你的实验。
你去ensemble，输入基因，找到exon，点开，在configuration里面选好flank多少bp 的序列，选好之后自动刷新，就出来了。
在序列里面，ensemble用不同的颜色标出来不同区域，5‘UTR之类的，还有exon，intron，转录起始位点等等，flank的区域就是你选的promoter 了。
开放阅读框
在分子生物学中，开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)从起始密码子开始，是DNA序列中具有编码蛋白质潜能，一段无终止密码子打断的碱基序列。