Ampliseq外显子数据分析流程-用户手册

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 目录 1. Ion Torrent 信息平台简介 .......................................................................................................................  1  2. 基于 Torrent Suite 的数据分析流程 .......................................................................................................  2  2.1 测序质量控制  ..................................................................................................................................... 2  2.2 比对  ..................................................................................................................................................... 3  2.3 扩增子覆盖度分析.............................................................................................................................  5  2.4 变异位点检测 .................................................................................................................................... 6  3. 基于 Ion Reporter 的数据分析流程 ........................................................................................................  8  3.1 丰富的注释信息  ................................................................................................................................. 8  3.2 强大的分析过滤器 ...........................................................................................................................  10  3.3 生产最终报告  ................................................................................................................................... 11     1. Ion Torrent 信息平台简介          Ion  Torrent 测序技术平台，提供的不仅仅是一个测序仪器，而是包含数据分析流程在内的一 整套解决方案。

  Torrent  Suite（TS）和 Ion  Reporter  （IR）两大系统完成了测序数据的处理、分析 以及生成报告等整个过程。

TS 系统主要负责测序和数据的常规分析，IR 系统主要完成对数据的生 物学功能注释以及对结果的解读和生成报告。

其数据流及分析流程如图 1 所示，测序过程经过信 号处理（Signal  Processing）和碱基读出（Base  Calling）两个主要步骤获得序列数据；序列数据在 TS 上可以完成比对（Alignment）和变异读出（Variant  Call）等常规操作。

在 TS 上所得的数据可以  1 / 12   用   户  手  册     ‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐  直接传递到 IR 系统，由 IR 系统内置的分析模块完成生物学功能注释等重要步骤。

IR 系统是一个 整合生物信息分析系统，内置丰富的 Ampliseq 数据分析流程（Workflow），不仅能够完成单一样 本的生物学功能注释，而且能够完成双样本或三样本的比较分析。

这些分析流程可以自动完成， 给变异位点附加丰富的生物学功能注释，并提供用户友好的图形交互界面让分析人员轻松便捷地 完成数据的解读，生成报告。

注释资源包含基因区域、遗传密码子变化、氨基酸变化、GO 注释、 药物靶点等等（详细列表见附录表 1），可以给分析人员提供充足的生物学信息。

  图 1：Ion Torrent 技术平台数据流, Ampliseq 数据分析流程及相关信息处理模块  2. 基于 Torrent Suite 的数据分析流程 2.1 测序质量控制         测序质量将直接影响后续数据分析的结果。

在数据下机之前，  TS 系统会按照严格的质控指标， 对数据进行过滤和筛选。

如图 2  所示，经过一系列的过滤程序，最后下机数据（ Final  Library  Reads）可以直接用于后续的分析流程。

下机数据以通用文件格式 BAM 保存，  TS 后续的数据分析 将基于 BAM 文件展开。

同时 TS 系统提供文件转换插件（File  Exporter），可以方便地自动或手动 将 BAM 文件转换成其它通用格式，如 FASTQ 等。

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  Wells with ISP: 表示微孔中成功加载微珠的数量及比例，此参数一般高于 60%。

  Live ISP：表示可用的微珠数量及比例，此参数一般高于 90%。

  Live Library：表示载有待测模板的微珠数量及比例，此参数一般高于 90%。

  Polyclonal: 表示多克隆（一个微珠上多个待测模板）数量及比例，此参数一般低于 50%。

  Primer Dimer：表示引物二聚体的微珠数量及比例，此参数一般低于 10%。

  Low Quality: 表示低测序质量的微珠数量及比例，此参数一般低于 20%。

   2.2 比对          数据通过第一步的质量控制之后，如果提供了参考序列（reference），TS 系统将会自动进行 比对分析。

使用其内置的比对软件 TMAP（Torrent  Mapper）将测得的各条序列（reads），定位到 基因组上，得到 reads 在基因组上的位置。