基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法与相关技术

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超分辨率显微镜技术在神经科学中的应用

超分辨率显微镜技术在神经科学中的应用

超分辨率显微镜技术在神经科学中的应用随着科技的不断进步,神经科学领域得到了越来越多的关注和研究。

在这一领域中,超分辨率显微镜技术的发展和应用,为神经科学的研究提供了重要的工具和手段。

本文将从超分辨率显微镜技术的原理、发展历程以及在神经科学中的应用方面进行阐述。

一、超分辨率显微镜技术的原理超分辨率显微镜技术,是在传统显微镜技术基础上发展而来的一种新型显微镜技术。

它的原理是通过利用物质吸收和辐射光的特性,来实现对样本超出传统衍射极限之上的分辨率成像。

这种技术主要通过激光光源和适当的成像系统来实现。

二、超分辨率显微镜技术的发展历程早期的显微镜技术是基于光学原理和衍射原理的。

由于物质吸收和辐射光的特性限制,使得其分辨率有着严格的下限,即约为半波长。

这就限制了研究人员对样本的观察能力。

在这样的情况下,超分辨率显微镜技术的发展成了必然的趋势。

2006年,沃尔夫·格雷博、詹妮弗·吉恩斯、埃里克·贾拉德等科学家发明了“受控斑点激发”技术,从而在某种程度上解决了显微镜技术分辨率的限制。

此技术可在不同制样方式下,实现分子密度从7nm到200nm及其以上的分辨率成像,使得超分辨率显微镜技术迎来了爆发式的发展。

之后,又陆续发展出束缚光学显微镜(STED),临界定获准光学显微镜(PALM)、显微光片聚焦(MPF)等多种技术,使得超分辨率显微镜技术在分子生物学、神经科学等领域应用日益广泛。

三、超分辨率显微镜技术在神经科学领域中的应用主要有两个方面:一是结构生物学,即研究神经元的形态和结构;二是功能神经学,即研究神经元的活动和功能。

在结构生物学方面,超分辨率显微镜技术可以实现对神经元细胞膜、突触等结构的高分辨率成像。

例如,发明PALM技术的科学家可以利用此技术成像单个分子,从而实现对神经元细胞膜亚微米级的分辨率成像,大幅提高了对神经元的研究精度。

在功能神经学方面,超分辨率显微镜技术可以实现对神经元细胞信号传导的成像。

基于深度神经网络的图像超分辨率重构算法研究

基于深度神经网络的图像超分辨率重构算法研究

基于深度神经网络的图像超分辨率重构算法研究图像超分辨率重构是在低分辨率图像的基础上通过算法提高图像的清晰度和细节。

而基于深度神经网络的图像超分辨率重构算法是近年来在图像处理领域取得重要进展的一种方法。

本文将对这种算法进行研究和分析。

首先,深度神经网络是由多层非线性处理单元组成的神经网络模型。

它能够通过学习大量图像样本的特征和规律,实现对图像的高级抽象和表示。

在图像超分辨率重构中,深度神经网络可以学习低分辨率图像与高分辨率图像之间的映射关系,从而实现对低分辨率图像的重构和增强。

基于深度神经网络的图像超分辨率重构算法可以分为两个主要步骤:训练和重建。

首先是训练阶段。

在这个阶段,我们需要准备一组包含低分辨率图像和对应的高分辨率图像的训练样本。

然后,我们将这些样本输入深度神经网络模型进行训练。

训练的目标是通过调整网络模型的参数,使得模型能够准确地学习低分辨率图像与高分辨率图像的映射关系。

为了达到更好的效果,可以使用一些优化算法,如卷积神经网络、残差网络等,来提高模型的学习能力和泛化能力。

接下来是重建阶段。

在这个阶段,我们使用训练好的深度神经网络模型对新的低分辨率图像进行重建。

具体地说,我们将输入低分辨率图像送入模型,模型将根据训练时学到的映射关系对图像进行重建,并生成对应的高分辨率图像。

通过这个过程,我们可以得到更清晰、更详细的图像。

基于深度神经网络的图像超分辨率重构算法具有以下几个优点:首先,它能够充分利用大量的训练样本,学习到低分辨率图像与高分辨率图像之间的映射关系。

这使得算法能够更好地适应不同类型的图像,并获得更好的重建效果。

其次,它能够处理复杂的图像内容,包括纹理、细节等。

深度神经网络通过多层非线性处理单元的组合,能够学习复杂的图像特征,并对图像进行更精细的重建。

此外,基于深度神经网络的图像超分辨率重构算法还可以进行实时重建。

由于网络模型的高效计算能力,可以在较短的时间内对图像进行重构,满足实时图像处理的需求。

基于扩散神经网络的图像超分辨率重建研究

基于扩散神经网络的图像超分辨率重建研究

基于扩散神经网络的图像超分辨率重建研究概述:随着科技的不断发展,高清晰度图像的需求越来越大。

然而,由于硬件设备的限制,往往无法直接获得高分辨率的图像。

因此,图像超分辨率重建成为一个热门研究课题。

本文将介绍一种基于扩散神经网络的图像超分辨率重建方法,并深入探讨该方法在实际应用中的效果和局限性。

1. 引言在图像超分辨率重建任务中,目标是通过输入的低分辨率图像重构出高分辨率图像。

传统的方法通常基于插值或边缘保持的技术,然而,这些方法在图像细节重建上往往效果不佳。

随着深度学习的兴起,扩散神经网络(Diffusion Neural Networks)被引入到图像超分辨率重建中。

2. 扩散神经网络原理扩散神经网络是一种基于图像扩散的马尔可夫随机过程,它模拟了信息在图像上的传播过程。

其工作原理是通过在网络中引入不同的扩散过程,逐步学习并预测出高分辨率图像中缺失的细节。

扩散神经网络通过迭代多个步骤,每一步都进行信息传递和更新,最终实现图像超分辨率重建的目标。

3. 扩散神经网络的训练为了使用扩散神经网络进行图像超分辨率重建,首先需要进行网络的训练。

训练数据通常包括一组低分辨率图像和对应的高分辨率图像。

通过将低分辨率图像输入到网络中,并与高分辨率图像进行比较,通过优化算法不断调整网络参数,使网络能够预测出高分辨率图像中缺失的部分。

4. 实验结果和分析在图像超分辨率重建任务中,我们使用了一组包含低分辨率图像和高分辨率图像的数据集进行实验。

通过将这些图像输入到训练好的扩散神经网络中,我们得到了重建后的高分辨率图像。

实验证明,基于扩散神经网络的图像超分辨率重建方法相比传统方法在保留细节和生成更清晰图像方面具有明显优势。

然而,该方法在处理大尺寸或复杂结构的图像时存在一定的局限性。

由于扩散神经网络的计算复杂度较高,对于大型图像可能需要较长的运行时间。

此外,当图像中存在复杂的纹理或特征时,网络可能无法完全恢复出原始图像的细节。

基于深度神经网络的图像超分辨率技术研究

基于深度神经网络的图像超分辨率技术研究

基于深度神经网络的图像超分辨率技术研究近年来,随着互联网技术的快速发展和普及,人们对于图像的需求越来越大,而高分辨率图像对于很多行业和应用来说至关重要。

然而,由于相机拍摄的图像像素太低或者传输过程中出现信号损失,致使许多图像面临像素丰富度低的问题。

这时,图像超分辨率技术便应运而生。

图像超分辨率技术可以对低分辨率图像进行放大处理,生成高分辨率的图像。

而基于深度神经网络的图像超分辨率技术则是目前较为热门的研究方向之一。

I. 深度神经网络简介深度神经网络是一种人工神经网络模型,它可以模拟人脑神经网络中的信息处理方式,实现学习和决策的自动化。

深度神经网络可以将许多层神经元组成的层级结构连接在一起,进行信息处理,以实现对数据的分类、识别和分析等。

深度神经网络因其强大的处理能力和准确性,已在许多领域得到广泛应用,如计算机视觉、语音识别、自然语言处理等。

II. 图像超分辨率图像超分辨率是指对低分辨率图像进行处理,生成高分辨率图像的过程。

与传统图像放大算法相比,图像超分辨率技术可以提高图像的像素丰富度和清晰度。

技术实现方法主要包括插值算法和基于模型的算法。

插值算法可以通过在像素之间进行插值,实现图像放大,但其处理效果往往不够优秀。

基于模型的算法利用图像局部结构和平滑性先验知识,更加准确地去恢复图像的高频细节。

III. 基于深度神经网络的图像超分辨率技术基于深度神经网络的图像超分辨率技术是一种基于神经网络模型的图像恢复方法。

该方法将高分辨率图像与低分辨率图像映射到网络中,利用神经网络的特征提取能力和非线性建模能力,对低分辨率图像进行深度处理,实现高分辨率图像的恢复。

该技术的研究重点在于深度神经网络的构建和优化方法。

IV. 深度神经网络的构建方法深度神经网络的构建可以分为四个基本步骤:输入、中间层、输出层和损失函数。

输入层是低分辨率图像,输出层是高分辨率图像,中间层可以包括卷积层、池化层和全连接层等,用于提取图像特征。

基于神经网络的图像超分辨率重构算法实现与应用

基于神经网络的图像超分辨率重构算法实现与应用

基于神经网络的图像超分辨率重构算法实现与应用在图像处理领域,超分辨率重构技术是一种常见的方法,它能够通过计算机的运算,将低分辨率的图像重构成高分辨率的图像,从而提高图像的清晰度和质量。

近年来,基于神经网络的图像超分辨率重构算法得到了广泛的关注和应用,具有很高的实用价值和研究意义。

一、神经网络技术在图像处理中的应用神经网络技术是一种模拟人脑神经系统的高级算法,它通过多层次的神经元相互连接,将输入信号转化为输出信号。

在图像处理中,神经网络技术可以用来实现图像分类、图像识别、图像重构等任务。

与传统的图像处理技术相比,神经网络技术具有自适应、自学习、非线性映射等优点,能够更好地处理图像数据。

二、图像的超分辨率重构图像的超分辨率重构是一种通过计算机运算将低分辨率图像重构成高分辨率图像的技术。

由于传感器或者采集设备的限制,一些图像数据在获取时只能获得较低的分辨率,使得图像的清晰度和细节信息都受到了限制。

但是在某些应用场景下,我们需要获得更高分辨率的图像,这时就需要使用超分辨率重构技术。

超分辨率重构有两种常用方法:插值法和基于模型的方法。

插值法简单易用,但是无法有效提高图像质量和清晰度。

基于模型的方法则需要根据图像的特征,构建合适的数学模型来进行运算。

近年来,基于神经网络的方法得到了广泛的研究和应用,具有更高的准确度和鲁棒性,可应用于超分辨率图像重构任务。

三、基于神经网络的图像超分辨率重构算法基于神经网络的图像超分辨率重构算法主要分为两种:单图像超分辨率重构算法和多图像超分辨率重构算法。

单图像算法通过学习训练数据集,构建神经网络模型,将低分辨率的图像映射到高分辨率空间。

可以使用卷积神经网络、循环神经网络、对抗生成网络等,通过反向传播等算法来优化神经网络模型,以达到更好的重构效果。

多图像算法则利用多张低分辨率图像和其高分辨率对应图像之间的相关性,构建起图像的高分辨率模型。

这种算法能够有效地提高模型的复杂性和精度,适用于一些需要大量图像交叉验证的任务。

基于神经网络的图像超分辨率重建技术研究与优化

基于神经网络的图像超分辨率重建技术研究与优化

基于神经网络的图像超分辨率重建技术研究与优化图像超分辨率重建是一种通过提高图像分辨率的方法,目的是从低分辨率图像中恢复出高分辨率细节。

随着神经网络技术的快速发展,基于神经网络的图像超分辨率重建技术在近年来取得了显著的进展。

一、神经网络在图像超分辨率重建中的应用神经网络是一种基于类似人脑神经元结构的计算模型,通过训练样本和反向传播算法可以实现输入与输出之间的映射关系。

在图像超分辨率重建中,神经网络可以通常用于两个方面:超分辨率预测和超分辨率优化。

首先,神经网络可以用于超分辨率预测,即通过直接将低分辨率图像作为输入,预测其对应的高分辨率图像。

这种方法通常需要大量的高低分辨率图像对进行训练。

常用的神经网络模型包括基于卷积神经网络(CNN)的SRCNN、FSRCNN以及基于生成对抗网络(GAN)的SRGAN等。

这些模型通过学习低分辨率与高分辨率图像之间的映射关系,能够较好地恢复出高分辨率图像的细节。

其次,神经网络还可用于超分辨率优化,即在预测得到的高分辨率图像基础上,通过进一步优化提高图像质量。

例如,使用残差学习方法,将低分辨率图像与预测得到的高分辨率图像之差(残差)作为输入,再次对图像进行优化,以进一步提高图像的细节恢复程度。

此外,还可以通过引入感知损失函数,根据图像的感知质量指标来指导网络进行优化,以提高重建图像的质量。

二、神经网络图像超分辨率重建技术的优化尽管基于神经网络的图像超分辨率重建技术已经取得了显著的成果,但仍存在一些问题和挑战,需要进一步进行优化。

首先,在训练集方面,神经网络的性能受到训练数据的质量和多样性的限制。

对于低分辨率图像到高分辨率图像的映射关系,训练数据应该尽可能地涵盖各种场景和图像特征。

因此,收集大规模、丰富多样的训练数据对于提高网络的泛化能力和鲁棒性非常重要。

其次,在网络设计上,优化网络结构和参数设置对于提高图像超分辨率重建的效果也有一定的影响。

例如,通过增加网络深度、加入更多的卷积核和池化层等可改善网络的学习能力和特征提取能力。

超分辨率成像技术及其应用

超分辨率成像技术及其应用近年来,随着科学技术的不断发展,超分辨率成像技术逐渐成为研究热点。

这种技术通过提高图片的分辨率,使观察者能够得到更准确、更清晰的图像,从而开拓了科技研究的新门路。

本文将重点阐述超分辨率成像技术的原理及其应用领域。

一、超分辨率成像技术的原理超分辨率成像技术是一种利用计算机算法实现图像分辨率增强的技术。

在传统的成像过程中,分辨率是由感光元件和光学透镜的分辨能力决定的,分辨率的提高需要提高光学系统的分辨率或增大成像器件的像素数,这往往需要更高的成本和更复杂的设备。

而超分辨率成像技术则通过数学算法对多幅低分辨率图像进行整合、重构,形成更高分辨率的图像。

这种技术使得计算机能够在固定的像素数下实现更高的图像分辨率,同时也减少了成像设备的投入成本。

超分辨率成像技术的主要方法有三种:插值、超分辨率重建和基于深度学习的超分辨率重建。

其中,插值方法是最简单、最容易实现的一种方法,具体是通过对低分辨率图像进行像素插值,从而得到一个更高分辨率的图像。

超分辨率重建方法则是利用低分辨率图像中携带的信息进行像素补全,从而实现对图像的增强。

而基于深度学习的超分辨率重建方法则是利用深度学习中的卷积神经网络进行图像修复,从而实现对图像的超分辨率重构。

在这三种方法中,基于深度学习的超分辨率重建方法具有最高的准确度和鲁棒性。

二、超分辨率成像技术的应用领域超分辨率成像技术具有广阔的应用前景。

在医学影像领域中,超分辨率成像技术可以帮助医生更准确、更快速地诊断疾病,提高医疗效率。

例如,针对胰腺癌的诊断,超分辨率成像技术能够显示更细微的细节,并且可以帮助医生确定更准确的诊断结果。

在安防领域中,超分辨率成像技术可以帮助警察更快速地发现犯罪嫌疑人。

例如,在犯罪现场采集的低分辨率图像中,超分辨率成像技术可以增强图像,使嫌疑人的面部特征更为明显,从而更方便民警开展抓捕工作。

在航空航天领域中,超分辨率成像技术可以帮助科学家更加清晰地观察航天器或卫星上的目标物体,从而更好地了解宇宙环境。

基于神经网络的图像超分辨率技术的研究与实现

基于神经网络的图像超分辨率技术的研究与实现图像超分辨率技术是一项重要的计算机视觉领域的研究,旨在从低分辨率图像中重建出高分辨率图像。

通过图像超分辨率技术,可以提升图像的清晰度和细节,使得图像在进行放大或是细节展示时更加清晰明了。

题目所探讨的基于神经网络的图像超分辨率技术,其研究和实现已经有了很大的突破和发展,本文将对该技术进行深入的阐述。

一、超分辨率技术的发展历程图像超分辨率技术的发展可以追溯到上个世纪六十年代。

当时,人们主要使用一些插值算法进行超分辨率的重建,这些算法主要包括双线性插值、三次样条插值等。

但由于这些算法仅仅是对像素进行简单的插值计算,对于图像整体的细节和结构的重建效果并不好,也无法解决图像模糊和噪声等问题。

直到近年来,随着深度学习技术的飞速发展,基于神经网络的图像超分辨率技术开始成为热门的研究课题。

通过使用卷积神经网络和生成对抗网络等深度学习算法,图像超分辨率技术的效果有了长足的进步,也在逐步实现从理论到实践的转化。

二、基于神经网络的图像超分辨率技术基于神经网络的图像超分辨率技术主要包括两种模型:超分辨率重建模型和超分辨率生成模型。

1. 超分辨率重建模型超分辨率重建模型的原理是从低分辨率图像中重构出高分辨率图像。

这种模型通常包括三个主要部分:低分辨率特征提取模块、高分辨率特征重建模块和图像重建模块。

其中,低分辨率特征提取模块主要通过卷积神经网络对低分辨率图像进行特征提取,得到图像的特征表示;高分辨率特征重建模块则通过反卷积神经网络对低分辨率特征进行重建,得到高分辨率特征;最后,图像重建模块通过将高分辨率特征映射回原始图像空间,得到最终的高分辨率图像。

2. 超分辨率生成模型超分辨率生成模型的原理是通过学习高分辨率图像的统计规律,使得模型能够在没有高分辨率图像的情况下生成高分辨率的图像。

这种方法最著名的应用是SRGAN。

SRGAN是一种生成对抗网络模型,通过学习高分辨率图像和低分辨率图像之间的关系,让模型能够生成高质量的超分辨率图像。

超分辨显微成像技术的原理和应用

超分辨显微成像技术的原理和应用超分辨显微成像技术是一种能够突破传统显微技术分辨率限制的一种创新性技术。

它通过在超分辨率显微镜下使用特殊的成像模式和图像处理算法来提高成像精度和分辨能力。

在此文中我将会简要介绍超分辨显微成像技术的原理和应用。

一、超分辨显微成像技术的原理传统的光学显微镜是基于Abbe原理的,它的分辨率受到光学衍射极限的约束。

因为衍射极限所限制的分辨率仅有大约200nm,这个范围内的成像是有限的。

然而,超分辨显微成像技术能够突破这个限制。

超分辨显微成像技术的核心原理基于通过对激光束进行控制来提高成像精度。

Super-resolution optical microscopy (STORM)技术可以使用的荧光染料实际上是由数千个单个荧光发射颗粒组成的。

在这个过程中,首先需要在样品中使用低浓度的荧光染料标记,它们会以随机方式发光。

在这个过程中,观察者将会收集到无序的荧光信号。

其次,由于各种各样的影响因素,这些荧光染料发出的光会以漂移的形式在图像上分散,这会对图像的观察产生严重影响。

通过超分辨显微成像技术,我们可以精确地控制这个过程,在样品中灌注光子,从而定位和确定荧光染料的发射位置。

最后,将所有的荧光信号在计算机上进行整合和分类,并通过算法重新构建出单个荧光粒子的发光图像,从而实现高分辨率的成像。

二、超分辨显微成像技术的应用超分辨显微成像技术的应用非常广泛,主要应用于生命科学和材料科学两个领域。

在生命科学中,人们可以利用这种技术突破Abbe极限,研究生物分子、细胞、组织和器官在分子水平的内部组织结构、物质运移、代谢分子和蛋白质互作等方面的活动行为。

此外,超分辨显微成像技术也可以用于深入研究各种病毒、癌症、脊髓损伤和神经退化等疾病的发病机理。

在材料科学中,超分辨显微成像技术被广泛应用于材料表面和界面结构分析、纳米材料和异质材料界面的研究、材料表面胶体结构的探究和纳米粒子的生物组装研究等领域。

基于神经网络的图像超分辨技术研究

基于神经网络的图像超分辨技术研究随着科技的发展,人类已经可以拍摄出越来越清晰、越来越逼真的高清图片。

但是,即使是现在的数码相机、手机相机等高清设备,也有很多瑕疵,比如说模糊、色彩失真等问题。

而图像超分辨技术就是解决这些问题的方法之一。

所谓图像超分辨技术,就是通过一系列算法和计算,将低分辨率的图像转化为高分辨率的图像。

在这项技术中有很多种方法,比如插值法、基于学习的方法、基于重建的方法等等。

但是,目前最为常用、最为先进的技术就是基于神经网络的图像超分辨技术。

基于神经网络的图像超分辨技术的原理是通过大量的图片数据,训练出一个神经网络模型,再将低分辨率的图片输入到这个模型,通过模型提供的复杂算法,使低分辨率的图片变成高分辨率的图片。

这种方法的好处是可以学习到更加复杂的模式和更多的图像细节,从而更加逼真地还原出高清图像。

基于神经网络的图像超分辨技术还可以根据训练数据的不同分成不同的类型,比如说基于有监督学习的方法、基于无监督学习的方法等等。

其中,基于有监督学习的方法是最为常见的,其原理是根据原始高清图像和低分辨率图像的映射关系,将低分辨率的图像输入到训练好的模型中,通过模型学习到两种图像的映射,从而还原出高分辨率的图像。

而基于无监督学习的方法则是通过输入一些相似的低分辨率的图像,让模型自己学习到相同结构的特点,并还原出高分辨率的图像。

这种方法虽然没有有监督学习的精度高,但是适用范围更广。

除此之外,基于神经网络的图像超分辨技术还有很多优点。

比如说可以加速视频压缩、提高视频采集质量等等,这些都有很好的应用场景。

另外,基于神经网络的图像超分辨技术的应用还不限于图像领域。

近年来,基于神经网络的图像超分辨技术还被应用在了医学影像分析、卫星图像还原、物理实验图像采集等领域中。

虽然基于神经网络的图像超分辨技术有很多优点,但是也有它的局限性。

比如说,在训练模型的时候,需要输入大量的高分辨率和低分辨率图像进行训练,这对于计算机硬件和存储的要求都很高。

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本技术公开了一种基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法,包括如下步骤:全卷积神经网络的训练和利用训练好的全卷积神经网络M布置在控制显微镜的电脑上,控制显微镜进行图片拍摄,并对拍摄到的图片进行实时补偿,得到清晰图片。

本技术所公开的处理方法大大提高拍摄速度、提高图片质量,抑制散焦模糊,尤其是要对样本拍摄多幅图片时;甚至可以代替自动对焦,去掉控制镜头上下移动的电机,简化光学检测系统。

权利要求书1.一种基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法,其特征在于,包括如下步骤:(1)全卷积神经网络的训练:用显微镜拍摄一组清晰图片Y,然后对Y进行高斯滤波,得到对应的散焦模糊照片X,将图像信息数据X、Y转换成numpy数组,然后对数组进行归一化处理,将归一化后的数组分别记为Xnorm、Ynorm,这里Xnorm、Ynorm是两个形状相同的矩阵,形状统一记为L*W*H*c,L为拍摄的清晰图片的张数,W是矩阵的行数,H是矩阵的列数,如果拍摄的是灰度图片,c为1,如果是彩色图片,c为3;以Xnorm为网络的输入,Ynorm为网络的输出,学习率设为3E-4,训练时采用Adam优化器,训练网络,得到全卷积神经网络M;(2)显微成像处理:将训练好的全卷积神经网络M布置在控制显微镜的电脑上,控制显微镜进行图片拍摄,同时利用训练好的全卷积神经网络M对拍摄到的图片进行实时补偿,即将拍摄到的图片首先进行归一化操作,得到1*W*H*c的数组,将该数组作为网络的输入,得到形状为1*W*H*c的输出,将输出去归一化,将像素值映射到0-255,得到清晰图片。

2.根据权利要求1所述的一种基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法,其特征在于,所述全卷积神经网络对网络的输入做卷积,设有二维矩阵A和矩阵B,它们的卷积结果矩阵C的计算公式如下:C(j,k)=∑p∑qA(p,q)B(j-p+1,k-q+1)其中,p、q分别是矩阵A的横坐标、纵坐标,j、k分别是矩阵C的横坐标、纵坐标,如果矩阵元素超出边界,其值用0代替。

3.根据权利要求2所述的一种基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法,其特征在于,所述全卷积神经网络做卷积时,输入形状为Winput*Hinput*c的矩阵,与n个Wfilter*Hfilter*c的卷积核分别卷积,得到形状为Woutput*Houtput*n的输出,W是矩阵的行数,H是矩阵的列数,下标代表了其所属矩阵,c是矩阵的特征通道数;输出即被视作卷积层所提取的特征,当指定了损失函数并给定了真值以后,卷积核内的参数会根据损失函数的大小按照梯度下降法向梯度下降最快的方向更新,其中Woutput=(Winput-Wfilter+2P)/S+1Houtput=(Hinput-Hfilter+2P)/S+1P为填充大小,S为步长。

4.根据权利要求3所述的一种基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法,其特征在于,所述损失函数公式如下:其中,为网络的损失函数,为网络的输出,为真值,||*||1为L1范数。

5.根据权利要求3所述的一种基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法,其特征在于,所述全卷积神经网络做卷积时,每个上采样和下采样中卷积核的数量均为32;下采样包含两个卷积层和一个最大池化层,卷积核大小为3*3,最大池化步长为2*2;在跳跃连接得到的张量后加一个卷积层,综合不同层之间的特征,卷积核大小为3*3,然后进行上采样;上采样采用反卷积,卷积核大小为2*2,步长为2*2。

技术说明书一种基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法技术领域本技术涉及一种图像处理方法,特别涉及一种基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法。

背景技术显微成像技术是一种以高时空分辨率观察细胞的有效手段。

在对样本进行观察前,研究人员需要对显微镜进行一次对焦,但当样本面积过大,需要对其连续观察时,上述操作会出现问题:如果样本的弯曲程度大于所用的光学检测系统的景深时,就会出现部分图像清晰、部分图像模糊的情况。

这种情况会严重影响后续分析、判断。

超分辨率技术指的是利用数字图像处理、计算机视觉等领域的相关知识,借由特定的算法和处理流程,从给定的低分辨率图像中复原出高分辨率图像的过程。

其旨在克服或补偿由于图像采集系统或采集环境本身的限制,导致的成像图像模糊、质量低下、感兴趣区域不显著等问题。

超分辨率针对的是由于双三次采样所带来的分辨率下降而造成的模糊,但是理论上也可以应用于克服散焦模糊上。

现有技术中采用的方案是当成像系统扫描时,将镜头上下移动,在连续的三幅图像中,会有一小部分重叠区域,通过计算重叠区域的模糊度来确定焦平面所在的位置。

该方法本质上相当于在多个地方采样,速度慢,耗费时间。

技术内容为解决上述技术问题,本技术提供了一种基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法,以达到大大提高拍摄速度、提高图片质量,抑制散焦模糊的目的。

为达到上述目的,本技术的技术方案如下:一种基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法,包括如下步骤:(1)全卷积神经网络的训练:用显微镜拍摄一组清晰图片Y,然后对Y进行高斯滤波,得到对应的散焦模糊照片X,将图像信息数据X、Y转换成numpy数组,然后对数组进行归一化处理,将归一化后的数组分别记为Xnorm、Ynorm,这里Xnorm、Ynorm是两个形状相同的矩阵,形状统一记为L*W*H*c,L为拍摄的清晰图片的张数,W是矩阵的行数,H是矩阵的列数,如果拍摄的是灰度图片,c为1,如果是彩色图片,c为3;以Xnorm为网络的输入,Ynorm为网络的输出,学习率设为3E-4,训练时采用Adam优化器,训练网络,得到全卷积神经网络M;(2)显微成像处理:将训练好的全卷积神经网络M布置在控制显微镜的电脑上,控制显微镜进行图片拍摄,同时利用训练好的全卷积神经网络M对拍摄到的图片进行实时补偿,即将拍摄到的图片首先进行归一化操作,得到1*W*H*c的数组,将该数组作为网络的输入,得到形状为1*W*H*c的输出,将输出去归一化,将像素值映射到0-255,得到清晰图片。

上述方案中,所述全卷积神经网络对网络的输入做卷积,设有二维矩阵A和矩阵B,它们的卷积结果矩阵C的计算公式如下:C(j,k)=∑p∑qA(p,q)B(j-p+1,k-q+1)其中,p、q分别是矩阵A的横坐标、纵坐标,j、k分别是矩阵C的横坐标、纵坐标,如果矩阵元素超出边界,其值用0代替。

进一步的技术方案中,所述全卷积神经网络做卷积时,输入形状为Winput*Hinput*c的矩阵,与n个Wfilter*Hfilter*c的卷积核分别卷积,得到形状为Woutput*Houtput*n的输出,W是矩阵的行数,H是矩阵的列数,下标代表了其所属矩阵,c是矩阵的特征通道数;输出即被视作卷积层所提取的特征,当指定了损失函数并给定了真值以后,卷积核内的参数会根据损失函数的大小按照梯度下降法向梯度下降最快的方向更新,其中Woutput=(Winput-Wfilter+2P)/S+1Houtput=(Hinput-Hfilter+2P)/S+1P为填充大小,S为步长。

更进一步的技术方案中,所述损失函数公式如下:其中,为网络的损失函数,为网络的输出,为真值,||*||1为L1范数。

更进一步的技术方案中,所述全卷积神经网络做卷积时,每个上采样和下采样中卷积核的数量均为32;下采样中包含两个卷积层和一个最大池化层,卷积核大小为3*3,最大池化步长为2*2;在跳跃连接得到的张量后加一个卷积层,综合不同层之间的特征,卷积核大小为3*3,然后进行上采样;上采样采用反卷积,卷积核大小为2*2,步长为2*2。

通过上述技术方案,本技术提供的基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法利用超分辨率技术对图像模糊进行补偿,利用该技术可以避免在每一个拍摄位置都进行对焦的麻烦,大大提高拍摄速度,尤其是要对样本拍摄多幅图片时;甚至可以代替自动对焦,去掉控制镜头上下移动的电机,简化光学检测系统。

在拍摄的同时,对拍摄到的图片利用全卷积神经网络进行卷积处理,进行图像的实时补偿,从而得到清晰的图像,本技术能够实现在不增加拍摄时间的情况下,提高图片质量,抑制散焦模糊。

附图说明为了更清楚地说明本技术实施例或现有技术中的技术方案,下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍。

图1为本技术实施例所公开的全卷积神经网络示意图;图2为本技术实施例所公开的卷积示意图;图3为本技术实施例所公开的处理前的图像;图4为本技术实施例所公开的处理后的图像。

具体实施方式下面将结合本技术实施例中的附图,对本技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述。

本技术提供了一种基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法,该方法能够提高图片质量,抑制散焦模糊。

一种基于神经网络超分辨率技术的显微成像处理方法,包括如下步骤:(1)全卷积神经网络的训练:用显微镜拍摄一组清晰图片Y,然后对Y进行高斯滤波,得到对应的散焦模糊照片X,将图像信息数据X、Y转换成numpy数组,然后对数组进行归一化处理,将归一化后的数组分别记为Xnorm、Ynorm,这里Ynorm、Ynorm是两个形状相同的矩阵,形状统一记为L*W*H*c,L为拍摄的清晰图片的张数,W是矩阵的行数,H是矩阵的列数,如果拍摄的是灰度图片,c为1,如果是彩色图片,c为3;以Xnorm为网络的输入,Ynorm为网络的输出,学习率设为3E-4,训练时采用Adam优化器,训练网络,得到全卷积神经网络M。

全卷积神经网络M如图1所示,输入通过连续的降采样得到了X0,0、X1,0、X2,0、X3,0、X4,0,降采样可以增加对输入图像的一些小扰动的鲁棒性,比如图像平移、旋转等,减少过拟合的风险,降低运算量以及增加感受野的大小。

而后分别将X1,0、X2,0、X3,0、X4,0上采样,其作用是把抽象的特征再还原解码到原图的尺寸,即将X1,0上采样得到了X0,1,将X2,0上采样依次得到了X1,1、X0,2,将X3,0上采样依次得到了X2,1、X1,2、X0,3,将X4,0上采样依次得到了X3,1、X2,2、X1,3、X0,4。

另外为了整合不同层次的特征,在网络中添加了大量的跳跃连接,例如X0,0到X0,1、X0,2、X0,3、X0,4都有跳跃连接。

最后为了能使网络更好地收敛,添加了深监督这一策略,即X0,1、X0,2、X0,3、X0,4都会与ground truth作比较,参与到损失函数的计算当中。

本技术采用了卷积-卷积的模式,本技术为了降低内存占用,加快计算速度,将下采样每一层的卷积核数量都固定为32,下采样中包括两层卷积层和一层最大池化层,卷积核大小为3*3,最大池化步长为2*2。

在跳跃连接得到的张量后加一个卷积层,综合不同层之间的特征,卷积核大小为3*3,然后进行上采样。

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