蟹类微卫星DNA标记的筛选及其在遗传学研究中的应用
鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼微卫星标记的开发与应用研究的开题报告
鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼微卫星标记的开发与应用研究的开题报告一、研究背景和意义1.1 背景微卫星标记是一种分子生物学技术，应用广泛，具有体型小、易扩增、遗传多态性高、分辨率高等优点，在物种鉴定、种质资源保护、物种保护、基因定位、种群遗传结构研究等方面发挥了重要作用。
鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼是我国重要的渔业资源，对其进行微卫星标记的开发与应用，有助于分析其遗传多样性和种群遗传结构，提高资源保护和利用水平。
1.2 意义（1）为了解鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼的遗传多样性和种群遗传结构提供基础数据（2）为鱼类遗传改良、品种选育提供重要的科学依据（3）为制定可持续的渔业管理政策提供有力的技术支持二、研究内容和方法2.1 研究内容（1）选取鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼为研究对象，设计合适的微卫星引物（2）对样品进行DNA的提取和扩增（3）对所得的微卫星序列进行测序和分析，筛选出可靠的微卫星标记并进行鉴定和验证（4）利用所确定的微卫星标记，分析鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼的遗传多样性和种群遗传结构2.2 研究方法（1）样品采集与处理：从野外收集鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼的组织样品，如鱼肌肉、克氏钩蟹赤龙脚肢、鱼鳃等，并在条件适宜的情况下，保存样品，以防DNA降解。
（2）DNA提取：利用DNA提取试剂盒对样品进行DNA提取和纯化。
（3）微卫星引物设计：利用NCBI和GenBank数据库中已有的序列，设计合适的微卫星引物，并对其进行体外扩增和优化。
（4）PCR扩增和测序：利用设计好的微卫星引物，进行PCR扩增和测序，得到微卫星标记序列。
（5）数据分析：对所得微卫星标记进行鉴定、验证和分析，了解鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼的遗传多样性和种群结构。
三、研究预期结果（1）鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼的微卫星序列和标记将得到开发并鉴定验证。
（2）通过微卫星标记，对鲤鱼、中华绒鳌蟹和大黄鱼的遗传多样性和种群结构进行分析，为后续的资源保护和利用提供科学依据。
食蟹猴微卫星DNA标记遗传监测及多态性分析
食蟹猴微卫星DNA标记遗传监测及多态性分析李瑞生;李晓娟;高蓉;白云峰;鲍龙涛;战大伟【摘要】目的研究国内食蟹猴种群的遗传背景特性,建立食蟹猴种群遗传质量监测方法.方法采用微卫星DNA遗传标记技术对50只食蟹猴种群个体进行遗传质量监测及DNA多态性分析.结果从100个微卫星DNA位点中筛选出20个多态性高的位点,其食蟹猴种群个体的等位基因数目为5-10条,个体间均呈现高度的多态性;其观察等位基因数(Na)为5.0～10.0,有效等位基因数(Ne)为4.6118～8.3404,基因多样性(H)为0.7832～0.8801和香隆信息指数(I)为1.5651～2.1592.结论本实验有效地分析了食蟹猴种群的遗传多态性,为今后筛选特异性微卫星位点来建立食蟹猴种群遗传质量监测方法提供了理论依据.%Objective To investigate the genetic background features of Macaca fascicularis and to establish the genetic quality monitoring method in Macaca fascicularis. Methods Using microsatellite DNA genetic markers, genetic quality monitoring and DNA polymorphism analysis were conducted in 50 Macaca fascicularis. Results 20 loci with high polymorphism was selected from 100 microsatellite DNA loci, among which allele numbers in Macaca fascicularis were 5-10, and individuals showed a high degree of polymorphism. Observed number of alleles (Na) was 5.0 ～ 10.0, effective number of alleles (Ne) was 4.6118 ～8.3404, gene diversity ( H ) was 0. 7832 ～ 0. 8801 and Shannon's information index (I) was 1. 5651 ～2. 1592. Conclusions The experiments effectively analyzed the genetic diversity of Macacafascicularis,and it can provide a theoretical foundation for establishing genetic qualitymonitoring method with specific microsatellite loci selected in Macaca fascicularis.【期刊名称】《中国比较医学杂志》【年(卷),期】2011(021)008【总页数】4页(P27-30)【关键词】食蟹猴;微卫星DNA标记;遗传监测;多态性DNA【作者】李瑞生;李晓娟;高蓉;白云峰;鲍龙涛;战大伟【作者单位】解放军第302医院动物实验中心,北京,100039;解放军第302医院动物实验中心,北京,100039;解放军第302医院动物实验中心,北京,100039;解放军第302医院动物实验中心,北京,100039;解放军第302医院动物实验中心,北京,100039;解放军总医院第一附属医院实验动物科,北京,100048【正文语种】中文【中图分类】R33猕猴是国家二级保护动物，在猕猴属中共有12个种46个亚种，其中食蟹猴主要分布在泰国、老挝、柬埔寨和缅甸北部等国家的热带雨林地区［1］，而国内主要是通过人工饲养、驯化和繁殖，建立了人工生产繁殖种群。
微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用
微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用作者：黎玉元姚一彬孙念来源：《湖南饲料》 2013年第2期黎玉元姚一彬孙念（湖南农业大学水生生物学实验室长沙410128）摘要：微卫星分子标记与普通分子标记相比，它具有更多的优点，因其重复性好，多态性高，含量丰富且呈共显性遗传的特点，已成为目前最受欢迎的分子标记之一，并且得到了广泛应用。
本文结合国内外的研究，主要对微卫星的形成机理、特点，以及在水产动物中的应用等方面进行综述，并对其前景进行了展望。
关键词：微卫星标记：水产动物：应用微卫星(Micro-satellite)是一种比小卫星DNA具有更短重复单元的DNA序列，它是由少数几个核苷酸（多数为2-4个）为单位多次串联重复的DNA序列，因此又被称之为简单重复序列(SingleSequence Repeats，SSR)、简短串联重复序列(ShortTandem Repeats，STR)或简单序列长度多态性(Simple sequence length Polymorphism,SSLP)。
在对微卫星的构成与分布的研究中发现重复单元的构成与分布是不一致的，因此可以将微卫星DNA序列分为3种类型：间断型(interrupted)、单一型(pure)和复合型(compound)，由于微卫星具有诸多优点，因此很快就发展为一种新兴的分子标记技术，并得到了广泛应用。
1 微卫星形成的机理关于微卫星形成的机理存在着多种说法，其中主流说法有两种：第一种形成机理是DNA聚合酶滑动，在一个或多个重复单位未配对的构型中，DNA复制期间模板链和新生链瞬间分离，如果由不配对的重复序列引起的变性不断修复，则导致一个或多个重复单位的增加或丢失：第二种形成机理是DNA重组过程中，由于与不同DNA分子简单重复单位，以错位排列的构型配对和发生遗传变换导致重复单位的增加或减少。
2微卫星分子标记的特点微卫星分子标记是一种中性”标记，受生物发育时期和环境”的影响非常小，所以能够更加客观地反映生物之间的本质差异及种群结构和进化历史，微卫星作为一种新兴的分子标记主要具有以下特点：2.1 分析操作简单易行因为微卫星分子标记采用了单位点DNA指纹技术，所以它使取样的范围得到了一定程度的扩大，同时也相应地减轻了取样工作的困难和对研究对象的影响，再加上它具有检测容易、方便，重复性较好的特点，因而使其应用更加大众化。
食蟹猴微卫星DNA标记遗传监测及多态性分析
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２１ ０ １年 ８月 第２ ｌ卷 第 ８期
中 国 比较 医 学 杂 志
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食 蟹猴 微 卫 星 Ｄ Ａ标记 遗 传 监 测 及 多态 性 分 析 Ｎ
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微卫星在水产动物种质资源研究方面的应用
微卫星在水产动物种质资源研究方面的应用
微卫星是一类高度可变的DNA序列，其由重复单元构成，通常在基因组中存在多个拷贝。
由于微卫星具有高度可变性和多态性，因此被广泛应用于种质资源的研究中。
在水产动物领域，微卫星在种质资源研究方面也发挥了重要的作用。
首先，微卫星可以用于水产动物的种群结构和遗传多样性的分析。
通过分析不同个体之间重复序列的差异，可以评估种群内的遗传多样性水平以及种群间的遗传分化程度。
这对于保护和管理水产动物资源具有重要意义，可以帮助科学家确定合适的保护策略并促进可持续利用。
其次，微卫星可以用于水产动物的亲缘关系分析。
通过分析个体之间微卫星位点的共享情况，可以确定个体之间的亲缘关系。
这对于进行家系繁殖、选育和种质改良具有重要意义。
例如，在虾类养殖中，通过亲缘关系分析可以选择出具有优良遗传特性的个体作为亲本，以提高后代的养殖性能。
此外，微卫星还可以用于水产动物的遗传标记定位和基因图谱构建。
通过分析个体之间微卫星位点的位点连锁关系，可以确定基因组上不同位点之间的物理距离和相对位置，从而构建基因图谱。
这对于水产动物的遗传图谱研究、功能基因的定位和克隆具有重要意义。
总的来说，微卫星在水产动物种质资源研究方面的应用非常广泛。
它不仅可以用于种群遗传学和亲缘关系分析，还可以用于遗传标记定位和基因图谱构建。
这些应用为水产动物资源的保护、利用和种质改良提供了重要的科学依据，有助于促进水产业的可持续发展。
微卫星DNA多态性分析和免疫因子基因克隆在蟹类的应用探索的开题报告
微卫星DNA多态性分析和免疫因子基因克隆在蟹类的应用探索的开题报告一、研究背景蟹类是世界上重要的经济水产品之一，其养殖和捕捞产值早已达到了数百亿美元的规模，因此对蟹类进一步的研究与开发具有重要的意义。
微卫星DNA多态性分析和免疫因子基因克隆等技术在生物学研究中被广泛应用，可用于探索蟹类的遗传变异和免疫应答等问题，为蟹类的育种和防疫提供技术支持。
二、研究目的本研究旨在应用微卫星DNA多态性分析和免疫因子基因克隆技术分析蟹类的遗传多样性和免疫应答机制，为蟹类的育种和防疫提供理论支持和实际应用参考。
三、研究内容1. 收集蟹类样本并提取基因组DNA，设计微卫星引物对蟹类DNA进行PCR扩增。
2. 对扩增产物进行电泳分析，测定微卫星DNA富集度和群体遗传多样性。
3. 克隆蟹类免疫因子基因，构建表达载体并进行基因表达和功能分析。
4. 对微卫星DNA多态性和免疫因子基因表达等数据进行统计分析。
四、研究方法1. 样本采集：从不同水域和养殖场采集各种蟹类，收集新鲜样品（肌肉、脑、鳃等），分装到离心管中，保存在-80℃冰箱内备用。
2. DNA提取：采用高盐法快速提取样品基因组DNA。
3. 微卫星引物设计：利用文献资料筛选设计适合蟹类的微卫星引物，并进行验证。
4. PCR扩增：利用微卫星引物对蟹类DNA进行PCR扩增，将扩增产物进行凝胶电泳，用Image J软件进行基因片段大小测定。
5. 免疫因子基因克隆：利用RT-PCR方法，克隆蟹类免疫因子基因，进行测序和表达向量构建，并进行基因表达和功能鉴定。
五、预期结果1. 利用微卫星DNA多态性分析和免疫因子基因克隆技术，分析蟹类的个体遗传多样性、种质资源特征、及其遗传演化规律等。
2. 探究蟹类免疫系统的基因表达、调控机制等，为蟹类育种和防疫提供参考。
3. 得到蟹类的微卫星DNA多态性指纹图谱和免疫因子基因，为蟹类遗传分析、育种改良和防疫工作提供理论和实际指导。
微卫星DNA分子标记在海洋动物遗传分析中的应用
微卫星DNA分子标记在海洋动物遗传分析中的应用*APP L ICATIO N OF THE MICR OSATE LL ITE TECHNI Q UE FO RGENETIC ANALYSIS IN MARINE ANIMALS 刘志毅相建海(中国科学院海洋研究所青岛266071)分子遗传标记的研究一直是遗传学研究中的一个热点。
目前,生物学中已深入开展,在海洋生物学中分子遗传标记的研究也是方兴未艾。
在各种分子遗传标记中,微卫星DNA标记的研究则受到许多学者的青睐。
微卫星DNA标记以其特异性的PCR扩增、稳定性、重复性好、能较好地反映物种的遗传结构和遗传多样性变化等特点,日益受到研究者的重视。
1微卫星DNA的概念和特征微卫星DNA是指核心序列为1～4个的寡核苷酸经多次重复而形成的串联重复的DNA序列,如(CA)n,(TG)n等,又被称为短串联重复序列、简单序列重复。
有的学者也认为核心序列核苷酸数小于10的短串联重复序列即可认为是微卫星DNA。
微卫星DNA重复次数及重复程度的差异是造成每个基因座位的多态性的原因。
微卫星DNA广泛分布在真核生物的基因组中。
与限制性片段长度多态性、可变串联重复相比,微卫星DNA在基因组中的分布更为随机,所显示的多态性也更高[4]。
微卫星DNA呈孟德尔共显性遗传模式,可以区别纯合显性个体和杂合显性个体,这为遗传研究提供了更多的可供分析的信息。
一般说来,微卫星DNA 的重复序列两侧都有物种特异性的侧翼序列,根据这一特异性序列可以设计引物对基因组DNA进行PCR扩增,从而检测物种在DNA水平上的遗传多样性。
2微卫星DNA标记的筛选和遗传信息的分析微卫星的筛选是微卫星标记研究中关键的一步。
通常获得微卫星DNA序列有两大途径:一是通过检索DNA序列数据库获得,二是通过具体的DNA序列分析实验获得。
一般获得微卫星序列的实验方法有下述几种。
2.1从基因组文库中获得含有微卫星DNA的阳性克隆这是目前大多数研究者所用的方法,如张亚平等在1995年,徐磊等[1]所报道。
青蟹野生与养殖群体遗传多样性的微卫星分析
１３ 微 卫 星 引 物 ．
内有关 微卫 星 分 子标 记 研 究 我 国青 蟹 野 生 与养 殖 群体 遗传 多样 性 的报道 。本研究 拟选 用 ６对 微 卫 星引物研究我 国青蟹 东 海三 门湾野 生 群体 和 浙
收 稿 日期 ：０ １ Ｏ ２ １ ～ １～１ ０
。
近 年来 ， 于 海 域 生 态 环 境 变 化 及 过 度 捕 由
捞 ， 蟹野 生 资 源 日趋 衰 减 。同 时 ， 国沿 海 养 青 我 殖 青蟹 苗种 的异 地 调 运 可 能会 造 成 青 蟹 种 质资
基金项 目： 浙江省科 技厅重点 资助项 目（０ ８ １ ０８ ２ ０ Ｃ２ ０ ） 作者简介 ： 周字芳（ ９７一）， ， 江龙游 人 ， 士， １８ 女 浙 硕 主要从事 水 产动物遗传与育种。Ｅ ｍａ ：ｄｉ ｃｏ＠ｚ ．ｄ ．Ｂ — ｉ ａｓ ｈｕ ｊ ｅ ｕ Ｃ ｌ ｙ ｕ 通讯 作 者 ， 妙 安 ， ｉ：ｓｕ ＠ ｚ ． ｄ ． ｎ Ｔ ｌ０ ７ — 舒 Ｅ ｍａ ｈ ｍａ ｊ ｅｕ ｏ ； ｅ： ５ １ ｌ ．
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蟹类微卫星DNA标记的筛选及其在遗传学研究中的应用刘萍;宋来鹏;李健;刘振辉
【期刊名称】《中国海洋大学学报（自然科学版）》
【年(卷),期】2008(038)005
【摘要】微卫星DNA标记是近年来最受研究者青睐的分子标记之一.由于其具有高度多态性、共显性遗传、基因组中含量丰富且随机分布等特点,已被应用于种群分化研究、亲缘分析、基因连锁分析、进化以及生态学研究等许多领域.近年来,蟹类微卫星的研究报道日益增多.文中对蟹类微卫星分离方法、引物设计、遗传学特性以及在种群遗传、家系分析、遗传多样性评价等方面的最新研究进展进行综述,并分析微卫星分析中无效等位基因(null allele)、"结巴"带(stutter bands)和上游等位基因"扩增丢失"现象(upper allelic dropout)的产生原因以及对微卫星基因型判读带来的影响.
【总页数】7页(P712-718)
【作者】刘萍;宋来鹏;李健;刘振辉
【作者单位】中国海洋大学海洋生命学院,山东,青岛,266003;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国海洋大学海洋生命学院,山东,青岛,266003;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国海洋大学海洋生命学院,山东,青岛,266003【正文语种】中文
【中图分类】S917;Q343
【相关文献】
1.微卫星筛选及其在对虾遗传学研究中的应用 [J], 张留所;相建海
2.微卫星DNA标记开发技术进展及其在经济植物研究中的应用 [J], 王娟娟;赵明;韩雨威;吴蒙蒙;刘瑞振;沈超;祁哲晨
3.应用微卫星DNA标记对Wistar和SD大鼠封闭群的遗传学研究 [J], 商海涛;魏泓;岳秉飞;徐平
4.蟹类育苗中亲体消毒药物的筛选与应用研究 [J], 袁思平;戴海平;吴仲宁;蔡惠凤;薛聪顺;王小波
5.海洋贝类微卫星DNA标记的开发及其在遗传学研究中的应用 [J], 李琪
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