微卫星标记

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微卫星标记及其在实验动物中的应用

微卫星标记及其在实验动物中的应用

2005年8月第15卷 第4期中国比较医学杂志CHINESE JOURNA L OF COMPARATIVE ME DICINE August ,2005V ol.15 N o.4综述与专论微卫星标记及其在实验动物中的应用宋国华,刘田福(山西医科大学实验动物中心,太原 030001) 【摘要】 微卫星序列广泛存在于各类真核基因组中,是一种简单序列重复(simple sequence repeats ,SSR )。

由于它具有多态性高、结果稳定可靠等特点,因此是一种十分理想的分子标记,在遗传图谱构建、数量性状位点(QT L )定位、标记辅助选择、遗传多样性评估、遗传监测等领域都有着重要的应用价值。

【关键词】 微卫星重复;动物,实验【中图分类号】Q95-331 【文献标识码】A 【文章编号】167127856(2005)0420244205Application of Microsatellite in Laboratory AnimalS ONG G uo 2hua ,LI U T ian 2fu(Laboratory Animal Center of Shanxi Medical University ,T aiyuan 030001,China )【Abstract 】 Microsatellites ,simple sequence repeats (SSR ),are distributed throughout the eukary ote genomes.Withabundant number ,highly polym orphic character ,reliable outcome ,microsatellites are useful tools for gene mapping construction ,localization of quantitative trait loci ,marker assisted selection ,genetic diversity detecting ,genetic m onitoring and others.【K ey w ords 】 Microsatellite repeats ;Animals ,laboratory[作者简介]宋国华(1973-),女,硕士,研究方向:实验动物遗传学。

微卫星分析讲解

微卫星分析讲解
2核苷酸重复4种类型(AT)n/(TA)n、 (AG)n/(TC)n、 (AC)n/(GT)n、 (GC)n/(CG)n。
3核苷酸重复有10种类型。
每个微卫星DNA 都由核心序列和侧翼序列组成, 其核心序列呈串联重复排列,侧翼 序列位于核心序 列的两端,为保守的特异单拷贝序列。
PCR扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测,如放 射性同位素、银染、荧光标记。
我们使用的 T1 载体是 3000bb,太长的片段不易连接。
6、接头连接里面的接头是商业化接头还是贵公司设计合成的,依据是 是我们自己制备的。同问题 3,根据内切酶所切还是互补序列 一样。
沸煮
8、 解链 15lPCR 产物。 98℃沸煮 5-10min, 迅速冰浴 1 min, 48℃水浴 1-5min,迅速冰浴 1 min。这个步骤是否有问题,每步的目的是?
已知序列:先用SSR hunter扫描SSR位点, 再根据得到的序列设计引物进行后列设计引物 进行后续实验。
实验报告主要内容
文字性实验报告:包含实验试剂耗材、步骤、实验条件、 体系、引物序列、统计结果等;
各位点筛选多态性的PDF图;
2、引物设计合成及筛选
荧光引物标记:选取一对引物中的一条,合成寡核苷 酸链后在5’端合成上荧光素,FAM、HEX、TMR、ROX 标准组合;
设计与合成:荧光引物的标记效率和纯度对后期试验 至关重要,我们按照法医身份鉴定试剂盒和基因诊断 领域的标准来制备荧光引物;
筛选:我们利用M13(荧光/通用引物,18bp,在5’端 添加荧光标记,将M13互补序列添加到一条普通引物 的5’ )加尾法提供筛选服务
测序原始数据(序列和峰图均去掉载体序列);
PDF图及对应的excel表(微卫星分析);

ssr分子标记原理

ssr分子标记原理

ssr分子标记原微卫星DNA又叫简单重复序列,指的是基因组中由1~6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA,广泛分布于基因组的不同位置,长度一般在200bp以下。

研究表明,微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富,而且常常是随机分布于核DNA中。

微卫星中重复单位的数目存在高度变异,这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同,因而造成多个位点的多态性。

如果能够将这些变异揭示出来,就能发现不同的SSR 在不同的种甚至不同个体间的多态性,基于这一想法,人们发展起了SSR标记。

SSR标记又称为sequence tagged microsatellite site,简写为STMS,是目前最常用的微卫星标记之一。

由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列,因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序,然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增,从而将单个微卫星位点扩增出来。

由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异,个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性,这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP),每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。

由于SSR重复数目变化很大,所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性,这就是SSR 标记的原理。

RAPD 技术是建立在PCR (Polymerase Chain Reaction)基础之上的一种可对整个未知序列的基因组进行多态性分析的分子技术。

其以基因组DNA为模板, 以单个人工合成的随机多态核苷酸序列( 通常为10 个碱基对) 为引物, 在热稳定的DNA 聚合酶( Taq 酶) 作用下, 进行PCR 扩增。

扩增产物经琼脂糖或聚丙烯酰胺电泳分离、溴化乙锭染色后,在紫外透视仪上检测多态性。

扩增产物的多态性反映了基因组的多态性。

/////////////////////////////////////////////生物的基因组中,特别是高等生物的基因组中含有大量的重复序列〔14〕,根据重复序列在基因组中的分布形式可将其分为串联重复序列和散布重复序列。

SSR标记的原理步骤

SSR标记的原理步骤

SSR:微卫星DNA又叫简单重复序列,指的是基因组中由1~6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA,广泛分布于基因组的不同位置,长度一般在200bp以下。

研究表明,微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富,而且常常是随机分布于核DNA中。

微卫星中重复单位的数目存在高度变异,这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同,因而造成多个位点的多态性。

如果能够将这些变异揭示出来,就能发现不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性,基于这一想法,人们发展起了SSR标记。

SSR标记又称为sequence tagged microsatellite site,简写为STMS,是目前最常用的微卫星标记之一。

由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列,因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序,然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增,从而将单个微卫星位点扩增出来。

由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异,个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性,这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP),每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。

由于SSR重复数目变化很大,所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性,这就是SSR标记的原理。

? 与其它分子标记相比,SSR标记具有以下优点:(1)数量丰富,覆盖整个基因组,揭示的多态性高;(2)具有多等位基因的特性,提供的信息量高;(3)以孟德尔方式遗传,呈共显性;(4)每个位点由设计的引物顺序决定,便于不同的实验室相互交流合作开发引物。

因而目前该技术已广泛用于遗传图谱的构建〔11,12,18,19,33〕、目标基因的标定〔8,9,21,22,26〕、指纹图〔22〕的绘制等研究中。

但应看到,SSR标记的建立首先要对微卫星侧翼序列进行克隆、测序、人工设计合成引物以及标记的定位、作图等基础性研究,因而其开发费用相当高,各个实验室必须进行合作才能开发更多的标记。

微卫星DNA标记

微卫星DNA标记

1微卫星DNA标记的发现1974年,Skinner等在研究寄居蟹的基因组时发现了微卫星DNA的重复序列。

此后,在人、动物和酵母的基因组中都发现了类似大量的简单重复序列。

直到1986年,Ail等首次用合成的微卫星寡核苷酸作为探针用于人的指纹分析,这时才得到重视。

1988年,Jeffreys等人做了进一步的研究并使之发展成为新的遗传分子标记系统。

1989年,Litt等[1]扩增到了人类基因组微卫星序列,从而创造了“微卫星(microsatellite)”这个名称。

2微卫星DNA的结构微卫星DNA又称简单重复序列(simplesequencere-peats,SSR)或短串联重复序列(shorttandemrepeats,STR),是指以少数几个核苷酸(一般是1~6个)为单位串联重复的DNA序列。

这些重复序列的重复次数和重复程度在不同的生物体内高度变化,并且随机分布于真核生物基因组中。

普遍认为,在染色体上,除着丝粒及端粒区域外,其他区域也广泛散在分布有微卫星位点。

Weber根据微卫星核心序列排列方式的不同,将其分为完全(无间隔)、不完全(有非重复单位的碱基间隔)和复合型(2个或更多重复单位彼此毗邻连续出现)微卫星3种类型。

3微卫星DNA标记的优缺点3.1优点①分布广泛。

微卫星DNA广泛且均匀地分布于真核生物基因组中。

②多态性丰富。

由于微卫星在不同个体中的重复单位数目变异大,因而造成其长度具有高度的多态性,使其可以包含大量丰富的信息。

③简易高效安全性。

微卫星检测方法简便且效率高,单个位点检测时间很短,一般不超过24h,并可以多个位点同时进行检测。

微卫星标记没有任何表型效应,因而不存在对家畜个体的有害或次级效应。

④保守与通用性。

微卫星侧翼序列的保守性以及物种间某些染色体区段的共线性,某一物种的微卫星引物可以应用于相近物种。

⑤共显性遗传。

微卫星标记的等位基因遵循孟德尔共显性遗传,因而易区分纯合型和杂合型。

3.2缺点①建立和筛选基因文库,进行克隆和测序,都是非常繁琐、耗时的工作。

微卫星分析讲解

微卫星分析讲解

我们使用的 T1 载体是 3000bb,太长的片段不易连接。
6、接头连接里面的接头是商业化接头还是贵公司设计合成的,依据是 是我们自己制备的。同问题 3,根据内切酶所切还是互补序列 一样。
沸煮
8、 解链 15lPCR 产物。 98℃沸煮 5-10min, 迅速冰浴 1 min, 48℃水浴 1-5min,迅速冰浴 1 min。这个步骤是否有问题,每步的目的是?
目的是让 DNA 完全变性成单链 DNA,利于杂交。
1-5min, 98℃
9、杂交体系中的探针是根据 DNA 吗 不是,还有非目的 DNA。
11、菌落用的是何种菌 大肠杆菌的 TOP10 菌株。
12、TP -M13-SSR 程序中为何有两个不同的循环,目的是 前 35 个循环让引物结合扩增目的片段,后 10 个循环与 TP -M13 结合。
1、在接头连接反应中,核酸内切酶:Sau3AI,
5’
TGTAAAACGACGGCCAGT-FAM/HEX
微卫星扩增引物的来源:
直接应用已发表的微卫星DNA引物
使用近缘物种的引物
通过筛选DNA序列数据库,或筛选克隆的简 单重复序列,借助计算机软件进行引物—最好最根本的方法(引物开发)
2、目前样品是否有剩余,大概剩余多少,都哪些样品有剩余 叶片和 DNA 均有剩余,可以给您返样。
3、选用 Sau3AI 酶是否有依据 Sau3AI 能切出 4 碱基粘性末端,我们使用的接头序列是与该粘性末端匹配的,
识别 4 碱基的内切酶位点比 5 或 6 碱基的位点要多(依据概率计算) ,可以把基因组打断, 但又不会打得很碎。 也可以使用其他 4 碱基内切酶替换, 但接头序列也要与之改变。 文献中 常用的内切酶有 Sau3AI、EcoRI、Rsa I 等。

微卫星DNA标记技术在养猪业中的应用

微卫星DNA标记技术在养猪业中的应用

10 kb 的 DNA 序列中就会出现一个微 取质粒后利用载体插入位点两端的已知
微卫星 DNA 的长度一般为 200 bp
卫星序列 [3]。
序列设计引物,再测定插入片断的序列, 左右,很容易进行 PCR 扩增。PCR 扩
2 微卫星DNA标记的特点
即可知道某一微卫星位点及其侧翼序列 增的高度灵敏性、高度特异性及操作简
设定的连锁遗传距离越大,则找到一个 对其进行操作和利用。
状位点 (QTL) 间的连锁分析 [J]. 农业生
与生产性状主效基因连锁的标记位点的 3.3 鉴定个体亲缘关系或品系间的
物技术学报 , 1994,(2):17-24.
可能性就越大。利用 QTL 微卫星标记 遗传结构
[7] M a t t a p a l l i l M J . A n a l y s i s o f
串联序列 [1],其中最常见的是 2 个碱基 一种是对于已经发现的微卫星 DNA,可 递给下一代,并且等位基因间呈共显
的双核苷酸重复ห้องสมุดไป่ตู้即 (TG)n 和 (CA)n, 在数据库中直接寻找合适的引物,对基 性遗传,容易区分出纯合型和杂合型。
每个微卫星 DNA 的核心序列结构相同, 因组进行 PCR 扩增和测序来分析微卫星 这使其在物种起源、遗传图谱、连锁
卫星 DNA 多态性的研究可在生产中选 产物表现多态,而在马和人中则未扩增 是不均衡的,这些基因中有的是主效基
取数个与生产性能相连锁的微卫星标 出多态产物。龚明川 [8] 利用 16 对鼠微 因,有的是辅助基因。微卫星在染色体
记,在这些位点上对所研究的品种或品 卫星位点的引物,以家兔的基因组为模 上是随机分布的,如果某一微卫星位点
与某些功能基因或 QTL 间的连锁关系,

种群遗传学中微卫星DNA标记的应用-分子生物学论文-生物学论文

种群遗传学中微卫星DNA标记的应用-分子生物学论文-生物学论文

种群遗传学中微卫星DNA标记的应用-分子生物学论文-生物学论文——文章均为WORD文档,下载后可直接编辑使用亦可打印——微卫星广泛存在于真核生物基因组中,一般由1~6个碱基组成重复片段,因为其种类多、分布广及重复次数在个体间具有高度的变异性呈现高度的多态性、共显性,所以微卫星DNA标记已经成为种群遗传学中被广泛应用的分子标记。

下面由学术堂为大家整理出一篇题目为种群遗传学中微卫星DNA标记的应用的分子生物学论文,供大家参考。

原标题:微卫星DNA标记应用前景浅议摘要:微卫星广泛存在于真核生物基因组中,一般由1~6个碱基组成重复片段,因为其种类多、分布广及重复次数在个体间具有高度的变异性呈现高度的多态性、共显性,所以微卫星DNA标记已经成为种群遗传学中被广泛应用的分子标记。

就微卫星的结构、功能及其形成机制方面在特定基因定位,种群遗传结构分析、种群内亲缘关系界定、物种进化分析等方面的应用进行阐述。

关键词:微卫星;物种进化;基因图谱;亲子鉴定分子标记是以个体之间的遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记,是DNA水平上遗传多态性的直接的反映。

微卫星标记是继RFLP、AFLP之后的一种新的遗传标记。

微卫星标记已被广泛应用于保护遗传学研究的各个领域,包括种群遗传多样性评估、种群遗传结构分析、遗传图谱构建、基因定位和亲子鉴定等。

1 微卫星标记的发现20世纪70年代,生物科学家Litt[1]等在研究寄居蟹基因组DNA 时发现其基因组中存在许多不同碱基的重复序列。

在后续研究中,发现人、动物和酵母基因组中均存在大量类似的重复单元并于1988年将此重复序列作为新的遗传标记并应用于人类,创造出微卫星(Microsatellite)的名称。

2 微卫星的结构微卫星又称简单重复系列(Simple SequenceR e p e a t s,S S R)或简单串联重复序列多态性(S h o r tTandem Repeat Polymorphism,STRP),这些位点由短的重复串联序列(1~6 bp)组成。

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鳗及其近交后代微卫星分子标记研究RAPD指纹方面的初步研究,但采用微卫星分子标记进行分析的研究还相对较少。

而微卫星分子标记方法在动植物育种上己经作为一种育种辅助标记广泛应用。

2遗传标记的发展及应用遗传标记(GelleticMarkers)是指与目标性状紧密连锁,同该性状共同分离可以明确反映遗传多态性的生物特征,是基因型特殊的可识别的表现形式,它是生物分类学、育种学、遗传学和物种起源与进化等研究的主要技术指标之一。

广义的遗传标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质,狭义的遗传标记概念只是指DNA分子标记(Parke:。

tal.,1998)。

理想的遗传标记一般必须达到以下几个要求: (1)具有高度的多态性;(2)共显性遗传,即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和纯合基因型;(3)能明确辨别等位基因;(4)遍布整个基因组;(5)除特殊位点的标记外,要求分子标记的位点均匀分布于整个基因组;(6)选择中性,即无基因多效性;(7)检测片段简单、快速,实验程序易自动化;(8)开发成本和使用成本尽量低廉;(9)在实验室内和实验室间重复性好,便于数据交换。

但是,目前发现的任何一种分子标记均不能满足以上所有要求(贾继增,1996;邱芳等,1998;赵淑清等,2000)。

遗传标记已作为一种辅助育种标记广泛应用于动、植物及其它领域。

从不同层次水平上看,它可分为形态学标记、细胞学标记、生化标记、分子标记四种2.1形态学标记形态学标记(MO甲hologicalmarkers)是指那些从表型上看显示遗传多态性的特征,即生物特征,如鱼的体高、体长、体色等。

由于形态学标记易观察、识别,因此它一直是选种、育种的重要标记,也是孟德尔遗传学创立的重要基础。

由自发突变或物理化学诱变均可获得具有特定优良性状的形态特征,通过人工选育工作使那些优良胜状稳定遗传下来,从而达到选育的目的和效果,自上个世纪80年代,我国科研工作者就开始采用形态学方法对鱼类种质资源鉴定进行研究,李思发等(1990) 对长江、珠江、黑龙江鳞、墉、草鱼种质资源进行了调查和研究。

但是形态学标记易受环境因素、自身发育、基因显隐性、形态学标记数量少等因素的影响,因此采用形态学标记进行研究所需要时间长,并且所得到的数据和结论不是非常准确可靠。

因此,目前育种工作者通常采用其它的分子标记与形态学标记一起进行研究工作。

2.2细胞学标记细胞学标记的研究目前通常是对细胞染色体组,染色体结构与组成,染色体数目等方面的研究。

细胞遗传学家发现染色体的变异会造成表型的变异,因而染色体第一章文献综述1引言鲍(场,咖thalmichthx:molitr动属鲤形目,鲤科,鳝亚科,是我国四大家鱼之一,广泛分布于黑龙江、长江和珠江流域,它具有食物链短、易饲养、成本低和能调节水质等优点,是我国淡水养殖的主要对象。

近年来,由于环境污染和缺乏科学的保种,制种,造成鲍生长缓慢,抗病力差及其它优良性状严重退化。

因此,获得抗病力强、生长快等具有优良经济性状的鲍新品系在养殖过程中成了首要任务。

但是由于维性成熟时间长,一般需要3~4年,采用常规选育方法需要很长时间才能达到选育目的。

雌核发育技术能快速建立纯系,要构建一个纯系只需要连续3~4代的单性发育世代就可以了。

因此采用人工雌核发育技术选育优良品种不但可以节省时间,而且可以节约大量的人力,物力和财力。

中国水产科学研究院长江水产研究所自1987年就开始了对鲍的人工雌核发育研究,以长江鳃为原始选育材料,迄今为止,已经连续诱导出了三代雌核发育维(潘光碧,1988;潘光碧等,2004)。

并在对人工雌核发育鲍与养殖鳞的形态学进行比较研究中发现,雌核发育鳞的生长性能优于普通维:在相同生长条件下,雌核发育鳝比标准鳃体重大10.6%~31.9%,平均大巧.6%;雌核组比普通鲍组体长增长快3.7%~25.3%,体重增长快6.7%~90.1%。

罗相忠等(2003)以雌核发育鳝各系与普通维进行生长对比实验,表明雌核发育鲍比普通鲍生长快,而且体型也比普通鲍肥厚。

这些研究结果证明:雌核发育鲍的生长性能优于普通鳗,这给选育工作带来了很大的潜力,同时也给选种育种工作者带来了希望。

人工雌核发育是采用人工操作方法促使失活的精子进入卵内与卵子结合,精子不参与遗传,只起诱导作用,卵子完全在雌核控制下发育成子代,子代的遗传物质全部来自母本,因此雌核发育产生的后代全部为雌性,只具有母本的性状。

但是由于人工操作,自然因素等其它因素的影响,人工雌核发育产生的后代出现少量雄性个体。

邹桂伟等(2004)用RAPD方法对人工雌核发育鳞遗传多样性分析发现雌核发育鳝后代含有少数与父本相同的特异性带,而母本没有。

张海发等(1995)对异精激发彭泽螂雌核发育产生的子一代及双亲进行RAPD分析,发现异育彭泽螂子一代中含有少数与父本相同而与母本相异的特异条带。

尖鳍鲤、须螂激发产生的异育彭泽螂后代与彭泽螂母本相似率分别为94.96%、94.70%;与尖鳍鲤、须螂父本相似率分别为23.46%、21.05%。

结果表明,从基因水平检验,彭泽螂已不再是完全的母性遗传,异育彭泽螂基因组DNA中可能带有部分异源父本基因组DNA。

对雌核发育维的研究,从遗传学角度来看,有助于了解雌核发育机理,了解群体遗传结构和遗传多样性情况。

目前对雌核发育鱼类的研究比较多,有形态学、同工酶、蛋白质、华中农业大学2007届硕士学位论文变异情况可以做为一种分子标记,可确定与性状相连锁基因所在的染色体和位置。

最常用的方法就是对染色体核型分析,由于不同物种在染色体数目和结构存在差异,从而造成细胞学标记具有丰富的多态性。

近年来,由于染色体显带技术与分子杂交技术的发展,使染色体变异分析发生了很大的突破,对生物体进行核型分析的研究也越来越多。

由于细胞学标记不受环境因素的影响,进化比较保守,因此细胞学标记广泛应用与生物起源和进化、系统分类、遗传多样性等方面研究。

但是由于它进化保守,变异缓慢,造成细胞学标记数目有限,因此找出多的细胞学标记需要大量的材料,需要花费大量的人力和财力进行培育材料,而且对一个物种单纯采用细胞学标记研究得出遗传多样性数据不是很准确。

Dai等(1989)对对虾染色体组型分析发现,对虾染色体大多是中部、亚中部着丝粒染色体,少数是亚端部着丝粒染色体。

2.3生化标记生化标记(Biochemicalmarkers)指采用电泳技术对生物大分子如蛋白质、酶进行分析的一种方法,由于不同种、属具有不同的基因型,从而在蛋白质水平反映生物的多样性。

它主要是指同工酶标记,同工酶是指具有同一功能但具有不同分子形式的一类酶,具有组织、发育及物种的特异性。

其基本原理是根据电荷性质及分子量的差异,利用蛋白质电泳和专门的染色反应显示出同工酶的不同形式,由于同工酶是基因的产物,生物在长期的进化过程中,基因在不断发生突变,从而造成该基因编码的蛋白质中氨基酸数目和结构的改变,进而在电泳中出现相对迁移率不同的条带,形成各种不同的酶谱,从而鉴别出不同的基因型(胡能书等,1985)。

由于其能稳定遗传、杂合体共显性、等位基因及基因频率可以直接计算、易于操作等特点,广泛应用于物种遗传多样性,遗传图谱构建,亲缘关系鉴定,基因定位,种质鉴定等领域研究。

李思发等(1990)对长江四大家鱼原种的10种同工酶的电泳分析表明,青鱼、草鱼、鳞、缩的乳酸脱氢酶(LDH)、苹果酸脱氢酶(MDH)及超氧化物歧化酶(SOD)条带清析稳定,重复性稳定,可以采用这几种同工酶谱作为四大家鱼种质鉴定标准。

众ut等(1999)用四种酶(葡萄糖磷酸变位酶、异柠檬酸脱氢酶、苹果酸磷酸酶和葡萄糖异构酶)来检测22个欧洲鳌龙虾不同种群的遗传变异,结果发现,这些群体之间变异程度较大。

邹桂伟等(1997)对大口站和贴鱼4种组织酷酶(EST)和苹果酸脱氢酶(MDH)比较研究发现其均能特异性表达且存在物种特异性,有些特异性条带可以作为区分这两个品系的同工酶标记。

但是由于同工酶标记只能检测到编码蛋白质的基因,对不编码蛋白质的基因无法检测,可利用的标记数目较少,同时实验结果受个体发育的影响,因此其应用受到一定程度的限制。

周裕华人工雌核发育鲍及其近交后代微卫星分子标记研究2.4分子标记分子标记技术是继形态学标记、细胞遗传学标记、生化标记后的一种新型标记技术,实现了从表型选择到基因型选择的飞跃。

20世纪80年代以来,随着分子生物学的快速发展,DNA重组技术的日趋完善,特别是PCR扩增技术和新的电泳技术的产生,使各种分子标记应运而生如:RApD、RFLP、SSR、AfLp等,由于分子标记具有:直接以DNA的形式出现;不受环境和其它因素的影响;多态性丰富;表现为中性标记;有许多分子标记为共显性;有些分子标记所需样品量少能够用来分析微量DNA和古化石等优点,因而广泛应用在生物起源进化、亲缘关系、基因图谱构建等各个领域研究。

2.4.1RFLP20世纪80年代,遗传学家Boestein发现了第一个DNA分子水平上的遗传标记,即限制性片段长度多态性(restdctionrra脚entlengthpolymo印hism,RFLP),其基本原理是利用限制性内切酶酶切不同个体基因组DNA后,产生不同长度的片段,再与同位素或非同位素标记的探针杂交,从而显示与探针含同源顺序的酶切片段在长度上的差异。

由于所检测的DNA序列中的碱基发生替换、重排、缺失、插入等,导致限制性酶切位点的改变,产生限制性片段的差异性,其为限制性片段多态性的原因。

RFLP标记呈孟德尔遗传、不受环境因素影响、是一种共显性标记、重复性好等这些优点使RF廿标记广泛应用于生物体间的遗传变异度分析、亲缘关系、遗传图谱构建,物种起源与进化分析。

在鱼类种质的研究中,目前多是进行mtDNA酶切,检测其多态性。

Knox等(1991)利用限制性片段长度多态性方法对养殖与野生的大西洋蛙群体的mtDNA酶切分析,从来区分这两个种群。

单淇等(2006)采用RFLP分子标记对采自江西瑞昌、湖南长沙的天然缩鱼群体以及天津宁河的人工繁殖缩鱼群体进行研究发现,缩鱼瑞昌群体和长沙群体可能是两个隔离的独立群体,亲缘关系比较远。

但其多态性与选用的内切酶有很大的关系,同时操作复杂,所需成本较高;另外,进行mtDNA的RF廿分析,由于mtDNA呈母性遗传方式,检测不到父本的遗传信息,因此,其应用也存在一定程度的限制。

2.4.2RAPD随机扩增片段长度多态性标记(RandomlyAmplifiedpolymo印hieDNA)即RApD。

RApD技术由Winiams和Welsh首先提出,是利用一个随机序列的寡核普酸作引物,通常为10个核昔酸,以生物的基因组DNA作模板进行PCR扩增反应,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳、染色来检测DNA变异,由于基因中碱基片段发生丢失,突变等因素造成扩增序列在长度大小方面发生改变,从而造成扩增产物的多态性华中农业大学2007届硕士学位论文变异情况可以做为一种分子标记,可确定与性状相连锁基因所在的染色体和位置。

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