中关村华康基因研究院---单基因肿瘤综合征
1 / 1 135150 Birt-Hogg-Dube综合征
160980 Carney综合征
612359 Cowden样综合征
151623 Li-Fraumeni综合征1型
609265 Li-Fraumeni综合征2型
158320 Muir-Torre综合征
193300 VonHippel-Lindau综合征
194070 Wilms瘤1型
194071 Wilms瘤2型
113970 伯基特淋巴瘤
219090 促肾上腺皮质激素细胞腺瘤
600634 催乳素细胞腺瘤
168000 副神经节瘤1型
601650 副神经节瘤2型
605373 副神经节瘤3型
115310 副神经节瘤4型
606864 副神经节瘤合并胃恶性间质瘤
148000 卡波西肉瘤
156530 变形性骨发育不良
171400 多发性内分泌腺瘤病2a型
162300 多发性内分泌腺瘤病2b型
610755 多发性内分泌腺瘤病4型
166000 多发性内生软骨瘤病_
601606 多发性家族性毛发上皮瘤
150800 多发性皮肤平滑肌瘤
1 / 1 184500 多发性脂囊瘤
158350 多发性错构瘤综合征(Cowden病）
150699 子宫平滑肌瘤
132700 家族性圆柱瘤
155240 家族性甲状腺髓样癌
142330 家族性肝腺瘤
610455 家族性肿瘤样钙沉着症
607174 家族性脑膜瘤
602089 小儿毛细管血管瘤
114900 小肠类癌
608615 少牙畸形结直肠癌综合征
612219 尤因肉瘤
130650 巨大舌-脐膨出综合
608456 常染色体隐性结直肠腺瘤性息肉
612387 类肉瘤病,易感2型
612229 结肠癌,易感3型
606764 胃肠道间质瘤
606856 胰腺癌,易感1型
613347 胰腺癌,易感2型
613348 胰腺癌,易感3型
182000 脂溢性角化病
612160 血管瘤样纤维组织细胞瘤
180200 视网膜母细胞瘤
215300 软骨肉瘤
276300 透克氏症
611868 遗传性前列腺癌12型
611928 遗传性前列腺癌13型
601518 遗传性前列腺癌1型
133700 遗传性多发性外生骨疣1型
133701 遗传性多发性外生骨疣2型
605839 遗传性平滑肌瘤和肾细胞癌
610069 遗传性混合性息肉病综合征2型
135290 遗传性硬纤维瘤病
202300 遗传性肾上腺皮质癌
609310 遗传性非息肉性结直肠癌2型
613244 遗传性非息肉性结直肠癌8型
120435 遗传性非息肉病性结直肠癌（Lynch综合征）
135300 遗传性齿龈纤维瘤病
155255 髓母细胞瘤
155755 黑色素瘤-星形细胞瘤综合征
606719 黑色素瘤-胰腺癌综合征
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医学遗传学笔记(重点标注)
第三章 基因突变 遗传物质的改变称为突变。 基因突变
是指基因内部核苷酸的改变，包括碱基对的置换、插入或缺失。 3.1 基因突变产生的原因
根据基因突变发生的原因，可将突变分为自发突变和诱发突变。
自发突变：在自然条件下，未经人工处理而发生的突变。 诱发突变：经人工处理而发生的突变。
基因突变的一般特性：
生殖细胞突变：有利或者中性突变：
同种生物遗传性状多样性的根源、不同物种演化提供丰富的原材料、
促进生物物种系统发育与不同种群产生、
形成的原动力
有害突变：导致遗传病、构成和增加遗传负荷
体细胞突变（somatic mutation）
诱变因素： 一、物理因素： 1.紫外线：紫外线的照射可使DNA顺序中相邻的嘧啶类碱基结合成嘧啶二聚体，最常见的为胸腺嘧啶二聚体（TT）。 2.电离辐射： X-射线、γ射线、中子射线、Co60等,击中DNA链，能量被DNA吸收，导致DNA链和染色体的断裂，片段发生重排。 二、化学因素： 1、羟胺（HA）：羟胺可使胞嘧啶C的化学成分发生改变，而不能正常地与G配对， 改为与A互补，经两次复制后，C-G就变成了T-A。 2、亚硝酸或含亚硝基化合物：这类物质可以使碱基脱去氨基（—NH2），而产生结构改变，如A被脱去氨基后就变成了次黄嘌呤（H）不再与A配对变为与C配。 3、碱基类似物：如5—溴尿嘧啶（5—BU）、2—氨基嘌呤（2—AP）等，可取代碱基而插入，引起DNA分子突变。5—BU的化学结构与T很相似，它既可与A配对，也可与G配对。 4、烷化剂：甲醛、氯乙烯、氮芥等是具有高度诱变活性的烷化剂，可将烷基（CH3-、C2H5-等）引入多核苷酸链上的任何位置，被烷基化的核苷酸将产生错误配对而引起突变，如烷化G可与T配对，形成G—C→A—T的转换。 5、芳香族化合物 ： 吖啶类和焦宁类等扁平分子构型的芳香族化合物可以嵌入DNA的核苷酸序列中，导致碱基插入或丢失的移码突变。 三、生物因素： 病毒 ：风疹、麻疹、流感、疱疹等 真菌和细菌 ：毒素或代谢产物 黄曲霉素 3.2基因突变的类型 一般分为两大类－静态突变和动态突变。 静态突变是指突变DNA能稳定地传递给子代， 使子代保持突变DNA的稳定性。可分为点突变和片段突变 动态突变是指突变DNA随着亲代向子代的传递过程中进一 步发生改变，这种改变往往是重复序列拷贝数的增加 碱基替换（base substitution）:DNA链中碱基之间互相替换， 从而使被替换部位的三联体密码意义发生改变。 • 转换（transition）：是指一种嘌呤被另一种嘌呤所取代， 或是一种嘧啶被另一种嘧啶所取代。 • 颠换（transversion）：嘌呤取代嘧啶，或者嘧啶取代嘌呤。 移码突变：基因DNA链中插入或缺失1个或几个碱基对， 使自插入或缺失的那一点以下的三联体密码的组合发生改变， 进而使其编码的氨基酸种类和序列发生变化。 片段突变：是DNA链中某些小片段的碱基序列发生缺失、重复或重排。 • 缺失：是DNA在复制或损伤修复后，某一片段没有被复制或修复造成的。 • 重排：DNA链发生多处断裂，断片的两端颠倒重接或几个断片重接的序列与原先序列不同。 3.3 基因突变的命名 相关符号 c. cDNA序列 del 缺失 g. 核基因组序列 dup 重复 m. 线粒体DNA序列 ins 插入 r. RNA序列 inv 倒位 p. 蛋白质氨基酸序列 ＞碱基替换 碱基替换的命名 通式： g.（或其它符号）数字 X＞Y 例： g. 241T ＞C 某核基因序列241位Ｔ到Ｃ突变（5’测翼序列） g. 289G ＞A 某核基因序列289位G到A突变;或c. -12G ＞A起始密码子上游第12个碱基（5’非编码区） g. 303G ＞C 某核基因序列303位G到C突变; （外显子区） c. 3G ＞C 编码序列cDNA第3位G到C突变； r. 3G ＞C mRNA序列第3位G到C突变 p. Met 1 Ile 蛋白质氨基酸序列第1位甲硫氨酸到异亮氨酸突变 缺失突变的命名 通式 g.（或其它符号）数字（_数字）del（碱基符号或数字） 注：del表示缺失，del后的序列表示缺失序列，del后的数字表示缺失的碱基数，下划线_表示缺失的范围；其它符号、数子代表的序列号同前 重复突变的命名 通式 g.（或其它符号）数字（_数字）dup（碱基符号或数字） 以dup表示重复，其它符号、数子的表示方法同缺失命名 插入突变的命名 通式 g.（或其它符号）数字_数字 ins 碱基序列（或数字） ins代表插入，其它符号和数字同前 倒位突变的命名 通式 g.（或其它符号）数字_数字 inv 碱基序列（或数字） inv代表倒位，其它符号和数字同前 3.4 基因突变的结果 如果碱基替换影响的是密码子，则会产生同义突变、无义突变、错义突变和终止密码突变等遗传学效应； 如果影响的是非密码子区域，则产生几种不同的遗传学效果：无明确的遗传学效应、改变调控序列从而影响基因表达的调控、改变外显子-内含子接头处的序列从而影响外显子的加工拼接、影响mRNA的稳定性。 1）同义突变：碱基替换后，变成另一密码子——————但所编码的氨基酸没变。
2011年国家自然基金获得者名录——南京医科大学
项目批准号申请代码1项目名称项目负责人依托单位金额
81170162H0205β2-AR调控IKr的机制及其在慢性心衰室性心律失常发生中的作用邹建刚南京医科大学57
81101802H1617NIDO-αVβ3途径介导胰腺癌MUC4抗原特异性CTL凋亡的研究朱毅南京医科大学20
81101999H1622Wnt5a信号通路在乳腺癌细胞转移中的作用及作用机制朱一超南京医科大学22
81100254H0306TRAF4调控慢性放射性小肠炎肠壁纤维化的作用及分子机制朱雁飞南京医科大学23
81100624H0726甲状旁腺激素相关肽的核定位序列和C末端在骨形成中的作用及机制研究朱敏南京医科大学22
81100576H0713Sirt1去乙酰化STATs防治早期糖尿病肾病的效应及机制朱剑南京医科大学23
31171095C110201室旁核salusins在高血压发病过程中的神经机制与分子机制朱国庆南京医科大学60
81100484H0503p66Shc通过抑制PEA3/线粒体转运蛋白信号通路诱导肾小球足细胞凋亡朱春华南京医科大学22
81171610H1907淡色库蚊溴氰菊酯抗性AFLP分析与QTL图谱构建朱昌亮南京医科大学58
31171114C1102081700012A16RIKEN蛋白在精子发生中的作用研究周作民南京医科大学62
21175070B05功能纳米硅胶表面高效率分子印记可控自组装体系构建及应用研究周学敏南京医科大学60
81170161H0205汉族人ARVC患者桥粒基因新突变的致病机制研究周秀娟南京医科大学50
81100274H0314黄连素对非酒精性脂肪肝磷酸-鞘氨醇受体/鞘氨醇激酶信号通路的影响周希乔南京医科大学20
81170018H0107靶向NF-κB和TGF-β修饰的树突状细胞诱导哮喘Th2免疫耐受的研究周林福南京医科大学60
81172796H1005活体显微镜研究CXC趋化因子在CNS中招募中性粒细胞周洪南京医科大学60
基于生物信息学方法构建肝细胞癌SNHG17-miRNA-CDK4预后预测模型
第59卷 第6期
2023年12月青岛大学学报(医学版)
JOURNALOFQINGDAOUNIVERSITY(MEDICALSCIENCES)Vol.59,No.6
December 2023
[收稿日期]2023-01-18; [修订日期]2023-09-13[基金项目]国家自然科学基金青年科学基金项目(81802458)[第一作者]刘建东(1993-),男,硕士研究生。[通信作者]徐慧荣(1986-),男,硕士,主治医师。E-mail:332699352@。基于生物信息学方法构建肝细胞癌SNHG17-
miRNA-CDK4预后预测模型
刘建东1,韩翠云2,钟敬涛3,徐慧荣3
(1 山东大学齐鲁医院急诊科,山东济南 250000; 2 山东第一医科大学第一附属医院(山东省千佛山医院)护理部;3 山东省肿瘤防治研究院(山东省肿瘤医院)介入三病区)
[摘要] 目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)小核仁RNA宿主基因17(SNHG17)在肝细胞癌(HCC)发生
发展中的作用。方法 利用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库,分析HCC中SNHG17的表达及其与生存的关
系;利用基因表达综合(GEO)数据库的数据进行验证,使用GEO2R、lnCAR和Metascape软件分析SNHG17相关
性基因、构建可视化网络并进行GO和KEGG富集分析。根据通路利用多个GEO数据集筛选出细胞周期蛋白依
赖性激酶4(CDK4);利用数据库平台StarBase、miRBD以及HMDD筛选出同时以SNHG17和CDK4为靶基因的microRNA(miRNA)。结果 lncRNASNHG17在HCC中的表达显著上升(P<0.05),其表达高的病人预后显著
变差(P<0.05)。GO和KEGG富集分析结果显示,SNHG17与核蛋白复合物以及细胞周期相关。筛选出高度相
关基因CDK4并筛选出以SNHG17和CDK4为靶标的miRNAs。结论 SNHG17在HCC中表达增高,并可通过
中关村华康基因研究院----DNA甲基化测序问题集锦
DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表观。 DNA甲基化在维持细胞正常功能、传递基因组印记，胚胎发育、肿瘤发生等方面发挥重要作用，目前已经成为表观遗传学和表观基因组学的研究热点。
Roche GS FLX Titanium 、IlluminaSolexa GA IIx和AB SOLID 4均可以进行大规模DNA甲基化测序分析，由于IlluminaSolexa GA IIx测序仪具有数据读取量大、成本低等优势， IlluminaSolexa GA IIx测序仪在DNA甲基化测序方面得到广泛应用。
DNA甲基化测序可在全基因组水平上最大限度的、完整的获取甲基化状态信息和与基因表达调控的多重关系，可高效精确完成全基因组甲基化测序及高分辨DNA甲基化谱式绘制，并可对发现的靶点区进行甲基化特异性PCR验证。
甲基化测序对样品有什么要求？
答：（1） 请提供浓度≥10 ng/μg、总量≥200 ng、OD260/280为1.8~2.2的DNA样品；若单次富集的DNA量不够，建议将2~3次免疫沉淀的DNA合并在一起。
（2） 样品请置于1.5 ml管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管中，再将50 ml管放在封口袋中。为了防止低浓度样品黏附在离心管壁上，请使用non-stick tube运输DNA ；建议使用冰袋运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。
MeDIP富集DNA片段的流程？
答：甲基化DNA免疫沉淀法（Methylated DNA immunoprecipitation，MeDIP）是一种高效富集甲基化DNA的方法。主要通过与5mC特异性结合的抗体加入到变性的基因组DNA片段中，从而使甲基化的基因组片段免疫沉淀，形成富集。其流程如下（图1）：
中关村华康基因研究院遗传性心血管疾病宣传册
中关村华康基因研究院
遗传性心血管疾病基因检测项目
目录
1. 什么是遗传性心血管疾病 ................................................................ 1
2. 为什么可以通过基因检测做到100%准确诊断 ................................ 1
3. 谁适合做这项检测 ............................................................................ 2
4. 该检测都检查哪些疾病 .................................................................... 2
5. 通过检测可以达到什么目的 ............................................................ 4
6. 技术介绍 ........................................................................................... 4
7. 检测结果包括哪些信息 .................................................................... 5
8. 样品保存及运输 ............................................................................... 5
9. 检测流程 ........................................................................................... 6
CDH1基因
CDH1基因
CDH1基因突变诊断研究进展
摘要：E-钙黏蛋白(cadherin)基因（CDH1基因）外显子突变是目前已知的、导致HDGC等多种肿瘤发病的最重要因素, 筛查其突变情况可以用于指导肿瘤的临床诊治，CDH1基因的其他改变, 如内含子突变、基因甲基化及单核苷酸多态性也可能影响其表达,但这些改变与肿瘤诊断的关系尚需进一步研究。
关键词：E-钙黏蛋白；CDH1基因；肿瘤诊断
CDH1基因是位于染色体16q22.1的一种肿瘤抑制基因。它的功能是
E-cadherin的编码。E-cadherin是依赖性粘附的钙粘蛋白家族成员。E-钙粘蛋白的蛋白质被发现在上皮细胞，表示在人类发展的早期阶段。E-钙黏蛋白(cadherin)基因（CDH1基因）的损失和上皮相关的变化细胞粘附和运动已注意到在数种癌症，包括胃癌，大肠癌，乳腺癌和卵巢癌。本文综述了E-钙黏蛋白(cadherin)基因（CDH1基因）在肿瘤诊治方面的研究进展。
1.动物模型检测
Irina V.Kovtun_, Kimberly J.Harris3, Aminah Jatoi1【1】研究了在妇科肿瘤中E-cadherin的表达情况。通过敲除MMR基因，引起DNA错配修复（MMR）而发生妇科肿瘤小鼠模型，发现E-cadherin和DNA结合中断MMR途径增加子宫内膜肿瘤的发病率老鼠。E-cadherin的启动子区的序列分析证明了E-cadherin表达的损失是由失活突变引起的，这意味着E-cadherin是一个突变靶向的Msh2-缺陷小鼠。Msh2（2/2）/ CDH1（1/2）的小鼠提供妇科肿瘤发生的一个很好的模式，可能有助于测试分子靶向特异性治疗。
艾斯克尔·吐拉洪,陈凯,邓大伟【2】建立裸鼠低位直肠癌淋巴结转移模型，检测E-钙黏蛋白在裸鼠低位直肠癌淋巴结转移模型中的表达，探讨其在直肠癌淋巴结转移过程中的作用。发现E-钙黏蛋白表达的减弱或缺失，导致肿瘤细胞间黏附性降低，诱导EMT发生，可促进肿瘤细胞获得侵袭和转移的能力，进而促进了肿瘤的浸润及淋巴结转移，但其具体作用机制还不十分清楚，仍有待于进一步研究。
1例Arboleda-Tham综合征的临床表型及基因分析
1例Arboleda-Tham综合征的临床表型及基因分析
简介
Arboleda-Tham综合征是一种罕见的遗传疾病，属于性别分化障碍的范畴，最早于2014年被报道。该疾病通常由NR5A1（又称SF1）基因的突变引起，导致患者性腺组织发育异常和性激素产生不足的表型。本文将介绍一例患有Arboleda-Tham综合征的患者的临床表现及遗传学分析结果。
患者情况
本例患者A为一名14岁的女性，最初因体型较小、无月经史、无乳房发育等问题就诊。检查发现该患者的第二性征未能发育，外生殖器为女性型、无子宫和卵巢，血液中性激素水平低。此外，患者还伴随着先天性心脏病和胆囊炎，表型较为复杂。根据临床表现和基因测序结果，确定该患者为Arboleda-Tham综合征。
分子遗传学
采用基因组测序技术对患者进行分析，发现NR5A1基因中存在一个杂合性突变。该突变为c.455C>T（p.Thr152Met），已被多项研究证实与Arboleda-Tham综合征的发病相关。
NR5A1基因位于1号染色体上，编码一个重要的转录因子，参与调控人体性腺的发育和功能。NR5A1基因突变常导致儿童期或青春期前的性别发育异常，包括女性化的男性和男性化的女性。
诊疗建议
对于Arboleda-Tham综合征的患者，早期诊断和治疗非常重要，可避免其出现一系列不当发育或身体健康问题。一般而言，治疗策略应该根据患者的个体差异，包括性别、年龄和症状。
目前常规的治疗方法包括外科手术和替代性激素治疗等，然而针对不同临床表现的治疗方案仍待更多的研究和探索。在对患者进行治疗前，需要充分了解其临床表现、分子遗传学特征及家族病史等，以制定个性化的治疗方案。
结论
本例报道了一名患有Arboleda-Tham综合征的患者，该病属于性别分化障碍的一种，通常由NR5A1基因的突变引起。了解该疾病的临床表现和遗传学特征，可以为患者的早期诊断和治疗提供有益的支持和帮助。
遗传性结直肠癌基因检测及其在临床上的应用规范化问题
遗传性结直肠癌基因检测及其在临床上的应用规范化问题
姜烈君;陆晓旭;黄华艺
【摘 要】遗传性结直肠癌是一类多因素遗传特征家族性疾病,包括Lynch综合征、家族结直肠腺瘤性息肉和MYH相关性息肉,约占所有结直肠癌的5％.Lynch综合征(又称遗传性非息肉性结直肠癌)是因无效的错误配对修复(mismatch
repair,MMR)而导致微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)的一系列相关癌症,常由MMR基因(MLH1、MSH2、MSH6和PMS2)突变引起.家族性结直肠腺瘤性息肉(familial adenomatous polyposis,FAP)是APC基因突变引起的广泛性结肠息肉病.而MUTYH基因突变可引起MYH相关性息肉(MYH-associated
polyposis,MAP).为了规范对遗传性结直肠癌的分子诊断技术流程,美国医学遗传学和基因组学会制定检测大纲以供各相关实验室参考.本文对该大纲进行归纳并结合我国的大纲进行讨论.
【期刊名称】《分子诊断与治疗杂志》
【年(卷),期】2016(008)002
【总页数】7页(P135-141)
【关键词】遗传性结直肠癌;家族性腺瘤样息肉;Lynch综合征;MYH相关性息肉;基因检测
【作 者】姜烈君;陆晓旭;黄华艺
【作者单位】广西壮族自治区人民医院检验科,广西,南宁530021;广西壮族自治区人民医院检验科,广西,南宁530021;广西壮族自治区人民医院检验科,广西,南宁530021;美国罗斯威尔帕克癌症研究所肿瘤外科,纽约,布法罗14263 【正文语种】中 文
结直肠癌（colorectal cancer，CRC）可分为散发性、家族性或遗传性几种特征。约20%～30% CRC为多因素遗传特征家族性疾病，因遗传获得的高度外显率单基因突变约占所有CRC的5%。Lynch综合征、家族结直肠腺瘤性息肉（familial
COL4A3基因新突变致常染色体隐性遗传Alport综合征一家系
COL4A3基因新突变致常染色体隐性遗传Alport综合征一家系
杨阳;肖继红
【摘 要】目的 探讨Alport综合征COL4A3基因突变谱.方法 采用目的基因富集高通量测序技术,检测1例Alport综合征患儿、父母及2个妹妹的COL4A3基因Exon27、Exon48,对发现的变异基因位点进一步以PCR扩增直接正反向测序验证.结果 检测COL4A3基因发现2个新的剪接位点改变,c.1928-2A＞T杂合变异;Exon48:c.4280G＞T(p.G1427V)杂合变异,该突变可导致Alport综合征.结论 发现Alport综合征Ⅳ型胶原a3链的COL4A3基因的新突变,该发现丰富了引起Alport综合征的COL4A3基因的突变谱.
【期刊名称】《临床儿科杂志》
【年(卷),期】2015(033)012
【总页数】4页(P1006-1008,1026)
【关键词】Alport综合征;常染色体隐性遗传;Ⅳ型胶原;COL4A3基因
【作 者】杨阳;肖继红
【作者单位】厦门大学附属第一医院福建医科大学教学医院儿科 福建厦门361003;厦门大学附属第一医院福建医科大学教学医院儿科 福建厦门361003
【正文语种】中 文
Alport 综合征（alport syndrome，AS）是以肾脏进行性损害为主，伴耳聋和眼部异常的遗传性疾病，并可导致终末期肾衰竭。直到20世纪90年代，其致病基因才相继被定位和克隆。目前认为，AS的主要发病机制与肾小球基底膜（glumerular basement membrane，GBM）Ⅳ型胶原a3、a4、a5链的基因突变有关，其中Ⅳ型胶原蛋白a3和a4 （COL4A3和COL4A4）的突变被发现可以引起呈常染色体隐性或显性遗传的AS。现报告一家系COL4A3基因的新突变致AS。
患儿女，12岁，因反复肉眼血尿24 d，于2013年9月就诊于厦门大学附属第一医院儿科。患儿入院前24 d无明显诱因出现肉眼血尿，无其他伴随症状。入院体格检查：全身无水肿，血压98/61 mmHg，心、肺、腹部均无异常。患儿父母和2个妹妹（年龄最小10岁，最大38岁）血压均正常，无肾脏病家族史，父母非近亲婚配。入院实验室检查：尿常规红细胞15 562/μl，白细胞62.7/µl，尿潜血3+，尿蛋白2+；尿三杯为全程血尿，尿红细胞形态为正形红15%，异性红 85%；24 h尿蛋白定量0.60 g。血胆固醇5.78 mmol/L，三酰甘油0.81 mmol/L，高密度脂蛋白胆固醇1.55 mmol/L，低密度脂蛋白胆固醇3.86 mmol/L；补体C3