简单组建linux集群及并行编译vasp过程
简单组建linux集群及并行编译vasp过程我们现在主要是用做高性能计算，下面就是我的集群的组建过程。
集群的硬件环境：做一个集群，节点机器的硬件最好相同，这样计算的效率就会高很多，同时组建集群也相对容易。
以下是我的机器的配置情况（全新，组装）另外要说的是，我们的节点机没有配置显示器，全部工作由服务器完成。
连接就是通过交换机连接，和一般局域网连接相同。
服务器：P4 3.2，内存2 G ，硬盘：160G ，显示器，网卡：2个千兆网卡（money：8千多）节点（10台）： P4 3.2，内存：2 G，硬盘：80G ，网卡：千兆网卡（5千多每台）华为24口千兆交换机（4千多）集群软件环境：建一个简单的集群，其实并不难，主要配置nis，nfs，rsh，mpi 就好了。
推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著，机械工业出版社。
我的集群，采用suse9.3，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作系统，redhat9，rhas4无法识别网卡，rocks无法安装，如果硬件没有什么问题，建议大家可以试下rocks cluster这个集群系统，rocks集操作系统和集群于一体，安装完成并行环境就已经建立，而且还配备了pbs管理软件，非常简单，容易上手，只是我的硬件不太兼容，本来是想装rocks的，无奈，只有自己动手了。
Suse配置nis，nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window一样方便，只要鼠标轻点几下就ok。
1．Linux系统的安装，suse安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在分区的时候要注意，最要自己手动分区，对于服务器来说，最好能分一个独立的分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。
注意的是一下几个软件包一定要安装nfs（nfs－utils），nis（ypbind），rsh（rsh－server）。
2．基本的网络配置（通过yast的网卡配置）服务器的：192.168.1.253 hostname：node0 域名：node0.cluster节点机器：192.168.1－192.168.1.10 hostname：node1－node10 域名：node*.cluser掩码：255.255.255.03.服务器的配置3.1．Nfs设置NFS（NetWork File System）是一种使用比较多的网络文件系统，它以它的安装容易，使用方便得到很多Linux爱好者的使用。
在使用NFS时，我们把需要共享的分区或者文件按照一定的规范共享出去，想使用这个资源的机器使用mount 命令把共享的资源加载到自己的系统上，然后就可以像使用自己的本地文件系统一样方便。
进入图形yast－network－nfs server，之后开始配置，点击add directory：之后设置两个共享目录， /home,/usr/local/，然后加入共享这两个目录的主机通配符192.168.1.0/255.255.255.0 rw,root_squash, sync。
其实配置nfs就是修改/etc/exports 文件，你也可以直接修改成/home/ 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync)/usr/local 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync)Ok，NFS就这样配置好了。
3.2 NIS的配置NIS(Network Information Service)是实现网络上各Linux机器之间的重要数据分享。
这些数据包括用户帐号，密码，组文件，主机文件，等等。
在集群中我们要做到单一的镜象就需要NIS的一些服务。
比如我们不需要在每个节点上建立各自的用户，而是在master上建立一个用户以后，就同时在其它的节点上能够访问到这个用户。
下面是我的配置过程：Yast－network－nis server－create nis master server之后填入nis domain name，就是域名，我们填node0.Cluster，之后一些信息一般选默认就可以了，之后要配置hosts：netmask：255.255.255.255 network：127.0.0.1netmask：255.255.0.0 network：192.168.0.0ok,之后完成，进入/var/yp目录，执行make就最后完成nis的配置。
注意的是如果你新建用户了，要注意执行make命令更新nis信息。
最后启动网络服务yast－network-start service进入设置，开启shell，login 两项服务。
3.3 rsh的配置注意修改这两个文件/etc/hosts /etc/hosts.equiv 所建立用户的.rhosts，这个文件和/hosts.equiv文件内容设置相同。
Hosts的文件信息，最后修改成：127.0.0.1 localhost192.168.1.253 node0.cluster node0192.168.1.1 node1.cluster node1192.168.1.10 node10.cluster node10Hosts.equiv:Node0Node1Node10把所有节点的信息输入到这两个文件，等节点机器的配置好后，你就可以用命令rlogin node*,登陆节点机器，这样就可以对节点机器进行操作了。
节点机器的配置配置nis，nfs的情况基本和服务器类似，只是进入yast的时候选择的是nis客户端，和nfs客户端即可，这里不再详细说明。
之后启动rsh服务，启动过程，编辑/etc/xinetd.d/rsh 将其中内容“disable＝yes”改成“disable＝no”，重新restart xinetd，激活rsh #chkconfig –level 345 rsh on#/etc/rc.d/xinetd restart,这样就配置好rsh了，Lam－mpi的编译安装使用。
（1）到lam－mpi官方网站下载最新的源代码，注意不要下载rpm格式的，要自己编译tar.gz格式的（2）用“tar zxvf lam-7.1.1.tar.gz”解压（3）进入该目录配置编译信息(后面编译vasp中的makefile有)./configure—prefix =/usr/local/lam-7.1.1 ――with CFLAGS=―O ―with –fc=ifort ―― with ―f77flags=―O ―without ―romio几点说明，前面是配置lam－mpi的安装路径/usr/local/lam-7.1.1,指定的编译器是intel的fortran编译器ifort（4）然后执行make进行编译，最后执行make install安装，ok成功安装lam －mpi之后最好把/usr/local/lam-7.1.1/bin加入到搜索路径中，具体做法vi编辑/etc/profile找到#make path more comfortable＃if test ………thenPATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/local/lam-7.1.1/bin Ok, 这样就设置好路径了，注意的是服务器和节点机器都要设置，因为我们是通过nfs共享lam。
之后新建一个文件，lamhosts，输入node0，执行lamboot －lamhosts如果显示有lam的相关信息，那说明安装成功。
之后顺便说一下lam的使用的几个命令，注意执行lam不能在root下操作1）新建一个文件，说明要使用并行计算的几个机器，vi lamhosts加入你要计算的机器，比如node0 node1 node2 …每个机器一行2） lamboot －v lamhosts 启动lam－mpi3） mpirun － np * program *为你运行机器的台数，progran为并行程序，在vasp中我就直接运行mpirun －np 10 vasp4）运行结束，记得wipe －v lamhosts 释放机器，否则节点机器无法关机，我经常忘记执行这个命令，导致关机的时候无法正常关机.。
Ifc8.0并行vasp的编译（参考了本论坛的[转帖]VASP程序的编译(valenhou)）感觉vasp安装不同操作系统不同的版本情况有很大不一样，在suse中并行vasp4.6我编译不成功，并行vasp4.5成功，串行4.6也成功，在rhas4.0中串行vasp4.6无法成功编译，vasp4.5则没有问题，大家如果编译不成功的话，可以试试不同版本。
下面讲讲我的并行编译。
首先要安装好fortran的编译器ifc 这个不详细讲了，重要是要配置好路径，节点机器也是同样问题，ifc可以通过nfs共享，节点机器只要设置好路径就好了。
1．下载数学库libgoto，我的是intel平台我下libgoto_prescott32p-r1.00.so，之后我把他放在vasp上一级目录/usr/local/lib中2．解压vasp.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz，注意把vasp安装在usr/local 的共享目录中Tar zxvf vasp.4.5.tar.gz tar zxvf vasp.4.lib.tar.gz3. cd vasp.4.libcp makefile.linux_ifc_P4 makefilevi makefile 把当中的编译命令ifc改为ifort，在8.0中的命令是ifort不是ifc之后执行make命令得到libdmy.a。
4. cd vasp.4.5cp makefile.linux_ifc_P4 makefilevi makefile 把前面第50行的FC=IFC部分用＃注释掉，第80－82的cpp部分也注释掉之后就是136行blas＝/usr/local/lib/libgoto_prescott32p-r1.00.so-lsvmlLAPACK用139行vasp自带的lapack，把第166行和167行有关FFT3D的行前加上注释号，如下面的#FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o#FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a 之后把202，203行mpi部分fc＝mpif77的＃去掉把212行有关CPP的行前的注释号去掉把226和227行有关SCA的行，加上注释号把239和243行有关FFT3D的行，改成如下的内容：# FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juergen FurthmuellerFFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dlib.o# fftw.3.0.1 is slighly faster and should be used if available#FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o/opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a把这些都修改后，保存，再make得到vasp的可执行程序，为了和串行区别之后我把vasp修改为vaspmpi，copy到/bin中去。
64位并行vasp安装过程总结
采用IFC编译器，MKL数据库对V ASP编译的过程1．准备系统为Open suse linux-10.3 x86-64或Open suse linux-11.0 x86-64V ASP源代码（vasp.4.6.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz）,mkl数据库（l_mkl_p_9.1.023.tar),ifc 编译器（l_fc__pl_9.1.036.tar.gz）。
我们将以上安装所需文件都放在/root/vasp目录下并解压2．Ifc编译器安装先解压tar –zxvf l_fc_c_9.1.036.tar.gz 得到l_fc_c_9.1.036.文件夹进入l_fc__pl_9.1.036文件夹找到install.sh文件执行./install.sh开始安装ifc，安装过程都选用默认的路径(/opt/intel/fc/9.1.036)安装安装完毕，进入/opt/intel/fce/9.1.036/bin目录执行cp ifort /binifc安装完成3．mkl的安装进入l_mkl_p_9.1.023.tar所在目录tar –zxvf l_mkl_p_9.1.023.tar进入解压得到的目录l_mkl_p_9.1.023进入install文件夹，可以看到一个可执行的文件install./install.sh默认安装即可，默认目录为/opt/intel/mkl/9.1.023二、安装MPICH2(在节点root目录下)1、解压缩#tar -zxvf mpich2-1.0.1.tar.gz或者#gunzip -c mpich2-1.0.1.tar.gz|tar xf mpich2-1.0.1.tar2、创建安装目录#mkdir /usr/MPICH-instsll3、进入mpich2解压目录#cd mpich2-1.0.14、默认安装目录#./configure5、编译#make6、安装#make install7、退出到root目录#cd ..8、通过编辑.bashrc文件修改环境变量#vi .bashrc修改后的.bashrc文件如下：8．设置环境变量编辑root下的.bashrc# .bashrc# User specific aliases and functionsalias rm='rm -i'alias cp='cp -i'alias mv='mv -i'PATH="$PATH:/usr/local/bin" （安装mpich2要添加的路径）# Source global definitionsif [ -f /etc/bashrc ]; then. /etc/bashrcfiexport LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/mkl/9.1.023/lib/em64t:/opt/intel/fce/9.1.036/lib. /opt/intel/fce/9.1.036/bin/ifortvars.sh （新添加路径）export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/9.1.023/lib/em64t （新添加路径）9、测试环境变量设置#which mpd#which mpicc#which mpiexec#which mpirun#which mpif9010、修改/etc/mpd.conf文件，添加内容为secretword=myword#vi /etc/mpd.conf添加secretword=myword设置文件读取权限和修改时间#touch /etc/mpd.conf#chmod 600 /etc/mpd.conf1、本地测试#mpd & 启动#mpdtrace 观看启动机器#mpdallexit 退出三。
vasp编译
(1)准备1.sudo apt-get install g++sudo apt-get install build-essentialsudo apt-get install gcc-multilibsudo apt-get install libstdc++5sudo apt-get install openjdk-6-jre-headlesssudo apt-get install ia32-libssudo apt-get install lib32stdc++6sudo apt-get install libc6-dev-i386sudo apt-get install g++-multilibsudo apt-get install gfrotran1 2 3 tar -2. xzvf xxx #xxx 指压缩包的名称 cd 解压后目录 ./install.sh##########安装过程很简单，安装提示就行########安装完成后，修改环境变量1 vi ~/.bashrc在末尾添加source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 （64位版本）source /opt/intel/bin/compilervars.sh ia32 (32位版本)1 source ~/.bashrc4. 编译mpi首先下载mpich2的安装文件1 2 3 4 5 6 tar mpich2压缩包cd 文件夹./configure --prefix=安装目录 f77=ifort f90=ifort fc=ifortmakemake installvi ~/.bashrc笔者安装目录在/opt/mpich2，也可以放在其他文件夹中，注意执行make install 用户需要有写入权限在文件最后写入如下代码1 2 3 4 #mpi2 startPATH=/usr/local/mpich2-1.2.1p1/bin:$PATHexport PATH#mpi2 end再source 一下1 source ~/.bashrc5.编译fftw1 2 3 4 5 tar 安装文件cd 文件夹./configure --prefix=安装目录 F77=ifort F90=ifort GCC=ifortmakemake install all6.编译vasp准备 vasp.5.2.tar.gz vasp.5.lib.tar.gz首先编译的是vasp.lib1 2 3 4 5 tar xzvf vasp.5.2.tar.gztar xzvf vasp.5.lib.tar.gzcd vasp.5.libcp makefile.linux_ifc_P4 makefilevi makefile修改19行的 ifc –>ifort1 make如果出现 error { gcc:error trying to wxec ‘f951′ :execvp : No such file or directory }这是gcc 的一个BUG ，解决方法是安装gfortran1 sudo apt-get install gfortran然后再重新编译接着编译vasp1 2 3 4 cd ../cd vasp.5.2cp makefile.linux_ifc_P4 makefilevi makefile主要有如下几个改动1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1row:53 FC=ifc-->FC=ifortrow:129 BLAS= /opt/libs/libgoto/libgoto.so-->#BLAS= /opt/libs/libgoto/libgoto.sorow:132 LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o-->#LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o row:135后添加新行MKLINCLUDE=/opt/intel/mkl/include/MKLPATH=/opt/intel/mkl/lib/intel64/BLASLAPACK=-L/opt/intel/mkl/lib/intel64/ -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -l iomp5 -lpthread#LIB = -L../vasp.5.lib -ldmy \../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \$(BLAS)LIB = -I$(MKLINCLUDE) -L$(MKLPATH) \-L../vasp.5.lib -ldmy \$(BLASLAPACK) \../vasp.5.lib/linpack_double.o31 4 1 5 1 6 1 7 1 8 #158 ff3d后加入库的目录（根据安装ff3d的位置来）FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o /usr/local/lib/libfftw3.a然后make，如果没有编译错误那应该是编译成功了，会产生一个vasp的可执行文件。
VASP5.4编译过程说明
V ASP5.4编译1.编译器安装：parallel_studio_xe_2011_sp1_update2_intel64.tgz解压安装即可，./install.sh：安装中使用的激活码为L3FN-2VRGKX7K安装完设置环境变量:For csh/tcsh:$ source install-dir/bin/compilervars.csh intel64For bash:$ source install-dir/bin/compilervars.sh intel64测试是否成功：which icc/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/intel64/iccwhich ifort/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/intel64/ifort2.安装openmpi：openmpi-1.4.5.tar.gz解压，然后输入./configure CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort 指定编译器之后依次执行make，make install安装完成后，加入如下三个环境变量：export PATH=/usr/local/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib/openmpi:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH具体路径找自己的，其中少了第三个路径的话可以编译文件，但是运行编译后的文件会说找不到库函数。
建议安装完成之后进入解压文件夹（不是安装目录）下的example文件夹中测试程序，输入make之后会自动编译，完成之后输入mpirun –np 8 hello_f90,如果安装正确，会出现：Hello, world, I am 0 of 8Hello, world, I am 1 of 8Hello, world, I am 2 of 8Hello, world, I am 3 of 8Hello, world, I am 4 of 8Hello, world, I am 5 of 8Hello, world, I am 6 of 8Hello, world, I am 7 of 88是服务器的cpu数量。
linux编译方法
linux编译方法随着信息技术的发展，Linux操作系统在各个领域中得到了广泛应用。
为了能够更好地使用和开发Linux，对于Linux的编译方法有着深入的了解是十分必要的。
本文将介绍Linux的编译方法，包括准备工作、编译过程以及常见问题的处理。
一、准备工作在进行Linux编译之前，需要进行一些准备工作来保证编译的顺利进行。
1.1 环境搭建首先，需要确保你的系统已经安装了必要的软件和工具，比如gcc编译器、make工具等。
可以通过运行以下命令来检查软件是否已经安装：```shellgcc --versionmake --version```如果显示相应软件的版本号，则表示已经安装成功。
1.2 获取源代码在开始编译之前，需要先获取源代码。
通常情况下，你可以从开源项目的官方网站或者代码托管平台上下载源代码。
通过以下命令可以从远程仓库中克隆代码到本地：```shellgit clone <repository_url>```其中`<repository_url>`是代码仓库的URL地址。
二、编译过程在准备工作完成后，就可以进行Linux的编译了。
下面介绍一般的编译过程。
2.1 配置首先，在源代码所在的目录中运行以下命令来进行配置：```shell./configure```配置命令会检查系统环境，并生成一个Makefile文件，用于后续的编译。
2.2 编译配置完成后，运行以下命令进行编译：make```编译命令会根据Makefile文件中的规则，将源代码编译为可执行文件或者库文件。
2.3 安装编译完成后，可以运行以下命令来进行安装：```shellmake install```安装命令会将编译生成的文件复制到系统指定的目录中，使得这些文件可以被系统正常调用和使用。
三、常见问题处理在进行Linux编译的过程中，可能会遇到一些常见的问题。
下面列举一些常见问题及其解决方法。
3.1 缺少依赖库在编译过程中，可能会提示缺少某些依赖库。
LINUX内核模块编译步骤
LINUX内核模块编译步骤编译Linux内核模块主要包括以下步骤：1.获取源代码2.配置内核进入源代码目录并运行make menuconfig命令来配置内核。
该命令会打开一个文本菜单，其中包含许多内核选项。
在这里，你可以配置内核以适应特定的硬件要求和预期的功能。
你可以选择启用或禁用各种功能、设备驱动程序和文件系统等。
配置完成后，保存并退出。
3. 编译内核（make）运行make命令开始编译内核。
这将根据你在上一步中进行的配置生成相应的Makefile，然后开始编译内核。
编译的过程可能需要一些时间，请耐心等待。
4.安装模块编译完成后，运行make modules_install命令将编译好的模块安装到系统中。
这些模块被安装在/lib/modules/<kernel-version>/目录下。
5.安装内核运行make install命令来安装编译好的内核。
该命令会将内核映像文件（通常位于/arch/<architecture>/boot/目录下）复制到/boot目录，并更新系统引导加载程序（如GRUB）的配置文件。
6.更新GRUB配置文件运行update-grub命令来更新GRUB引导加载程序的配置文件。
这将确保新安装的内核在下次启动时可用。
7.重启系统安装完成后，通过重启系统来加载新的内核和模块。
在系统启动时，GRUB将显示一个菜单，你可以选择要启动的内核版本。
8.加载和卸载内核模块现在，你可以使用insmod命令来加载内核模块。
例如，运行insmod hello.ko命令来加载名为hello.ko的模块。
加载的模块位于/lib/modules/<kernel-version>/目录下。
如果你想卸载一个已加载的内核模块，可以使用rmmod命令。
例如，运行rmmod hello命令来卸载已加载的hello模块。
9.编写和编译模块代码要编写一个内核模块，你需要创建一个C文件，包含必要的模块代码。
VASP5.4.4编译
VASP5.4.4编译之前根据sobereva⽼师的视频写过名为的随笔，笔者亲⾃实践过，编译的也没问题，测试作业也正常，但是后来发现这样编译的vasp仍有问题，运⾏内存会不断增长，⼤概半⼩时后，mem到达了最⼤值，然后使⽤swap继续增长，mem和swap全⽤光了之后，作业直接断掉。
于是乎笔者使⽤较新的编译器（parallel_studio_xe_2020_update4_cluster_edition）试了⼀下，并参考了的makefile.include 以及使⽤了fftw，这样编译出来的vasp⽬前没出现问题。
parallel_studio_xe的安装同，然后将. /opt/intel/parallel_studio_xe_2020.4.912/psxevars.sh加⼊ /etc/profile 后重启终端，出现了Intel(R) Parallel Studio XE 2020 Update 4for Linux*Copyright 2009-2020 Intel Corporation.然后which icc ifort icpc mpiifort发现都能找的到，开始编译fftw，此处为 fftw-3.3.9./configure -prefix=/opt/fftw339 CC=icc F77=ifort MPICC=mpiicc -enable-mpimakemake install最后进⾏vasp编译，在此列出我的makefile.include供参考# Precompiler optionsCPP_OPTIONS= -DHOST=\"LinuxIFC\"\-DMPI -DMPI_BLOCK=8000 \-Duse_collective \-DscaLAPACK \-DCACHE_SIZE=4000 \-Davoidalloc \-Duse_bse_te \-Dtbdyn \-Duse_shmem\-DlibbeefCPP = fpp -f_com=no -free -w0 $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)FC = mpiifortFCL = mpiifort -mklFREE = -free -names lowercaseFFLAGS = -assume byterecl -w -heap-arrays 64OFLAG = -O2 -xhostOFLAG_IN = $(OFLAG)DEBUG = -O0MKL_PATH = /opt/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl/lib/intel64/BLAS =-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lmkl_scalapack_lp64LAPACK =BLACS =SCALAPACK =OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o /opt/fftw339/lib/libfftw3_mpi.aINCS =-I/opt/fftw339/includeBEEF = -L/home/zhu/software/beef/lib -lbeefLLIBS = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS) $(BEEF)OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.oOBJECTS_O2 += fft3dlib.o# For what used to be vasp.5.libCPP_LIB = $(CPP)FC_LIB = $(FC)CC_LIB = iccCFLAGS_LIB = -OFFLAGS_LIB = -O1FREE_LIB = $(FREE)OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o# For the parser libraryCXX_PARS = icpcLIBS += parserLLIBS += -Lparser -lparser -lstdc++# Normally no need to change thisSRCDIR = ../../srcBINDIR = ../../bin#================================================# GPU StuffCPP_GPU = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.oCC = iccCXX = icpcCFLAGS = -fPIC -DADD_ -Wall -openmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS CUDA_ROOT ?= /usr/local/cuda/NVCC := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=iccCUDA_LIB := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublasGENCODE_ARCH := -gencode=arch=compute_30,code=\"sm_30,compute_30\" \-gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \-gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\"MPI_INC = $(I_MPI_ROOT)/include64/PS：笔者控制变量，将PSXE2020换成PSXE2019，还是会出现之前的问题，并没有测试使⽤fftw与否的影响。
vasp.5.2编译过程
Vasp.5.2编译⒈正常安装ifort编辑器（如vasp.4.6安装过程）修改环境变量# .bashrc# User specific aliases and functions# Source global definitionsif [ -f /etc/bashrc ]; then. /etc/bashrc#IFORT=/home/usr1/intel/PATH="/home/usr1/intel/fce/9.0/bin":${PATH}PATH="/home/usr1/intel/idbe/9.0/bin":${PATH}export PATHMANPATH="/home/usr1/intel/fce/9.0/man":${MANPATH}MANPATH="/home/usr1/intel/idbe/9.0/man":${MANPATH}export MANPATHLD_LIBRARY_PATH="/home/usr1/intel/fce/9.0/lib":${LD_LIBRARY_PATH}export LD_LIBRARY_PATH#INTEL_LICENSE_FILE="/home/usr1/intel/licenses":$INTEL_LICENSE_FILEexport INTEL_LICENSE_FILE#fi⒉安装mkl⑴过程如vasp.4.6的过程⑵编译mkl的FFTW函数库：进入到opt/intel/mkl/xxxx/interfaces/fftw3xf(默认安装)的路径,在root权限下在终端键入make libem64t compiler=intel。
加入环境变量# .bashrc# User specific aliases and functions# Source global definitionsif [ -f /etc/bashrc ]; then. /etc/bashrcLD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/em64t":${LD_LIBRARY_PATH}INCLUDE="/opt/intel/mkl/10.0.1.014/include":${INCLUDE}export INCLUDE#fi⒊安装openmpi⑴解压文件，在终端中进入openmpi-xxxx（代表版本）的目录。
VASP编译
1、解压文件:
[root@yanshanwenbin* opt] tar jxvf Filename.tar.bz2
2.进入openmpi解压文件夹
[root@yanshanwe opt]: cd openmpi-1.6.5
3.安装前的配置问题。需要配置一个安装路径以及编译的程序。
export PATH=/opt/intel/impi/4.1.1.036/include64:$PATH
#source /etc/profile.d/paths.sh
!!!!!!到此VASP需要的文件安装完成##########
四.VASP编译
1.VASP.5.l的都是最新版本
在下载过程中提供邮箱获取序列号，从2011版ifort编译器开始已经自带MKL数学库，因此不需要在另外安装MKL数学库
一.ifort安装
1.下载ifort编译器（Intel非商业版）l_fcompxe_2013.4.183.tgz
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2013.4.183/mkl/lib/intel64/:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2013.4.183/compiler/lib/intel64/:$LD_LIBRARY_PATH
############makefile####################################
.SUFFIXES: .inc .f .F
#-----------------------------------------------------------------------
Vasp编译测试
Vasp编译三种情况(mkl+ifort,goto+ifort,goto2+ifort)Xuliang 2010-2-7安装编译环境：Cluster: rocks5.2(内核是centos5.2) dell opetix 960 四核酷睿Q960 8G内存，千兆交换机。
CentOS5.2+mkl 10.0.1.014+mpich 1.2.7+ifort 10.1.015三种情况下不同在于选用不同的blas库而已，下面蓝色有标注说明选用goto2+ifort+mpich速度几乎是前面两种的2倍（串行和并行），具体可以看下面的表格测试数据）。
有人测试5.2的说明附录在最后。
1、先编译得到intel的libfftw3xf_intel.a （不知道有没有人对比过不同fft对速度的影响）超级用户：cd /opt/intel/mkl/10.1.0.015/interfaces/fftw3xfmake libem64t compiler=intel2、Mpich 和intel编译器前面已经装好。
3、gotoblas库的编译：GotoBLAS2-1.13.tar.gz GotoBLAS-1.26.tar.gz编译goto2如下：解压后在目录下：make BINARY=64 FC=ifort CC=icc TARGET=CORE2编译goto如下：修改Makefile.rule:C_COMPILER = INTEL F_COMPILER = INTEL BINARY64 = 1然后./ quickbuild.64bit4、vasp编译过程：（红色为修改部分）Install VASP lib 修改如下：.SUFFIXES: .inc .f .F#-----------------------------------------------------------------------# Makefile for Portland Group F90/HPF compiler# the makefile was tested only under Linux on Intel platforms# however it might work on other platforms as well## this release of vasp.4.lib contains lapack v2.0# this can be compiled with pgf90 compiler if the option -O1 is used## Mind: one user reported that he had to copy preclib.F diolib.F# dlexlib.F and drdatab.F to the directory vasp.4.4, compile the files# there and link them directly into vasp# for no obvious reason these files could not be linked from the library##-----------------------------------------------------------------------# C-preprocessorCPP = icc -E -P -C $*.F >$*.fCC=iccFC=ifortCFLAGS = -OFFLAGS = -O3 -align -xT#FFLAGS = -I/opt/intel/mkl/10.0.1.014/include/fftw -FR -lowercase -assume byterec l $(OFLAGS)FREE = -FRDOBJ = preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o diolib.o dlexlib.o drdatab.o#-----------------------------------------------------------------------# general rules#-----------------------------------------------------------------------libdmy.a: $(DOBJ) lapack_double.o linpack_double.o lapack_atlas.o-rm libdmy.aar vq libdmy.a $(DOBJ)# files which do not require autodoublelapack_min.o: lapack_min.f$(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_min.flapack_double.o: lapack_double.f$(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_double.flapack_single.o: lapack_single.f$(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_single.flapack_atlas.o: lapack_atlas.f$(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_atlas.flinpack_double.o: linpack_double.f$(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_double.flinpack_single.o: linpack_single.f$(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_single.f.c.o:$(CC) $(CFLAGS) -c $*.c.F.o:$(CPP)$(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f.F.f:$(CPP).f.o:$(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.fCompile VASP parallel general-k verision by mpich.SUFFIXES: .inc .f .F#-----------------------------------------------------------------------# Makefile for Portland Group F90/HPF compiler# the makefile was tested only under Linux on Intel platforms# however it might work on other platforms as well## this release of vasp.4.lib contains lapack v2.0# this can be compiled with pgf90 compiler if the option -O1 is used## Mind: one user reported that he had to copy preclib.F diolib.F# dlexlib.F and drdatab.F to the directory vasp.4.4, compile the files# there and link them directly into vasp# for no obvious reason these files could not be linked from the library##-----------------------------------------------------------------------# C-preprocessorCPP = icc -E -P -C $*.F >$*.fCC=iccFC=ifortCFLAGS = -OFFLAGS = -O3 -align -xT#FFLAGS = -I/opt/intel/mkl/10.0.1.014/include/fftw -FR -lowercase -assume byterecl $(OFLAGS)FREE = -FRDOBJ = preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o diolib.o dlexlib.o drdatab.o#-----------------------------------------------------------------------# general rules#-----------------------------------------------------------------------libdmy.a: $(DOBJ) lapack_double.o linpack_double.o lapack_atlas.o-rm libdmy.aar vq libdmy.a $(DOBJ)# files which do not require autodoublelapack_min.o: lapack_min.f$(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_min.flapack_double.o: lapack_double.f$(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_double.flapack_single.o: lapack_single.f$(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_single.flapack_atlas.o: lapack_atlas.f$(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_atlas.flinpack_double.o: linpack_double.f$(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_double.flinpack_single.o: linpack_single.f$(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_single.f.c.o:$(CC) $(CFLAGS) -c $*.c.F.o:$(CPP)$(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f.F.f:$(CPP).f.o:$(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f[********************.6.34]$lsmakefile.4.6 vasp.4.6 vasp.4.libmakefile.lib vasp.4.6.tar.gz vasp.4.lib.tar.gz[********************.6.34]$moremakefile.4.6.SUFFIXES: .inc .f .f90 .F#-----------------------------------------------------------------------# Makefile for Intel Fortran compiler for P4 systems## The makefile was tested only under Linux on Intel platforms# (Suse 5.3- Suse 9.0)# the followin compiler versions have been tested# 5.0, 6.0, 7.0 and 7.1 (some 8.0 versions seem to fail compiling the code) # presently we recommend version 7.1 or 7.0, since these# releases have been used to compile the present code versions## it might be required to change some of library pathes, since# LINUX installation vary a lot# Hence check ***ALL**** options in this makefile very carefully#-----------------------------------------------------------------------## BLAS must be installed on the machine# there are several options:# 1) very slow but works:# retrieve the lapackage from # and compile the blas routines (BLAS/SRC directory)# please use g77 or f77 for the compilation. When I tried to# use pgf77 or pgf90 for BLAS, V ASP hang up when calling# ZHEEV (however this was with lapack 1.1 now I use lapack 2.0) # 2) most desirable: get an optimized BLAS## the two most reliable packages around are presently:# 3a) Intels own optimised BLAS (PIII, P4, Itanium)# /software/products/mkl/# this is really excellent when you use Intel CPU's## 3b) or obtain the atlas based BLAS routines# /# you certainly need atlas on the Athlon, since the mkl# routines are not optimal on the Athlon.# If you want to use atlas based BLAS, check the lines around LIB= ## 3c) mindblowing fast SSE2 (4 GFlops on P4, 2.53 GHz)# Kazushige Goto's BLAS# /users/kgoto/signup_first.html##-----------------------------------------------------------------------# all CPP processed fortran files have the extension .f90SUFFIX=.f90#-----------------------------------------------------------------------# fortran compiler and linker#-----------------------------------------------------------------------FC=ifort# fortran linkerFCL=$(FC)#-----------------------------------------------------------------------# whereis CPP ?? (I need CPP, can't use gcc with proper options)# that's the location of gcc for SUSE 5.3## CPP_ = /usr/lib/gcc-lib/i486-linux/2.7.2/cpp -P -C## that's probably the right line for some Red Hat distribution:## CPP_ = /usr/lib/gcc-lib/i386-redhat-linux/2.7.2.3/cpp -P -C## SUSE X.X, maybe some Red Hat distributions:CPP_ = ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)#-----------------------------------------------------------------------# possible options for CPP:# NGXhalf charge density reduced in X direction# wNGXhalf gamma point only reduced in X direction# avoidalloc avoid ALLOCA TE if possible# IFC work around some IFC bugs# CACHE_SIZE 1000 for PII,PIII, 5000 for Athlon, 8000-12000 P4# RPROMU_DGEMV use DGEMV instead of DGEMM in RPRO (depends on used BLAS)# RACCMU_DGEMV use DGEMV instead of DGEMM in RACC (depends on used BLAS)#-----------------------------------------------------------------------#CPP = $(CPP_) -DHOST=\"LinuxIFC\" \-Dkind8 -DNGXhalf -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc \# -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV#-----------------------------------------------------------------------# general fortran flags (there must a trailing blank on this line)#-----------------------------------------------------------------------FFLAGS = -FR -lowercase -assume byterecl#-----------------------------------------------------------------------# optimization# we have tested whether higher optimisation improves performance# -axK SSE1 optimization, but also generate code executable on all mach.# xK improves performance somewhat on XP, and a is required in order# to run the code on older Athlons as well# -xW SSE2 optimization# -axW SSE2 optimization, but also generate code executable on all mach.# -tpp6 P3 optimization# -tpp7 P4 optimization#-----------------------------------------------------------------------#OFLAG=-O3 -xTOFLAG=-O3 -xT -static-intel -static -mtune=core2 -fp-model strictOFLAG_HIGH = $(OFLAG)OBJ_HIGH =OBJ_NOOPT =DEBUG = -FR -O0INLINE = $(OFLAG)#-----------------------------------------------------------------------# the following lines specify the position of BLAS and LAPACK# on P4, V ASP works fastest with the libgoto library# so that's what I recommend#-----------------------------------------------------------------------# Atlas based libraries#A TLASHOME= $(HOME)/archives/BLAS_OPT/A TLAS/lib/Linux_P4SSE2/#BLAS= -L$(A TLASHOME) -lf77blas -latlas# use specific libraries (default library path might point to other libraries)#BLAS= $(A TLASHOME)/libf77blas.a $(A TLASHOME)/libatlas.a# use the mkl Intel libraries for p4 ()# mkl.5.1# set -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV in the CPP lines#BLAS=-L/opt/intel/mkl/lib/32 -lmkl_p4 -lpthread#BLAS= -L/opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/em64t -lmkl_em64t -lmkl_core -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread \-lmkl_sequential -lmkl_solver_lp64 -lmkl_solver_lp64_sequential –lguide(注明：这样是mkl编译)# mkl.5.2 requires also to -lguide library# set -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV in the CPP lines# even faster Kazushige Goto's BLAS# /users/kgoto/signup_first.html#BLAS= /opt/libs/libgoto/libgoto_p4_512-r0.6.soBLAS= /home/samuel/soft/lib/GotoBLAS/libgoto_penrynp-r1.26.so (注:这个是goto编译) #BLAS= /home/samuel/soft/lib/GotoBLAS2/libgoto2_core2p-r1.13.so (注:这个是goto2编译)# LAPACK, simplest use vasp.4.lib/lapack_doubleLAPACK= ../vasp.4.lib/lapack_double.o# use atlas optimized part of lapack#LAPACK= ../vasp.4.lib/lapack_atlas.o -llapack -lcblas# use the mkl Intel lapack#LAPACK= -lmkl_lapack#-----------------------------------------------------------------------#LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy \../vasp.4.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \$(BLAS)# options for linking (for compiler version 6.X, 7.1) nothing is requiredLINK =# compiler version 7.0 generates some vector statments which are located# in the svml library, add the LIBPA TH and the library (just in case)#LINK = -L/opt/intel/compiler70/ia32/lib/ -lsvml#-----------------------------------------------------------------------# fft libraries:# V ASP.4.6 can use fftw.3.0.X ()# since this version is faster on P4 machines, we recommend to use it#-----------------------------------------------------------------------#FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o#FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a#===================================================================== ==# MPI section, uncomment the following lines## one comment for users of mpich or lam:# Y ou must *not* compile mpi with g77/f77, because f77/g77# appends *two* underscores to symbols that contain already an# underscore (i.e. MPI_SEND becomes mpi_send__). The pgf90/ifc# compilers however append only one underscore.# Precompiled mpi version will also not work## We found that mpich.1.2.1 and lam-6.5.X to lam-7.0.4 are stable# mpich.1.2.1 was configured with# ./configure -prefix=/usr/local/mpich_nodvdbg -fc="pgf77 -Mx,119,0x200000" \# -f90="pgf90 " \# --without-romio --without-mpe -opt=-O \## lam was configured with the line# ./configure -prefix /opt/libs/lam-7.0.4 --with-cflags=-O -with-fc=ifc \# --with-f77flags=-O --without-romio## please note that you might be able to use a lam or mpich version# compiled with f77/g77, but then you need to add the following# options: -Msecond_underscore (compilation) and -g77libs (linking)## Please do not send me any queries on how to install MPI, I will# certainly not answer them#===================================================================== ==#-----------------------------------------------------------------------# fortran linker for mpi: if you use LAM and compiled it with the options# suggested above, you can use the following line#-----------------------------------------------------------------------FC=/opt/mpich/intel/bin/mpif90FCL=$(FC)#-----------------------------------------------------------------------# additional options for CPP in parallel version (see also above):# NGZhalf charge density reduced in Z direction# wNGZhalf gamma point only reduced in Z direction# scaLAPACK use scaLAPACK (usually slower on 100 Mbit Net)#-----------------------------------------------------------------------CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \-Dkind8 -DCACHE_SIZE=16000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \-DMPI_BLOCK=8000 -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV#CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \-Dkind8 -DNGZhalf -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \# -DMPI_BLOCK=500 \## -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV#-----------------------------------------------------------------------# location of SCALAPACK# if you do not use SCALAPACK simply uncomment the line SCA#-----------------------------------------------------------------------#BLACS=$(HOME)/archives/SCALAPACK/BLACS/#SCA_=$(HOME)/archives/SCALAPACK/SCALAPACK#SCA= $(SCA_)/libscalapack.a \#$(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.aSCA=#-----------------------------------------------------------------------# libraries for mpi#-----------------------------------------------------------------------LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy \../vasp.4.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \-L/opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/em64t \-lmkl_em64t -lguide -lpthread -lm \$(BLAS)# $(SCA) $(BLAS)# FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juergen FurthmuellerFFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dlib.o \/opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/em64t/libfftw3xf_intel.a# fftw.3.0.1 is slighly faster and should be used if available#FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a#-----------------------------------------------------------------------# general rules and compile lines#-----------------------------------------------------------------------BASIC= symmetry.o symlib.o lattlib.o random.oSOURCE= base.o mpi.o smart_allocate.o xml.o \constant.o jacobi.o main_mpi.o scala.o \asa.o lattice.o poscar.o ini.o setex.o radial.o \pseudo.o mgrid.o mkpoints.o wave.o wave_mpi.o $(BASIC) \nonl.o nonlr.o dfast.o choleski2.o \mix.o charge.o xcgrad.o xcspin.o potex1.o potex2.o \metagga.o constrmag.o pot.o cl_shift.o force.o dos.o elf.o \tet.o hamil.o steep.o \chain.o dyna.o relativistic.o LDApU.o sphpro.o paw.o us.o \ebs.o wavpre.o wavpre_noio.o broyden.o \dynbr.o rmm-diis.o reader.o writer.o tutor.o xml_writer.o \brent.o stufak.o fileio.o opergrid.o stepver.o \dipol.o xclib.o chgloc.o subrot.o optreal.o davidson.o \edtest.o electron.o shm.o pardens.o paircorrection.o \optics.o constr_cell_relax.o stm.o finite_diff.o \elpol.o setlocalpp.oINC=vasp: $(SOURCE) $(FFT3D) $(INC) main.orm -f vasp$(FCL) -o vasp $(LINK) main.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB) makeparam: $(SOURCE) $(FFT3D) makeparam.o main.F $(INC)$(FCL) -o makeparam $(LINK) makeparam.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB) zgemmtest: zgemmtest.o base.o random.o $(INC)$(FCL) -o zgemmtest $(LINK) zgemmtest.o random.o base.o $(LIB) dgemmtest: dgemmtest.o base.o random.o $(INC)$(FCL) -o dgemmtest $(LINK) dgemmtest.o random.o base.o $(LIB)ffttest: base.o smart_allocate.o mpi.o mgrid.o random.o ffttest.o $(FFT3D) $(INC) $(FCL) -o ffttest $(LINK) ffttest.o mpi.o mgrid.o random.o smart_allocate.o base.o $(FFT3D) $(LIB)kpoints: $(SOURCE) $(FFT3D) makekpoints.o main.F $(INC)$(FCL) -o kpoints $(LINK) makekpoints.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB)clean:-rm -f *.g *.f *.o *.L *.mod ; touch *.Fmain.o: main$(SUFFIX)$(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG) $(INCS) -c main$(SUFFIX)xcgrad.o: xcgrad$(SUFFIX)$(FC) $(FFLAGS) $(INLINE) $(INCS) -c xcgrad$(SUFFIX)xcspin.o: xcspin$(SUFFIX)$(FC) $(FFLAGS) $(INLINE) $(INCS) -c xcspin$(SUFFIX)makeparam.o: makeparam$(SUFFIX)$(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG) $(INCS) -c makeparam$(SUFFIX)makeparam$(SUFFIX): makeparam.F main.F## MIND: I do not have a full dependency list for the include# and MODULES: here are only the minimal basic dependencies# if one strucuture is changed then touch_dep must be called# with the corresponding name of the structure#base.o: base.inc base.Fmgrid.o: mgrid.inc mgrid.Fconstant.o: constant.inc constant.Flattice.o: lattice.inc lattice.Fsetex.o: setexm.inc setex.Fpseudo.o: pseudo.inc pseudo.Fposcar.o: poscar.inc poscar.Fmkpoints.o: mkpoints.inc mkpoints.Fwave.o: wave.inc wave.Fnonl.o: nonl.inc nonl.Fnonlr.o: nonlr.inc nonlr.F$(OBJ_HIGH):$(CPP)$(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG_HIGH) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)$(OBJ_NOOPT):$(CPP)$(FC) $(FFLAGS) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)fft3dlib_f77.o: fft3dlib_f77.F$(CPP)$(F77) $(FFLAGS_F77) -c $*$(SUFFIX).F.o:$(CPP)$(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX).F$(SUFFIX):$(CPP)$(SUFFIX).o:$(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)# special rules#-----------------------------------------------------------------------# these special rules are cummulative (that is once failed# in one compiler version, stays in the list forever)# -tpp5|6|7 P, PII-PIII, PIV# -xW use SIMD (does not pay of on PII, since fft3d uses double prec)# all other options do no affect the code performance since -O1 is used#-----------------------------------------------------------------------fft3dlib.o : fft3dlib.F$(CPP)$(FC) -FR -lowercase -O1 (注明：这里去掉了-tpp7)-xT -prefetch- -unroll0 （注明：这里去掉了-e95 ）-vec_report3 -c $*$(SUFFIX)fft3dfurth.o : fft3dfurth.F$(CPP)$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)radial.o : radial.F$(CPP)$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)symlib.o : symlib.F$(CPP)$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)symmetry.o : symmetry.F$(CPP)$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)dynbr.o : dynbr.F$(CPP)$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)broyden.o : broyden.F$(CPP)$(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)us.o : us.F$(CPP)$(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)wave.o : wave.F$(CPP)$(FC) -FR -lowercase -O0 -c $*$(SUFFIX)LDApU.o : LDApU.F$(CPP)$(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX) V asp编译测试：CentOS5.2+mkl 10.1.0.015+openmpi 1.3.2+ifort 11.0.074编译vasp5.2安装编译环境：Cluster简况：xeon 5420, 12G ram, 千兆交换机。
vasp编译
(1)准备1.sudo apt-get install g++sudo apt-get install build-essentialsudo apt-get install gcc-multilibsudo apt-get install libstdc++5sudo apt-get install openjdk-6-jre-headlesssudo apt-get install ia32-libssudo apt-get install lib32stdc++6sudo apt-get install libc6-dev-i386sudo apt-get install g++-multilibsudo apt-get install gfrotran1 2 3 tar -2. xzvf xxx #xxx 指压缩包的名称 cd 解压后目录 ./install.sh##########安装过程很简单，安装提示就行########安装完成后，修改环境变量1 vi ~/.bashrc在末尾添加source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 （64位版本）source /opt/intel/bin/compilervars.sh ia32 (32位版本)1 source ~/.bashrc4. 编译mpi首先下载mpich2的安装文件1 2 3 4 5 6 tar mpich2压缩包cd 文件夹./configure --prefix=安装目录 f77=ifort f90=ifort fc=ifortmakemake installvi ~/.bashrc笔者安装目录在/opt/mpich2，也可以放在其他文件夹中，注意执行make install 用户需要有写入权限在文件最后写入如下代码1 2 3 4 #mpi2 startPATH=/usr/local/mpich2-1.2.1p1/bin:$PATHexport PATH#mpi2 end再source 一下1 source ~/.bashrc5.编译fftw1 2 3 4 5 tar 安装文件cd 文件夹./configure --prefix=安装目录 F77=ifort F90=ifort GCC=ifortmakemake install all6.编译vasp准备 vasp.5.2.tar.gz vasp.5.lib.tar.gz首先编译的是vasp.lib1 2 3 4 5 tar xzvf vasp.5.2.tar.gztar xzvf vasp.5.lib.tar.gzcd vasp.5.libcp makefile.linux_ifc_P4 makefilevi makefile修改19行的 ifc –>ifort1 make如果出现 error { gcc:error trying to wxec ‘f951′ :execvp : No such file or directory }这是gcc 的一个BUG ，解决方法是安装gfortran1 sudo apt-get install gfortran然后再重新编译接着编译vasp1 2 3 4 cd ../cd vasp.5.2cp makefile.linux_ifc_P4 makefilevi makefile主要有如下几个改动1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1row:53 FC=ifc-->FC=ifortrow:129 BLAS= /opt/libs/libgoto/libgoto.so-->#BLAS= /opt/libs/libgoto/libgoto.sorow:132 LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o-->#LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o row:135后添加新行MKLINCLUDE=/opt/intel/mkl/include/MKLPATH=/opt/intel/mkl/lib/intel64/BLASLAPACK=-L/opt/intel/mkl/lib/intel64/ -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -l iomp5 -lpthread#LIB = -L../vasp.5.lib -ldmy \../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \$(BLAS)LIB = -I$(MKLINCLUDE) -L$(MKLPATH) \-L../vasp.5.lib -ldmy \$(BLASLAPACK) \../vasp.5.lib/linpack_double.o31 4 1 5 1 6 1 7 1 8 #158 ff3d后加入库的目录（根据安装ff3d的位置来）FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o /usr/local/lib/libfftw3.a然后make，如果没有编译错误那应该是编译成功了，会产生一个vasp的可执行文件。