GoPubMed简介与使用指南课件
PubMed与GOPubMed
GO 基因本体 MeSH主题词表 PRO 蛋白质本体
这些本体包 括生物医学 所有概念及 其语义关系
利用GoPubMed了解以下四个“W”
W WW W What Who Where When
案例分析
与：AND，或：OR，非：NOT。当一个检索表达式中
含有两个运以上算符时，顺序为从左至右，括号可以改变运
算顺序。
2.截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符， 如：chem*表示用词根进行检索。
3.双引号：“”，表示对引号中的短语进行强迫词组检索。
4.检索字段标识符：[]，[]内为字段名称，如：[ti]，[au]，[so]， [la]，[pt]。
找寻最新文献， 了解研究进展
了解抗病毒药物应用于甲流 的情况
Antiviral Agents [382]
期刊信息 摘要
链接到维基百科
相关的Mesh词
自动同步生成检索式， 点击“Find it”检索即
可
查找中国内地使用达菲
治疗甲流的研究文章
点击知识点选择框 +表示逻辑与AND -表示逻辑非NOT 空白表示无限制
PubMed与GoPubMed
Contents
1 PubMed的简要介绍 2 PubMed的使用 (简介)
3 GoPubMed的简要介绍 4 GoPubMed的使用指南
PubMed是什么？特点？
➢ 美国国立医学图书馆（National Library of Medicine，NLM）下属的美国国立生物技术信息中 心(National Center for Biotechnology Information ， NCBI)开发研制的网络数据库。
➢收录文献范围广：医学、药学、生物、保健、护理、 牙科、中医药、医史
PubMed使用方法
Citation Report: 显示除上述内容外，加 MeSH叙词、化学物质名称、资助项目号等字 段。
MEDLINE Report: (最完整，有标识符）
显示记录选择
单一记录：著者姓名 所有记录：选display旁的格式，及每页显示
记录数 选定记录: 方框内打钩
Pubmed中的免费全文
可获电子全文的链 接
输出格式选择（send to）
选中题录（或文摘）后 Text当前网页文本格式，用浏览器文件保存 File所有记录纯文本格式保存，用对话框保存 Clipboad 剪贴板，暂存需下载记录，多项检
索后一起保存。 最多允许存储500条，保留8 小时。 Email: 通过邮件发送 RSS Feed：检索结果的RSS订阅，通过安装网 络聚合器可接收最新检索结果，不必再次检索。 Other：全文传递服务等申请，需帐号、收费
数据输入时间：默认检索可回溯到1950年，限制 选择30天-10年
7种文献类型限制 7种语种限制 12种子文档：(01年新增2种Space Life
Sciences and Bioethics ）
pubmed ppt课件
检索方法：1.直接输入综合检索式； 2.在检索史中进行组配。
nitrendipine AND (hypertension OR high blood pressure)
【例题】检索安徽医科大学的张学军教授发 表的有关银屑病研究方面的文献
1.基本检索
➢ 进入PubMed的主界面 ➢ 在检索框中输入任何具有实质性意义的词。 ➢ 点击检索输入框旁边的按钮Search，系统即自动
匹配进行检索。
【例题】 检索尼群地平治疗高血压方面的文 献
分析：
自由词检索
检索词：nitrendipine； hypertension / high blood pressure
检索肝炎的治疗方面的文献 hepatitis AND (treatment OR therapy)
检索式—逻辑符号必须大写，执行运算顺序从左 到右，可以用括号来改变运算顺序。
PubMed中可用到的检索技巧
cell, cells, cellular, celliferous
❖ 通配符
Cell*
截词检索—Pubmed中的截词符是*，用于检索具有 相同词根的词。
Cancer Sci 2010
101 1
289
5.期刊检索
➢ 在期刊检索界面可输入主题、刊名、刊名缩写、 ISSN、刊名中单个或若干个词来查找的特定期刊 以及在期刊中发表的文献。
➢ 刊名缩写和全称之间的转换 ➢ 提供PubMed全文期刊目录
如：输入 Int J Clin Pharm 全称 International journal of clinical pharmacy
如何使用PUBMED---PPT课件
作用
将不规范的词语转换成规范的用词对主题词进行
自动扩展检索 这种处理能使检索结果更精确和全面。
期刊转换表
刊名全称 MEDLINE 刊名缩写 ISSN号
著者全名转换表
2002年以后发表的带有作者全名的文章 作者姓名可以采用正常的或倒置的 如:julia s wong wong julia s wong, julia s
预览/索引Preview/Index
Preview(预览)可以在显示条目之前显示所查 到的文献数 通过增加一个或多个单词来修改查询方案。 向下滚动Preview/Index找到“Add to Query or View Index”部分，使用下拉菜单 确定一个搜索域，向文本框中加入词语，单击 Preview可以看到查询结果。 Preview自动使用“AND”运算符来将单词合 为一体，即要求同时查询包含两个词的文献 显示最近三个检索式
著者索引
姓在前,名在后,名字缩写 o’brien jm adams sh pogonka t
如果在6个转换表中都没有
把词组分开重复进行自动匹配直到找到 匹配词为止。 如果还没有找到匹配词系统将把单个词 用逻辑”与”组配并到所有字段中检索。
single cell
("single person"[MeSH Terms] OR ("single"[All Fields] AND "person"[All Fields]) OR "single person"[All Fields] OR "single"[All Fields]) AND ("cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields])
最新版pubmed课件(南京医科大学)
第二节 Pubmed与NCBI
二、Pubmed检索系统
（三）Pubmed基本检索
2.
Pubmed的检索规则
3. 截词检索功能： 截词符：”*”作为通配符进行截词检索。 例如：bacter* （系统会找到前一部分是bacter的单词， 如： bacteria、bacterium等） 4. 短语精确检索 用双引号来强制系统进行短语检索。 例如：“oxygen free radicals” （不再自动转换匹配和 扩展 检索）
（一）My
1.
NCBI个性化功能
保存检索策略及E-mail发送功能 2. 保存检索结果 3. 过滤检索结果
（二）Linkout：全文链接 （三）批量引文匹配器 （四）临床试验数据库
My NCBI
LinkOUT
NCBI Batch Citation Matcher
Clinical Trail
第二节 Pubmed与NCBI
一、Entrez资源整合系统
NCBI，基于Web界面的综合生物信息数据库，网址为 /Entrez/
GenBank和Nucletide (2) Genoma (3) OMIM (4) Protein (5) Structure (6) Pubmed (7) Taxonomy
(1)
（二）Pubmed数据库结构（P135）
字段限定符：[ ] 例如：Stem[ti] AND neuroscience
第二节 Pubmed与NCBI
二、Pubmed检索系统
（三）Pubmed基本检索
பைடு நூலகம்1.
基本检索
Pubmed
第二节 Pubmed与NCBI
pubmed使用教程
检索语法
• 1.自然语言检索 （topics)
在检索栏中输入一个或多个检索词 (系统默认空格为AND 检索） 如：placenta growth oxygen
布尔逻辑运算式：AND OR NOT (运算符须大写） 如：common cold AND vitamin C 将检索出同时包含感冒和维生素C两个检索词的文献。
检索语法
• 自动扩展检索 系统自动对主题词、副主题词进行扩展检索 输入 “hypertension therapy（高血压治疗）
("hypertension"[MeSH Terms] OR "hypertension"[All Fields]) AND ("therapy"[Subheading] OR "therapy"[All Fields] OR "therapeutics"[MeSH Terms] OR "therapeutics"[All Fields])
检索语法
• 2.著者检索(authors)： 著者姓名,姓在前,名首字母在后 限定加字段符 如: genbacev o[AU] smith ab [AU]
检索语法
• 3.期刊检索(NLM Catlog)： 刊名输全称 new england journal of medicine Medline认可的标准缩写形式 如：clin exp immunol[so] 国际标准期刊号 如：1059-1524
▫ 来源于全世界70多个国家和地区的近5000种生物医学期刊， 这些期刊大都经美国卫生健康研究院的文献选择技术评估委 员会Literature Selection Technical Review Committee (LSTRC)评估挑选, 以及美国国立医学图书馆和数据协作采集 专家 （各专业协会）推荐。 ▫ 近年数据涉及37种语种，回溯至1950年的数据涉及60种语种。 数据库47%为美国本土出版的文献， 90%为英文文献，79% 的文献有著者撰写的英文文摘。（以上数据根据2007年11月 数据库提供）。
PubMed的使用
Affiliation [AD] Article Identifier [AID] All Fields [ALL] Author [AU] Comment CorrectionsCorporate Author [CN] Create Date [CRDT] EC/RN Number [RN] Entrez Date [EDAT] Filter [FILTER] First Author Name [1AU] Full Author Name [FAU] Full Investigator Name [FIR] Grant Number [GR] Investigator [IR] Issue [IP] Journal Title [TA] Language [LA] Last Author [LASTAU] Location ID [LID] MeSH Date [MHDA] MeSH Major Topic [MAJR] MeSH Subheadings [SH] MeSH Terms [MH] NLM Unique ID [JID] Other Term [OT] OwnerPagination [PG] Personal Name as Subject [PS] Pharmacological Action MeSH Terms [PA] Place of Publication [PL] PMCID & MIDPublication Date [DP] Publication Type [PT] Secondary Source ID [SI] Subset [SB] Substance Name [NM] Text Words [TW] Title [TI] Title/Abstract [TIAB] Transliterated Title [TT] UID [PMID]Volume [VI]
gopubmed
Gopubmed1. IntroductionGopubmed is a web-based application that provides a convenient interface to access PubMed, a comprehensive database of scientific publications in the field of biomedicine. Developed using the Go programming language, Gopubmed aims to simplify the search and retrieval of scientific articles by leveraging the extensive capabilities of the PubMed database.2. FeaturesGopubmed offers several key features that enhance the user experience and make it easier to access relevant scientific publications:2.1 Search FunctionalityGopubmed allows users to perform advanced searches across the PubMed database based on various criteria such as author, title, keyword, and publication date. The search results are displayed in a user-friendly format, providing essential details about each publication, including the title, authors, abstract, and publication date.2.2 Article DetailsUpon selecting a specific publication from the search results, Gopubmed retrieves and displays detailed information about the article. This includes the abstract, keywords, MeSH terms (Medical Subject Headings), publication type, and other relevant metadata. This feature helps users gather comprehensive information about an article before deciding to further explore its content.2.3 Saved SearchesGopubmed allows users to save their frequently used searches for future reference. This feature enables users to quickly repeat a search without having tore-enter the search criteria. Saved searches can be easily managed and edited, providing flexibility and convenience to the users.2.4 Export and SharingGopubmed provides the ability to export search results and individual articles in various formats including plain text, CSV, and BibTeX. This feature enables users to save, share, and cite articles according to their requirements. The export function further enhances the utility of Gopubmed as a research tool.2.5 User ManagementGopubmed offers user management capabilities, allowing users to create accounts, log in, and personalize their experience. The user accounts enable features such as saving searches, managing preferences, and organizing collections of articles. This functionality adds a level of customization and personalization to the Gopubmed experience.3. BenefitsGopubmed offers several benefits to users in the scientific community:3.1 Easy Access to PubMedPubMed is a vast and well-respected repository of scientific articles, but navigating and searching through the database can be challenging. Gopubmed simplifies the process by providing a user-friendly interface and advanced search options, making it easier for researchers to access the information they need.3.2 Efficient Retrieval of Relevant ArticlesBy leveraging the advanced search capabilities of the PubMed database, Gopubmed enables users to retrieve the most relevant scientific articles based on their specific criteria. This saves time and effort by filtering out irrelevant publications and delivering focused results.3.3 Enhanced Organization and CollaborationWith features such as saved searches, export options, and user accounts, Gopubmed allows users to efficiently organize their research, collaborate with colleagues, and share findings. This promotes knowledge sharing and facilitates collaboration within the scientific community.3.4 Customization and PersonalizationThrough user accounts, Gopubmed enables users to personalize their search experience, save preferences, and create collections of articles. This customization feature enhances usability and tailors the application to the specific needs and interests of individual users.4. ConclusionGopubmed is a powerful web application designed to simplify access to the PubMed database, offering advanced search options, article details, and export capabilities. With its user-friendly interface and personalized features, Gopubmed aims to enhance the research workflow, enabling users to efficiently find and retrieve relevant scientific publications. Whether you are an academic researcher,medical professional, or science enthusiast, Gopubmed can be a valuable tool in your journey for knowledge discovery.Note: This document is a fictional representation and does not describe an actual product or service.。
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气道黏液高分泌:病理生理特征
气道黏液高分泌是支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病（ C0PD)、肺囊性纤维化、支气管扩张症等慢性炎症气 道疾病共有的症状和病理生理特征，表现为痰量增多 、腔内粘液潴留、粘膜下腺体肥大和杯状细胞增生等 ，因此导致气道上皮纤毛运动受到抑制，容易诱发继 发性感染，导致通气功能下降，增加相关疾病的发病 率和死亡率。
852篇
一份关于MH研究的文献分析报告
检索式：mucus hypersecretion[title/abstract]
852篇
一份关于MH研究的文献分析报告
高频词列表 按研究领域分类
检索式：mucus hypersecretion[title/abstract] AND Asthma[mesh] 324篇
一份关于MH研究的文献分析报告
检索式：mucus hypersecretion[title/abstract] AND Asthma[mesh] 324篇
一份关于MH研究的文献分析报告
LOGO
科学研究在于不断探索，不断学习，紧跟前 沿
Pubmed的 海量数据相关 但无序，即使 进行主题词检 索后还有大量 的需要阅读后 筛选，怎么办？
利用GoPubMed查找相关文献，并了解以下四 个“W”：What ，Who，Where，When； 了解涉及由H1N1流感引起病毒性肺炎的文章； 查找中国（不含省港澳）对HIN1流感进行疫苗 接种研究的文章
自动显示备选主 题词 鼠标移动至主题 词可显示注解
最近检索 历史
分析功能
四个“W”
时间分析
国家分析
城市分析
刊物分析
地区分布图
作者分析
主题分析
研究人员关系网
线条越多， 线形越多， 地位越重要
课题发展趋势
高频词列表
按研究领域分类
了解专家们的研究
了解研究的分布
用稿期刊分析
按时间分析
找寻最新文献， 了解研究进展
了解由甲流引起病毒性肺炎 的文章
Pneumonia, Viral [36]
MH研究现状
动物实验
哮喘
COPD
囊性肺纤 维化+支 扩
MH研究现状
细胞实验
哮喘
IL-13/TNFa/IL-1/IL-4
HNE
PMA/ATP/E GF
COPD
MH分子生物学机制
MH分子生物学机制
MH分子生物学机制
MH分子生物学机制
ROS
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MAPKs
MH研究方向与研究靶点的探索
我的Ideas
挑选文献并添加至剪贴板
获取全文
LOGO
GoPubmed—GO+MeSH 知识挖掘工具
GoPubMed是德 国 Transinsight 公 司 和德国德累斯顿大学 合作，利用生物信息学相关知识开发的一个可以对PubMed
检索结果进行探索、分析的工具。
09年初推出的4.0版速度提高了10倍，可在几秒钟内处理数 以百万计的文档。智能搜索保证用户绝不会错失任何一个 文档。凭借新的交互式筛选过程，用户只需几次点击就可 找出少数重要论文。
GoPubMed数据库
气道黏液高分泌(Mucus Hypersecretion,MH )
1
MH简介 2 MH研究现状
3
一份关于MH研究的文献分析报告 4 GoPubMed的简介及使用指南
气道黏液高分泌:概念
气道黏液高分泌(Mucus Hypersecretion,MH )指黏 蛋白基因调节、生物合成、分泌释放等全过程， 细菌成分、细胞因子、炎症介质等引起气道MH的 本质是黏蛋白基因过度表达和黏液分泌细胞的增 生。
认识MH，我该了解哪些内容
MH哪些国家、哪些作者做的比较成熟，做了什么？？ 发表的文章主要分布在哪些杂志？？ MH的发展趋势，最近做了哪些研究？？ MH包括了哪些研究方向，研究热点在哪里？？ MH相关的高分文章如何快速定位查找？？
一份关于MH研究的文献分析报告
统计分析
功能菜单
一份关于MH研究的文献分析报告
检索式：mucus hypersecretion[title/abstract]
852篇
长沙 0篇
一份关于MH研究的文献分析报告
检索式：mucus hypersecretion[title/abstract]
852篇
一份关于MH研究的文献分析报告
检索式：mucus hypersecretion[title/abstract]
气道黏液高分泌:黏液的组成
气道黏液主要由上皮杯状细胞、粘膜下腺体分泌物及组织漏出 液构成，其粘弹性主要由杯状细胞和粘膜下腺体合成分泌的粘 蛋白（mucin,MUC）所决定。迄今为止已发现有21种黏蛋白， 在呼吸道表达的黏蛋白有MUC2、MUCl、MUC4、MUC5AC、MUC5B 、MUC7、MUC8、MUCll和MUCl3共9种，分为膜结合型和分泌型 ，其中MUC2、MUC5AC、MUC5B是气道主要的分泌型黏蛋白， MUC2呈基础性表达，MUC5AC、MUC5B为刺激诱导性表达，以 MUC5AC尤为明显，常作为黏液高分泌模型建立成功与否的标志 。
读者可以根据这些分类快速找到自己需要的文献，而不需 要将检索到所有文献进行阅读！
利用GoPubMed了解以下四个“W”
W
W
W
W
What Who Where When
/
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案例分析
H1N1流感的研究进展
期刊信息
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查找中国内地对HIN1流感
进行疫苗接种研究的文章
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