微生物分类研究现状及典型菌群分析
微生物研究报告
微生物研究报告1. 引言微生物是一类微小的生物体，包括细菌、真菌、病毒等。
它们广泛存在于地球上各个角落，对人类和地球生态系统起着至关重要的作用。
本报告旨在介绍微生物的分类、特征以及影响它们生长的环境因素，并探讨微生物在医药、农业、环境和工业领域的应用。
2. 微生物的分类和特征微生物可以按照其细胞结构和生活习性进行分类。
最常见的分类方法是将微生物分为以下几类：2.1 细菌细菌是一类单细胞微生物，其细胞结构简单，没有细胞核。
细菌可以根据形状分为球菌、杆菌和螺旋菌等。
它们存在于水体、土壤、人体等各种环境中。
细菌具有多样的代谢途径，可以通过光合作用、化学合成和异养等方式获取能量。
2.2 真菌真菌是一类多细胞微生物，其细胞结构复杂，具有细胞核。
真菌主要以有机物为营养来源，可以通过吸收食物来获取能量。
真菌分为好氧菌和厌氧菌两类，其中好氧菌可以在氧气存在的环境中生存，而厌氧菌则能在缺氧的环境中生存。
2.3 病毒病毒是一类非细胞微生物，其构造简单，由DNA或RNA包裹在一个外壳内。
病毒无法独立进行代谢，必须寄生在宿主细胞内生存。
它们可以感染人类、动物和植物，引发各种疾病。
3. 影响微生物生长的环境因素微生物的生长受到各种环境因素的影响。
以下是影响微生物生长的主要因素：3.1 温度温度对微生物生长具有重要影响。
不同的微生物对温度的适应能力不同，可以分为嗜寒菌、嗜热菌和中温菌。
通常来说，微生物的生长速度随着温度的升高而加快，但超过一定温度后，微生物会受到严重的热应激，无法继续生长。
3.2 pH值微生物对酸碱度的适应能力也各不相同。
有些微生物对酸性环境耐受性较强，而有些微生物则对碱性环境更适应。
大多数微生物在中性或微碱性环境中生长最佳。
3.3 氧气浓度氧气是微生物生长必需的，但不同微生物对氧气需求量不同。
氧气浓度过高或过低都会对微生物的生长产生负面影响。
好氧菌需要氧气进行呼吸代谢，而厌氧菌则在缺氧的环境中生存。
3.4 营养物质微生物的生长还受到营养物质的影响。
微生物生态学中的菌群分析
微生物生态学中的菌群分析微生物生态学是研究微生物群落在地球上的分布、作用和相互作用的学科。
菌群分析是微生物生态学中最常用的方法之一，其主要目的是研究不同环境中微生物的种类、数量和群落结构，为环境研究及微生物资源的开发利用提供科学依据。
本文将围绕菌群分析的原理、方法和应用等方面进行阐述。
一、菌群分析的原理菌群分析的原理基于微生物在自然环境中存在着复杂的相互作用关系，菌群特征与环境因素之间存在着密切的关联。
不同环境条件下，微生物群落的组成、数量和种类都不同，且在不同时间和空间上也存在着变化。
因此，菌群分析的主要原理是通过研究微生物之间相互作用和与环境因子的关系，揭示微生物群落结构与功能之间的关联。
二、菌群分析的方法1. 高通量测序技术高通量测序技术是目前菌群分析中最常用的方法之一。
其基本原理是通过高通量测序仪读取大量微生物基因组DNA或RNA样品的序列信息，将其比对到数据库中并进行分析，从而确定微生物群落的组成和数量。
高通量测序技术因其高灵敏度和高精度等特点，已成为研究微生物群落多样性和功能的首选方法。
2. 扫描电镜技术扫描电镜技术主要应用于观察微生物群落的形态结构和形态特征。
该技术使用高能电子束扫描样品表面，产生反射电子和二次电子信号，通过检测信号的强度和位置来获得样品表面的形态信息。
扫描电镜技术可以对单个微生物细胞进行成像，并可观察到该细胞的形态、细胞壁等结构特征，有助于识别微生物类型并确定其形态特征。
3. 蛋白质组学技术蛋白质组学技术主要应用于检测微生物群落中存在的蛋白质，从而确定微生物群落结构和功能的关系。
该技术通过质谱仪检测样品中的蛋白质含量和分子量等信息，并通过比对数据库来鉴定样品中的蛋白质种类和数量。
蛋白质组学技术可以检测到微生物群落中存在的少量和低级别的蛋白质，有助于了解微生物群落的代谢、生长和信号通讯等方面的信息。
三、菌群分析的应用1. 土壤微生物菌群分析土壤微生物是土壤中包括细菌、真菌和原生动物等多种生物群落。
人类肠道微生物组的研究现状和未来趋势
人类肠道微生物组的研究现状和未来趋势随着人类对肠道微生物群落的重视，人们对其研究的程度也越来越深入。
肠道微生物组是指包含大量微生物的生态系统，涵盖了1,000多种细菌属，其中包括成千上万的生物专门生存于人体肠道内。
这种结构与功能繁复的肠道微生物系统对人类的生理和病理状态有着深刻的影响，从而引起了越来越多的研究兴趣。
本篇文章将概述这一兴趣络绎不绝的领域的一些趋势和进展。
第一部分：肠道微生物组的健康重要性肠道微生物的双重性质有助于延伸研究的范围。
正常情况下，它是人体内的有益微生物。
它能够参与大量获益人体的活动。
比如在维生素和氨基酸的代谢演变中起到关键作用，消化食物，并保持肠道的黏膜完整，这些过程中只是体现了微生物对人体的好处。
微生物也可以利用自身的代谢特征，例如抗菌素的合成，并能对各种疾病的预防起到积极的作用。
当肠道微生物的平衡被破坏时，微生物就会成为道路提供细菌的侵略，从而引起疾病和不适感。
严重的紊乱症状可以包括脾气暴躁，抑郁心情，免疫感觉减弱，体重稳定不在采取，以及代谢难以调节。
长期的肠道微生物失调也被认为是某些自身免疫疾病的根本原因，例如肠道炎症性疾病、克罗恩病等疾病。
总之，肠道微生物组对人类健康和康复具有无可替代的作用，因此在很多不同的疾病方案和预防方法中探讨、了解肠道微生物群落都是至关重要的。
第二部分：目前的研究和进展在过去的几十年中，对肠道微生物组的研究从事者已经在对人类微生物和人体微生物生态系的性质、抑菌素和菌群以及菌群在各种疾病中的作用方面作出了重大贡献。
喜欢人口学归纳分析的研究者可以更好地了解肠道微生物组的组成和食物、公共健康项目以及循环模式对生态系统产生的影响。
通过比较不同群体的肠道微生物组，研究人员可以发现该微生物组的穿戴区是持久的，但它也容易受到外部刺激的影响，比如饮食、使用抗菌素等编写。
在人类微生物组方面还有着无限的潜力。
与此同时，最近发展出来的细菌基因编辑技术CRISPR/Cas9也被广泛用于研究菌群。
微生物的分布与多样性研究
微生物的分布与多样性研究微生物是指那些无法肉眼看到的微小生物，包括了细菌、真菌、病毒和原生生物等。
微生物虽然体积很小，但是却在我们的身体和周围环境中广泛分布。
研究微生物的分布与多样性，可以帮助我们更好地了解微生物世界，同时也可为医学、农业、环保等领域提供重要的科学支持和应用价值。
一、微生物分布微生物广泛分布于自然界中的各种环境，包括土壤、水体、大气、植物、动物体内以及人类内部等。
以土壤为例，据统计，每立方厘米土壤中典型的杆菌数量可达上万个，灰霉菌和酵母菌数量也非常多。
而在海洋中，微生物数量要更为庞大，仅真菌就占海洋微生物的40%以上。
二、微生物多样性微生物在形态、生理特点、代谢方式和生态环境等方面具有极为丰富的多样性。
比如，细菌的形态包括球形、棒形、螺旋形等多种类型，不同的菌株之间也具有很大的生理和代谢差异；真菌则分为单细胞和多细胞两种，外形也千姿百态，其中的霉菌是微生物界最复杂的生物之一。
此外，不同种类的微生物在生态环境等方面也有着显著的差异，比如某些细菌可以在高盐环境中生存，而其他细菌则可以在制酸和高温等严酷环境中生存。
三、微生物的研究方法要研究微生物的分布和多样性，需要使用现代生物技术手段。
常见的微生物研究方法包括菌落计数法、微生物培养法、分子生物学技术和生态学方法等。
1. 菌落计数法：通过对样品进行稀释，然后在富含营养物质的培养基上培养微生物，最后计算出菌落数目来评价样品的微生物数量。
2. 微生物培养法：将样品接种到特定的培养基上，并在不同的环境下进行培养，从而分离出感兴趣的微生物，并了解它们的特点和生态习性。
3. 分子生物学技术：通过对微生物的DNA或RNA进行提取和测序，可以获得微生物的基因组信息，了解微生物的遗传特征和进化关系。
4. 生态学方法：通过采集不同样品中的微生物，并对它们进行DNA测序和分析，可以了解微生物的种类、数量以及它们在不同环境下的分布情况。
四、微生物研究的应用价值随着微生物研究技术的不断发展和深入，微生物在人类生产和生活中的应用日益广泛。
临床分析疾病的微生物组学与肠道菌群分析
临床分析疾病的微生物组学与肠道菌群分析随着科技的不断进步和研究的不断深入，我们逐渐认识到微生物在人类健康中的重要性。
微生物组学作为一门新兴的研究领域，正逐渐改变着传统的临床分析方法。
特别是在疾病的诊断、治疗以及预防上，微生物组学的应用呈现出巨大的潜力。
本文将重点介绍和讨论临床分析疾病的微生物组学与肠道菌群分析的相关内容。
一、微生物组学的基本概念和原理微生物组学是研究微生物群落及其功能的学科，它主要包括微生物的分类、多样性、功能和相互作用等方面的研究内容。
微生物组学的基本原理是通过高通量测序技术对样本中的微生物DNA进行测序，并通过分析得到的序列信息，揭示微生物的类型和数量，并对其功能进行推断。
二、微生物组学在疾病诊断中的应用微生物组学在疾病诊断中的应用主要有两个方面：一是通过研究微生物组的特征来区分疾病类型和亚型，从而为早期诊断提供依据；二是通过观察微生物群落的变化来监测疾病的进展和治疗效果。
以肠道菌群分析为例，研究发现肠道菌群与人体健康密切相关。
肠道菌群的失衡与多种疾病的发生发展相关，包括肠道炎症、代谢性疾病、免疫功能障碍等。
通过对肠道菌群的组成和功能进行分析，可以有效判断特定疾病的发生。
三、肠道菌群分析方法肠道菌群分析的方法主要包括16S rRNA基因测序和宏基因组测序。
其中，16S rRNA基因测序是最常用的方法之一。
通过对16S rRNA基因序列的测定和比对，可以准确鉴定出肠道微生物的种类和丰度，并进一步探究其功能特性。
而宏基因组测序则更全面地研究肠道菌群的组成和功能。
四、临床分析疾病的微生物组学案例下面以临床中常见的乳糖不耐受为例，介绍微生物组学在疾病分析中的应用。
乳糖不耐受是一种常见的病症，多由于乳糖酶的缺乏导致。
然而最近的研究表明，肠道菌群的失衡也可能与乳糖不耐受的发生有关。
通过对乳糖不耐受患者和正常人的肠道菌群进行比较，研究人员发现，乳糖不耐受患者的肠道中富集了一些特定的菌种，并且这些菌种具有一定的乳糖酶活性。
口腔微生物菌群的分析与应用研究
口腔微生物菌群的分析与应用研究口腔微生物菌群是指口腔中存在的各种细菌、真菌和病毒等微生物的群体。
这些微生物在口腔健康和疾病发生中起着重要的作用。
随着分子生物学、生物信息学等技术的不断发展，对口腔微生物菌群的研究也越来越深入。
本文将介绍口腔微生物菌群的分析和应用研究。
一、口腔微生物菌群的分析方法1. 细菌培养法传统的口腔微生物研究主要采用的是细菌培养法，即将口腔样本接种到不同的培养基上，然后观察、计数和鉴定不同菌落数量及种类。
虽然这种方法可以得到细菌的生长情况和数量，但是存在一些限制，比如很多微生物难以培养，可能只占总菌群数量的一小部分。
2. PCR扩增和测序PCR是一种经典的分子生物学技术，可以在样本中检测到微生物DNA的特异序列，然后通过测序判断微生物种类。
该技术通过其快速、准确、敏感和特异性的优势，已被广泛应用于口腔微生物菌群的研究中。
3. 光谱分析技术光谱分析技术是利用不同波长的光与样品相互作用的原理，对样品进行分析和检测。
该技术通过检测不同波长的光谱图，来推断样品中物质的成分和状态。
常用的光谱分析技术包括红外光谱（IR）、紫外光谱（UV）、拉曼光谱（Raman）和荧光光谱（FL）等，这些技术可以用于快速检测口腔中微生物菌群的种类和数量。
4. 基因芯片技术基因芯片技术是一种高通量的基因检测技术，能够在同一芯片上检测大量的基因和多样性。
该技术可以同时检测几千至几万个靶基因的存在和差异性，在口腔微生物菌群的研究中也有广泛的应用。
二、口腔微生物菌群的应用1. 口腔疾病的研究口腔微生物菌群与口腔健康和疾病息息相关，目前已经有很多研究表明不同疾病与微生物的菌群存在有关联。
例如，龋齿和牙周炎等口腔疾病的发生与特定的微生物菌群的存在密切相关。
因此，通过对口腔微生物菌群的调查和分析，可以更好地了解口腔疾病的发生与发展机制，为疾病的预防和治疗提供参考。
2. 医用设备的开发目前，已经有很多医用设备使用了口腔微生物菌群的研究成果。
微生物领域的发展现状与未来趋势分析
微生物领域的发展现状与未来趋势分析随着科技的飞速发展以及人们对生命科学的持续关注，微生物领域在科学研究、医疗保健和环境工程等领域发挥着重要作用。
本文将对微生物领域的发展现状和未来趋势进行分析，探讨其在人类生活中的影响与应用。
一、微生物领域的发展现状1.1 微生物在医学中的应用微生物在医学领域扮演着重要角色。
从抗生素的研发到医院的感染控制，微生物学为医学的进步提供了坚实的基础。
然而，抗生素滥用导致了耐药菌的出现，给人们的健康带来了新的挑战。
近年来，微生物组研究受到广泛关注。
通过研究人体内的微生物组成和功能，我们能够深入了解它们对人体健康的重要影响。
有研究发现，肠道微生物与免疫系统、肥胖、自闭症等疾病密切相关。
因此，微生物组的研究为医学领域提供了新的突破口。
1.2 微生物在环境中的应用微生物在环境工程中的应用是另一个重要领域。
例如，自然界的微生物可以通过降解有机污染物、氮循环、矿物质转化等过程，净化环境。
此外，微生物还可以用于废水处理、土壤修复和环境监测等方面。
同时，微生物的应用还涉及到可持续发展和生物能源。
微生物发酵技术可以用于生物柴油、生物乙醇等可再生能源的生产。
利用微生物的生物降解能力，可以开发出更环保的材料和替代化学品。
二、微生物领域的未来趋势2.1 微生物基因研究的突破近年来，基因编辑技术的发展带来了微生物基因研究的新机遇。
CRISPR-Cas9技术的出现使科学家们能够更精确地编辑微生物基因，进一步解析微生物的功能和特性。
这将有助于研发更有效的抗生素、生物农药和生物肥料等产品，促进农业的可持续发展。
2.2 微生物与人类健康的关系研究微生物组研究在人类健康领域的重要性将在未来继续突显。
科学家们将深入研究肠道菌群与肥胖、自闭症、炎症性肠病等疾病之间的关系，并通过调整微生物组来预防和治疗相关疾病。
这可能开辟一条全新的个体化医疗途径，为疾病早期诊断和治疗提供更准确的方法。
2.3 微生物技术在环境保护与可持续发展中的应用扩展未来微生物技术在环境保护和可持续发展方面的应用将会越来越广泛。
环境微生物研究的现状与展望
环境微生物研究的现状与展望近年来，环境微生物研究受到了越来越多的关注。
微生物是生态系统中不可或缺的重要组成部分，这些微观生命体的生长、代谢和演化与全球的生物多样性、土壤质量、地球气候等诸多方面息息相关。
环境微生物研究旨在深入了解这些微生物在不同环境中的分布、演化、生态功能等方面，为保护环境、改善生态系统健康状况提供科学支持。
本文将从目前研究热点出发，介绍环境微生物研究的现状与展望。
一、环境微生物在污染物治理领域的应用近年来，污染问题日益突出，环境微生物在污染物治理领域的应用备受关注。
通过研究微生物对污染物的降解、转化和吸附等作用，可开发出高效、低成本、环保的生物处理技术。
例如，微生物在生物膜反应器、生物滤池、生物燃料电池等技术中的应用，为废水、废气的处理提供了新思路；生物修复技术也得到了广泛应用，如利用微生物协同实现重金属、石油污染土壤的修复等。
未来，环境微生物的应用前景将更为广阔，不仅局限于治理传统的有机物、无机物污染，更会向复杂性、多样性方向拓展。
二、微生物群落结构及多样性研究微生物是高度多样化的生命体，其分布和数量在不同环境中存在巨大的差异。
微生物群落结构及多样性研究，是了解微生物在不同环境中的分布规律、生态功能、生境适应性和演化等方面的关键。
通过分子生物学技术等手段，可以对环境中的微生物进行高通量、高灵敏的分析，建立完整、系统的微生物群落地图，并进一步关联其与环境因素、生物地球化学循环等方面的关系。
此外，对微生物多样性的研究也可为开发新的生物资源和药物提供帮助。
三、微生物与宿主系统互动研究微生物生活在各种宿主体内，如人体、动物、植物等，与其互动关系直接影响到宿主的健康和生长发育。
近年来，越来越多的研究表明，微生物在宿主体内的分布和多样性与其健康状态密切相关。
研究人员通过测序、代谢组学、免疫学等技术方法揭示了微生物与宿主体内健康及疾病发生的关系，并探讨了微生物干预和调节宿主体内微生物群落的治疗应用前景。
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菌株名称
菌株名称=属名+种的加词+菌株代号，菌株代号可随意 用字母、符号、编号或字母加编号等自行决定 实例 大肠杆菌K12菌株 E. coli K12 E. coli O157:H7：致病性，抗原特征 Bacillus subtilis AS 1.398：产蛋白酶 Bacillus subtilis BF 7658：α－淀粉酶 产黄青霉P. chrysogenum NRRL-Q176 两歧双歧杆菌Bifidobacterium bifidum ATCC 29521 模式菌株 菌落、菌株、菌苔、斜面、菌种、培养物、克隆、分离 物、纯培养物
关于“种（Species）”的几点说明
种：凡是与典型培养菌（type culture）密切相同的其
它培养菌统一起来区分为细菌的一个种。 (伯杰氏手册) type strain, type species 种是分类等级的基本单元，在概念上有下列认识： 1987年国际细菌分类委员会颁布，表观特征高度相 似，DNA同源性≥70%的菌群可定为一个种。 1994年Embley和Stackebrandt认为当16S rRNA的序列 同源性≥97%时可认为是一个种，但多相分类研究认 为一个种的确定不应只依据一个单一的标准。
第10章 微生 物 分类研究概况
Streptomyces sp.
河南工业大学生物工程学院
主要内容
微生物分类的目的和意义 原核生物的分类系统和典型菌群 极端微生物和古菌 真菌的分类及典型菌群 病毒（自学）
一、微生物分类的目的意义
分类、命名和鉴定是分类学中相互关联的三要素
分类（classification）的目的是将所有的生物按其相似性进
种或种以下水平分群
种或种以下水平分群
大量菌株之间的比较、聚 群
遗传型分类方法
遗传分类方法 G+C mol%和 DNA-DNA 同源性 应用 定种
16S rRNA 基因序列分析
扩增片断长度多态性，AFLP 16S rDNA随机片断长度多态性，RFLP rep-PCR 指纹图谱
种、属水平分类
种或种水平以下分群 种、属水平分类 种或种水平以下分群
（二）原核生物的分类系统
伯杰氏细菌分类系统 《伯杰氏细菌鉴定手册》是本系统的综合和标准，由美国微生 物学会发起编写，最初指定David H. Bergey作为编委会主席， 于1923年出版第一版，1994年出版了第九版。 手册依据表型将细菌划分为33群，将所有细菌归属为原核 生物界，并分为4个门：薄壁菌门、厚壁菌门、软壁菌门、 疵壁菌门 1999年由Geoge Garrity编辑出版了《伯杰氏系统细菌学手 册》第二版，其分类系统完全按16S rRNA系统发育研究重 新编排，分31部分，描述了869个属和4928个种。
属是种的高一级分类阶元，通常包含具有某些共同特征 或关系密切的种。Goodfellow和O’Donnell（1993）认 为DNA的G+C mol%差异≤10%~12%及16S rRNA的序 列同源性≥95个生物个体的 名称则是属名加种的形容词。
形态特征：菌体、菌落、是否产芽孢、产芽孢的位 置 …… 培养特征：不同培养基上的培养特性 生理生化特征：惟一碳源生长试验、蛋白降解试验、 酶的产生试验、水解活性试验、抗生素抗性试验、耐 盐试验、溶菌酶敏感试验、硝酸盐还原试验……
2 数值分类（numberical classification)
二、原核生物的分类系统和典型菌群
（一）原核生物分类中采用的分类单位 主要分类单位 次要分类单位 界 Kingdom 门 Division 亚门 纲 Class 亚纲 目 Order 亚目 科 Family 亚科 属 Genus 亚属 种 Species 亚种
关于“属（Genus)”
《原核生物》分类系统 1991年由Balows主编《原核生物 》 以核糖体RNA序列同源性为基础， 首次建立了真正的系统发育树
（三）原核生物的多相分类
多相分类（polyphasic taxonomy）由Colwell 于1970 年提出，指利用微生物多种不同的信息，包括表型的、 基因型的和系统发育的信息，综合起来研究微生物分 类和系统进化的过程。 多相分类包括：传统分类、化学分类、分子分类、数 值分类等，是目前研究各级分类单位的最有效手段， 可用于所有水平上的分类单位的描述和定义。
分类学的根本任务是建立物种的系统，这需要基于大量
的已知特征的生物个体，而且这些个体应有一个公认的 名称，这个系统也为新分离种的确定及新物种的发现提 供指导。 微生物分类学(microbial taxonomy)：是一门按微生物 的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单位（单 元）或分类群(taxon)的科学。 分类：宏观的战略工作 鉴定：微观的战术性工作 命名：开拓性的创新工作
根据G+C mol%不同原核生物可分为高和低G+C两个类群
随机扩增的多型性DNA分析
各大类生物的GC比
GC比相差低于2％ 无分类学意义 GC比差别2.5－4.0％ 种内各菌株 GC比差别5％以上：不同种 GC比差别10％以上：不同属
测定DNA的GC比的方法
解链温度（Melting Temperature）法： 260nm 减色效应 增色效应 高效液相色谱法
行归群，并依据各群间亲缘关系的密切程度排列成一个等 级系统。该系统应尽可能反映各生物种群间自然的系统演 化关系，每个种群在这个系统中都应有自己的位臵。 命名（nomenclature）是按照国际准则给每个物种一个（惟 一的）公认的名称，以便于科学界的交流和避免物名的混 淆。 鉴定（identification）是确定一个新分离物的特征，并将其 归属于已存在的分类单位中的过程。
经典的鉴定指标
1 传统分类方法
传统分类（traditional classification)也称描述分类，主要 以形态特征（morphological characteristics）、培养特征 （cultural characteristics）及生理生化特征（physiological characteristics）等表观分类指征（phenotypic information） 传统分类不能确切地说明微生物的遗传进化地位和关 系，但它却是认识微生物实际重要性和研究生物进化 的基础。 许多医学致病细菌的鉴定一直是依赖于传统分类指标 和技术。
菌型（form） 曾用作菌株的同义词，现已废除，仅作若干变异型的 后缀。如噬菌体变异型Phagovar、血清变异型Serovar、 生物变异型Biovar、形态变异型Morphovar、致病变 异型Pathovar等 菌群（group） 两种微生物及介于它们之间的一些过渡类型的菌种， 具有某些共同性状。如大肠菌群包括大肠杆菌、产气 肠细菌及它们之间的过渡类型
表型分类方法
表型分类方法
数值分类 (Numerical taxonomy)
应用
初步种群划分
全细胞可溶性蛋白电泳 (SDS-PAGE of whole cell proteins)
多位点酶电泳 (Mulilocus enzyme electrophoresis, MLEE ) 脂肪酸分析 (Analysis of whole cell fatty acids)
数据收集（生化、生理、形态） 一般选择不少于50个实验特征，阳性特征记录为“1” 或“+”，阴性特征记录为“0” 或 “-” 计算相似性
每一实验菌株（操作单位，OTU）实验特性要分别与其他菌株 进行匹配比较相似性（similarity），用相似系数Ssm表示： Ssm = 相同特征的和/特征总数 ×100% 或 （a + d)/n ×100% 其中，a为相同阳性特征数，d为相同阴性特征数，n为特征总数
亚种的命名原则
——“四体结合法”
排成正体，但可省略 排成斜体
学名= 属名 + 种名+ （subsp. ） + 亚种
排成斜体
举例
Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 1919 Saccharomyces serevisiae var. ellipsoideus
亚种（subspecies）/变种( variety，×)： 某一明显而稳定的特征与模式种不同的种称 为模式种的亚种/变种。 菌株：(Strain) 菌株表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖 而成的纯遗传型群体及其一切后代。 因此，一种微生物的每一不同来源的纯培养物均 可称为该菌种的一个菌株。
亚种以下的几个分类名词
菌 株（品系）
一种微生物的每一不同来源的纯培养物Pure culture或纯分离物Pure isolate都可称为某菌种 的一个菌株
物种遗传多态性的客观反映 强调遗传型纯的谱系 菌株与克隆概念相通 不同菌株间大同小（生化性状、代谢产物）异 遗传型纯，当突变时需要重新标注新的菌株名称 菌株名称的标注 名称可随意确定：实验室、产地、特征，数字编号
微生物鉴定的基本步骤
微生物鉴定的基本步骤 获微生物的纯种培养物（Pure Culture） 测定一系列必要的鉴定指标 查找权威性的鉴定手册 不同微生物有不同的重点鉴定指标 霉菌等形体较大的真菌 — 以形态特征为主 放线菌和霉菌 — 形态和生理特征兼用 细菌 — 形态、生理、生化、遗传等指标 病毒 － 电子显微镜、生化、免疫、致病性
4 分子分类
分子分类是在分子水平上，对生物个体的DNA、RNA 和蛋白质进行研究，并根据获得的基因型信息对生物个 体进行分类。目前常用的分类方法有： DNA碱基组成 （G+C mol%, DNA分子中鸟嘌呤G 和胞嘧啶C所占的摩尔百分比值）分析 DNA分子指纹分析 DNA-DNA杂交 DNA-RNA杂交及核酸序列分析[16S rRNA/rDNA序 列分析、rDNA转录间隔区序列分析、随机扩增的多 型性DNA分析（ARDRA）等]