摘要--转录组
“寒淫”轻重强度致病及转归的转录组与代谢组整合研究
白斑病毒感染凡纳滨对虾的高通量转录组测序及分析
珍稀濒危药用植物台湾金线莲菌根差异表达的转录组研究
白桦雄花早期发育转录组分析及重要基因功能鉴定
柑橘不同抗性品种被黄龙病菌侵染后体内转录组变化的比较分析
鸡生长轴全转录组SNP关联分析及调控生长的作用机制研究
基于转录组测序筛选马铃薯块茎休眠与发芽相关基因及功能鉴定
基于转录组数据的芒属植物分子标记挖掘及分子图谱构建
基于转录组学的茶树冷驯化诱导抗寒性的分子机制研究
利用转录组测序挖掘甘蓝菌核病抗病相关基因
苜蓿共生结瘤体系响应重金属铜胁迫的转录组研究
坛紫菜应答高温胁迫分子机制的转录组学分析及相关候选基因克隆
摘要的编号:
30873212
项目名称:
“寒淫”轻重强度致病及转归的转录组与代谢组整合研究
项目类型:
面上项目
在前期转录组研究搭建的技术平台上，寒证-基因组研究结果发现三羧酸循环（TCA Cycle）通路及相关基因显著表达，这与本课题合作单位之一（上海交大）得到的冷应激的代谢谱特征（TCA Circle通路异常）一致。提示若两个"组学"整合，可优势互补，在寒邪的研究上出现新突破。本计划设计冷暴露模拟"寒淫"强度，将大鼠分为6组，其中4个冷冻组分别置于2℃、-10℃、-20℃、-25℃冷库中，每天6-8小时；中药组-25℃冷库加每日麻黄附子细辛汤灌胃，各组均连续4-6周。研究从宏观至微观分三个层次：①行为、耳络、舌象等寒热纲领性量表评价；②寒淫作用随时间、强度动态的转录谱及代谢谱的信息特征；③温热药的转录谱、代谢谱网络修复作用。本研究以基因芯片和代谢组学互补技术，整合二者信息，重点定位于TCA代谢通路和与之相匹配基因(SDHC、DLD、IDH3B等)为组学交叉点，深化寒淫致病病因病机的科学内涵。
白斑病毒感染凡纳滨对虾的高通量转录组测序及分析
转录组即特定组织或细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和，Roche 454高通量测序技术一次运行可以获得上百万个读长片段，平均读长400bp以上，为转录组的测定与定量提供了快速简便的新方法。抗病毒研究的策略之一是抑制宿主细胞中与病毒入侵或复制密切相关的蛋白功能，或者提高宿主细胞中抗病毒相关的免疫蛋白的表达。本项目拟利用Roche 454高通量测序技术，对白斑病毒感染及对照的凡纳滨对虾样品进行转录组测序，研究病毒感染及对照的凡纳滨对虾的mRNA表达谱差异，寻找病毒感染对虾差异表达基因，为筛选对虾抗病毒药物的分子靶标或研制对虾免疫增强药物提供依据，并可望发现一批凡纳滨对虾新基因，这对于我国积极参与国际上对虾基因知识产权的争夺有积极作用，转录组测序数据可供国内相关单位共享，对于加快我国的凡纳滨对虾病害防治和分子遗传育种研究进展有重要意义。
珍稀濒危药用植物台湾金线莲菌根差异表达的转录组研究
兰科菌根属于一种典型的共生体系，对兰科植物的生长繁育和系统进化是必须的。兰科菌根共生分子机制目前仍不清楚，制约了兰科植物资源的合理开发、利用与保护。课题组前期围绕珍稀濒危兰科药用植物台湾金线莲（Anoectochilus formosanus）与瘤菌根菌属真菌AR-18形成的菌根共生体，从细胞学、组织学、生长代谢及生理生化等方面开展了大量研究工作。在此基础上，本项目拟以该菌根共生体为材料，通过数字表达谱分析，以454 GS FLX测序获得的未接种根全转录组数据为参比，明确菌根共生差异基因表达特征和网络；采用定量PCR和RNA原位杂交分析目标基因在菌根形成过程中的时空表达特征和作用位点，为揭示兰科菌根共生分子机制奠定基础，进而为兰科药用植物资源可持续发展提供理论指导
白桦雄花早期发育转录组分析及重要基因功能鉴定
负责人：刘雪梅参与人：刘雪梅, 宋福南, 戴超, 邢磊, 刘瀛, 张妍, 孙丰宾, 官民晓
金额：23万申请时间：2011 学科代码：树木生长发育(C160501) 项目批准号：31100449 申请单位：东北林业大学研究类型：基础研究
摘要
白桦（Betula platyphylla Suk.）与模式树种杨树（雌雄异株）不同，为雌雄同株，是研究单性花发育机制的理想材料。其雌雄花特异着生于枝条的不同部位，雌雄花均为轮次不全的不完全花，同年生的雌雄花存在严重的花期不遇现象，且雄花发育中途暂停，进行越冬休眠。本项目以白桦早期发育阶段的正常雄花和雄花突变体为试材，利用RNA sequencing技术分析白桦雄花早期发育的转录组及差异表达基因，并通过拟南芥突变体和转基因拟南芥方法对
重要的基因进行功能分析。本项目将初步阐明白桦雄花早期发育中的基因调控网络及代谢途径，这将从分子水平上了解白桦雄花早期发育机制，对植物单性雄花发育的分子机理和生物化学研究有着非常重要的科学意义。
柑橘不同抗性品种被黄龙病菌侵染后体内转录组变化的比较分析
负责人：蒋军喜参与人：蒋军喜, 刘冰, 谢科峰, 刘乔丽, 周泽科, 龙珑
金额：56万申请时间：2011 学科代码：植物细菌病害(C140103) 项目批准号：31160358 申请单位：江西农业大学研究类型：基础研究
关键词：柑橘黄龙病；亚洲韧皮部杆菌；基因芯片；转录组；抗病性差异
柑橘黄龙病是世界柑橘生产上最具毁灭性的病害，也是我国包括江西柑橘产区在内的最重要的病害之一。近年来,国内外对柑橘黄龙病进行了大量的病原检测鉴定和遗传变异性研究，但涉及黄龙病发生机理的研究很少。在项目前期开展柑橘不同品种田间调查和室内抗性鉴定而获得高抗、中抗和高感品种的基础上，本申请拟采用目前基因表达研究中广泛使用和具有独特优势的高通量基因芯片表达技术，开展不同抗性柑橘品种被黄龙病菌侵染后体内转录组变化的比较分析，通过比较分析，将发现与特定抗感反应相连的、其转录水平发生显著变化的基因，这些基因将被定义为决定各自抗感表型的抗病或感病基因。本项目的完成将从转录水平上为不同抗性柑橘品种对黄龙病的抗性差异提出一个合理的解释，同时，对阐明柑橘抗黄龙病的分子机制，指导柑橘黄龙病抗性的合理利用和品种抗性的遗传改良具有重要的理论意义和实践价值。
鸡生长轴全转录组SNP关联分析及调控生长的作用机制研究
负责人：聂庆华参与人：聂庆华, 张细权, 梁少东, 许继国, 张成广, 胡永胜, 张伟, 何小梅金额：60万申请时间：2011 学科代码：家禽遗传育种学(C170103) 项目批准号：31172200 申请单位：华南农业大学研究类型：基础研究
摘要：众所周知，神经内分泌生长轴在调控家鸡生长过程中发挥着重要作用。本项目在前期工作基础上，对生长轴重要组织开展RNA测序和全转录组SNP关联研究：首先选取生长性能差异明显的隐性白洛克肉鸡和清远麻鸡分别构建两尾样本的RNA池，对下丘脑、垂体、肝脏和肌肉等生长轴重要组织开展RNA测序研究（miRNA测序和转录组测序），结合RNA 测序常规分析重点筛查表达差异的miRNA、基因和转录组SNP，并通过定制SNP芯片对具备详细生长记录的参考家系群体和商业群体开展全转录组SNP关联研究，最后利用RNAi、荧光报告载体等对以上结果开展功能验证试验。本项目旨在鉴定显著影响家鸡生长的miRNA、新基因（转录本）及转录组SNP，阐明它们之间的互作网络关系及调控生长的作用机制，以最终揭示家鸡生长性状的遗传基础和分子调控作用通路，本项目对家鸡生长性能的遗传改良乃至肉鸡产业优质高效可持续发展有积极意义。
基于转录组测序筛选马铃薯块茎休眠与发芽相关基因及功能鉴定
负责人：司怀军参与人：司怀军, 张宁, 姜寒玉, 文义凯, 马骢毓, 尤佳, 刘金芝, 瞿韵
金额：56万申请时间：2011 学科代码：薯类作物种质资源与遗传育种(C130407) 项目批准号：31160298
申请单位：甘肃农业大学研究类型：应用基础研究
关键词：马铃薯；块茎；休眠；发芽；转录组
马铃薯块茎的休眠和发芽对于马铃薯栽培、贮藏保鲜和加工工业等具有十分重要的意义。本研究将以马铃薯栽培品种的块茎为研究对象，采用高通量的转录组测序方法（RNA sequencing）进行马铃薯块茎休眠与发芽过程的转录组测序和对比分析，建立基因表达的转录谱。经生物信息学和GenBank数据库检索分析获得差异片段ESTs可能的基因结构和功能，筛选出块茎休眠和发芽相关基因。利用DNA末端快速扩增技术（RACE）克隆候选基因的全长cDNA，然后通过基因表达谱分析、转基因超量表达和抑制表达（RNAi）进行候选基因的功能验证，最终获得马铃薯块茎休眠和发芽相关基因，从而明确马铃薯块茎休眠和发芽的分子机理，为马铃薯块茎休眠和发芽的分子调控以及功能基因组学的研究提供理论基础。
基于转录组数据的芒属植物分子标记挖掘及分子图谱构建
负责人：刁英参与人：刁英, 罗涛, 郑兴飞, 赵玲玲, 胡小虎, 胡珲
金额：10万申请时间：2011 学科代码：草种质资源与育种(C170202) 项目批准号：31101758 申请单位：武汉大学研究类型：应用基础研究
芒属植物俗称芒草，为禾本科的C4类多年生高大草本，主要分布东亚、东南亚和太平洋群岛等地区。芒属植物具有生物质产量高、地下根状茎发达、抗逆性强、适应性广等特点，可用于造纸、饲料、水土保持和生态修复等。近年来，芒属植物更作为一种具有重要开发利用前景的能源作物而倍受关注，可用于火力发电或生产燃料乙醇。因此，开展芒草的分子育种工作具有重要的理论和应用意义。在本实验室的前期研究中，通过高通量的RNA-Seq测序技术已经获得了芒属5种植物共计10Gb的转录组数据，在此基础上本项目提出：采用生物信息学方法从这些数据中挖掘批量的SSR和SNP标记，构建我国特有芒属植物南荻分子图谱，进而将其与近缘种属进行比较分析。从而厘清芒属植物种间及其与禾本科其它植物间的亲缘关系，揭示芒属植物基因组的基本结构和组成规律，为后续的基因定位、基因克隆和分子标记辅助育种奠定基础。
基于转录组学的茶树冷驯化诱导抗寒性的分子机制研究
负责人：王新超参与人：王新超, 杨亚军, 马春雷, 刘守安, 周天山, 马建强, 曹红利
金额：61万申请时间：2011 学科代码：茶学(C161104) 项目批准号：31170650
申请单位：中国农业科学院茶叶研究所研究类型：应用基础研究
关键词：茶树；冷驯化；抗寒；转录组学；RNA-seq
摘要
低温是影响茶树正常生长的重要限制性环境因素之一。在课题组前期研究工作的基础上，本项目引入转录组学的研究策略，从研究不同冷驯化阶段茶树基因表达的差异入手，提取不同驯化阶段（未驯化、通过驯化和脱驯化）样品的总RNA，进行RNA-seq测序和深度的生物信息学分析，系统研究冷驯化不同阶段茶树的转录组变化，通过比较不同样品的转录组数据，找出与茶树冷驯化（抗寒）有关的基因，构建相关基因的调控网络，分析冷驯化过程中相关基因在茶树诱导抗寒性形成中的作用，揭示茶树抗寒的分子机理，将茶树抗寒性机制的研究深入到分子水平。这不仅有助于揭示茶树抗寒的最本质机制，丰富茶树抗寒性理论，为今后研究如何提高茶树的抗寒性，减轻冻害对茶叶生产的影响和茶树抗寒育种以及利用基因工程等手段调控茶树抗寒性提供理论支撑，而且还可以利用本研究的测序结果，开发与抗寒有关的分子标记，为今后利用分子标记进行茶树育种抗寒性早期鉴定提供研究基础。
利用转录组测序挖掘甘蓝菌核病抗病相关基因
负责人：钱伟参与人：钱伟, 汪承刚, 于景印, 梅家琴, 李勤菲, 钱论文
金额：61万申请时间：2011 学科代码：油菜及其他油料作物种质资源与遗传育种(C130405) 项目批准号：31171585
申请单位：西南大学研究类型：基础研究
关键词：甘蓝，菌核病，转录谱，数量性状位点
菌核病是危害油菜生产的一种主要病害。然而，自然界中匮乏高抗菌核病油菜资源，致使油菜菌核病的相关研究和抗病育种受到很大局限。我们前期从油菜近缘种中鉴定出了高抗菌核病的野生甘蓝，构建了抗、感分离的F2无性系群体，并进行了2年的抗性鉴定，定位了抗性QTL。本研究拟从该群体中，挑选抗、感材料，取接种前、后菌斑周围组织的RNA进行表达谱测序，寻找感病和抗病材料表达差异的序列，参考已获得的甘蓝基因组序列，克隆抗病相关基因，开发抗病基因的功能标记，并进行QTL精细定位，对落在QTL区域的抗病相关基因进行功能验证。该研究对于揭示菌核病的抗性机制，以及转移甘蓝抗性基因到甘蓝型油菜，开展油菜抗菌核病的分子设计育种具有重要的理论和实践意义。
苜蓿共生结瘤体系响应重金属铜胁迫的转录组研究
负责人：丑敏霞参与人：丑敏霞, 李哲斐, 傅晶, 史鹏, 梁建强, 姜小倩, 柳思思
金额：62万申请时间：2011 学科代码：草种质资源与育种(C170202) 项目批准号：31172252 申请单位：西北农林科技大学
摘要：以具有西部地域特征的、重金属抗性的天蓝苜蓿（Medicago lupulina L.）―-苜蓿中华根瘤菌（Sinorhizobium meliloti CCNWSX0020）共生固氮体系为模式，应用最新发展起来的RNA-Seq 技术分别对铜离子胁迫和非胁迫条件下接种根瘤菌后天蓝苜蓿根组织中的转录本测序，通过与苜蓿全基因组的比较，分析天蓝苜蓿共生结瘤体系在铜离子胁迫和非胁迫两种生长条件下相关基因的转录表达水平及基因转录体的结构，寻找新转录本和新外显子；分析基因转录体的可变剪接种类和数量并通过qPCR验证，推测天蓝苜蓿中可变剪接的可能发生机制；分析两种培养条件下的差异表达基因并进行GO功能富集分析和KEGG代谢途径分析，从而于转录组水平上系统研究铜离子影响天蓝苜蓿与根瘤菌共生互作的分子机理，为重金属胁迫下豆科植物共生互作机制的最终阐明奠定基础。
坛紫菜应答高温胁迫分子机制的转录组学分析及相关候选基因克隆
负责人：陈昌生参与人：陈昌生, 谢潮添, 纪德华, 赵玲敏, 徐燕, 张元, 周巍巍, 梅高尚
金额：65万申请时间：2011 学科代码：生物海洋学与海洋生物资源(D0609) 项目批准号：41176151
申请单位：集美大学研究类型：应用基础研究
关键词：坛紫菜；高温胁迫；分子机制；转录组；基因克隆
坛紫菜应答高温胁迫分子机制的研究是解决坛紫菜栽培中频繁发生的"高温烂菜"问题的基础。本研究拟以本课题组选育的坛紫菜耐高温纯系为材料，通过转录组测序技术从高温胁迫条件下mRNA和microRNA(miRNA)两个方面的差异表达着手，构建坛紫菜应答高温胁迫相关基因和miRNA的数字化差异表达谱，筛选与坛紫菜应答高温胁迫相关的特异候选基因和miRNA，并进行基因的全长克隆及结构功能解析，miRNA靶基因的预测、验证和互作分析，以及摸清它们在胁迫不同时间水平下的动态表达规律。以期在全基因组范围内了解坛紫菜在转录和转录后水平应答高温胁迫的分子机制，进而初步揭示其耐高温机理，获得一批对坛紫菜耐高温性状表达有重要功能或调控作用、并有重要应用前景的新基因和miRNA，为全面认识坛紫菜抗逆性的分子机理奠定基础，并为今后应用基因工程技术进行海藻抗逆育种提供理论指导和有自主知识产权的重要功能基因和miRNA。
转录组测序结题报告
转录组测序结题报告 1．mRNA纯化： 抽提得到的总RNA首先利用10U的DNaseI（Ambion，美国）在37℃消化1小时；然后利用Micropoly(A)PuristTM mRNA purification kit（Ambion，美国），进行mRNA纯化：把RNA稀释到250μl的体积，按照Kit的操作步骤（Cat.No:
1919）进行；最后得到的mRNA用100μl预热的THE缓冲液洗脱，利用NanoDrop 进行定量。 2．cDNA合成： cDNA合成是在Ng等2005年发表的方法基础上改进而成（文献1，图1）。第一链cDNA合成利用GsuI-oligo dT作为反转录引物，10μg的mRNA作为模板，用1000 单位的Superscript II reverse transcriptase (Invitrogen，美国)在42℃作用1小时完成；随后利用NaIO4（Sigma，美国）氧化mRNA的5’帽子结构，并连接生物素；通过Dynal M280磁珠（Invitrogen，美国）筛选连接了生物素的mRNA/cDNA，并通过碱裂解释放第一链cDNA；然后通过DNA ligase（TaKaRa，日本）在第一链cDNA的5’末端加上接头，然后通过Ex Taq polymerase (TaKaRa，日本)合成第二链cDNA。最后通过GsuI酶切去除polyA和5’端接头。 图1. 全长cDNA合成示意图 3．cDNA测序： 合成的cDNA利用超声仪（Fisher）打断到300-500bp的范围，利用Ampure beads（Agencourt，美国）进行纯化。随后纯化的cDNA利用TruSeq TM DNA XXmple Prep Kit – Set A (illumina，美国)制备文库，并利用TruSeq PE Cluster Kit (illumina，美国)进行扩增。最后在illumina机器上进行测序反应。 测序得到的数据统计见表1. 表1. Solexa测序统计 样品对照 1 2
结题报告——范文
一、结题报告的基本结构 结题报告是一项课题研究结束，研究者客观地、概括地介绍研究过程，总结、解释研究成果，向有关部门（机构）申请结题验收的文章。它是课题研究所有材料中最主要的材料，也是科研课题结题验收最主要的依据，其基本结构包括： 题目部分——标题、署名。 正文部分—— （1）序言（问题的提出、研究的动机）。 （2）理论依据。 （3）研究目标。 （4）研究方法（采用哪些教育科研方法）。 （5）研究的主要内容。 （6）研究过程概述。 （7）研究成果（概括性描述、列出图表、研究假设的检验结果）、结论与建议。 （8）存在的问题或研究的局限性。 结尾部分——注释、参考文献、附录。 结题报告要注意基本格式的规范化。根据具体情况，在体例上可作适当调整，我们反对格式呆板化，但也不能违反基本格式。接下来着重谈谈几个带有普遍性的问题。 二、题报告题目的表述要有明确性 结题报告的题目一般格式为：《……》课题结题报告。 关键是该课题题目应具体明确，准确地概括研究的方向、研究的广度和深度，且有新颖性。具体要求是：①应有价值、有新意。②范围既不会过于宽泛，也不会过于狭窄。③最好能囊括研究范围、对象、内容、方法。④题目内容最好涉及两个变量。⑤题目不要用疑问句形式。⑥题目要避免价值判断。⑦不宜用过分修饰、文学化的题目。⑧用词规范，切忌杜撰。 在研究过程中如果发现题目不当或该研究没有价值，就得终止研究，重新调整研究课题，并呈报立项审批单位。在结题报告中应写新的课题，并附上说明。 三、理论依据的选取、运用要准确 理论依据即本课题研究的科学依据，是选题论证的依据，是研究者对所研究问题预先赋予某种假设的理论依据和指导研究过程的理论依据。 选取理论依据要防止三种情况：①无“论”可依；②有“论”难依；③大“论”小“依”； ④有论不依。所选取理论的科学性、先进性、针对性和理解的深刻性直接关系到教育科学研究的水平。 教育理论都有很强的时代性和现实针对性，有的还存在其局限性，运用时不能拈来便用。 四、教育科研过程要作客观、清晰的概述 对研究过程的概述必须符合研究类型特点。教育科学研究方法有多种划分标准，因而教育科研有多种类型，诸如基础研究、应用研究、开发研究（发展研究）；理论研究、实验研究、调查研究、追因研究；探索性研究、描述性研究、解释性研究等等。对于各种研究，特别是应用研究和实验研究应明确界定。 应用研究用于应用或检验理论，评价它在解决教育实际问题中的作用。中小学教育科研大多数是应用研究。 实验研究是根据研究目的，运用一定的人为手段，主动干预或控制研究对象的发生、发展过程，以探索、验证所研究现象因果关系的研究过程。教育实验可分为探索性实验、验证性实验、推广性实验（当前我国进行的有学校整体改革实验、引进国外教育理论的验证实验、教育政策决策的实验、课程教材的改革实验、教学方法的改革实验（转载自第一范文网https://www.360docs.net/doc/9a10996683.html,，请保留此标记。））。
转录组RNAseq术语解释
RNA-Seq名词解释 1.index 测序的标签，用于测定混合样本，通过每个样本添加的不同标签进行数据区分，鉴别测序样品。 2.碱基质量值 （Quality Score或Q-score）是碱基识别（Base Calling）出错的概率的整数映射。碱基质量值越高 表明碱基识别越可靠，碱基测错的可能性越小。 3.Q30 碱基质量值为Q30代表碱基的精确度在99.9%。 4.FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped） 每1百万个map上的reads中map到外显子的每1K个碱基上的fragment个数。计算公式为 公式中，cDNA Fragments 表示比对到某一转录本上的片段数目，即双端Reads数目；Mapped Reads(Millions)表示Mapped Reads总数， 以10为单位；Transcript Length(kb)：转录本长度，以kb个碱基为单位。 5.FC（Fold Change） 即差异表达倍数。 6.FDR（False Discovery Rate） 即错误发现率，定义为在多重假设检验过程中，错误拒绝(拒绝真的原(零)假设)的个数占所有被拒绝 的原假设个数的比例的期望值。通过控制FDR来决定P值的阈值。 7.P值（P-value） 即概率，反映某一事件发生的可能性大小。统计学根据显著性检验方法所得到的P 值，一般以P<0.05 为显著，P<0.01为非常显著，其含义是样本间的差异由抽样误差所致的概率小于0.05或0.01。 8.可变剪接（Alternative splicing）
诺禾致源真核无参转录组生物信息分析结题报告2013年8月
真核无参转录组生物信息分析结题报告 建库测序流程 Total RNA样品检测 文库构建 上机测序 F:/结题报告+老销售培训/结题报告模板修改/…/真核无参转录组_Report.html 1/38
2/38 F:/结题报告+老销售培训/结题报告模板修改/…/真核无参转录组_Report.html 北京诺禾致源生物信息科技有限公司 一、建库测序流程 从RNA 样品到最终数据获得，样品检测、建库、测序每一个环节都会对数据质量和数量产生影响，而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性，诺禾致源对样品检测、建库、测序每一个生产步骤都严格把控，从 根本上确保了高质量数据的产出。实验流程图如下： 1 Total RNA 样品检测 诺禾致源对RNA 样品的检测主要包括4种方法：(1) 琼脂糖凝胶电泳分析RNA 降解程度以及是否有污染(2) Nanodrop 检测RNA 的纯度（OD260/280比值）(3) Qubit 对RNA 浓度进行精确定量(4) Agilent 2100精确检测RNA 的完整性 2 文库构建及库检 样品检测合格后，用带有Oligo （dT ）的磁珠富集真核生物mRNA （若为原核生物，则通过试剂盒去除rRNA 来富集mRNA ）。随后加入fragmentation buffer 将mRNA 打断成短片段，以mRNA 为模板，用六碱基随机引物（random hexamers ）合成一链cDNA ，然后加入缓冲液、dNTPs 、RNase H 和DNA polymerase I 合成二链cDNA ，随后利用AMPure XP beads 纯化双链cDNA 。纯化的双链cDNA 再进行末端修复、加A 尾并连接测序接头，然后用AMPure XP beads 进行片段大小选择，最后进行PCR 富集得到最终的cDNA 文库。文库构建完成后，先使用Qubit2.0进行初步定量，稀释文库至1ng/ul ，随后使用Agilent 2100对文库的insert size 进行检测，insert size 符合预期后，使用Q-PCR 方法对文库的有效浓度进行准确定量（文库有效浓度 ＞2nM ），以保证文库质量。文库构建原理图如下：
转录组学主要技术与应用研究
转录组学主要技术及其应用研究 姓名：梁迪 专业：微生物学 年级：2013 学号：3130179 二零一四年六月十五日
转录学主要技术及其应用研究 摘要：转录组(transcriptome)是特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有RNA的集合。转录组学研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理。目前，转录组学研究技术主要包括两种：基于杂交技术的微阵列技术（microarray)和基于测序技术的转录组测序技术，包括表达序列标签技术（Expression Sequence Tags Technology，EST）、基因表达系列分析技术（Serial analysis of gene expression，SAGE）、大规模平行测序技术（Massively parallel signature sequencing，MPSS）、以及RNA 测序技术（RNA sequencing，RNA-seq）。文章主要介绍了以上转录组学主要研究技术的原理、技术特点及其应用，并就这些技术面临的挑战和未来发展前景进行了讨论，为其今后的研究与应用提供参考。 关键词：转录组学；微阵列技术；转录组测序技术；应用 Study on the main technologies of transcriptomics and their application Abstract: The transcriptome is the complete set of transcripts for certain type of cells or tissues in a specific developmental stage or physiological condition. Transcriptome analysis can provide a comprehensive understanding of molecularmechanisms involved in specific biological processes and diseases from the information on gene structure and function. Currently, transcriptomics technology mainly includes microarry -based on hybridization technology and transcriptome sequencing-based on sequencing technology, involving Expression sequence tags technology, Serial analysis of gene expression, Massively parallel signature sequencing and RNA sequencing. The detailed principles, technical characteristics and applications of the main transcriptomics technologies are reviewed here, and the challenges and application potentials of these technologies in the future are also discussed. This will present the useful information for other researchers. Keywords: transcriptomics ; microarray ; transcriptome sequencing; application 随着后基因组时代的到来，转录组学、蛋白质组学、代谢组学等各种组学技术相继出现，其中转 录组学是率先发展起来以及应用最广泛的技术[1]。
转录组有参考生物信息分析结题报告模版-V2.0
转录组有参考基因组生物信息分析结题报告 一、生物信息分析流程 获得原始测序序列（Sequenced Reads）后，并且其相应的基因组参考序列( Reference Genome )可以获得的情况下，可以用有参考基因组信息分析流程对数据进行详细的分析，分析流程图如下：
二、结果展示 1. 原始序列数据 高通量测序（如Illunima HiSeq TM2000/ Miseq等测序平台）测序得到的原始图像数据文件经碱基识别（Base Calling）分析转化为原始测序序列（Sequenced Reads），我们称之为Raw Data或Raw Reads，结果以FASTQ（简称为fq）文件格式存储，其中包含测序序列（reads）的序列信息以及其对应的测序质量信息。测序样品中真实数据随机截取结果如下： @HWI-ST1106:227:D14F6ACXX:1:1101:1202:2188 1:N:0:GCCAAT CGGATGATCTTCTTAATCTCTCCTTGCATAGTTATGAAACAGTCCGTGGACTTGCTGGAAAATCTCTCTTGAAGATGATGAAGAGATGGCCCTCTACAAT + CCCFFFDFFHHHHJJJJJIJIGGGIGICIGIIJEIIJIIJJI@DHEDHECFGGAHGGJGHIICGEEIEHGGGIECEEHH@HE>C@EBBE@CCDDCCCDDC @HWI-ST1106:227:D14F6ACXX:1:1101:1237:2217 1:N:0:GCCAAT GAAGGTGAGTCTGAGGAGGCCAAGGAGGGAATGTTTGTGAAAGGATATGTCTACTAAGATATTAGAAAGTATGTACTACTACTACTACTACATGTTTTCA + @@@FDADDFDHFHIIIDHIIJJJGICGGGCGHGFIGHBHEHHGI;BDHHCFGCHIIIIEHGIGHHIJJE7??ACHCDFFFFFEEECCEE>C>ACCCDC>@ @HWI-ST1106:227:D14F6ACXX:1:1101:1382:2195 1:N:0:GCCAAT TTTTGCAACAATGGCTTCCACCATGATGACTACTCTACCACAGTTCAATGGACTCAAACCCCAACCTTTCTCAGCTTCTCCAATTCAAGGCTTGGTGGCA + @@@DD3DDFFFF:CDGI@GIEEDH
结题报告(完成版)
《新课程背景下初中数学课堂教学有效性研究》 结题报告 一、选题背景 目前初中数学课堂教学的目前状况常态教学中，“教师苦教、学生苦学”的目前状况在初中数学课堂中依然普遍存在。其典型表现为:三维目标的割裂、教学内容的泛化，教学层次的低下，解题教学的呆板，预设和生成的冲突等。造成学生学习状态低迷，学习喜好减弱，学习能力低下，主动精神和创造力缺失。课堂上没有了生命活力的焕发和学习主体个性精神的张扬，也感觉不到生命的挑战和学习者的内在愉悦。即使事先有预备的公开课等，也是“新瓶装旧水”，生硬地套用新课改模式，结果还是如从前一样——单调、枯燥、繁琐和压抑，学生数学素养并没有真正得到有效的提高。师生实际的精力付出和收效不成正比。除此，长期以来的惯性思维和惰性也抑制了教师创新意识的拓展，屏蔽了新问题解决的新角度和新出路，使得“高耗低效”这一重大新问题的探究和改进始终停留在口头上或纸面上，处于一种应付状态，甚至仍是“穿旧鞋走老路”，无实际之效，致使广大初中数学教师因一方面要减轻学生负担，提高课堂实效；另一方面又要加班加点，死盯硬盘，提高升学率而处于两难境地。因此，如何使我们的教师拥有新课程背景下的课堂教学有效性的理念，把握初中数学课堂教学有效性的策略，是摆在我们广大数学教师面前的一个课题。 二、课题研究的主要理论依据 1. 心理学关于认识论和动机理论认为：认识过程是指人们获得
知识的过程。在“需要、诱因与动机”的关系中，需要是人对某种客观要求的反映，这种要求可以来自有机体的内部（内环境），也可以来自个体周围的环境；动机是在需要的基础上产生的，诱因是与需要相联系的外界刺激物，它吸引有机体的活动，并使需要有可能得到满足。这表明调动学生的学习积极性并提高其知识和能力是可行的。 2. 多元智能理论认为：人至少具有八种智能，每种智能都具有同等的重要性且彼此互补、统整运作。不同的学生具有不同的心智组型，并且会以不同的方法来学习、表征与回忆知识，因此不应以相同的方法、相同的教材来教育所有的学生，教师应配合学生的不同需要而使用各种不同的方法来进行教学。 3.教学最优化理论。巴班斯基教学教育过程最优化的理论主要包括以下6个方面：(1)教学教育过程最优化的概念；(2)教学教育过程最优化的理论基础；(3)教学教育过程最优化的原则；(4)实施教学教育过程最优化的程序；(5)预防和克服学生成绩不良而采取的最优化措施；(6)对优秀学生实施教学教育过程最优化的途径。认为：要达到教学最优化的目的，就必须分析学生状况和教学任务，明确教学内容，选择教学方式、方法，拟定教学进度，对教学结果加以测定和分析等等。要达到最优化的关键：一是分析教材中主要的和本质的东西，确保学生能掌握这些内容；二是选择能有效地掌握所学内容、完成学习任务的教学方法、方式，进行有区别的教学。 4. 有效教学理论。该理论源于20世纪上半叶西方的教学科学化运动，有效教学理论的核心是教学的效益。它关注学生的进步或发展；
华大转录组测序内部培训资料
（内部资料，请勿外传） 动植物转录组 （Transcriptome ） 产品说明书 科技服务体系 动植物研究方向
版本信息： 2011年07月08日
目录 1产品概述 (1) 1.1 什么是转录组测序 (1) 1.2 转录组测序的产品功能 (1) 1.3 转录组测序产品优势 (1) 1.4 转录组测序产品发展史 (1) 1.5 项目执行时间 (3) 1.6 产品交付结果 (3) 2转录组测序研究方法 (4) 2.1 产品策略 (4) 2.2 样品准备 (5) 2.2.1 RNA样品要求 (5) 2.2.2 RNA样品送样标准 (6) 2.2.3 RNA提取的组织用量建议 (6) 2.3 样品运输要求 (7) 2.3.1 样品包装 (7) 2.3.2 样品标识 (8) 2.3.3 样品运输条件 (8) 2.4 文库的构建及测序 (9) 2.4.1 实验流程 (9) 2.4.2 测序及数据处理 (10) 2.5 转录组生物信息学分析 (10) 2.5.1 没有参考序列的转录组De novo (10) 2.5.2 有参考序列的转录组Re-sequencing (18) 2.5.3 参考文献 (24) 3成功案例 (25)
3.1 华大成功案例 (25) 3.2 相关文献解读 (26)
1产品概述 1.1什么是转录组测序？ 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。转录组测序是指用新一代高通量测序技术对物种或者组织的转录本进行测序并得到相关的转录本信息。 1.2转录组测序的产品功能 1.获得物种或者组织的转录本信息； 2.得到转录本上基因的相关信息，如：基因结构，功能等； 3.发现新的基因； 4.基因结构优化； 5.发现可变剪切； 6.发现基因融合； 7.基因表达差异分析。 1.3转录组测序产品优势 覆盖度高：检测信号是数字信号，几乎覆盖所有转录本； 检测精度高：几十到数十万个拷贝精确计数； 分辨率高：可以检测到单碱基差异，基因家族中相似基因及可变剪切造成的不同转录本的表达； 完成速度快：整个项目周期只需要50个工作日时间； 成本低：基本上每个实验室可以承担相关研究经费。 1.4转录组测序产品发展史 转录组的研究手段大体包括：EST序列构建及研究，芯片研究，运用第二代测序技术研究等。EST是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次sanger测序获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分,在
课题结题报告范文八篇
课题结题报告范文八篇 篇一 一、研究的缘由 《幼儿园教育指导纲要》指出，“玩是孩子的天性，要发现、保护和引导幼儿固有的天性。”“幼儿园以游戏为基本活动”。但在实际的幼儿园教育中，还存在重智育、轻游戏的倾向。家长也更关心孩子的智力发展，往往认为游戏就是“玩”，对孩子的成长没有多少用处。儿童游戏越来越少，孩子越来越孤独。而另一方面，民间游戏面临失传。那些以前给我们带来无限快乐的民间游戏踢毽子、跳房、投沙包------已不再为孩子们所熟悉。其实，民间游戏简单易学、趣味性强、材料方便、不受场地人数限制，具有很强的可操作性和潜在发展空间，正适合我们县城的幼儿园，我们何不把民间游戏介绍给孩子们，让他们也体验传统游戏的快乐呢？为此，我们幼儿园选取了董旭花教授的“学前儿童游戏的多元价值开发”子课题——“民间游戏的现代好处挖掘”，期望在课题引领下认真了解、解读民间游戏，让它在幼儿幼儿园教育中发挥巨大作用，让孩子们体会民间游戏的乐趣，促进孩子们健康快乐成长。同时也期望，在课题引领下，教师的专业素质得到进一步提高。 二、研究目标
1、以课题活动为契机，提高老师的专业素质，重点提高教师的教育科研潜力。[由https://www.360docs.net/doc/9a10996683.html,整理] 2、研究民间游戏所蕴含的教育价值，了解游戏对幼儿社会性交往潜力、情感、智力发展的作用。 三、研究资料 1、各年龄班如何选取适宜的民间游戏，如何对传统民间游戏进行改变和创新。 2、民间游戏与幼儿多元智能（个性是社会交往潜力）发展的关系。 四、研究对象 主要选取夏津华夏幼教中心3---6岁（小、中、大班）约300名幼儿作为研究对象。 五、研究方法 文献研究法、行动研究法、经验总结法、评优展示法、观察法、谈话法 1、文献研究法：透过对相关游戏资料的搜集、学习、分析和理解，了解关于幼儿游戏评价的最新进展和民间游戏的现状，为幼儿进行游戏活动带给理论支 持和方法指导。如：我们透过研究资料搜集了很多少数民族的游戏，如“叼羊大赛”、跳花竿等，孩子们很喜欢。
转录组学领域研究进展一览(!!!)
转录组学领域研究进展一览 关键词：Transcriptomics；RNA；RT-PCR；Profiling；Synthesis；Sequencing；Purification；Micro arrays；Extraction 转录组学（tranomics），是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科，也就是说，转录组学是从RNA水平来研究基因的表达情况。转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。 本文中，小编对近年来转录组学领域的相关研究进行了盘点，分享给各位！【1】北大教授开发单细胞全转录组测序新技术 2014年4月29日，北京大学生物动态光学成像中心黄岩谊、汤富酬课题组在《美国科学院院刊》(PNAS)上发表题为“Microfluidic single-cell whole-tranome sequencing”的论文。该研究利用微流控芯片技术实现了高质量单细胞的全转录组测序样品准备，全面提高了单细胞全转录组分析的准确性和可靠性。 细胞是生命活动的基本功能单位，而在生物体内没有任何两个细胞是完全相同的。传统的生命科学与医学研究，绝大多数情况下都是针对混合的大量细胞进行的，无法观察到单个细胞之间细微的差别。近年来不断发展的实验技术，提供了更加定量与客观的证据，表明在许多关键生命过程例如胚胎发育、细胞分化、疾病发生与发展等过程中，特定的单个细胞行为，以及其间的个体化差异与异质性，导致了极其重要甚至是决定性的结果。而之前基于大量细胞平均测量所获得的结果并无法正确反映复杂生物体系的全面真实信息，严重掩盖了独立个体样本的行为以及生命现象中大量存在的随机行为。针对单个细胞的研究，是细胞生命分析技术所追求的极限状态，是对传统技术极大的挑战。 【2】doi：10.1126/science.aaf2403 在一项新的研究中，来自瑞典卡罗琳斯卡研究所和皇家理工学院等机构的研究人员开发出一种新的被称作空间转录组学（spatial tranomics）的高分辨率方法研究一种组织中哪些基因是有活性的。这种方法能够被用于所有类型的组织中，而且在临床前研究和癌症诊断中是有价值的。相关研究结果发表在2016年7月1日那期Science期刊上，论文标题为“Visualization and analysisof gene expression
项目结题报告(正式)
常州市景点旅游资料英译研究结题报告 一项目研究的背景 随着对外经济和文化交流的日益增加，越来越多的外国友人来到中国，特别是常州近年来经济开始发展，使英语作为“世界通语”的重要性显得尤为突出。而作为“城市脸孔”的景点旅游资料英译是给所有到中国来的外国人士留下第一印象的中国的名片。有此而得旅游翻译的重要性也日益突显，旅游景点旅游资料英译亟待普及和提高。但是通过网络对中国大多数旅游景点的调查结果以及我们团队对常州各景点的实地考察，我们不难发现,在这些景点中,景点旅游资料英译存在着诸多问题，这些问题严重制约着中国旅游业的发展，同时也严重损害了中国在世界的形象。因此，景点旅游资料英译研究日显必要，其目的很明确，即在必要的场合能够指示、提示、警示、帮助在华的外国友人更加方便的学习、旅游和工作。因而旅游翻译的质量无疑直接影响着游客对旅游景点的认识和欣赏，具有重要意义。 二项目的研究目标与研究过程 1、研究目标 此项研究将以文化翻译理论为理论指导，对常州市主要旅游景点如：红梅公园、中华恐龙园、春秋淹城、常州博物馆等地的旅游资料英译进行调查，通过分析收集的语料，总结这些旅游资料英译中存在的问题并其提出改进意见。通过这次训练使参加的学生能够充分锻炼实验动手能力和理论应用能力，并且能够熟练使用计算机等先进行技术手段进行数据分析处理和撰写总结报告。 2、研究过程 第一个月召开项目小组第一次会议分配相关任务，并选举项目的小组负责人
定期向指导教师汇报进展情况。2012.11—2012.12 ：搜集资料、实地考察；并定期召开项目会议了解各自进展情况，并对遇到的实际问题进行商讨以寻求最佳解决方案。在整个项目的实施过程中教师给学生以全程指导。2013.1—2013.4 ：参考文献，分析资料，利用已学知识对调查得出的问题提出相应的修改意见和建议，并撰写相关论文。2013.6—2013.9 ：对项目进行总结并撰写结题报告。2013.10—2013.12：进行结题的各项工作。 在进行常州公园公示语翻译现状调查过程中学生主要采用的方式为照片采集、归纳法和总结法。 三项目研究成果与分析 在对常州市区景点景点旅游资料英译研究进行调查，通过分析收集的语料，我们发现旅游资料英译中存在不少问题，对此我们进行了以下的总结。 一、景点旅游资料英译中存在或多或少的翻译错误 1 翻译中的Chinglish 因为不同国家的语言、风俗、兴趣等各有不同，在旅游翻译中应该细心甄别、求同化异、查漏补缺。就语言差异来说，忽视的后果就是产生Chinglish。我们在各个常州景区发现这个问题相当严重。例如溧阳天目湖山水园内“制茶表演”原译为“system tea performance ”。这里的“制”不是“制度”而是“制作”。我们认为应译做“Tea Making Performance ”。再如“小心有电”不能译作贻笑大方的“Carefully has there electricity! ”而可以译为“Caution! Electricity! ”通俗易懂。“小心路滑”有人译为“Notice: The roads are very slippery ”为符合英文的标语 习惯，可以改为“Slippery Road （Be Careful ）！”。如果是室内，还可改为“Caution：Wet Floor！”文化上的差异和缺失也往往是翻译的难点，弄不好还会在无意中得
转录组学的一些概念
Gene Ontology可分为分子功能（Molecular Function），生物过程（biological process）和细胞组成（cellular component）三个部分。蛋白质或者基因可以通过ID对应或者序列 注释的方法找到与之对应的GO号，而GO号可对于到Term，即功能类别或者细胞定位。 功能富集分析: 功能富集需要有一个参考数据集，通过该项分析可以找出在统计上显 著富集的GO Term。该功能或者定位有可能与研究的目前有关。 GO功能分类是在某一功能层次上统计蛋白或者基因的数目或组成，往往是在GO 的第二层次。此外也有研究都挑选一些Term，而后统计直接对应到该Term的基因或蛋白数。结果一般以柱状图或者饼图表示。 1.GO分析 根据挑选出的差异基因，计算这些差异基因同GO 分类中某（几）个特定的分支的超 几何分布关系，GO 分析会对每个有差异基因存在的GO 返回一个p-value，小的p 值表示差异基因在该GO 中出现了富集。 GO 分析对实验结果有提示的作用，通过差异基因的GO 分析，可以找到富集差异 基因的GO分类条目，寻找不同样品的差异基因可能和哪些基因功能的改变有关。 2.Pathway分析 根据挑选出的差异基因，计算这些差异基因同Pathway 的超几何分布关系， Pathway 分析会对每个有差异基因存在的pathway 返回一个p-value，小的p 值表示差异 基因在该pathway 中出现了富集。 Pathway 分析对实验结果有提示的作用，通过差异基因的Pathway 分析，可以找到 富集差异基因的Pathway 条目，寻找不同样品的差异基因可能和哪些细胞通路的改变有关。与GO 分析不同，pathway 分析的结果更显得间接，这是因为，pathway 是蛋白质之间的 相互作用，pathway 的变化可以由参与这条pathway 途径的蛋白的表达量或者蛋白的活性 改变而引起。而通过芯片结果得到的是编码这些蛋白质的mRNA 表达量的变化。从 mRNA 到蛋白表达还要经过microRNA 调控，翻译调控，翻译后修饰（如糖基化，磷酸化），蛋白运输等一系列的调控过程，mRNA 表达量和蛋白表达量之间往往不具有线性关系，因此mRNA 的改变不一定意味着蛋白表达量的改变。同时也应注意到，在某些pathway 中，如EGF/EGFR 通路，细胞可以在维持蛋白量不变的情况下，通过蛋白磷酸 化程度的改变（调节蛋白的活性）来调节这条通路。所以芯片数据pathway 分析的结果需 要有后期蛋白质功能实验的支持，如Western blot/ELISA，IHC（免疫组化），over expression（过表达），RNAi（RNA 干扰），knockout（基因敲除），trans gene（转基因）等。 3.基因网络分析 目的：根据文献，数据库和已知的pathway 寻找基因编码的蛋白之间的相互关系(不超过1000 个基因)。
课题结题报告范本【三篇】(完整版)
报告编号：YT-FS-7170-25 课题结题报告范本【三 篇】(完整版) After Completing The T ask According To The Original Plan, A Report Will Be Formed T o Reflect The Basic Situation Encountered, Reveal The Existing Problems And Put Forward Future Ideas. 互惠互利共同繁荣 Mutual Benefit And Common Prosperity
课题结题报告范本【三篇】(完整 版) 备注：该报告书文本主要按照原定计划完成任务后形成报告，并反映遇到的基本情况、实际取得的成功和过程中取得的经验教训、揭露存在的问题以及提出今后设想。文档可根据实际情况进行修改和使用。 篇一 《儿童传统游戏的现代好处挖掘》课题结题报告 一、研究的缘由 《幼儿园教育指导纲要》指出，“玩是孩子的天性，要发现、保护和引导幼儿固有的天性。”“幼儿园以游戏为基本活动”。但在实际的幼儿园教育中，还存在重智育、轻游戏的倾向。家长也更关心孩子的智力发展，往往认为游戏就是“玩”，对孩子的成长没有多少用处。儿童游戏越来越少，孩子越来越孤独。而另一方面，民间游戏面临失传。那些以前给我们带来无限快乐的民间游戏踢毽子、跳房、投沙包------已不再为孩子们所熟悉。其实，民间游戏简单易学、趣味性强、材
料方便、不受场地人数限制，具有很强的可操作性和潜在发展空间，正适合我们县城的幼儿园，我们何不把民间游戏介绍给孩子们，让他们也体验传统游戏的快乐呢？为此，我们幼儿园选取了董旭花教授的“学前儿童游戏的多元价值开发”子课题——“民间游戏的现代好处挖掘”，期望在课题引领下认真了解、解读民间游戏，让它在幼儿幼儿园教育中发挥巨大作用，让孩子们体会民间游戏的乐趣，促进孩子们健康快乐成长。同时也期望，在课题引领下，教师的专业素质得到进一步提高。 二、研究目标 1、以课题活动为契机，提高老师的专业素质，重点提高教师的教育科研潜力。[由*整理] 2、研究民间游戏所蕴含的教育价值，了解游戏对幼儿社会性交往潜力、情感、智力发展的作用。 三、研究资料 1、各年龄班如何选取适宜的民间游戏，如何对传统民间游戏进行改变和创新。
课题研究结题报告范文
《新课程背景下小学语文课堂教学设计有效性的研究》 结题报告(范文) ****小学**** 一、研究背景 （一）问题的提出 “教学质量是教育的生命。”语文课堂教学效率的高低，直接关系到语文教学质量的高低。新一轮课程改革的不断深入，引起了课堂教学的变革，但无论教学思想如何更新，教学内容如何变化，教学方式如何改进，其最终目的都必须指向教学的有效性，对语文课堂有效性的研究，成了广大语文教师的当务之急。 新教材实施至今已有一段时间，听了许多课，本人发现我们常态下的语文课堂教学存在着不少问题： （1）三维目标割裂，不明确，不符合学生实际。 （2）教学内容单薄，结构松散，零敲碎打，置语文内容的整体性于不顾。 （3）过分注重朗读与感悟，弱化语文的“工具性”，训练不扎实，不到位。 （4）为体现学生的主体，刻意追求课堂的热闹，花里胡哨，却只留于形式。 （5）过分张扬语文的“人文性”，东拉西扯，与其他学科的内容过度整合，非语文的东西“越俎代庖”，削弱了学科特点。 我想这些正是造成当下小学语文教学效率不太高的主因。因此，
在全面推进素质教育的今天，在新一轮基础教育课程改革进行之时，研究、掌握课堂教学有效性的策略成为摆在我们面前的一个难题，也是我们迫切要解决的问题。 （二）课题界定和理论依据 所谓课堂教学设计的有效性是指在准确把握教材的编写意图与特点，在课程目标的引领下，根据学生的年龄特点和知识水平，设计更加科学、有效的实施程序，包括教学目标、教学重难点、教学策略、教学准备等，引导学生进行有效学习的课堂教学设计。学生在课堂学习中有无进步或发展（包括知识、智力、情感、创造力、思维与实践能力等方面），是教学有没有效益的唯一指标。 生本教育理论 生本教育理论认为，教师需要为学生设计一种以学生好学为中心的教育体系，要以一切为了学生、高度尊重学生、全面依靠学生为教育的宗旨。 据此，本人确立了“新课程背景下小学语文课堂教学设计有效性的研究”这一课题。所谓课堂教学设计的有效性是指在准确把握教材的编写意图与特点，在课程目标的引领下，根据学生的年龄特点和知识水平，设计更加科学、有效的实施程序，包括教学目标、教学重难点、教学策略、教学准备等，引导学生进行有效学习的课堂教学设计。学生在课堂学习中有无进步或发展（包括知识、智力、情感、创造力、思维与实践能力等方面），是教学有没有效益的唯一指标。 此外，还有巴班斯基的最优化理论、教学方法论都是本课题立项
转录组有参结题报告模板
转录组生物信息分析结题报告 一、建库测序流程 1. Total RNA样品检测 2. 文库构建 3. 库检 4. 上机测序 二、生物信息分析流程 三、项目结果说明 1. 原始序列数据 2. 测序数据质量评估 3. 参考序列比对分析 4. 可变剪切分析 5. 新转录本预测 6. SNP和InDel分析 7. 基因表达水平分析 8. RNA-seq整体质量评估 9. 基因差异表达分析 10.差异基因GO富集分析 11.差异基因KEGG富集分析 12.差异基因蛋白互作网络分析 13.DEU分析 四、参考文献 五、附录 1. 文件目录列表 2. 软件列表 3. Methods英文版 4. 结题报告PDF版
北京诺禾致源生物信息科技有限公司 一、建库测序流程 从RNA样品到最终数据获得，样品检测、建库、测序每一个环节都会对数据质量和数量产生影响，而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。因此，获得高质量数据是保证生物信息分析正确、全面、可信的前提。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性，诺禾致源对样品检测、建库、测序每一个生产步骤都严格把控，从根本上确保了高质量数据的产出。流程图如下：
1 Total RNA样品检测 诺禾致源对RNA样品的检测主要包括4种方法： (1) 琼脂糖凝胶电泳分析RNA降解程度以及是否有污染 (2) Nanodrop检测RNA的纯度（OD260/280比值） (3) Qubit对RNA浓度进行精确定量 (4) Agilent 2100精确检测RNA的完整性 2 文库构建 样品检测合格后，用带有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则通过试剂盒去除rRNA来富集mRNA）。随后加入fragmentation buffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（random hexamers）合成一链cDNA，然后加入缓冲液、dNTPs和DNA polymerase I合成二链cDNA，随后利用AMPure XP beads纯化双链cDNA。纯化的双链cDNA再进行末端修复、加A尾并连接测序接头，然后用AMPure XP beads进行片段大小选择，最后进行PCR富集得到最终的cDNA文库。构建原理图如下： 3 库检 文库构建完成后，先使用Qubit2.0进行初步定量，稀释文库至1ng/ul，随后使用Agilent 2100对文库的insert size 进行检测，insert size符合预期后，使用Q-PCR方法对文库的有效浓度进行准确定量（文库有效浓度 ＞2nM），以保证文库质量。 4 上机测序 库检合格后，把不同文库按照有效浓度及目标下机数据量的需求pooling后进行HiSeq/MiSeq测序。
宏转录组新版结题报告
诺禾致源宏转录组报告北京诺禾致源生物信息科技有限公司
目录 1概述 (1) 2项目流程 (2) 2.1实验上机流程 (2) 2.1.1Total RNA样品检测 (3) 2.1.2文库构建及库检 (3) 2.1.3上机测序 (4) 2.2信息分析流程 (4) 3分析及结果 (6) 3.1数据预处理 (6) 3.2De novo组装 (7) 3.3物种注释 (8) 3.4功能注释 (9) 3.4.1eggNOG/COG注释 (10) 3.4.2KEGG注释 (11) 3.4.3CAZy注释 (12) 3.5基因表达水平分析 (13) 3.5.1参考序列比对 (13) 3.5.2基因表达水平统计表 (14) 3.5.3基因表达差异分析 (15) 3.5.4差异基因GO富集分析 (15) 3.5.5差异基因KEGG富集分析 (17) 3.6多样品之间的比较分析 (19) 3.6.1多样品间eggNOG/KEGG/CaZy功能比较 (20) 3.6.2多样品间功能聚类 (21)
3.6.3多样品间功能的PCoA分析 (25) 4参考资料 (27)
1概述 在地球生物圈中，微生物扮演着极为重要的角色，它们的活动影响着自然环境的营养循环，土壤肥力，有机质的分解，以及物种与能量之间的交换。人类对微生物的研究从Antoni van Leeuwenhoek发明显微镜开始的数百年中，主要基于纯培养的研究方式，而在数以万亿计的微生物种类中，仅0.1%~1%的物种可培养，极大地限制了对微生物多样性资源的研究和开发。 宏转录组学(Metatranscriptomics)兴起于宏基因组之后，从整体水平上研究某一特定环境，特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律，它以生态环境中的全部RNA为研究对象，避开了微生物分离培养困难的问题，能有效的扩展微生物资源的利用空间。2006年，Leiniger等首次使用454测序技术对一个复杂微生物群落的宏转录组进行研究。与宏基因组学相比较，宏转录组学能从转录水平研究复杂微生物群落变化，能更好的挖掘潜在的新基因。 近年来，随着测序技术和信息技术的快速发展，利用新一代测序技术(Next Generation Sequencing)研究宏转录组，能快速准确的得到大量生物数据和丰富的微生物研究信息，从而成为研究微生物多样性和群落特征的重要手段。如致力于研究微生物与人类疾病健康关系的人体微生物组计划(HMP,Human Microbiome Project,https://www.360docs.net/doc/9a10996683.html,/)，研究全球微生物组成和分布的全球微生物组计划(EMP,Earth Microbiome Project, https://www.360docs.net/doc/9a10996683.html,/)都主要利用高通量测序技术进行研究。