新型鹅细小病毒四川株的全基因组扩增及遗传进化分析
鹅细小病毒荧光定量PCR检测方法的建立及全基因克隆与序列分析的开题报告
鹅细小病毒荧光定量PCR检测方法的建立及全基因克隆与序列分析的开题报告一、研究背景和意义鹅细小病毒 (Goose parvovirus, GPV) 是引起鹅细小病 (goose viral enteritis, GVE) 的重要病原体之一，对鹅业造成了严重的经济损失。
目前，鹅细小病毒的传统检测方法包括病毒分离、电镜观察、免疫学方法、PCR等。
其中，PCR技术因其快速、灵敏、特异和方便操作等优点而受到广泛应用。
本研究的主要研究内容是建立鹅细小病毒荧光定量PCR检测方法，并对其全基因进行克隆和序列分析，为病毒的流行病学和生物学特性研究提供基础资料和方法支持。
二、研究内容1. 建立鹅细小病毒荧光定量PCR检测方法，优化反应条件，评价其特异性、灵敏度和稳定性；2. 对鹅细小病毒的全基因进行克隆，构建测序文库；3. 对鹅细小病毒的全基因进行序列分析，包括保守区、同源性分析、系统发育分析等。
三、研究方法1. 鹅细小病毒的分离鉴定和质粒提取；2. PCR反应条件的优化，参考文献建立检测方法；3. 在检测方法基础上设计特异性引物和探针，选取合适浓度的引物和探针进行反应；4. 荧光定量PCR反应的建立和优化；5. 鹅细小病毒全基因克隆、PCR扩增片段测序及多序列比对；6. 利用MEGA软件进行序列分析和系统发育分析。
四、预期结果及意义本研究将建立一种鹅细小病毒荧光定量PCR检测方法，可用于鹅病毒的快速检测，并在这一基础上对鹅细小病毒进行全基因克隆和序列分析，揭示其生物学特性和进化关系。
以评估其与不同地区、不同群体鹅细小病毒的相似性，建立鹅细小病毒在中国的流行状况和流行路线，为鹅细小病的防控措施提供科学依据和参考。
鹅细小病毒细胞适应株结构基因序列分析
鹅细小病毒细胞适应株结构基因序列分析王志强;刘力威;李洪彬;黄宇翔;杨旭东;邹跃;张军【期刊名称】《中国兽医杂志》【年(卷),期】2016(052)009【摘要】为了研究鹅细小病毒(GPV) YAN98分离株在鹅胚成纤维细胞(GEF细胞)中的适应及变异情况,试验将YAN98毒株接种至GEF细胞中并连续传代至F21代,利用分段PCR法扩增F21代细胞适应毒和亲本病毒F0的结构基因序列,通过对测定序列进行剪辑、拼接,将F21代病毒结构基因序列与亲本病毒序列进行比对,并推导氨基酸差异位点,分析遗传变异性.结果表明,该病毒分离株已适应GEF细胞,并在72～96 h产生明显的细胞病变,其F21代病毒效价为105.5TCID50.F21代病毒与亲本病毒F0代结构基因中存在11个核苷酸差异,推导的氨基酸序列与亲本病毒氨基酸序列比对差异不显著,存在5个差异位点.【总页数】3页(P40-42)【作者】王志强;刘力威;李洪彬;黄宇翔;杨旭东;邹跃;张军【作者单位】黑龙江省兽医科学研究所,黑龙江齐齐哈尔161005;黑龙江省兽医科学研究所,黑龙江齐齐哈尔161005;黑龙江省兽医科学研究所,黑龙江齐齐哈尔161005;黑龙江省兽医科学研究所,黑龙江齐齐哈尔161005;黑龙江省兽医科学研究所,黑龙江齐齐哈尔161005;黑龙江省兽医科学研究所,黑龙江齐齐哈尔161005;黑龙江省兽医科学研究所,黑龙江齐齐哈尔161005【正文语种】中文【中图分类】S852.65【相关文献】1.大肠杆菌野生株K99菌毛蛋白结构基因的克隆与序列分析 [J], 栗庆丰;庞岩;鲁晶红;赵鹏;魏广丽;余丽芸2.3株鸭肝炎病毒Ⅰ型结构基因VP1的克隆及序列分析 [J], 甘一迪;刘家森;姜骞;郭东春;司昌德;孟庆文;韩凌霞;刘娣;曲连东3.鹅细小病毒鹅胚成纤维细胞适应病毒株的培育及序列分析 [J], 邱娜;刘明;白小飞;邵周伍林;赵健;张云4.GXA株分离及主要结构基因的克隆和序列分析 [J], 黄伟坚;蒋小红;陈樱5.猪繁殖与呼吸综合征病毒GXA株分离及主要结构基因的克隆和序列分析 [J], 黄伟坚;蒋小红;陈樱;罗廷荣;刘芳;余克伦;连慧香;温荣辉;陆芹章因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
一种鉴定新型鹅细小病毒的方法[发明专利]
![一种鉴定新型鹅细小病毒的方法[发明专利]](https://img.taocdn.com/s3/m/3bfe1c205fbfc77da269b1fd.png)
专利名称：一种鉴定新型鹅细小病毒的方法专利类型：发明专利
发明人：卞国志,马海彬,袁建丰,龚凤平,罗梦萍申请号：CN201910194623.X
申请日：20190314
公开号：CN110004249A
公开日：
20190712
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明公开了一种鉴定新型鹅细小病毒的方法，本发明荧光定量PCR检测方法灵敏度高，可检测到10拷贝数的新型鹅细小病毒目的基因，普通PCR只能检测到10拷贝数，灵敏度高1000倍；特异性强，根据经典鹅细小病毒和番鸭细小病毒与新型鹅细小病毒基因差异性区域设计合成一对特异性引物，能特异性扩增出新型鹅细小病毒基因片段；重复性好，可以准确、快速地进行分析，有利于在临床实践中推广应用。
申请人：华南农业大学,广东海大畜牧兽医研究院有限公司
地址：510642 广东省广州市天河区五山路483号华南农业大学
国籍：CN
代理机构：广州嘉权专利商标事务所有限公司
代理人：胡辉
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5株水禽细小病毒全基因组序列分析
5株水禽细小病毒全基因组序列分析贺亦龙;邵周伍林;白小飞;张云【期刊名称】《畜牧兽医学报》【年(卷),期】2014(045)011【摘要】利用PCR技术扩增鹅细小病毒(GPV) ZJ、G3和LJY毒株与番鸭细小病毒(MDPV) DK和DYL毒株全基因组.序列分析结果表明,除LJY毒株非结构基因(NS)编码626个氨基酸外,其余4株NS全长1 884 bp,编码627个氨基酸;5株的结构基因(VP)全长均为2 199 bp,编码732个氨基酸.GPV、MDPV NS蛋白不同毒株之间相似性分别为95.9％～99.8％和96.8％～99.0％;而GPV与MDPV NS 蛋白之间相似性为88.9％～90.4％.GPV、MDPV VP蛋白不同毒株之间的相似性分别为90.2％～100.0％和96.9％～99.3％,而GPV与MDPV VP蛋白之间的相似性为79.5％～81.6％,表明GPV抗原性不同于MDPV.MDPV与GPV NS蛋白均含有4个潜在的糖基化位点;在结构蛋白区域,MDPV VP含有8个潜在的糖基化位点,而GPV为6个糖基化位点,G3与LJY毒株分别缺失582-584 NTT和703-705 NRT潜在的糖基化位点.5株水禽细小病毒的进化分析表明,GPV、MDPV在进化上形成两个独立的分支,各个基因片段之间未发生重组.【总页数】7页(P1837-1843)【作者】贺亦龙;邵周伍林;白小飞;张云【作者单位】中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室,哈尔滨150001;中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室,哈尔滨150001;中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室,哈尔滨150001;中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室,哈尔滨150001【正文语种】中文【中图分类】S852.659.2【相关文献】1.猪细小病毒河南分离株全基因组克隆及序列分析 [J], 陈龙彪;高晓云;吴宇阳;冯亚琼;陈红英;崔保安;马世杰;郭官鹏2.鹅细小病毒HN株的分离鉴定及全基因组序列分析 [J], 贺冬梅;谭树义;陈朝喜;叶保国;张艳;林哲敏;曹宗喜3.犬细小病毒 JL-M13株的分离鉴定及全基因组序列分析 [J], 仝明薇;易立;程世鹏4.犬细小病毒河南株的分离鉴定及全基因组序列分析 [J], 唐磊;张弛;秦亚;孙浩杰;张楠;张百惠;蔡亚南;魏战勇5.番鸭细小病毒和鸭3型腺病毒的分离鉴定及其全基因组序列分析 [J], 张瑞;陈长福;刘荣昌;程龙飞;傅光华;施少华;陈红梅;万春和;傅秋玲;黄瑜因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
鹅细小病毒HN株的分离鉴定及全基因组序列分析
鹅细小病毒HN株的分离鉴定及全基因组序列分析贺冬梅;谭树义;陈朝喜;叶保国;张艳;林哲敏;曹宗喜【摘要】为研究鹅细小病毒（GPV）基因遗传变异特征，采集海南某养鹅场疑似鹅细小病毒感染的病料，将其处理后接种番鸭胚成功分离到一株病毒，经 PCR 鉴定为鹅细小病毒，命名为 HN 株，并获得了其全基因组序列，将该序列与GenBank 数据库中登录的16条鹅和番鸭细小病毒基因序列进行了比对分析。
结果显示，该株病毒基因组全长为5106 bp，由 ITR、NS、VP 构成，其中 ITR 为444 bp，NS1为1844 bp，VP1为2199 bp；HN 株与 SHFX1201株的 NS1基因和 VP1同源性最高，分别达到99．8％和99．7％，与番鸭细小病毒株 FM 的NS1基因同源性最低，为82．7％；与90-0215株 VP1同源性最低，为80．1％。
HN 株的遗传进化树可以看出，GPV 可以分成明显的2个基因亚群，HN 株与鹅细小病毒匈牙利株（B）、欧洲疫苗株（VG32／1）和台湾株（82-0321V、82-0321、06-0329）均处在第 I 亚群，且与安徽分离株 Y 株以及SHFX1201株同源性最接近，番鸭源匈牙利株 FM 单独处于第Ⅱ亚群。
本研究丰富了 GPV 的数据资料，为研究 GPV 分类地位以及遗传进化关系提供了依据，同时也为研究 GPV 流行趋势和疫苗的开发奠定了基础。
%To investigate the variation status of goose parvovirus,the samples(liver,spleen and so on)of suspected GPV infection were collected from a goose farm of Hainan province.A virus strain was isolated by inoculation of goose embryo after treatment,and named as HN strain after PCR.The complete genomic sequence was obtained,and compared with the sequences of sixteen strains of goose parvoviruses and Mus-covy duck parvovirus in GenBank.The results showed that the full-genome contains the invertedterminal repeat (ITR)and two major open reading frames (ORF).ITR at the 5′and 3′ends of the genome has 444 nucleotides (nt).The left ORF contains 1884 nts in length,the right ORF contains 1 884 nts in length. The nucleotide sequences of HN strain showed the highest homology with NS1 gene and VP1 gene of SHFX1201 strain,with 99.8% and99.7%,respectively.And the homologies with the NS1 gene of FM strain and VP1 gene of 90-0215 strain were lower,with 82.7% and80.1%,respectively.Phylogenetic tree of HN strains demonstrated that GPV can be obviously divided into two gene subsets.HN strain and B strain from Hungary and VG32/1 strain from European are located in the subgroup I,and the high homolo-gy with Y strain isolated from Anhui and SHFX1201 strain,the Muscovy duck parvovirus of FM strain iso-lated from Hungary located in the subgroup II.This study provided a basis for the study of the relationship between GPV classification status and genetic evolution,and laid the foundation for the study of GPV epi-demic trends and vaccine development.【期刊名称】《动物医学进展》【年(卷),期】2016(037)012【总页数】6页(P13-18)【关键词】鹅细小病毒;分离鉴定;全基因组;IRT;NS1;VP1【作者】贺冬梅;谭树义;陈朝喜;叶保国;张艳;林哲敏;曹宗喜【作者单位】海南省农业科学院畜牧兽医研究所，海南海口 571100; 西南民族大学生命科学与技术学院，四川成都 610041;海南省农业科学院畜牧兽医研究所，海南海口 571100;西南民族大学生命科学与技术学院，四川成都 610041;海南省农业科学院畜牧兽医研究所，海南海口 571100;海南省农业科学院畜牧兽医研究所，海南海口 571100;海南省农业科学院畜牧兽医研究所，海南海口 571100;海南省农业科学院畜牧兽医研究所，海南海口 571100【正文语种】中文【中图分类】S852.659.2鹅细小病毒病又称小鹅瘟(Derzsy′s disease or Gosling plaque)，是由鹅细小病毒(Goose parvovirus，GPV)所引起的雏鹅急性或亚急性的败血性传染病。
鹅细小病毒强毒株的分离鉴定与遗传进化分析
鹅细小病毒强毒株的分离鉴定与遗传进化分析
王志强;黄宇翔;邹跃;张红;杨昊天;董佳强;杨坤
【期刊名称】《家禽科学》
【年(卷),期】2024(46)4
【摘要】为了了解齐齐哈尔地区鹅细小病毒(GPV)现地强毒株的流行及抗原变异情况,试验从齐齐哈尔龙江县某养殖场采集疑似小鹅瘟病死雏鹅的肝脾病料进行病毒分离培养,对获得的疑似尿囊液进行PCR检测、血凝性检测、动物回归试验及VP3基因序列分析。
结果表明,分离到的病毒株能使12日龄鹅胚在144 h内死亡;血凝性检测未检测出血凝价;动物回归试验,可复制该病,致使5日龄雏鹅在96~144 h内全部死亡;VP3基因PCR扩增条带大约为1 600 bp,与目的条带大小相符;对其进行序列分析,判定该分离株为鹅细小病毒毒株,与我室之前分离鉴定的鹅细小病毒
HH10强毒株核苷酸同源性为98.17%,与标准B株核苷酸同源性为97.13%。
说明鹅细小病毒基因保守。
【总页数】7页(P16-21)
【作者】王志强;黄宇翔;邹跃;张红;杨昊天;董佳强;杨坤
【作者单位】黑龙江省农业科学院畜牧兽医分院;黑龙江省农产品加工产业技术协同创新推广体系
【正文语种】中文
【中图分类】S858.33
【相关文献】
1.5株鹅细小病毒分离鉴定及VP3基因遗传进化分析
2.江苏省盐城市3株白羽肉鸭源鹅细小病毒的分离鉴定及其VP3基因遗传进化分析
3.鹅细小病毒强毒株XKY10株的分离、鉴定及其生物学特性分析
4.鹅细小病毒强毒YBLJ分离株的分离鉴定与vp3基因的进化分析
5.2株鸭源新型鹅细小病毒分离鉴定及遗传进化分析
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山东、广西地区新型鹅细小病毒全基因组扩增及遗传进化分析
山东、广西地区新型鹅细小病毒全基因组扩增及遗传进化分析乔丹丹;刘婷隽;陈全刚;李德宝;周婕;董淑红;胡安康【期刊名称】《中国家禽》【年(卷),期】2024(46)6【摘要】为监测新型鹅细小病毒(Novel goose parvovirus,NGPV)的流行和变异情况,研究采集了山东和广西部分地区的鸭短喙综合征病料进行病原检测、全基因组扩增及序列比对分析。
结果显示:共分离两株NGPV,山东分离株命名为SD202304,广西分离株命名为GX202304,两株病毒与2021年NGPV分离株HNXY21亲缘关系最近,全基因组序列相似性为99.1%;GX202304株末端重复序列(Inverted terminal repeat,ITR)有一段未见报道的51 bp基因插入;VP3编码氨基酸序列比对显示,在第290位GX202304株和SD202304株有一个苏氨酸到丙氨酸的突变,这是NGPV近年来发生的新变异位点。
研究表明,从山东、广西地区分离到的两株NGPV存在51 bp新的基因插入片段和VP3新的突变位点,结果为我国NGPV感染的防控提供科学依据。
【总页数】12页(P44-55)【作者】乔丹丹;刘婷隽;陈全刚;李德宝;周婕;董淑红;胡安康【作者单位】徐州医科大学实验动物中心;徐州生物工程职业技术学院【正文语种】中文【中图分类】S855.3【相关文献】1.新型鹅细小病毒四川株的全基因组扩增及遗传进化分析2.猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析3.山东部分地区新型鹅星状病毒ORF2基因克隆及遗传进化分析4.2020—2021年山东省部分地区鸭圆环病毒全基因组遗传进化及特征分析5.新型鹅细小病毒信阳株的全基因组扩增及遗传进化分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
新型鹅星状病毒的分离鉴定与全基因序列分析
动物医学进展,021 ,42(3)=32-135Progress in Veterinary Medicine新型鹅星状病毒的分离鉴定与全基因序列分析卢秀娴1,张思远1*，梁昭平2,林举攀1,冯盛春1，黄 芬1，潘俊斌2(.广州市华南农大生物药品有限公司，广东广州510300；.华南农业大学，广东广州51064 2)摘要：为了解近年鹅星状病毒的流行情况，通过鹅胚接种、鹅胚半数致死量测定(EID ；0)、RT-PCR 检测和基因组序列测定等方法，从2019年山东某养鹅场雏鹅疑似星状病毒引起鹅内脏痛风病的病料中分离出1株 新型鹅星状病毒，命名为Ast V /Goose/SD776/2019.该分离株能引起鹅胚典型的临床症状，病毒无血凝活性，EID ＞；0为10 40/0.2 mL ,动物回归试验中死亡的雏鹅可以复制出与临床自然感染相似的病变。
用RT-PCR 对分离株全基因组序列分析结果显示，分离株的3个ORF 和与新型鹅星状病毒毒株(JSHA 、SD()1、SDPY 、GD)的核苷酸和氨基酸同源性较高(99.2%以上)与能导致雏鹅肠炎的鹅星状病毒(FLX)及其他种属禽源星状病毒同源 性相对较低，遗传进化分析结果显示，分离株在进化树上与4株新型鹅星状病毒的亲缘关系接近，表明分离毒株为新型鹅星状病毒。
关键词：鹅星状病毒；分离；鉴定;序列分析中图分类号S852.65鹅星状病毒(Goose astro v irus , GoAstV )是近年危 害我国养鹅业重要的病毒性传染病病原之一］1 ,主要感染3周龄以内的雏鹅［］。
感染后鹅群发生高度致 死性内脏痛风病,病死率可高达30%,该病的病原是由星状病毒引起的(Astrovirus , AstV)，临床病变主要 以肾脏及腿部肌肉、关节覆盖大量尿酸盐沉积物为特征［］。
AstV 属于星状病毒科，1975年被首次发现, 是一种无囊膜20面体的单股正链RNA 病毒,广泛存在于动物群体中［］AstV 的基因组全长约6.1 —7.9kb,不同种星状病毒之间序列变异较大，包括5'端未翻译区(untranslation region , UTR)、3个开放性阅读 框(ORF1 a .ORF1 b 和ORF2)3’UTR 及多聚腺苷酸(PolyA )尾［］；不同种AstV 之间存在基因重组现象，同源重组多发生于基因组ORFlb/ORF2交界区，该区域包含一个稳定的发夹结构，是AstV 同源重组的高发部位，但ORF1 b 区域同样可以发生基因重组［］。
携带遗传标记的新型鹅细小病毒感染樱桃谷北京鸭再现短喙与矮小综合征
携带遗传标记的新型鹅细小病毒感染樱桃谷北京鸭再现短喙与矮小综合征携带遗传标记的新型鹅细小病毒感染樱桃谷北京鸭再现短喙与矮小综合征近期，樱桃谷北京鸭再次遭受新型鹅细小病毒感染，导致其出现短喙与矮小综合征，引起了广泛关注。
这一新型鹅细小病毒感染的特点是携带了一种遗传标记，使得病毒对樱桃谷北京鸭具有明显的亲和性，导致感染的鸭群中大部分个体都表现出了短喙和矮小的特征。
这对樱桃谷北京鸭的生长发育和养殖业产生了巨大影响。
短喙与矮小综合征是由遗传因素引起的一种疾病，该疾病主要表现为鸭嘴发育不良，呈现出较短的嘴长，同时身体也会偏矮小。
这种综合征给樱桃谷北京鸭的生存和繁殖带来了巨大挑战，严重影响了鸭群的健康和生产性能。
据相关兽医专家介绍，这次感染中的新型鹅细小病毒的遗传标记是一种突变株，与正常鹅细小病毒有一定差别。
该突变株具有更强的复制能力和传染性，导致感染的北京鸭个体数量迅速增加。
同时，这一病毒突变株对樱桃谷北京鸭具有更高的亲和性，使得感染的鸭群中几乎所有个体都表现出了短喙与矮小的特征。
短喙与矮小综合征对樱桃谷北京鸭的影响不仅仅是外形上的改变，更严重的是其对生产性能的影响。
由于嘴部发育不良，导致北京鸭的饮食摄入量减少，影响了鸭群的生长速度和体重增长率。
同时，身体的矮小也导致北京鸭的繁殖能力下降，鸭蛋孵化率大幅度降低，从而使得养殖业的收益受到了严重的损失。
面对这种新型鹅细小病毒感染导致的短喙与矮小综合征，专家们正在积极研究有效的防控措施。
首先，加强对鹅细小病毒感染的监测，及时发现和隔离受感染的鸭群，避免病毒的传播。
其次，通过选育鹅细小病毒抗性强的樱桃谷北京鸭品种，提高其对病毒感染的耐受能力。
此外，饲养管理方面的改进也是防控的关键，加强饲料的营养平衡，提高鸭群的免疫力，减少鸭群感染疾病的风险。
总之，携带遗传标记的新型鹅细小病毒感染樱桃谷北京鸭再现短喙与矮小综合征对饲养业造成了严重影响。
只有通过加强对病毒感染的监测和防控，同时积极研发抗性强的鸭品种，并改进饲养管理，才能有效应对这一挑战，保障养殖业的可持续发展综上所述，新型鹅细小病毒感染导致的短喙与矮小综合征给樱桃谷北京鸭饲养业带来了严重的影响。
新型鹅细小病毒研究进展
新型鹅细小病毒研究进展卞国志;马海彬;罗梦萍;龚凤平;王贵平;廖明;袁建丰【摘要】鸭细小病毒病是由鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)或番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)引起的一种传染病.经典MDPV和GPV毒株引起的病鸭主要症状为腹泻、脚软、渗出性肠炎,三周龄内雏鸭感染发病率和死亡率都很高.但是2008年下半年以来,福建省、浙江省、安徽省及江苏省等地的雏半番鸭和樱桃谷鸭陆续出现一种新型细小病毒病,该病发病率10％～30％,病死率低于3％,临床症状主要为软脚、短嘴和生长障碍.通过对该病病原进行全基因组测序及系统发育树分析,结果发现该病原与鹅细小病毒亲缘性很近.本文通过比较新型鹅细小病毒(Novel goose parvovirus,N-GPV)与经典的MDPV和GPV在基因组、感染宿主范围和致病性的区别,为新型鹅细小病毒病的防控提供理论依据.【期刊名称】《中国动物传染病学报》【年(卷),期】2019(027)004【总页数】6页(P102-107)【关键词】新型鹅细小病毒;鹅细小病毒;番鸭细小病毒【作者】卞国志;马海彬;罗梦萍;龚凤平;王贵平;廖明;袁建丰【作者单位】华南农业大学兽医学院, 广州 510642;广东海大畜牧兽医研究院有限公司, 广州 511400;广东海大畜牧兽医研究院有限公司, 广州 511400;广东海大畜牧兽医研究院有限公司, 广州 511400;广东海大畜牧兽医研究院有限公司, 广州511400;广东海大畜牧兽医研究院有限公司, 广州 511400;华南农业大学兽医学院, 广州 510642;广东海大畜牧兽医研究院有限公司, 广州 511400【正文语种】中文【中图分类】S852.659.21956年我国首次报道发现小鹅瘟，并于1961年分离得到该病的病原体鹅细小病毒（Goose parvovirus，GPV）[1]。
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第35卷第4期 2017年12月四川农业大学学报J o u rn a l o f S ic h u a n A g r ic u ltu r a l U n iv e rs ityV o l.35N o.4D e c. 2017d o i：10. 16036/j. is s n. 1000-2650. 2017. 04. 018新型鹅细小病毒四川株的全基因组扩增及遗传进化分析葛志琪\刘亚刚p，陈舜2,3,4，朱德康2,3,4，刘马峰2,3,4，汪铭书2,3,4，贾仁勇2,3,4,孙昆峰2,3,4,杨乔2,3,4，吴英2,3,4,赵新新2,3,4,程安春2,3,4*(1.西南民族大学生命科学与技术学院，成都610041;2.四川农业大学动物医学院，预防兽医研究所，成都611130;3.四川农业大学动物医学院，禽病防治与研究中心，成都611130;4.四川农业大学动物医学院，动物疾病与人类健康四川省重点实验室，成都611130)摘要：【目的】了解四川地区新型鹅细小病毒(N o v e lg o o s e p a r v o v ir u s，N G P V )的分子生物学特征及遗传变异情况。
【方 法】根据G e n B a n k中发表的新型鹅细小病毒的全基因组序列，设计5对兼并引物采用P C R方法分段扩增新型鹅细小病毒四川株的全基因组序列，并利用D N A s t a r等生物信息分析软件对获得的基因组序列进行分子特性与遗传演 变分析。
【结果】获得的新型鹅细小病毒四川株（命名为S C16)全长5 109n t，5忆端I T R长408n t，3忆端I T R长407n t，N S基因长1 884n t，V P基因长2199n t。
序列比对和遗传进化分析显示，S C16株与山东分离株S D L C01(K T343253.1) 及Q H15(K T751090.1)的基因组核苷酸同源性高达99%，与两者的亲缘关系最近，基于N S及V P蛋白的氨基酸序列 系统进化树分析结果与此一致。
但S C16株的5忆端I T R还是发生了一定的变异：与S D L C01及Q H15相比，多了几个 14n t的插入片段。
【结论】研究结果丰富了N G P V的分子生物学资料。
关键词：新型鹅细小病毒；鸭短喙侏儒综合征;全基因组扩增；遗传进化分析中图分类号:S834+8 文献标志码：A文章编号=1000-2650(2017)04-0574-07Amplification and Phylogenetic Analysis of Novel Goose ParvovirusSichuan StrainGE Zhi-qi1，L IU Ya-gang1*，CHEN Shun2’3’4，ZHU De-kang2’3’4，L IU M a-feng2’3’4，WANG Ming-shu2’3’4,JIA Ren-yong2’3’4，SUN Kun-feng2’3’4,YANG Qiao2’3’4，WU Ying2,3,4,ZHAO Xin-xin2,3,4,CHENG An-chun2,3,4*(1.C o lle g e o f L ife S cien ce a nd T e c h n o lo g y’ S o u th w e s t U n iv e r s ity fo r N a tio n a litie s’ C h e n g d u610041’ C h in a;2. In s titu te o f P re v e n tiv e V e te rin a ry M e d ic in e’ S ic h u a n A g r ic u ltu r a l U n iv e r s it y’ C h e n g d u611130’ C h in a;3. A v ia n Disease R e s e a rc h C e n te r’ C o lle g e o f V e te rin a ry M e d ic in e o f S ic h u a n A g r ic u ltu r a l U n iv e r s it y’ C h e n g d u611130’ C h in a; 4. K e y L a b o ra to ry o f A n im a l Disease a nd H u m a n H e a lth o f S ic h u a n P r o v in c e’ S ic h u a n A g r ic u ltu r a lU n iv e r s ity ’ C h e n g d u611130 ’ C h in a)Abstract:【Objective】Theaimofthisstudywastolearnthemolecularbiologicalcharacteristicsandgen-eticvariationofnovelgooseparvovirus(NGPV)inSichuanarea.【Methods】 5pairsofdegenerateprimers were designed to amplify the whole genome sequence of NGPV Sichuan strain using PCR method?according to the genome sequences of the NGPV deposited in GenBank.Then^the study usd DNAstar and other bioinformatics softwares to analyze the molecular characteristics and genetic evolution of the obtained收稿日期=2017-05-02基金项目“十二五”国家科技支撑计划(2015B A D12B05);国家现代农业(水禽)产业技术体系专项(C A R S-43-8);国家重点研发计划“家禽重要疫病诊断与检测新技术研究”(2016Y F D0500800);四川省重点实验室专项(2016J P T0004)。
作者简介：葛志琪，硕士研究生。
*责任作者:刘亚刚，教授，博士，主要从事兽医免疫学的研究，E-m a il:L Y G_068@163.c o m; 程安春，教授，博士，主要从事禽病学的研究，E-m a il: c h e n g a n c h u n@v ip.163.c o m。
第4期葛志琪，等：新型鹅细小病毒四川株的全基因组扩增及遗传进化分析575sequences.【Results】ThegenomicsequenceofNovelgooseparvovirusfromSichuan(namedSC16)was5 109 nucleotides (nt)in length.The inverted terminal repeats (ITRs)at the5忆and3忆end of the genomewere 408 nt and 407 nt respectively.The NS protein was encoded by 1 884 nt and the VP protein was encoded by 2 199 nt.Sequence alignment and phylogenetic analysis demonstrated that the nucleotide identities of SC16 genome and Shandong isolates SDLC01(KT343253.1) andQH15(KT751090.1) was up to 99%>showing a very close genetic relationship with them.The phylogenetic tree analyses of amino acids of NS and VP protein were consistent with this result.However，SC16 still had some genetic variations：compared with SDLC01 and QH15,SC16 had two or three 14-nt extra fragments at the5忆end ofthegenome.【Conclusion】ThesefindingswillenrichthemolecularbiologyinformationofNGPV.Key words：novel goose parvovirus；beak atrophy and dwarfism syndrome of duck；whole genome amplification；phylogenetic analysis传统的水禽细小病毒主要包括鹅细小病毒(Gooseparvovirus，GPV)和番鸭细小病毒（Muscovy duckparvovirus,MDPV)⑴。
鹅细小病毒对维鹅和维番鸭有较高的致病性，10日龄以内的雏鹅的发病率和死亡率可高达100%[2]，主要病理特征是纤维素性渗出性肠炎和肠道形成堵塞物。
番鸭细小病毒主要侵害1~3周龄的雏番鸭，俗称“三周病”，临诊特征为腹泻、喘气和脚软，具有高度传染性，其发病率和死亡率都较高，易感动物除雏番鸭外，未见其他禽类或哺乳类动物发生本病。
自2015年以来，与鹅细小病毒密切相关的中等致病性的新型鹅细小病毒（Novelgooseparvovirus，NGPV)在我国福建省[3]、山东省[4]、安徽省[5]等省份的半番鸭和櫻桃谷鸭中暴发流行，鸭群感染后临床表现为发育迟缓、上下喙萎缩、舌头外伸、肿胀、向下弯曲等，俗称大(长)舌病、鸭短喙长舌综合征、鸭短喙-侏儒综合征(beakatrophyanddwarfismsyndrome，BADS)等。
该病多侵害10~30日龄的肉鸭，发病率10%>~100%>，死亡率2%>~10%>。
虽然死亡率明显低于鹅细小病毒感染和番鸭细小病毒感染，但感染鸭群料肉比显著升高，患鸭出栏体重较健康鸭降低20% ~30%[6]，严重者仅为正常体重的50%[7]。
部分患鸭还出现单侧行走困难、瘫痪等症状，在抓扑、屠宰过程中喙部、翅部骨骼和胫骨等易发生骨折。
因此僵鸭淘汰率或残鸭率高达20%~80%。