单核苷酸多态性位点
12-分子生物学研究方法
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
两端具有attL1和attL2位
点，目的载体中含有
attR1和attR2位点，通
过重组形成新的位点
attB1和attB2，从而将
目的基因亚克隆到表达载
体中。
22
双向电泳
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
等电聚焦：蛋白质在含有载体两性电解质形 成的一个连续而稳定的线性pH梯度中电泳。 蛋白质分子在偏离其等电点的pH条件下带有 电荷，因此可以在电场中移动，当蛋白质迁 移至其等电点位置时，其净电荷数为零，在 电场中不移动，据此将蛋白质分离。
45
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
直接用荧光素标记DNA的方法称为直接标记。由于直 接标记的探针杂交后可马上观察到荧光信号，省去了繁 琐的免疫荧光反应，不再需要购买荧光抗体，也由于近 年来荧光素的亮度和抗淬灭性的不断改进和提高，直接 标记的荧光探针越来越成为首选，其荧光强度和信号大 小都易于在普通荧光显微镜下观察，操作过程中也不需 要严格避光，使FISH过程变得简便而易于操作。缺点 是信号不能放大。43●●●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
位点和基因的关系
位点和基因的关系位点和基因是遗传学中重要的概念，它们之间有密切的关系。
位点是指染色体上的特定位置，基因则是位点上携带的遗传信息。
下面将从位点和基因的定义、特点以及它们之间的关系来探讨这个问题。
首先，位点指的是染色体上的特定位置，也可以理解为DNA序列上的一个标记点。
每个人的染色体上都有成千上万个位点。
这些位点可以用字母表示，比如“A”、“T”、“C”、“G”等。
位点的特点是在不同个体之间可以有差异，这种差异被称为单核苷酸多态性（SNP）。
SNP是指在同一个位点上可以有不同的碱基出现，比如在某个位点上，一个人的DNA序列为“A”，而另一个人的DNA序列为“T”。
而基因是位点上携带的遗传信息，是能够决定个体性状的分子遗传单位。
基因由多个位点组成，它们按照特定的顺序排列，形成一个功能完整的DNA片段。
基因可以分为DNA基因和RNA基因两类，DNA基因是编码蛋白质的，而RNA基因则编码非蛋白质的功能分子。
基因的特点是具有遗传性和可变性。
遗传性意味着基因可以从父母代传递给子代，子代会继承父母的基因。
可变性指的是基因可以发生变异，即某个位点上的碱基发生改变，进而改变基因所编码的蛋白质或分子的结构和功能。
位点和基因之间存在密切的关系。
一方面，基因是位点上的遗传信息，位点的变异会导致基因的变异。
基因的变异可能影响蛋白质的结构和功能，进而影响个体的性状和表型。
例如，某个位点上的碱基发生变异，导致一个基因编码的蛋白质结构发生改变，可能会引起某种疾病的发生。
另一方面，通过对位点的检测和分析，可以揭示基因的组成和变异情况。
目前，科学家们已经可以通过高通量测序技术对个体的基因组进行快速测序，并通过对位点的分析来了解基因的变异情况。
位点和基因的关系对于遗传学的研究和应用具有重要的意义。
通过对位点和基因的研究，可以揭示基因与疾病之间的关系，帮助我们了解疾病的发生机制。
同时，位点和基因的研究还可以为个体的健康管理提供指导。
例如，通过对位点的检测和分析，可以预测个体可能患某种疾病的风险，进而采取相应的预防措施。
高通量测序领域常用名词解释
SBS：边合成边测序反应，每次SBS会延伸一个碱基，大约耗时70分钟。
Run：单次上机测序反应，可以产生4G-75G测序通量不等。
Lane：单泳道，每条泳道可以直接物理区分测序样品，1次run最多可以同时上样8条Lane。
Channel：Lane的同义词。
Tile：小区，每条Lane中排有2列tile，合计120个小区。
每个小区上分布数目繁多的簇结合位点。
Cluster：簇，在Solexa测序技术中会采用桥式PCR方式生产DNA簇，每个DNA簇才能产生亮度达到CCD可以分辨的荧光点。
Index：标签，在Solexa多重测序（Multiplexed Sequencing）过程中会使用Index来区分样品，并在常规测序完成后，针对Index部分额外进行7个循环的测序，通过Index的识别，可以在1条Lane中区分12种不同的样品。
Barcode: Index同义词Fasta：一种序列存储格式。
一个序列文件若以FASTA格式存储，则每一条序列的第一行以“>”开头，而跟随“>”的是序列的ID号（即唯一的标识符）及对该序列的描述信息；第二行开始是序列内容，序列短于61nt的，则一行排列完；序列长于61nt的，则每行存储61nt，最后剩下小于61nt的，在最后一行排列完；第二条序列另起一行，仍然由“>”和序列的ID号开始，以此类推。
Fastq：Fastq是Solexa测序技术中一种反映测序序列的碱基质量的文件格式。
第一行以“@”符号开头，后面紧跟一个序列的描述信息；第二行是该序列的内容；第三行以“+”符号开头，后面紧跟的内容与第一行一样，同样是该序列的描述信息；而第四行是第二行中的序列内容每个碱基所对应的测序质量值。
PF%：PF%是指符合测序质量标准的簇的百分比（Multiplexed Sequencing），与测序的通量相关联。
Read：Solexa是成簇反应的，每个簇对应一条DNA序列片段，成为一个read。
基因型鉴定原理
基因型鉴定原理一、引言基因型鉴定是指通过检测个体所携带的基因型，来确定其遗传信息的一种方法。
基因型是指个体所拥有的基因的组合，它决定了个体的遗传特征和表型表达。
基因型鉴定的原理是通过分析个体所携带的DNA序列，确定其基因型。
二、基因型鉴定方法1. PCR法PCR法是一种常用的基因型鉴定方法，它通过扩增DNA片段来分析个体的基因型。
PCR法需要设计一对引物，使其能够特异性地结合到目标序列上，并使用DNA聚合酶进行扩增。
通过PCR扩增后的产物，可以通过电泳分析进行分型。
2. 串联重复序列分析法串联重复序列是指在基因组中重复出现的短序列片段，其重复次数在不同个体间存在差异。
通过分析个体所携带的串联重复序列的重复次数，可以确定其基因型。
例如，STR（short tandem repeat）是一种常用的串联重复序列，通过扩增STR区域，并通过电泳分析不同长度的产物，可以确定个体的基因型。
3. 单核苷酸多态性分析法单核苷酸多态性是指基因组中存在的单个核苷酸的变异。
通过分析个体所携带的单核苷酸多态性位点的变异情况，可以确定其基因型。
例如，SNP（single nucleotide polymorphism）是一种常见的单核苷酸多态性，通过PCR扩增SNP位点，并通过测序分析不同的碱基，可以确定个体的基因型。
三、基因型鉴定的应用1. 亲子鉴定基因型鉴定可以通过比较父母和子女之间的基因型，确定亲子关系的真实性。
通过分析共同的基因型，可以确定子女是否来自于指定的父母。
2. 犯罪侦查基因型鉴定可以通过分析犯罪现场留下的DNA，与嫌疑人的DNA进行比对，从而确定嫌疑人是否与犯罪现场有关。
3. 遗传病筛查基因型鉴定可以通过分析个体所携带的遗传病相关基因的变异情况，来确定其是否患有某种遗传病。
这对于遗传病的早期筛查和预防具有重要意义。
四、基因型鉴定的局限性基因型鉴定虽然具有很高的准确性，但仍存在一些局限性。
首先，基因型鉴定需要一定的样本量和质量，如果样本质量不好或者样本量不足，可能会影响鉴定结果的准确性。
单核苷酸多态性_环境因素与肝细胞肝癌遗传易感性的关系_纪龙
文章编号:100028020(2009)022*******・综述・单核苷酸多态性、环境因素与肝细胞肝癌遗传易感性的关系纪龙综述 余红平审校广西医科大学公共卫生学院,南宁 530021摘要:肝细胞肝癌(HCC )的发生和演进是一个多基因、多因素的复杂过程,是遗传与环境因素相互作用的结果。
单核苷酸多态性(S NP )作为第三代遗传标记,充分反映了个体间的遗传差异,决定了个体对疾病的易感性,正成为肝癌遗传易感性研究的重要工具。
关键词:单核苷酸多态性 环境因素 肝细胞肝癌 遗传易感性 肝肿瘤中图分类号:R73517R73011 文献标识码:AR elationship of single nucleotide polymorphism ,environmental factors and the hereditary susceptibility of hepatocellular carcinomaJI Long ,YU H ongpingSchool of Public Health ,G uangxi Medical University ,Nanning 530021,ChinaAbstract :Resulting by the interaction between the hereditary factor and the environmental factor ,the occurrence anddevelopment of hepatocellular carcinoma (HCC )is a com plicated course with multi 2genes and multi 2factors.As the third genetic marker ,the single nucleotide polym orphism reflects the hereditary difference am ong individuals ,decides the susceptibility to disease and becomes an im portant tool to study the hereditary susceptibility of HCC.K ey w ords :single nucleotide polym orphism ,environmental factor ,hereditary susceptibility ,hepatocellular carcinoma基金项目:国家自然科学基金资助项目(N o.30660162);广西自然科学基金资助项目(N o.桂科攻0592007221);广西研究生教育创新计划资助项目(N o.2008105981004M189);广西大型仪器协作网测试补助(N o.529220072108)作者简介:纪龙,男,硕士研究生,助教,研究方向:慢性病流行病学,E 2mail :tsmcjl @ 肝细胞肝癌(HCC )是我国最常见的恶性肿瘤之一,死亡率为2014Π10万,严重威胁人们的生命健康。
SNP分子标记的原理及应用解读
SNP分子标记的原理及应用解读SNP（Single Nucleotide Polymorphism，单核苷酸多态性）是指个体间在DNA序列中存在的单个碱基差异。
SNP是最常见的遗传变异形式，它在基因组中广泛存在，可以用来研究个体之间的遗传差异。
SNP分子标记技术通过检测SNP位点上的碱基差异，可以用来研究生物个体的遗传相关性、种群结构、物种起源、适应性以及疾病的遗传风险等。
SNP分子标记的原理是基于PCR（聚合酶链反应）技术，在PCR反应中引入荧光标记的引物来扩增感兴趣的SNP位点。
SNP位点上的碱基差异会导致引物与模板DNA序列的匹配性不同，从而影响PCR反应的效率和产物的数量。
这种差异可以通过凝胶电泳或者高通量测序等方法来检测。
1.遗传研究：SNP是人类基因组中最常见的遗传变异形式，可以用来研究个体之间的遗传差异。
通过分析SNP位点上的碱基差异，可以确定个体之间的亲缘关系、种群的遗传结构以及物种的起源演化等。
2.遗传性疾病的研究：SNP位点与许多遗传性疾病之间存在关联。
通过分析SNP位点上的碱基差异，可以确定个体对一些疾病的易感性风险，进而进行早期预防和干预。
3.个体化药物治疗：个体的基因差异可以影响药物的代谢和疗效。
通过分析SNP位点上的碱基差异，可以预测个体对一些药物的反应，进而实现个体化的药物治疗。
4.农业育种：SNP分子标记可用于农作物和家畜等的品种鉴定、个体选择和育种进展的监测等。
通过分析SNP位点上的碱基差异，可以选择具有优良特性的个体进行育种，提高农作物和家畜的产量和品质。
除了以上几个应用领域，SNP分子标记还可以应用于环境研究、种群遗传分析、疾病的诊断和预后、区域起源和扩散等方面。
由于其高度可重复性、高通量性和成本效益等特点，SNP分子标记已成为现代生命科学研究的重要工具之一、随着高通量测序技术的不断发展，SNP分子标记技术还将进一步发展和应用。
利用GWAS研究母猪繁殖性状的进展
102猪业科学 SWINE INDUSTRY SCIENCE 2019年36卷第3期遗传改良GENETIC IMPROVEMENT北京顺鑫农业小店种猪分公司协办利用GWAS 研究母猪繁殖性状的进展宋志芳*，石 岗（河北农业大学动物科技学院，河北 保定 071000）摘 要：母猪繁殖性状一直是猪的重要性状之一，母猪繁殖性能的高低关乎着养猪场的规模和养猪业的发展。
目前利用GWAS （全基因组关联分析）发现影响母猪产仔数、初生重、断奶重和乳头数等繁殖性状的SNP （单核苷酸多态性）位点，进而发现关联的基因已经成为研究热点之一，并且利用GWAS 研究母猪的繁殖性状取得了一定的进展。
因此，文章主要对利用GWAS 研究母猪繁殖性状的进展进行概述。
关键词：GWAS ；繁殖性状；SNP 位点；产仔数*作者简介 ：宋志芳（1992-）， 女，山东菏泽人，研究生，研究方向 ：动物遗传育种，E-mail ：187********@1 GWAS 的一般流程使用GWAS 首要考虑的问题是选择性状。
尽量选择测量方法简单、准确性高且遗传力高的性状，否则会降低关联的精确度。
利用GWAS 研究SNP 与疾病或者复杂性状的关联过程较复杂，一般流程如下：1）确定研究群体和样本，测量和统计表型数据；2）利用DNA 基因组试剂盒提取DNA ，进行质检后，利用SNP 基因芯片进行基因分型，储存所有样本的SNP 基因分型数据；3）质量控制原始芯片数据，剔除不符合质控标准的个体和SNPs ；4）利用相关分析软件和方法并采用最佳的统计模型对质控后的SNP 和目标性状的表型数据进行关联分析；5）根据分析结果筛选能达到染色体水平和全基因组水平显著差异的SNPs 位点；6）对所有显著SNPs 位点进行功能验证和基因注释；7）再采用独立样本重复验证这些SNPs 是否对疾病或者性状有显著影响。
2 利用GWAS 对母猪繁殖性状的研究2.1 产仔数产仔数包括总产仔数和产活仔数两个指标，在养猪生产中，产仔数少是困扰养猪者的难题之一，品种、母猪年龄和胎次及饲料营养不合理等因素都会导致母猪的产仔数少，降低经济效益。
一代测序、高通量测序等各种测序相关概念介绍
什么是高通量测序？高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。
什么是Sanger法测序（一代测序）Sanger法测序利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。
直到掺入一种链终止核苷酸为止。
每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。
由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。
终止点由反应中相应的双脱氧而定。
每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。
它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。
什么是基因组重测序（Genome Re-sequencing）全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。
随着基因组测序成本的不断降低，人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。
通过构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序，实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点，以及结构变异等，具有重大的科研和产业价值。
什么是de novo测序de novo测序也称为从头测序：其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
单核苷酸多态性位点
（又称单核苷酸多态性（SNP），又可称为“单核苷酸变异位点”），
是发现于基因组中的一种类型的变异。SNP变异位点包括是染色体上单个
碱基的变异，其中某个特定的碱基替换为另外一个碱基，而这种变异被称
为SNP。这些变异可能会影响胞嘧啶分子的结构，导致细胞功能的变化，
从而影响基因组中某些基因的表达。SNP变异位点被用来鉴别个体之间的
遗传相似性，也被用于参与抗病毒免疫和体内物质的代谢等研究。此外，
研究人员可以使用SNP变异位点来检测某一种基因突变，并评估它是否与
某种疾病或者某种遗传疾病有关。