第三章 白质组与蛋白质组学
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正常人尿蛋白质组学研究
１ ２ 方 法 ．
各种信息 ， 也可反映机体整体代谢状态 ， 与血清 等其 他 体液样本相 比， 其获 取无创 、 收集便利 ， 且蛋 白组成 并 相对 简单 、 易于分析 。蛋 白质组学 则是诠 释蛋 白所携
１２ １ 样 品 处 理 ．．
收 集 晨 起 清 洁 中段 尿 １０ｍ ， ｈ ０ Ｌ ２
北 京 世 纪坛 医 院 、 京 大 学第 九 临 床 医学 院 、 都 医科 大 学 肿 瘤 学 系 、 北 首 临床 检 验 中心 （ 北京 １０ ３ ） ００ ８
【 摘要 】 目的
异 研 究作 参 考 。方 法
初步建立正常人 尿液蛋白质双 向电泳图谱 ， 分析正 常尿蛋 白基本组成 ， 为疾病 下尿 液蛋 白差
的平 衡 液 。 （ ） Ｄ ３ Ｓ Ｓ—Ｐ Ｇ 垂 直 电 泳 ： 平 衡 后 的 Ａ Ｅ 将 ＩＧ胶 条 移 至 １％ 的凝 胶 上 端 ， 始 电压 为 １０Ｖ， Ｐ ２ 起 ０ 待 样 品 进 入 Ｓ Ｓ胶 浓 缩 成 一 条 线 ，． Ｄ ０ ５ｈ后 加 大 电 压 到 ２０Ｖ。直 至 溴 酚 蓝 到 达 凝 胶底 边 处 停 止 电泳 。 ０
处理 的尿液蛋白质双 向电泳图谱 ， 选择 重复性 好 、 独立
清 晰 的蛋 白质 位 点 进 行 质 谱 鉴 定 ， 点 全 方 位 同 时 分 多
１ ｉ ， ２００ｒｍ ｎ离心 ５ｍｎ 弃上清 ， ５ｍ ｎ １ ０ ｉ ／ ｉ， 将沉 淀溶于
样 品 裂 解 液 （ ＬＬ Ｕ ｅ 、 ％ Ｃ ＡＰ 、 ５ ｍｍｏ Ｌ ９ ｍｏ／ ｒａ ４ Ｈ Ｓ ６ ｌ ｆ
内 ４ １ ０ ｍｎ ℃ ０ｒ ｉ 离心 １ ｉ， ５ ／ ５ｍ ｎ 收集上清液 ， 弃去细胞 碎片和核 ， 上清液在血 细胞计数板观察无细胞或颗粒 ，
各种信息 ， 也可反映机体整体代谢状态 ， 与血清 等其 他 体液样本相 比， 其获 取无创 、 收集便利 ， 且蛋 白组成 并 相对 简单 、 易于分析 。蛋 白质组学 则是诠 释蛋 白所携
１２ １ 样 品 处 理 ．．
收 集 晨 起 清 洁 中段 尿 １０ｍ ， ｈ ０ Ｌ ２
北 京 世 纪坛 医 院 、 京 大 学第 九 临 床 医学 院 、 都 医科 大 学 肿 瘤 学 系 、 北 首 临床 检 验 中心 （ 北京 １０ ３ ） ００ ８
【 摘要 】 目的
异 研 究作 参 考 。方 法
初步建立正常人 尿液蛋白质双 向电泳图谱 ， 分析正 常尿蛋 白基本组成 ， 为疾病 下尿 液蛋 白差
的平 衡 液 。 （ ） Ｄ ３ Ｓ Ｓ—Ｐ Ｇ 垂 直 电 泳 ： 平 衡 后 的 Ａ Ｅ 将 ＩＧ胶 条 移 至 １％ 的凝 胶 上 端 ， 始 电压 为 １０Ｖ， Ｐ ２ 起 ０ 待 样 品 进 入 Ｓ Ｓ胶 浓 缩 成 一 条 线 ，． Ｄ ０ ５ｈ后 加 大 电 压 到 ２０Ｖ。直 至 溴 酚 蓝 到 达 凝 胶底 边 处 停 止 电泳 。 ０
处理 的尿液蛋白质双 向电泳图谱 ， 选择 重复性 好 、 独立
清 晰 的蛋 白质 位 点 进 行 质 谱 鉴 定 ， 点 全 方 位 同 时 分 多
１ ｉ ， ２００ｒｍ ｎ离心 ５ｍｎ 弃上清 ， ５ｍ ｎ １ ０ ｉ ／ ｉ， 将沉 淀溶于
样 品 裂 解 液 （ ＬＬ Ｕ ｅ 、 ％ Ｃ ＡＰ 、 ５ ｍｍｏ Ｌ ９ ｍｏ／ ｒａ ４ Ｈ Ｓ ６ ｌ ｆ
内 ４ １ ０ ｍｎ ℃ ０ｒ ｉ 离心 １ ｉ， ５ ／ ５ｍ ｎ 收集上清液 ， 弃去细胞 碎片和核 ， 上清液在血 细胞计数板观察无细胞或颗粒 ，
蛋白质组学研究进展与趋势
控 ， 转 录 水 平 调 控 （ ｒｎｃｉｔ ｎ ｌｃ ｎｒ１ 、 译 水 即 Ｔ ａｓｒ ｉ ａ ｏ ｔ ） 翻 ｐｏ ｏ 平 调 控 （ ｒｎｌｔ ｎ ｌｃｎｒ１ 、 译 后 水 平 调 控 （ ｏｔ Ｔａ ｓ ｉ ａ ｏ ｔ ） 翻 ａｏ ｏ Ｐ ｓ— ｔａｓａｉｈ ｌｃｎｒ１） 从 ｍ ＮＡ 角 度 考 虑 ， 际 上 仅 ｒｍｌｔ ａ ｔ ｏ ｏ ｏ 。 Ｒ 实 包 括 了转 录水平 调控 ， 不 能 全 面代 表 蛋 白质 表达 并 水 平 。 实 验 也 证 明 ， 织 中 ｍＲ Ａ 丰 度 与 蛋 白 质 丰 组 Ｎ 度的相关 性 并 不 好 ， 其 对 于低 丰 度 蛋 白质 来说 ， 尤
细 胞 研 究 ， 列 第 二 。蛋 名 白 质 组 学 的 受 关 注 程 度 如 今 已 令 人 刮 目相 看 。
ｌ 蛋 白质 组 学 研 究 的意 义 和 背 景
随 着 人 类 基 因 组 计 划 的 实 施 和 推 进 ， 命 科 学 生 研 究 已 进 ＾ 了 后 基 因 组 时 代 。 在 这 个 时 代 ， 命 科 生 学 的 主 要 研 究 对 象 是 功 能 基 因 组 学 ， 括 结 构 基 因 包 组 研 究 和 蛋 白 质 组 研 究 等 。 尽 管 现 在 已 有 多 个 物 种 的 基 因 组 被 测 序 ， 在 这 些 基 因 组 中通 常 有 一 半 但 以上 基 因 的 功 能 是 未 知 的 。 目前 功 能 基 因 组 中 所 采 用 的 策 略 ， 基 因 芯 片 、 因 表 达 序 列 分 析 （ ｅｉ 如 基 Ｓ ｒｌ ａ ａ ａｙｉ ｏ ｅ ｎｌｓ８ ｆｇ ｘ ｒｓｉｎ Ｓ Ｅ） 都 是 从 细 胞 中 ｐｅｓｏ ， ＡＧ 等
相 关 性 更 差 。更 重 要 的 是 ， 白 质 复 杂 的 翻 译 后 修 蛋
(完整版)吴梧桐主编《生物制药工艺学》学习笔记
第一章生物药物概论1、生物药物的分类：（1）基因重组多肽、蛋白类治疗剂（2）基因药物（3）天然生物药物（4）合成与部分合成的药物。
DNA重组药物和基因药物的区别：DNA重组药物即应用重组DNA技术（包括基因工程技术和蛋白质工程技术）制造的重组多肽、蛋白质类药物和疫苗、单克隆抗体与细胞因子等；基因药物即以基因物质（DNA或RNA）为基础，研究而成的基因治疗剂、基因疫苗、反义药物和核酶等。
2、生物药物的作用特点：药理学特性：（1）药理活性高（2）治疗的针对性强，治疗的生理、生化机制合理，疗效可靠。
（3）毒副作用较少，营养价值高。
（4）生理副作用常用发生。
理化特性：（1）生物材料中的有效物质含量低，杂质种类多且含量相对较高。
（2）生物活性物质组成结构复杂、稳定性差。
（3）生物材料易染菌，腐败。
（4）生物药物制剂的特殊要求。
3．DNA重组药物有：（1）细胞因子干扰素类：α-干扰素、β-干扰素、γ-干扰素（2）细胞因子白介素类和肿瘤坏死因子：白介素-2（IL-2）和突变型白介素-2（Ser125-IL-2）肿瘤坏死因子类主要有TNF-α和TNF-α受体。
（3）造血系统生长因子类：粒细胞集落刺激因子（G-CSF）、巨噬细胞集落刺激因子（M-CSF）、巨噬细胞粒细胞集落刺激因子（GM-CSF）、促红细胞生成素（EPO）、促血小板生成素（TPO）干细胞生长因子（SCF）（4）生长因子类：胰岛素样生长因子（IGF）、表皮生长因子（EGF）、血小板衍生生长因子（PDFD）、转化生长因子（TGF-α和TGF- β）、神经生长因子及各种神经营养因子。
（5）重组多肽与蛋白质类激素：重组人胰岛素（rhInsulin）、重组人生长激素（rhGH）、促卵胞激素（FSH）、促黄体生成素（LH）和绒毛膜促性腺激素（HCG）、重组人白蛋白和重组人血红蛋白（6）心血管病治疗剂与酶制剂：Ⅷ因子、水蛭素、tpA、rtpA、尿激酶、链激酶、葡激酶、天冬酰胺酶、超氧化歧化酶、葡萄糖脑苷酶及DNsae等（7）重组疫苗与单抗制品：重组乙肝表面抗原疫苗、乙肝基因疫苗、AIDS疫苗、流感疫苗、痢疾疫苗和肿瘤疫苗。
蛋白质组学及其在肝细胞肝癌中的研究进展
蛋 白质 组 学及 其 在肝 细 胞 肝 癌 中的研 究 进 展
李 欣 （ ， 宝玮 （ 综述）董 审校）
（ 中国人民解放军总医院超声科 ， 北京 １０ ５ ） ０８ ３ 中图 分 类 号 ： ７５７ ３４ ２ Ｒ ３ ．；Ｒ ９ ．ｌ 文献标识码 ： Ａ 文 章 编 号 ：０６２８ （ｏ７ １．０ ４０ １０ ．ｏ４２ ｏ ）４ １６ －３
随着后基 因组时代的到来， 运用蛋 白质组学技术对 肿瘤 的研 究 已经 成为人们 关注 的焦 达 的 多 样 性 、 态 性 形 成 鲜 明 的对 比 ； 动 同时 蛋 点。本文着重就蛋 白质组学在肝细胞肝癌 中研究进展予 以综述。
关 键 词 ： 肿 瘤 ； 白质 组 ； 细 胞 肝 蛋 肝
Ｇｏ ｔ Ｄｆｒ２０ ，２ １ ）６３６ １ ｒ ｈ ｉｅ，０ ｌ １（２ ：０ －ｌ． ｗ
ｆ９ Ｏｓｉ Ｔｎｋ １ １ ｔ ｄＹ，ａａａＭ，ａ Ｔ， ／ Ｇ ａｉｅｎｄ ｏｉ ｘｈｎｅｆｃ ｕ Ｋｍｏ ｄ ａ． ｕｎｎ ｕ ｅｔｅｅｃａｇ ａ． ｄ
收稿 日期 ：０６ ｌ一４ 修 回日期 ：０７０ —９ ２０ 一ｌ ２ ２ ０－６２
Ｓｕ ｙ Ｐ ｔ ￣ ｔ ｄ ｒ ｇｔ ｏ ｆＰｒ ｔ ｏ ｆ ｓａ ｄ ｉ ｌ ｌａ ｏ ｐ ｔ ｅ ｕ ａ ｒ ｏ Ｌ ｉ ＤＯＮＧ ｏ ｅ ｎ ｃ ｎ ｔ Ａｐ ｆ ｃ ｆ ｎ Ｈｅ ａ ｏ ｄｌ ｌｒ Ｃａ ｄｎ ｍａ ｉ ｓ ｉ ＩＸ ｎ，
白质 的翻译 后修饰 、 转运 定位 、 构形成 、 结 蛋
Ａａ ｃ Ｕ Ａ ２０ ，８ ８ ：３５４ ９ ． ｃｄＳｉ Ｓ ，０ １９ （ ）４ ８－３０ ｆ８ Ｓｐｉｌ Ｈ ｒｄ Ｋ ｗｇ ｃｉ ，ｔａ ． ｆｃ ｏ ｐ７ ｉｌｏ ｅ １ ］ ｕｒ ｎ Ｍ， ａａａＫ， ａ ａｕｈ Ｓ ｅ ／ Ｅ ｅｔ ｆ ２ｋｐ ｎｔ ａｏ ｈ
蛋白质组学与中医理法方药
ＬＳ ＩＨ ＮＭ ＤＣＮ Ｎ Ａ Ｅ Ｉ Ｅ ＩＡＲ ＳＡ Ｃ ００Ｖ Ｌ．１Ｎ ． Ｉ Ｚ Ｅ Ｅ ＩＩＥＡ ＤＭ Ｔ ＲＡＭ ＤＣ Ｅ Ｅ Ｒ Ｈ２ １ Ｏ ２ Ｏ ６ Ｈ
时珍 国医国药 ２ １ ００年第 ２ 卷第 ６期 １
蛋 白质 组 学 与 中 医理 法 方 药
究现 状 与存 在 的 不足 。 中 医 药 与蛋 白质 组 的 结合 可 以 实现 两 者 的科 学 发 展 与 质 的 飞 跃 。
关 键词 ： 蛋白质组学 理法方药
中图分 类号 ： ２—０ Ｒ ３
文献标 识 码 ： Ｂ
文章 编号 ：０ ８０ ０ （０ ０ ０ —５ ３０ １ ０ －８ ５ ２ １ ） ６ １ １ －２
使 标准化 、 规范化具有 十 蛋 白质是生命活动 的执行者 和体现者 ， 是生物体最重要的结 研究揭示其物质基础 ， 中医证候客观化 、 构部分 ， 是生命 的物质基 础。机体 不同细胞在同一时间以及同一 分重要 的意义 。蛋 白质组学 有利于阐明证的整体性 、 动态性 和异 病 同证 、 病 异 证 的 分 子 基 础 。 同 细胞在不 同时问其蛋 白质表达均不一样 ， 白质组随特定 的时空 蛋 钟小 兰等 以束 缚制 动法 制备 肝郁 证 大 鼠模 型 ， 以基 质辅 和不 同 的影 响 因素 呈 动 态 变 化 。蛋 白质 组 研 究 的 是 整 个 细 胞 甚 助激光解 吸电离飞行 时间质 谱 （ Ｌ Ｉ Ｏ ＭＡ Ｄ —Ｔ Ｆ—ＭＳ 检 测肽质 量 ） 至整 个组织 的全套蛋 白质 ， 整体水平上反映 了疾病的动态演变 从 发 鉴 过程 ， 与具有宏观和系统特色 的中 医药 相似相 通 ， 依据蛋 白质组 指 纹 ， 现 ３个 与 肝 郁 证 辨 证 相 关 的 肝 组 织 差 异 表 达 蛋 白 ， 定 为芳基硫基转移 酶 、 烯酰辅 酶 Ａ水 合酶 和转 甲状 腺素 蛋 白。区 学 的理 论 和 技 术来 探 索 和 发 展 中 医 药 具 有 重 要 意 义 。 现 就 有 关 健刚等 采用 ＭＡ Ｄ —Ｔ Ｆ—Ｍ ＬＩ Ｏ Ｓ研究 中医肝 阳化风证和血虚生 蛋 白质 组 学 在 中 医药 研 究 中 的运 用 及 其 不 足 之 处 作 一 综 述 。 风证 帕金森病患者 和正 常人 外周血单个核细胞的蛋 白质组差异 ， １ 蛋 白质 组 学 与 中 医 理 法 对 其 中 的 １ 差 异 蛋 白 质点 ， 步 鉴 定 为 一 些 与细 胞 骨 架 、 氧 ５个 初 抗 围绕 整 体 观念 与 辨 证 论 治 的核 心 范 畴 ， 阳 五 行 、 腑 经 络 阴 脏 蛋 信号转导 、 细胞周期调控等有关的蛋 白质 。赵 等学说均系统 而辨证地体 现了 中医的全局 思维 。蛋 白质组学 也 化应激 、 白降解 、 健等 应用 Ｓ Ｌ Ｉ Ｏ Ｅ Ｄ —Ｔ Ｆ—Ｍ Ｓ技术分 别检 测 １ ２例气 阴 两虚肺 强调整体水平 ， 在生命 巨系统 中， 两者 均注重 多 因素及系统 分析 癌和 １ ２例气滞血淤肺 癌 的血 清蛋 白质谱 ， 共检 测到 １３个 有效 １ 思 路 。蛋 白质 组 研 究 通 过 对 细 胞 内蛋 白 质 进 行 大 规 模 的 分 离 和 的蛋 白质波蜂 。卢 德赵 等 研 究 肾 阳虚 大 鼠肝 线粒 体 蛋 白质 分析鉴定 ， 获得相应蛋 白的各 参数 ， 对不 同时 间和空 间发挥功 能 组， 并从肝线粒体蛋 白质组角 度阐述 肾 阳虚 与能量代 谢 的关 系。 的特定蛋 白质群体进行研究 ， 充分体现 系统性 和整体性 。 肾 ｝ １ １ 中医精气理论 的物质 基础 中医精 气学说 为 阴阳学说所 派 结 果 表 明 ， 阳虚 动物 能量 代谓 相 关 酶 的 变 化 与 肾 阳 虚 的 临 床 虚 ． 研 生 ， 是 中 医 理 论 的 核 心 内容 之 一 。 精 和 气 是 一 对 阴 阳 ， 是 中 寒 症 状 有 关 。吴 红 金 等 。 究 了冠 心 病 血 淤 证 病 人 与 正 常 人 血 也 也 发现冠 心病 血淤证病 人血浆与正常人相 比表 医 唯 物 观 与 辨证 法 的具 体体 现 。 “ 精 ” “ 气 ” 映 了 机 体 形 浆中的蛋 白质变化 ， 阴 和 阳 反 纤维 蛋 白原 、 粒酶 ， 表达降低的蛋 质 与 功 能 的辨 证 关 系 ， 中体 现 了 中医 理 论 对 生 命 的起 源 、 质 、 达升高的蛋 白质有免疫球蛋 白、 集 本 Ｄ ４ Ｐ等。曾星等 研究了 １ ０例原 发性高血压 肝阳上 物质基础 、 功能 现象 的高度 概括 。“ 的综合 表现 及物质 基 础 白质有 Ｃ ４ Ｓ 精” Ｏ例正常 对照者外周 血单个核 细胞 的总蛋 白， 果高 结 对应于基 因组 信息 整体 。人体基 因组 的全 部信 息禀受于父母 ， 相 亢患 者及 １ ｌ 其中 ５ ５个点 可能与高血压 １ 当于生殖 之精 ， 而特定脏腑 的基 因组 相 当于 脏腑之精 ， 身细胞 血压肝 阳上亢病例 检测 到 ９ ７个点 ， 周 Ｅ Ｄ —Ｔ Ｆ—ＭＳ蛋 白质 也是 特定 信息 的基 因组 整 体 ， 体现 了 “ ” 精 的全 息性 。“ ” 气 由 肝 阳上亢 证候相关 。王忆勤等 采用 Ｓ Ｌ Ｉ Ｏ 非湿证病人及 正常人血清样 品进 行蛋 “ 所化 ， 气” 精” “ 应该是蛋 白质组 的集 中和综合 表现 ， 反映 了蛋 白 芯片技术对慢性 胃炎湿证 、 白质表达 谱 研 究 ， 果 表 明湿 证 患 者 蛋 白质表 达 谱 质 荷 比为 结 质组 的 总体 功 能状 态 。 ． Ｄ，． Ｄ，． ｋ 非 对蛋 白质作用模式 、 功能 机理 、 调节控制 以及 蛋 白质群 体 内 ３ ２ｋ ６４ ｋ ８ １ Ｄ 的 ３个 肽 出现 高 表 达 趋 势 ； 湿 证 患 者 与 的相 互 关 系 的探 索 ， 利 于 阐 释 中 医 “ ” 物 质 基 础 与 功 能 特 正 常 人 在 上述 位 点 呈低 表 达 趋 势 。 有 气 的 ． 性 ， 得 对 疾 病 过 程 、 胞 生 理 病 理 过 程 及 调 控 网 络 的 全 面 而 深 １ ３ 中医治则治法与蛋 白质组 中医证 候蛋 白质组学 研究 的 目 获 细 最 证 的 入 的认 识 ， 一 步 揭 示 生命 活 动 的 基 本 规 律 。基 因 组 基 本 上 是 稳 的在 于 明确 特 定 证 候 的 关 键 蛋 白质 ， 终 阐 明 中 医 “ ” 实 质 进 为异 病 同治 与 同病 异 治等 治则 治法 提供微 观依 定不 变 的 ， 蛋 白质组 的表 达 是 动 态 的 ， 有 时 空 性 和 可 调 节 性 。 及其演变规律 ， 而 具 运用蛋 白质组学 的技术 和策 略对 中医治则 蛋白质组研究能独立于基 因组 的研究 而进行 ， 并且对基因组 的研 据 。以蛋 白质 为靶点 ， 比其 他 技 术 与 手 段 更 具 优 势 ， 符 合 中 更 究 是 一 种 完 善 和 补 充 。蛋 白 质 组 与 基 因 组 的 相 互 完 善 和 补 充 体 治 法 理 论 实 质 进 行 探 讨 ， 医学“ 体 ” “ 证 ” 整 及 辨 的思 想 。理 法 一 贯 ， 从 证 出 ， 则 治 法 在 法 治 现 了中医理论 中“ 和“ 的互根互用 。 精” 气” 具 理 。如 １２ 中医基本证候 的蛋 白质组研 究 中医通过 疾病 的外在 征象 证 候 的 基 础 上 确 立 ， 体 而 有 针 对 性 地 体 现 了 中 医 的 “ ” ． 热结旁流 ” 通 腑泻热 ” 增 液行舟 ” 治法 体现 了 中医的形 象 “ “ 等 推断疾病 的病 因 、 病性 、 病位 、 病势 等 内在本 质 ， 纳出相应 的证 “ 归 乃至“ 气行则 血行 … 有 形之 血难 以速生 ， 形之气 所 无 候。证候是致病 因子与体质 因素 相互作用 的综 合反应 ， 通过现代 思 维特征 ， 当 急 固 …‘ 治风 先 治 血 ， 行 风 自灭 ” 益 气 摄 血 ” 健 脾 利 水 、 阳 血 “ “ 温
时珍 国医国药 ２ １ ００年第 ２ 卷第 ６期 １
蛋 白质 组 学 与 中 医理 法 方 药
究现 状 与存 在 的 不足 。 中 医 药 与蛋 白质 组 的 结合 可 以 实现 两 者 的科 学 发 展 与 质 的 飞 跃 。
关 键词 ： 蛋白质组学 理法方药
中图分 类号 ： ２—０ Ｒ ３
文献标 识 码 ： Ｂ
文章 编号 ：０ ８０ ０ （０ ０ ０ —５ ３０ １ ０ －８ ５ ２ １ ） ６ １ １ －２
使 标准化 、 规范化具有 十 蛋 白质是生命活动 的执行者 和体现者 ， 是生物体最重要的结 研究揭示其物质基础 ， 中医证候客观化 、 构部分 ， 是生命 的物质基 础。机体 不同细胞在同一时间以及同一 分重要 的意义 。蛋 白质组学 有利于阐明证的整体性 、 动态性 和异 病 同证 、 病 异 证 的 分 子 基 础 。 同 细胞在不 同时问其蛋 白质表达均不一样 ， 白质组随特定 的时空 蛋 钟小 兰等 以束 缚制 动法 制备 肝郁 证 大 鼠模 型 ， 以基 质辅 和不 同 的影 响 因素 呈 动 态 变 化 。蛋 白质 组 研 究 的 是 整 个 细 胞 甚 助激光解 吸电离飞行 时间质 谱 （ Ｌ Ｉ Ｏ ＭＡ Ｄ —Ｔ Ｆ—ＭＳ 检 测肽质 量 ） 至整 个组织 的全套蛋 白质 ， 整体水平上反映 了疾病的动态演变 从 发 鉴 过程 ， 与具有宏观和系统特色 的中 医药 相似相 通 ， 依据蛋 白质组 指 纹 ， 现 ３个 与 肝 郁 证 辨 证 相 关 的 肝 组 织 差 异 表 达 蛋 白 ， 定 为芳基硫基转移 酶 、 烯酰辅 酶 Ａ水 合酶 和转 甲状 腺素 蛋 白。区 学 的理 论 和 技 术来 探 索 和 发 展 中 医 药 具 有 重 要 意 义 。 现 就 有 关 健刚等 采用 ＭＡ Ｄ —Ｔ Ｆ—Ｍ ＬＩ Ｏ Ｓ研究 中医肝 阳化风证和血虚生 蛋 白质 组 学 在 中 医药 研 究 中 的运 用 及 其 不 足 之 处 作 一 综 述 。 风证 帕金森病患者 和正 常人 外周血单个核细胞的蛋 白质组差异 ， １ 蛋 白质 组 学 与 中 医 理 法 对 其 中 的 １ 差 异 蛋 白 质点 ， 步 鉴 定 为 一 些 与细 胞 骨 架 、 氧 ５个 初 抗 围绕 整 体 观念 与 辨 证 论 治 的核 心 范 畴 ， 阳 五 行 、 腑 经 络 阴 脏 蛋 信号转导 、 细胞周期调控等有关的蛋 白质 。赵 等学说均系统 而辨证地体 现了 中医的全局 思维 。蛋 白质组学 也 化应激 、 白降解 、 健等 应用 Ｓ Ｌ Ｉ Ｏ Ｅ Ｄ —Ｔ Ｆ—Ｍ Ｓ技术分 别检 测 １ ２例气 阴 两虚肺 强调整体水平 ， 在生命 巨系统 中， 两者 均注重 多 因素及系统 分析 癌和 １ ２例气滞血淤肺 癌 的血 清蛋 白质谱 ， 共检 测到 １３个 有效 １ 思 路 。蛋 白质 组 研 究 通 过 对 细 胞 内蛋 白 质 进 行 大 规 模 的 分 离 和 的蛋 白质波蜂 。卢 德赵 等 研 究 肾 阳虚 大 鼠肝 线粒 体 蛋 白质 分析鉴定 ， 获得相应蛋 白的各 参数 ， 对不 同时 间和空 间发挥功 能 组， 并从肝线粒体蛋 白质组角 度阐述 肾 阳虚 与能量代 谢 的关 系。 的特定蛋 白质群体进行研究 ， 充分体现 系统性 和整体性 。 肾 ｝ １ １ 中医精气理论 的物质 基础 中医精 气学说 为 阴阳学说所 派 结 果 表 明 ， 阳虚 动物 能量 代谓 相 关 酶 的 变 化 与 肾 阳 虚 的 临 床 虚 ． 研 生 ， 是 中 医 理 论 的 核 心 内容 之 一 。 精 和 气 是 一 对 阴 阳 ， 是 中 寒 症 状 有 关 。吴 红 金 等 。 究 了冠 心 病 血 淤 证 病 人 与 正 常 人 血 也 也 发现冠 心病 血淤证病 人血浆与正常人相 比表 医 唯 物 观 与 辨证 法 的具 体体 现 。 “ 精 ” “ 气 ” 映 了 机 体 形 浆中的蛋 白质变化 ， 阴 和 阳 反 纤维 蛋 白原 、 粒酶 ， 表达降低的蛋 质 与 功 能 的辨 证 关 系 ， 中体 现 了 中医 理 论 对 生 命 的起 源 、 质 、 达升高的蛋 白质有免疫球蛋 白、 集 本 Ｄ ４ Ｐ等。曾星等 研究了 １ ０例原 发性高血压 肝阳上 物质基础 、 功能 现象 的高度 概括 。“ 的综合 表现 及物质 基 础 白质有 Ｃ ４ Ｓ 精” Ｏ例正常 对照者外周 血单个核 细胞 的总蛋 白， 果高 结 对应于基 因组 信息 整体 。人体基 因组 的全 部信 息禀受于父母 ， 相 亢患 者及 １ ｌ 其中 ５ ５个点 可能与高血压 １ 当于生殖 之精 ， 而特定脏腑 的基 因组 相 当于 脏腑之精 ， 身细胞 血压肝 阳上亢病例 检测 到 ９ ７个点 ， 周 Ｅ Ｄ —Ｔ Ｆ—ＭＳ蛋 白质 也是 特定 信息 的基 因组 整 体 ， 体现 了 “ ” 精 的全 息性 。“ ” 气 由 肝 阳上亢 证候相关 。王忆勤等 采用 Ｓ Ｌ Ｉ Ｏ 非湿证病人及 正常人血清样 品进 行蛋 “ 所化 ， 气” 精” “ 应该是蛋 白质组 的集 中和综合 表现 ， 反映 了蛋 白 芯片技术对慢性 胃炎湿证 、 白质表达 谱 研 究 ， 果 表 明湿 证 患 者 蛋 白质表 达 谱 质 荷 比为 结 质组 的 总体 功 能状 态 。 ． Ｄ，． Ｄ，． ｋ 非 对蛋 白质作用模式 、 功能 机理 、 调节控制 以及 蛋 白质群 体 内 ３ ２ｋ ６４ ｋ ８ １ Ｄ 的 ３个 肽 出现 高 表 达 趋 势 ； 湿 证 患 者 与 的相 互 关 系 的探 索 ， 利 于 阐 释 中 医 “ ” 物 质 基 础 与 功 能 特 正 常 人 在 上述 位 点 呈低 表 达 趋 势 。 有 气 的 ． 性 ， 得 对 疾 病 过 程 、 胞 生 理 病 理 过 程 及 调 控 网 络 的 全 面 而 深 １ ３ 中医治则治法与蛋 白质组 中医证 候蛋 白质组学 研究 的 目 获 细 最 证 的 入 的认 识 ， 一 步 揭 示 生命 活 动 的 基 本 规 律 。基 因 组 基 本 上 是 稳 的在 于 明确 特 定 证 候 的 关 键 蛋 白质 ， 终 阐 明 中 医 “ ” 实 质 进 为异 病 同治 与 同病 异 治等 治则 治法 提供微 观依 定不 变 的 ， 蛋 白质组 的表 达 是 动 态 的 ， 有 时 空 性 和 可 调 节 性 。 及其演变规律 ， 而 具 运用蛋 白质组学 的技术 和策 略对 中医治则 蛋白质组研究能独立于基 因组 的研究 而进行 ， 并且对基因组 的研 据 。以蛋 白质 为靶点 ， 比其 他 技 术 与 手 段 更 具 优 势 ， 符 合 中 更 究 是 一 种 完 善 和 补 充 。蛋 白 质 组 与 基 因 组 的 相 互 完 善 和 补 充 体 治 法 理 论 实 质 进 行 探 讨 ， 医学“ 体 ” “ 证 ” 整 及 辨 的思 想 。理 法 一 贯 ， 从 证 出 ， 则 治 法 在 法 治 现 了中医理论 中“ 和“ 的互根互用 。 精” 气” 具 理 。如 １２ 中医基本证候 的蛋 白质组研 究 中医通过 疾病 的外在 征象 证 候 的 基 础 上 确 立 ， 体 而 有 针 对 性 地 体 现 了 中 医 的 “ ” ． 热结旁流 ” 通 腑泻热 ” 增 液行舟 ” 治法 体现 了 中医的形 象 “ “ 等 推断疾病 的病 因 、 病性 、 病位 、 病势 等 内在本 质 ， 纳出相应 的证 “ 归 乃至“ 气行则 血行 … 有 形之 血难 以速生 ， 形之气 所 无 候。证候是致病 因子与体质 因素 相互作用 的综 合反应 ， 通过现代 思 维特征 ， 当 急 固 …‘ 治风 先 治 血 ， 行 风 自灭 ” 益 气 摄 血 ” 健 脾 利 水 、 阳 血 “ “ 温
蛋白质组学对中医药现代化研究的思考
发 展 ， 其 是 后 基 因组 时 代 的 到 来 ， 们 尤 人 将 更 多 的 关 注 眼 光 转 移 到 了 生 命 的 直 接 体 现 者 和 执 行 者 —— 蛋 白质 ， 白质 组 学 时代 到 来 了。 建 立 在 经验 医 学 和 蛋
整体 认 识 之 上 的 中医 药 ， 蛋 白质 组 学 整 体 认 识 人 体 功 能 有 和
中图 分 类 号 ： ２一 ３ Ｒ Ｏ
基 因组／ 析 分
文 献 标 志 码 ： Ｂ
中 医药 的现代 化 ， 在进 一 步 继 承 发扬 中 医药 是 特 色和优 势 的前提 下 ， 泛 的 吸 收 现 代科 学 技 术 和 广 方法 ， 或借 助 现代 医学 边缘 学科 的研 究 思路 和成 果 ，
用 的综合 反 应 ， 这种 综 合 反 应 的过 程 具 有 一 定 的 物
水平探 索 中药药 效 的机 理 ， 可 能 成 为 中医 药 理 论 都
和治疗 研究 的突破 口。 １ 蛋 白质 组学 与 中医 理论
质基 础 ， 现代 科技 手 段 和方 法 来 揭 示 其 物 质 基础 用 并进 行定 量 和定 性对 证 候及 辨证 的规 范 化具 有十 分 重要 的意 义 。如 何使 中医证候 客观化 、 标化 、 准 指 标 化是 中医近 现代 致力 走 现代 化之 路研 究 的热 门和关
・
学 术 探 讨
・
蛋 白质 组 学 对 中 医 药 现 代 化 研 究 的思 考
秦 明春 ， 若 光 王
（ 南 中 医药大 学 中西结合 学院 ， 南 长 沙 ４ ０ ０ ） 湖 湖 １０７
摘 要 中 医药 现 代 化 是 中 医 药发 展 的 趋 势 ， 如何 实 现 中 医 药
整体 认 识 之 上 的 中医 药 ， 蛋 白质 组 学 整 体 认 识 人 体 功 能 有 和
中图 分 类 号 ： ２一 ３ Ｒ Ｏ
基 因组／ 析 分
文 献 标 志 码 ： Ｂ
中 医药 的现代 化 ， 在进 一 步 继 承 发扬 中 医药 是 特 色和优 势 的前提 下 ， 泛 的 吸 收 现 代科 学 技 术 和 广 方法 ， 或借 助 现代 医学 边缘 学科 的研 究 思路 和成 果 ，
用 的综合 反 应 ， 这种 综 合 反 应 的过 程 具 有 一 定 的 物
水平探 索 中药药 效 的机 理 ， 可 能 成 为 中医 药 理 论 都
和治疗 研究 的突破 口。 １ 蛋 白质 组学 与 中医 理论
质基 础 ， 现代 科技 手 段 和方 法 来 揭 示 其 物 质 基础 用 并进 行定 量 和定 性对 证 候及 辨证 的规 范 化具 有十 分 重要 的意 义 。如 何使 中医证候 客观化 、 标化 、 准 指 标 化是 中医近 现代 致力 走 现代 化之 路研 究 的热 门和关
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学 术 探 讨
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蛋 白质 组 学 对 中 医 药 现 代 化 研 究 的思 考
秦 明春 ， 若 光 王
（ 南 中 医药大 学 中西结合 学院 ， 南 长 沙 ４ ０ ０ ） 湖 湖 １０７
摘 要 中 医药 现 代 化 是 中 医 药发 展 的 趋 势 ， 如何 实 现 中 医 药
蛋白质组浅谈
１ ３ 分 类 ．
主 要 技 术 路 线
按 蛋 白质 功 能 可 分 为 结 构 蛋 白质 组 和 功 能 蛋 白 质 组 ． 按 生 命 形 式 可 分 微 生 物 蛋 白 质 组 、 物 蛋 白 而 植
质 组 以及 动 物蛋 白质 组 ．
多肚
经 典 或 已研 究 的 蛋 白配 比 转 录 后修 饰 特 征 分析
２０ ０ ２年 ９ 月
（ ｔｒｌ ｃｅ ｃ ｄｔ ｎ Ｎａｕａ Ｓ ｉｎ ｅ Ｅ ｉｏ ） ｉ
蛋 白 质 组 浅 谈
裴凌鹏 刘 振 娅 印 莉 萍
（ 都 师 范 大 学 生 物 系 ， 京 １０ ３ ） 首 北 ００ ７
摘
要
本 文 将 针 对 蛋 白质 组 的 概 念 、 法 、 用 研 究 技 术 以 及 目前 现 状 作 一 简 单 的 介 绍 方 常
个 细 胞 或 一 个组 织 或 一 有机 体 在 正 常 生 理 条 件 下
集 达 到平 衡 状 态 之 前 被 测蛋 白质 必 须 在 等 电 区 域 内
完 成 迁 移 ， 则 碱 性 蛋 白会 离 开凝 胶 基 质 而 丢 失 ． 否 ３ ３ ３ 蛋 白 质 点 的 染 色 ．．
的 蛋 白 质 二 维 凝 胶 图 谱 ， 作 为 参 考 图 谱 ． ２ 研 究 以 （）
关 键 词 ： 白质 组 ， 能 蛋 白质组 ，质谱 技术 ． 蛋 功
中 图 分 类 号 ： １ Ｑ７
随着 人 类 基 因 组 全 序 测 定 计 划 的 完 成 ， 称 为 被
后 基 因计 划 的 蛋 白质 组 计 划 也 已展 开 ， 于 蛋 白质 由
２ 蛋 白质 组 与 基 因 组 的 关 系
主 要 技 术 路 线
按 蛋 白质 功 能 可 分 为 结 构 蛋 白质 组 和 功 能 蛋 白 质 组 ． 按 生 命 形 式 可 分 微 生 物 蛋 白 质 组 、 物 蛋 白 而 植
质 组 以及 动 物蛋 白质 组 ．
多肚
经 典 或 已研 究 的 蛋 白配 比 转 录 后修 饰 特 征 分析
２０ ０ ２年 ９ 月
（ ｔｒｌ ｃｅ ｃ ｄｔ ｎ Ｎａｕａ Ｓ ｉｎ ｅ Ｅ ｉｏ ） ｉ
蛋 白 质 组 浅 谈
裴凌鹏 刘 振 娅 印 莉 萍
（ 都 师 范 大 学 生 物 系 ， 京 １０ ３ ） 首 北 ００ ７
摘
要
本 文 将 针 对 蛋 白质 组 的 概 念 、 法 、 用 研 究 技 术 以 及 目前 现 状 作 一 简 单 的 介 绍 方 常
个 细 胞 或 一 个组 织 或 一 有机 体 在 正 常 生 理 条 件 下
集 达 到平 衡 状 态 之 前 被 测蛋 白质 必 须 在 等 电 区 域 内
完 成 迁 移 ， 则 碱 性 蛋 白会 离 开凝 胶 基 质 而 丢 失 ． 否 ３ ３ ３ 蛋 白 质 点 的 染 色 ．．
的 蛋 白 质 二 维 凝 胶 图 谱 ， 作 为 参 考 图 谱 ． ２ 研 究 以 （）
关 键 词 ： 白质 组 ， 能 蛋 白质组 ，质谱 技术 ． 蛋 功
中 图 分 类 号 ： １ Ｑ７
随着 人 类 基 因 组 全 序 测 定 计 划 的 完 成 ， 称 为 被
后 基 因计 划 的 蛋 白质 组 计 划 也 已展 开 ， 于 蛋 白质 由
２ 蛋 白质 组 与 基 因 组 的 关 系
差异蛋白质组学及其应用
维普资讯
２０ ０ ２年
８月
第 ３ ８卷 第 ４期
北 京师 范大学学报 （ 自然 科 学 版 ） Ｊ ｕ ｎ ｌ ｆＢｅ ｉｇ Ｎｏ ｍａ Ｕｎｖ ｒ ｉ Ｎａ ｕ ａ ｃｅ ｃ ） ｏ ｒ ａ ｏ ｉｎ ｒ ｌ ｉｅ ｓｔ ｊ ｙ（ ｔ ｒｌＳ ｉｎ ｅ
学 ” 即因运 而生 ． 因 的功 能 主 要通 过 其 编码 的蛋 白质 来 实 现 ， 白质 是 生 命 活 动 的 真 正执 也 基 蛋 行 者 ． 白质组 学 被认 为是 后 基 因组 研究 中 的最 主 要 部 分 ， 蛋 与基 因组 相 比 ， 白质组 的组 成更 蛋 为复杂 ， 功能 更 为 活跃 ， 更直 接 切 近 生命 活 动 的本 质 ， 研究 的应 用前 景 也更 广 泛 和直 接． 其 １ １ 蛋 白质 组 的 组成 远 比基 因组 庞 大 和复 杂 分 子 生 物 学发 展 初期 的 一个 知 名 的信 条是 “ ． 一 个 基 因一 个 蛋 白质 ” 但 后 来 已证 实这 是 不确 的 ， 个 基 因 可 以生 产 出多 于 １个 蛋 白质 ． 是较 ． １ 越
分 类号 Ｑ ｌ ５ ；Ｑ ｌ ５６
ｌ 蛋 白质 组 是 基 因 组 研 究 逻 辑 性 的 发 展
人类 基 因组 研 究 的 兴起 标 志 着 生命 科 学 进入 一 个从 总体 、 合 角 度 理 解 生 命 活 动 分 子 基 综 础 的 新 阶段 ． ０ １ ２月 参 与人 类 基 因组 计 划 的各 国科学 家 宣 布 人 类 基 因组 图谱 基 本绘 制 完 ２０ 年 成 ， 对 其 调节 及 功 能等 仍 远 未解 读 ． 赋 予研 究 其 表 达 调 节 及 其 产 物 功 能 任 务 的“ 基 因组 但 被 后
２０ ０ ２年
８月
第 ３ ８卷 第 ４期
北 京师 范大学学报 （ 自然 科 学 版 ） Ｊ ｕ ｎ ｌ ｆＢｅ ｉｇ Ｎｏ ｍａ Ｕｎｖ ｒ ｉ Ｎａ ｕ ａ ｃｅ ｃ ） ｏ ｒ ａ ｏ ｉｎ ｒ ｌ ｉｅ ｓｔ ｊ ｙ（ ｔ ｒｌＳ ｉｎ ｅ
学 ” 即因运 而生 ． 因 的功 能 主 要通 过 其 编码 的蛋 白质 来 实 现 ， 白质 是 生 命 活 动 的 真 正执 也 基 蛋 行 者 ． 白质组 学 被认 为是 后 基 因组 研究 中 的最 主 要 部 分 ， 蛋 与基 因组 相 比 ， 白质组 的组 成更 蛋 为复杂 ， 功能 更 为 活跃 ， 更直 接 切 近 生命 活 动 的本 质 ， 研究 的应 用前 景 也更 广 泛 和直 接． 其 １ １ 蛋 白质 组 的 组成 远 比基 因组 庞 大 和复 杂 分 子 生 物 学发 展 初期 的 一个 知 名 的信 条是 “ ． 一 个 基 因一 个 蛋 白质 ” 但 后 来 已证 实这 是 不确 的 ， 个 基 因 可 以生 产 出多 于 １个 蛋 白质 ． 是较 ． １ 越
分 类号 Ｑ ｌ ５ ；Ｑ ｌ ５６
ｌ 蛋 白质 组 是 基 因 组 研 究 逻 辑 性 的 发 展
人类 基 因组 研 究 的 兴起 标 志 着 生命 科 学 进入 一 个从 总体 、 合 角 度 理 解 生 命 活 动 分 子 基 综 础 的 新 阶段 ． ０ １ ２月 参 与人 类 基 因组 计 划 的各 国科学 家 宣 布 人 类 基 因组 图谱 基 本绘 制 完 ２０ 年 成 ， 对 其 调节 及 功 能等 仍 远 未解 读 ． 赋 予研 究 其 表 达 调 节 及 其 产 物 功 能 任 务 的“ 基 因组 但 被 后
第9章 药物蛋白质组学
20世纪中期以来, 随着DNA 双螺旋结构的提出和 蛋白质空间结构的X射线解析, 开始了分子生物学 时代。 20 世纪90年代初期, 美国生物学家提出并实施了 人类基因组计划( human genome project, HGP), 预计在15年内投入30亿美元, 希望在分子水平上 破译人类所有的遗传信息. 2003年4月14日,美国人类基因组研究项目首席科 学家Collins F 博士在华盛顿隆重宣布: 人类基 因组序列图绘制成功。
生命现象的主要体现者是蛋白质, 而蛋白质有其自身的特定活动规律,仅仅从 基因的角度来研究是远远不够的, 必须研究由基因转录和翻译出蛋白质的过 程,才能真正揭示生命现象的本质和规律。
后基因组时代
在后基因组时代, 研究的重心已从揭示生命 的所有遗传信息转移到在整体水平上对生物 功能的研究。
转向的第一个标志——产生了功能基因组学 的新学科。 另一个标志——产生了一门在整体水平上研 究细胞内全部蛋白质组成及其活动规律的新 兴学科—蛋白质组学。
二、蛋白质学的分类
1、表达蛋白质组学
是研究差异样品间蛋白质表达量的变化
。
2、结构蛋白质组学
又称细胞图谱蛋白质组学，
针对某一特定细胞器中全部蛋白质或蛋白 质复合体的结构进行分析，确定它们在细 胞质中的定位，了解蛋白质之间的相互关 系。
3、功能蛋白质组学
对蛋白质间、蛋白质与DNA/RNA 间 的相互作用及蛋白质翻译后修饰的研 究。
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第二节 药物蛋白质组学及应用
一、概述
二、药物蛋白质学应用
三、蛋白质组学在药物不良反应研究中的应用 四、蛋白质组学在中药研究中的应用 五、蛋白质组学研究的展望
蛋白质组学在植物生理学中的应用与研究
了具 有实 用价值 的全 新方法 。
２ ２ １ 干旱胁 迫 的蛋 白质组学研 究 ．．
信号转导通路 以及其 中的单个信号分子研究策 略
的局 限性 ，能够 在一 次 实 验 中系 统 地研 究 多条 信
ｓｌ ｄｈ ］ 究 两个 水 稻 品种 （ Ｉ ￣ｓ ｉ 号 转导通 路 中 的蛋 白质 一 蛋 白质 间 的相 互 作 用 、 ａ ｋｅ［ 研 ｅ 加 Ｏｒ ａｖ ｚ ｔａ
通过 比较光 照和 暗室条 件下 的水 稻 中蛋 白质差 异 ， 鉴 定 了与光合 作 用 有 关 的蛋 白质 ，有 助 于 了解 光 合 作用 的机理 【 。
２ ２ 蛋 白质组 学在 植物 抗逆性 研 究 中的应 用 ．
的所有蛋 白质 为研究对 象，从细胞水平及整体水 平上研究蛋白质的组成及其变化规律 ，从而深入 认识有机体 的各种生理和病理［ ４ ３］ － 。它研究的是
基 因组 表达 的所 有 蛋 白质 的存 在 及其 相 互 作 用方 式 ；与传统 蛋 白质 研 究 比较 ，蛋 白质 组 研究 体现 了全面性 、整 体性 、高通 量 、大 规 模 的特 点 。蛋
白质 组 的研究对 于 已完 成基 因组 计 划 理论 预 测 的
蛋 白质 组 进行 实证 分 析 具 有 无法 替代 的作用 ，更 重要 的是蛋 白质 组 分 析 无 须依 赖 基 因组研 究 ，利 用 蛋 白质 研究 有 望从 蛋 白质 的 表 达规 律 中找 到序
研 究相互 完善 和补 充 ，而 其 表达 图谱 比基 因组 表 达 图谱更 能真 实地 反映 生物体 的功 能机 制［ 。
蛋白质组学将促使植 物的生长发育、信息传
１ 蛋 白质组 学的概念和意义
蛋 白质组 学 （ｒｅｍｃ）是 指 以基 因组 编 码 ｐｏ ｏ ｉ ｔ ｓ