从头计算分子动力学

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实验二:分子与表面的对接优化及分子动力学模拟-副本

实验二:分子与表面的对接优化及分子动力学模拟-副本

介绍我的手机作文介绍我的手机作文(精选26篇)在日常学习、工作和生活中,大家总少不了接触作文吧,写作文可以锻炼我们的独处习惯,让自己的心静下来,思考自己未来的方向。

怎么写作文才能避免踩雷呢?下面是小编为大家收集的介绍我的手机作文(精选26篇),希望能够帮助到大家。

介绍我的手机作文篇1“好漂亮的手机哦!在哪里买的?”我的一伙同学正在参观我的新手机呢!五分钟后拜拜,我们下次还来哦!呼终于把她们打发走了。

现在就给你介绍一下我的新手机吧!它的外壳是玫瑰红的,外圈有一层白色,手机的功能一应俱全,壁纸是我的一张照片,是在去年儿童节的时候拍的。

按左键菜单就出来了,中间是写信息,信息分两大类:一种是短信,另外一种是彩信,我的手机发短信非常容易的,因为是触摸屏嘛!直接用手写就行了。

有时候我奶奶要给我叔叔发短信我的手机可派到用处了。

短信的东北方是娱乐和游戏,里面的游戏太多了我都玩不过来了,里面有:雷霆战机、丛林冒险、合金弹头、QQ跑车、梦幻麻将、天空合金、中国象棋、君临天下、三国麻将,俄罗斯方块、终结者、宇宙骑士,全部在里面了。

多不多呀?新手机还有音乐播放器,音乐播放器里面的歌曲有:爱情买卖、花蝴蝶、舞娘、日不落、七上八下、美人计﹑波斯猫都是我下载的哇!里面连电子书都有呀!短信的左边是影音天地,里面的菜单有:相机、视频播放器、录音、调频广播、相册,相册里面有好多相片,里面有去汝水公园的相片,去王安石纪念馆的相片,还有一些是我从书上拍下来的,看完了相片来看一部电影吧!电影有:猫和老鼠与福尔摩斯﹑百变小樱停电的时候我就把手机当电视看。

电话簿上记载着我的亲戚和同学们的电话。

有了手机我不会因为没有人叫我起床而迟到,我叫妈妈说一句早上叫我起床的话录下来,设为闹钟铃声。

了早上,它就像妈妈在我身边叫我一样,叫我起床。

多亲切啊!现在我和我的手机已经成为了一对形影不离的好朋友。

介绍我的手机作文篇2我有一部手机,那是我妈妈在我过生日的时候为我买的,这是我最喜欢,也是最珍贵的东西。

VASP基于第一性原理分子动力学计算的软件包简介

VASP基于第一性原理分子动力学计算的软件包简介

VASP基于第一性原理分子动力学计算的软件包简介VASP是使用赝势和平面波基组,进行第一性原理分子动力学计算的软件包。

VASP中的方法基于有限温度下的局域密度近似(用自由能作为变量)以及对每一MD步骤用有效矩阵对角方案和有效Pulay混合求解瞬时电子基态。

这些技术可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切问题,而后者是基于电子、离子运动方程同时积分的方法。

离子和电子的相互作用超缓Vanderbilt赝势(US-PP)或投影扩充波(PAW)方法描述。

两种技术都可以相当程度地减少过渡金属或第一行元素的每个原子所必需的平面波数量。

力与张量可以用VASP很容易地计算,用于把原子衰减到其瞬时基态中。

主要功能Ⅰ从理论角度分析:(1). 采用周期性边界条件(或超原胞模型)处理原子、分子、团簇、纳米线(或管)、薄膜、晶体、准晶和无定性材料,以及表面体系和固体;(2). 计算材料的结构参数(键长,键角,晶格常数,原子位置等)和构型;(3). 计算材料的状态方程和力学性质(体弹性模量和弹性常数);(4). 计算材料的电子结构(能级、电荷密度分布、能带、电子态密度和ELF);(5). 计算材料的光学性质;(6). 计算材料的磁学性质;(7). 计算材料的晶格动力学性质(声子谱等);(8). 表面体系的模拟(重构、表面态和STM模拟);(9). 从头分子动力学模拟;(10). 计算材料的激发态(GW准粒子修正)等等。

Ⅱ从应用角度分析:VASP原子和分子的基态性质计算、晶体结构参数的优化、晶体的电子结构计算、晶体的磁学性质计算、分子动力学模拟。

特别是研究材料的磁学性能、固体表面性质方面有独到的功能。

应用举例:例1,高压下氢吸附在Mg中,可能形成的不同结构的状态方程。

本工作发表在 Phys. Rev. Lett., 89 (17), 2002. 杂志上。

Calculated unit-cell volume vs total-energy relations for MgH2 in actual and possible structural arrangements as obtained from VASP.例2,经过研究发现新的吸附方式本工作发表在Phys. Rev. B 67 235403 (2003)杂志上。

材料模拟计算软件VASP

材料模拟计算软件VASP
程序的主要功能如下: 以平面波为基础的自洽赝势积分; 超软赝势; 实现全电子投影增强波(PAW)方法,覆盖 了周期表中的所有元素; 局 域 密 度 近 似 ( L D A ) 和 广 义 梯 度 近 似 (GGA); 自旋限制和自旋极化; 半相对论性和完全自旋轨道相对论性; 非共线磁力; 关联体系的LDA (GGA)+U计算; 块状体系、表面、界面和分子(超单元结 构); 总能量,力场和完全的压力张量; 格参数和原子位置的同时松弛; 从头计算性的分子动力学; 产生Monkhorst-Pack特殊K点; 在K空间中和拖尾效应(smearing)或四面 体方法(具有Blöchl校正)结合;
1. 背景介绍
VASP(Vienna Ab-initio Simulation Package )是使用 赝势和平面波基组,进行从头量子力学分子动力学 计算的软件包。直接购买的费用大约4万人民币。
VASP的原型是Mike Payne在MIT开发的程序包。 这个程序包产生了两个分支,一个是VASP,一个 是CASTEP。当VASP开始发展的时候,CASTEP这个 名字还没有产生。1989年,Juergen Hafner把VASP的 原型代码从剑桥带回了维也纳,但VASP的真正开 发是在1991年开始的。这个时候,CASTEP实际上 已经进一步发展了很多,但是VASP是基于1989年版 的CASTEP开发的,这个版本的CASTEP只支持局域 赝势和Car-Parrinello型的急速下降算法。1995年, VASP的名字被确定下来,并且成为一个稳定而通用 的从头计算工具。1996年,VASP的FORTRAN 90语 言版本出现,并且开始进行MPI并行化。但是,开 始进行并行化工作的人,J.M. Holender,“抄袭”了 CASTEP的通讯内核,从而引起了CASTEP和VASP的 纠纷。1997年1月,VASP的并行化在英国完成。 1998年,VASP的通讯内核被完全重写,以去除 CASTEP的部分,这导致了VASP对T3D/T3E通讯不再 特别有效率。1999年,投影增强波(PAW)方法被 采用。目前,维也纳大学(University of Vienna)Prof. Dr. Juergen Hafner 和 Prof. Dipl.Ing. Dr. Georg Kresse 研 究组以及德国的Friedrich-Schiller-University的Jürgen Furthmüller研究组共同开发并发展VASP。它是用赝 势平面波方法进行分子动力学模拟的软件包。与同 类的软件相比,它比较早的实现了超软赝势,计算 量相对于一般的模守恒赝势方法大为减少。VASP加 入了对PAW方法的支持,这使得VASP的应用更为广 泛。

vmd分子动力学模拟均方根位移_解释说明以及概述

vmd分子动力学模拟均方根位移_解释说明以及概述

vmd分子动力学模拟均方根位移解释说明以及概述1. 引言1.1 概述本篇文章旨在探讨VMD分子动力学模拟中的均方根位移(root mean square displacement, RMSD)以及其解释说明和应用概述。

VMD(Visual Molecular Dynamics)是一种常用的分子可视化和模拟软件,广泛应用于生物化学、材料科学等领域。

RMSD作为一项重要的计算指标,可以帮助研究人员了解分子系统的运动特征和结构变化情况,对于蛋白质研究以及材料性能预测具有重要意义。

1.2 文章结构本文将按照以下结构展开介绍:引言部分首先从全局上对文章内容进行概述;接着会详细介绍VMD分子动力学模拟和均方根位移的定义与作用,并阐述在VMD中计算均方根位移的方法与原理;随后我们将介绍实验设计与结果分析部分,包括模拟系统的介绍、数据收集与处理方法以及结果分析和讨论;接下来我们会探讨均方根位移在蛋白质研究中的应用以及其对材料性能预测的意义;最后,我们将讨论关于VMD模拟技术发展和改进的前景,并总结本文的主要结论以及可能进行的进一步研究和应用展望。

1.3 目的本文旨在通过对VMD分子动力学模拟均方根位移的解释说明和概述,提供读者对于该领域知识的全面了解。

同时,通过实验设计和结果分析部分,展示均方根位移在蛋白质研究和材料性能预测中的应用意义。

最后,我们也将探讨发展和改进VMD模拟技术的前景,并指出可能进行的进一步研究和应用方向。

通过阅读本文,读者将能够更好地理解VMD分子动力学模拟中均方根位移的概念、计算方法以及其在科学研究中的重要意义。

2. VMD分子动力学模拟均方根位移的解释说明:2.1 VMD分子动力学模拟概述VMD(Visual Molecular Dynamics)是一种用于可视化和分析生物分子系统的软件工具。

它通过从头开始构建分子模型或者导入现有的结构文件,使用经典力学原理进行分子动力学模拟,以模拟和研究分子在特定条件下的运动行为。

合金材料的力学性能研究分子动力学模拟与实验验证

合金材料的力学性能研究分子动力学模拟与实验验证

合金材料的力学性能研究分子动力学模拟与实验验证引言:合金材料在现代工程领域发挥着至关重要的作用,其力学性能研究对于改善合金材料的设计和应用至关重要。

分子动力学模拟作为一种有效的研究手段,能够深入了解合金材料的力学性能,为实验验证提供重要的参考。

本文将讨论如何通过分子动力学模拟研究合金材料的力学性能,并结合实验验证来进一步验证分子动力学模拟的准确性及可靠性。

第一部分:分子动力学模拟的基本原理与方法分子动力学模拟基于牛顿力学,通过模拟原子或分子之间的相互作用来研究材料的力学性能。

其基本原理是在一定温度和压力条件下,通过求解牛顿方程来模拟原子或分子运动的轨迹和相互作用。

首先,需要建立合金材料的原子模型。

这可以通过实验技术如透射电子显微镜(TEM)进行观察,或者通过从头计算方法获取原子坐标、能量和力的信息。

然后,需要确定模拟系统的边界条件,如周期边界条件或固定边界条件。

接下来,我们需要选择合适的分子动力学模拟软件,如LAMMPS、GROMACS等。

在模拟过程中,需要设定模拟系统的初始状态,并模拟温度、压力以及外加的力场等因素。

模拟过程中,根据模型的预测结果,可以计算出合金材料的力学性能参数,如弹性常数、屈服强度、断裂韧性等。

通过大量重复的模拟计算,可以获得统计意义上的结果,并进一步分析和解释合金材料的力学性能。

第二部分:分子动力学模拟在合金材料力学性能研究中的应用1. 弹性性能研究分子动力学模拟可以计算合金材料的弹性常数,包括杨氏模量和剪切模量。

通过模拟不同温度和压力条件下的合金材料,可以研究其弹性性能的温度和压力依赖性,进一步预测合金材料在不同环境下的力学性能。

2. 屈服强度研究模拟过程中,可以施加外加的应力或应变来研究合金材料的屈服行为。

通过模拟不同应力和变形速率条件下的合金材料,可以计算出屈服强度,并预测合金材料的变形行为和塑性形变机制。

3. 断裂行为研究分子动力学模拟可以模拟合金材料的断裂行为,如断裂韧性、断裂强度等。

氧气在PDMS中扩散的分子动力学模拟

氧气在PDMS中扩散的分子动力学模拟

氧气在PDMS中扩散的分子动力学模拟聚合物材料作为膜等在很多重要的工业过程中都有应用,如气体分离、燃料电池等,因此对于小分子在聚合物中的扩散、吸附、渗透等的研究就具有重要的意义。

聚二甲基硅氧烷(polydimethylsiloxane ,简称PDM)S 是一种重要的有机硅材料,该聚合物中硅代替了一般有机物中的碳,Si-O 键较长,Si-O-Si 键角较大,Si-O 键是具有50%离子键特征的共价键,决定了PDMSft 备了无机材料与有机材料的性能,具有表面张力低,气体渗透性高,压缩性高等性质。

1. 模拟细节选择聚二甲基硅氧烷作为研究对象,采用Material Studio 软件包中Visualizer 和AmorphousCell 模块建模。

由于全原子模型相比于粗粒化模型更接近实验值,因此选用全原子模型,通过计算体系中每一个原子之间的相互作用来获得其动力学性质。

利用Build Polymer 命令来构建不同聚合度(20〜80之间)的PDMS 然后调用Discover模块中Minimizer功能对PDMSS行优化,使聚合物分子间势能和非键相互作用能由原来的-3349.4kJ/mol 、-1.675 X 10-4kJ/mol 降为-2.512 X 10-4kJ/mol、-3.182 X 10-4kJ/mol。

然后调用Amorphous模块的Construstion 功能来构造一个立方形周期性晶胞,里面含有PDM舔口氧气分子,初始密度设为0.97g/cc ,温度选定为298.15K ,在不影响计算精度的前提下,为了减少模拟时间,原子数控制在1000 以内,立方体晶胞的边长选为25.09A,然后对该立方形晶胞优化,获得更加接近实验报道的分子结构,使其分子间势能和非键相互作用能分别由-8.039 x 10-4kJ/mol、-9.630 x 10-4kJ/mol 降为1.248 x 10-5kJ/mol、1.340 x 10-5kJ/mol,得到了能量最低化的晶胞。

分子动力学模拟及其在材料中的研究进展汇总

《材料计算设计基础》学号:流水号:姓名:完成日期:分子动力学模拟及其在材料中的研究进展摘要:本文综述了分子动力学模拟技术的发展,介绍了分子动力学的分类、运动方程的求解、初始条件和边界条件的选取、平衡系综及其控制、感兴趣量的提取以及分子动力学模拟在材料中的研究进展。

关键词:分子动力学模拟平衡态系综金属材料感兴趣量径向分布函数引言科学工作者在长期的科学研究实践中发现,当实验研究方法不能满足研究工作的需求时,用计算机模拟却可以提供实验上尚无法获得或很难获得的重要信息;尽管计算机模拟不能完全取代实验,但可以用来指导实验,并验证某些理论假设,从而促进理论和实验的发展。

特别是在材料形成过程中许多与原子有关的微观细节,在实验中基本上是无法获得的,而在计算机模拟中即可以方便地得到。

这种优点使分子动力学模拟在金属材料研究中显得非常有吸引力。

分子动力学MD (Molecular Dynamics)模拟就是用计算机方法来表示统计力学,作为实验的一个辅助手段。

MD模拟就是对于原子核和电子所构成的多体系统,求解运动方程(如牛顿方程、哈密顿方程或拉格朗日方程),其中每一个原子核被视为在全部其它原子核和电子作用下运动,通过分析系统中各粒子的受力情况,用经典或量子的方法求解系统中各粒子在某时刻的位置和速度,以确定粒子的运动状态,进而计算系统的结构和性质。

该模拟技术主要涉及粒子运动的动力学问题,与蒙特卡罗模拟方法(简称MC)相比,分子动力学是一种“确定性方法”,它所计算的是时间平均,而MC进行的是系综平均。

然而按照统计力学各态历经假设,时间平均等价于系综平均。

因此,两种方法严格的比较计算能给出几乎相同的结果。

经典的分子动力学方法是Alder等于1957年提出并首先在“硬球”液体模型下应用,发现了由Kirkwood在1939年根据统计力学预言的“刚性球组成的集合系统会发生有液相到结晶相的转变”。

后来人们称这种相变为Alder相变。

分子动力学与原子多体势解析

分⼦动⼒学与原⼦多体势解析⼀.分⼦动⼒学简介随着纳⽶科技的到来,许多新的学科产⽣了,例如纳⽶电⼦学、纳⽶⽣物学、纳⽶材料学、纳⽶机械学等。

⼈们的注意⼒逐渐从宏观物体转向⼩尺度及相应的器件,其中微机械系统(mieromachine)或称微型机电系统(mieroe⼀eetro⼀meeh耐ealsystem,MEMs)尤其取得了成功,并正被拓展应⽤于各种⼯业过程。

由图1可知,分⼦动⼒学正是处于nm尺度下的研究⽅法。

图1.不同模拟⽅法所对应的空间和时间尺度1957年Alder和Wainwright[1]开创了分⼦动⼒学(Moleeularnynamies,MD)⽅法,之后经过多位科学家的努⼒,拓展了分⼦动⼒学⽅法的理论、技术及应⽤领域,尤其是在20世纪80年代由Andersen等[2]先后完成的恒温、定压分⼦动⼒学⽅法,标志着分⼦动⼒学⽅法的科研应⽤进⼊了⼀个新阶段。

分⼦动⼒学⽅法是研究纳⽶尺度物理现象的重要⼿段。

随着越来越多的材料原⼦间作⽤势函数被精确描述并经过实验验证、计算机硬件⽔平的快速更新以及⾼效率新算法的提出,分⼦动⼒学模拟被⼴泛应⽤于纳⽶尺度⼒学⾏为和纳⽶材料⼒学性能的研究。

在纳⽶尺度下,材料由离散的原⼦排列⽽成,由于⽐表⾯积⼤、表⾯效应明显,材料的⼒学性能和⼒学⾏为将与宏观材料迥异。

基于连续性假设的宏观连续介质理论在研究材料的损伤演化、失效过程时,往往在时间和空间上将原⼦尺度的缺陷进⾏平均化处理,但这种处理仅适⽤于⼤量缺陷分布在材料中计算区域的情形,⽽对许多细微观材料和⼒学实验观测到的现象都⽆法解释,如疲劳与蠕变过程中的位错模式、塑性变形的不均匀性、脆性断裂的统计本质、尺⼨效应等。

因此,连续介质理论显然难以准确求解纳⽶尺度的⼒学问题。

同时,如果直接从第⼀原理出发进⾏计算,除了类氢原⼦以外其他材料的薛定愕⽅程求解难度都太⼤,⽽且局域密度泛函近似理论并不是总能满⾜实际问题的需要。

另⼀⽅⾯,材料本⾝在空间、时间和能量等⽅⾯存在藕合和脱祸现象[3,4],直接从头开始的量⼦⼒学计算难以很好地应⽤到⼏百个原⼦以下的计算规模中,⽆法达到⼀般纳⽶材料和器件的模拟要求。

分子动力学作业讲解

分子动力学(MD) 1 分子动力学(MD)基础1.1 MD分类1.2 MD简介1.3 MD适用范围2 分子动力学运动方程数值求解2.1 基础知识2.1.1 运动方程2.1.2 空间描述2.1.3 最小作用量原理2.1.4 拉格朗日(Lagrange)方程2.1.5 哈密顿(Hamilton)方程2.2 粒子运动方程的数值解法2.2.1 Verlet算法2.2.2 欧拉(Euler)预测—矫正公式2.2.3 Gear预测—矫正方法3 分子动力学原胞与边界条件3.1 分子动力学原胞3.2 边界条件3.2.1 自由表面边界3.2.2 固定边界3.2.3 柔性边界3.2.4 周期性边界4 势函数与分子力场4.1 势函数4.1.1 两体势4.1.2 多体势4.2 分子力场4.2.1 分子力场函数的构成4.2.2 常用力场函数和分类5 分子动力学模拟的基本步骤5.1 设定模拟所采用的模型5.2 给定初始条件5.3 趋于平衡计算5.4 宏观物理量的计算6 平衡态分子动力学模拟6.1 系综6.2 微正则系综的分子动力学模拟6.3 正则系综的分子动力学模拟一个是有限观测时间的限制;另一个是有限系统大小的限制。

通常人们感兴趣的是体系在热力学极限下(即粒子数目趋于无穷时)的性质。

但是计算机模拟允许的体系大小要比热力学极限小得多,因此可能会出现有限尺寸效应。

为了减小有限尺寸效应,人们往往引入周期性、全反射、漫反射等边界条件。

当然边界条件的引入显然会影响体系的某些性质。

2 分子动力学运动方程数值求解2.1 基础知识2.1.1 运动方程系统的动力学机制决定运动方程的形式。

在分子动力学方法处理过程中,方程组的建立是通过对物理体系的微观数学描述给出的。

在这个微观的物理体系中,每个分子都各自服从经典的牛顿力学。

每个分子运动的内禀动力学是用理论力学上的哈密顿量或者拉格朗日量来描述,也可以直接用牛顿运动方程来描述。

采用分子动力学方法时,必须对一组分子运动微分方程做数值求解。

分子模拟 (MS)


2fs,常规分子1fs,对水分子0.1-0.2fs
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MD模拟常用的系综(ensemble)
系综是指在一定的宏观条件下,大量性质和结构完 全相同的、处于各种运动状态的、各自独立的系统的 集合。全称为统计系综。
可以通过以下简单的譬喻来理解吉布斯的“系综原理”
骰子有6个面,分别刻着点数1、2、3、4、5和6。6个 面上点数的平均值,可以用算术(1+2+3+4+5+6)/6=3.5。 如果用“实验”方法,可以将一颗骰子掷很多次,比 如1000次(作1000次测量),将向上一面的点数的总 和除以1000,就求得每个面点数的平均值。掷的次数 20 越多,结果就越趋近于真实值3.5。
11
能量最小化 (Energy minimization)
分子力学重要的应用之一是根据适合的力场计算分
子各种可能构象的势能。势能愈低,构象愈稳定,在 系统中出现的几率愈大。
寻找势能最低点(最稳定的构象)
的过程称为能量最小化 (Energy Minimization, MM)。
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一般势能面上有许多最小点, 其中只有一个或几个能量最低, 称全局最小点(global e.m.),其 它均为局部最小点(local e.m.)。
系综是用统计方法描述热力学系统的统计规律性时 引入的一个基本概念。系综并不是实际的物体,构 成系综的系统才是实际物体。 在进行MD模拟之前必须确定选取何种系综。
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正则系综(NVT) :系统的原子数N、体积V和温度 T保持不变,并且总动量为零(P=0) 。将等能系统放在 一恒温的大热源中,系统与大热源之间可以交换能量, 此时系统的能量可能有涨落,但温度保持恒定。
CHARMM力场则将氢键包含在范德华相互作用和静电 相互作用中。
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7一 第18卷第1期 物理学进展c P方 窘

v。¨。 

从头计算分子动力学 赵宇军姜明曹培林 ,_—一,—一 (杭州浙江大学物理幕310027) 

提 要 Car、Parrinello首次提出的从头计算分子动力学方法有机地结合了密度逆函理论和分子 动力学技术.是目前计算机模拟实验中最先进最重要的方法之一。车文简要地阚述了从头计 算分子动力学方法的原理和具体实现,i:上及近年来这一方法的发展和重要应用。 

引 言 分子动力学计算机模拟是研究复杂的凝聚态系统的有力工具0 。这一技术既能得到 原子的运动轨迹,还能象做实验一样作各种观察。对于平衡系统,可以在一个分子动力学 观察时间(observation time)内作时间平均来计算一个物理量的统计平均值,对于一个非 平衡系统过程,只要发生在一个分子动力学观察时间内(一般为1~lops)的物理现象也 可以用分子动力学计算进行直接模拟。可见数值实验是对理论和实验的有力补充,特别是 许多与原子有关的微观细节,在实际实验中无法获得,而在计算机模拟中可以方便地得 到。这种优点使分子动力学在材料科学中显得非常有吸引力。因为许多人们感兴趣的领 域,如晶格生长、外延生长(epitaxy)、离子移檀、缺陷运动、无定型结构(amorphous¥ ̄rgtc. ture)、表面与界面的重梅等同题,原则上都可以进行计算机模拟研究。 分子动力学假定原子的运动是由牛顿运动方程决定的.这意睐着原子的运动是与特 定的轨道联系在一起的。当核运动的量子效应可以忽略,以及绝热近似严格成立时,分子 动力学的这一假定是可行的。绝热近似也就是要求在分子动力学过程中,每一时刻电子均 要处在相应原子结构的基态。大多数情形下,这一条件都是满足的。要进行分子动力学模 拟需要知道原子问正确的相互作用势,从而必须知道相应的电子基态。电子基态的计算是 个非常困难的量子多体问题。好在密度泛函的引入使这方面的计算有了很大的简化,意 味着我们可以把这一多体问题转化为一组自洽的单粒子轨道方程0 ] 对交换相关势采用 局域密度近似。这组方程就实际可解了“ ]。这是目前凝聚态物理电子结构计算中蕾追采 用的方法。对于非强相关系统,局域密度泛函非常有效。在局域密度泛函基础上的第一原 理性计算,在研究原子、分子、和晶体的结构中取得了巨大的成功 ]。然而由于计算上的复 杂性,基于局域密度泛函的第一性原理计算长期以来认为是不可能直接用于统计力学模 拟,因为上百个原子的模拟就需要对10‘一lO 种原子梅型作电子结构计算。因此,在分子动 力学模拟中一般只能采用经验势来代替原子问实际作用势。一般就用Lennard-Jonts势 

竞, 物理学进展 18卷 之类的二体作用势来替代 这种替代可能对隋性气体之类的系统进行模拟有效,但许多实 际材料科学中感兴趣的问题都是多体效应的结果,不可能光用二体势代替能解决的。尽管 人们对金属和共价系统的模型势作了许多尝试 一,并取得了一些成果,但一般一种模型 势只能适用于一种原子,不能满足实际模拟的需要。 另外经验势近似有一个本身的局限性,它丢失了局域电子结构之间存在着的强相关 作用信息,也就是说,不能得到成键性质(bonding properties).以及原子动力学过程中的 电子性质。尽管在某些特殊情况下,电子性质也能通过经验势近似来得到,例如用经验势 的分子动力学来计算原子结构时,选取某几种原子构型来作电子结构计算 ],这样不仅耗 时,而且原子动力学和电子结构计算成了相互独立的过程。 1 985年,Car和Parrinello在传统的分子动力学中引入了电子的虚拟动力学,把电子 和核的自由度作统一的考虑,首次把密度泛函理论与分子动力学有机地结合起来,提出了 从头计算分子动力学方法(tg称CP方法)0],使基于局域密度泛函理论的第一原理计算 直接用于统计力学模拟成为可能,极大地扩展了计算机模拟实验的广度和深度 近年来, 这一方法已成为计算机模拟实验的最先进和最重要的方法之一,每年有几百篇(上百篇) 有关从头计算分子动力学方法的文章被SCI收录。本文主要目的就是想对这一方法及其 发展和应用作一简要介绍,以引起国内计算物理界的重视。 本文的其他部分大致安排如下:第二部分简要阐述一下密度泛函理论和局域近似,以 及原子间相互作用势的第一原理计算;第三部分大致介绍Car和Parrinello提出的从头 计算分子动力学方法的基本原理;第四部分讨论一下基矢和赝势的问题,主要介绍D.R. Hamann等提出的范数不变赝势(norm conserving pseudopotentia1) “ ;以及基于范数不 变赝势的CP方法的具体实现;由于范数不变赝势在第一行元素和过渡金属元素的应用 中碰到许多困难,近年来人们对赝势作了很多改进,所以在第五部分就介绍一下超软赝势 (Ultrasoft psuedopotentia1) ,基于超软赝势的CP方法的具体实现,以及近年来CP方 法在技术上的一些其他改进;最后在第六部分就CP方法的一些重要应用作些介绍。 

2.1条件与假设 二、离子势的第一原理计算 

本文中从第一原理推导离子间相互作用力主要基于两个假定。首先认为离子可以看 作经典粒子来处理,其次假定系统满足Born·Oppenheimer(BO)绝热近似,即电子的量子 行为与离子的经典行为具有相对的独立性。这就要求电子都处在单能态,特别地,要求电 子的基态是非简并的。对于半导体与绝缘体,由于基态与第一激发态之间存在着一个较宽 的能隙,这个能隙一般大于离子运动有关的能量,所以BO近似一般都能满足。对于金属, BO近似的有效性就显得有点微妙了_】3 。不过一般地,只要金属的等离激元的振动能量远 大于离子的热力学能量,我们也可以认为BO近似对金属适用 ]。 对于满足BO近似的系统,离子间相互作用势 ({R.})可以从第一原理导出: ({R ))一( 『H J ) (1) 1期 赵宇军等:从头计算分子动力学 其中H是相应离子坐标下的系统哈密顿量, 为相应的电子基态。为了在实际分子动力 学中应用(1)式,由于模拟中离子坐标R,不断变动,电子基态 的计算次数不会少于 10 。 由上面的讨论可以知道,要使(1)式在分子动力学模拟中实际可行,有两个最基本的 要求。首先要有一套处理系统的多体哈密顿营H的理论方法,使得电子基态能量的计算 在不同原子构型下有基本相同的精度,否则由于分子动力学模拟过程中原子坐标变动很 大,就会影响计算结果。另外还需要一种当代计算机能够忍受的具体可行的计算方法,而 不能在分子动力学过程中,对每一种原子构型的电子基态都需要从头计算。 从第二条,即计算机条件来考虑,就把许多第一原理方法给排除了。尽管它们在大量 的原子结构计算中取得了成功,但由于其计算营一般随着系统的电子数Ⅳ的增加按指数 增长(0(Ⅳ ),m≥4),即使是从头计算Hartree—Fock方法,计算营也是以O(N‘)增长,更 重要的是,这些方法对不同原子构型的电子基态都需重新迭代计算,而在MD模拟中,将 要计算lO 左右的原子构型的电子基态,因此这些第一原理方法直接用于分子动力学模 拟是不现实的。十年前Car、Parrinello提出的从头计算分子动力学方法 ,在实际的动力 学物理系统中引入了电子的虚拟动力学,基本上从方法上解决了这一问题,在介绍这一方 法之前,在这一部分先扼要地讲一下密度泛函理论和求解KS方程的一些方法。 

2.2密度泛函理论和局域近似 对一个多原子系统,当应用Born-Oppenheimer近似以后,同题化成了一个多电子系 统,即一个存在相互作用的非均匀电子气。1965年,Hohenberg和Kohn等人建立的密度 泛函理论 ,不但为单电子近似建立了坚实的理论基础,也为处理非均匀多电子体系的基 态性质提供了可行的办法。而在此基础上Kohn、sham导出的单电子轨道理论更清楚地 给出了单电子近似的理论基础Ⅲ。到目前.这一理论已被广泛应用,括晶体、表面、分子和 原子集团等方面的计算。 密度泛函理论有两个基本假定:(1)对于一个费米子系统,任何一个可观察萤(如H ) 在基态的期望值都是电子基态 的一个泛函: ( [ ]lH l [ ]>一F [ ] (2) 泛函F 是不依赖于外场的普适函数,也就是说,对于处在原子、分子、以及固体等不同环 境中的电子的密度泛函都是一样的。(2)电子系统的基态能量对应于能量泛函E (P)的极 小值,即 E。一mine Ep] (3) P 

其中E [P]=F [ -t"-IdrV(r)P(r),V(r)为电子系统所受的外场(如核对电子的作用 

势)Kohn—Sham单粒子轨道理论的中心假定是,对于任何一个相互作用的电子系统,存在 个电子基态密度与之相同的无相互作用粒子的等效系统(等效系统的啥密顿量为tH, r = + ,总能为E = +Idry )即 — ,这样 具有单一的表达式: 

J 

(r)一∑ 1 (r)1 , (4) 物理学进展 1B卷 单粒子正交轨道 可由下面的Shrodinger方程得到: 日 一l一÷ 0+ Ⅳl 一‘ (5) 本文中均采用了原子单位(c=m.一 一1),简单起见,电子占有数 在推导过程中认为是 相等的。这样外场 作用下的相互作用系统的能量泛函E可以写为; E [ ];丁,[Po]+rdr (r)po(r)+告fd—r r } +E [ ] (6) 

由(6)式可以看出,能量E被分成四个部分,非相互作用系统的动能、与外场的相互作用 能、经典电子一电子相互作用库仑能,以及包含量子效应的交换相关能。相应的有效势 为: V.1i=V㈤+』dr + ㈣ 

方程(4),(5),以及有效势表达式(7),就构成了KS方法。 遗憾的是,它还是形式上的东西.因为包含电子多体效应的交换相关部分E 的具体 表达式至今还不清楚。这样又不得不求助与某种近似,现在广泛应用的就是局域密度近 似,即把非均匀电子系统分割成一些小块,在这些小块中,认为电子气是均匀的,这样r处 的子块中的交换相关能密度 (r),只取决于该点的P(r),整个系统的交换相关能为。 r E =Idrp(r)e ̄Ep(r)] (8) 

至于交换相关势 的具体表达式不断有作者给出,目前用得比较广泛的是Cepeley 和Alder在八十年代用Monte C ̄rlo方法导出的解析表达式0 。从方法推导中的近似来 看,局域密度近似只局限于那些电子密度变化平缓的系统,但实际上,在一些不满足这个 局限条件的系统中局域密度近似也取得了较大的成功(如具有根强方向性的半导体)。总 之,局域密度泛函理论,自六十年代提出以来经过许多人的完善和发展,已广泛地应用于 各个领域的多原子体系电子结构计算。由于在此理论近似下单电子运动方程中的交换相 关势形式简单,使计算工作量大为减少,因此,现在大多数能带或原子集团模型中的计算 方法,都是在局域密度泛函理论近似的基础上建立起来的。 

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