利用TCGA数据集分析LncRNA LINC00319在肺腺癌中的表达及临床意义
利用TCGA数据库分析MED19基因在肝癌中的表达及临床意义
利用TCGA数据库分析MED19基因在肝癌中的表达及临床意义武燕洁;李譞媛;宣成昊;兰蓓【期刊名称】《天津医科大学学报》【年(卷),期】2022(28)4【摘要】目的:探讨MED19在肝癌患者中的表达及与预后的关系。
方法:基于TCGA数据库收集相关数据,挖掘MED19在肝癌组织和正常组织、不同临床特征和免疫分型中的表达差异。
比较MED19在免疫分型中的表达差异,并基于“ESTIMATE”算法分析其表达水平与肿瘤微环境的相关性。
通过Kaplan-Meier 法以及Cox回归分析MED19表达量对肝癌患者生存期的影响。
通过基因集富集分析(GSEA)并且筛选差异基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,探讨MED19的表达对其他基因集的影响。
利用Cellminer数据库数据分析MED19表达量与药物敏感性的关系。
结果:在肿瘤组织中MED19的表达增加(W=1422,P<0.001),且MED19表达量与临床分期(stageⅡvs.stage I:W=5828,P<0.01,stageⅢvs.stage I,W=5707,P<0.01)、病理分级(G3vs.G1:W=2656,P<0.05)和T分期(T2 vs.T1:W=6485,P<0.01,T3vs.T1:W=5758,P<0.01,T4 vs.T1:W=770,P<0.05)相关。
不同免疫亚型中MED19的表达存在差异,且MED19高表达引起基质得分减少(W=14363,P<0.01)。
MED19高表达使肝癌患者生存率下降(χ^(2)=11.7,P<0.01),且是患者生存的独立危险因素(HR=1.123,P<0.01)。
GSEA结果显示MDE19高表达组在癌症相关通路富集,此外MED19高表达组和低表达组差异基因的GO和KEGG分析表明,MED19高表达组中的上调表达基因也主要在细胞周期等相关通路富集。
lncRNA是如何搭上癌症的，看完这篇就懂了
lncRNA是如何搭上癌症的，看完这篇就懂了转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台lncRNA在癌症中的作用可谓不容小觑，包括表观遗传调控、DNA损伤和细胞周期调控、对microRNA的调控、参与信号转导通路和介导激素导致的癌症。
它们可以作为癌基因和抑癌基因的转录调控分子。
比如过表达的HOTAIR lncRNA与恶性乳腺癌、结肠癌、肝癌和胃肠道间质瘤有关。
而lncRNA TARID可以预防癌症形成，通过甲基化抑癌基因的表达。
长非编码RNA(lncRNAs)在癌症中的生物学功能,包括表观遗传调控、DNA损伤和细胞周期控制，对microRNA的调控，参与信号转导途径，介导激素导致的癌症等。
表观遗传调控表观遗传是指遗传表型和基因表达发生了可遗传的改变，而不涉及DNA 序列的变化，主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰和染色质重塑等修饰形式。
近年来研究表明，lncRNAs 通过表观遗传调控介导癌症发生中起到至关重要的作用。
lncRNAs 能够通过表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等多个层面调节基因的表达，从而参与癌症中细胞增殖、分化和凋亡等多种生物学过程。
在癌症发展过程中，lncRNAs 参与了多种表观遗传复合物的调节过程，从而抑制或激活基因的表达。
例如，lncRNAs可以与多梳蛋白复合体结合来调控癌症发生。
PRC1和2是已知的致癌基因，能够导致许多恶性肿瘤的发生。
FAL1 lncRNA 与PRC1的亚基BMI1结合。
在卵巢癌,FAL1被证明可以加快癌症的进展和缩短病人的生存时间。
FAL1与BMI1结合可阻止BMI1降解以稳定PRC1复合物，这可使PRC1占据和抑制p21等目标基因的启动子,导致细胞周期失调和增加肿瘤发生的机会。
除了PRC复合物,lncRNAs还与SWI/SNF染色质重塑复合物有关，SWI/SNF是一类重要的依赖ATP的染色质重塑复合物,能够改变核小体的高级折叠结构，干扰组蛋白与DNA结合，暴露启动子序列的结合位点，使转录因子能与特异性启动子序列结合，从而激活基因转录。
基于数据挖掘分析SPP1基因在肺腺癌中的表达及临床意义
基于数据挖掘分析SPP1基因在肺腺癌中的表达及临床意义刘恺丰（河南大学附属郑州颐和医院；河南郑州450047）目的：阐明SPP1基因在肺腺癌中的表达及临床意义。
方法：利用癌症基因组图谱（TCGA）数据库分析SPP1在 LUAD 组织中 mRNA水平的变化。
运用 GEPIA，UALCAN和 LinkedOmics数据库阐述 SPP1表达与LUAD临床病理学参数的相关性及对预后的影响。
结果：SPP1 的mRNA在LUAD中高表达，并且与SPP1年龄，性别，组织形态学，病理分级呈正相关。
结论：在LUAD中，SPP1高表达是一种重要的不良预后指标，可以作为预测患者转移发生、判断预后的有效生物标志物。
关键词：肺腺癌；SPP1；诊断；预后引言：肺癌(1ung cancer)的在所有肿瘤中发病率和死亡率均居于前位[1]，大量的研究显示肺癌在男性肿瘤死因中居首位，而它在女性肿瘤死因中占据第二的位置[2]。
而肺腺癌是肺癌中最常见的组织学亚型[3]。
但晚期肺癌的治疗手段有限，通常治疗效果不佳，如何提高肺癌患者的早期诊断率成为研究热点，所以研究出肺癌的新型生物标志物和新的治疗靶点则显得尤为重要[2]。
大量的研究表明SPP1在肿瘤的发生发展中发挥着比较重要的作用，它参与了肿瘤的进展、预后、转移复发[4]。
目前的研究表明SPP1在恶性胶质瘤、肝癌、膀胱癌以及宫颈癌等肿瘤中的基因表达水平与患者的肿瘤发生、发展、不良预后密切相关，该基因的高表达有可能作为这些肿瘤早期诊断或进展、侵袭转移的新的生物标志物[5]。
但关于SPP1在肺腺癌组织中的表达情况尚未见研究报道，本研究将利用数据提取平台挖掘TCGA数据库中的数据，来研究SPP1在LUAD中的发生、发展和临床意义，以期为寻找治疗LUAD的治疗靶点和药物开发提供新的方向和思路[4]。
1 资料与方法 1.1 利用GEPIA分析SPP1的基因表达水平 GEPIA包含来自TCGA和GTEx的肿瘤样本和正常样本的RNA测序表达数据，用于分析来自TCGA和GTEx项目的基因差异表达及与预后的相关性。
基于GEO_和TCGA_数据库对肺腺癌差异表达基因的生物信息学分析
第 49 卷第 6 期2023年 11 月吉林大学学报（医学版）Journal of Jilin University（Medicine Edition）Vol.49 No.6Nov.2023DOI：10.13481/j.1671‑587X.20230612基于GEO和TCGA数据库对肺腺癌差异表达基因的生物信息学分析叶汇, 孙哲, 周丽婷, 齐雯, 叶琳（吉林大学公共卫生学院劳动卫生与环境卫生教研室，吉林长春130021）［摘要］目的目的：采用生物信息学方法筛选影响肺腺癌（LUAD）的关键基因，分析其生物学功能及其对LUAD预后的影响。
方法方法：于高通量基因表达（GEO）数据库下载GSE118370和GSE136043芯片数据，癌症基因组图谱（TCGA）数据库筛选LUAD相关数据。
采用R软件分析共同表达的差异表达基因（DEGs）。
采用clusterProfile R包对DEGs进行基因本体（GO）功能富集分析，DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络。
采用Cytoscape筛选连接度排名前10位的关键基因，GEPIA数据库和人类蛋白质图谱（HPA）数据库分析正常肺组织和LUAD组织中关键基因mRNA和蛋白表达情况及不同分期LUAD组织中关键基因表达情况。
关键基因免疫浸润分析和生存分析获取关键基因表达与患者生存期的相关关系。
结果：共筛选DEGs 428个。
GO分析，LUAD的DEGs在主要富集于上皮-间质转化（EMT）等生物过程（BP）方面、细胞基部等细胞组分（CC）方面和细胞外基质（ECM）结构形成等分子功能（MF）方面。
KEGG分析，LUAD的DEGs主要富集于细胞因子受体相互作用通路等方面。
筛选DNA拓扑异构酶Ⅱα（TOP2A）、果蝇纺锤体异常基因（ASPM）、细胞周期蛋白B1（CCNB1）、人类细胞分裂周期相关基因8（CDCA8）、含杆状病毒IAP重复序列蛋白5（BIRC5）、苏氨酸激酶（AURKA）、驱动蛋白超家族成员20A（KIF20A）、中心体相关蛋白55（CEP55）、着丝粒蛋白F（CENPF）和微管组织因子（TPX2）为关键基因。
采用生物信息学方法筛选与肺腺癌患者预后相关的LncRNAs
摘 要：目的 采用生物信息学的方法探讨差异表达长链非编码RNA(lncRNAs)与肺腺癌患者预后的关
系&方法 从国际肿瘤数据库(TCGA)下载肺腺癌组织及癌旁组织的RNA测序数据和患者的临床信息，采用
R语言程序包筛选差异表达的lncRNAs。应用Kaplan-Meier生存曲线(Log-Rank检验)及Cox回归模型进行
Hospital of Northern War Zo ne , Shenyang, Liaoning 110003 , China) Abstract: Objective To evaluate the relationship between differential expression of lncRNAs and progno sis of patients with lung adenocarcinoma by bioinformatics. Methods The lncRNAs sequencing data in lung adenocarcinoma (LUAD)tissues and adjacent normal tissues,and related clinical information were downloaded from the Cancer Genome Atlas (TCGA) database. The R language packages were used to screen the differentialyexpresse;lncRNAs.TheKaplan-Meiercurve (Log-Ranktest)an;Coxregressionmo;elwerea;optfor prognosisanalysis.Resu&ts Atotalof168lncRNAswerei;entifie;inclu;ing128up-regulate;lncRNAsan; 40 ;own-regulate; lncRNAs. Univariate an; multivariate Cox regression analysis in;icate; that RP11490M8. 1(P = 0. 047) , RP11-132A1. 4(P = 0. 049) , DRAIC(P = 0. 023) , LINC00942(P = 0. 033) , TMPO-AS1 (P = 0. 006) ,Z83851. 4(P = 0. 032) and LINC01133(P = 0. 035) were independent prognostic factors in LUAD patients. Conclusion In this study, seven lncRNAs was screened as independent prognostic markers for lung adenocarcinomapatients whichcou8dbehe8pfu8forciniciansto.udgetheprognosisof8ungadenocarcinoma patients. Key words： lung adenocarcinoma； lncRNAs ； bioinformatics； the Cancer Genome Atlas
TCGA中癌症类型的缩写
TCGA中癌症类型的缩写一、背景介绍TCGA（The Cancer Genome Atlas）是一个旨在研究和解析人类癌症基因组的国际性合作项目。
该项目整合了来自不同肿瘤类型的大规模基因组测序数据，提供了对癌症发生和发展机制的深入理解。
在TCGA研究成果中，每种癌症类型都有其对应的缩写，本文将对这些缩写进行介绍和解读。
二、常见癌症类型的TCGA缩写及解读1. BRCA（Breast Invasive Carcinoma）：乳腺浸润性乳腺癌。
乳腺癌是女性最常见的癌症之一，该癌症类型广泛研究，TCGA项目中的BRCA数据对于乳腺癌的研究和治疗具有重要意义。
2. LUAD（Lung Adenocarcinoma）：肺腺癌。
肺腺癌是肺癌的主要亚型之一，它起源于肺的细胞组织，有时会扩散到其他部位。
TCGA的LUAD数据对于深入研究肺腺癌的发病机制和潜在治疗靶点起到了关键作用。
3. LUSC（Lung Squamous Cell Carcinoma）：肺鳞癌。
肺鳞癌是肺癌的另一主要亚型，它起源于肺部表皮细胞中的鳞状细胞。
TCGA的LUSC数据有助于揭示肺鳞癌的分子机制和个体化治疗策略。
4. PRAD（Prostate Adenocarcinoma）：前列腺腺癌。
前列腺癌是男性最常见的癌症类型之一，主要发生于前列腺组织中的腺细胞。
TCGA的PRAD数据为前列腺癌的预后评估和个体化治疗提供了重要依据。
5. COAD（Colon Adenocarcinoma）：结肠腺癌。
结肠腺癌是一种常见的消化系统肿瘤，起源于结肠的腺体组织细胞。
TCGA的COAD数据有助于揭示结肠腺癌的分子病理特征以及潜在的治疗靶点。
6. ESCA（Esophageal Carcinoma）：食管癌。
食管癌是消化系统肿瘤中较常见的一种，起源于食管中的上皮细胞。
TCGA的ESCA数据可为食管癌的发生机制研究和靶向治疗提供重要数据支持。
7. GBM（Glioblastoma Multiforme）：胶质母细胞瘤。
基于数据挖掘分析ERO1L在肺腺癌中的表达及临床意义
基于数据挖掘分析ＥＲＯ１Ｌ在肺腺癌中的表达及临床意义王晓飞１㊀赵辉２㊀张国勇２㊀廖天竺２㊀曾大雄１㊀雷伟１㊀朱晔涵１㊀黄建安１㊀㊀ʌ摘要ɔ㊀目的㊀探索内质网氧化还原１样蛋白(ｅｎｄｏｐｌａｓｍｉｃｒｅｔｉｃｕｌｕｍｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔｉｎ￣１￣ｌｉｋｅｐｒｏｔｅｉｎꎬＥＲＯ１Ｌ)在肺腺癌中的表达及意义ꎮ方法㊀利用ｃＢｉｏＰｏｒｔａｌ在线分析癌症基因图谱(ＴｈｅＣａｎｃｅｒＧｅｎｏｍｅＡｔ￣ｌａｓꎬＴＣＧＡ)数据库中５８６例肺腺癌样本中的ＲＮＡ￣Ｓｅｑ数据ꎬ并结合患者的完整生存时间信息ꎬ采用Ｋａｐｌａｎ￣Ｍｅｉｅｒ法分析ＥＲＯ１Ｌ变异与肺腺癌患者生存之间的关系ꎮ通过基因表达谱动态分析(ＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＰｒｏｆｉ￣ｌｉｎｇＩｎｔｅｒａｃｔｉｖｅＡｎａｌｙｓｉｓꎬＧＥＰＩＡ)数据库搜索ＥＲＯ１ＬｍＲＮＡ在正常肺组织与肺腺癌组织表达的情况ꎬ分析其在不同ＴＮＭ分期中的表达情况ꎮ用ＭｅｔｈＨＣ数据库分析ＥＲＯ１Ｌ基因在肺腺癌中的甲基化水平ꎮＳｔｒｉｎｇ￣ＤＢ数据库分析与ＥＲＯ１Ｌ相互作用的蛋白ꎮ结果㊀在２３０例肺腺癌样本中有１８例发生ＥＲＯ１Ｌ基因变异ꎬ变异率为８％ꎮＫａｐｌａｎ￣Ｍｅｉｅｒ生存曲线分析显示ＥＲＯ１Ｌ变异组总体生存期(ｏｖｅｒａｌｌｓｕｒｖｉｖａｌꎬＯＳ)短于无变异组(Ｐ＝０ ０２６８)ꎮ肺腺癌组织中ＥＲＯ１ＬｍＲＮＡ表达明显高于正常肺组织(Ｐ<０ ０５)ꎬ且其启动子甲基化水平显著减低(Ｐ<０ ００５)ꎮＥＲＯ１ＬＢ㊁ＥＲＰ２９㊁ＥＲＰ４４㊁ＧＰＸ７㊁ＧＰＸ８㊁ＩＮＳ㊁Ｐ４ＨＢ㊁ＰＤＩＡ４㊁ＰＤＩＡ６㊁ＴＸＮＤＣ５等基因与ＥＲＯ１Ｌ有明显的相互作用ꎮ结论㊀通过肿瘤基因数据库信息挖掘表明ꎬＥＲＯ１Ｌ在肺腺癌组织中呈高表达ꎬ且与患者预后不良相关ꎬ为深入研究ＥＲＯ１Ｌ在肺腺癌发生发展中的作用提供重要理论依据ꎮʌ关键词ɔ㊀ＥＲＯ１Ｌꎻ肺腺癌ꎻＴＣＧＡꎻｃＢｉｏＰｏｒｔａｌꎻＧＥＰＩＡꎻ数据分析ꎻ预后ＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎａｎｄｃｌｉｎｉｃａｌｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅｏｆＥＲＯ１Ｌｉｎｌｕｎｇａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａｔｈｒｏｕｇｈｄａｔａｍｉｎｉｎｇ㊀ＷＡＮＧＸｉａｏ￣ｆｅｉꎬＺＨＡＯＨｕｉꎬＺＨＡＮＧＧｕｏ￣ｙｏｎｇꎬＭＩＡＯＴｉａｎ￣ｚｈｕꎬＺＥＮＧＤａ￣ｘｉｏｎｇꎬＬＥＩＷｅｉꎬＺＨＵＹｅ￣ｈａｎꎬＨＵＡＮＧＪｉａｎ￣ａｎ㊀Ｄｅ￣ｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＲｅｓｐｉｒａｔｏｒｙａｎｄＣｒｉｔｉｃａｌＣａｒｅＭｅｄｉｃｉｎｅꎬｔｈｅＦｉｒｓｔＡｆｆｉｌｉａｔｅｄＨｏｓｐｉｔａｌｏｆＳｏｏｃｈｏｗＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＳｕｚｈｏｕꎬＪｉａｎｇ￣ｓｕ㊀２１５００６ꎬＣｈｉｎａ㊀㊀ʌＡｂｓｔｒａｃｔɔ㊀Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ㊀Ｔｏｅｘｐｌｏｒｅｔｈｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎａｎｄｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅｏｆｅｎｄｏｐｌａｓｍｉｃｒｅｔｉｃｕｌｕｍｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔｉｎ￣１￣ｌｉｋｅｐｒｏｔｅｉｎ(ＥＲＯ１Ｌ)ｉｎｌｕｎｇａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ.Ｍｅｔｈｏｄｓ㊀Ｔｈｅｃｌｉｎｉｃａｌｄａｔａｏｆ５８６ｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈＲＮＡ￣ＳｅｑｉｎｔｈｅＣａｎｃｅｒＧｅｎｏｍｅＡｔｌａｓ(ＴＣＧＡ)ｄａｔａｂａｓｅｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄｂｙｃＢｉｏＰｏｒｔａｌｏｎｌｉｎｅａｎａｌｙｓｉｓｐｌａｔｆｏｒｍ.Ｋａｐｌａｎ￣ＭｅｉｅｒｍｅｔｈｏｄｗａｓｕｓｅｄｔｏａｎａｌｙｚｅｔｈｅｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｂｅｔｗｅｅｎｔｈｅＥＲＯ１Ｌｇｅｎｅｔｉｃａｌｔｅｒａｔｉｏｎａｎｄｌｕｎｇａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａｓｕｒｖｉｖａｌ.Ｔｈｅｅｘ￣ｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆＥＲＯ１ＬｍＲＮＡｉｎｎｏｒｍａｌｌｕｎｇｔｉｓｓｕｅｓａｎｄｌｕｎｇａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａｔｉｓｓｕｅｓｗａｓｓｅａｒｃｈｅｄｔｈｒｏｕｇｈＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓ￣ｓｉｏｎＰｒｏｆｉｌｉｎｇＩｎｔｅｒａｃｔｉｖｅＡｎａｌｙｓｉｓ(ＧＥＰＩＡ)ｄａｔａｂａｓｅꎬａｎｄｔｈｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆＥＲＯ１ＬｍＲＮＡｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔＴＮＭｓｔａｇｅｓｗａｓａｎａｌｙｚｅｄ.ＥＲＯ１ＬｇｅｎｅｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｌｅｖｅｌｗａｓａｎａｌｙｚｅｄｂｙｕｓｉｎｇｔｈｅＭｅｔｈＨＣｄａｔａｂａｓｅ.ＴｈｅＥＲＯ１Ｌ￣ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎｓｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄｂｙＳｔｒｉｎｇ￣ＤＢｄａｔａｂａｓｅ.Ｒｅｓｕｌｔｓ㊀Ｉｎ２３０ｐａｔｉｅｎｔｓꎬｍｕｔａｔｉｏｎｏｆＥＲＯ１Ｌｇｅｎｅｗａｓｆｏｕｎｄｉｎ１８ｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈａｍｕｔａｔｉｏｎｒａｔｅｏｆ８％.Ｋａｐｌａｎ￣Ｍｅｉｅｒｃｕｒｖｅｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｏｖｅｒａｌｌｓｕｒｖｉｖａｌ(ＯＳ)ｏｆｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈＥＲＯ１ＬｇｅｎｅｔｉｃａｌｔｅｒａｔｉｏｎｗａｓｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙｓｈｏｒｔｅｒｔｈａｎｔｈａｔｉｎｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｏｕｔＥＲＯ１Ｌｇｅｎｅｔｉｃａｌｔｅｒａｔｉｏｎ(Ｐ＝０ ０２６８).ＡｔｔｈｅｍＲＮＡｌｅｖｅｌꎬＥＲＯ１Ｌｗａｓｈｉｇｈｅｒｉｎｌｕｎｇａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａｔｈａｎｎｏｒｍａｌｌｕｎｇｔｉｓｓｕｅ(Ｐ<０ ０５).ＴｈｅｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｏｆＥＲＯ１Ｌｐｒｏｍｏｔｅｒｉｎｌｕｎｇａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａｗａｓｄｅｃｒｅａｓｅｄ(Ｐ<０ ００５).ＴｈｅＥＲＯ１ＬＢꎬＥＲＰ２９ꎬＥＲＰ４４ꎬＧＰＸ７ꎬＧＰＸ８ꎬＩＮＳꎬＰ４ＨＢꎬＰＤＩＡ４ꎬＤＩＡ６ꎬＴＸＮＤＣ５ａｎｄｏｔｈｅｒｇｅｎｅｓｈａｄｏｂｖｉｏｕｓｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｗｉｔｈＥＲＯ１Ｌ.Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ㊀ＡｃｃｏｒｄｉｎｇｔｏｔｈｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｍｉｎｉｎｇｏｆｔｕｍｏｒｇｅｎｅｄａｔａｂａｓｅꎬＥＲＯ１ＬｍＲＮＡｉｓｆｏｕｎｄｈｉｇｈｌｙｅｘｐｒｅｓｓｅｄｉｎｌｕｎｇａｄｅｎｏ￣ｃａｒｃｉｎｏｍａｔｉｓｓｕｅａｎｄｔｈｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆＥＲＯ１ＬｈａｓａｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｉｍｐａｃｔｏｎｐｒｏｇｎｏｓｉｓｏｆｌｕｎｇａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａｐａｔｉｅｎｔｓꎬｗｈｉｃｈｐｒｏｖｉｄｅｓａｎｉｍｐｏｒｔａｎｔｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌｂａｓｉｓｆｏｒｆｕｒｔｈｅｒｓｔｕｄｙｉｎｇｔｈｅｒｏｌｅｏｆＥＲＯ１Ｌｉｎｔｈｅｏｃｃｕｒｒｅｎｃｅａｎｄｄｅｖｅｌｏｐ￣ｍｅｎｔｏｆｌｕｎｇａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ.ʌＫｅｙｗｏｒｄｓɔ㊀ＥＲＯ１ＬꎻｌｕｎｇａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａꎻＴＣＧＡꎻｃＢｉｏＰｏｒｔａｌꎻＧＥＰＩＡꎻｄａｔａａｎａｌｙｓｉｓꎻｐｒｏｇｎｏｓｉｓｄｏｉ:１０.３９６９/ｊ.ｉｓｓｎ.１００９－６６６３.２０１８.１２.０２５基金项目:国家临床重点专科建设项目ꎬ江苏省青年卫生人才项目(ＮｏＱＮＲＣ２０１６７４５)ꎬ江苏省 科教强卫工程 青年医学人才(ＮｏＱＮＲＣ２０１６７４７)ꎬ姑苏卫生青年拔尖人才作者单位:１.２１５００６㊀江苏苏州ꎬ苏州大学附属第一医院呼吸与危重症医学科２.５５５１００㊀贵州铜仁ꎬ石阡县人民医院呼吸科通信作者:朱晔涵ꎬＥ￣ｍａｉｌ:ｚｈｕｙｅｈａｎｓｚ＠ｓｉｎａ.ｃｏｍ㊀㊀肺癌已成为全世界癌症相关死亡的主要原因ꎬ其发病率和病死率逐年升高ꎮ非小细胞肺癌(ｎｏｎ￣ｓｍａｌｌｃｅｌｌｌｕｎｇｃａｎｃｅｒꎬＮＳＣＬＣ)在所有肺癌患者中约占８０％ꎬ其中腺癌是ＮＳＣＬＣ中最常见的病理类型ꎬ由于缺乏早期典型症状ꎬ且侵袭㊁转移力强ꎬ易复发ꎬ多数患者预后不良[１]ꎮ肺癌传统的治疗手段有化疗㊁放疗㊁手术治疗ꎬ针对肿瘤基因突变的不同靶点进行干预的靶向治疗ꎬ为肺癌治疗和研究提供了全新的思路ꎮ积极探索肺腺癌中起重要作用的基因对于肺癌的诊治至关重要ꎮ内质网氧化还原１样蛋白(ｅｎｄｏｐｌａｓｍｉｃｒｅｔｉｃｕ￣ｌｕｍｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔｉｎ￣１￣ｌｉｋｅｐｒｏｔｅｉｎꎬＥＲＯ１Ｌ)ꎬ是一种糖基化黄素蛋白ꎬ主要存在于内质网ꎬ其编码基因位于人类第１４号染色体上ꎮＥＲＯ１Ｌ蛋白是内质网中的一种氧化酶ꎬ调节缺氧诱导的氧化蛋白折叠ꎬＥＲＯ１Ｌ可能催化蛋白质折叠中二硫键的形成和参与细胞凋亡㊁肿瘤浸润以及内质网应激诱导的肿瘤转移[２－３]ꎮ研究显示ＥＲＯ１Ｌ在乳腺癌[４－５]㊁胃癌[６－７]等多种肿瘤中表达异常ꎬ并与肿瘤的发生发展㊁预后判断以及治疗密切相关ꎮ但是ꎬＥＲＯ１Ｌ在肺腺癌中是否发挥作用及其与肺腺癌发生㊁发展中的关系ꎬ目前尚无相关研究ꎮ本研究通过数据库分析ＥＲＯ１Ｌ基因在肺腺癌中的表达及其对预后的影响ꎬ为进一步研究ＥＲＯ１Ｌ在肺腺癌发生㊁发展过程中的作用奠定了基础ꎮ资料与方法一㊁ＥＲＯ１Ｌ基因在肺腺癌中的表达以及生存率分析利用癌症基因图谱(ＴｈｅＣａｎｃｅｒＧｅｎｏｍｅＡｔｌａｓꎬＴＣＧＡ)可视化平台ｃＢｉｏＰｏｒｔａｌ网站[８－９]获得ＴＣＧＡ数据库中的５８６例肺腺癌样本ꎬ其中２３０例样本具有完整的基因序列和拷贝数变异资料ꎬ应用ｏｎｃｏ￣ｐｒｉｎｔ选项分析ＥＲＯ１Ｌ基因变异情况ꎻ应用ｓｕｒｖｉｖａｌ选项分析２３０例样本中ＥＲＯ１Ｌ表达与患者生存时间的Ｋａｐｌａｎ￣Ｍｅｉｅｒ曲线ꎮ二㊁ＥＲＯ１Ｌ基因在肺组织中以及不同ＴＮＭ分期肺腺癌组织中的表达分析通过基因表达谱动态分析(ＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＰｒｏ￣ｆｉｌｉｎｇＩｎｔｅｒａｃｔｉｖｅＡｎａｌｙｓｉｓꎬＧＥＰＩＡ)数据[１０]分析ＥＲＯ１Ｌ在正常肺组织以及肺腺癌组织中的表达情况并进行比较ꎮ分析ＥＲＯ１Ｌ基因在不同ＴＮＭ分期肺腺癌组织中的表达情况ꎮ三㊁ＥＲＯ１Ｌ基因在肺组织中ＤＮＡ甲基化水平的变化㊁与ＥＲＯ１Ｌ相关的蛋白以及功能分析通过ＭｅｔｈＨＣ数据库[１１]分析ＥＲＯ１Ｌ基因在正常肺组织和肺腺癌组织中的甲基化模式ꎬ并分析甲基化和表达之间的关系ꎮ利用Ｓｔｒｉｎｇ数据库[１２]对ＥＲＯ１Ｌ基因信号转导通路进行了初步探索ꎬ构建相关蛋白网络图ꎮ四㊁统计学方法肺腺癌与正常肺组织中ＥＲＯ１Ｌ基因表达差异采用ｔ检验ꎮＥＲＯ１Ｌ基因表达与患者预后的关系采用Ｋａｐｌａｎ￣Ｍｅｉｅｒ模型进行生存分析ꎮ所用数据采用在线统计学分析ꎬＰ<０ ０５被认为差异有统计学意义ꎮ结㊀㊀果一㊁ＥＲＯ１Ｌ基因在肺腺癌中的变异情况应用ｃＢｉｏＰｏｒｔａｌ分析显示ꎬ在２３０例肺腺癌样本中有１８例发生ＥＲＯ１Ｌ基因变异ꎬ变异率为８％ꎬ包括突变１例(０ ４３％)ꎬ扩增６例(２ ６１％)ꎬｍＲＮＡ上调８例(３ ４８％)ꎬ多种改变３例(１ ３％)(见图１)ꎮ说明ＥＲＯ１Ｌ在肺腺癌中存在高频率的ＤＮＡ变异现象ꎮ图１㊀ＥＲＯ１Ｌ基因在肺腺癌中的变异情况㊀㊀二㊁ＥＲＯ１Ｌ基因表达水平与肺腺癌患者预后的关系通过ｃＢｉｏＰｏｒｔａｌ分析ＥＲＯ１Ｌ基因表达水平与肺腺癌患者生存期的关系ꎮ利用肺腺癌数据集(ＴＣＧＡꎬＰｒｏｖｉｓｉｏｎａｌ)可得出ＥＲＯ１Ｌ变异组与无变异组共２３０例患者的生存期曲线ꎬ发现在肺腺癌中ＥＲＯ１Ｌ基因变异组患者的总体生存期(ｏｖｅｒａｌｌｓｕｒｖｉｖａｌꎬＯＳ)短于无变异组患者(Ｐ＝０ ０２６８)(见图２)ꎮ图２㊀肺腺癌患者ＥＲＯ１Ｌ基因表达的总体生存期曲线㊀㊀三㊁ＥＲＯ１Ｌ基因的表达水平及与肺腺癌ＴＮＭ分期的关系利用ＧＥＰＩＡ数据库分析显示ꎬ与正常肺组织相比ꎬＥＲＯ１Ｌ基因在肺腺癌中ｍＲＮＡ均呈高表达ꎬ且差异具有统计学意义(Ｐ<０ ０５)(见图３)ꎮ同时ＥＲＯ１ＬｍＲＮＡ在不同ＴＮＭ分期肺腺癌中的表达情况不同ꎬ在Ⅰ期中的表达明显低于Ⅱ㊁Ⅲ㊁Ⅳ期(见图４)ꎮ图３㊀ＥＲＯ１ＬｍＲＮＡ在正常肺组织与肺腺癌中的表达(注:灰色表示正常肺组织ꎬ红色表示肺腺癌组织)图４㊀ＥＲＯ１ＬｍＲＮＡ在不同ＴＮＭ分期肺腺癌中的表达㊀㊀四㊁肺腺癌中ＥＲＯ１Ｌ基因启动子区ＤＮＡ甲基化水平分析在ＭｅｔｈＨＣ数据库中ꎬＥＲＯ１Ｌ基因甲基化转录模板为ＮＭ＿０１４５８４ꎬ在肺腺癌和正常肺组织的甲基化水平差异分析中显示ꎬＥＲＯ１Ｌ基因甲基化主要位于启动子区域ꎬ在肺腺癌其甲基化水平较正常组织显著减低(Ｐ<０ ００５)(见图５)ꎮ图５㊀ＥＲＯ１Ｌ基因在肺腺癌中启动子区ＤＮＡ甲基化的情况(注:绿色表示正常肺组织ꎬ红色表示肺腺癌组织)㊀㊀五㊁与ＥＲＯ１Ｌ相互作用的蛋白网络利用Ｓｔｒｉｎｇ数据库分析得到与ＥＲＯ１Ｌ相互作用的蛋白网络ꎬ蛋白质互作作用(ｐｒｏｔｅｉｎｐｒｏｔｅｉｎｉｎ￣ｔｅｒａｃｔｉｏｎꎬＰＰＩ)富集Ｐ＝２ ８６Ｅ￣８ꎬ节点数为１２个(图６)ꎮ其中在ＰＰＩ网络中与ＥＲＯ１Ｌ相互作用(ｓｃｏｒｅ均>０ ９００)的有ＥＲＯ１ＬＢ㊁ＥＲＰ２９㊁ＥＲＰ４４㊁ＧＰＸ７㊁ＧＰＸ８㊁ＩＮＳ㊁Ｐ４ＨＢ㊁ＰＤＩＡ４㊁ＰＤＩＡ６㊁ＴＸＮＤＣ５ꎬ主要参与的生物学过程有细胞氧化还原内稳态㊁蛋白质折叠㊁４￣羟基脯氨酸代谢过程㊁内质网应激反应㊁细胞内稳态等(见图６)ꎮ图６㊀与ＥＲＯ１Ｌ基因表达蛋白相关的蛋白网络图讨㊀㊀论肺癌是一种最常见的恶性肿瘤ꎬ主要以ＮＳＣＬＣ为主ꎬ约占８０％ꎬ并且超过一半的患者在确诊时已处于晚期ꎬ其生存率远低于早期患者[１]ꎮ随着肿瘤分子生物学研究的深入ꎬ肺癌的靶向治疗正进入快速发展的时期ꎬ通过基因测序技术筛选肺癌中有表达差异的基因ꎬ并用于靶向治疗药物的研发对肺癌的治疗至关重要ꎮ低氧是所有肿瘤中均存在的重要生理特征ꎬ缺氧微环境在肿瘤发生发展和侵袭转移中发挥重要作用ꎬ其明显降低了肿瘤化疗和放疗的灵敏性ꎬ限制了肿瘤治疗的效果[１３－１４]ꎮＥＲＯ１Ｌ蛋白是一个能够由低氧诱导的内质网氧化酶[１５]ꎬ其主要功能为参与维持内质网内氧化状态ꎬ参与新生肽链正确折叠成有生物活性的蛋白质㊁维持细胞正常增殖等[１６]ꎮ研究发现ＥＲＯ１Ｌ蛋白在正常细胞中呈低水平表达ꎬ但是在细胞缺氧状态下可诱导其显著表达ꎬ其表达异常可产生过量的活性氧簇(ｒｅａｃｔｉｖｅｏｘｙｇｅｎｓｐｅｃｉｅｓꎬＲＯＳ)ꎬ从而导致内质网应激可引起Ｃａ２＋释放ꎬ进而激活细胞凋亡途径[１７]ꎮＫｕｔｏｍｉ等[４]研究表明在乳腺癌成瘤小鼠模型中ꎬ敲低ＥＲＯ１Ｌ的表达抑制了肿瘤的生长和减少了肿瘤肺部的转移ꎮ细胞试验显示敲低ＥＲＯ１Ｌ的表达减少了ＶＥＧＦ￣Ａ的产生ꎬ提示肿瘤低氧通过ＥＲＯ１Ｌ导致ＶＥＧＦ￣Ａ的产生ꎬ所以ꎬ肿瘤在低氧的情况下通过ＥＲＯ１Ｌ的上调在肿瘤生长和转移中起了重要的作用ꎮ７１例乳腺癌术后的患者中ＥＲＯ１Ｌ表达阳性组与阴性组相比ꎬＤＦＳ和ＯＳ明显缩短ꎮ多因素回归分析显示ＥＲＯ１Ｌ的表达是乳腺癌术后患者ＤＦＳ的独立危险因素ꎮＴａｎａｋａ等[５]研究发现ꎬ在三阴乳腺癌细胞系中ＥＲＯ１Ｌ的过表达通过增加ＲＯＳ的水平ꎬ导致缺氧诱导因子￣１(ｈｙｐｏｘｉａｉｎｄｕｃ￣ｉｂｌｅｆａｃｔｏｒ￣１ꎬＨＩＦ￣１)α蛋白表达增加促进了程序性死亡配体￣１(ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄｄｅａｔｈｌｉｇａｎｇ￣１ꎬＰＤ￣Ｌ１)蛋白㊁ｍＲＮＡ水平的升高ꎬ因为ＥＲＯ１Ｌ的表达可以促进ＰＤ￣Ｌ１的氧化折叠ꎬ导致氧化形式的ＰＤ￣Ｌ１升高ꎮ相反ꎬ敲低或者抑制ＥＲＯ１Ｌ的表达可以导致ＰＤ￣Ｌ１在转录后水平的降低ꎮ以上说明ＥＲＯ１Ｌ可以通过促进氧化蛋白质的折叠和ＨＩＦ￣１α转录激活上调ＰＤ￣Ｌ１的表达ꎻ并且敲低ＥＲＯ１Ｌ的表达引起ＰＤ￣Ｌ１的下调ꎬ导致ＰＤ￣Ｌ１诱导的Ｔ细胞凋亡的减少ꎮ提示在肿瘤细胞中调控ＥＲＯ１Ｌ的表达可能成为肿瘤免疫治疗的新手段ꎮＺｈｏｕ等[６]对１０５例胃癌术后标本和癌旁正常组织进行ｍＲＮＡ㊁蛋白水平的检测发现ＥＲＯ１Ｌ在胃癌组织中表达显著上调ꎮ１０５例胃癌术后患者中ＥＲＯ１Ｌ表达阳性组与阴性组相比ꎬ３年累积复发率增加而３年累积生存率明显缩短ꎮＳｅｏｌ等[７]研究显示胃癌患者中ＥＲＯ１Ｌ高表达组与低表达组相比预后更差ꎬ功能分析显示敲除ＥＲＯ１Ｌ的表达可以抑制细胞增殖㊁迁移㊁侵袭和化学抗药性ꎮ此外ꎬ敲除ＥＲＯ１Ｌ的表达抑制了胃癌细胞中的Ａｋｔ和ＪＮＫ通路ꎬ提示ＥＲＯ１Ｌ可能是一种很有前途的胃癌预后标志物ꎬ基于ＥＲＯ１Ｌ表达水平的个性化辅助治疗可能成为胃癌治疗的有效手段ꎮ目前ꎬＥＲＯ１Ｌ在ＮＣＳＣＬ中的表达及其预后意义暂时未见相关报道ꎮ本研究通过ｃＢｉｏＰｏｒｔａｌ分析ＴＣＧＡ数据库显示ꎬＥＲＯ１Ｌ基因在肺腺癌中ｍＲＮＡ上调和扩增比较频繁ꎬ基因水平的异常改变是ＥＲＯ１Ｌ表达异常的重要原因之一ꎬ并且ＥＲＯ１Ｌ变异率高的患者生存时间短ꎮ利用ＧＥＰＩＡ数据库分析显示ꎬＥＲＯ１Ｌ在肺腺癌中的ＤＮＡ改变频率升高ꎬｍＲＮＡ的表达较正常组织升高ꎬＥＲＯ１Ｌ在不同ＴＮＭ分期肺腺癌组织中的表达也有所不同ꎬ这可能与肿瘤分化程度有关ꎮ以上提示ＥＲＯ１Ｌ变异是肺腺癌患者预后不良的标志之一ꎬ将来可用于临床的相关评估ꎮ利用ＭｅｔｈＨＣ数据库分析显示ＥＲＯ１Ｌ基因在肺腺癌中比正常肺组织中的甲基化水平降低ꎬ而低甲基化状态意味着基因表达的激活/活化ꎬ说明ＥＲＯ１Ｌ基因甲基化水平降低可能在肺腺癌的发生㊁发展中扮演着重要角色ꎮ在Ｓｔｒｉｎｇ数据库中ꎬ我们对ＥＲＯ１Ｌ基因信号转导通路进行了初步探索:ＥＲＯ１Ｌ通过催化蛋白质折叠二硫键的形成ꎬ被认为与细胞凋亡㊁肿瘤浸润以及内质网应激诱导的转移有关[３]ꎬ主要参与的生物学过程有细胞氧化还原内稳态㊁蛋白质折叠㊁４￣羟基脯氨酸代谢过程㊁内质网应激反应㊁细胞内稳态等ꎮ其具体机制需进一步试验验证ꎮ综上所述ꎬ本文研究通过对数据库中肺腺癌相关基因信息的深入挖掘ꎬ提出ＥＲＯ１Ｌ基因在肺腺癌组织中高表达ꎬ且与肺腺癌预后不良相关ꎮ这些研究结果为进一步的试验研究提供了依据与线索ꎬ也为以后的分子机制研究提供了理论基础ꎮ参考文献[１]㊀ＳＩＥＧＥＬＲＬꎬＭＩＬＬＥＲＫＤꎬＪＥＭＡＬＡ.Ｃａｎｃｅｒｓｔａｔｉｓｔｉｃｓꎬ２０１７[Ｊ].ＣＡＣａｎｃｅｒＪＣｌｉｎꎬ２０１７ꎬ６７(１):７－３０.[２]㊀ＰＥＲＩＹＡＳＡＭＹＰꎬＧＵＯＭＬꎬＢＵＣＨＳ.Ｃｏｃａｉｎｅｉｎｄｕｃｅｓａｓｔｒｏｃｙｔｏ￣ｓｉｓｔｈｒｏｕｇｈＥＲｓｔｒｅｓｓ￣ｍｅｄｉａｔｅｄａｃｔｉｖａｔｉｏｎｏｆａｕｔｏｐｈａｇｙ[Ｊ].Ａｕｔｏ￣ｐｈａｇｙꎬ２０１６ꎬ１２(８):１３１０－１３２９.[３]㊀ＺＨＡＮＧＺＺꎬＹＵＡＮＫꎬＹＵＥＨＴꎬｅｔａｌ.Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄｆｕｎｃ￣ｔｉｏｎａｌｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｏｆａｎｅｎｄｏｐｌａｓｍｉｃｒｅｔｉｃｕｌｕｍｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔｉｎ１￣αｇｅｎｅｉｎＬｉｔｏｐｅｎａｅｕｓｖａｎｎａｍｅｉ[Ｊ].ＤｅｖＣｏｍｐＩｍｍｕｎｏｌꎬ２０１６ꎬ５７:１０－１９.[４]㊀ＫＵＴＯＭＩＧꎬＴＡＭＵＲＡＹꎬＴＡＮＡＫＡＴꎬｅｔａｌ.Ｈｕｍａｎｅｎｄｏｐｌａｓｍｉｃｒｅｔｉｃｕｌｕｍｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔｉｎ１￣αｉｓａｎｏｖｅｌｐｒｅｄｉｃｔｏｒｆｏｒｐｏｏｒｐｒｏｇｎｏｓｉｓｏｆｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒ[Ｊ].ＣａｎｃｅｒＳｃｉꎬ２０１３ꎬ１０４(８):１０９１－１０９６. [５]㊀ＴＡＮＡＫＡＴꎬＫＵＴＯＭＩＧꎬＫＡＪＩＷＡＲＡＴꎬｅｔａｌ.Ｃａｎｃｅｒ￣ａｓｓｏｃｉａｔｅｄｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔａｓｅＥＲＯ１￣αｐｒｏｍｏｔｅｓｉｍｍｕｎｅｅｓｃａｐｅｔｈｒｏｕｇｈｕｐ￣ｒｅｇｕ￣ｌａｔｉｏｎｏｆＰＤ￣Ｌ１ｉｎｈｕｍａｎｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒ[Ｊ].Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔꎬ２０１７ꎬ８(１５):２４７０６－２４７１８.[６]㊀ＺＨＯＵＢꎬＷＡＮＧＧꎬＧＡＯＳꎬｅｔａｌ.ＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆＥＲＯ１Ｌｉｎｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒａｎｄｉｔｓａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｗｉｔｈｐａｔｉｅｎｔｐｒｏｇｎｏｓｉｓ[Ｊ].ＥｘｐＴｈｅｒＭｅｄꎬ２０１７ꎬ１４(３):２２９８－２３０２.[７]㊀ＳＥＯＬＳＹꎬＫＩＭＣꎬＬＩＭＪＹꎬｅｔａｌ.ＯｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆＥｎｄｏｐｌａｓｍｉｃＲｅｔｉｃｕｌｕｍＯｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔｉｎ１￣α(ＥＲＯ１Ｌ)ＩｓＡｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈＰｏｏｒＰｒｏｇｎｏｓｉｓｏｆＧａｓｔｒｉｃＣａｎｃｅｒ[Ｊ].ＣａｎｃｅｒＲｅｓＴｒｅａｔꎬ２０１６ꎬ４８(４):１１９６－１２０９.[８]㊀ＣＥＲＡＭＩＥꎬＧＡＯＪꎬＤＯＧＲＵＳＯＺＵꎬｅｔａｌ.ＴｈｅｃＢｉｏｃａｎｃｅｒｇｅｎｏｍ￣ｉｃｓｐｏｒｔａｌ:Ａｎｏｐｅｎｐｌａｔｆｏｒｍｆｏｒｅｘｐｌｏｒｉｎｇｍｕｌｔｉｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌｃａｎｃｅｒｇｅｎｏｍｉｃｓｄａｔａ[Ｊ].ＣａｎｃｅｒＤｉｓｃｏｖꎬ２０１２ꎬ２(５):４０１－４０４. [９]㊀ＧＡＯＪꎬＡＫＳＯＹＢＡꎬＤＯＧＲＵＳＯＺＵꎬｅｔａｌ.ＩｎｔｅｇｒａｔｉｖｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｃｏｍｐｌｅｘｃａｎｃｅｒｇｅｎｏｍｉｃｓａｎｄｃｌｉｎｉｃａｌｐｒｏｆｉｌｅｓｕｓｉｎｇｔｈｅｃＢｉｏＰｏｒｔａｌ[Ｊ].ＳｃｉＳｉｇｎａｌꎬ２０１３ꎬ６(２６９):ｐｌ１.[１０]ＴＡＮＧＺꎬＬＩＣꎬＫＡＮＧＢꎬｅｔａｌ.ＧＥＰＩＡ:Ａｗｅｂｓｅｒｖｅｒｆｏｒｃａｎｃｅｒａｎｄｎｏｒｍａｌｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｐｒｏｆｉｌｉｎｇａｎｄｉｎｔｅｒａｃｔｉｖｅａｎａｌｙｓｅｓ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓꎬ２０１７ꎬ４５(Ｗ１):Ｗ９８－Ｗ１０２.[１１]ＨＵＡＮＧＷＹꎬＨＳＵＳＤꎬＨＵＡＮＧＨＹꎬｅｔａｌ.ＭｅｔｈＨＣ:ＡｄａｔａｂａｓｅｏｆＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎａｎｄｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｎｈｕｍａｎｃａｎｃｅｒ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓꎬ２０１５ꎬ４３(Ｄａｔａｂａｓｅｉｓｓｕｅ):Ｄ８５６－Ｄ８６１. [１２]ＳＺＫＬＡＲＣＺＹＫＤꎬＭＯＲＲＩＳＪＨꎬＣＯＯＫＨꎬｅｔａｌ.ＴｈｅＳＴＲＩＮＧｄａ￣ｔａｂａｓｅｉｎ２０１７:ｑｕａｌｉｔｙ￣ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄｐｒｏｔｅｉｎ￣ｐｒｏｔｅｉｎａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｎｅｔ￣ｗｏｒｋｓꎬｍａｄｅｂｒｏａｄｌｙａｃｃｅｓｓｉｂｌｅ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓꎬ２０１７ꎬ４５(Ｄ１):Ｄ３６２－Ｄ３６８.[１３]ＮＯＭＡＮＭＺꎬＨＡＳＭＩＭＭꎬＭＥＳＳＡＩＹꎬｅｔａｌ.Ｈｙｐｏｘｉａ:Ａｋｅｙｐｌａｙ￣ｅｒｉｎａｎｔｉｔｕｍｏｒｉｍｍｕｎｅｒｅｓｐｏｎｓｅ.Ａｒｅｖｉｅｗｉｎｔｈｅｔｈｅｍｅ:Ｃｅｌｌｕｌａｒｒｅｓｐｏｎｓｅｓｔｏｈｙｐｏｘｉａ[Ｊ].ＡｍＪＰｈｙｓｉｏｌＣｅｌｌＰｈｙｓｉｏｌꎬ２０１５ꎬ３０９(９):Ｃ５６９－Ｃ５７９.[１４]ＹＡＮＧＧꎬＸＵＳꎬＰＥＮＧＬꎬｅｔａｌ.Ｔｈｅｈｙｐｏｘｉａ￣ｍｉｍｅｔｉｃａｇｅｎｔＣｏＣｌ２ｉｎｄｕｃｅｓｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙｒｅｓｉｓｔａｎｃｅｉｎＬＯＶＯｃｏｌｏｒｅｃｔａｌｃａｎｃｅｒｃｅｌｌｓ[Ｊ].ＭｏｌＭｅｄＲｅｐꎬ２０１６ꎬ１３(３):２５８３－２５８９.[１５]ＱＩＡＮＧＬꎬＷＡＮＧＨꎬＦＡＲＭＥＲＳＲ.Ａｄｉｐｏｎｅｃｔｉｎｓｅｃｒｅｔｉｏｎｉｓｒｅｇｕ￣ｌａｔｅｄｂｙＳＩＲＴ１ａｎｄｔｈｅｅｎｄｏｐｌａｓｍｉｃｒｅｔｉｃｕｌｕｍｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔａｓｅＥｒｏ１￣Ｌａｌｐｈａ[Ｊ].ＭｏｌＣｅｌｌＢｉｏｌꎬ２００７ꎬ２７(１３):４６９８－４７０７. [１６]ＭＡＳＵＩＳꎬＶＡＶＡＳＳＯＲＩＳꎬＦＡＧＩＯＬＩＣꎬｅｔａｌ.ＭｏｌｅｃｕｌａｒｂａｓｅｓｏｆｃｙｃｌｉｃａｎｄｓｐｅｃｉｆｉｃｄｉｓｕｌｆｉｄｅｉｎｔｅｒｃｈａｎｇｅｂｅｔｗｅｅｎｈｕｍａｎＥＲＯ１ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｉｎａｎｄｐｒｏｔｅｉｎ￣ｄｉｓｕｌｆｉｄｅｉｓｏｍｅｒａｓｅ(ＰＤＩ)[Ｊ].ＪＢｉｏｌＣｈｅｍꎬ２０１１ꎬ２８６(１８):１６２６１－１６２７１.[１７]ＬＯＮＧＱꎬＺＨＵＸꎬＷＵＹꎬｅｔａｌ.Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｃｌｏｎｉｎｇａｎｄｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａ￣ｔｉｏｎｏｆｔｈｅｐｏｒｃｉｎｅＥｒｏ１ＬａｎｄＥＲｐ４４ｇｅｎｅｓ:Ｐｏｔｅｎｔｉａｌｒｏｌｅｓｉｎｃｏｎ￣ｔｒｏｌｌｉｎｇｅｎｅｒｇｙｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ[Ｊ].ＧｅｎＣｏｍｐＥｎｄｏｃｒｉｎｏｌꎬ２０１１ꎬ１７３(２):２５９－２６９.[收稿日期:２０１８－０８－０６]。
基于癌症基因组图谱数据库分析芳香烃受体核转运体样2在肺腺癌中的表达及其预后意义
中国当代医药2021年10月第28卷第30期
•肿瘤医学窑
基于癌症基因组图谱数据库分析芳香烃受体核转 运体样2在肺腺癌屮的表达及其预后意义
陈金花 赵秋荣 尤剑彬
陈发林
银
福建省立医院检验科,福建福州
350001
［摘要
］目的
研究芳香烃受体核转运体样2(ARNTL2)在肺腺癌及其癌旁组织中的表达及临床意义。
方法
从癌症
基因组图谱数据库下载337例肺腺癌组织(肺腺癌组)与59例癌旁组织(癌旁对照组
)RNA seq数据及对应的肺
腺癌患者临床数据。通过单因素分析，比较ARNTL2表达与肺腺癌患者预后的关系,并通过
Cox比例风险模型进
行多因素分析，判断影响肺腺癌患者预后的独立危险因素
。结果
ARNTL2在肺腺癌组中的表达高于癌旁对照组
，
差异有统计学意义渊P<0.05) 遥单因素分析结果显示
，肺腺癌患者的年龄、Stage分期和
N分期是影响
ARNTL2表
达的相关因素(P<0.05)。生存预后分析结果显示,ARNTL2表达与肺腺癌患者总生存期存在相关性(P=0.001)。单
因素分析结果显示,Stage分期和
ARNTL2表达是影响肺腺癌患者总生存期的相关因素
(P<0.05)遥
Cox比例风险
模型结果显示,Stage分期和
ARNTL2表达是肺腺癌患者总生存期的独立危险因素
(P<0.05) 遥
结论
ARNTL2可能
通过多种途径促进肺腺癌的发生发展,进而影响肺腺癌患者的预后生存。
因此
,ARNTL2可作为肺腺癌患者的预
后标志物或潜在治疗靶点。
［关键词
］
芳香烃受体核转运体样2
；
肺腺癌；
癌症基因组图谱;
预后标志物
［中图分类号］
R734.2 ［文献标识码］A ［
文章编号］
1674-4721(2021)10(C
)-0091-04
Analysis of
the expression and
clinical
significance of
aryl hydrocarbon
receptor nuclear transporter -like 2 in lung adenoarinoma utilizing the
长链非编码RNALINC00519在胃癌中的表达及其临床意义
ＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎａｎｄｃｌｉｎｉｃａｌｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅｏｆｌｏｎｇｎｏｎｃｏｄｉｎｇＲＮＡ ＬＩＮＣ００５１９ｉｎｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒ ＤＵＪｕａｎ ，ＣＨＥＮＹａｎｉ，ＳＨＩＨａｉｙａｎ，ＷＵＢｏ，ＷＡＮＧＡｉｈｏｎｇ，ＹＩＮＳｏｎｇｎａ（ＣｅｎｔｒａｌＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＭｅｄｉｃｉｎｅＳｃｈｏｏｌ，Ｙａｎ’ａｎＵｎｉｖｅｒｓｉ ｔｙ，Ｙａｎ’ａｎ７１６０００，Ｃｈｉｎａ；Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇａｕｔｈｏｒ，Ｅｍａｉｌ：３９７２４４５８２＠ｑｑ．ｃｏｍ） Ａｂｓｔｒａｃｔ： Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ ＴｏｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｅｔｈｅｒｅｌａｔｉｖｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆＬＩＮＣ００５１９ｉｎｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒｃｅｌｌｓ，ａｎｄｆｕｒｔｈｅｒａｎａｌｙｚｅｉｔｓｒｏｌｅｉｎｇａｓ ｔｒｉｃｃａｎｃｅｒｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ． Ｍｅｔｈｏｄｓ ＲｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｂｅｔｗｅｅｎＬＩＮＣ００５１９ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎａｎｄｏｖｅｒａｌｌｓｕｒｖｉｖａｌｏｆｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒｐａｔｉｅｎｔｓｗａｓ ａｎａｌｙｚｅｄｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌｌｙｏｎＧＥＰＩＡｓｏｆｔｗａｒｅｕｓｉｎｇｔｈｅｃａｎｃｅｒｇｅｎｏｍｅａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）ｄａｔａ．ＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆＬＩＮＣ００５１９ｉｎ２０ｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒ ｔｉｓｓｕｅｓａｎｄｐａｉｒｅｄａｄｊａｃｅｎｔｎｏｒｍａｌｔｉｓｓｕｅｓｗａｓｔｅｓｔｅｄｂｙｒｅａｌｔｉｍｅＰＣＲ．ＲｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓｂｅｔｗｅｅｎＬＩＮＣ００５１９ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎａｎｄｃｌｉｎｉｃｏｐａｔｈｏ ｌｏｇｉｃａｌｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒｐａｔｉｅｎｔｓｗｅｒｅｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌｌｙａｎａｌｙｚｅｄｕｓｉｎｇｇｒａｐｈｐａｄｐｒｉｓｍ７． Ｒｅｓｕｌｔｓ ＴＣＧＡ ｄａｔａａｎａｌｙｓｉｓ ｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆＬＩＮＣ００５１９ｗａｓｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｃａｎｃｅｒｔｉｓｓｕｅｓ，ａｎｄｉｔｗａｓｈｉｇｈｅｒｉｎｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒａｎｄｗａｓｒｅｌａｔｅｄｔｏ ｔｈｅｏｖｅｒａｌｌｓｕｒｖｉｖａｌｏｆｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒｐａｔｉｅｎｔｓ．ＬＩＮＣ００５１９ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｎｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒｔｉｓｓｕｅｓｗａｓｈｉｇｈｅｒｔｈａｎｔｈａｔｏｆｐａｉｒｅｄｎｏｒｍａｌａｄ ｊａｃｅｎｔｔｉｓｓｕｅｓ（Ｐ＜００５）．ＴｈｅｒｅｗａｓｎｏｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌｃｈａｎｇｅｏｆＬＩＮＣ００５１９ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｌｅｖｅｌｉｎｇａｓｔｒｉｃｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｄｉｆｆｅｒｅｎｔａｇｅｏｒｓｅｘ． ＧａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｌｙｍｐｈｎｏｄｅｍｅｔａｓｔａｓｉｓｓｈｏｗｅｄａｈｉｇｈｅｒＬＩＮＣ００５１９ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｌｅｖｅｌｔｈａｎｔｈａｔｏｆｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｏｕｔｌｙｍｐｈ ｎｏｄｅｍｅｔａｓｔａｓｉｓ（Ｐ＝００１１）． Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ ＬＩＮＣ００５１９ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｎｃｒｅａｓｅｓｉｎｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒｔｉｓｓｕｅｓ．ＨｉｇｈＬＩＮＣ００５１９ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍａｙｂｅａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒｏｃｃｕｒｒｅｎｃｅａｎｄｍｅｔａｓｔａｓｉｓ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ： ｌｏｎｇｎｏｎｃｏｄｉｎｇＲＮＡ； ＬｎｃＲＮＡ； ＬＩＮＣ００５１９； ｇａｓｔｒｉｃｃａｎｃｅｒ
基于生物信息学探索肺腺癌预后相关基因及免疫浸润分析
基于生物信息学探索肺腺癌预后相关基因及免疫浸润分析肺腺癌是一种最常见的肺癌类型，通常具有侵袭性和易发生远处转移的特点，其预后较差。
因此，寻找与肺腺癌预后相关的基因及免疫浸润情况，对于判断肺腺癌患者的生存期和制定更有效的治疗策略具有重要意义。
生物信息学是一种基于大数据的分析方法，可以对大量的遗传信息进行快速而准确的分析，从而揭示出一些有意义的生物学结论。
在肺腺癌预后相关基因的研究中，生物信息学可以用来分析差异表达基因、基因功能富集以及基因关联网络等。
首先，通过生物信息学方法可以分析肺腺癌组织和正常组织的基因表达差异。
研究人员可以使用高通量测序技术获取肺腺癌组织和正常组织的转录组数据，然后利用差异表达基因分析方法，如DESeq2、edgeR等，对两组数据进行比较，筛选出表达差异显著的基因。
这些差异表达基因可以通过绘制热图、散点图等方式进行可视化展示，进一步探索其可能的预后相关机制。
其次，生物信息学方法可以对差异表达基因进行功能富集分析，以揭示其可能的生物学功能和通路。
功能富集分析常常使用Gene Ontology （GO）富集分析和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG）通路富集分析等方法。
GO富集分析可以将差异表达基因注释到不同的功能类别中，从而揭示出与这些功能类别相关的基因。
KEGG通路富集分析可以将差异表达基因注释到不同的生物通路中，从而找到与肺腺癌预后相关的通路。
此外，生物信息学方法还可以构建基因关联网络，从而揭示差异表达基因之间的相互作用关系。
基因关联网络可以通过分析差异表达基因在蛋白质-蛋白质相互作用网络中的位置和相互作用关系，揭示肺腺癌预后相关基因之间的相互关联。
构建基因关联网络有助于进一步理解这些基因在肺腺癌预后中的作用机制。
另一方面，生物信息学方法还可用于分析肺腺癌组织的免疫浸润情况。
通过分析免疫相关基因的表达情况，可以对肺腺癌组织中不同类型的免疫细胞的数量和功能进行评估。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
窑临床医学-肿瘤窑中国医药导报2019年8月第16卷第23期
CHINAMEDICALHERALDVol.16No.23August2019利用TCGA数据集分析LncRNALINC00319在肺腺癌中的表达及临床意义
陈少婷曹鹏驹杨阳陈发林福建省立医院检验科袁福建福州350001
[摘要]目的研究长链非编码RNA渊lncRNA冤LINC00319在肺腺癌及其癌旁组织中的表达及临床意义遥方法从癌症基因组图谱渊TCGA冤数据库下载516例肺腺癌组织渊肿瘤组冤与59例癌旁组织渊癌旁对照组冤RNAseq数据及对应的肺腺癌患者临床数据袁对数据中LINC00319基因表达进行分析处理遥分析比较其表达与肺腺癌临床病理特征的相关性及对预后的影响遥通过COX风险比例模型评估肺腺癌患者预后的独立危险因素遥采用基因集富集分析渊GSEA冤方法预测LINC00319功能富集的分子通路遥结果LINC00319在肿瘤组中的表达水平显著高于癌旁对照组渊P约0.05冤袁其表达水平与性别尧年龄尧N分期无关渊P跃0.05冤袁与吸烟尧T分期尧M分期以及Stage分期显著相关渊P约0.05冤袁生存分析显示肺腺癌患者中高LINC00319表达水平预示预后差渊P约0.05冤遥多因素COX风险比例模型结果显示袁高表达水平尧芋+郁及T3+T4是肺腺癌患者预后差的独立危险因素渊P约0.05冤遥在GSEA分析中袁发现LINC00319功能主要富集在细胞黏附尧细胞因子相互作用尧血管内皮生长因子信号通路尧细胞凋亡等通路中遥结论LINC00319可能通过多种途径促进肺腺癌的发生尧发展袁进而影响肺腺癌患者的预后生存袁因此袁LINC00319可作为肺腺癌患者的预后标志物或潜在治疗靶点遥[关键词]肺腺癌曰癌症基因组图谱曰长链非编码RNA曰LINC00319[中图分类号]R734.2[文献标识码]A[文章编号]1673-7210渊2019冤08渊b冤-0122-05
AnalysisoftheexpressionandclinicalsignificanceofLncRNALINC00319expressioninlungadenoarinomautilizingTCGAdatasetsCHENShaotingCAOPengjuYANGYangCHENFalinClinicalLab,FujianProvincialHospital,FujianProvince,Fuzhou350001,China[Abstract]ObjectiveToinvestigatetheexpressionandclinicalsignificanceoflongnon-codingRNA(lncRNA)LINC00319inlungadenocarcinomaanditsadjacenttissues.MethodsTheRNAseqdataof516casesoflungadeno鄄carcinomatissues(tumorgroup)and59casesofparacancertissues(para-cancercontrolgroup)andthecorrespondingclinicaldataoflungadenocarcinomapatientsweredownloadedfromthecancergenomeatlas(TCGA)database,andtheexpressionofLINC00319geneinthedatasetwasanalyzedandprocessed.Thecorrelationbetweenitsexpressionandtheclinicopathologicalfeaturesoflungadenocarcinomaanditseffectonprognosiswereanalyzedandcompared.Inde鄄pendentriskfactorsforprognosisofpatientswithlungadenocarcinomawereassessedbyCOXriskratiomodel.Genesetenrichmentanalysis(GSEA)wasusedtopredictthefunctionalenrichmentofLINC00319molecularpathways.Re鄄sultsTheexpressionlevelofLINC00319intumorgroupwassignificantlyhigherthanthatinthepara-carcinomacon鄄trolgroup(P约0.05).Theexpressionlevelhadnocorrelationwithgender,ageandN-staging(P跃0.05),andsignifi鄄cantlycorrelatedwithsmoking,T-staging,M-stagingandStagegrading(P约0.05).SurvivalanalysisshowedthathighLINC00319expressionpredictedworseprognosisinlungadenocarcinomapatients(P约0.05).Theresultsofmultiari鄄ableCOXriskscalemodelshowedthat,highexpressionlevel,stage芋+郁andT3+T4wereindependentriskfactorsforpoorprognosisofpatientswithlungadenocarcinoma(P约0.05).InGSEAanalysis,itwasfoundthatLINC00319mainlyenrichedincelladhesion,cytokineinteraction,vascularendothelialgrowthfactorsignalingpathway,apoptosisandotherpathways.ConclusionLINC00319maypromotetheoccurrenceanddevelopmentoflungadenocarcinomathroughvari鄄ousways,therebyaffectingtheprognosisandsurvivaloflungadenocarcinomapatients.Therefore,LINC00319canbeusedasaprognosticmarkerorpotentialtherapeutictargetforlungadenocarcinomapatients.[Keywords]Lungadenoarinoma;Cancergenomeat鄄las;LongnoncodingRNA;LINC00319
[基金项目]福建省卫生计生科研人才培养项目渊2018-1-4冤遥[作者简介]陈少婷渊1989-冤袁女袁硕士曰研究方向院分子生物学遥[通讯作者]陈发林渊1965-冤袁男袁硕士袁主任技师曰研究方向院临床检验诊断学遥122中国医药导报2019年8月第16卷第23期
窑临床医学-肿瘤窑
CHINAMEDICALHERALDVol.16No.23August2019肺癌是目前全球最常见的恶性肿瘤之一遥男性肺癌新发病例及死亡率居所有恶性肿瘤第1位遥女性肺癌新发病例居第3位袁死亡率居第2位[1]遥肺腺癌是具有腺样分化或黏液分泌的恶性上皮肿瘤袁目前已成为最常见的肺癌病理类型[2-3]遥长链非编码RNA渊lncRNA冤是一类大于200个核苷酸的非编码RNA链的总称[4]遥LncRNA通过调节靶基因转录因子尧调控翻译和剪切等机制袁在细胞的生长发育袁迁移尧侵袭袁凋亡中发挥作用[5-6]遥在肿瘤中袁lncRNA以内源性RNA身份竞争miRNA的结合位点袁起着癌基因或抑癌基因的作用[7]遥越来越多的研究[8-9]发现lncRNA在多种肿瘤中发挥作用遥He等[10]发现lncRNAAFAP1-AS1可以上调AFAP1促进肺腺癌细胞的迁移遥Zhao等[11]发现lncRNANSCLCAT1增加细胞的侵袭和迁移遥本研究通过癌症基因组图谱公共数据集渊thecancergenomestlas袁TCGA冤袁研究LINC00319在肺腺癌中的表达及其相关病理特征的关系袁为研究其在肿瘤发生发展中的作用机制提供参考遥1材料与方法1.1组织样本数据下载及预处理利用TCGA渊https院//cancergenome.nih.gov/冤搜索并下载肺腺癌表达谱数据袁排除缺失临床参数和生存资料的病例后袁获得516例肺腺癌组织渊肿瘤组冤与59例癌旁组织渊癌旁对照组冤的RNAseq数据及对应的肺腺癌患者临床数据遥预处理肺腺癌数据集lncRNA表达的RNAseqV2数据遥1.2LINC00319表达与临床病理特征和预后的关系对数据集中LINC00319的表达进行由高到低排序袁采用四分位法袁选取75%为截断值袁将样本分为高表达组渊LINC00319逸6.1286冤和低表达组渊LINC00319约6.1286冤遥根据病床病理特征对数据进行分析比较遥随后利用Kaplan-MeierPlotter数据中的肺癌数据集进行在线分析渊http院//kmplot.com/analysis/冤遥1.3基因集富集分析渊genesetenrichmentanalysis袁GSEA冤通过对LINC00319的表达值进行K渊K=2冤均值聚类袁根据聚类结果将样本分为低表达组和高表达组遥利用GSEA的R语言版本进行富集分析袁分析的通路来自于MsigDB数据库中的c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt数据集遥采取的是GSEA中的加权富集分析方法袁通过对样本标扰动的方式进行随机计算袁随机次数设置为1000次袁计算P值遥1.4统计学方法采用SPSS22.0软件进行统计学分析袁使用Graph鄄PadPrismv6进行图片绘制遥LINC00319在肺腺癌及相应癌旁组织中的表达水平比较采用非参数秩和检验袁卡方检验用于评估其表达水平与临床参数之间的关系遥Kaplan-Meier曲线及LogRank检验对不同LINC00319表达水平肺腺癌患者进行分析遥COX风险
比例模型用于评估肺癌患者的独立危险预后因数遥以P约0.05为有统计学意义遥
2结果2.1LINC00319在肿瘤组与癌旁对照组中的表达量及
其与肺腺癌临床病理特征的相关性与癌旁对照组比较袁LINC00319表达水平在肿瘤组中明显升高渊P约0.001冤遥见图1遥相关性分析结果显示袁其表达水平与性别渊P=0.065冤尧年龄渊P=1.000冤尧N分期渊P=0.065冤无关袁与吸烟渊P=0.045冤袁