圆二色光谱在蛋白质结构研究中的应用
生物分析 圆二色光谱

圆二色光谱分析法引言五十年代初,生物学研究从宏观领域深入到微观领域,开创了分子生物学的新时代。
随着研究的不断深入和发展,生物学已发展成最活跃的学科之一。
手性(Chirality)是物质结构中的重要特征.即具有不能重叠的三维镜像对映异构体,它们的分子式完全相同,但其中原子或原子基团在空间的配置不同,互为镜像。
凡手性分子都具有光学活性,即可使偏振光的振动面发生旋转。
生物基础分子一般都具有手性,也都具有光学活性。
在自然界中,氨基酸有L型和D型两种对映异构体,组成蛋白质的20种氨基酸,除最简单的甘氨酸不具有手性外,其余都是L型的[1]。
手性分子都具有光学活性。
当单色左旋与右旋的圆偏振光通过某一种手性样品时,该样品对左、右旋圆偏振光的吸收不同,这叫做圆二色性(Circular Dichroism)。
其差值△A=△A L-△A R称为圆二色值,按波长扫描就得到了圆二色谱(CD谱)。
CD谱是特殊的吸收谱,它比一般的吸收谱弱几个量级,但由于它对分子结构十分敏感,因此近十几年来,CD已成为研究分子构型(象)和分子间相互作用的最重要的光谱实验之一。
利用CD研究生物大分子和药物分子,具有重要的科学意义和实用价值[2,3]。
一、蛋白质的圆二色性蛋白质是由氨基酸通过肽键连接而成的具有特定结构的生物大分子。
蛋白质一般有一级结构、二级结构、超二级结构、结构域、三级结构和四级结构几个结构层次[4-6]。
在蛋白质或多肽中,主要的光活性基团是肽链骨架中的肽键、芳香氨基酸残基及二硫桥键。
当平面圆偏振光通过这些光活性的生色基团时,光活性中心对平面圆偏振光中的左、右圆偏振光的吸收不相同,产生的吸收差值,由于这种吸收差的存在,造成了偏振光矢量的振幅差,圆偏振光变成了椭圆偏振光,这就是蛋白质的圆二色性。
圆二色性的大小常用摩尔消光系数差△ (M-1 ·cm-1 )来度量。
蛋白质的CD光谱一般分为两个波长范围,即178—250 nm为远紫外区CD光谱,250—320 nm为近紫外区CD光谱, 具有不同二级结构的蛋白质或多肽所产生CD谱带的位置、吸收的强弱都不相同。
简述圆二色谱的原理及应用

简述圆二色谱的原理及应用原理圆二色谱(Circular Dichroism,简称CD)是一种研究物质光学活性的技术。
其基本原理是通过测量样品对左旋光和右旋光的吸收差异,来研究物质结构和手性。
圆二色谱的原理主要涉及到电磁波的旋转和手性分子的相互作用。
电磁波可以被视为电场和磁场的横向振动,而这两个场的振动方向垂直于波传播方向。
在自由空间中,电磁波的电场和磁场是相互垂直、相互平行并且幅度相等的。
然而,在手性分子存在的情况下,电场和磁场的振动可能会被干扰,从而导致电磁波的旋转。
根据圆二色效应,左旋光和右旋光在经过手性分子样品后会发生旋光现象。
当左旋光与手性分子相互作用后,其振动面会发生旋转,而右旋光则会与之相反地发生旋转。
这种旋光现象称为旋光分散(Optical Rotation),而测量这种旋光差异的技术就是圆二色谱。
圆二色谱可以通过测量样品对左旋光和右旋光的吸收程度差异来分析和表征生物大分子、有机化合物和无机配合物的结构、构象和手性特征。
应用圆二色谱在化学、生物化学、生物医学和药物研发领域具有广泛的应用。
下面是一些常见的圆二色谱的应用:1.结构分析和构象研究:圆二色谱可以用来确定分子结构和构象。
根据样品测得的CD谱图,可以通过比对已知的标准谱图或者进行计算模拟,来推断分子的立体结构、构象和手性特征。
2.蛋白质折叠和结构变化:圆二色谱可用于研究蛋白质的二级结构、折叠状态和构象变化。
蛋白质的二级结构(如α-螺旋、β-折叠等)会对圆二色谱谱图产生特定的影响,因此可以通过分析谱图来了解蛋白质的结构信息。
3.酶的活性和结构:通过圆二色谱可以研究酶的结构和活性。
酶的结构与其功能密切相关,圆二色谱可以帮助研究人员揭示酶的结构与功能之间的关系,并优化酶的催化活性。
4.药物研发:圆二色谱在药物研发中发挥着重要作用。
通过对药物分子的圆二色谱谱图的分析,可以了解药物的结构、构象和活性与手性之间的关系,从而指导药物改良和设计。
生物分析 圆二色光谱

圆二色光谱分析法引言五十年代初,生物学研究从宏观领域深入到微观领域,开创了分子生物学的新时代。
随着研究的不断深入和发展,生物学已发展成最活跃的学科之一。
手性(Chirality)是物质结构中的重要特征.即具有不能重叠的三维镜像对映异构体,它们的分子式完全相同,但其中原子或原子基团在空间的配置不同,互为镜像。
凡手性分子都具有光学活性,即可使偏振光的振动面发生旋转。
生物基础分子一般都具有手性,也都具有光学活性。
在自然界中,氨基酸有L型和D型两种对映异构体,组成蛋白质的20种氨基酸,除最简单的甘氨酸不具有手性外,其余都是L型的[1]。
手性分子都具有光学活性。
当单色左旋与右旋的圆偏振光通过某一种手性样品时,该样品对左、右旋圆偏振光的吸收不同,这叫做圆二色性(Circular Dichroism)。
其差值△A=△A L-△A R称为圆二色值,按波长扫描就得到了圆二色谱(CD谱)。
CD谱是特殊的吸收谱,它比一般的吸收谱弱几个量级,但由于它对分子结构十分敏感,因此近十几年来,CD已成为研究分子构型(象)和分子间相互作用的最重要的光谱实验之一。
利用CD研究生物大分子和药物分子,具有重要的科学意义和实用价值[2,3]。
一、蛋白质的圆二色性蛋白质是由氨基酸通过肽键连接而成的具有特定结构的生物大分子。
蛋白质一般有一级结构、二级结构、超二级结构、结构域、三级结构和四级结构几个结构层次[4-6]。
在蛋白质或多肽中,主要的光活性基团是肽链骨架中的肽键、芳香氨基酸残基及二硫桥键。
当平面圆偏振光通过这些光活性的生色基团时,光活性中心对平面圆偏振光中的左、右圆偏振光的吸收不相同,产生的吸收差值,由于这种吸收差的存在,造成了偏振光矢量的振幅差,圆偏振光变成了椭圆偏振光,这就是蛋白质的圆二色性。
圆二色性的大小常用摩尔消光系数差△ (M-1 ·cm-1 )来度量。
蛋白质的CD光谱一般分为两个波长范围,即178—250 nm为远紫外区CD光谱,250—320 nm为近紫外区CD光谱, 具有不同二级结构的蛋白质或多肽所产生CD谱带的位置、吸收的强弱都不相同。
远紫外圆二色谱

远紫外圆二色谱是一种用于研究蛋白质和多肽构象的技术。
它通过测量平面偏振光波长与蛋白对左右偏振光的吸收系数之差之间的关系,可以快速、简单、较准确地研究溶液中蛋白质和多肽的构象。
远紫外区的光谱反映的是蛋白肽键的圆二色性,因此可以用来分析蛋白质的二级结构,即α-螺旋、β-折叠、转角和不规则卷曲的比例。
这种技术常用于蛋白质结构的研究,有助于理解蛋白质的功能和性质。
相比之下,近紫外圆二色谱反映的是一些不对称环境中的芳香氨基酸残基以及二硫键的信息,可以用来分析蛋白质的局部构象和动力学性质。
总之,远紫外圆二色谱是一种非常有用的工具,可以帮助我们更好地理解蛋白质的结构和功能。
圆二色谱的应用案例:肽图分析流程揭示多样性

圆二色谱的应用案例:肽图分析流程揭示多样性引言生物药物研究领域中,肽图分析是一项重要的技术手段,帮助科学家深入了解蛋白质及其组成的氨基酸序列的结构和功能。
圆二色谱作为一种强大的分析工具,能够提供关于生物分子构象的宝贵信息。
本文将以“圆二色谱的应用案例:肽图分析流程揭示多样性”为中心,探讨圆二色谱在肽图分析中的应用,并介绍其在研究多样性方面的重要性。
图1。
一、肽图分析的意义肽图分析是研究蛋白质和肽段结构的重要方法,旨在探索和理解生物分子的多样性。
通过分析肽图谱,科学家可以了解蛋白质结构的空间构象、内部相互作用,以及其功能、稳定性等方面的信息。
这对于药物研发和生物学研究具有重要的意义。
二、圆二色谱的基本原理圆二色谱是一种利用生物分子对手性光的吸收差异来研究其空间构型的技术。
生物分子的手性光吸收差异可以通过测量样品中左旋和右旋圆偏振光的吸收强度来获得。
通过圆二色谱分析,可以确定蛋白质、肽段及其他生物大分子的二级结构、折叠态和构象变化。
三、圆二色谱在肽图分析中的应用1.蛋白质二级结构分析。
圆二色谱在肽图分析中的主要应用之一是对蛋白质二级结构的分析。
蛋白质的二级结构是指蛋白质链中氨基酸间的局部排列方式,包括α-螺旋、β-折叠和无规卷曲等结构。
通过圆二色谱测量蛋白质溶液中的光旋转参数和吸收光谱,可以确定蛋白质的二级结构成分和含量,从而了解其稳定性和功能。
2.肽段的构象研究。
在肽图分析中,圆二色谱可以用来研究肽段的构象变化。
通过测量肽段溶液中的圆二色谱信号,科学家可以了解肽段的构象特征,包括是否存在α-螺旋、β-折叠等结构。
这为药物设计和生物学功能研究提供了重要的参考信息。
3.肽段-受体相互作用研究。
肽段与受体的相互作用是生物分子相互作用研究中的关键问题之一。
圆二色谱可以帮助科学家研究肽段-受体相互作用的机制和构象变化。
通过测量肽段与受体结合后的圆二色谱信号,可以获得关于该相互作用的信息,包括结合位置、结合强度和构象变化等。
测圆二色谱

百泰派克生物科技
测圆二色谱
圆二色谱也称圆二色光谱,是一种根据物质的圆二色性(circular dichroism,CD)发展而来的蛋白质空间结构研究技术。
圆二色性是指当平面偏振光经过光活性物质时,由于光活性物质对左、右圆偏振光的吸收不同,导致左、右圆偏振光变成椭圆偏振光的现象。
大多数具有活性的生物大分子由于其不对称的空间结构都具有光学活性,均可作为圆二色谱研究的对象。
蛋白质是一种典型的光学活性物质,其不对称的二级构象,如α-螺旋、β-折叠、β-转角等使其具有圆二色性。
因此,可以利用圆二色谱对其二级折叠进行检测,
通常用于确定表达的纯化蛋白质是否有二级折叠或结构突变,其构象或稳定性是否改变。
圆二色谱分析检测速度快、灵敏度好,对样品浓度和性质也没有过高的要求,已广泛用于蛋白质的二级、三级空间结构表征。
百泰派克生物科技提供专业的蛋白质的圆二色谱分析服务测定蛋白质的空间构型构象,欢迎免费咨询。
蛋白质稳态技术中蛋白质构象变化的动力学研究方法

蛋白质稳态技术中蛋白质构象变化的动力学研究方法蛋白质是生命体中最重要的分子之一,它们在维持生物的正常功能和代谢稳态中起着关键作用。
蛋白质的功能往往与其特定的构象状态密切相关,因此研究蛋白质的构象变化对于理解其功能机制具有重要意义。
在蛋白质稳态技术中,研究蛋白质构象变化的动力学是一项关键任务。
本文将介绍几种常用的蛋白质构象变化动力学研究方法。
首先,传统的动力学研究方法之一是光谱技术,包括荧光光谱和圆二色光谱。
荧光光谱是基于蛋白质中色氨酸和酪氨酸等芳香族氨基酸的固有荧光特性来研究蛋白质构象的一种方法。
通过测量荧光信号的光谱特性和荧光强度的变化,可以揭示蛋白质构象变化的动态过程。
圆二色光谱则是通过测量蛋白质溶液中的圆二色信号来研究蛋白质二级结构和构象变化的方法。
这些光谱技术可以提供蛋白质构象变化的信息,但通常只能得到平均信息,对于短暂的构象变化难以捕捉。
其次,近年来,单分子技术如单分子荧光共振能量转移(smFRET)和单分子力谱学等逐渐发展成为研究蛋白质构象变化的有力手段。
smFRET技术基于荧光共振能量转移现象,通过在蛋白质中引入荧光标记物,利用荧光共振能量转移来测量标记物间的距离变化,从而研究蛋白质的构象变化。
单分子力谱学则是利用原子力显微镜等技术,通过对单个蛋白质分子施加力的方式来研究蛋白质的结构和构象变化。
这些单分子技术具有高分辨率和高灵敏度的特点,能够捕捉蛋白质构象变化的瞬时过程,对于解析蛋白质的动态行为具有重要意义。
此外,计算机模拟也是研究蛋白质构象变化动力学的重要手段。
通过建立物理模型和数学模型,可以模拟蛋白质在不同条件下的构象变化过程。
分子动力学模拟是常用的计算机模拟方法之一,它可以模拟蛋白质分子在原子水平上的动力学行为,从而揭示蛋白质构象变化的机制。
另外,蒙特卡洛模拟和量子力学计算等方法也被广泛应用于蛋白质构象动力学研究。
计算机模拟方法能够提供对蛋白质构象变化的详细描述和精确预测,为实验研究提供重要的指导和解释。
圆二色光谱α螺旋

圆二色光谱α螺旋
圆二色性(Circular Dichroism,简称CD)光谱是一种用来研究分子结构的光谱技术。
圆二色光谱可以探测到分子中光的偏振状态随时间的变化,通过分析这种变化可以得到分子结构的信息。
α-螺旋是蛋白质二级结构的一种形式,它是由多肽链上的氨基酸残基通
过氢键连接而成的螺旋结构。
当圆二色光谱用于分析α-螺旋结构时,可以观察到特定的CD信号。
α-螺旋结构会导致
入射光在穿过蛋白质溶液时,左旋光和右旋光的吸收程度不同,因此产生圆二色信号。
这种信号的变化与α-螺旋的密度和扭曲有关。
具体来说:
1.α-螺旋的密度:当α-螺旋密度较高时,CD信号通常更强。
这是因为高密度的α-螺
旋会导致更多的螺旋段落在光传播路径上,从而增强CD信号。
2.α-螺旋的扭曲:α-螺旋的扭曲程度也会影响CD信号。
如果α-螺旋紧密且扭曲较大,CD信号通常会在特定的波长处更强。
通过分析圆二色光谱,科学家可以定量地测定蛋白质中α-螺旋的含量和结构特征,这对
于理解蛋白质的三维结构和功能关系具有重要意义。
此外,圆二色光谱还可以用来研究
α-螺旋与其他二级结构(如β-折叠)之间的相对比例,以及蛋白质在不同条件下的结
构变化,如pH、温度和化学修饰等因素的影响。
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氨基酸和生物资源2010,32(4):77~80 Amino Acids&B f Resources
圆二色光谱在蛋白质结构研究中的应用 吴明和 (武汉大学生命科学院,武汉430072)
摘要:近几年来,圆二色光谱在蛋白质结构研究中的应用越来越广泛。通过对远紫外圆二色光谱的测量,可以推导出稀 溶液中蛋白质的二级结构,进而分析和辨别蛋白质的三级结构类型;通过对近紫外圆二色光谱的测量和分析,可以推断蛋白 质分子中芳香氨基酸残基和二硫键的微环境变化,研究介质与蛋白质结构问的关系;通过测定实验参数和环境条件变化时的 圆二色光谱,可以研究蛋白质构像变化过程中的热力学和动力学特性。 关键词:圆二色光谱;蛋白质;二级结构;芳香氨基酸残基;二硫键 中图分类号:Q5 文献标识码:A 文章编号:1006—8376(2010)04—0077—04
1 蛋白质圆二色产生的分子基础和特征 1.1蛋白质圆二色产生的分子基础 由于光学活性分子对左、右圆偏振光的吸收不 同,使得左、右圆偏振光透过后变成椭圆偏振光,这 种现象就是圆二色性(Circular Dichroism,简称 CD)。蛋白质是具有特定结构的生物大分子,由氨 基酸通过肽键连接而成,它具有一级结构、二级结 构、三级结构、四级结构几个主要结构层次,有的还 有结构域或超二级结构。在蛋白质和多肽分子中, 肽链骨架中的肽键、芳香氨基酸残基及二硫桥键是 主要的光活性生色基团,当平面圆偏振光通过时,这 些生色基团对左右圆偏振光的吸收不同,造成偏振 光矢量的振幅差,使得圆偏振光变成了椭圆偏振光, 就产生了蛋白质的圆二色性¨J。圆二色光谱是一 种差光谱,是样品在左右旋偏振光照射下的吸收光 谱差值 。 1.2蛋白质圆二色特征 蛋白质的CD光谱主要是活性生色基团及折叠 结构两方面圆二色性的总和。根据电子跃迁能级能 量的大小,蛋白质的CD光谱分为三个波长范 围 .4 ;(1)250 nm以下的远紫外光谱区,圆二色性 主要肽键的n一叮T电子跃迁引起 (2)250~300 nm 的近紫外光谱区,主要由侧链芳香基团的育一盯电 子跃迁引起;(3)300~700 nm的紫外一可见光光谱 区,主要由蛋白质辅基等外在生色基团引起 。远 紫外区的圆二色光谱反映了蛋白质或多肽的规则二 级结构中肽键排列的方向和能级跃迁情况,通过对 谱带位置和吸收强弱的分析对比,就能研究不同蛋 收稿日期:2010—09—27 作者简介:吴明和,男(1964一)工程师 白质或多肽的二级结构;近紫外区的圆二色光谱反 映了芳香族氨基酸残基和二硫键在不对称环境中的 圆二色性,主要揭示蛋白质的三级结构信息;研究不 对称微环境的变化和影响,对肽键在远紫外区的CD信 号并不造成干扰,在研究中可以将这些信息作为光谱 探针。紫外一可见光谱主要用于辅基的偶合分析 , 如图1是CD测定蛋白质二级结构的特征分布 。
图1 CD测定蛋白质二级结构的特征分布 (0) 一螺旋,(●)B一折叠,(△)B一转角及(▲)P2结构多肽的CD谱
从图上可以看到,特征峰谱带有明显的特点,如 表1所示。
表1 CD测定二级结构的特征峰分布 78· 吴明和: 圆二色光谱在蛋白质结构研究中的应用 2蛋白质圆二色光谱测定的条件要求 2.1样品要求 样品必须保持一定的纯度不含光吸收的杂质; 溶剂必须在测定波长没有吸收干扰;样品能完全溶 解在溶剂中,形成均一透明的溶液。 2.2氮气流量的控制 参见表2 表2测定波长与氮气流量 波长 氮气流速/L·min 200 nm以上 l85~20o nm 18O~185 nm 180 nm以下 3~5 5~10 15~20 20以上 2.3缓冲液、溶剂要求与池子选择 缓冲液和溶剂在配制溶液前要做单独的检查, 看是否在测定波长范围内有吸收干扰,看是否形成 沉淀和胶状;在蛋白质测量中,经常选择透明性极好 的磷酸盐作为缓冲体系。 2.4样品浓度与池子选择 样品不同,测定的圆二色光谱范围不同,对池子 大小(光径)的选择和浓度的要求也不一样。蛋白 质CD光谱测量一般在相对较稀的溶液中进行,溶 液最大吸收值不超过2,见表3。
3应用举例 3.1利用远紫外圆二色光谱数据计算蛋白质二级 结构的分量,分析辨认蛋白质的三级结构类型。测
表3发色基团波长与样品质量浓度和池子直径的关系
定样品常用条件: 蛋白质浓度:0.2 g·L一;光程:1 mm;容积: 350 ILL;样品需求量低至0.1 mg;浓度适宜:根据测 量时候的数据和电压调整到合理浓度范围;稳定剂 (金属离子等):最小;缓冲液浓度:5 mmol·L (保持蛋白稳定的前提下越低越好)。 根据分子结构中不同类型的片段分量,可以将 其分成几种结构类型,如表4所示
表4不同结构的划分标准 结构类型 结构特征 全 型 全8型 0【十8型 a/t3型
以 :螺旋结构为主,其分量大于40%,而B 折叠的分量小于5%; 以B:折叠结构为主,其分量大于40%,而Ot 螺旋的分量小于5% 螺旋及p 折叠分量都大于15%,这两种结构在空间上是分离的,且超过6O%的折叠链是反平行排列 0【 螺旋和B:折叠含量都大于15%,它们在空间上是相间的,且超过6O%的折叠链平行排列 氨基酸和生物资源 ·79· 3.2 近紫外圆二色光谱探针反映氨基酸残基的微 环境 近紫外CD测定蛋白三级结构常用样品条件: 蛋白质浓度:1 g·L 以上;光程:10 mm;容 积:3 mL;浓度适宜:根据测量时候的数据和电压 调整到合理浓度范围;稳定剂(金属离子等):最 小;缓冲液浓度:5 mmol·L (保持蛋白稳定的前 提下越低越好)。 蛋白质中芳香氨基酸残基和二硫键处于不对称 环境中,在近紫外区250~320 nm,表现出CD信 号,通过对信号的分析,可以研究蛋白质中芳香氨基 酸残基和二硫键所处微环境的变化,推断蛋白质三 级结构的精细变化,见表5。
A
表5不同芳香氨基酸残基和二硫键的CD特征 芳香氨基酸残基和二硫键 CD特征 色氨酸(Tip) 苯丙氨酸(Phe) 酪氨酸(Tyr) 二硫键(s—s)
279、284和291 nm 255、261和268 nm 277 nm左右; 250~320 151//1
3.3 利用CD方法检测蛋白的Tm值 在连续变温条件下,监测某个特定的波长峰随 时问变化曲线,然后将扫描后的数据文件在spectra Analysis中转换成TXT格式文件保存,选择melting 方程对温度和CD值的数值关系进行分析拟合,得 出最终结果图和Tm值,如图2 。
Temperature/℃ B
图2 (A)还原条件下HT在50,80,120,130和150 ̄C时的CD光谱图。(B)PA在氧化条件(o)和还原条件 (●)以及HT在氧化条件(口)和还原条件(■)不同温度下的去折叠片段。
A图检测不同温度下面氧化型细胞色素c的远 紫外CD谱,根据222 nm的[0]值计算完全去折叠 状态的氧化型细胞色素C在全部蛋白中所占的比 例,对温度作图,可以直观的得到Tm值。
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protein circular dichroism spectra.[J]Methods Enzy— mo1.2004.383:318~351 M R David.D H Jonathan.Calculations of protein circu— lar dichroism from first principles.[J]Chirality.2004. 16:234~243 J D Morrisett.J S David.H J Pownal1.Interaction of an apolipoprotein(apoLP—alanine)with phosphatidflcho— line. J l Biochem.1973.12:1290~1299 J T Pelton and L R Mclean.Ana1.Spectroscopic methods for analysis of protein secondary structure.[J]Biochem. 2000.277:167~176 M Levitt and C Chothia.Structural patterns in globular proteins.[J]Nature.1976.261:552~558 J.AM.CHEM.Complete thermal—unfolding profiles of oxidized and reduced cytochromes C.『J 1 SOC.2004. 126,14684~14685 8O· 吴明和: 圆二色光谱在蛋白质结构研究中的应用 Application of Circular Dichroism Spectrum in the Research of Protein Sturcture
Wu Ming—he (The Core Facility Center,College of Sciences,Wuhan University,Wuhan 430072,China)
Abstract:Nowadays,the circular dichroism spectrum becomes a popular method in the research of protein structure.The far—UV circular dichroism spectrum can calculate the secondary structure of protein in dilute solu tion.and then analyze and identify the tertiary structure of protein.The near—UV circular dichroism spectrum of protein can get the information of the aromatic amino acids and disulfide group which are hypersensitive to environ— mental changes,the relationship of proteins and medium.The process of protein conformational changes in the ther- modynamics and kinetics can be studied by measuring the change of experimental parameters and environmental condition in circular dichroism spectrum. Key words:circular dichroism spectrum;protein;secondary structure;aromatic amino acid;disulfide group