胶内酶解
生命科学前沿技术智慧树知到课后章节答案2023年下苏州大学
生命科学前沿技术智慧树知到课后章节答案2023年下苏州大学苏州大学第一章测试1.样本在鞘液流的环包下形成流体动力学聚焦，使其不会脱离液流的轴线方向，并且保证每个细胞通过（）。
A:荧光照射区B:X光照射区C:激光照射区D:散射光照射区答案:激光照射区2.流式细胞仪测定的标本，不论是外周血细胞，还是培养细胞，首先要保证的是（）。
A:双倍体细胞悬液B:单倍体细胞悬液C:单细胞悬液D:白细胞悬液答案:单细胞悬液3.流式检测时，前向角散射信号可以检测细胞膜厚度。
（）A:错 B:对答案:错4.流式细胞仪综合了激光技术、电子技术、流体技术和计算机技术。
（）A:错 B:对答案:对5.流式细胞术可检测的生物学颗粒包括（）。
A:DNAB:细菌C:细胞D:蛋白质答案:DNA;细菌;细胞;蛋白质第二章测试1.以下哪个不是荧光显微镜的用途（）。
A:光操控研究细胞动态变化B:荧光信号定量分析C:测量细胞膜电信号变化D:细胞核，细胞膜标记答案:测量细胞膜电信号变化2.荧光标记的方法有（）。
A:样本自发荧光成像B:量子点、镧系元素表C:新型有机染料标记，Alexa Fluo系列D:荧光蛋白转染标记，GFP等E:传染有机染料标记，DAPI，FITC等答案:样本自发荧光成像;量子点、镧系元素表;新型有机染料标记，Alexa Fluo系列;荧光蛋白转染标记，GFP等;传染有机染料标记，DAPI，FITC等3.荧光染料不可以用来标记活细胞。
（）A:错 B:对答案:错4.关于激光扫描共聚焦显微镜与宽场荧光显微镜，描述正确的是（）。
A:激光扫描共聚焦显微镜与宽场荧光显微镜成像原理是一样的B:使用激光扫描共聚焦显微镜核宽场荧光显微镜时可以设定曝光时间C:激光扫描共聚焦显微镜有pinhole，荧光显微镜没有pinholeD:激光扫描共聚焦显微镜都是倒置显微镜，荧光显微镜都正置显微镜答案:激光扫描共聚焦显微镜都是倒置显微镜，荧光显微镜都正置显微镜5.影响激光扫描共聚焦显微镜成像质量的条件有（）。
酶解的原理
退浆简介去除织物上浆料的工艺过程。
棉、粘胶以及合成纤维等织物的经纱，在织造前大都先经过浆纱。
浆料在染整过程中会影响织物的润湿性，并阻碍化学品对纤维接触。
因此织物一般都先经退浆。
棉织物退浆兼有去除纤维中部分杂质的作用；合成纤维织物有时可在精练过程中同时退浆。
2退浆方法各类织物退浆的方法随浆纱所用的浆料而不同，常用的有下列四种方法。
热水退浆法织物浸轧热水后，在退浆池内保温堆置十多小时，使浆料溶胀而易于用水洗去。
这种方法对于用水溶性的海藻酸钠、纤维素衍生物等为浆料的织物，有良好的退浆效果。
对于用淀粉上浆的织物，在25～40℃下堆置较长时间，任其自然发酵、降解，也可获得退浆效果。
碱液退浆法淀粉在氢氧化钠（烧碱）溶液作用下能发生溶胀，聚丙烯酸聚合物在碱液中较易溶解，可利用精练或丝光过程中的废氢氧化钠溶液作退浆剂，浓度通常为10～20克/升。
织物浸轧碱液后,在60～80℃堆置6～12小时；棉织物还可应用碱、酸退浆,其方法是先经碱液退浆，水洗后再浸轧浓度为4～6克/升的稀硫酸堆置数小时，进一步促使淀粉水解，有洗除棉纤维中无机盐类杂质的作用。
酶退浆法主要用于分解织物上的淀粉浆料，退浆效率较高。
淀粉酶是一种生物化学催化剂，常用的有胰淀粉酶和细菌淀粉酶。
这两种酶主要组成都是α-淀粉酶，能促使淀粉长链分子的甙键断裂，生成糊精和麦芽糖而极易从织物上洗除。
淀粉酶退浆液以近中性为宜，在使用中常加入氯化钠、氯化钙等作为激活剂以提高酶的活力。
织物浸轧淀粉酶液后，在40～50℃堆置1～2小时可使淀粉充分水解。
细菌淀粉酶较胰淀粉酶耐热，因此在织物浸轧酶液以后，也可采用汽蒸3～5分钟的快速工艺，为连续退浆工艺创造条件。
氧化剂退浆法中性蛋白酶的主要功能和作用中性蛋白酶也叫沙雷肽酶，中性蛋白酶是由枯草芽孢杆菌经过发酵提取而得的，属于一种限制性内切酶，可用于各种蛋白质水解处理。
在一定温度、PH值下，本品能将大分子蛋白质水解为氨基酸等产物。
卡拉胶降解酶的分离纯化
卡拉胶降解酶的分离纯化1.前言卡拉胶是一种具有商业价值的亲水凝胶（属天然麒麟糖植物胶），主要存在于红藻纲中的麒麟菜属、角叉菜属、杉藻属和沙菜属等的细胞壁中。
卡拉胶是由，1，3-β-D-吡喃半乳糖和1，4-α-D-吡喃半乳糖作为基本骨架，交替连接而成的硫酸线性多糖。
与琼胶相比，卡拉胶所有的β-连接和α（1-4）连接的残基都是D构型，但琼胶在α（1-4）连接半乳糖基上在中是L-构型。
对卡拉胶来说，它的结构在α（1-4）连接的半乳糖基上还形成了3，6-内醚，见图[1]卡拉胶可分为八种类型。
κ-卡拉胶，τ-卡拉胶，λ-卡拉胶，γ-卡拉胶，υ-卡拉胶，φ-卡拉胶，ξ-卡拉胶，ω-卡拉胶。
另一种分类方法是根据己确定的各种类型的理想的卡拉胶重复二糖的结构特征，以及1，3-连接的D-半乳糖上的硫酸基位置，可将各类型的卡拉胶分类为β-族卡拉胶、κ-族卡拉胶、λ-族卡拉胶。
卡拉胶是从红藻如角叉菜、杉藻、麒麟菜等中提取的一种水溶性多糖。
我国早期曾称其为咖啦胶、角叉莱胶、鹿角菜胶，后统一为卡拉胶。
有许多种红藻类都可以提取卡拉胶，目前世界上生产的卡拉胶有近一半是用麒麟菜作原料，此外还有角叉菜、海萝、杉藻、沙菜、银杏藻、叉红藻、育叶藻等均可提取卡拉胶，我国南方广东省用麒麟菜、北方辽宁省用角叉菜作原料生产卡拉胶[2]。
而卡拉胶酶主要有κ-卡拉胶酶，τ-卡拉胶酶，λ-卡拉胶酶等，其主要是依据所降卡拉胶降解酶的分离纯化解的底物命名的。
许多海洋微生物如Pseudoalteromonas carrageenovora,Pseudomonas carrageenovora[3,4]等都能产出卡拉胶酶，其他来源例如在海洋软体动物（Marine mollusks）体内也有[5]。
根据作用机制的不同卡拉胶降解酶可分为保持型和转换型两种。
1995年，Philippe Potin等人报道了交替单胞菌A.carrageenovora的cgkA基因所编码的κ-卡拉胶降解酶，预测其相对分子质量为44,212 Da，远远大于经SDS-PAGE测定的从发酵液纯化出的酶蛋白的相对分子质量35 kDa。
胶内酶解
1.2.2 蛋白质谱鉴定（1）胶内酶解斑点切取：用剪刀将200 μL枪头尖端剪掉约1-2cm，孔的直径约为2-3 mm，用修剪后的吸头从凝胶上戳取蛋白质点，再转入200μL离心管中（离心管灭菌后浸泡于75%乙醇，用时取出自然干燥）。
操作时注意减少污染，戴帽子手套操作，尽量减少所切取蛋白质点周围的凝胶体积，勿使样品干燥。
脱色、脱水：每管加入100 μL脱色液（50% 乙腈，25 mM 碳酸氢铵），室温放置30 分钟，吸去脱色液，重复以上步骤脱色至胶块无色透明。
加入60 μL 乙腈使凝胶脱水10 min，丢弃上清液。
酶解：每块凝胶加入约8 μL（浓度为12.5 ng/μL）溶于100 mmol/L 碳酸氢铵的胰蛋白酶，4℃ 吸胀1 h，吸出多余酶液，倒置于37℃温箱中保温12 h。
加入10 μL 5% 三氟乙酸，1 h后将溶液转移到新的Ep管内，重复2次将溶液合并。
加入10 μL 2.5% 三氟乙酸，1 h后将溶液与之前溶液合并，重复2次。
将肽段溶液在冻干机中真空低温冻干，以备用于质谱鉴定。
用0.2%三氟乙酸充分溶解肽段，立即进行质谱鉴定。
保存？？？（2）质谱鉴定①点靶：将冻干肽混合物中加入2μL 0.2% 三氟乙酸溶液，充分溶解肽段。
取每个样品0.6 μL手工点于MALDI靶板上，避光干燥。
再取0.6 μL饱和基质α-手工点于MALDI靶板上，避光干燥。
待溶剂挥发后，将MALDI靶置入MALDI-TOF-TOF质谱仪(4800 Proteomies Analyzer)。
②质谱鉴定：样品用4800串联飞行时间质谱仪4800 Proteomies Analyzer 进行质谱分析，采用反射模式，一级、二级质谱连续自动检测，采用自动获取数据的模式采集数据。
肽指纹图谱（PMF）质量扫描范围为800-4000Da，且一级质谱强度最大的 5 个峰进行串级质谱分析。
谱图用myoglobin酶解肽段进行外标校正。
SDS-PAGE蛋白质胶内酶切
蛋白质胶内酶切步骤一、溶液准备考染脱色液：50mM NH4HCO3/ACN（1：1，vol/vol）；银染脱色液：30mM K3Fe(CN)6/Na2S2O3(1:1,vol/vol);铁氰化钾/硫代硫酸钠覆盖液：25mM碳酸氢铵溶液；酶液：2ug分装后的promega质谱级胰酶，用160ul 覆盖液充分混和溶解；萃取液：5%甲酸/乙腈（1：2，vol/vol）；二、操作步骤1.水洗胶块2次，吸走液体；2.胶块脱色。
1）考然胶块：加考然脱色液100ul（溶液的量视胶块具体大小而定）室温脱色1h 左右，直至胶块的颜色完全褪去，吸走液体；水洗胶块2次，将脱色后的染料洗去，吸走液体；2）银染胶块：加银染脱色液50ul（溶液的量视胶块具体大小而定）室温脱色5min，至胶块颜色完全褪去；迅速将脱色液吸走，并加水终止；水洗胶块3次，至胶块变得完全无色透明；3.胶块脱水。
加50%ACN溶液，让胶块脱水；再加100%CAN，让胶块变白完全脱水；分别吸走液体；4.还原烷基化（SDS一维电泳条带，请做此步；2D电泳点不需要此步）1)加入50ul 10mMDTT溶液（溶于25mM NH4HCO3），56℃水浴50min；离心，吸走液体；2)加入50ul 55mM IAA溶液（溶于25mM NH4HCO3），避光反应15min；吸走液体；3)加入100ul水洗胶块，将反应剩余液体吸走；4)胶块脱水，重复步骤4；6．加入胰酶5-20ul（具体视胶块大小而定），让胶块充分吸胀，变透明20min，再剩余1-3ul的酶液；7. 37℃水浴过夜16h；8. 若做MALDI-MS分析，则直接取酶解液上清点样做质谱即可；若做ESI-LCMS分析则需要萃取胶内的多肽，分别加100ul萃取液，超声10min萃取两次，冷冻干燥待做LCMS；。
蛋白胶内酶解方法
三、制备方法（一） 胶内酶解方法[9]1.操作步骤1)用手术刀片切下电泳胶上目标条带(或用自制切点器切下感兴趣的点)，置于EP管中(胶块切成约1mm3大小)，同时切下空白胶块作对照2)加入200～400ul 100mM NH4HCO3/30%ACN脱色，清洗至透明，去除上清，冻干(注：脱色液体积过量为好，脱色至透明，不必担心蛋白的损失，因为完整蛋白在此条件下很难被洗脱)(若为银染)[10]取30～50ul 30mM K3Fe(CN)6:100mM Na2S2O3=1:1(体积比)加入胶块内，清洗至蛋白点棕色消失，去除上清，立刻加200ul水终止反应，10分钟后，去除上清，再加入100ul 100mM NH4HCO3,静置20分钟，去除上清3)(若是2-D gel，则跳至第8步) 每管加入90ul 100mM NH4HCO3，10ul 100mM DTT，56℃孵化30分钟，还原蛋白质(注：溶液体积过量，若温度为室温，反应时间相应延长至1～2小时)4)去上清，每管加100ul 100%ACN，5分钟后吸去5)每管加入70ul 100mM NH4HCO3，30ul 200mM IAA(现配，避光保存)，暗处20分钟6)去上清，每管加入100ul 100mM NH4HCO3，室温15分钟7)去上清，加入100ul 100%ACN，5分钟后吸去，冻干8)冻干后，各加入5ul 2.5～10ng/ulTrypsin溶液，置于4℃冰箱30～60分钟，使胶块充分吸胀(若仍有剩余液，吸出打掉)注：50ng酶量是基于考染一块胶1mg的上样量，12.5ng是基于银染一块胶100ug的上样量。
上样量增加，酶量同比增加，酶与被分析蛋白质量比一般为1：20～1：100[11,12]9)再加入20~30ul左右50mM NH4HCO3缓冲液(无Trypsin)，PH 7.8～8.0(Promega)注：缓冲液体积视胶块体积而定，一般没过胶块20ul左右10)37℃反应过夜，20小时左右11)吸出蛋白酶解液，转移至新EP管中，原管加入100ul 60% ACN/0.1%TFA,超声15分钟，吸出溶液，并入前次溶液，反复抽提3次，合并，冻干12)样品制备完成，可以复溶，点样，进行质谱分析2.注意事项1)若样品种类较多，切记编号离心管，样品对号入管2)考染方案各注释均适用于银染方案3)整个操作过程应注意角蛋白等的污染4)佩带一次性乳胶手套，使用洁净的离心管及Millipore H2O5)不同公司的酶，最适PH范围不同，调节PH值3.试剂配制1)100mM NH4HCO3：称取1.581g NH4HCO3(MW 79.06)溶于200ml Milli Q水中2)50 mM NH4HCO3：称取0.791g NH4HCO3溶于200ml Milli Q水中3)100mM DTT：称取DTT(MW 154.3)0.0154g溶于1ml 100mM NH4HCO3溶液中4)200mM IAA：称取IAA(MW 185.0)0.0370g溶于1ml 100mM NH4HCO3溶液中5)TPCK-Trypsin无需配制，Promega公司已提供成品，浓度为0.5ug/ul，用时可按需稀6)30mM K3Fe(CN)6：称取K3Fe(CN)6(MW 329.25)0.0099g溶于1ml Milli Q水中7)100mM Na2S2O3·5H2O：称取Na2S2O3(MW 248.11)0.0248g溶于1ml Milli Q水中8)银染脱色液：将6)和7)以1:1体积混合，现配。
凝胶内或溶液中蛋白质消化简介
凝胶内或溶液中蛋白质消化简介在用于蛋白质消化的内切酶中，丝氨酸蛋白酶-胰蛋白酶是最常见的一种，因为它生成的肽非常适合MS（/MS）分析。
根据前面的工作流程，蛋白质的酶解消化是在凝胶中或在溶液中进行的。
用于双向电泳的蛋白质通常采用凝胶内消化，而用于LC-MS/MS分析的蛋白通常采用溶液内消化。
在消化过程中，蛋白质被酶切成有限数量的较短片段或多肽，以便根据蛋白质的特征质量和模式来识别蛋白质。
凝胶内消化通过1-D或2-D凝胶电泳分离样品后，使用 MS 兼容染色剂（通常是考马斯蓝或采用无戊二醛方案的银）对蛋白质进行固定和可视化。
从凝胶中切下可视化的蛋白质，并在胰蛋白酶消化之前洗涤相应的凝胶条带或斑点以进行脱色和脱水。
据信，通过用乙腈对凝胶进行脱水，随后在含有蛋白酶的消化缓冲液中溶胀，有助于蛋白酶向凝胶的渗透。
不同的研究表明，蛋白酶渗透凝胶的过程几乎完全是由扩散驱动的。
通过将凝胶切成尽可能小的碎片，可以提高凝胶内消化的效率。
表面活性剂（去污剂）有利于凝胶中蛋白质的溶解和变性，从而缩短消化时间，增加蛋白质的裂解和提取多肽的数量，特别是对于膜蛋白等亲脂蛋白质。
通常在酸性条件下，可裂解去污剂会在消化后裂解。
这使得洗涤剂的添加需与质谱法兼容。
为了确保凝胶基质中的蛋白质有效水解，通常使用相对较高浓度的酶。
随后可以使用提取缓冲液（例如50%乙腈/5%甲酸）结合超声波，从凝胶基质中释放所生成的蛋白水解肽。
为了满足具有不同物理和化学性质的肽的要求，可以使用碱性或酸性溶液进行迭代提取。
凝胶内消化和提取多肽的效率取决于各种因素，包括(i)：蛋白质及其产物的物理化学性质（如疏水性程度、大小、氨基酸序列）；(ii)凝胶的成分、大小和厚度；(iii)提取缓冲液的成分（例如乙腈浓度）；(iv)酶的类型及其比活性；(v)一般反应条件（如温度、时间、酶与底物的比例）；(vi)蛋白质染色的类型（如考马斯或银染）。
进行凝胶内蛋白质消化的一个显著优点是，任何污染物（例如洗涤剂、盐）在电泳过程中都已被去除，因此所产生的多肽样品可以容易地进行（LC/）ESI-MS分析。
凝胶胶内酶解技术路线
凝胶胶内酶解技术路线用到的试剂如下：1．100mMNH4HCO3：称取1.975g NH4HCO3溶于250mL的双蒸水中2．脱色液：乙腈:50mM NH4HCO3=1:13．10mmol/LDTT还原液：称取0.0154g溶于10mL 100mM NH4HCO3中4．55mmol/L烷基化溶液：称取0.102g碘乙酰胺溶于10mL100mM NH4HCO35．酶解贮液：Trypsin(Promega，V5111)制备为0.5μg/μL水溶液，分装1-3μg－20℃保存6．酶解工作液：Trypsin终浓度为0.125μg于25mMNH4HCO3溶液7．肽提取液Ⅰ：5%TFA（v/v）水溶液8．肽提取液Ⅱ：乙腈:5%TFA=1:19、考染脱色液（100ML）：乙醇25 ml、乙酸8 ml、水67ml混合一、Hela细胞线粒体、细胞核、胞浆的提取。
（详见各试剂盒的操作说明书）二、蛋白质SDS-PAGE分离和酶切肽提取蛋白质SDS-PAGE分离,每个泳道上样量为50μg,共10个泳道，恒压100伏。
考马斯亮蓝染色，加脱色液至无色。
电泳后样品的酶切肽提取过程如下：1．考马斯亮蓝染色凝胶，用解剖刀将胶带切成1-2mm2大小的胶片。
2．加入脱色液(乙腈:50mM NH4CO3=1︰1)100μL浸泡，振荡20min，弃去溶液，重复1-2次直至蓝色褪尽。
3.加入50μL DTT（10mmol/L）还原液，30min，56℃；弃废液，加100μL乙腈脱水5-10min。
4．加入50μL碘乙酰胺(55mmol/L)烷基化，于暗处30min。
5．加入100μL脱色液，洗5-10min,弃废液，冰冻干燥20min。
6．加入15-20μL酶液（12.5ng/μL），置于4℃放置30min，待酶液完全被吸收，补充酶解缓冲液15-20μL，使胶完全浸没。
37℃保温15小时或过夜。
7．加提取液Ⅰ（5%TFA）100μL，40℃加热水浴1小时，30min时，超声3min左右. 8．将提取液吸到另一干净的管中，冰冻干燥；向胶块中加入提取液Ⅱ(50%乙腈，2.5%TFA)100μL，30℃保温1小时，30min时，超声3min左右9．将提取液合并，氮气吹干乙腈后，真空离心干燥。
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一、试剂准备
1．30mmol/L K3Fe(CN)6铁氰化钾
9.9 mg K3Fe(CN)6溶于1mL Milli-Q水
2．100mmol/L Na2S2O3硫代硫酸钠
24.8 mg Na2S2O3溶于1mL Milli-Q水
3．200mmol/L NH4HCO3碳酸氢铵
0.079g NH4HCO3溶于5 mL Milli-Q水
4. 覆盖液（酶解缓冲液）
40mmol/L NH4HCO3, 10% ACN
200ul 200mmol/L NH4HCO3, 100ul ACN, 700ul Milli-Q水
5. 萃取液
50％ACN，0.1% TFA
6. 胰蛋白酶
贮存液：胰蛋白酶溶于50mM醋酸溶液中（1mL Milli-Q水加入冰醋酸2.86 uL），浓度1ug/uL，即每管20ug，溶于20uL 50mM醋酸溶液中。
工作液：使用覆盖液稀释至10ng/uL
7. 脱色液
银染脱色液：30mmol/L K3Fe(CN)6与100mmol/L Na2S2O3 1:1混合
考染脱色液：50％ACN, 40mmol/L NH4HCO3
以上试剂单独存放在质谱准备室，不要使用其他来源的药品、试剂，其中脱色液需现用现配。
二、实验步骤
1. 切胶
用剪刀剪断Tip（进口Tip），将蛋白质斑点从凝胶上切下，置于0.5 mL EP管内（进口产品），每管加Milli-Q水400 uL振荡洗涤2min，吸出液体后重复一次，以保证酸液被洗净。
2. 脱色
银染样品：每管加入现配脱色液50-80uL（视胶粒大小而定），静置2min左右，当胶粒由棕黑色变成亮黄色（与脱色液颜色相同时），迅速加入400uL Milli-Q水终止反应，重新加入400uL Milli-Q水振荡洗涤一次，吸出多余的液体。
（3％H2O2/25mM NH4HCO3/H2O）
考染样品：每管加入现配脱色液50-80uL（视胶粒大小而定），静置2min左右，待胶粒蓝色褪却时，加入400uL Milli-Q水终止反应，重新加入400uL Milli-Q水振荡洗涤一次，吸出多余的液体。
3. 洗涤
向每管加入200uL 40mmol/L NH4HCO3，振荡洗涤2min，多余液体吸出丢弃，重复1次。
4. 脱水
向每管中加入100-150 uL 纯ACN，振荡脱水，待胶粒变白后，将CAN吸出舍弃，将装有胶粒的离心管开盖置于真空干燥箱或真空浓缩仪中干燥处理10min。
5. 酶解
a) 根据胶粒大小，加入合适体积的胰蛋白酶工作液（浓度10ng/uL），以完全盖住胶粒为准，冰浴45min，使胶粒充分吸收酶解液并溶涨。
b) 将管内多余的酶解液吸出舍弃，加入20-40uL覆盖液（以完全盖住胶粒为准），倒置放在37度烘箱中孵育过夜（12-16小时）。
6. 肽段抽提
次日，吸出管内酶解溶液，置于另一0.5 ML EP管中，在装胶粒的原EP管中加入萃取液20uL, 振荡洗涤20min，吸取液体与第一次吸取的液体合并，再次加入萃取液20uL, 振荡洗涤10min，并超声5min，吸取液体与前两次合并。
7. 离心
将新管内三次萃取的液体于离心机内10000rpm离心5min，吸取上层溶液转移至新的EP管内，注意不要吸取底部可能存在的微小胶粒沉淀。
8. 真空干燥
将装有抽提液的离心管开口置于真空干燥机内浓缩抽干，约需3h左右，再加入0.1%的TFA水溶液复溶，置于－20度冻存待用于质谱鉴定。
三、注意事项
1. 操作过程中必须带手套、口罩
2. 使用干净新鲜的溶液，不能有杂质和混浊物
3. 酶解在干净无尘环境下操作
4. 注意离心管，枪头干净，全部使用进口产品
5. 每次实验设置一个空白对照（从胶上无点位置去一块胶粒同时实验）和污染控制对照（使用无样品的空离心管，操作同于样品处理）
如何看明白和分析质谱测试报告？这是一个每次都被问到的问题，所以在这里贴上测试报告的截图和截图说明，希望对大家有所帮助。
一、报告标题（Analysis Information）
1 Report Type:说明样品是Gel based模式（2D胶）或LC based（LC-MS），可不用深究。
2 Analysis Type:说明分析类型，有三种：MS(仅分析一级肽指纹质量)；MS/MS（仅分析所有二级肽碎片质量）；Combined MS+MS/MS（一级肽指纹质量与二级肽碎片质量综合分析）,一般来说，2D胶或PAGE胶来源的样品使用Combined MS+MS/MS，LC分离肽段的Shotgun proteomics策略则为MS/MS。
分析类型在论文中要加上。
3 Sample set name: 没意义，可不看。
4 Database: 搜库使用的数据库（截图中是NCBInr），在撰写论文时要说明使用的数据库名称。
5 Analysis Name、Creation Date、Reported By、Last Modified等其他信息: 没意义，可不看。
二、报告正文表头（灰色阴影部分）
1 Gel idx/pos：指质谱靶的顺序编号（数字）和坐标位置（字母＋数字），说明你的样品在质谱靶上的位置信息，一般测试结束会拿到《测试报告》，测试报告表将样品编号和靶点编号已经填写对应，请注意核对。
2 Instr./Gel Origin：仪器编号和spot set名称，没意义，可不看。
3 Process Status、Plate name、Instrument Sample name、spectra:没实际意义，可不看。
三、鉴定信息说明（灰色阴影表头以下部分，重要！）
灰色阴影表头下有一排加粗的标题，例如Rank,protein name等，这时鉴定结果的标题，具体说明如下：
1 Rank：在Rank目录下可看到1、2、3、4等编号，需要说明的是，质谱鉴定是通过相似性比对得到蛋白质信息的，数字代表的是这种相似性的先后排序。
（至于如何判断哪一个是目标蛋白，后面会说到）
2 Protein Name: 蛋白质名称，一般会在名称后带上物种分类名称（拉丁字符）
3 Accession No. 上述蛋白质对应数据库的登录号，可在NCBI网站上输入该号查找蛋白质或基因完整序列（同理，如过搜库使用的是Uniprot数据库，则在Swiss-prot上查找）。
如使用自建数据库，请用Windows自带的写字板打开FASTA格式的数据库，查找蛋白质序列。
4 Protein MW:该蛋白质的理论分子量（一般根据氨基酸序列计算，注意，这里是理论分子量，有可能与真实相差很大！）
5 Protein PI:该蛋白质的理论等电点（同上，属于理论值，同你的2D胶图上点的位置可能偏差十万八千里！）
6 Pep Count:质谱打出的所有肽段质量中，能与上述蛋白质的肽段中匹配的数量，这个值体现了肽段的覆盖率（当然越高越好！）
这里说明一下搜库的原理。
一般我们使用胰蛋白酶酶解蛋白质（切赖氨酸位点），在搜库时，电脑会对数据库中的所有蛋白质序列进行一次胰蛋白酶的理论酶解，得到海量的酶解肽段（理论上的），将质谱数据与这些理论值比对，达到鉴定蛋白质的目的。
7 Protein score、Protein Score CI%：这两个数值是最重要的数据！一般来说，Score大于60，
CI%大于95被认为是成功鉴定的阈值。
在MASCOT算法中，它们代表的意思是得分值和得到这个分值的统计学可靠程度（CI），解释起来比较复杂，但记住60和95这两个值就行了。
特殊情况下，会出现得分和置信度低于上述值得情况，如果低得不多也可认为鉴定成功，如果低得多就不靠谱了！至于如何判断多少，自己结合研究背景琢磨吧。
8 Total ion score、Total ion CI%:在Shotgun proteomics策略中分析所有MS/MS离子得分和置信度，意义不大，可不用理会。
9 protein group：有些报告中会出现，特别是鉴定得到得蛋白质是unname，说明该蛋白质属于某一个蛋白质家族之类的意思，有一定的参考意义。
10 Peptide information: Calc Mass(理论值)；Obsrv. Mass(观测值，质谱采集到的真实值)；＋Da（理论值和观测值的偏差）；＋ppm（百万分之偏差率）；Start Seq/End Seq(起始序列位置和结束序列位置)；Sequence(完全匹配上的肽段序列)；Ion Score/CI%(该肽段的相对于整个蛋白质的得分和置信度，特别低的得分会隐藏，可不看)；Modification(修饰，非常重要，需要检测蛋白质修饰的情况必须看位点修饰情况，一般我们设置可变修饰类型为糖基化、氧化、磷酸化等)
11 最后说明，一个位点会对应多个Rank，多个Rank的得分都超过阈值（60，95％），怎么判断呢？A，首先考虑这几个Rank的蛋白质是否为同源蛋白质？（一般2DE胶扣的是单个点，可考虑是同源蛋白质）；B，如果属于非同源蛋白质，那说明样品是混合物（一般PAGE 胶分离经常出现这种现象），只要得分超过阈值，可认为是多种蛋白质混合未能完全分开。