新一代测序法简介
新一代基因测序技术及其应用
新一代基因测序技术及其应用基因测序技术是指通过对生物DNA（脱氧核糖核酸）序列进行高精度测定，以获得生物基因组的完整信息，进而深入探究生物的遗传特征。
随着科技的不断发展，基因测序技术也在不断升级。
近年来，新一代基因测序技术的出现，让科学家们在基因领域的研究拥有了更加丰富和详尽的数据来源，也为生命科学的发展带来了更加广阔的前景。
新一代基因测序技术简述新一代基因测序技术（Next-generation sequencing，简称NGS）是指在短时间内快速获得大量基因序列数据的技术。
相比第一代基因测序技术，NGS具有更高的非重复区域覆盖度和更高的准确性。
它采用高通量的并行测序技术，大大缩短了基因测序时间和成本，同时也降低了测序错误率。
NGS技术包括Illumina Solexa技术、Roche 454技术、ABI SOLiD技术等，其中Illumina Solexa技术是最常用的一种。
它采用“桥式扩增”技术，即将DNA片段固定在流芯表面上，通过反复的扩增和测序，最终得到完整的DNA序列数据。
NGS技术的应用领域NGS技术可广泛应用于各个领域，例如：1.疾病诊断：基因突变是很多疾病发生的重要原因，通过NGS 技术，可以检测这些基因的序列变异，并进一步推断疾病的发生机制。
2.药物研究：NGS技术可以量化基因表达谱数据，帮助科学家们发现新的药物靶点以及研究药物如何影响基因表达，进而缩短药物研究的时间和降低成本。
3.作物育种：NGS技术可以测量作物的基因型和表型，帮助作物育种者更快速地选育高产、抗病性好的新品种。
4.环境监测：NGS技术可以检测环境中的微生物以及它们的生态系统，从而帮助保护和修复生态环境。
5.人类进化发展：NGS技术可以用于分析人类基因组的演化历程，为了解人类进化史提供基础支持。
发展前景NGS技术的出现，标志着基因测序技术的一个飞跃。
它的应用领域非常广泛，从人类健康到作物育种再到环境保护都有应用。
新一代测序技术的原理及其应用
新一代测序技术的原理及其应用在生物学领域，测序技术是一种重要的手段，用于研究DNA 序列和基因功能等问题。
而随着科技的发展，新一代测序技术已经成为当前测序领域的主流方法，其所具有的高通量、高准确度和高分辨率的特点，极大地推动了遗传学、生物学、生态学以及医学等领域的研究。
本文将从原理及其应用两方面，介绍新一代测序技术。
一、新一代测序技术的原理新一代测序技术的原理是基于高通量测序技术，主要包括重复DNA片段的获取、连接、扩增、定向定深测序等步骤，其工作流程与传统测序技术有明显的区别。
1、DNA片段获取新一代测序技术会将DNA片段随机破碎成短序列，然后将其捕捉并固定到测序芯片上。
常见的捕捉方法有PCR、磁珠和基于特异性亲和力的方法等。
2、连接将特异性适配体连接到片段两端，并在适配体内加入引物，这些引物用于DNA聚合酶的扩增。
3、扩增通过PCR等方式进行多程扩增操作，得到大量的DNA复制品。
4、定向定深测序新一代测序技术在测序过程中，采用备选耗材对芯片进行重复扫描，同时获取更多的读取数据用于进一步分析。
这种方法能够大大提高测序的准确度和分辨率，从而帮助破解更加复杂的基因密码。
二、新一代测序技术的应用新一代测序技术在医学、农业、科学、环境等领域都有广泛应用，下面着重介绍一下其在医学领域的应用。
1、基因组学研究新一代测序技术可以对大规模的基因组进行测序，为对基因和基因组的变异研究提供了强有力的工具。
例如，它可以快速地发现基因突变等疾病的致病基因，同时为医学研究提供更加精准的方向和方法论。
2、个性化治疗新一代测序技术可以帮助医学研究人员确定个体在药物代谢方面的特征，进而为特定患者量身定制治疗计划。
这种方法能够避免药物过敏等副作用，提高治疗效应，从而将医学研究推向更为智能化、个性化的方向。
3、中生态学新一代测序技术可以对人体内营养元素和代谢产物进行分析以及相关微生物群的研究，从而深刻地揭示人体和微生物群体之间的关系，包括生存条件、代谢、营养以及疾病等方面。
新一代高通量测序技术
新一代高通量测序技术在生物学领域里，测序技术是一项十分重要的技术，它的作用主要在于揭示生物体内的遗传信息。
而随着科技进步的不断推进，高通量测序技术也慢慢地成为了研究生命科学的有力工具之一。
下面我们就来一起探究一下什么是新一代高通量测序技术。
什么是高通量测序？高通量测序技术（High-throughput sequencing technology）是许多学科领域中十分常用的一种生物学分析工具，也是一个高度自动化且高度并行的分析系统。
高通量测序技术的发展，能够为大规模分析基因组、转录组以及高变异率物种等遗传物质提供快速、准确的分析服务。
从技术原理上来说，高通量测序就是将完整的DNA或RNA样本测序成数百万个短片段，并通过计算机的算法将这些短片段拼接起来，从而得到完整的基因组或转录组序列。
而每个样本的短片段均由高通量测序仪进行快速、高通量的测定，使得研究者可以同时对多种样本进行测序。
发展历程高通量测序技术的发展历程主要分为三代，每一代技术都有其独特的优势和应用范围。
第一代高通量测序技术（Sanger测序）：Sanger测序使用的是传统的萃取--扩增--测序的方法，是最早的人类基因组测序方法。
这种方法虽然准确率高，但是速度慢、成本高，且只能测定小片段的序列。
第二代高通量测序技术（Next-Generation Sequencing, NGS）：NGS技术是在2005年左右开始普及的，该技术的发展使得研究者们能够实现对更大的DNA或RNA分子的快速测序。
NGS相对于第一代技术的主要优势在于速度更快，成本更低，所需样本量也比较小，并且可测定大片段的序列。
但是其相对较短的读长和高错误率等一些缺点也使得其在一些特殊的应用场景下表现较劣。
第三代高通量测序技术（Third-Generation Sequencing，TGS）：TGS技术是在2020年左右出现的一种新型的高通量测序技术，也叫做单分子实时测序技术（Single-Molecule Real-Time，SMRT）。
新一代测序技术的原理
新一代测序技术的原理新一代测序技术（Next Generation Sequencing, NGS）是一种高通量、高效、低成本的基因组测序技术，能够同时获取大量DNA片段的序列信息。
它的原理基于DNA的放大和分离，并使用特殊的荧光探针来测定每个碱基的序列。
首先是DNA放大和分离。
新一代测序技术使用PCR（聚合酶链式反应）方法，将原始DNA样品放大成大量的DNA片段。
PCR是一种体外体系中，利用DNA聚合酶的反复扩增特异性DNA序列的技术。
首先，在PCR反应中加入二个特异性引物，引物的碱基序列对应着待扩增片段的两个端点。
然后，在PCR反应中引入DNA聚合酶，该酶能够在适当的温度下，在引物的作用下，将DNA双链分离，并在两个引物的作用下，在新合成的DNA链上进行反复扩增，使DNA片段增加到成千上万倍的数量。
这样，DNA样品就得到了充分的扩增。
其次是碱基识别和测定。
新一代测序技术使用的碱基识别方法主要包括荧光ddNTP法和合成法。
荧光ddNTP法是通过不同颜色的荧光标记的氧化型二脱氧核苷酸（ddNTP）来识别碱基。
在合成DNA链的过程中，当酶到达一些位置时，会加入带有不同颜色荧光标记的ddNTP，并且会在末尾加上一个磷酸二酯键，阻止DNA链的进一步延伸。
这样，就可以根据不同的荧光信号来推断碱基的序列。
合成法则是一种体外合成DNA片段的方法。
通过在玻璃基底上逐渐加上碱基和荧光标记组成的碱基盖片，合成整个DNA片段。
合成的过程中，每加一个碱基，会检测并记录下其含有的荧光信号，从而推断出该位置上的碱基。
无论是荧光ddNTP法还是合成法，都需要将片段放入专用仪器中，通过激光器和荧光探测器测定每个碱基的信号。
这些信号通过计算机软件进行处理，最终得到DNA片段的完整序列信息。
新一代测序技术的优势在于其高通量、高效和低成本的特点。
相比传统的Sanger测序技术，新一代测序技术能够一次性测序数以百万计的DNA片段，大大提高了测序效率，缩短了测序周期，并且降低了测序成本。
新一代基因测序技术原理和应用
新一代基因测序技术原理和应用基因测序技术是解读生物基因组的重要方法之一，对于深入了解生物基因的结构和功能起着至关重要的作用。
近年来，随着科学技术的不断发展，新一代基因测序技术的出现，进一步提高了测序速度与准确度，为基因研究和应用提供了更多可能性。
一、新一代基因测序技术的原理新一代基因测序技术相比传统的Sanger测序技术，采用了高通量并行测序的方法，能够在短时间内同时测定大量的DNA序列，大大提高了测序的效率和准确度。
目前，常用的新一代基因测序技术主要包括Illumina/Solexa 测序、ABI SOLiD测序、454测序和Ion Torrent测序等。
1. Illumina/Solexa测序原理Illumina/Solexa测序是目前应用最广泛的测序技术之一。
其原理主要基于DNA合成过程中的核酸链延伸和荧光信号的检测。
首先，DNA样本经过片段化处理，生成短小的DNA片段。
随后，这些片段会与具有固定引物的光纤芯片上的端子进行连接。
接下来，在PCR反应中进行扩增，生成成千上万个复制物。
之后，将芯片放入Illumina测序仪中，通过循环终止法进行测序。
在每个循环中，通过在碱基末端发行碱基的可逆终止法，每次只释放一种具有特定荧光标记的碱基，并通过激光检测其荧光信号。
最终，通过分析测序结果的荧光信号，可以获得DNA序列。
2. ABI SOLiD测序原理ABI SOLiD（Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection）测序技术是一种通过链接寡核苷酸和检测碱基的方法进行测序。
其核心原理是通过两个同时存在的碱基标记对DNA进行测序。
首先，DNA片段经过端修复，再通过连接引物的方法进行适配体制备。
然后，在适配体上引入特定的引物序列，将这些标记不同的适配体引物链接到DNA片段上。
在测序过程中，利用红外线激光对适配体的碱基进行激发，并通过信号检测系统检测每个碱基的颜色和强度，进而确定序列。
新一代测序技术的发展与应用
新一代测序技术的发展与应用随着科技的不断发展，测序技术也随之不断迭代更新。
新一代测序技术应运而生，成为生物医学领域中不可或缺的一部分。
本文将从以下几个方面进行探讨：新一代测序技术的概念、发展历程、主要技术特征及其在实际医学与生物学领域的应用，从而探究新一代测序技术的价值与未来。
一、新一代测序技术概念新一代测序技术与末代测序技术相比，在所用的分析仪器、数据处理方式、测序原理和机制等方面都发生了重大变革，有很大的发展与创新。
新一代测序技术的问世，是由于对末代测序技术的不断优化和改进的结果。
新一代测序技术，指的是利用高通量、高效率、高精度、低成本的方法来进行大规模或全基因组测序的技术手段。
二、新一代测序技术的发展历程新一代测序技术的发展历程可以追溯到20世纪90年代，当时，首先是出现了一种基于荧光标记的测序方法，这种方法可以同时测序多个序列，并且将成本降到之前的1/10以下。
紧接着，基于固定阵列标记的预定测序技术问世，大大地拉低了测序时间和成本。
2010年以后，以Illumina/Solexa公司和ABI公司为代表的第二代测序技术产生，使得测序时间和成本进一步降低，同时测序精度和功能也得到了提高。
从2013年开始，普通消费者也可以使用新一代测序技术进行自身基因检测，迈向人类个性化医学时代。
三、新一代测序技术的核心技术特征新一代测序技术的核心技术特征有以下几个方面：1.并行化大规模测序：新一代测序技术采用的是单分子测序模式，无需像末代测序技术一样进行多轮放大，因此可以带来更高的并发性，减少或避免杂质影响和错误率。
2.大容量存储和计算：新一代测序技术所产生的序列数据量大、信息密度高，需要更高效的数据存储和计算。
3.大规模数据处理：新一代测序技术产生的海量序列数据需要强大的数据处理方法和分析工具，在计算机科学领域有着很高的要求。
4.多模式组合技术：新一代测序技术采用多种模式组合技术可以提高测序质量和深度，增加数据可靠性和复现性。
生物学新一代测序技术在微生物多样性研究中的应用
生物学新一代测序技术在微生物多样性研究中的应用随着科学技术的发展，生物学研究正迎来一个新时代。
传统的微生物学方法，如细胞培养和镜检，只能涵盖一部分微生物群落的信息。
而新一代测序技术，尤其是以高通量为特点的测序技术，可以直接对样品中的DNA进行分析，从全面的角度揭示微生物生态系统中的种群组成和功能活动。
因此，新一代测序技术成为生物学领域的一项革命性技术，被广泛应用于微生物多样性研究中。
一、新一代测序技术概述新一代测序技术（Next-generation sequencing）主要指的是自动化和高通量的DNA测序技术。
与传统测序技术相比，新一代测序技术具有高效性、全面性、重复性、高精准性等优点。
其中 Illumina 公司的MiSeq和HiSeq是最常用的新一代测序技术。
二、新一代测序技术在微生物学中的应用1. 微生物多样性研究传统的微生物学方法只能分离和培养微生物中的少数群落并进行研究，但大量病原微生物无法进行培养。
新一代测序技术不需要培养，可以直接对原样DNA进行分析，可捕获到更全面的微生物多样性信息。
此外，新一代测序技术还可以通过测序差异基因，定量分析各种微生物在样品中的相对数量，对于分析微生物群落的结构和生态特性非常有用。
2. 微生物功能研究新一代测序技术还可以通过测序元转录组、元蛋白质组等方法，进一步探究微生物群落的生态功能和代谢途径等。
通过测序信息，可以预测某些微生物功能，如性状、药物抗性等。
同时，通过比较不同环境下微生物群落的代谢途径的异同，可以推断微生物在特定环境中的适应策略和生态角色。
三、新一代测序技术在环境微生物学中的应用环境微生物学是营养循环、气候变化、生物能源利用等领域的重要研究方向，新一代测序技术在其中具有广泛的应用。
1. 污染物检测新一代测序技术可在废水、土壤和大气中检测各种环境污染物，并确定其来源、分布和转化途径。
例如，通过对受到石油污染的土壤中微生物群落的测序，可以了解到这些微生物在石油降解过程中发挥了什么作用，并为污染物的清除提供依据。
新一代DNA测序技术及其发展趋势
新一代DNA测序技术及其发展趋势DNA测序技术是生命科学领域研究的重要基础，随着科技的发展，新一代DNA测序技术的出现可以更快、更准确地解码DNA序列。
本文将介绍新一代DNA测序技术的发展趋势以及应用领域。
一、什么是新一代DNA测序技术？新一代DNA测序技术（Next-generation sequencing，NGS）是指不同于传统Sanger测序技术的高通量测序技术，被广泛应用于基因组学、转录组学、表观遗传学等领域，在科学研究、精准医学和生命健康等方面有广泛的应用前景。
NGS的主要特点是通过同时对成百万到数十亿个DNA分子进行分离、扩增、测序的高通量技术，从而获得更全面的DNA信息，有效提高了DNA测序的效率和准确性。
与传统Sanger测序相比，NGS的优势在于时间、成本和效率，可以快速提供大量具体的染色体和基因信息。
二、NGS技术的分类NGS技术可以分为四类：Illumina技术、Ion Torrent技术、PacBio技术和Nanopore技术。
1.Illumina技术Illumina技术是目前最常见的NGS技术之一，也是最常用的高通量测序技术。
该技术的基本原理是将单个核酸序列进行PCR扩增，将其分离为单碱基，并以扫描方式记录下序列信息。
一般而言，Illumina技术的测序质量和精度非常高，能够覆盖大规模的基因组或编码区。
2.Ion Torrent技术Ion Torrent技术是指通过检测DNA片段释放的质子，获得读码后生成的荧光信号以进行DNA测序的技术。
简单来说，Ion Torrent技术是一种基于半导体芯片实现的单碱基测序技术，优势在于速度和灵敏性。
3.PacBio技术PacBio技术是一种第三代测序技术，可以实现长读长序列的测定，测定的读长通常在上千个碱基对以上。
除了读长很长之外，PacBio技术最大的特点是随机误差不高，得到更准确的序列信息，尤其适用于复杂基因组的测序。
4.Nanopore技术Nanopore技术是指将DNA测序分子通过分子滤波器分子是否通过核孔来进行测序的一种方法。
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新一代测序法简介新一代测序方法是一种直接测序法，它既可以分析基因和DNA的组成(定性分析)，也可以测定同一类型基因在表达过程中产生的数量（定量分析），以及不同类型基因或DNA 之间的差别所在（交叉对比分析）。
自2004年，454测序技术发展以来，已经出现的测序产品超过六种之多。
这些产品的技术特点见下表：产家名称产品技术特点优缺点化学反应测序方法误读率样品准备高通量程度Roche(454 Life Science) 焦磷酸标记的链反应焦磷酸基标记<1% 较复杂，需PCR 中等Illumina（Solexa）四色可逆终止码合成法1%—3% 较复杂，需PCR 中—高ABI(SOLID) 双色可逆终止码合成法1%—5% 较复杂，需PCR 中—高Helicos Bioscience 单色可逆终止码合成法2%—8% 简单，无需PCR 高—超高Intelligent Biosystm 四色可逆终止码合成法1%—5% 较复杂，需PCR 中—高Pacific Bioscience 四色焦磷酸基标记焦磷酸基标记3%—8% 简单，无需PCR 高VisiGen 焦磷酸基标记FRET 焦磷酸基标记3%—8% 简单，无需PCR 高在这些技术中，从所分析的样本在测序前是否需要扩增，大致可以分为两类，即克隆扩增型和单分子测序型。
两种类型在测序技术上区别并不大，但对结果的影响却有不小的差别。
主要体现在两个方面：（1）单分子测序更能反应细胞或组织内分子的真实情况，尤其是在需要定量分析的情况下。
而克隆扩增型中的PCR反应使得样品中DNA分子的扩增机会并不完全均等，这会对基因表达的定量分析造成影响；（2）单分子测序具有通量更高的优势。
克隆扩增使得同一类型的分子数目急剧上升，在提高同类型分在在固相表面出现的几率同时，也降低了不同类型分子出现的机会。
面重点介绍Pacific Biosciences公司推出的Single Molecule Real Time (SMRT™) DNA Sequencing（单分子实时DNA测序）。
首先，在这一测序技术中有主要有两个关键的技术：一、荧光标记的脱氧核苷酸避免了碱基的空间位阻效应。
显微镜现在也无法实现实时看到“单分子”，但是它可以实时记录荧光的强度变化。
当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA 链的时候，它的荧光就同时能在DNA链上探测到。
当它与DNA链形成化学键的时候，它的荧光基团就被DNA聚合酶切除，荧光消失。
这种荧光标记的脱氧核苷酸不会影响DNA聚合酶的活性，并且在荧光被切除之后，合成的DNA链和天然的DNA链完全一样；二、纳米微孔（Zero-mode waveguide (ZMW)）。
因为在显微镜实时记录DNA链上的荧光的时候，DNA链周围的众多的荧光标记的脱氧核苷酸形成了非常强大的荧光背景，这种强大的荧光背景使单分子的荧光探测成为不可能。
Pacific Biosciences公司发明了一种直径只有10nm的纳米孔，单分子的DNA聚合酶被固定在这个孔内。
在这么小的孔内，DNA链周围的荧光标记的脱氧核苷酸有限，而且由于A，T，C，G这四种荧光标记的脱氧核苷酸非常快速地从外面进入到孔内又出去，它们形成了非常稳定的背景荧光信号。
而当某一种荧光标记的脱氧核苷酸被掺入到DNA链时，这种特定颜色的荧光会持续一小段时间，直到新的化学键形成，荧光基团被DNA聚合酶切除为止。
另外，Pacific Biosciences公司还对这一技术进行了进一步的优化：一、把双链DNA环化反复测序。
人们可以在双链DNA的两头连上发夹结构的DNA adaptor，从而使DNA环化。
而DNA聚合酶就能够以环化的DNA作为模板滚环复制，反复测一段DNA序列。
这种反复测序，纠正了偶尔出现的复制错误，从而使测序精度非常高。
二、激发光中断测序法。
DNA聚合酶虽然很稳定，但是在强大的激发光作用下酶也是有一定寿命的。
如果把激发光中断一段时间，在这段时间内DNA聚合酶继续复制DNA，当激发光重新开启以后，人们就可以测到长DNA链后面的序列。
新一代测序技术相比传统的测序方法，进步是极其明显的：（1）它实现了DNA聚合酶内在自身的反应速度，一秒可以测10个碱基，测序速度是化学法测序的2万倍；（2）它实现了DNA聚合酶内在自身的延续性，一次可以合成很长的片段，一个反应就可以测非常长的序列。
目前最快的测序技术可以测几千个碱基，是传统的方法的十几倍，这为基因组重复序列的拼接提供了非常好的条件。
（3）它的精度非常高，达到99.9999%。
此外，有些新一代测序技术（如Pacific Biosciences公司推出的Single Molecule Real Time (SMRT™) DNA Sequencing）还有其它二代测序所不具备的优势：一、直接测RNA的序列。
既然DNA聚合酶能够实时观测，那么以RNA为模板复制DNA 的逆转录酶也同样可以。
RNA的直接测序，将大大降低体外逆转录产生的系统误差。
二、直接测甲基化的DNA序列①。
实际上DNA聚合酶复制A、T、C、G的速度是不一样的。
正常的C或者甲基化的C为模板，DNA聚合酶停顿的时间不同。
根据这个不同的时间，可以判断模板的C是否甲基化。
Pacific Biosciences公司预计2010年或者2011年就会推出商业化的测序仪器。
在不远的将来，如果他们能和二代测序一样集成100万个纳米微孔，那么一台仪器15分钟就能够准确地测出一个人的基因组。
以后每个人的基因组测序成本将变成100美元，人人都可以消费得起。
相比人类基因组计划耗资30亿美元，费时十几年，无数科学家参与其中，这些技术的革新意义的重大性显而易见。
在单分子测序技术处于进步的过程中，它也同样面临来自各方面的一些挑战：一、在工程技术领域，如何能够更快更准的记录测序反应的结构。
绝大多数生物学反应都必须在液相中进行，但是如何在固相表面建立有效的反应并准确及时地记录下来，这不仅是工程学（如极微量流体传送），而且也是光学技术（如激光扫描成像）和信息技术上的挑战。
目前，Pacific Biosciences公司发明的共聚焦显微镜可以实时地快速地对集成在板上的无数的纳米小孔同时进行记录，解决了部分问题。
二、在化学和生物工程领域，如何使得测序反应更准确和可控制。
现有的单分子测序技术主要是通过修饰核苷酸或DNA聚合酶来控制反应对于核苷酸的修饰有两种情形：一种是是可逆转的终止码(reversible terminator)，在核苷酸的碱基段装配有一个荧光基团，同时将37．OH端覆盖上化学基团使之不能立即进行下一步聚合反应(也有可逆性终止码不采用这一步修饰)。
这种经过修饰的核苷酸(可逆性的终止码)，在DNA聚合反应发生时，可以象正常核苷酸一样被聚合到正在延伸中的核酸反应链末端，但却阻止下一步的链接反应，直到其上的荧光物质和化学基团被清除。
通过对可逆性的终止码的“链接—清除—链接”的循环操作来达到控制测序反应的目的，是该类测序技术的典型特征。
应用这一类型技术的公司有ILLUMINA、ABI／SOLID、HELICOS和INTELUGENT BIOSYSYSTEM等。
与可逆性的终止码不同，另一种核苷酸修饰技术是通过将荧光基团装配在核苷酸的磷酸基上而不是碱基上。
测序反应时，磷酸基修饰的核苷酸完全象正常的核苷酸一样起反应，三磷酸核苷酸转变为单磷酸核苷酸而延长DNA链，并释放出焦磷酸基。
由于释放出的磷酸基带有代表碱基特征的标志荧光，因此碱基序列得以记录下来。
比较两种方法可以得出这样的推断，磷酸基修饰法能使测序反应更省时省钱，因为它省去了可逆性的终止码所需的清除和清洗的步骤。
使用该方法的公司目前主要是PACIFIC BIOSCIENCES和VISIGEN。
除此之外，还有直接利用焦磷酸基触发反应底物而产生荧光的方法(pyrosequeneing)或其它方法如FRET等。
由于修饰后的核苷酸在分子结构、大小和质量上与天然核苷酸之间有不小的差别，因此在测序反应中有可能产生错配的现象。
对于处理这种情况可以从两方面入手，一是尽量让修饰过的核苷酸在结构上尽可能接近天然核苷酸；二是通过生物工程方法修饰DNA聚合酶，使之能够正确有效地识别人工核苷酸。
三、在生物信息领域，如何自动快速处理巨量的DNA序列信息。
具体的挑战：首先是信息量巨大。
原来需要数月甚至整年才能获得的信息，新一代测序技术也许只要数小时或数天就能获取。
巨大的信息需要及时得到读取和解释。
其次，超短测序序列(25-35BPS)比对与分析，以及由序列信息到生物学和医学的检测基本信息之间要有分析和连通过程。
再次，处理上述信息需要有新的计算方法和程序。
注①：在甲基转移酶的催化下，DNA的CG两个核苷酸的胞嘧啶被选择性地添加甲基，形成5－甲基胞嘧啶，这常见于基因的5'-CG-3'序列。
大多数脊椎动物基因组DNA都有少量的甲基化胞嘧啶，主要集中在基因5＇端的非编码区，并成簇存在。
甲基化位点可随DNA的复制而遗传，因为DNA复制后，甲基化酶可将新合成的未甲基化的位点进行甲基化。
DNA的甲基化可引起基因的失活。
DNA甲基化是研究最为深入的表观遗传学机制，DNA甲基化在维持正常细胞功能、抑制重复序列和寄生DNA成分对基因组完整性的损害、染色质结构修饰、X染色体失活、胚胎发育、基因组印迹以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。