PubMed使用手册
网络医学信息检索基本操作步骤
网络文献检索的基本操作步骤昆明医科大学图书馆信息咨询部、文检教研室本手册由2个案例组成，其后配有小贴士，如能按照这些步骤操作，你也一样达到专业水准。
案例1：请查找关于如何治疗高血压的中文文献。
第1步：进入“中国知网”首页（）（当然，也可以进其它的数据库/网站，详见小贴士）。
如图1所示：图1：CNKI首页第2步：进入高级检索页面。
具体做法：点击“学术文献总库”（），结果见图2，点击“高级检索”（），结果见图3。
图2：CNKI标准检索界面图3：CNKI高级检索界面第3步：选择字段。
要选两个字段，一个给（1）高血压，另一个给（2）治疗。
（为什么呢？请看小贴士1）。
具体的做法：点击“全文”右边的箭头（)，选择“主题”，点击“全文”右边的箭头（），选择“主题”，结果见图4。
图4：用“主题”字段检索的界面第4步：分别在第1-2个主题右侧输入“高血压”、“治疗”，出现图5的结果。
图5：CNKI的检索界面第5步：点击，结果出来了（86819篇关于高血压治疗的文献），见图6。
剩下的就是浏览、下载这些结果（在此暂不介绍，有兴趣进一步探讨、学习的同学，可联系QQ：1029860127或者769245112）。
图6：CNKI 数据库关于高血压治疗的文献检索结果界面图7：在google 上查找PubMed 数据库网址的方法案例2：小贴士1：检索策略分析 1.中文医学文献，可以在中文四大数据库中查，它们是（1）中国知网（CNKI ）：有中国硕士、博士论文。
（2）维普数据库（VIP ）：期刊比较全面。
（3）万方数据库（Wanfang ）：目前，收录2007年以来的中华牌杂志的文献。
（4）中国生物医学文献服务系统（SinoMed ）：纯医学，网上个人无法注册。
以上三者均可个人网上注册。
请留意它们各自的特色。
除此之外，NSTL 、百度、谷歌也有不少中文医学文献。
2.以上数据库可在百度或谷歌上查到网址。
3.检索词的分析：我们要查的是“关于高血压治疗方面的文章”，一看就知道有两个检索词：（1）高血压，（2）治疗。
PubMed-中文使用手册
Sort by可以Author, Journal, Publication Date作排序
Send to可選擇Text, File, Clipboard, E-mail,RSS Feed, Order。
以RSS為例，勾選檢索結果的紀錄後，選擇Send to RSS Feed，再按下Create Feed：
prognosis
sห้องสมุดไป่ตู้nsitive/broad
90%/80%
(incidence[MeSH:noexp] OR mortality[MeSH Terms] OR follow up studies[MeSH:noexp] OR prognos*[Text Word] OR predict*[Text Word] OR course*[Text Word])
5.Detail要查驗檢索詞的執行情況，可選擇“Details”鍵。可進行編輯檢索策略或按URL產生網頁加入「我的最愛」。備註：如果用History功能#1 AND #2執行檢索者，無法產生URL。
PubMed Services
Journal Database，查詢該期刊的資訊：全名、簡稱、ISSN。
每篇紀錄之圖示
無摘要/有摘要，如本院有訂購此電子期刊，在IP範圍內可閱讀全文。本院電子期刊清單詳圖書館網頁。
(橘色)PubMed Central,is a free digital archive of full-text journal articles maintained byNIH
(綠色) Free from publisher
specific/narrow
51%/95%
剑桥期刊在线_用户手册
Cambridge Journals Online剑桥期刊在线使用手册孕育于英伦最高学府剑桥大学的剑桥大学出版社成立于1534年，是世界上历史最悠久、规模最大的大学出版社之一。
自从成立以来，剑桥大学出版社一直秉承剑桥大学严谨求实的学术传统，以其卓尔不群的风格和历久弥新的姿态在国际上享有盛誉。
如今，剑桥大学出版社在全球聘用1800多名员工，同时向200多个国家和地区提供图书和期刊，其作者队伍及业务范围遍及全世界。
CUP以专业权威的自然科学和国际领先的人文社科类期刊而闻名于世，2010年共出版236种学术期刊，其中科技类有86种期刊，其中76%被SCI收录；人文社科类有151种期刊，其中66%被SSCI/AHCI收录；医学类有45种期刊，其中65%被SCI收录；工程技术类有39种期刊，有80%被SCI收录。
这些期刊学科跨度广，学术水平高，极力关注各领域的最新研究发展，已成为国内科研和教学的必备资料。
剑桥大学出版社于2007年9月开始为大学用户租用了CERNET的专线，通过专线访问无需支付国际流量费。
2011年剑桥大学出版社计划出版的期刊将达到270种左右，届时剑桥期刊在线的期刊数量及品质将有跨越式的提高。
1.1 期刊浏览每个页面上方都有期刊浏览（Browse Journals）栏目，可以以多种方式浏览期刊：1.1.1 按期刊名称浏览点击“By T itle（按期刊名称浏览）”，进入期刊名称浏览页面。
您可以点击某个英文字母，浏览名称中以该字母为首的期刊。
1.1.2 按学科类别浏览点击“By S ubject（按主题浏览）”，进入主题浏览页面。
您可以选择不同学科主题，浏览相关主题或学科领域的期刊。
1.1.3浏览已订购的期刊点击“Subscribed T o（已订购期刊）”，进入已订购期刊浏览页面。
您可以浏览当前所有有权查阅全文的在线期刊清单，包括贵单位已经订购的、正在试用或可以免费使用的全文在线期刊。
1.1.4浏览免费获取内容点击”Free Content（免费获取）”，进入免费获取内容浏览页面。
循证医学——循证检索
循证医学证据检索尽可能全面！后期人工排除
24
缩小检索范围，提高查准率 1.主题词不扩展，使用下位词，专指主题词 2.主题词/副主题词组配检索 3.限定字段，limits，字段内检索 4.运算符缩小检索范围，AND、WITH、NEAR、 NOT 5.屏幕浏览取词，扩大阅读，可先自由词检索， 再找标准的主题词+副主题词 6.通过“Suggest”功能选词，参考词检索
Narrow,specific search Broad,sensitive search
Clinical prediction guides
Clinical Queries using Research Methodology Filters
pubmed>limits
循证医学信息资源
EMBASE /
注：*数据获取时间为2009-10-10
PubMed中检索循证医学资源
Clinical Queries
Clinical Queries
专门为临床医生研究设计的内置的临床方法学“过滤器” （Clinical Methodology filters）－检索策略模型，由加 拿大流行病学和生物统计学研究人员Haynes Rier公司出品 Excerpta Medica 荷兰《医学文摘》的在线版本 收录自1974年起的内容 涵盖70多个国家/地区出版的4800多种期刊 覆盖各种疾病和药物的信息
Elsevier为同时检索EMBASE和 MEDLINE提供的网络平台
什么是 ?
EMBASE
•1974年起 •4,800 种期刊，其中包括1,800 种 Medline以外的特有期刊
MEDLINE 1966年起 1,800 种Embase以 外的特有期刊 北美文献为主
PubMed使用手册
PubMed使用手册【基本查询方法】∙一个检索词：一个单词：在文本框中输入检索词，按GO查询。
含两个单词以上的检索词：需要加双引号，注意是英文输入状态下的双引号。
如："ultrasonic diagnosis"是正确的，“ultrasonic diagnosis”是错误的∙两个以上的检索词：可使用 AND、OR 连接各检索词。
如："three dimensional ultrasound" AND thyroid ∙可以在“limit”菜单下限制文献出版的时间、语种等等。
【完全手册】PubMed 系统的主要特点1.词汇自动转换功能（Automatic Term Mapping）在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将按顺序使用如下4种表或索引，对检索词进行转换后再检索。
（1）MeSH转换表（MeSH Translation Table），包括MeSH词、参见词、副主题词等。
如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和TextWord词（题名词和文摘词）进行检索。
例如：键入"Vitamin h"，系统将其转换成"Biotin [MeSH Tems] OR Vitamin h [Textword]"后进行检索。
（2）刊名转换表（Journal Tanslation Table），包括刊名全称、MEDLINE 形式的缩写和ISSN号。
该转换表能把键入的刊名全称转换为"MEDLINE缩写[Journal Name]"后进行检索。
如：在检索提问框中键入："new england journal of medicine", PubMed将其转换为"N Engl J Med [Journal Name]"后进行检索。
（3）短语表（Phrase list）。
PubMed医学文献检索系统.
PubMed医学文献检索系统PubMed是因特网上重要的免费文献检索系统。
目前全球最著名的医学文献数据库系统是美国国立医学图书馆的MEDLINE，该数据库重数据免费提供给各个检索系统的开发商，因此在因特网上有重多的免费MEDLINE检索系统。
这些系统所涵盖的文献年代、检索结果的输出格式以及检索途径各不相同，但是，目前被医务人员广泛使用的仍然是美国国立医学图书馆的PubMed系统PubMed和NCBI：1．美国国立医学图书馆“NLM”2．早在1879年，编译医学文献的检索刊物IM3．1964年采用计算机进行电子编辑和排版，在此基础上开发了“医学文献分析与检索系统”（即著名的MEDLARS）4．1971年正式建立了钙系统的联机系统，称为“MEDLARS联机检索系统，MEDLARS online,既MEDLINE 系统。
5．PubMed则是NLM的国家生物信息中心（National Center for Biotechnology Information, NCBI）开发的一个以网络为基础的检索系统，自1997年免费提供服务PubMed ――特点：PubMed具有MEDLINE 所具有的各种检索和数据库优势，同时还具有以下特点：⏹连接广泛：包括对外链接和对内链接，对内指与NCBI其它数据库的链接和PubMed文献相似度计算后的相关文献链接，对外连接指出版商提供的文献全文的连接，有免费和需要注册的。
⏹更新速度快：出版商直接把电子版提供给NLM⏹收录文献范围广：三个层次的数据库：MEDLINE数据库、PreMEDLINE数据库和出版商直接提供的文献数据库等PubMed ――收录范围总体包括：⏹收录年限：1966～⏹收录内容：70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊的文献和一些非医学内容的文献，主要是MEDLINE。
内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科，另外有非医学内容的文献，如science 和nature中具有地理学方面的文献。
新版Pubmed最全实用教程（超全收藏版）
新版Pubmed最全实用教程（超全收藏版）PubMed 是一个免费的搜寻引擎，提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。
它的数据库来源为MEDLINE。
其核心主题为医学，但亦包括其他与医学相关的领域，像是护理学或者其他健康学科。
它同时也提供对于相关生物医学资讯上相当全面的支援，像是生化学与细胞生物学。
该搜寻引擎是由美国国立医学图书馆提供，作为 Entrez 资讯检索系统的一部分。
PubMed 的资讯并不包括期刊论文的全文，但可能提供指向全文提供者(付费或免费)的链接。
PubMed是因特网上使用最广泛的免费MEDLINE,是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)于2000年4月开发的,基于WEB的生物医学信息检索系统,它是NCBI Entrez整个数据库查询系统中的一个。
PubMed界面提供与综合分子生物学数据库的链接，其内容包括:DNA与蛋白质序列，基因图数据，3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线，也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接等。
PubMed系统的特征工具栏提供辅助检索功能、侧栏提供其它检索如期刊数据库检索、主题词数据库检索和特征文献检索。
提供原文获取服务免费提供题录和文摘，可与提供原文的网址链接，提供检索词自动转换匹配，操作简便、快捷。
Pubmed最近也是改头换面了，为了能够帮助大家快速熟悉上手新版Pubmed，我们这里进行了常用功能的总结，供大家参考。
首页是这样的：目录•基本检索•高级检索•Mesh主题词检索•常用检索技巧•如何让Pubmed自动发送最新文献•如何使用Pubmed直接复制黏贴参考文献基本检索基本检索是PubMed最常用的检索方式。
在PubMed基本检索框中输入检索词，点击Search即可检索文献。
比如在检索框中直接输入septic shock，点击检索。
结果显示界面如下，中间主体内容为检索获得的文献，左侧主体内容为Pubmed自带或者你自己自主设置的过滤器。
美国国家生物信息中心使用介绍
NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心[url]/[/url]NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NCBI提供检索的服务包括：1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。
GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。
它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。
这三个组织每天交换数据。
其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。
2．Molecular Databases（分子数据库）：Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。
Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。
Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。
MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。
Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。
其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。
3．Literature Databases（文献数据库）（1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
PubMed使用手册【基本查询方法】•一个检索词：一个单词：在文本框中输入检索词，按GO查询。
含两个单词以上的检索词：需要加双引号，注意是英文输入状态下的双引号。
如："ultrasonic diagnosis"是正确的，“ultrasonic diagnosis”是错误的•两个以上的检索词：可使用AND、OR 连接各检索词。
如："three dimensional ultrasound" AND thyroid •可以在“limit”菜单下限制文献出版的时间、语种等等。
【完全手册】PubMed 系统的主要特点1.词汇自动转换功能（Automatic Term Mapping）在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将按顺序使用如下4种表或索引，对检索词进行转换后再检索。
（1）MeSH转换表（MeSH Translation Table），包括MeSH词、参见词、副主题词等。
如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和TextWord词（题名词和文摘词）进行检索。
例如：键入"Vitamin h"，系统将其转换成"Biotin [MeSH Tems] OR Vitamin h [Textword]"后进行检索。
（2）刊名转换表（Journal Tanslation Table），包括刊名全称、MEDLINE 形式的缩写和ISSN号。
该转换表能把键入的刊名全称转换为"MEDLINE缩写[Journal Name]"后进行检索。
如：在检索提问框中键入："new england journal of medicine", PubMed将其转换为"N Engl J Med [Journal Name]"后进行检索。
（3）短语表（Phrase list）。
该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统（UMLS: Unified Medical Language System）和补充概念（物质）名称表[Supplementary Concept (Substance) Name]。
如果PubMed 系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找短词表。
（4）著者索引（Author Index）。
如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有1~2个字母的短语，PubMed即查著者索引。
如果仍然找不到匹配词，PubMed就会把该词断开后再重复上述自动词汇转换过程，直到找到与键入的词语相匹配词语为止。
若仍然没有匹配词，单个词会被联一起（用AND）在全部字段中检索。
如："single cell"，系统就会自动将其分成两个词："single"和"cell"检索，其检索表达式为："single AND cell"。
要查验检索词的转换情况，可点击"Details"键。
2.截词检索功能PubMed 允许使用"*"号作为通配符进行截词检索。
如：键入"bacter *"，系统会找到那些前一部分是bacter的单词（如bacteria, bacterium, bacteriophage等），并对其分别进行检索。
如果这咱词少于150个，PubMed会逐个词检索，若超过150个（如：Staph*）,PubMed将显示如下警告信息："Wildcard search for 'term*' used only the first 150 variations. Lengthen the root word to search for all endings"。
截词功能只限于单词，对词组无效。
如："infection*"包括"infections"，但不包括"infection control"等。
使用截词功能时，PubMed系统会自动关闭词汇转换功能。
3.强制检索功能如上所述，在PubMed主页的检索提问框中键入一个短语后点击"Go"，系统会高速用自动转换功能查找到相应的匹配词后再进行检索；但是，当键入的词语无匹配词时，PubMed就会将键入的词语断开后再重复上述自动词汇转换过程，若仍然没有匹配词，系统就将短语分解成单词，再用AND联在一起在全部字段中检索。
很明显，这样检索的结果是不符合用户要求的。
因此，PubMed允许使用双引号（""）来强制系统进行短语检索。
例如，在PubMed主页的检索提问框中键入"Single cell"，并用双引号引起来，然后点击"Go"，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。
使用双引号检索，会自动关闭词汇转换功能。
4.链接功能（1）链接相关文献。
PubMed系统中的每条文献记录均有一个相关文献链接，在检索结果的显示状态下，每条记录的右边均有"Related Articles"超链。
点击该链，系统按文献的相关度从高到低显示相关文献。
利用检索史（History）按钮能进一步限制相关文献。
点击"History"，把相关检索式的编号录入检索提问框，然后再键入附加条件词，最后点"Go"。
如在检索提问框中键入"#7 AND english[la]"，可将检索进一步限定在英文文献范围内。
（2）链接NCBI（National Center for Biotechnology Information）数据库。
PubMed在其主页上与NCBI的5个数据库建立了超链接。
这些数据库包括：Protein[氨基酸（蛋白质）序列]数据库，Nucleotide(DNA序列)数据库，Popset(种群、种系发生或突变序列)数据库，Structure（分子结构模型）数据库和Genome(基因组序列)数据库。
（3）链接外部资源。
PubMed提供从检索结果到期刊全文、生物学数据、序列中心等的链接。
该功能通过链接上述资源站点的方式来实现。
在检索结果显示状态下，点击"LinkOut"进入相关网站。
（4）链接相关图书。
点击"Books"，可参考相关书籍的文摘页。
书籍文摘页上的某些短语是超链接，点击短语超链，可连到相关图书的页码表，可在表上找到有关短语。
此外，PubMed系统允许用户查看被引期刊名称表，点击主页上的PubMed Journal Brower即可，PubMed向用户提供期刊的缩写名称和ISSN号。
PubMed 检索PubMed系统检索范围：MEDLINE数据库和PreMEDLINE数据库。
1.词语（主题）检索在PubMed主页的提问框中键入英文单词或短语（大写或小写均可后回车或点击"Go"， PubMed即使用其词汇自动转换功能进行检索，并将检索结果直接显示在主页下方。
例如：键入"vitamin c common cold"后回车或点击"Go"， PubMed开始检索并将检索结果显示出来。
如果检索结果不符合要求，可以在提问框中增加或删除词语，或者在Details状态下（参见Details键的用法）来修改检索式，也可使用"Limits"（参见Limits的用法）选择限定条件后再进行检索。
此外，用户可根据需要使用通配符"*"或双引号进行截词检索或强制检索。
2.著者检索在提问框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写，格式为：著者姓空格名字首字母缩写，例如smith ja，然后回车或点击Go，系统会自动到著者字段去检索，并显示检索结果。
如果在录入了著者的姓氏，系统将首先在MeSH转换表中查找该著者的姓。
查到后，系统检索主题字段和题名与文摘字段，否则，系统将在全部字段中检索。
如果在著者姓名前后使用双引号，并用著者字段标识--[au]加以限定，如"smith ja"[au]，那么系统只检索著者字段。
3.刊名检索在提问框中键入刊名全称或MEDLINE形式的简称、ISSN号，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524，然后回车或点击Go,系统将在刊名字段检索，并显示检索结果。
如果刊名与MeSH词表中的词相同，例如：Gene Therapy、Science或Cell 等，PubMed将把这些词作为MeSH词检索。
在这种情况下，需要用刊名字段标识--[ta]加以限定，如"gene therapy[ ta ]"。
单个词的刊名也需要用[ ta ]限定，如：Scanning[ ta ]。
否则，系统将在全部字段中检索。
使用刊名全称或MEDLINE简称可检索到数据库中的全部相关记录。
使用ISSN号进行检索，则不能保证检到数据库中较早的记录。
若刊名有括号，录入时应将括号省略。
如：J Hand Surg[ Am ]应键入 J Hand Surg Am。
4.布尔逻辑检索PubMed系统允许使用布尔逻辑检索，但要在提问框中键入布尔逻辑运算符（AND，OR或NOT）。
如：vitamin c OR zinc。
布尔逻辑检索的运算顺序为从左至右，但可使用圆括号来改变其运算顺序。
如common cold AND (vitamin c OR zinc), 圆括号中的检索式最先运算。
布尔逻辑检索允许在检索词后附加字段标识以限定检索字段（字段标识要用方括号括起来，位于检索词这后）。
其检索表达式的格式为：检索词[字段标识]布尔运算符检索词[字段标识]。
如：dna[ mh ] AND crick [au ] AND 1993 [ dp ]; 又如：ansthma/therapy[ mh ] AND review[ pt ] AND child, preschool[ mh ]。
各种字段标识见表1。
表1 字段标识一览表字段标识字段名称简要说明AD Affiliation 第一责任者的工作单位、地址，合同号ALL All Fields 全字段AU Author Name 著者姓名RN EC/RN Number 酶学委员会分配给特定酶的编号和化学文献社的登记号EDAT Entrez Date 录入PubMed系统数据库的日期FILTER Filter 由PubMed系统链接的外部资源站点所使用的用来限定文献的技术标识 IP Issue 期刊的期号TA Journal Title 期刊名称或IISN号LA Language 语言文种MHDA MeSH Date 标引MeSH主题词的日期MAJR MeSH Major Topic 主要MeSH 主题词MH MeSH Terms 全部MeSH主题词PG Page Number 期刊页码PS Personal Name as Subject 人名主题词DP Publication Date 文献出版日期PT Publication Type 文献类型，包括综述、临床试验、通信等SHP Subheadings MeSH副主题词SI Secondary source ID 用于限定检索与PubMed系统中的文献条目相关的分子序列资源数据库（如Genbank[ si ]）和/或该数据库中的存取号（如：AF001892[ si ]）SB Subset 用于限定检索PubMed下属的文献数据库（包括MEDLINE，PreMEDLINE, Publisher和AIDS数据库）。