两分钟学习凝胶分析软件BandScan
qualityone教程使用简介
凝胶定量软件Quantity One使用简介1、内容简介凝胶电泳是每个做分子生物学的同学天天都要打交道的基本技术。
电泳之后的信息处理与电泳本身同样重要。
目前有大量软件可以用于分析电泳结果，比较有名的比如BandScan、BandLeader、Sigma Gel等等。
今天要向大家介绍的是来自Bio-Rad的1D凝胶定量软件Quantity One（Bio-Rad还有一个做2D凝胶分析的软件PDQuest）。
这个软件的最新版本可以在Bio-Rad的主页免费下载。
目前的最新版本是4.52版2、Quantity One的定量方法Quantity One的分析功能顾名思义主要用来进行凝胶或者培养皿的荧光定量分析。
它的分析功能或者说分析方式主要有4种：泳道/条带轨迹定量法；等高线直接定量法；菌落计数；分子量测定这三种方法中使用最为方便也是最为广泛的应该是等高线定量法（Volumn Contour）。
它通过半自动描绘电泳条带的等高线边缘来得到等高线区域内部面积，再将该面积乘以区域内平均光密度值得到条带内部总的信号量。
当然这种分析方法的弊病显而易见：无法同等得排除不同泳道的背景亮度；等高线的绘制处于“半自动”状态，即需要人为判断作为等高线标准的电泳条带的边缘；最致命的是在几个电泳条带距离十分接近的时候几乎无法绘制单一条带的轮廓（常出现连续的几个条带等高线相连而无法分离出单独条带的轮廓）。
三种方法中个人感觉最为科学和严谨的应该是泳道/条带轨迹定量法（Trace Tracking）。
这种方法使用起来步骤较为繁琐，必须通过泳道识别---电泳条带识别两个连续的步骤才能进行定量。
然而这种方式的最大优点在于它可以完全抛弃人为主观因素进行全自动定量。
他的定量方式为：首先根据不同电泳条带的光密度值绘制光密度曲线，然后计算光密度曲线下面积作为电泳条带的定量根据。
大家可能会问他能不能排除泳道背景？答案是肯定的，它能够最大程度的排除不同泳道之间的背景差异，让各个泳道上的不同电泳条带在一条几乎相同的起跑线上进行对比。
各类生物软件汇总
三维分子类RASMOL 2.7.2.1 观看生物分子3D微观立体结构的软件。
非常有名，巨棒！RasTop 2.03 为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME 2.6 SP5 直接在浏览器中观看3D分子。
MolMol 2k.2 将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件。
CrystInfo 1.0 用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3d结构。
PDViewer PDB格式文件的查看程序。
DS ViewerPro 5.0 trail 3维分子浏览工具。
ICMLite 2.8 3维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能。
VMD 1.82 3维分子浏览工具，可以进行动态显示。
CN3D 4.1 3D分子结构观察软件。
WPDB 2.2 PDB文件检索显示分析软件。
DTMM 4.1 Demo 3维分子模型显示、编辑与构建程序。
gopenmol2.32 显示并分析分子结构及其特性的软件。
POV-Ray 3.6b3 生成三维图像工具软件。
WinMegaPov 1.0 3D渲染软件POV-Ray非官方编译软件。
MolPOV 2.0.8 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Mol2Mol 5.2.1Demo 分子文件格式转换软件。
PovChem 2.1.1 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Ortep-3 for Windows 1.076 生成分子的热椭圆形点图软件。
PLATON1.07 通用结晶学软件工具。
Mage 6.35 读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。
Prekin 6.35 将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件的软件。
Swiss-PdbViewer 3.7 sp5 PDB文件显示与分析软件。
DINAMO 蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。
PCMolecule2 Lite 查看PDB格式文件的免费软件。
StrukEd Demo 化学分子编辑与三维模型生成软件。
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿第一部分：软件介绍1.DNAMAN是什么？-DNAMAN是一款用于DNA和蛋白质序列分析的软件。
-它提供多种功能，包括序列比对、引物设计、限制酶分析和进化树构建等。
2.DNAMAN的应用领域-DNAMAN广泛应用于生物学、生物技术和医药领域。
-它可以帮助研究人员进行序列分析、设计实验方案和解读实验结果。
第二部分：基本序列比对1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入序列-点击“导入”按钮，选择需要比对的序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将序列导入到项目中。
3.序列比对-选择需要比对的序列，点击“比对”按钮进行序列比对。
-系统会自动比对序列并生成比对结果。
4.结果解读-比对结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的比对算法和调整参数来优化比对结果。
第三部分：引物设计1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入标记序列-点击“导入”按钮，选择需要设计引物的标记序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将标记序列导入到项目中。
3.引物设计-点击“引物设计”按钮，选择设计引物的参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动生成引物设计结果。
4.结果解读-引物设计结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的参数和算法来优化引物设计结果。
第四部分：限制酶分析1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入限制酶序列-点击“导入”按钮，选择需要分析的限制酶序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将限制酶序列导入到项目中。
3.限制酶分析-点击“限制酶分析”按钮，选择分析参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动进行限制酶分析。
4.结果解读-限制酶分析结果以图形和文本形式展示。
电泳条带的光密度分析原理
电泳条带的光密度分析原理电泳图⽚光密度分析原理与⽅法⽆论是DNA电泳图⽚还是RNA电泳图⽚，或者是蛋⽩的凝胶电泳图⽚包括Western blot膜、或者是化学发光膜图⽚，在图像分析的⾓度来看，都是同样的⼀种条带光密度分析的问题。
分析电泳条带有专门的⼀类图像分析软件。
常见的是Bandscan, Quantity One, 由各个凝胶电泳成像系统⼚商⾃⼰编制的软件就更多了。
我喜欢⽤的是Labworks, 是UVP公司⽣产的凝胶电泳成像系统上配⽤的拍摄与分析软件，实际上就是传说中⼤名⿍⿍的gel-pro。
这个软件可以看作是Image-pro plus应⽤在电泳条带分析上的专业版。
所以⽤惯了IPP后对gel-pro就会感觉很熟悉。
很快就能学会使⽤。
现在UVP已经不使⽤labworks了，另弄了⼀个visionworks 软件，⽤起来就是没gel-pro舒服。
实际上所有的电泳条带分析软件在分析原理与功能上都没什么差别。
只是软件界⾯与操作程序上各有不同。
所以，了解了条带的分析原理后也就能⾃⼰学会各种软件的使⽤了。
分析电泳条带也是从拍摄电泳照⽚开始的。
⽤平时玩的数码相机拍摄的电泳条带⼀般不能⽤来进⾏定量的分析。
⽽必须使⽤专门的拍摄设备。
⼤家⼀般称它为“凝胶成像系统”。
它集中了观察，拍摄与分析凝胶的所有功能。
⼀个凝胶成像系统包括了三个部分，暗箱，相机与电脑上的控制分析程序。
让我们从使⽤成像系统的操作⽅法中来了解如何正确地拍摄与分析凝胶吧。
⼀、暗箱⼀个最简单的暗箱就是个不透光的箱⼦⾥⾯放了⼀个紫外灯箱，⾼级⼀点的暗箱则有好⼏组灯光照明。
当然，在箱⼦上⾯会有⼀个安放相机的地⽅。
紫外灯箱是观察与拍摄凝胶的必需照明设备。
它是⽤来观察EB染⾊的凝胶条带的。
⾥⾯的紫外灯光能提供256nm,302nm及365nm的紫外光。
在观察EB的红⾊荧光条带时，⼀般⽤302nm。
在观察与拍摄蛋⽩凝胶的时候，必须使⽤透射⽩光照明。
有的暗箱⾥会有⽩板照明灯，平时向上掀起靠在后壁上，使⽤时拉下来。
凝胶成像系统的使用方法
凝胶成像系统的使用方法
本系统属全自动电脑控制影像分析系统，主要拍摄核酸的agarose电泳胶片，及蛋白质的acrylamide电泳胶片。
在与markers比较后，可精确计算样本的分子量，对核酸电泳也可准确定量，是分子生物学及生化蛋白试验的重要检测工具。
本系统包括暗箱，紫外透射仪，摄像头，变焦镜，电脑以及专业凝胶图象采集及分析.软件（3.3版）。
该软件提供对电泳凝胶、斑点测量、PCR密度的定量分析等。
此外，还提供图像采集、标注、打印、数据和图像发送到Word、Excel、图像处理等功能。
1.使用方法
(1) 打开电脑，启动凝胶分析软件，进入用户界面。
（2）打开采集凝胶图像的暗箱装置电源开关，放入凝胶，打开紫外光源或白光光源，将采集装置与电脑上采集卡相连，然后选择“文件”菜单中的“图像采集”或工具栏的“图像采集”按钮，出现图像窗口：“开始采集”、“停止采集”、“采集图像”等。
如果图像不清晰，可以调节暗箱上的变焦镜，使之清晰。
可直接将图像保存起来，也可通过“图像处理”对图像进行旋转、裁剪、滤波、调节对比度……方面的处理。
(3)对读入的电泳凝胶图像，可以启动电泳凝胶分析系统。
在“功能选择”菜单中选择“电泳凝胶”或在工具栏上的“电泳凝胶”工具，将出现泳道分析工具栏，并在“图像显示”子窗口中出现一个红色的矩形框。
还可进入“条带分析”系统，对条带进行编号，对二条以上的条带进行比较。
（4）采集图像结束后，关闭暗箱电源开关，从暗箱中取出凝胶，并将玻璃板清洗干净，晾干。
凝胶定量软件QuantityOne使用简介1内容简介凝胶电泳是每个做
凝胶定量软件Quantity One使用简介1 内容简介凝胶电泳是每个做分子生物学的同学天天都要打交道的基本技术。
电泳之后的信息处理与电泳本身同样重要。
目前有大量软件可以用于分析电泳结果，比较有名的比如BandScan、BandLeader、Sigma Gel等等。
今天要向大家介绍的是来自Bio-Rad的1D凝胶定量软件Quantity One（Bio-Rad还有一个做2D凝胶分析的软件PDQuest）。
这个软件的最新版本可以在Bio-Rad的主页免费下载。
2 Quantity One的定量方法Quantity One的分析功能顾名思义主要用来进行凝胶或者培养皿的荧光定量分析。
它的分析功能或者说分析方式主要有4种：泳道/条带轨迹定量法；等高线直接定量法；菌落计数；分子量测定--------------------------------------------------------------------------------这三种方法中使用最为方便也是最为广泛的应该是等高线定量法（Volumn Contour）。
它通过半自动描绘电泳条带的等高线边缘来得到等高线区域内部面积，再将该面积乘以区域内平均光密度值得到条带内部总的信号量。
当然这种分析方法的弊病显而易见：无法同等得排除不同泳道的背景亮度；等高线的绘制处于“半自动”状态，即需要人为判断作为等高线标准的电泳条带的边缘；最致命的是在几个电泳条带距离十分接近的时候几乎无法绘制单一条带的轮廓（常出现连续的几个条带等高线相连而无法分离出单独条带的轮廓）。
三种方法中个人感觉最为科学和严谨的应该是泳道/条带轨迹定量法（Trace Tracking）。
这种方法使用起来步骤较为繁琐，必须通过泳道识别---电泳条带识别两个连续的步骤才能进行定量。
然而这种方式的最大优点在于它可以完全抛弃人为主观因素进行全自动定量。
他的定量方式为：首先根据不同电泳条带的光密度值绘制光密度曲线，然后计算光密度曲线下面积作为电泳条带的定量根据。
生物软件汇总
生物软件汇总，强烈推荐！质粒绘图Plasmid Processor 1.02 绘制质粒图软件。
Plasmid Processor Pro 绘制质粒图软件,与Plasmid Processor是同一个作者。
WinPlas 2.7 demo 质粒绘图软件商业版。
DMUP beta 环状质粒绘图软件测试版。
Plasmid Toolkit 1.4s 质粒绘制软件。
pDRAW 1.1.60 DNA分析与绘图软件,可绘制线性或环形DNA图。
Redasoft Visual Cloning 2000 Demo 是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版。
SimVector 2.01 Demo 质粒图绘制软件。
CloneMap 2.11 Demo 质粒作图软件演示版。
pCIRCLE 2nd Flash MX 2004 制作的用于绘制环状质粒的软件图像处理Image Tool 3.0 科学用途的处理图像软件。
Image J 1.31 用Java语言写成的科学用途的处理图像软件。
Cross Checker 2.91 基因指纹图分析软件。
ALFmap 1.22 ALF (Amersham Pharmacia) 图像格式转换软件。
Band Leader 3.0 凝胶图像处理软件。
Scion Image 4.12 图像处理与分析工具。
OSIRIS 4.18 通用医学图像处理与分析软件。
Melanie 4 Viewer 免费Melanie图像查看器。
ChromoZoom 1.1 比较两个图像的相同与不同之处软件。
bandscan 5.0 Demo 蛋白凝胶电泳图像分析软件。
SigmaScan Pro 5.0 Demo 图像分析软件30天全功能演示版。
SigmaGel 1.0 Demo 凝胶图像分析软件。
TotalLab 2.0 评估版图像分析软件。
LabImage 2.71 评估版凝胶图像分析软件。
Oligo+BANDSCAN软件使用详细说明.doc
Oligo 6 Tour 主要功能介绍Oligo是一种多功能的程序，通过从一个序列中搜索、选择寡核苷酸而广泛运用于PCR、DNA 测序、定向诱变及各种杂交中。
它采用nearest neighbor thermodynamic values的方法计算出杂交的温度及寡核苷酸的二级结构。
Oligo软件已经被认可作为一种选择及分析寡核苷酸的工业软件，运用于各种分子生物学中。
最早的商业化的软件在1989年被开发出来。
本文描述了Oligo软件的最重要的特征及性能。
1、主窗口当你运行Oligo、并输入序列之后,Oligo出现了两个窗口：上面的一个为Tm窗口（The Melting Temperature window），下面的一个为内部稳定性窗口（五聚体的DG），还有第三个窗口，即寡核苷酸频率窗口，隐藏在内部稳定性窗口之后。
--图1，2Tm窗口显示了一部分的DNA/RNA的活性片段，Tm的散点图显示了在这个片段中的每20个碱基的Tm值。
分析的片段的长度是可变的，取决于monitor resolution。
圈出来的序列部分及黄色的bar即代表当前分析的20个碱基的Tm值【注：Olig6.71的版本为20个碱基，与原文的21个碱基不同】.可通过点击窗口的左下角的Upper、Lower按钮选择上游引物、下游引物。
划分Tm图二等分的水平线代表了这个序列的所有的21个碱基的寡核苷酸的平均Tm值(or free energy or degeneracy or %GC)。
在Tm图的分别为双链的核苷酸序列及相应的氨基酸【彩色的代表使用的密码子】--图3内部稳定性窗口显示了寡核苷酸的内部稳定性(五具体的自有能)。
可被用于预测用于PCR 或测序反应特异性的把握度2. Analyze - Key Info显示寡核苷酸的基本信息。
--图4，53. Analyze - Duplex Formation显示了上游引物、下游引物的潜在的二级结构的形成。
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两分钟学习凝胶分析软件BandScan（Step by step ）
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发布日期: 2005-07-02 12:14 文章作者: palmyard
文章编辑: admin
Step by step to BandScan
>>By Palmyard.
按：现在有很多常用的分子生物学软件，但对于初学者，尤其是不太擅长计算机者，使用起来有相当难度。
琢磨说明书，或者自己一点点试验，难免觉得头绪纷繁，乃至兴味索然。
后来我发现，其实用一个实例，从头到尾示范一遍，可以在几分钟内直观地学会这个软件的基本使用方法。
其他的一些情况就可以自己去摸索了，这样学起来很快。
因此我打算做一个常用分子生物学软件STEP BY STEP的系列。
这个想法在心里很久了，但是一直没有时间付诸实践，的确是因为没有较为空闲的时间。
今天就从BandScan这个软件开始。
由于不是很熟悉制作过程，奋战一整天，终于完成了第一个实例学习。
BandScan是一个很常用的凝胶图像分析软件，我们用它重要是为了分析蛋白表达量。
现在，我就以我自己表达的一个蛋白图，来示范这个软件分析的过程。
最后结果是得到目的蛋白占总蛋白的百分数。
1.安装软件BandScan5.0。
主程序可以在网上找到（请搜索以往的帖子或用google搜索BandScan_dl.exe）。
安装以后加个补丁（如果找不到补丁可以email我*****************，这有4.3、4.5和5.0的补丁，请尽量自己先找一下）。
2.安装好以后就会在桌面上出现BandScan的图标。
双击打开。
3.打开后的界面如图。
.打开一张扫描好的电泳图。
BandScan可以识别TIF和JPG格式的图片，很方便。
打开工具栏上的file/open tiff，jpg file format，选中待分析的图片。
5.打开。
这时候凝胶图像显示出来。
1道是低分子量标准，2道是诱导表达的蛋白，3道是未诱导的对照。
旁边有一个图像预览窗口Image Preview，可以看到，除了cancal，其它命令框都是灰色的（不可操作）。
其实这里是要你先选定一个图像处理的范围（select rectangle）。
6.从凝胶图左上角按住鼠标左键划到右下角，松开鼠标，划出的长方形框包扩了整个待分析的范围。
这时，命令框内均变成黑色的（可以操作）。
上面那个undo rect可以取消选框，下面的image options可以选择是否和如何旋转图像。
本例中均不改动，直接单击accept selected region。
7.出现color to signal selections复选框。
这个是选择信号检测方式，直接用默认的original image，或选择gray scale（灰阶）。
本例中不改动，单击use current image。
8.出现如下分析框。
它是自动转换成灰阶的。
其左上角的数字是鼠标所在的坐标和灰度值。
移动鼠标就可
以看到它的变化。
9.现在让BandScan来分析一下电泳条带吧：）打开工具栏上的band finding/find bands，出现一个让你选择有几条泳道的框selecting number of lanes，我们设置成3道。
10.看，每一个条带都自动被框起来了：）红色+记号是条带的中心位置，兰色竖线是泳道位置。
同时出现了一个复选框select more or select few bands。
可以根据总灰度、最大灰度和大小为标准来自动选择
蛋白条带。
拉动左边的滚动条，可以增加或减少条带的数量。
选好后单击ok。
11.现在就可以看看蛋白的表达量了。
打开window/band table。
出现了一个band location的表格。
把它最大化，放到右边。
这里的数据是每个条带的中心位置（红色+的位置）。
12.在band location的数据类型data type中，选择percent signal，就会出现各个条带灰度值占本泳道条带总灰度值的百分比。
13.单击自己的表达条带，则条带中心的+和相应的百分数的背景都会变成绿色。
我表达的融合蛋白约占细
菌总蛋白的29.8%。
我们要的数据就得到了。
自己再重复一下整个过程，会发现，原来是如此简单：）
总结：真的只是领进门。
因为BandScan绝不仅仅是这么简单，它还可以做很多事情。
比如通过设定一个条带的量（标准）来推断表达蛋白的量。
比如用手动方式加入未被自动选择的条带，等等。
举个例，我们发现我的目的条带上面有几个浅条带没有被选上，可以用band finding/manually insert a band命令把它们选上。
这时，条带百分数也会随之改变。
这样直观的学习想必是大家都喜欢的吧：一个例子学会一个软件。
我更加希望，有更多的高手可以用这种方式把初学者迅速领进门。
有什么问题，请大家跟帖子或联系我，也希望大家支持我，把这件事情坚持做
下去。