一些计算化学相关的免费的在线数据库
你所要了解的32个免费化学数据库
你所要了解的32个免费化学数据库16 十 11 你所要了解的32个免费化学数据库来自Rich Apodaca的Blog，简单翻译了一下，注明来源后欢迎转载。
1.PubChem- 免费化学数据库的始祖。
可以通过多种查询条件搜索超过八百万种化合物。
虽然有部分PubChem记录通过MeSH链接到了原始文献中，但是大多数记录并没有链接到相应的原始文献。
不过PubChem的初衷并不是文献检索。
PubChem很大程度上参与到了世界最大的在线分子数据表集合中，本列表种的其他数据库都将他们的条目交叉引用到了PubChem中。
PubChem的整个数据库都可以通过FTP下载。
PubChem是CAS Registry所碰到的真正对手。
2.ZINC- 一个免费的商业数据库，包括虚拟筛选可用的化合物。
可以通过结构、IUPAC名称、InChl和一系列运算出的属性，检索超过460万种化合物。
对于非商业用途，你可以下载全部或者部分ZINC数据库在本地使用。
3.eMolecules-Google分子数据。
通过简单的接口和超快的搜索引擎，eMolecules 通过其他信息来源补充了PubChem的数据。
尽管eMolecules 的重点是可以通过商业手段获得的数据，但是只有部分分子可以指向到供应商的在线目录中。
eMolecules种的大多数条目都是链接到PubChem中的，因此我觉得现在eMolecules 的用处并不是很大。
如果你想起了一个叫做"Chmoogle"的东西，那其实就是eMolecules。
(别把它和Google弄混了)。
4.CHEBI- 一个免费的小分子化合物在线词典。
CHEBI的数据主要来自两个来源: Integrated Relational Enzyme Database of the EBIh'ythe Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes。
化学行业免费的谱图数据库18个
化学专业免费的谱图数据库18个1、【名称】ChemExper化学品目录CDD (包括MSDS、5000张红外谱图）【资源简介】The database contains currently more than 70 000 chemicals, 16000 MSDS, 5000 IR spectra and more than 20 suppliers. It is the only chemical database that lets you SUBMIT your own data! 【检索途径】You can find a chemical by its molecular formula, IUPAC name, common name, CAS number, catalog number, substructure or physical characteristics【地址】http://www.chemexper.be/【名称】 (NMR谱图数据库及NMR谱图预测)【资源简介】This is a web-based approach implementing a new java applet that enables to assign a chemical structure to the corresponding NMR spectrum by simply drawing lines between atoms and automatically characterized signals.This NMR predictor allows to predict the spectrum from the chemical structure based on Spinus (Structure-based Predictions In NUclear magnetic resonance Spectroscopy), which is an on-going project for the development of structure-based tools for fast prediction of NMR spectra developed by Gasteiger (http://www2.chemie.uni-erlangen.de/services/spinus/index.html). SPINUS - WEB currently accepts molecular structures via a Java molecular editor, and estimates 1H NMR chemical shifts.【地址】/2、【名称】BioMagResBank (BMRB): 多肽、蛋白质、核酸等的核磁共振数据存储库【资源简介】IntroductionBioMagResBank (BMRB) is the publicly-accessible depository for NMR results from peptides, proteins, and nucleic acids recognized by the International Society of Magnetic Resonance and by the IUPAC-IUBMB-IUPAB Inter-Union Task Group on the Standardization of Data Bases of Protein and Nucleic Acid Structures Determined by NMR Spectroscopy. In addition, BMRB provides reference information and maintains a collection of NMR pulse sequences and computer software for biomolecular NMR. Access to data in BMRB is free directly from its web site (URL ) and ftp site () and will remain so as public funding permits. The concept of a biomolecular NMR data bank developed under a five-year research grant awarded to the University of Wisconsin-Madison from the National Library of Medicine, National Institutes of Health. This grant was phased out after that period, and a Request for Applications was issued by the NIH for future support of this activity. BMRB at t he University of Wisconsin-Madison won this competition, has been supported since 1 September 1996 by the National Library of Medicine, NIH under grant 1 P41 LM05799. The current award for five years expires on 31 August 2004.AimsIn collaboration with the Protein Data Bank (PDB, Brookhaven National Laboratories) and Nucleic Acid Data Bank (NDB, Rutgers University), BMRB aims to develop into the collection site for structural NMR data in proteins and nucleic acids. Steps are being taken at BMRB to achieve this capability, which will include transmission of all relevant data to the PDB and NDB collections. In addition, BMRB has the goal of archiving NMR-specific data including assigned chemical shifts, J-couplings, relaxation rates, and chemical information derived from NMR investigations (for example, hydrogen exchange rates and pKa values). In developing these collections BMRB intends to be responsive to the needs and priorities of the scientific community. The operating policy at BMRB is monitored and shaped by its Advisory Board which meets once each year to review progress and set priorities. The Advisory Board is composed ofrepresentatives from laboratories that originate and/or use data within the BMRB p urview.【地址】/3、【名称】NIST Chemistry WebBook【资源简介】The November 1998 release of The NIST WebBook is the fifth edition of the NIST Chemistry WebBook. It contains thermochemical data for over 5000 organic and small inorganic compounds, reaction thermochemistry data for over 8000 reactions, IR spectra for over 5000 compounds, mass spectra for over 10,000 compounds, electronic / vibrational spectra for over 3000 compounds, constants ofdiatomic molecules (spectroscopic data) for over 600 compounds, Ion energetics data for over 14,000 compounds, and thermophysical property data for 16 fluids There are many avenues for searching the database. Structures are given for most species, as well as common and commercial names.【检索途径】Formula NamePartial formulaCAS registry numberStructure basedIon energeticsVibrational and electronic spectraMolecular weightAuthor【地址】/chemistry4、【名称】粉末衍射模式数据库PowBase (Powder Patterns Database)【资源简介】PowBase is a "minimum database" of constant wavelength powder patterns. The data files (zipped) contain either a CIF file or a .dat file (the latter can be viewed by WinPLOTR, option INSTRM=0).The search output produces entry numbers with hyperlink to the raw data (zipped files), the formula, wavelength, a comment, and a reference with email address. Some pertinent hyperlinks may be added, and also a VRML 3D view, sometimes.【地址】http://sdpd.univ-lemans.fr/powbase/5、【名称】上海有机化学所:化学数据库【资源简介】上海有机化学研究所的化学专业数据库由多个数据库组成，注册后可免费使用。
化学材料工程师常用物性数据专业网站集锦
化学材料工程师常用物性数据专业网站集锦化学和材料工程师常常需要使用物性数据来进行实验设计、材料选择和工艺优化等工作。
这些数据包括物质的化学成分、物理性质、热力学参数和机械性能等。
为了方便工程师们查找和使用这些数据，一些专业网站提供了大量的实验数据和计算工具。
在本篇文章中，我将介绍一些化学、材料工程师常用的物性数据专业网站。
1. NIST化学物性数据库（NIST Chemistry WebBook）2.物性数据库网（物性网）物性数据库网是一个专门收集整理物性数据和提供计算工具的网站，涵盖了多个领域的物质和性质。
网站提供了大量的物性数据，包括金属材料的力学性能、塑料材料的热性能、化学物质的热力学参数以及液体和气体的传输性质等。
此外，物性数据库网还提供了丰富的计算工具，例如物质浓度计算、流体力学计算和燃烧特性计算等。
3.ASM材料数据库ASM国际是一个材料工程师的专业组织，他们维护了一个名为“ASM 材料数据库”的网站，提供了包括金属材料、陶瓷材料和聚合物材料在内的大量材料的物性数据和相关信息。
这个数据库包括了各类材料的力学性质、热物性、电子性质和腐蚀性质等。
ASM材料数据库还提供了材料选择工具、相图计算和材料热处理指南等实用工具和技术手册。
4.化学品物性查询（化学物质数据库）5. 化学信息资源中心（Chemical Information Resources Center）总结起来，化学和材料工程师常用的物性数据专业网站集锦包括NIST化学物性数据库、物性数据库网、ASM材料数据库、化学品物性查询和化学信息资源中心等。
这些网站提供了大量的物性数据和相关信息，帮助工程师们获得准确和及时的物性数据，促进化学和材料工程的研究和应用。
绝对干货分享200个免费化学化工网站
绝对干货分享200个免费化学化工网站1、Web of Knowledge中ISI proceedings（ISTP的网络版）：/portal.cgi 它是检索国际著名会议、座谈会、研讨会及其他各种会议录用论文的综合性多学科的权威数据库。
2、IEL（IEEE/IEEE Electronic Library）全文库：收录了美国电气与电子工程师（IEEE）学会和英国电气工程师学会（IEE）自1988年以来出版的约6000多种会议录（全文）。
3、INSPEC（英国科学文摘）：/portal.cgi 由英国电气工程师学会（IEE）出版的文摘数据库，是物理学、电子工程、电子学、计算机科学及信息技术领域的权威性文摘索引数据库。
4、国家科技图书文献中心（NSTL）：/ 提供了其下属成员馆馆藏外文会议论文的题录文摘。
5、CALIS学术会议论文库：/ 收录来自于之前称为“211工程”的61所重点学术每年主持的国际会议的论文。
6、国家科技图书文献中心的中文学位论文数据库（免费-文摘）：/NSTL/7、中国优秀博硕士学位论文全文数据库（文摘免费，全文收费）：/kns/brief/result.aspx?dbPrefix=CDMD8、目前提供电子版中文学位论文全文的数据库主要包括：中国优秀博硕士学位论文全文数据库（），其题录文摘库是免费查询的，查询全文需购买。
9、人大复印库：/Home/RDFUKIndex中国人民大学“复印报刊资料”数据库，源自1958年，致力于为人文社科学者、学术机构提供精优学术资源。
10、查询国外学位论文的途径可使用PQDD-B（UMI博硕士论文数据库）：/可查询欧美1000余所大学1861年以来的160多万篇学位论文的信息，其中1997年以来的部分论文不但能看到文摘索引，还可以看到前24页的原文。
11、NASA Scientific and Technical Information Program：NASA（National Aeronautices & Space Administrantion）提供的有关航空航天方面的丰富的科技报告全文。
化学数据库大全化工人员必备
化工人员必备－化学数据库大全化工人员必备化学数据库大全1. 化合物毒性相关数据库Toxnet /2毒性物质与健康和环境数据库/efdb/TSCATS.htm3. 急性毒性数据库/data/acute/acute.html4. SpectraOnline,Galact /SpectraOnline/Default_ie.htm5. 药物使用指南,USP DI /medlineplus/druginformation.html6。
美国常用药物索引库RxList /7. 有机化合物光谱资料库系统http://www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/menu-e.html8. NIST的Chemistry WebBook /chemistry/ 9. 化合物基本物性库10. 化学物质热力学数据/databases/key1.html11. 溶剂数据库SOLV-DB /solvdb.htm12. 三维结构数据库NCI-3D /nci3d/13. 有机合成手册数据库/14. Beilstein Abstracts /databases/belabs15. 有机合成文献综述数据库/ ... als/info/index.html16. 预测LogP和LogW /17. 物性、质谱、晶体结构数据库http://factrio.jst.go.jp/18. 网上光谱资料库/SpectraOnline/Default_ie.htm19. 中国科学院学位论文数据库/cgrs全球实用化学化工期刊和数据库网址资源名称：AIChE（美国化学工程师协会）资源地址：/ 获取途径：部分资源可免费查阅资源名称：American Chemical Society（美国化学学会网站）资源地址：/ 获取途径：大部分资源可免费查阅，34种期刊（/about.html）全部免费阅览全文。
精选网络化学资源之一常用资源A. 元素周期表WebElements - /B. 化合物性质(MSDS) ChemFinder服务/ 化学专家站点/ccd/power/index.shtml 化学快查站点/scripts/main.asp Vermont安全信息资源公司/msds/index.html Cornell大学/msdssrch.asp MSDS查找/C. 光谱学数据和有机化合物的查找NIMC站点http://www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/menu-e.html 化学专家站点ChemExper Chem. Directory /ccd/power/index.shtml NIST站点/chemistry/ 银河网/spconline/ 有机化学数据库/chemistry/cmp/cmp.htmlD. 家庭教师索引/tutorial.htm#tutorialE. 化学练习题/Malone3 ... one_site/Malone.htmF. 化学教育期刊索引（JCE）/Journal/Search/index.htmlG. 搜索引擎Google - Alta Vista - / Fast - Hotbot - / Ixquick - / Dog-pile - / H. 化学关键词查找期刊摘要/ (free registration, go to databases) 精选网络化学资源之二化学物质的性质标题: [转载] 研究生应当常去的网站发信站: 天大求实BBS (Wed Nov 19 20:28:04 2008), 本站()【以下文字转载自TJU_Graduate 讨论区】【原文由tianyaa于Tue Nov 18 20:46:46 2008所发表】David的日志1 小木虫（/）推荐理由：里边有不少学术科研用得到的资料，且全部为免费(需虚拟金币)的。
常用化学网络资源
常用化学网络资源[ post] 网络化学资源检索一．网络免费数据库：1. Beilstein Abstracts网址：特点：可免费在线检索1980年以后的绝大部分期刊的摘要；要求：需要在chemweb注册。
2. 美国专利网址：/patft/index.html特点：免费在线检索美国专利，可看全文，可下载，可打印；要求：需要安装软件。
3. 欧洲专利网址：/index.en.php特点：免费在线检索欧洲专利、世界专利，可看全文，可下载，可打印；要求：需要安装PDF软件。
4. 中国专利网址：/sipo/default.htm特点：免费在线检索中国专利，可看全文，可下载，可打印；要求：需要安装软件。
5. 新加坡专利网址：.sg/sip/site/sip_home.htm特点：免费在线检索世界各国专利、产品信息，包含美国和欧洲专利网站，可看全文，可下载，可打印；要求：需要安装PDF软件，注册。
6. 英国皇家化学会网址：/is/journals/j1.htm特点：在线检索RSC的所有期刊杂志，部分文献可看到全文；要求：需要安装PDF软件。
7. 美国化学学会网址：/特点：在线检索acs的所有期刊杂志，部分文献可看到全文；要求：需要安装PDF软件。
8. ORGANIC SYNTHESES网址：/特点：在线检索O.S.上的所有文章，可免费看到全文，支持结构式索引；要求：需要安装一chemdraw插件。
9. SYNTHETIC.PAGES网址：/特点：在线检索合成文章，可免费看到全文；要求：需要注册。
10. ScienceDirect网址：特点：收录了绝大部分期刊，可免费看到摘要，不定期提供某些期刊的全文；要求：需要注册二．收费数据库数字图书馆http://218.1.68.118公司出资向上海数图有限公司购买了其数字图书馆的使用权，可以在线使用十余种收费数据库。
例如，CA、STS、PC-Search、Merck Index、各国药典等常用专业数据库。
一些计算化学相关的免费的在线数据库
一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具1 在线信息数据库部分ChemSpider小分子信息整合数据库：简介：是当前众多的在线分子数据库的信息整合，便于用户搜索，数据来自200种数据库。
根据分子俗名、系统命名、Smile/InChI字符串、注册号、分子式等方式搜索，会列出分子平面结构、实验测定和实时估算的理化性质（含LogP等）、毒性、分子简介、Smile/InChI/InChIKey字符串、在其它分子数据库中的编号和链接、相关文章及专利、同义词、相关蛋白质、NMR/IR光谱图等，某些分子还可以链入web CSD获得三维结构。
√ SDBS光谱数据库：http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。
含3万余个化合物，其中以商业化学试剂为主，约2/3的数据是6碳至16碳的化合物。
数据大部分是其自行测定的，并不断添加。
可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。
生物核磁共振数据库：http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/depositCRYSTAL程序基组数据库：/~mdt26/crystal.htmlTURBOMOLE程序基组数据库：/TURBOMOLE_BASISSET_LIBRARY/tbl.html√ 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)：简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。
可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。
√ 量化频率计算校正因子：/vibscale.asp简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出。
IUPAC金属络合物稳定常数数据库：注：需要付费，可免费下载试用版。
国内外部分化学网站
国内部分化学网站随愿网/hxly/ 可以链接：生物化学分子生物学软件/美国化学学会出版物/化学信息虚拟图书馆/chempointers.html英国皇家化学协会信息链接服务/wwwsites.htm化学元素周期表Web服务/periodic-table.html美国化学文摘社化学文摘信息1 /美国化学文摘社化学文摘信息2 /美国布朗大学物理化学预印数据库/chem-ph.htmlpeonder实验室/国外化学期刊/library.shtml分析化学http://www.anachem.umu.se/jumpstation.htm声化学http://www.und.ac.za/und/prg/sonochem/化学WebBook /chemistry/化工搜索平台（中文）/chemworld/search/index.asp?leibie=385 高分子学门网（台湾）.tw/stic/infowww/polymer/index.html物理化学研究所（日本）http://www.riken.go.jp/化学元素周期表/main/welcome.html原子核表/CoN/美国化学学会/portal/Chemistry化学资源中心/portal/Chemistry?PID=error.html北京大学化学与分子工程学院/The Journal of Biological Chemistry /化学工程杂志（英）Chemical Engineering Magazine-本杂志网站报导化学工程的最新消息以及环保健康、信息科技等相关主题。
/德克莎斯奥斯泞分校化学工程系/化学物理期刊/纳米技术期刊/EJ/表面科学导报/locate/surfrep化学与生物科学/industries/sciences/chembio/化学信息网-A（国家数字图书馆）/化学信息网-B 化工热线（上海化工科技情报所）/data/fenlei.asp?leibie=e化工科技网站（中国化工企业互联网）/hgkjwz/中国化学化工网/newsphp/shownews.php?index=7化工网站大全（福建三明化工）/netname.htm化学资源（吉大公共化学教育研究中心）/~hxzx/xinxi/ziyuan8.htm化学教育网站集锦(个人网站)/gjw_cn2000/hxwz.htm化工专业网站（天津信息港）/lianjie/chemistry.htm化工网址大全（中文搜索引擎指南）/free/huagong.htm中国石油和化工文献资源网化学之门（专业导航）"化工信息联盟"网/mviewjcwz.php中国化工电子商务网/navigator.asp中国化工信息网/asp/home/hgzy/hgzy.asp?pageno=7医药中国/theme3.asp?themeid=15&aid=1682全国中毒控制中心网/中国精细化工网中国催化剂信息咨询网中国化工安全网/中国万维化工城中国开门化工商务网中国高新化工网化工设备网/化工装备网/中国化工在线/湖南化工/listzc.php中国医药信息网中国科学院纳米科技网国家科技图书文献中心中国科技信息/ChinaInfo2/index.jsp中国发明专利技术信息网/国家知识产权局/sipo/zljs/default.htm中国科技网国家高技术发展研究计划中国科学院中国科学院文献情报中心中国科学院文献情报系统中西文杂志目录公共查询环境保护网站全球环保站点/wlzy/qqhbzd.htm环保网站（南昌质量信息网）/links/huanbao.asp国内外环保系统/~chrys/envi/enlinkgw.htm台湾化学化工类网站杂草与除草剂研究室.tw/index.jsp 可以链接美国杂草学会/日本杂草学会http://wssj.ac.affrc.go.jp/E_index.html中华农药学会.tw/~cywang/ChemNET 化工网 可以链接/pfa/LUpdateMsg.asp （提供來自71個化學製造廠的MSDS、WPS 和DOT農業化學資料庫，並提供軟體服務。
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一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具1 在线信息数据库部分ChemSpider小分子信息整合数据库：简介：是当前众多的在线分子数据库的信息整合，便于用户搜索，数据来自200种数据库。
根据分子俗名、系统命名、Smile/InChI字符串、注册号、分子式等方式搜索，会列出分子平面结构、实验测定和实时估算的理化性质（含LogP等）、毒性、分子简介、Smile/InChI/InChIKey字符串、在其它分子数据库中的编号和链接、相关文章及专利、同义词、相关蛋白质、NMR/IR光谱图等，某些分子还可以链入web CSD获得三维结构。
√ SDBS光谱数据库：http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。
含3万余个化合物，其中以商业化学试剂为主，约2/3的数据是6碳至16碳的化合物。
数据大部分是其自行测定的，并不断添加。
可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。
生物核磁共振数据库：http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/depositCRYSTAL程序基组数据库：/~mdt26/crystal.htmlTURBOMOLE程序基组数据库：/TURBOMOLE_BASISSET_LIBRARY/tbl.html√ 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)：简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。
可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。
√ 量化频率计算校正因子：/vibscale.asp简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出。
IUPAC金属络合物稳定常数数据库：注：需要付费，可免费下载试用版。
√ NIST化学数据库：/chemistry简介：是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。
输入分子查找条件，可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分分子包含3D结构。
RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：/REDDB/index.php简介：分子的RESP电荷的数据库Uppsala Electron Density Server：http://eds.bmc.uu.se/eds简介：用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。
输入pdb ID（比如1cbs）进入后可以对各种内容做图。
点击EDS Summary下面的Go按钮可以自动启动基于java的电子密度图可视化程序观看电子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。
√ 上海有机所化学专业数据库：http://202.127.145.134/scdb/default.htm 简介：十分有用的数据库，免费注册。
可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。
还包括中英互译、药品名称检索等功能。
√ EMSL基组数据库：https:///bse/portalClarkson大学相对论有效势数据库：/~pac/reps.html含重原子全电子STO基组数据库：/Downloads/zorabasis/Welcome.html原子间势参数数据库：/PotentialsStuttgart赝势参数数据库：http://www.theochem.uni-stuttgart.de/pseudopotentials/clickpse.en.htm lChemBioFinder：/chembiofinder/SimpleSearch.asp x简介：根据分子质量、名称或者自行绘制结构，从几十万分子中搜索，得到二维结构、Smiles、InCHI字符串、分子量等简单信息。
Sigma-Aldrich公司产品数据库：/Area_of_Interest/The_Americas/United_Stat es.html简介：主要用来获得化合物IR、NMR谱图。
右上角输入化合物的名字，搜索到后进入相应条目，如果在左侧有FT-IR Raman、FT-NMR字样，就可以进入察看，没有则说明此化合物无光谱数据。
也可以获得化合物的一些物性数据，但不全面。
基本物理常数数据库：/cuu/Constants/index.html 简介；可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如hartree->eV百奥知识数据库：/html/sites/database/index.htm 简介：一个生物信息数据库的比较全的列表，每个数据库有简单官方介绍。
UniProt(universal protein resource)：简介：整合了Swiss-Prot、TrEMBL、PIR三个数据库，可以得到蛋白质序列、相关文献、人工（有黄色五角星标识）或机器自动生成的注释、所属分类、蛋白质序列特征等丰富信息。
还可以进行序列对比、BLAST搜索。
BioPath.Explore：/biopath/index.html 简介：含上千种与生化反应相关的分子和反应的BioPath数据库的在线访问界面。
输入分子结构或限定条件（如LogP、分子量、酶的EC号），可以从数据库中找到相关的分子、生化反应和相应的酶的详细信息。
PDB Wiki：/index.php/Main_Page简介：基于PDB数据库，对蛋白质进行了简单分类，访问者可以给每个蛋白添加注释。
=====================2 结构数据库部分Yoshida的富勒烯结构库：http://www.cochem2.tutkie.tut.ac.jp/Fuller/Fuller.html简介：提供很多富勒烯、碳纳米管等结构的图片，可在线观看三维结构。
可以下载到C60~C100的富勒烯结构文件。
这些cc1后缀的结构可以直接在Nanotube Modeler里打开。
纳米管、纳米锥、富勒烯的VRML库：/steffenweber/gallery/NanoTubes/NanoTubes.html简介：可以下载到一些纳米管、纳米锥、富勒烯、超导化合物晶胞结构的VRML 文件(.wrl)，可以下载到C20~C720的富勒烯结构的cc1文件（其中多数也可以在Yoshida的库里下载到）。
GLYCAM寡糖数据库：/CCRC/Library/index.jsp√ ICSD无机晶体数据库：http://icsd.ill.fr/icsd/index.php简介：免费在线提供部分晶体结构信息及cif文件。
√ NDB核酸数据库：简介：根据NDB ID，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似RCSB蛋白质数据库。
PDBbind-CN：/index.asp简介：收集了pdb数据库中的生物分子复合物。
给出受体、配体名称、亲和性、序列等信息，可在线观看或下载结构，可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物。
MDB（金属蛋白数据库）：简介：用来从PDB数据库中搜索含有某种金属的蛋白。
可以将所含金属、解析度、配体数、金属-配体距离、作者等信息作为检索条件。
结果会给出PDB ID等信息，可以下载其Mini-PDB文件，也就是PDB结构文件中只包含金属与配体的那一小段结构，可以直接在线浏览其3D结构。
sc-PDB：http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB简介：收集了PDB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。
可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。
√ RCSB PDB数据库：/pdb/home/home.doHPDB蛋白质数据库：简介：河北大学的蛋白质数据库，可通过此库间接下载到RCSB蛋白质数据库的文件。
有中文PDB文件格式的介绍，比较有用，还有另外一介绍蛋白质的些文章。
√ ZINC化合物虚拟筛选数据库：/index.shtml简介：根据自定义的化合物的性质，在800万种以上可买到的产品中进行筛选。
可以下载到结构文件。
√ PubChem：简介：NCBI下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条目并不断增加。
可通过分子结构、名称、分子式、分子量、XLogP、氢键信息方式查询。
可以得到分子的简介、化学结构、XLogP（自动计算）、同义词、生物活性、毒性、药理学信息及分类、SMILE和InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。
一些结构还有3D SDF结构文件，进入条目后可在页面最下面点SDF按钮保存，可被一些软件直接读取，如ChemBio3D。
是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。
SuperNature天然产物数据库：http://bioinformatics.charite.de/supernatural简介：几万种天然产物数据库，可通过名称、结构、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也可以绘制结构或根据结构模版搜索，可在线观看结构，并获得净电荷、偶极矩、手形中心数目、可旋转键数目、氢键受/配体等信息。
蛋白质pKa数据库(PPD)：/PPD蛋白质分类数据库(CATH)：简介：其中结构来自PDB数据库，半自动地对每个结构根据二级结构、形状、拓扑、同源性进行了分类，可以根据这些特点进行分类查询。
蛋白质结构分类数据库(SCOP)：/scop简介：和CATH的功能类似，包含几万个蛋白质结构。
但是是人工对每个蛋白结构进行分类，比CATH的分类更为合理。
结构分类基于四个层次：class、fold、superfamily、family。
结构相似蛋白质家族数据库(FSSP)：/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+LibInfo+-id+5Ti2u1Rff Mj+-lib+FSSP简介：此数据库对pdb数据库中的结构使用Dali算法进行了相似度计算，用以找到相似蛋白质。
=========================3 在线工具部分√ Dali server：http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server简介：输入PDB ID或者上传PDB，服务器会对此结构与PDB数据库中的结构用dali算法计算，将其中有一定结构相似度的PDB列出。
通过复选框选择几个结构，可以对比序列，以及在线观看它们重叠后的3D结构。
DaliDatabase(http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start)每年更新两次，如果是在更新日期以前发布的pdb，可以直接在Dali Database里面查询之前已算好的结果，而不必在Dali server里面重新计算。