【医学课件】 k-space Data Pre-processing for Artifact Reduction in MRI
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【课件】高三英语阅读理解之说明文技巧公开课课件(21和22年高考真题为例 )
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ROUND 1
ROUND 2
PART 1
说明文体裁分析
What is expository essay?
purpose
subject（说明对象）
Exposition
to introduce to describe
an object
a research report
事物说明 事理说明
space or a coffee shop provides a certain level of noise while also providing
freedom from interruptions.
2
(2021 全国乙卷 D)
①levDeul roinf gdiasntrainctteiorvniPoe(p干weeof扰npolroe) ofifpnincreeehf.ioesfromcpoye-wbnoooorfkkfiiscn,egm, shypeaincsteaeiradvn,ied“wTaehracots’sfafeidwehssyohmIoephtahtovinegaI
typically use an open office layout (布局). But I recently came across a study that shows why his approach works.
p1: 说明对象 语篇结构 ②The researchers examined various levels of noise on participants as they completed tests of creative thinking.
a social phenomenon
医学图像分割方法综述ppt课件
医学图像分割方法综述
可编辑ppt
背景
图像分割是什么？
用以区分物体和背景的图像处理工具 对输入图像进行计算 将图像划分到一个统一的区域中
为什么要进行图像分割？
获得对图像进一步处理的数据 用分割图像进行建模 在医学图像中获得感兴趣的区域
实质
3-D重建 预处理和后处理 指导图像内部处理
分类：形变模型包括形变轮廓(deformable contour) 模型（又 称snake或active contour ），三维形变表面（deformable
surface ）模型。
可编辑ppt
28
形变轮廓模型：使轮廓曲线在外能和内能的作用下向物体 边缘靠近，外力推动轮廓运动，而内力保持轮廓的光滑性。
改进：提高算法自动化程度，同时维持形变模型的原有优 点；气球理论，梯度矢量流（GVF）概念等。
可编辑ppt
29
Snake function
E sn a kes1 2 (s)|vs|2 (s)|vss|2)E im a g e(v(s))d s
a代表弹性势能
b代表弯曲能
可编辑ppt
30
example
27
基于形变模型的方法
简介：基于形变模型的方法综合利用了区域与边界信息，是目 前研究最多、应用最广的分割方法。他们通过使用从图像数据 获得的约束信息（自底向上）和目标的位置、大小和形状等先 验知识（自顶向下），可有效地对目标进行分割、匹配和跟踪 分析。从物理学角度，可将形变模型看成是一个在施加外力和 内部约束条件下自然反应的弹性物体。
Deformation in progress, iter = 10
traditional force
Final result, iter = 10
可编辑ppt
背景
图像分割是什么？
用以区分物体和背景的图像处理工具 对输入图像进行计算 将图像划分到一个统一的区域中
为什么要进行图像分割？
获得对图像进一步处理的数据 用分割图像进行建模 在医学图像中获得感兴趣的区域
实质
3-D重建 预处理和后处理 指导图像内部处理
分类：形变模型包括形变轮廓(deformable contour) 模型（又 称snake或active contour ），三维形变表面（deformable
surface ）模型。
可编辑ppt
28
形变轮廓模型：使轮廓曲线在外能和内能的作用下向物体 边缘靠近，外力推动轮廓运动，而内力保持轮廓的光滑性。
改进：提高算法自动化程度，同时维持形变模型的原有优 点；气球理论，梯度矢量流（GVF）概念等。
可编辑ppt
29
Snake function
E sn a kes1 2 (s)|vs|2 (s)|vss|2)E im a g e(v(s))d s
a代表弹性势能
b代表弯曲能
可编辑ppt
30
example
27
基于形变模型的方法
简介：基于形变模型的方法综合利用了区域与边界信息，是目 前研究最多、应用最广的分割方法。他们通过使用从图像数据 获得的约束信息（自底向上）和目标的位置、大小和形状等先 验知识（自顶向下），可有效地对目标进行分割、匹配和跟踪 分析。从物理学角度，可将形变模型看成是一个在施加外力和 内部约束条件下自然反应的弹性物体。
Deformation in progress, iter = 10
traditional force
Final result, iter = 10
K-space磁共振K空间
32x32 Pixels in the K-Space Center & their Image
64x64 Pixels in the K-Space Center & their Image
400x400 Pixels are erased in the K-Space Center & their Image
10% Pixels are erased in the KSpace & their Image
2x2 Pixels in the K-Space Center & their Image
4x4 Pixels in the K-Space Center & their Image
8x8 Pixels in the K-Space Center & their Image
16x16 Pixels in the K-Space Center & their Image
40x40 Pixels are erased in the KSpace Center & their Image
20x20 Pixels are erased in the KSpace Center & their Image
50% Pixels are erased in the KSpace & their Image
40% Pixels are erased in the KSpace & their Image
30% Pixels are erased in the KSpace & their Image
20% Pixels are erased in the KSpace & their Image
磁共振原理实验K空间k-space
磁共振原理实验K空间k-space实验12：磁共振成像原理31实验⽬的：1.1熟悉利⽤MATLAB重建MR图像的⽅法。
1.2理解MR图像与K空间数据之间的关系。
1.3掌握K空间的基本特性2实验⼯具与数据：matlab 2013 ，MR的K空间数据3实验原理：3.1什么是K-SPACE（K空间）3.2K-SPACE的基本特性3.3傅⽴叶变换的公式（1维和2维）4实验内容及步骤4.1读取K-SPACE数据，并显⽰K-SPACE。
4.2对K-SPACE做傅⽴叶逆变换，重建出图像。
注意要将低频成分(zero-frequency component)从K-SPACE中⼼移动到K-SPACE的左上⾓4.3只保留K-SPACE中央区域的信号，然后重建图像，验证中央区域的信号主要决定着图像的对⽐。
观察图像的改变。
4.4只保留K-SPACE周边区域的信号，然后重建图像，验证周边区域的信号主要决定着图像的解剖细节。
观察图像的改变。
4.5利⽤K-SPACE的对称特性，将上半部分的K-空间复制到下半部分再对图像进⾏重建，验证K-SPACE在Ky⽅向上的对称特性，观察图像的改变。
这种只填充⼀半的相位编码线的⽅法叫做半扫描或叫做部分K空间技术4.6利⽤K-SPACE的对称特性，将左半部分的K-空间复制到右半部分再对图像进⾏重建，验证K-SPACE在Kx⽅向上的对称特性，观察图像的改变。
这种在频率编码⽅向上只采集⼀半的信号，减少采集时间的⽅法叫做半回波技术或者叫做部分回波技术。
5实验结论5.1单独对K-空间中央区域16×16的⼩数据矩阵进⾏⼆维FFT重建,得到的图像⽐较模糊,但亮度⽐较⾼。
将K-空间数据的中⼼16×16的⼩数据矩阵挖掉后,对剩余的K-空间数据进⾏FFT重建,得到的图像整体发暗,亮度相当低,但细节还⽐较清楚，可以发现K-空间数据的中⼼区域主要包含低频的亮度信息，决定图像的对⽐度,⽽K-空间的外围数据主要包含⾼频的边沿轮廓信息，决定图像的细节。
《Space Exploration》SectionⅠ PPT课件
21
( )7.spacecraft
目( 录 )8.spacewalk
CONTENTS
( )9.jade
( )10.dock
G．n.火箭；火箭弹 H．n.人造卫星；卫星 I．n.交通工具；车辆 J．n.人类
[答案] 1－5 BCGIH 6－10 JFEDA
22
b．给下列短语选择正确的汉语意思
目( 录 )11.be determined to do sth. A．继续做，坚持干
人们聚拢过来，很想知道发生了什么事情。
[自主发现]
be curious to do
很想做某事
14
[巩固内化] 单句语法填空 ①They were very curious _a_b__o_u__t_____ the people who lived upstairs. ②Many men have been attracted by the unknown world and curious _t_o__k_n_o__w____ (know) more about the outer space.
6
1.Finish Ex.2 on Page 38. 2.Finish Ex.3 on Page 38. 3.Finish Ex.4 on Page 39.
7
1.Speaking—Finish Ex.5 on Page 39 by following the example A：You know，I think being an astronaut would be cool. B：Do you want to work in space in the future? A：I’m not sure，but I think it might be too difficult for me.There are so many requirements.First of all，you must be intelligent enough to get a related college degree.Then you have to... B：So what might be the most difficult part for you? A：I guess it might be the...
【医学PPT课件】蛋白质和蛋白质组分析【精品】
wwwclustalorg等翻译后修饰分析翻译后修饰是调节蛋白质功能的重要方式对蛋白质翻译后修饰的研究可以帮助阐明和了解蛋白质功能及其功能变化翻译后修饰的预测和分析也日渐成为生物信息学蛋白质序列分析中的重要的研究内容
蛋白质和蛋白质组分析
孙明明 sunmingming@
主要内容
http://www.expasy.ch /
EMBOSS - pepstats
在线工具：/Tools/emboss/pepinfo/ 本地下载：/download/#Stable
ExPASy - ProtParam
用氨基酸的多种特性预测亚细胞定 位
PSORT
/ 在线工具： http://psort.hgc.jp/
描述 扫描翻译后修饰序列模式工具 预测翻译后修饰激酶工具 预测磷酸化的工具 预测磷酸化和磷酸化激酶的工具 预测磷酸化和磷酸化激酶的工具
http://mendel.imp.ac.at/sat/gpi/gpi_server.ht ml
http://www.expasy.ch/tools/glycomod/
一、蛋白质功能域数据资源
数据库名称 PANTHER Pfam
CDD
简短描述
用实验和进化相关数据信息对蛋白质家族进行 分类
多序列比较和隐马尔科夫模式分析覆盖蛋白质 功能域和家族
综合各种功能域数据库
网址 / /Software/Pfam/
http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/ http://www.sbc.su.se/~miklos/DAS/ http://www.enzim.hu/hmmtop/
/cgibin/var/nair/loctree/query /SubLoc/ .tw/ http://www.imtech.res.in/raghava/pslpred/ .sg/
蛋白质和蛋白质组分析
孙明明 sunmingming@
主要内容
http://www.expasy.ch /
EMBOSS - pepstats
在线工具：/Tools/emboss/pepinfo/ 本地下载：/download/#Stable
ExPASy - ProtParam
用氨基酸的多种特性预测亚细胞定 位
PSORT
/ 在线工具： http://psort.hgc.jp/
描述 扫描翻译后修饰序列模式工具 预测翻译后修饰激酶工具 预测磷酸化的工具 预测磷酸化和磷酸化激酶的工具 预测磷酸化和磷酸化激酶的工具
http://mendel.imp.ac.at/sat/gpi/gpi_server.ht ml
http://www.expasy.ch/tools/glycomod/
一、蛋白质功能域数据资源
数据库名称 PANTHER Pfam
CDD
简短描述
用实验和进化相关数据信息对蛋白质家族进行 分类
多序列比较和隐马尔科夫模式分析覆盖蛋白质 功能域和家族
综合各种功能域数据库
网址 / /Software/Pfam/
http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/ http://www.sbc.su.se/~miklos/DAS/ http://www.enzim.hu/hmmtop/
/cgibin/var/nair/loctree/query /SubLoc/ .tw/ http://www.imtech.res.in/raghava/pslpred/ .sg/
医学知识一EEG一signal一processing一脑电信号处理方法算法
Sparse decomposition
Over-complete dictionary atoms
Hilbert space H RN : D dk , k 1, 2,...K K N
Signal: Error:
yH
yl drr rIl
l
(
y,
D)
inf yl
y yl
“Sparse”: l<<N , satisfy limited error .
1
EEG signal modelling
1 Bioelectricity
Hale Waihona Puke 2 Signal generation system
bioelectricity
Excitation model
Signal generation system
bioelectricity
Linear Model
signal generation system
Demerits: slow
Burg arburg(x,p)
Merits: accurate approximation of PSD
Demerits: line skewing & splitting
Basic features
Comparison
modern methods
Basic features
Basic features
modern methods
AR coefficients estimation methods
Covariance method arcov(x,p), armcov(x,p)
Merits: without window good resolution of PSD
数字图像处理医学图像定量分析PPT课件
9
SPECT心肌灌注显像靶心图定量分析方法
SPECT心肌灌注显像靶心图定量分析方法
目前，心肌核素断层显像最常用的定量分析方法是极坐标靶心图 （polar- map）法，该方法建立在圆周剖面分析法 (circumference profile analysis的基础上。例如，对于一幅短 轴断层图像，可用自动或手工方法确定其中心及心肌内外膜，以此中心 为圆点向外做36个等角间距的矢径（ 10o ），将心肌划分为36个 扇区（采样），以某一扇区心肌内放射性相对计数最大值为该区采样值， 这样作出的采样值关于采样点（角度）的散点函数图即为最大计数圆周 剖面曲线。最原始的靶心图仅由短轴断层图像形成。对于短轴的每一层 面，用其圆周剖面曲线上诸采样值对一固定厚度之圆环上相应节断进行 赋值，形成靶心图中的一环，将从心尖到心底的诸短轴断层图像取样对 应的圆环从里向外套在一起形成的二维图即为靶心图。
19
心肌断层显像（SPECT、PET）定量分析软件系统 各种靶心图的显示
主要功能包括： （5）放射性计数值显示和选择 图像显示的各种调色板，如灰 度、暖色调、伪彩色及自定义。 （6）自动进行左心室分割，去 除非左心室伪影的影响。 （7）自动完成病人数据的靶心 图定量计算，给出该病人数据 的原始靶心图和心肌各个节段 （12×20）相对放射性计数值。 （8）计算结果的保存，可将计 算的靶心图数据保存工作目录。 （9）选择各种靶心图的显示， 包括：原始靶心图、变黑靶心 图和缺损面积以及正常值等。 （10）对照组数据库的维护。 （11）信息提示和帮助功能。
分析方法
SPECT心肌灌注显像靶心图定量分析方法 心肌“半球加圆柱”模型的靶心图定量分析方案
15
SPECT心肌灌注显像靶心图定量分析方法
SPECT心肌灌注显像靶心图定量分析方法
SPECT心肌灌注显像靶心图定量分析方法
SPECT心肌灌注显像靶心图定量分析方法
目前，心肌核素断层显像最常用的定量分析方法是极坐标靶心图 （polar- map）法，该方法建立在圆周剖面分析法 (circumference profile analysis的基础上。例如，对于一幅短 轴断层图像，可用自动或手工方法确定其中心及心肌内外膜，以此中心 为圆点向外做36个等角间距的矢径（ 10o ），将心肌划分为36个 扇区（采样），以某一扇区心肌内放射性相对计数最大值为该区采样值， 这样作出的采样值关于采样点（角度）的散点函数图即为最大计数圆周 剖面曲线。最原始的靶心图仅由短轴断层图像形成。对于短轴的每一层 面，用其圆周剖面曲线上诸采样值对一固定厚度之圆环上相应节断进行 赋值，形成靶心图中的一环，将从心尖到心底的诸短轴断层图像取样对 应的圆环从里向外套在一起形成的二维图即为靶心图。
19
心肌断层显像（SPECT、PET）定量分析软件系统 各种靶心图的显示
主要功能包括： （5）放射性计数值显示和选择 图像显示的各种调色板，如灰 度、暖色调、伪彩色及自定义。 （6）自动进行左心室分割，去 除非左心室伪影的影响。 （7）自动完成病人数据的靶心 图定量计算，给出该病人数据 的原始靶心图和心肌各个节段 （12×20）相对放射性计数值。 （8）计算结果的保存，可将计 算的靶心图数据保存工作目录。 （9）选择各种靶心图的显示， 包括：原始靶心图、变黑靶心 图和缺损面积以及正常值等。 （10）对照组数据库的维护。 （11）信息提示和帮助功能。
分析方法
SPECT心肌灌注显像靶心图定量分析方法 心肌“半球加圆柱”模型的靶心图定量分析方案
15
SPECT心肌灌注显像靶心图定量分析方法
SPECT心肌灌注显像靶心图定量分析方法
斜视与屈光不正英文课件-医学-
Definitions
Secondary deviation: The deviation measured with the paretic eye f i x i n g and the normal eye deviating.
Torsion: Rotation of the eye about i t s anteroposterior axis
Eccentric Fixation
In eyes with sufficiently severe amblyopia, an extrafoveal retinal area may be used for fixation under monocular viewing conditions. It is always associated with severe amblyopia and unstable fixation. Gross eccentric fixation can be readily identified clinically by occluding the dominant eye and directing the patient’s attention to a light source held directly in front. An eye with gross eccentric fixation
Sensory fusion and stereopsis are the two different physiologic processes that are responsible for binocular vision.
Sensory Aspects
Physiology
Sensory Fusion & Stereopsis
医学图像处理与分析第1章医学图像的发展ppt课件
3
医学成像模式 Medical Imaging Modalities
根据成像的源划分 外源型
X-ray Radiography X-ray CT Ultrasound Optical: Reflection, Transillumination
内源型
SPECT PET
医学图像处理与分析
Medical Image Processing and Analysis
1
第一章 医学图像的发展
2
医学图像及其重要性
影像学是医学科学的一个重要方面，用于人体 解剖结构、功能或代谢信息的可视化。 人体结构与功能成像对于理解人体的解剖、生 理过程、器官的功能，以及器官整体或一部分 在异常生理条件或疾病的影响下的行为具有 十 分重要作用。
功能/代谢信息 Functional/Metabolic
SPECT PET fMRI Ultrasound Optical Fluorescence Electrical Impedance
5
德国物理学家伦琴
伦琴夫人手的X光片
1895年德国物理学家伦琴（Wilhelm Conrad Röntgen，）发现一种未 知的射线，称做“X”射线，并用“X”射线给他夫人的手拍照。 这就是人类史上第一次科学技术医学成像。为了纪念他，人们将 "X"射线又叫做伦琴射线。伦琴本人也因为这一重大贡献获得第一 个诺贝尔物理学奖。
混合型
MRI, fMRI Optical Fluorescence Electrical Impedance
4
医学成像信息 Medical Imaging Information
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fex
Image Space Upsampling
image from a phase corrected Propeller blade with ETL=36 and readout length=320.
sinc-interpolated up to 64x512.
Ringing near the edge of a disc. Solid line for k-space data sampled on 512x512; dashed for 128x128; dashed-dot on 64x64 grid.
no interpolation-no shading; interpolation onto Dk/4 lattice 4xFOV
linear interpolation “tent” function against which k-space data is convolved
cubic interp
“gridding” = convolve w/kernel (typically smooth,
w/small support)
convolution – “shift & sum”
f exfyexydy
sinysinc16xydy sinysin1c60ydy0sinysin1c62ydy 16
Reprinted with permission from Handbook of MRI Pulse Sequences. Elsevier, 2004.
Tukey window function in k-space
PSF in image space.
Low-frequency Gridding Errors
Propeller k-space data interpolated onto 4x fine grid
convolution – properties
f exfyexydy
F 1 F fF e x f e x
Image Space Upsampling
F 1F fF ex
F fF ek
convolution – properties
f exfyexydy
F fe k F f F e k
Avoid Aliasing Artifacts
Ffek
fex
sinc interp in k-space
2x Field-of-View
FfFek
Avoid Aliasing Artifacts
Propeller - Motion Correct
2 scans – sans motion
sans motion correction
w/motion
correction
artifacts due to blade #1 errors
Propeller – Blade Correlation throw out bad – or difficult to interproelat t-ed-adtaata
additional errors
spirals – fast acquisition
From Handbook of MRI Pulse Sequences.
Propeller – redundant
data permits motion correction.
CT vs. MRI
CT errors high-frequency &aerrors low-frequency &
global
hignha-oivredekr-sinptaecrpe ogvriedrdsihnogots
colorrwe-cotreddefroirngterridpdsinmgoeortrhosrs
linear interpolation = convolve w/“tent” function
【医学课件】 k-space Data Pre-processing for Artifact Reduction in MRI
Heisenberg, Riemann & Lebesgue
Heisenberg Functions cannot be space- and band-limited.
multiply image
Propeller – Phase Correct
Redundant data must agree, remove phase from each blade image
Propeller – Phase Correct one blade
CORRECTED
RAW
f (x) 0
implies Ff k0
for x D
ask
Riemann-Lebesgue k-space data decays with frequency
F fk0ak s
Cartesian sampling reconstruct directly with Fast Fourier Transform (FFT)
linear interp
after gridding deconv
Cartesian sampling
suited to sinc-interpolation
F 1F fF ex
F fF ek
fex
Radial sampling
(PR, spiral, Propeller) suited to jinc-interpolation
Ringing near the edge of a disc. Solid line for k-space data sampled on 512x512; dashed for 128x128; dashed-dot on 64x64 grid.
non-Cartesian sampling requires gridding
linear interp
k-space data sampled at ‘X’s and linearly interpolated onto ‘•’s.
hwig/ho-goriddedriningtedrepcovnevrosluhtoioonts
no interpolation no shading cubic interp