小鼠表达谱芯片及服务

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H22荷瘤小鼠证候基因进展

2012年3月第36卷第2期H22荷瘤小鼠是接种4×107个/mL H22肿瘤腹水癌细胞后，淘汰出瘤不佳及畸形小鼠，得到正规的荷瘤小鼠。

目前多利用基因芯片技术结合H22荷瘤小鼠研究中医证候。

伴随着人们对疾病的认识从整体、组织到细胞再到基因的逐渐深入，基因组学研究成果将对认识及治疗疾病发挥越来越大的作用。

中医的病与证有其内在的本质联系［1］，而基因的内部改变和疾病的转归也有着内在的本质联系。

利用基因组学的研究来阐释中医证候，找出两者之间的内部联系，从而使中医证候从微观指标中量化。

本文对近几年H22荷瘤小鼠证候基因研究情况作一综述。

1证候与基因组学的相关概念证候是机体在疾病发展过程中的某一阶段或某一类型的病理概括。

包括病变的部位、原因、性质，以及正邪消长变化，反映疾病发展过程中某一阶段或某一类型病理变化的本质，指导着中医学对疾病表现及其发生的认识，是中医学认识疾病和辨证论治的主要依据。

基因组学是关于基因、基因功能以及相关技术的研究。

中医证候的基因组学研究，是指在证候理论指导下，运用功能基因组学方法，通过探讨证候，特别是同病异证或异病同证时基因的变异及差异表达情况，揭示与某一证候形成相关的所有基因及其功能，从整体基因表达的水平阐明证候的本质。

既往研究发现证候与下丘脑-垂体-内分泌轴的功能紊乱有关。

H22荷瘤小鼠在肿瘤的发生与发展过程中，与人类类似，存在证候的自然发生与演变，早期以邪毒壅盛、气虚为主，以后过渡到中期、中晚期的阳气虚、气阴阳虚的复合证［2］。

因此，检测荷瘤小鼠常见不同证候下丘脑-垂体-内分泌轴基因表达谱的改变，有助于揭示肿瘤常见证候的内在分子机制。

2H22荷瘤小鼠证候的基因组学研究关于H22荷瘤小鼠证候的研究，上海中医药大学方肇勤课题组做了许多相关工作。

研究利用实验动物昆明种雄性小鼠，采用荷瘤小鼠标准化四诊及辨证方法，分别于接种肿瘤后第7天（早期）、第20天（中期）、第28天（中晚期）进行全体小鼠四诊检测与辨证，并分别于检测后的次日筛选早期邪毒壅盛证和气虚证、中期阳气虚证、中晚期气阴阳虚证等4个证候最典型小鼠，取下丘脑、垂体、甲状腺、肾上腺、睾丸、胸腺、脾脏和肿瘤组织，采用Trizol 和RNeasy Mini Kit 及其方法分离和纯化RNA ，GeneChip Mouse Exon 1．0ST Array 计算核心基因表达读数值，检测H22荷瘤小鼠的相关基因变化与证候的关系［2-4］。

山苍子油对白念珠菌全基因组表达谱的影响

山苍子油对白念珠菌全基因组表达谱的影响曾跃斌;钱元恕;侯冰;辜红妮【期刊名称】《中国感染与化疗杂志》【年(卷),期】2014(000)004【摘要】目的：应用白念珠菌全基因组表达谱芯片比较山苍子油处理前后白念珠菌基因的差异性表达，分析山苍子油对白念珠菌整个基因表达谱的影响。

方法用山苍子油处理白念珠菌 ATCC90028株90 min，将处理后的菌株命名为白念珠菌ATCC90028-L，分别抽提细胞总 RNA，经杂交、洗涤后，通过扫描分析白念珠菌ATCC90028株和 ATCC90028-L株全基因组表达谱的差异。

结果基因芯片共筛选出491个差异表达基因，与白念珠菌 ATCC90028株比较，在 ATCC90028-L株中有216个基因表达上调，有275个基因表达下调，差异表达的基因数量约占总基因数量的11％（491/4634），差异表达基因主要包括白念珠菌麦角固醇生物合成通路中关键靶酶编码基因（ERGs）、应激反应相关基因、DNA复制与损伤修复相关基因、跨膜分子转运相关基因、能量代谢酶类相关基因等。

结论山苍子油可使白念珠菌基因组中约11％基因产生差异性表达，影响较为显著，我们推测山苍子油与唑类抗真菌药物的作用机制相似，均通过对白念珠菌麦角固醇生物合成通路中关键靶酶的影响而起作用，基因芯片筛选出的其他差异表达基因也可能与山苍子油的抗真菌作用机制有关，值得进一步研究。

【总页数】6页(P295-300)【作者】曾跃斌;钱元恕;侯冰;辜红妮【作者单位】汕头大学医学院第二附属医院皮肤病学教研室，广东汕头 515041;汕头大学医学院第二附属医院皮肤病学教研室，广东汕头 515041;汕头大学医学院第二附属医院皮肤病学教研室，广东汕头 515041;汕头大学医学院第二附属医院皮肤病学教研室，广东汕头 515041【正文语种】中文【中图分类】R379.4【相关文献】1.捏脊对抑郁模型大鼠海马全基因组表达谱的影响——捏脊治疗抑郁症实验研究之二 [J], 江励华;王玲玲;王明艳;吴颢昕;袁晓琳;陈美娟;邹奕洁2.银翘散加减对手足口病CA16病毒全基因组表达谱的影响 [J], 张泽渊;杨宏仁3.应用全基因组表达谱芯片研究特比奈芬诱导白念珠菌耐药前后基因的差异性表达[J], 曾跃斌;钱元恕;辜红妮4.FTO 过表达对小鼠胰岛β细胞功能的影响以及全基因组表达谱变化研究 [J], 范红旗;徐宽枫;王知笑;刘晓云;周红文;杨涛5.FTO过表达对小鼠胰岛β细胞功能的影响以及全基因组表达谱变化研究 [J], 范红旗;徐宽枫;王知笑;刘晓云;周红文;杨涛;因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

《天麻20C对帕金森小鼠的治疗作用以及机制研究》

《天麻20C对帕金森小鼠的治疗作用以及机制研究》天麻20C对帕金森小鼠的治疗作用及机制研究一、引言帕金森病（PD）是一种常见的神经系统退行性疾病，主要特征为黑质多巴胺能神经元显著变性丢失、路易小体形成及大脑皮层运动功能的紊乱。

当前对帕金森病的治疗方法主要以药物控制症状为主，但长期效果并不理想。

近年来，天然药物及其有效成分逐渐受到关注，其中天麻作为一种传统中药材，在神经系统疾病的治疗中展现出了一定的潜力。

本研究旨在探讨天麻20C对帕金森小鼠的治疗作用及其机制，以期为帕金森病的治疗提供新的思路和方法。

二、材料与方法1. 实验材料天麻20C：本研究所使用的天麻20C为经过提取纯化的有效成分。

帕金森小鼠模型：通过化学方法诱导建立帕金森小鼠模型。

2. 实验方法（1）分组与处理：将小鼠随机分为正常对照组、模型组、天麻20C治疗组，建立帕金森病小鼠模型后，治疗组给予天麻20C 灌胃治疗。

（2）行为学检测：观察并记录各组小鼠的行为表现，包括运动协调、震颤等。

（3）生化指标检测：检测各组小鼠脑内多巴胺、乙酰胆碱等神经递质的含量。

（4）组织学检查：对小鼠脑组织进行切片，观察黑质多巴胺能神经元的形态及数量。

（5）机制研究：通过Western Blot等方法检测相关蛋白的表达情况，探讨天麻20C的作用机制。

三、结果1. 行为学检测结果与模型组相比，天麻20C治疗组小鼠的运动协调能力得到显著改善，震颤程度减轻。

2. 生化指标检测结果天麻20C治疗组小鼠脑内多巴胺含量显著升高，乙酰胆碱含量也有所恢复，与模型组相比差异显著。

3. 组织学检查结果天麻20C治疗组小鼠黑质多巴胺能神经元数量明显增多，形态改善，与模型组相比有显著差异。

4. 机制研究结果通过Western Blot等方法检测发现，天麻20C能够上调脑内相关蛋白的表达，如BDNF、Nrf2等，这些蛋白在神经元保护、抗氧化等方面发挥重要作用。

此外，天麻20C还能够抑制炎症因子的释放，减轻炎症反应对神经元的损伤。

3种中医治法对甲型流感病毒性肺炎湿热证模型小鼠肺AQP4表达及炎症因子的影响

１Ｌ４冰箱保存，用；毒唑（咖，℃ 备病阳性药物）由湖北医药工，１－测定肺指数及肺指数抑制率．３２感染后６，剖小鼠，ｄ杀杀
基金项目：家自然科学基金一广东省联合基金（６２０）国Ｕ０３０９
机５１Ｄ型；８ｍ不锈钢高压锅或电炉或医用微波炉；封裱４５１ｃ
甘油和碳酸盐缓冲液）ＡＰ抗（自美国ｓｎｒｚ；Ｑ４Ｉ购ａｔｃｕ公ａ运用“ 高脂饮食＋湿热环境＋生物致病因子 ” 的复合因素进行剂（小鼠流感湿热证造模，用针对湿热病因的清热祛湿法（芩司）Ｉ抗（并运蒿，Ｉ广州达辉生物科技有限公司）。清胆汤为代表）重视发热特征的辛凉透表法（、银翘散为代表）、注重病患正气的益气固表法（玉屏风散为代表）三种方法对模型进行干预。通过观察各组小鼠肺病变程度、血清中炎症因子及肺
势结论：方剂对流感病毒性肺炎湿热证模型小鼠的肺指数均有一定的抑制作用，但３种复方对模型小鼠肺组织中３组ＡＰＱ４表达的影响并不一致，测其发挥功效的途径不尽相同。推关键词病毒性肺炎Ｈ１流感病毒湿热证中药复方ＡＱＩ一ＩＮＮ１Ｐ４Ｌ４Ｆ一中图分类号Ｒ６．０５３１．９５文献标识码Ａ文章编号１７ — ９Ｘ（０００ — ０３０６２３７２１）８０７ — ３

现代毒理学的研究方法进展及其热点_顾祖维

文章编号:1001-0580(2005)02-0254-03中图分类号:R114文献标识码:A=继续医学教育讲座>作者简介:顾祖维,男,1935年1月生,上海人,研究员。

1954~1960年在苏联列宁格勒公共卫生医学院学习。

1979~1981年在法国进修毒理学。

1987年获法国国家毒理学博士学位。

1960~1992年在上海医科大学劳卫生教研组任教,曾任教研室主任。

1989~1992年应邀赴美国国家职业安全与卫生研究(NI OSH)工作,兼聘为美国国家研究委员会(NR C)高级研究员。

1992年10月~1998年底任上海市劳动卫生职业病防治研究所研究员。

1999年1月至今任上海市疾病预防控制中心研究员。

从事职业医学和遗传及分子毒理学研究。

现任中国毒理学会生化与分子毒理学专业委员会委员,国家自然科学基金会同行评议专家。

5卫生毒理学杂志65工业卫生与职业病65中华医疗卫生65环境与健康展望6杂志副主编;5中华劳动卫生职业病杂志65中国工业医学杂志65中国公共卫生65环境与职业医学6等杂志编委。

现代毒理学的研究方法进展及其热点顾祖维毒理学在20世纪下半叶有了迅猛的发展,目前已形成了诸多的毒理学分支。

按研究的对象或物质可分为金属毒理学、农药毒理学等。

随着生产和科学技术的发展,肯定还会不断出现新的分支112。

本文对现代毒理学的研究方法进展及其热点作一介绍。

1毒理学研究方法和技术发展毒理学研究所用的方法和技术决定于要解决的问题。

毒理学随科学发展,尤其是生物学和医学的发展也随之发展。

毒理学发展的历史证明,引进新的概念、新的理论、新的方法和技术,会导致新的边缘学科的形成,出现毒理学新的分支。

分子毒理学的形成是一个明显的见证。

在毒理学研究中只要主动引进一种新的方法或技术,就有可能开创一个新的领域,获得一批创新和领先的科研成果。

例如生物芯片包括基因芯片、蛋白质芯片的应用,将取代一些耗时的DN A印迹法(Souther n blot)、蛋白质印迹法(Western blot)、R NA印迹法(No rthern blot)和点印迹法(dot blot)。

生物数据库介绍——NCBI

⽣物数据库介绍——NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家⽣物技术信息中⼼）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。

NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser、BLAST、Pimer-Blast、COBALT、RefSeq、UniGene、HomoloGene、ProtEST、dbMHC、dbSNP、dbVar、Epigenomics、the Genetic Testing Registry、Genome和相关⼯具、⽐对查看器、跟踪存档、Sequence Read Archive、BioProject、BioSample、ClinVar、MedGen、HIV-1/⼈类蛋⽩质相互作⽤数据库、Gene Expression Omnibus、Probe、Online Mendelian Inheritance in Animals、the Molecular Modeling Database、the Conserved Domain Database、the Conserved Domain Architecture Retrieval Tool、Biosystem、Protein Clusters and thePubChem suite of small molecule databases，所有这些资源可以在NCBI主页找到。

Databases⼀个提供有关基因组组装结构，装配名称和其他元数据，统计报告以及基因组序列数据链接等信息的数据库。

⼀个有关培养物、动植物样本和其他⾃然样本的精选元数据集。

记录显⽰样本状态，有关馆藏的机构的信息，以及NCBI中相关数据链接。

第二高通量筛选技术与中药作用机制研究

0 1 2
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水冲，同位素或荧光检测
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（二）基因芯片技术
基因芯片技术：根据碱基互补结合原理，将单链cDNA按微阵列方式，固定在载体表面（硝酸纤维膜、尼龙膜或玻片等）制成的芯片。用于特异性检测样品中同源DNA或RNA的实验方法。从基因水平，研究细胞/机体的功能状态。
（1）单成分作用蛋白靶标定位（2）多成分作用蛋白靶标定位
天然蛋白与重组蛋白比较
天然蛋白
重组蛋白
Ⅰ级结构
二者氨基酸序列基本相同
Ⅲ级结构功能活性
受体内微环境影响，缺乏体内微环境影响，形成特定Ⅲ级结构可能形成的Ⅲ级结构
与天然蛋白差异
功能活性基本一致功能活性可能改变
检测结果与体内反应结果吻与体内反应结果可能
无药物血清或尿液材料干扰
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水冲，加药物血清或药物尿液
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水冲，加同位素标记配体、检测
从中药或血清药物材料中用仅与中药成分提取分离、鉴定相应成分，结合的受体蛋白
即得出该成分的受体或酶类的靶标定位
（2）西安交通大学药学院首创细胞膜色谱：为化合物的体外高通量筛选提供了高选择性、高特异性、高效率的筛选手段。
（3）上海药物研究所、北京军事医学科学院：分别成立了药物筛选专门机构，开始从事大规模筛选工作。
高通量筛选技术的方法
1．自动化操作系统---自动加样、稀释、转移、洗脱、混
合、温孵、检测、分析等程序化操作
我国中药为筛选研究提供了一个巨大的资源库，并且在中医理论和中药已知疗效作用的指导下，使中药高通量筛选研究的实验设计，更具方向性、合理性。

1 ChIP-chip

康成生物ChIP-on-chip 技术服务ChIP-on-chip（染色体免疫共沉淀和芯片结合的技术）的出现超越了以往传统的芯片分析方法。

传统的芯片检测方法只能对基因调控做管中窥豹式的研究，然而事实上转录是一个非常复杂的过程，它涉及到多种形式的相互作用以及大量组分间的精妙的互相结合。

ChIP-on-chip是染色体免疫共沉淀与芯片技术的结合，用于分析在活体细胞中调节蛋白与基因组DNA之间的相互作用。

调节蛋白与基因组DNA结合控制着染色体的复制和基因的激活（或抑制），是细胞调控网络的开关。

由于对于整个细胞调控网络我们还有很多是未知的，对这部分的理解和认识将有助于研究人员确认调控这些通路的新的靶基因及新的治疗方法。

ChIP-on-chip研究获得的新信息再结合之前获得的基因表达谱数据，能够大大促进疾病和新药开发领域的研究。

ChIP-on-chip这个新的研究转录调控——包括研究转录的激活和抑制的检测平台主要是通过精确确认调节蛋白与基因组DNA序列的结合位置来实现的。

ChIP-on-chip技术能为一些重要机制的研究提供线索，包括DNA复制、修饰、修复，更重要的还有甲基化以及组蛋白修饰等等；还能帮助我们更好的理解一些疾病的发生机理比如糖尿病、白血病、乳腺癌等。

除此之外，ChIP-on-chip技术也已在一些至关重要的生命过程中为我们提供了重要的线索，包括细胞增殖、细胞分化、癌症发生、细胞周期、细胞凋亡以及神经生成等过程。

●研究基因启动子部位组蛋白的甲基化乙酰化或磷酸化水平改变●研究所以基因启动子部位DNA甲基化水平改变●研究转录因子与其结合的所有基因启动子DNA结合水平改变Agilent ChIP-on-chip 芯片Agilent的ChIP-on-chip （染色体免疫共沉淀和芯片结合的技术）是推动新一代芯片平台的强大技术。

Richard Young 等国际知名学者，利用Agilent的ChIP-on-chip 芯片在Nature、Science、Cell上已发表大量文献。

人着床前胚胎的单细胞和单胚胎基因表达研究

基因组学与应用生物学，2020年，第39卷，第12期，第5809-5815页研究报告Research Report人着床前胚胎的单细胞和单胚胎基因表达研究郭瑞峰孙博文^上海健康医学院，上海，201318* 通信作者，***************.cn摘要在小鼠胚胎发育过程中，有报道显示F G F信号通路在着床前胚胎的细胞分化中起关键作用。

然而，人着床前胚胎的细胞分化分子机制尚未明确。

本研究利用体外发育第7天和第3天的人着床前胚胎，通过单细胞微流控芯片技术和单胚胎的全基因组表达谱技术，确定了在不同发育阶段中出现的差异表达基因和信号通路变化，发现了 F G F/PI3K通路在人内细胞团分化中起到重要作用，同时还锁定该通路中的两个基因 /7W和4/0^，是关键的细胞分化基因。

因此，与F G F通路相关的细胞分化关键基因可能在胚胎发育、辅助生殖、人类干细胞研究中有重要作用。

本研究使用了独特的差异基因分析技术，在寻找发育相关基因中有重要的应用价值。

关键词单细胞微流控芯片，全基因组表达谱芯片，人着床前胚胎,分化，F G F信号通路Single-cell and Single-embryo Gene Expression Profiling of Human Preimplantation EmbryosG u o R ui f e n g S u n B o w e n*Shanghai University of Medicine and Health Sciences, Shanghai, 201318*Corresponsingauthor,***************.cnDOI: 10.13417/j.gab.039.005809Abstract I t w a s reported that F G F signaling p a t h w a y plays k e y role in cell differentiation o f m o u s e p r ei mp la ntation d e v e l o p m e n t.H o w e v e r,i t is still unclear w h i c h m o l ecular m e c h a n i s m s control cell differentiation during d ev e l o p m e n t o f h u m a n preimplantation e m b r y o s.B y using single-cell microfluidic chip tec h n o l o g y a n d g e n e chip technol og y,w e identified differentially expressed g e n e s a n d signaling p a t h w a y c h a n g e s at distinct d e v-el o pm e n t a l stages in d a y7 a n d d a y3 h u m a n preimplantation e m b r y o s.It s h o w e d that F G F/PI3K p a t h w a y w a s k e y to the differentiation o f h u m a n inner cell m a s s,a n d t w o genes in this p a t h w a y,n a m e l y FN1a n d AKT3,m i g h t be the m o s t i mportant g enes in cell differentiation.T h erefore,the k e y genes o f cell differentiation related to F G F p a t h w a y m a y play an important role in e m b r y o n i c d e v e l o p m e n t,assisted reproduction a n d h u m a n s t e m cell r es e a r c h.U n i q u e differential g e n e analysis technique w a s applied in this study,a n d i t is an important m e t h o d in the search o f g e nes during d e v e l o p m e n t.Keywords Single-cell microfluidic chip,H u m a n g e n o m e g e n e c h i p,H u m a n preimplantation e m b r y o,Differentiation,F G F signaling p a t h w a y在哺乳动物胚胎早期发育过程中，基因表达水细胞分化事件，而（：办2和O c M是决定小鼠胚胎滋平的变化是决定细胞分化的关键机制之一。

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理工学院-哈佛大学Broad研究所）共同设计的。

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