转录因子激活的基本模式-宋金晶
透明质酸诱导单核细胞转录因子C／EBPβ的表达活化
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大豆中4个NIN转录因子的生物信息学及表达分析
大豆中4个NIN转录因子的生物信息学及表达分析吴军;察艳艳;李霞;高亢【期刊名称】《华北农学报》【年(卷),期】2022(37)S01【摘要】为了明确大豆中4个参与豆科植物由根瘤菌侵染到根瘤形成和固氮的所有生物过程,并整合结瘤和结瘤自调控信号动态控制根瘤数目的核心转录因子(NIN)基因异同及其在植物生长过程中的作用,利用生物信息学的方法,对大豆4个GmNINs基因进行了系统进化、蛋白序列分析及基因序列和启动子分析,并利用Real-time PCR进行了组织表达模式验证。
结果表明,大豆中4个GmNINs蛋白均属于豆类植物中特异的NIN蛋白家族,定位在细胞核,序列相似,且均具有多个磷酸化位点,蛋白核心三级结构类似而在转角处有较大区别。
以上结果说明,大豆4个GmNINs蛋白可能在核心功能上是冗余的,而又在具体的表达模式上具有差异性。
对GmNINs基因ATG上游-3 kb启动子序列分析表明,GmNINs启动子序列中除NBS、CYC元件外,还含有如ABRE、DRE1等多种与逆境和激素响应相关的元件。
转录组分析及Real-time PCR结果显示,4个GmNINs基因均在根瘤中高表达,并受到高氮环境抑制;均可不同程度的响应高盐与干旱胁迫,其中GmNIN2a与GmNIN2b在响应非生物胁迫上较GmNIN1a与GmNIN1b更加敏感与显著,可能在植物响应非生物胁迫的过程中发挥着重要作用。
综上所述,结果揭示了GmNINs 除了调控大豆结瘤及根瘤数目外,还参与了大豆根系响应非生物胁迫的过程,这一调节机制的发现为选育优质高产大豆新品种提供关键线索。
【总页数】9页(P26-34)【作者】吴军;察艳艳;李霞;高亢【作者单位】华中农业大学植物科学技术学院【正文语种】中文【中图分类】S565.03;Q78【相关文献】1.苹果bZIP转录因子家族生物信息学分析及其在休眠芽中的表达2.苹果NLP(Nin-Like Protein)转录因子基因家族全基因组鉴定及表达模式分析3.大豆中3个Dof转录因子的生物信息学及表达分析4.大豆转录因子GmVOZ1的生物信息学及干旱胁迫表达分析5.基于生物信息学分析E74样转录因子3在卵巢浆液性囊腺癌中的表达及作用机制因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
胸腺上皮细胞发育分化的信号通路研究进展
胸腺上皮细胞发育分化的信号通路研究进展①陈昌蓉宋银宏（三峡大学医学院病原与免疫学系，感染与炎症损伤研究所，宜昌443002）中图分类号R392.12文献标志码A文章编号1000-484X（2021）09-1144-05［摘要］胸腺微环境是决定T细胞增殖、分化和选择性发育的重要条件。
胸腺上皮细胞（TECs）是胸腺微环境最重要的组分。
已有研究报道调控TECs发育分化的相关信号通路，本文从细胞内分子NF-κB及其信号通路、细胞外信号分子Bmp、Wnt、Shh、FGF及其相应信号通路和其他类信号通路RA、Notch等3个方面阐述了不同的信号通路对TECs发育分化的作用。
明确以上信号通路对TECs作用，将有助于寻找合适靶点促进退化TECs的增殖，从而促进衰老胸腺的重建。
［关键词］胸腺上皮细胞；发育；分化；信号通路Research progress on signaling pathway involved in development and differenti-ation of thymic epithelial cellsCHEN Chang-Rong，SONG Yin-Hong.Department of Etiology and Immunology，Medical College of China Three Gorges University，Institute of Infection and Inflammation，Yichang443002，China［Abstract］Thymic microenvironment is an important condition that determines to the proliferation，differentiation and selec⁃tive development of T cells.Thymus epithelial cells（TECs）are the most important components of the thymic microenvironment.Nowa⁃days the signaling pathways that regulate the development and differentiation of TECs has been clarified clearly.Here，the effects of different signaling pathways involved in the development and differentiation of TECs are illustrated.The signaling pathways include in⁃tracellular molecule NF-κB and its signaling pathway，the extracellular signal molecules Bmp，Wnt，Shh，FGF and their correspond⁃ing signaling pathways and other signaling pathways RA and Notch.Confirming the effects of these signaling pathways on TECs will contribute to finding the appropriate targets to promote the proliferation of degraded TECs and thus facilitating the reconstruction of the aging thymus.［Key words］Thymic epithelial cells；Development；Differentiation；Signaling pathway胸腺属于上皮-间质组织，分为皮质和髓质区，内含基质细胞和胸腺细胞［1］。
胚胎发育中微型RNA与转录因子的调控机制
胚胎发育中微型RNA与转录因子的调控机制在胚胎发育阶段中，微型RNA（microRNA）和转录因子（transcription factors）都具有非常重要的调控作用。
微型RNA是一种含有约20到25个核苷酸的小分子RNA，能够干扰靶RNA在翻译或降解过程中的表现。
在胚胎发育过程中，微型RNA能够调控特定的基因，从而控制胚胎的分化、增殖、凋亡等过程。
而转录因子则是一类能够结合到基因DNA序列上，启动或抑制基因转录的蛋白质，同样是胚胎发育中的关键因子。
本文将就这两种生物分子在胚胎发育中的作用机制展开探讨。
1. 胚胎发育的三个阶段及相应的微型RNA与转录因子胚胎发育大致可分为早期、中期和晚期三个阶段。
在胚胎发育的三个阶段中，不同的微型RNA和转录因子发挥着不同的作用。
在胚胎发育的早期阶段，微型RNA和转录因子对于胚胎的正常发育至关重要。
具体来说，早期阶段主要发挥的是维持干细胞状态的重要功能。
在这个阶段，微型RNA主要是负责胚胎细胞发育的初始和维持干细胞状态的稳定。
其中包括了一些常见的微型RNA，如miR-290和miR-294等。
与之相应的，转录因子包括了多种类型，如Oct4、Sox2、Nanog等。
这些因子在胚胎干细胞的分化、增殖、凋亡等方面起到了关键的作用。
在胚胎发育的中期阶段，胚胎的器官系统开始成形，器官的原始形态逐渐出现。
微型RNA和转录因子的作用更加明显，这里有几个典型的例子。
（1）miR-1在鼠胚胎形态发生中起到了重要的作用。
研究发现，miR-1在肌肉发育中扮演着关键的角色，负责调节肌肉细胞增殖、分化和成熟。
这些过程需要微型RNA与一些转录因子如MyoD和Myogenin等一起协作完成。
（2）miR-196 在胚胎中期阶段对神经纤维现象的出现起重要作用。
研究发现，miR-196通过调节某些转录因子的表达，然后最终影响神经纤维的生长及其靶蛋白的表达等。
另一方面，转录因子如Hoxa9和Hoxc8等能够与miR-196协同作用，从而控制胚胎中期的神经系统发育。
细胞周期调控中转录因子的功能与调控
细胞周期调控中转录因子的功能与调控一、细胞周期调控概述细胞周期是细胞生长、分裂并最终形成两个遗传信息相同的子细胞的过程。
它包括间期和有丝分裂两个主要阶段。
细胞周期的精确调控对于维持细胞的正常功能和生物体的稳态至关重要。
转录因子在细胞周期的调控中扮演着核心角色，它们通过调控特定基因的表达来影响细胞周期的各个阶段。
1.1 细胞周期的基本阶段细胞周期的间期分为G1期、S期和G2期。
G1期是细胞生长的阶段，S期是DNA复制的阶段，而G2期是细胞准备进入有丝分裂的阶段。
有丝分裂是细胞分裂的过程，包括前期、中期、后期和末期。
1.2 转录因子在细胞周期中的作用转录因子是一类能够结合到DNA上的蛋白质，它们通过调控基因的转录来影响细胞周期的进程。
转录因子可以激活或抑制特定基因的表达，从而控制细胞周期相关蛋白的合成和降解。
二、转录因子在细胞周期调控中的功能转录因子通过多种机制参与细胞周期的调控。
它们可以作为细胞周期的正向或负向调控因子，影响细胞周期的启动、进行和终止。
2.1 转录因子作为正向调控因子正向调控因子促进细胞周期的进程。
例如，E2F家族转录因子在G1/S期转换中起着关键作用，它们通过激活S期所需的基因来推动细胞进入S期。
2.2 转录因子作为负向调控因子负向调控因子抑制细胞周期的进程。
例如，p53是一种肿瘤抑制因子，它可以在DNA损伤或细胞应激时阻止细胞周期的进行，从而防止损伤细胞的增殖。
2.3 转录因子在细胞周期中的相互作用转录因子之间存在复杂的相互作用网络。
例如，E2F转录因子的活性受到Rb蛋白的调控。
在G1期，Rb蛋白与E2F 结合，抑制其活性；而在S期，Rb蛋白发生磷酸化，释放E2F，从而激活S期相关基因的表达。
三、转录因子的调控机制转录因子的活性受到多种因素的调控，包括磷酸化、泛素化、乙酰化等。
这些调控机制影响转录因子的稳定性、亚细胞定位和DNA结合能力。
3.1 磷酸化调控磷酸化是一种常见的转录因子调控机制。
植物CBF转录因子及其在植物抗寒性中的作用_臧建磊
1998 年，以包含 CBF1 编码区的片段因［7 －8］。与此 同时，在独立进行的另一研究中，Liu 等鉴定出 5 种 DRE 结 合蛋白，其中 DREB1A、DREB1B 和 DREB1C 分别对应 CBF3、 CBF1 和 CBF2［9］。2002 年 Haake 在研究拟南芥抗旱时克隆 了 CBF4［10］。拟南芥基因组测序完成后，经序列同源性比较 又发现了 2 个 基 因 编 码 新 的 CBF 转 录 因 子，从 而 克 隆 了 CBF5 和 CBF6［11］。 1． 2 CBF 转录因子的结构特点 研究表明，CBF1、CBF2、 CBF3 紧密连锁，以 CBF1-CBF3-CBF2 的顺序正向重复排列 于拟南芥染色体Ⅳ短臂的 72． 8 cM 处，相互之间连锁，并与分 子标记 m600 和 PG11 紧密连锁［7 －8，12］。CBF3 位于 CBF1 下 游 3 kb 处，CBF2 位于 CBF1 下游 7 kb 处。而 CBF4 定位在 染色体 V 上［13］。DNA 序列分析表明，CBF 基因家族中的 4 个成员其基因阅读框架中都不含有内含子，CBF1 包含 642 个核苷酸，CBF2 和 CBF3 各含有 651 个核苷酸，CBF4 含有 675 个氨基酸。CBF1、CBF2、CBF3 转录因子之间氨基酸序列 的同源性均在 85% 以上［7，9，14］。CBF4 与其他 3 种 CBF 蛋白 相比，有 63% 的氨基酸相同［10］。
1 个核苷酸的差异［25］。 目前，关于低温诱导 CBF 基因的表达还不是很清楚，研
究者正在探索其表达调控机制。Gilmour 等提出一种模型： 在正常温度下，植物体内存在一种转录因子，该转录因子能 够识别 CBF 启动子，并在低温反应中被一条也是在正常生 长温度下存在的信号转导途径所激活［7］。他们将此推测的 转录因 子 命 名 为 ICE，ICE 是 一 个 上 游 调 控 因 子。Chinnusamy 等已经从拟南芥中得到 ICE1 基因序列，并且连上 CaMV35S 启动子转入拟南芥，获得了转 ICE1 基因的拟南芥 植株［26］，通过低温检测证实转基因拟南芥植株的抗寒性大 大提高［27］。ICE 基因是在低温时诱导 CBFs 基因家族表达的 转录激活因子，它能够识别 CBF 基因启动子中的冷调控元 件 ICE 盒。植物在正常温度下，ICE 处于一种不被激活状 态。但一旦植物经受低温，导致 ICE 或相关蛋白的修饰，从 而使 ICE 与 CBF 基因启动子中相关顺式元件 ICE 盒相结 合，诱导 CBF 基因的表达。在 ICE1 显性失活的拟南芥突变 体中发 现，在 低 温 驯 化 过 程 中 CBF3 的 表 达 影 响 较 大，而 CBF2 的表达则没有受到影响。由此推测 ICE 在低温诱导 CBF2 表达中的作用不大［28］。这说明，在 CBFs 基因家族中 存在着表达机制上的差异，而这差异主要存在于 CBFs 基因 家族的启动子中。Chinnusamy 等研究还发现，ICE1 在低温、 高盐和 ABA 轻微诱导下各组织中都表达，不受干旱诱导，但 是 ICE1 需要低温信号激活［26］。正常条件下，在超表达 ICE1 的拟南芥中，CBFs 基因及下游 CRT / DRE 元件均不表达； 低 温处理后，CBFs 及下游 RD29A 和 COR15A 的表达量明显上 升，超表达 ICE1 拟南芥的耐冷性也增强。但 ICE1 的作用并 不只局限于此，可能还以某种方式调控其他低温应答基因的 表达［26］。
重组激活基因(RAGs)功能机制及其在鱼类早期发育中的作用
中国水产科学 2013年11月, 20(6): 1319−1327 Journal of Fishery Sciences of China综 述收稿日期: 2013−04−16; 修订日期: 2013−06−27.基金项目: 国家自然科学基金项目(31302202); 国家863计划项目(2012AA10A413); 辽宁省教育厅计划项目(L2013276); 现代农业产业技术体系建设专项资金资助项目(nycytx-50).作者简介: 毛明光(1982−), 男, 博士, 讲师. 从事鱼类免疫学研究. E-mail: mmg@ 通信作者: 雷霁霖, 中国工程院院士, 博士生导师. E-mail: leijilin@DOI: 10.3724/SP.J.1118.2013.01319重组激活基因(RAGs)功能机制及其在鱼类早期发育中的作用毛明光1, 雷霁霖1,2, 姜志强11. 农业部北方海水增养殖重点实验室 大连海洋大学, 辽宁 大连 116023;2. 中国水产科学研究院 黄海水产研究所, 山东 青岛 266071摘要: 在B 淋巴细胞和T 淋巴细胞的发育过程中, BCR 和TCR 基因座(Ig κ、Ig λ、Igh 、Tcr α、Tcr β、Tcr γ、Tcr δ)的可变区(V)、多样区(D)、链接区(J)发生V(D)J 重排, 该重排过程是在重组激活蛋白(RAG-1和RAG-2)的作用下完成的, V(D)J 重排机制使机体拥有庞大的抗体库, 以应对自然界中多元的病原微生物。
RAGs 结构分为核心区和非核心区, 核心区域发挥着重要的基因片段酶切功能, 而非核心区域的九聚体序列(nonamer)、锌指等结构具有调节V(D)J 重排的功能。
RAGs 的功能在转录水平、染色体水平以及蛋白水平受到严格的时间和空间调控, 以保证B/T 细胞的正常发育。
随着国内外学者对哺乳动物RAGs 基因的结构与功能机制的深入研究, RAGs 也在淡水鱼和海水鱼中有了越来越多的报道。
转录因子功能研究方法及其在药用植物次生代谢调控中的前景
１转录因子 的结构和分类 转录 因子 是生物体 内一类起调 控作用 的反 式作用 因子 ，
它通 过与 真核基 因启 动子 区域 中的顺式 作用 元件特 异性 结 合 ，激 活包括 Ｒ Ｎ Ａ聚合酶 Ｉ Ｉ 的转入复 合物 的活 性，激活 或抑 制 结 构 基 因 的转 录 。转 录 因子 通 常 由 Ｄ Ｎ Ａ 结合区 （ Ｄ Ｎ Ａ ｂ ｉ ｎ ｄ ｉ ｎ ｇ ｄ ｏ ｍ ａ ｉ ｎ ， Ｂ Ｄ ） ， 核定位信 号区 （ ｎ ｕ ｃ ｌ ｅ ａ ｒ ｌ ｏ ｃ ａ ｌ ｉ ｚ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｓ ｉ ｇ ｎ ａ ｌ ，Ｎ Ｌ Ｓ ） ，转 录 调控 区 （ ｔ ｒ ａ ｎ ｓ ｃ ｒ ｉ ｐ ｔ ｉ ｏ ｎ ｒ ｅ ｇ ｕ ｌ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｄ ｏ ｍ ａ ｉ ｎ ）和寡聚化位点 区 （ ｏ ｌ ｉ ｇ ｏ ｍ ｅ ｒ ｉ ｚ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｓ ｉ ｔ ｅ ）四个功 能区域组 成。根据 Ｄ Ｎ Ａ结合功能域的不 同，转 录因子可 以分 为 Ｍ Ａ Ｄ Ｓ ｂ ｏ ｘ 、ｂ Ｚ Ｉ Ｐ 、Ｍ Ｙ １ ３ 和 ｂ Ｈ Ｌ Ｈ等多个不 同家族 。 目前， 主要还是根据其 Ｄ Ｎ Ａ结 合 域 进 行 分 类 。 ２转录 因子功 能研 究方法 转录 因子调控着许 多生理化 学过 程，比如次生代谢调控 、 细胞形态建成 、花 与种 子的发育 以及对外界环境压 力的应答 。 目前 ，对转录 因子功能 的研 究已经形 成一种模 式 。首先，克 ■ 隆有关转录 因子基 因源 克隆方式获得。采 用同源克 隆时 ，首先 比对 同源植物基 因序 列，找 出保守序列，设计简 并引物 ，克隆出基因片段 ：再用 ５ ’一 和 ３ ’－ Ｒ Ａ Ｃ Ｅ的方法获 得基 因全 长，序 列比对初 步分析该基因功能 ；继而构建植物 表达 载体 ，通过转入原植物进行过表达或 转入 异源 植物进行 异位表达，通过 以下几种方式来探索其 调控机制 。
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转录因子激活的基本模式
不同的转录因子通过不同的方式发挥作用，其中主要有以下五种方式。
1直接激活或抑制
许多转录因子与结合位点结合，然后直接与核心启动子的启动复合物相互作用。
如图1
图1直接激活或抑制
2非直接激活或抑制Ι
一些转录因子无法结合到DNA，必须通过蛋白—蛋白与其他转录因子相互作用后被带到转录模板，被VP16转录活化就是这种转录调节形式的一种例子，如图2
图2非直接激活或抑制Ι
3非直接激活或抑制Ⅱ
一些转录因子通过调控其他的DNA结合蛋白活性来发挥作用，如酵母同源异形盒蛋白α2就是以这种形式，如图3。
图3 非直接激活或抑制Ⅱ
4和5，诱导激活或抑制Ι和Ⅱ
转录因子通过激素激活（如类固醇受体家族转录因子）或翻译蛋白后修饰如磷酸化（如CREB 家族转录因子）来调节其他转录因子的活性来发挥作用，如图4和图5。
图4 诱导激活或抑制Ι
图5诱导激活或抑制Ⅱ
图1-5中的图标意义。