基因芯片在分枝杆菌菌种鉴定及结核耐药基因检测的诊断价值

合集下载

基因芯片技术对结核分枝杆菌耐药性检测的临床应用

基因芯片技术对结核分枝杆菌耐药性检测的临床应用陈瑶;吴英松【期刊名称】《分子诊断与治疗杂志》【年(卷),期】2017(009)002【摘要】目的评价基因芯片技术对结核分枝杆菌耐药性检测的效果. 方法选取我院结核科2014年3月至2016年3月收治的涂片阳性的肺结核住院患者238例,取其痰标本,分别用基因芯片、传统的罗氏培养和药敏试验3种方法进行结核分枝杆菌的异烟肼耐药性检测和利福平耐药性检测;把罗氏培养和药敏试验的结果作为金标准,评价基因芯片技术的临床应用价值. 结果基因芯片技术检测涂片阳性患者痰标本异烟肼耐药的情况与金标准无显著差异(P＞0.05);利福平耐药的情况与金标准相比也无明显差异(p>0.05). 结论基因芯片能够快速、准确地检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药情况,是一种值得推广的临床实验室检测方法.【总页数】4页(P108-111)【作者】陈瑶;吴英松【作者单位】南方医科大学检验与生物技术学院,广东,广州510515;南方医科大学检验与生物技术学院,广东,广州510515【正文语种】中文【相关文献】1.基因芯片技术检测结核分枝杆菌利福平和异烟肼耐药性临床应用评价 [J], 许榕青;李丹;林银霞;黄明翔;陈新朝2.基因芯片技术在检测痰涂阳肺结核患者结核分枝杆菌耐药性的应用效果 [J], 陈林;沈静;朱大冕;王晓英3.基因芯片技术检测结核分枝杆菌对异烟肼耐药性的结果分析及临床价值 [J], 芮冬妹;朱珍;樊燕;王永忠4.基因芯片技术检测结核分枝杆菌耐药性的临床价值 [J], 罗一钧5.基因芯片技术对结核分枝杆菌利福平及异烟肼的耐药性检测研究 [J], 孙桂英; 赵刚; 沈燕; 徐密琴; 高胜利; 俞净; 钮志林因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

基因芯片技术在分枝杆菌菌种鉴定和结核耐药性检测中的应用及评价

性，而且能够快速、准确地检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性，在结核病的快速诊疗领域具有广阔的应用
前景。
关键词：基因芯片；分枝杆菌；结核；检测；符合率；利福平；异烟肼中图分类号：Ｑ７８９文献标识码：Ａ
合率为８９．５（４７０／５２５），Ｋａｐｐａ值为０．７１，Ｐ＞Ｏ．０５；两种药物药敏结果总符合率为９２．０（９６６／ｌ０５０）。结论基因芯片技术能够准确地筛选出非结核分枝杆菌；对利福平和异烟肼耐药性检测与培养法有很好的符合率和高度一致
ｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓｄｒｕｇｒｅｓｉｓｔａｎｃｅＬＩＸｉａｏｆｅｉ，ＬＩＡＮＧＧｕｉ — ｌｉａｎｇ，ＰＵＤｏｎｇ，ｅｔａ１．（１．ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏＪＢｉｏｍｅｄｉｃａｌＥｎｇｉ
—
—
２０４
ＣｈｉｎＪＬａｂＤｉａｇｎ，Ｆｅｂｒｕａｒｙ，２０１５，Ｖｏｌ１９，Ｎｏ．２
文章编号：１００７ —４２８７（２０１５）０２ —０２０４０４
基因芯片技术在分枝杆菌菌种鉴定和结核耐药性检测中的应用及评价

基因芯片技术检测结核分枝杆菌耐药性的临床价值杨璟1王丽玲2胡荣2肖杰2阮小洁2宋家武2

基因芯片技术检测结核分枝杆菌耐药性的临床价值杨璟1 王丽玲2 胡荣2 肖杰2 阮小洁2 宋家武2发布时间：2023-05-14T03:07:24.287Z 来源：《中国科技人才》2023年5期作者：杨璟1 王丽玲2 胡荣2 肖杰2 阮小洁2 宋家武2 [导读] 目的：对结核分枝杆菌耐药性检测过程当中应用基因芯片技术的效果以及价值进行分析研究。

方法：从2019年1月至2022年11月在医院接受治疗的疑似患有结核病的患者当中随机无目的性地挑选200名参与到这一次实验研究当中。

结果：200名疑似患者当中阳性患者40名，占比20%，基因芯片检测结果显示结核病38例，非结核病2例，阳性几率为19%，耐药基因检测21例，利福平以及异烟肼基因突变3例，总突变几率为14.3%，其中，有2例为利福平以及异烟肼均耐药，双重基因突变几率为9.5%，另外1例只耐受利福平，利福平总突变几率为14.3%，异烟肼总突变几率为9.5%，耐多药几率为9.5%。

结论：结核分枝杆菌耐药性检测过程当中应用基因芯片技术具有明显的效果，能够有效减少诊断时间，提高工作效率，所以可以进行大范围推广应用。

1.珠海市人民医院呼吸科2.广东省基因芯片工程技术研究中心，珠海赛乐奇生物技术股份有限公司广东珠海 519001摘要：目的：对结核分枝杆菌耐药性检测过程当中应用基因芯片技术的效果以及价值进行分析研究。

方法：从2019年1月至2022年11月在医院接受治疗的疑似患有结核病的患者当中随机无目的性地挑选200名参与到这一次实验研究当中。

基因芯片检测临床标本结核分枝杆菌

基因芯片检测临床标本结核分枝杆菌目的：评价基因芯片檢测技术在结核病诊断中的效果。

方法：收集我院2012年4月至2013年6月符合标准的432例进行基因芯片耐药基因技术检测，同时进行传统比例法药物敏感试验，后者作为金标准，对两组检测结果进行比较评价。

结果：基因芯片技术检测结核菌异烟肼耐药性的灵敏度和特异度分别为78.13%和89.88%，与金标准差异有统计学意义（P＜0.01）；基因芯片技术检测结核菌利福平耐药性的灵敏度和特异度分别为86.57%和91.95%，与金标准差异有统计学意义（P＜0.01）；基因芯片技术检测结核菌同时耐异烟肼和利福平（耐多药）的灵敏度和特异度分别为70.11%和90.14%，与金标准差异有统计学意义（P＜0.01）。

结论：基因芯片检测技术是一种快捷、简便、灵敏度高的方法，对于结核菌耐药性的检测具有很好的效果，但直接用于临床标本检测结核菌的耐药性不够理想。

标签：基因芯片；结核分枝杆菌；耐药性结核病是一种严重危害人类健康的慢性传染病，曾一度得到控制，但20世纪80年代以来，全球呈现“复燃”的趋势，随着人类免疫缺陷病毒的出现，耐多药菌株的产生，耐药结核病控制工作面临着严峻的挑战。

为了进一步推进耐药结核病防治工作，医务工作者开展了大量基因芯片检测技术的研究，试图以基因芯片快速检测技术替代耗时的传统检测方法。

本研究以传统的比例法药物敏感试验为金标准，评估基因芯片技术检测临床各种标本中结核分枝杆菌对异烟肼、利福平耐药性的灵敏度和特异度，了解基因芯片技术在临床的应用价值，从而为耐多药结核病患者提供有效的抗结核治疗方案。

1资料与方法1.1一般资料选取我院2012年4月至2013年6月住院和门诊患者，收集患者留取的各种标本共计1350份，每份标本直接行基因芯片技术检测和罗氏培养，剔除了非结核分枝杆菌（NTM），对基因芯片技术检测阳性同时罗氏培养阳性的标本共计432份纳入进一步研究。

432份阳性标本直接行基因芯片技术耐药基因检测和比例法药物敏感试验，了解结核分枝杆菌对异烟肼和利福平的耐药情况。

DNA微阵列芯片技术检测培阳肺结核患者痰样本中结核分枝杆菌耐药性的价值

㊀２０２１,３７(２)中国人兽共患病学报C h i n e s e J o u r n a l o f Z o o n o s e sD O I :１０．３９６９/j．i s s n ．１００２－２６９４．２０２１．００．００４实验研究D N A 微阵列芯片技术检测培阳肺结核患者痰样本中结核分枝杆菌耐药性的价值王㊀悦,孙㊀颖,孙炳奇国家科技重大专项(N o ．２０１８Z X １０１０３００１Ｇ００４Ｇ００２)资助通讯作者:孙炳奇,E m a i l :１８１０２４８７３７６＠１６３．c o m ;O R C I D :００００Ｇ０００２Ｇ８９４７Ｇ９４０３作者单位:沈阳市第十人民医院,沈阳㊀１１００４４摘㊀要:目的㊀评价D N A 微阵列芯片法(以下称芯片法)检测培养阳性患者痰样本的利福平和异烟肼相关耐药基因的效能.方法㊀收集并检测３８９例疑似肺结核患者痰样,以B A C T E C MG I T９６０液体药敏(以下称MG I T９６０药敏)为参考标准,评价芯片法检测样本利福平(R I F )㊁异烟肼(I N H )耐药性和M D R ＧT B 的灵敏度㊁特异度及一致性.应用线性探针耐药技术(G e n o T y p eM T B D R p l u sV E R２,０)对不一致的结果进行分析.结果㊀将３３４例(３３４/３８９)MG I T９６０培阳结果对应的痰处理液进行芯片法耐药检测,其中２例为非结核分枝杆菌,９例为阴性.与参考标准对比,芯片法对利福平耐药检测的灵敏度为９２．４％,特异度为９７．７％,K a p p a 值为０．９０;异烟肼为８２．６％,特异度为９９．２％,K a p p a 值为０．８６.在M D R ＧT B 的病人中,芯片法与MG I T９６０药敏法有较好的一致性;且在初治患者中K a p p a 值为０．９５,灵敏度为９５５％,明显优于复治患者.结论㊀线性探针耐药技术对２２份不一致结果进行分析,认为检测限及耐药机制的差异㊁异质性耐药和多重感染等原因是导致基因型和表型或是两种分子法结果不一致的主要原因.应用芯片法检测培阳患者痰样本的利福平和异烟肼的相关耐药基因,与MG I T９６０药敏法相比较具有较好的灵敏度㊁特异度和一致性,可快速检测出患者耐药情况和M D R ＧT B 患者,为临床患者尤其是初治患者提供了快速有效的化疗参考方案.关键词:结核分枝杆菌;D N A 微阵列芯片法;M D R ＧT B ;耐药中图分类号:R ３７８．９１㊀㊀㊀文献标识码:A ㊀㊀㊀文章编号:１００２－２６９４(２０２１)０２－０１０９－０６E v a l u a t i o no f t h e p e r f o r m a n c e o fD N A m i c r o a r r a y s i nd e t e c t i n gM T Bd r u g r e s i s t a n c e i n s p u t u ms a m p l e s f r o m p a t i e n t sw i t h c u l t u r e Ｇpo s i t i v e p u l m o n a r yt u b e r c u l o s i s WA N G Y u e ,S U N Y i n g ,S U NB i n g Ｇqi (S h e n y a n g １０t hP e o p l e sH o s p i t a l ,S h e n y a n g １１００４４,C h i n a )A b s t r a c t :T o e v a l u a t e t h e e f f i c i e n c y o f aD N A m i c r o a r r a y c h i p a s s a y i nd e t e c t i n g r i f a m p i c i na n d i s o n i a z i dd r u g re s i s t a n c e g e n e s i n s p u t u ms a m p l e sf r o m p a t i e n t sw i t h t u b e r c u l o s i s c u l t u r e s ,w e c o l l e c t e d a n d d e t e c t e d s p u t u ms a m p l e s f r o m３８９p a t i e n t s w i t hs u s p e c t e d p u l m o n a r y t u b e r c u l o s i s ．T h e s e n s i t i v i t y ,s p e c i f i c i t y a n d c o n s i s t e n c y o f t h e c h i p m e t h o d i nd e t e c t i ng d r u g re s i s t Ｇa n c e t oR I Fa n d I N H ,a n dM D R ＧT Bw e r e e v a l u a t e d ,w i t h t h eMG I T９６０t e s t a s t h e r ef e r e n c e s t a n d a r d ．I f t h e r e s u l t sw e r e i n Ｇc o n s i s t e n tw i t h t h o s e o f t h e r e f e r e n c e s t a n d a r d ,t h eG e n o T y p eM T B D R p l u s t e c h n i q u e f r o mt h eWHO w a s u s e d f o r v e r i f i c a t i o n ．D r ug r e s i s t a n c ew a s d e t e c t e dw i th t h e c hi p m e t h o d i n３３４s p u t u ms a m p l e sw i t h p o s i t i v e r e s u l t sd e t e c t e db y l i q u i dc u l t u r e ,i n Ｇc l u d i n g t w oN TM p o s i t i v e c a s e sa n dn i n en e g a t i v ec a s e s ．C o m p a r e dw i t ht h o s eo f t h e r e f e r e n c es t a n d a r d ,t h ec h i p m e t h o d s s e n s i t i v i t y ,s p e c i f i c i t y a n d K a p pa v a l u ew e r e９２．４％,９７．７％a n d０．９０,r e s p e c t i v e l y ,i nt h er i f a m p i c i nr e s i s t a n c et e s t ,a n d ８２６％,９９．２％a n d０．８６,r e s p e c t i v e l y ,i n t h e i s o n i a z i d r e s i s t a n c e t e s t ．I n p a t i e n t sw i t h M D R ＧT B ,t h e r e s u l t sw e r e c o n s i s t e n t w i t h t h o s e o f t h e l i q u i dd r u g s e n s i t i v i t y t e s t ．I n t h e n e wc a s e s ,t h e K a p pa v a l u ew a s ０．９５,a n d t h e s e n s i t i v i t y w a s ９５．５％,v a l Ｇu e s s i g n i f i c a n t l yb e t t e r t h a n t h o s e o f t h e p r e v i o u s l y t r e a t e dc a s e s ．I n ad d i t i o n ,２２i n c o n s i s te n t r e s u l t sw e r e a n a l y z e dw i t hG e n o ＧT y p eM T B D R p l u s v e r ２．０,i t i s c o n s i d e r e d t h a t t h e d e t e c t i o n l i m i t a n dd r u g r e s i s t a n c em e c h a n i s m ,h e t e r o g e n e o u s d r u g re s i s t Ｇa n c e a n d m u l t i pl e i n f e c t i o n a r e t h e m a i n r e a s o n s f o r t h e i n c o n s i s t e n t r e s u l t so f g e n o t y p ea n d p h e n o t y p eo rt w o m o l e c u l a r m e t h o d s ．T h e c h i p m e t h o d f o r t h e d e t e c t i o no f r i f a m pi c i n a n d i s o Ｇn i a z i d r e s i s t a n c e g e n e s i n s p u t u ms a m p l e s o f p a t i e n t sw i t h p o s i t i v e c u l t u r e sh a s g o o d s e n s i t i v i t y ,s p e c i f i c i t y a n dc o n s i s t e n c y,a n dc a n ９０１q u i c k l y d e t e c t r e s i s t a n c e a n d M D RＧT B．T h i sm e t h o d p r o v i d e s a r a p i da n de f f e c t i v e c h e m o t h e r a p y r e f e r e n c e s c h e m e f o r c l i n i c a l p a t i e n t s,p a r t i c u l a r l y n e wc a s e s．K e y w o r d s:M y c o b a c t e r i u mt u b e r c u l o s i s;D N A m i c r o a r r a y c h i p m e t h o d;M D RＧT B;d r u g r e s i s t a n c eS u p p o r t e db y t h eN a t i o n a l S c i e n c e a n dT e c h n o l o g y M a j o rP r o j e c t(N o．２０１８Z X１０１０３００１Ｇ００４Ｇ００２)C o r r e s p o n d i n g a u t h o r:S u nB i n gＧq i,E m a i l:１８１０２４８７３７６＠１６３．c o m㊀㊀结核病(T B)位居全球单一致死性传染病的首位(排在H I V/A I D S之前),每年约有５０万利福平耐药病例,其中７８％为耐多药结核病(M D RＧT B).我国是全球耐药结核病负担最大的３个国家之一.异烟肼(I N H)和利福平(R I F)的广泛使用及菌体基因突变加剧了耐药性的发生[１Ｇ３].实际工作中,由于传统的药敏试验方法费时㊁繁琐,无法满足快速临床诊断的要求[４Ｇ５].目前,许多快捷高效的分子技术已成功应用于MT B检测,包括实时聚合酶链式反应(R TＧP C R)㊁线性探针耐药检测分析(L P A s)和寡核苷酸或D N A微阵列等.D N A微阵列技术(基因芯片耐药基因检测技术)是指在r p o B㊁i n h A和k a t G基因的特定位置结合特异性核苷酸,检测痰标本中MT B对于利福平和异烟肼的耐药情况.本研究以MG I T９６０药敏试验为参考标准,验证芯片法对M D RＧT B的检测能力.对于芯片法与液体药敏检测不一致的结果,采用WHO推荐的线性探针耐药检测法进行复核,以期客观的探讨芯片法对培阳结核病患者的耐药性的检测能力.１㊀材料与方法１．１㊀材㊀料１．１．１㊀研究对象㊀收集沈阳市第十人民医院２０１９年７至１２月间,３８９名疑似肺结核患者的合格痰样,排除标准为治疗超过两周的患者.年龄分布为２~９０岁,男性入组２８０人(７２．０％),女性入组１０９人(２８．０％).本课题已通过沈阳市第十人民医院伦理委员会批准.１．１．２㊀主要仪器及试剂㊀晶芯ʻR微阵列芯片扫描仪L u x S c a n T M１０KＧB,E x t r a c t o r３６核酸快速提取仪, H y b S e t基因微阵列芯片杂交盒,结核分枝杆菌耐药检测试剂盒,北京博奥晶典生物集团有限公司; MG I T９６０全自动结核分枝杆菌快速培养法仪及配套试剂,美国B D公司;全自动核酸印记微生物检测系统(G TＧB l o t４８)及配套试剂,法国生物梅里埃.１．２㊀主要方法及工作流程㊀见图１.１．２．１㊀痰标本前处理㊀流程按照«结核病诊断实验室检验规程»[６]规定进行,培养法后剩余痰处理液留作芯片法检测及备用.１．２．２㊀培养法㊀按照B A C T E C MG I T９６０系统操作说明书进行操作.仪器报阳后对培养物进行抗酸染色镜检确认,镜下抗酸杆菌扭曲缠绕呈红色绳索状,而其他细菌和细胞呈蓝色.确认为抗酸杆菌后进行M P B６４抗原检测,阳性者进入培养法药敏试验(培养管中的药物终浓度为利福平１．０μg/m L,异烟肼０．１μg/m L).１．２．３㊀芯片法㊀对于培养阳性标本,取出留存的痰处理液,进行芯片法耐药检测.检测耐药位点包括利福平耐药相关基因r p o B基因检测６个位点,即５３１位T C GңT T G㊁５３１位T C GңT G G㊁５２６位C A CңG A C㊁５２６位C A CңT A C㊁５２６位C A CңC T C㊁５２６位C A CңC G C㊁５１１位C T GңC C G㊁５１３位C A AңC C A㊁５１３位C A AңA A A㊁５１６位G A C ңG T C㊁５１６位G A CңT A C㊁５１６位G A CңG G C及５３３位C T GңC C G等１３种突变型,对于异烟肼耐药相关基因k a t G基因及i n h A基因启动子各检测１个位点,分别为k a t G基因３１５位A G CңA C C和A G CңA A C２个突变型,i n h A基因启动子Ｇ１５位C ңT突变型.按照北京博奥生物集团有限公司的试剂盒说明书进行D N A提取,P C R扩增,芯片杂交及结果判读过程,对于无法判定的结果及时进行复检,以确定是否有可用的耐药结果.１．２．４㊀线性探针耐药检测法㊀原理基于P C R扩增产物通过反向杂交技术与预先固化在试纸条上的特异性探针杂交,通过条带显色情况判定耐药性.检测耐药基因为r p o B是利福平耐药㊁k a t G是异烟肼高水平耐药和i n h A是异烟肼低水平耐药,在杂交带上３个基因的野生型和突变型均可以体现.标本处理按照法国生物梅里埃有限公司的试剂盒说明书进行,包括D N A提取㊁扩增㊁杂交㊁制备流程.判读标准为野生条带(利福平８个野生探针,异烟肼k a t G和i n h A野生探针分别为１个和２个)均显色且突变条带无显色时为敏感,野生条带有缺失或突变条带显色为耐药.０１１中国人兽共患病学报２０２１,３７(２)图１㊀主要方法及工作流程图F i g．１㊀M a i nm e t h o d s a n dw o r k f l o w１．２．５㊀统计学处理㊀所有检测结果㊁患者基本信息采用S P S S１９．０统计软件进行统计分析.以MG I T ９６０药敏试验结果为参考标准,计算芯片法耐药检测的灵敏度㊁特异度㊁一致性㊁阳性预测值(P P V)㊁阴性预测值(N P V)和K a p p a值以及２种方法对于检测M D RＧT B结果的比对,并对结果不一致者进行统计说明.相关公式解释:灵敏度＝真阳性例数/(真阳性例数＋假阴性例数)ˑ１００％;特异度＝真阴性例数/ (真阴性例数＋假阳性例数)ˑ１００％;阳性预测值＝真阳性例数/(真阳性例数＋假阳性例数)ˑ１００％;阴性预测值＝真阴性例数/(真阴性例数＋假阴性例数)ˑ１００％;一致性＝(真阳性例数＋真阴性例数)/ (真阳性例数＋假阳性例数＋真阴性例数＋假阴性例数)ˑ１００％;K a p p a值ȡ０．７５两者一致性较好;０．４ɤK a p p a＜０．７５两者一致性一般;K a p p a＜０．４两者一致性较差.２㊀结㊀果２．１㊀培养法结果㊀对３８９例疑似肺结核患者的痰样本进行培养,３３４例为培养阳性,其中４０~６０岁年龄段的患者的阳性率最高９０．２％(１５７例);男性患者阳性检出率８８．６％(２４８例)高于女性７８９％(８６例);初治患者阳性检出率８６．９％(２３２例)高于复治患者为８３．６％(１０２例),见表１.２．２㊀药敏结果㊀３３４例培阳标本中,２例为M P B６４抗原检测阴性,所以有３３２例进行了MG I T９６０药表１㊀３８９例患者特征和培养法对抗酸杆菌阳性的检出情况T a b．１㊀C h a r a c t e r i s t i c s a n d p o s i t i v e d e t e c t i o n r a t e so fA F B i n３８９p a t i e n t s特征MT B培养阳性(n＝３３４)n(％)总计(n＝３８９)n(％)年龄分组㊀０~２０１０(７６．９)１３(３．３４)㊀２１~４０７０(８３．３)８４(２１．６)㊀４１~６０１５７(９０．２)１７４(４４．７)㊀ȡ６１９７(８２．２)１１８(３０．３)性别㊀男２４８(８８．６)２８０(７２．０)㊀女８６(７８．９)１０９(２８．０)治疗史㊀初治２３２(８６．９)２６７(６８．６)㊀复治１０２(８３．６)１２２(３１．４)敏试验;同时挑出培阳患者的痰处理液,用芯片法检出共３２３例有药敏结果,此外检出非结核分枝杆菌２例,这与M P B６４的阴性检测结果相符,另有９例无结果(未检出MT B),这可能是分子法检出限的劣势所致.与参考标准对比,芯片法检测R I F和I N H 的K a p p a值均大于０．７５,显示了较好的一致性;芯片法除了异烟肼的灵敏度稍低(８２６％)外,其他方面的参数均较好,见表２.这个结论和大多数文献报道的基本一致.１１１２期王㊀悦,等:D N A微阵列芯片技术检测培阳肺结核患者痰样本中结核分枝杆菌耐药性的价值表２㊀芯片法检测利福平和异烟肼耐药与培养法药敏结果的比较T a b．２㊀C o m p a r i s i o no f c h i p a s s a y d e t e c t i o n r e s u l t s f o rR I Fa n d I N Hd r u g r e s i s t a n c ew i t h c u l t u r e a s s a y s芯片常规药敏试验耐药敏感合计灵敏度/％特异度/％一致性/％P P V/％N P V/％K a p p a利福平㊀耐药６１６６７㊀敏感５２５１２５６９２．４９７．７９６．６９１．０９８．１０．９０㊀合计６６２５７３２３异烟肼㊀耐药７１２７３㊀敏感１５２３５２５０８２．６９９．２９４．７９７．２９４．００．８６㊀合计８６２３７３２３２．３㊀芯片法检测M D RＧT B的能力评价㊀根据治疗史的不同,我们将患者分为初治和复治.与参考标准对比,芯片法检测M D RＧT B的灵敏度㊁特异度㊁一致性和K a p p a值见表３.在M D RＧT B的病人中,应用芯片法检测的K a p p a值可以达到０．８６,与液体法药敏试验有较好的一致性;并且在初治患者中K a p p a值为０．９５,灵敏度为９５．５％,明显优于复治患者,这对于更早的指导临床参考用药有着非常重要的意义.表３㊀芯片法对不同治疗史样本患者M D RＧT B结果的判定T a b．３㊀C h i p a s s a y d e t e r m i n a t i o no fM D RＧT B i n p a t i e n t sw i t hd i f f e r e n t t r e a t m e n t h i s t o r i e s芯片常规药敏试验M D R n o nＧM D R合计灵敏度/％特异度/％一致性/％P P V/％N P V/％K a p p a初治㊀M D R２１１２２㊀N o nＧM D R１２０２２０３９５．５９９．５９９．１９５．５９９．５０．９５㊀合计２２２０３２２５复治㊀M D R２６３２９㊀N o nＧM D R７６２６９７８．８９５．４８９．８８９．７８９．９０．７６㊀合计３３６５９８所有病例㊀M D RＧT B４７４５１㊀N o nＧM D R８２６４２７２８５．５９８．５９６．３９２．２９７．１０．８６㊀合计５５２６８３２３２．４㊀不一致的耐药结果㊀本研究中不一致的含义为芯片法对利福平和异烟肼相关耐药基因检测结果与MG I T９６０药敏结果不符.总体上看,利福平耐药结果不符者有１１例(表４),其中线性探针法有７例与MG I T９６０药敏法一致,４例与芯片法一致;在异烟肼耐药结果的１７例(表５)不一致中,线性探针法有９例与参考标准一致,有８例与芯片法一致.２１１中国人兽共患病学报２０２１,３７(２)表４㊀３种检测方法对利福平耐药不一致结果的对比分析T a b ．４㊀C o m p a r i s o no f d i s c o r d a n t r e s u l t s f o r d r u gr e s i s t a n c e t oR I Fb y ３me t h o d s 芯片法MG I T９６０药敏试验线性探针法利福平耐药利福平敏感利福平耐药利福平敏感利福平耐药利福平敏感分类S R R A S R R A S R R A SR R A SRRA R S SB R S S B R S R B R S R B R S R B RS RB ㊀㊀注:评价A 为芯片法敏感,MG I T９６０药敏试验法耐药;评价B 为芯片法耐药,MG I T９６０药敏试验敏感.表５㊀３种检测方法对异烟肼耐药不一致结果的对比分析T a b ．５㊀C o m p a r i s o no f d i s c o r d a n t r e s u l t s f o r d r u gr e s i s t a n c e t o I N Ht h r o u gh３m e t h o d s 芯片法MG I T９６０药敏试验线性探针法异烟肼耐药异烟肼敏感异烟肼耐药异烟肼敏感异烟肼耐药异烟肼敏感分类S R R A S R R A S R R A S R R A S R R A S R R A S R RA S R S A S R S A S R S A S R S A S R S A SR S A SRS A R S S B R S S B RSRB ㊀㊀注:评价A 为芯片法敏感,MG I T９６０药敏试验法耐药;评价B 为芯片法耐药,MG I T９６０药敏试验敏感.３㊀讨㊀论本研究显示,芯片法比培养法药敏试验更快速并且具有较好的准确性[７],与参考标准比较,对MT B 耐药检测及M D R ＧT B 检测的灵敏度㊁特异度㊁符合率㊁P P V ㊁N P V 和K a p pa 值与相关报道的结果相似,即芯片法灵敏度中等,但是特异度较高[８Ｇ１０].分类A 中,有５例利福平和１４例异烟肼耐药结果为芯片法敏感而MG I T９６０药敏法耐药.其原因可能是分子法的检测限一般在２０％左右,而表型法的检测限可达到１％[１１];分子法检测的耐药突变位点有限,不能覆盖所有耐药突变的位点;除了位点突变还存在其他耐药机制,如外排泵[１２Ｇ１３],这也是分子检测不能及的.上述情况也可能是导致芯片法在检测９例培阳痰液时出现未检出MT B 的原因.在A 分类中,线性探针共有１２例与MG I T９６０药敏法一致,可能是由于耐药检测范围大于芯片法所致,如芯片法仅检测了r po B 基因核心突变区的６个位点的１３种突变类型,而线性探针技术则通过８条分子探针覆盖了r po B 基因核心突变区的全部２７个氨基酸的８１个碱基[１４];线性探针含有k a t G ３１５(A G CңA C A )㊁i n h A Ｇ１６(TңG )㊁i n h A Ｇ８(TңC )和i n h A Ｇ８(TңA )突变类型,而芯片只在k a t G 和i n h A 基因启动子各测一个位点[１５Ｇ１６].但是我们是对不一致的样本进行线性探针的检测,所以不能以与参考标准一致结果数量多而断定线性探针法的检测结果更接近于参考标准;其次芯片法的自动判读更大程度的避免的人工判读的误差的产生;此外芯片法的封闭式杂交流程更大程度的避免了非特异片段的干扰和交叉污染的产生,降低了假阳性的出现.分类B 中,有６例利福平和３例异烟肼耐药结果为芯片法耐药而MG I T９６０药敏法敏感,这可能的原因是与体外培养可能导致耐药菌亚群比例下降,低于其检测灵敏度有关[１７].也有可能与MG I T ３６０药敏法的利福平终浓度设置过高有关.总之,实验室污染㊁多重感染㊁菌株的低水平耐药㊁耐药和敏感菌落亚群比例不同或异质性耐药存在都可能导致基因型和表型或是两种分子法结果的不一致,异质性耐药被认为是造成表型与基因型耐药结果不符的重要原因[１８].目前,二代测序技术㊁分子克隆与数字P C R 技术在临床和科研方面也广泛应用,本研究中的结果不一致者(包括疑似异质性耐药)可以通过上述技术在未来的研究中进行进一步的验证.３１１２期王㊀悦,等:D N A 微阵列芯片技术检测培阳肺结核患者痰样本中结核分枝杆菌耐药性的价值４㊀结㊀论中国是耐药高负担国家,有效控制和降低M D RＧT B总体负担迫在眉睫,而WHO推荐的耐药诊断产品多为进口,存在价格昂贵和战略安全的风险.近年来在我国传染病重大专项的支持下,国内的耐药结核病诊断技术研发取得了显著进展,本研究对国产耐药检测产品的临床应用提供了相关资料的支持.虽然无法取代表型药敏技术,但是芯片法其快速㊁准确的特点,仍适用于结核病耐药初筛, M D R结核病患者可以通过适当的二线药物快速治疗,取得更好的疗效,考虑到成本㊁技术专利等问题,国产芯片产品更便于基层临床医院的推广.利益冲突:无引用本文格式:王悦,孙颖,孙炳奇．D N A微阵列芯片技术检测培阳肺结核患者痰样本中结核分枝杆菌耐药性的价值[J]．中国人兽共患病学报,２０２１,３７(２):１０９Ｇ１１４．D O I:１０．３９６９/j．i s s n．１００２Ｇ２６９４．２０２１．００．００４参考文献:[１]U n i s s aA N,S u b b i a nS,H a n n aL E,e t a l．O v e r v i e wo nm e c h aＧn i s m s o f i s o n i a z i d a c t i o n a n d r e s i s t a n c e i n M y c o b a c t e r i u mt u b e rＧc u l o s i s[J]．I n f e c tG e n e tE v o l,２０１６,４５:４７４Ｇ４９２．D O I:１０．１０１６/j．m e e g i d．２０１６．０９．００４[２]C a m p b e l l E A,K o r z h e v aN,M u s t a e vA,e t a l．S t r u c t u r a lm e c h aＧn i s mf o rr i f a m p i c i ni n h i b i t i o no fb a c t e r i a lr n a p o l y m e r a s e[J]．C e l l,２００１,１０４:９０１Ｇ９１２．D O I:１０．１０１６/s００９２Ｇ８６７４(０１)００２８６Ｇ０[３]B l a n c h a r d J S．M o l e c u l a rm e c h a n i s m s o f d r u g r e s i s t a n c e i n M y c oＧb a c t e r i u mt u b e r c u l o s i s[J]．A n n u R e vB i o c h e m,１９９６,６５:２１５Ｇ２３９．D O I:１０．１１４６/a n n u r e v．b i．６５．０７０１９６．００１２４３[４]E s p a s aM,S a l v a d oM,V i c e n t eE,e t a l．E v a l u a t i o n o f t h e V e r s aＧT R E Ks y s t e m c o m p a r e dt ot h eb a c t e c M G I T９６０s y s t e m f o r f i r s tＧl i n e d r u g s u s c e p t i b i l i t y t e s t i n g o f M y c o b a c t e r i u mt u b e r c u l oＧs i s[J]．JC l i n M i c r o b i o l,２０１２,５０(２):４８８Ｇ４９１．D O I:１０．１１２８/ J C M．０６４３２Ｇ１１[５]K i mS J．D r u gＧs u s c e p t i b i l i t y t e s t i n g i n t u b e r c u l o s i s:m e t h o d s a n d r e l i a b i l i t y o f r e s u l t s[J]．E u r R e s p i rJ,２００５,２５(３):５６４Ｇ５６９．D O I:１０．１１８３/０９０３１９３６．０５．００１１１３０４[６]赵艳林,逄宇．结核病实验室检验规程[M]．北京:人民卫生出版社,２０１５．[７]M a r k e l o v M L,S h i p u l i n G A,P o k r o v s k i iV I．B i o c h i p t e c h n o l oＧg i e sＧn e w p r o s p e c t s i n d i a g n o s i s o f h u m a n d i s e a s e s[J]．T e rA r k h,２００８,８０(４):７９Ｇ８５．D O I:１０．１０８０/０２８１３４３０８０２５４２５０８[８]G u oY,Z h o uY,W a n g C,e t a l．R a p i d a c c u r a t e d e t e r m i n a t i o no f m u l t i d r u g r e s i s t a n c ei n M．T u b e r c u l o s i s i s o l a t e s a n d s p u t u m u s i n g a b i o c h i p s y s t e m[J]．I n t JT u b e r cL u n g D i s,２００９,１３(７):９１４Ｇ９２０．D O I:１０．１２５８/i j s a．２００９．００９１４６[９]Z h uL,L i uQ,M a r t i n e zL,e t a l．D i a g n o s t i c v a l u e o fG e n eC h i p f o r d e t e c t i o n o f r e s i s t a n t M y c o b a c t e r i u mt u b e r c u l o s i s i n p a t i e n t sＧw i t hd i f f e r i n g t r e a t m e n t h i s t o r i e s[J]．JC l i n M i c r o b i o l,２０１５,５３(１):１３１Ｇ１３５．D O I:１０．１１２８/j c m．０２２８３Ｇ１４[１０]T a n g P,W a n g X,S h e nX,e t a l．U s eo fD N A m i c r o a r r a y c h i p s f o r t h e r a p i d d e t e c t i o n o f M y c o b a c t e r i u mt u b e r c u l o s i s r e s i s t a n c e t o r i f a m p i c i na n d i s o n i a z i d[J]．E x p T h e rM e d,２０１７,１３:２３３２Ｇ８．D O I:１０．３８９２/e t m．２０１７．４２５０[１１]A l m e i d aD aS i l v aP E,P a l o m i n o J C．M o l e c u l a r b a s i s a n dm e c h aＧn i s m s o f d r u g r e s i s t a n c e i n M y c o b a c t e r i u mt u b e r c u l o s i s:c l a s s iＧc a l a n dn e wd r u g s[J]．J A n t i m i c r o bC h e m o t h e r,２０１１,６６:１４１７Ｇ１４３０．[１２]M a r u r i F,S t e r l i n g T R,K a i g aAW,e t a l．As y s t e m a t i c r e v i e wo f g y r a s em u t a t i o na s s o c i a t e dw i t h f l u o r o q u i n o l o n eＧr e s i s t a n t M yＧc o b a c t e r i u mt u b e r c u l o s i s a nd a p r o p o se d g y r a s e n u m b e r i n g s y sＧt e m[J]．J A n t i m i c r o bC h e n o t h e r,２０１２,６７:８１９Ｇ８３１．[１３]d aS i l v aP E,V o nG r o l lA,M a r t i n A,e t a l．E f f l u xa sa m e c h aＧn i s mf o rd r u g r e s i s t a n c ei n M y c o b a c t e r i u mt u b e r c u l o s i s[J]．F E M S I mm u n o lM e d M i c r o b i o l,２０１１,６３:１Ｇ９．[１４]刘元,周俊,崔晓利,等．基因芯片与线性探针技术检测涂阳肺结核患者痰标本MT B耐药性的价值[J]．中国防痨杂志,２０１９,４１(７):７３８Ｇ７４２．D O I:１０．３９６９/j．i s s n．１０００Ｇ６６２１．２０１９．０７．００７[１５]A b a n d aN N,D j i e u g o u e J Y,L i mE,e t a l．D i a g n o s t i c a c c u r a c y a n d u s e f u l n e s so ft h e G e n o t y p e M T B D R p l u sa s s a y i nd i a g n o s i n g m u l t i d r u gＧr e s i s t a n t t u b e r c u l o s i s i nC a m e r o o nac r o s sＧs e c t i o n a l s t u d y[J]．B M CI n f e c tD i s,２０１７,１７(１):３７９．[１６]魏淑贞,林淑芳,林建,等．G e n o T y p e M T B D R p l u s快速检测耐多药结核分枝杆菌复合群临床分离株效果评价[J]．中国人兽共患病学报,２０１５,３１(８):７２８Ｇ７３２．D O I:１０．３９６９/j．i s s n．１００２Ｇ２６９４．２０１５．０８．００９[１７]M a r t i nA,H e r r a n zM,R u i zS e r r a n o M J,e t a l．T h e c l o n a l c o mＧp o s i t i o no f M y c o b a c t e r i u m t u b e r c u l o s i s i n c l i n i c a ls p e c i m e n s c o u l db em o d i f i e db y c u l t u r e[J]．T u b e r c u l o s i s(E d i n b),２０１０,９０(３):２０１Ｇ２０７．[１８]高旭,李静,柳清云,等．异质性耐药对结核分枝杆菌表型和基因型耐药检测结果的影响[J]．中华结核和呼吸杂志,２０１４,３７(４):２６０Ｇ２６５．收稿日期:２０２０Ｇ０４Ｇ２０㊀编辑:王晓欢４１１中国人兽共患病学报２０２１,３７(２)。

基因芯片技术检测结核分枝杆菌耐药位点对耐药结核的早期诊断价值

基因芯片技术检测结核分枝杆菌耐药位点对耐药结核的早期诊断价值吴国兰;陈晓红;陈力舟;李学玲;黄明翔【期刊名称】《中国医刊》【年(卷),期】2018(53)7【摘要】目的探讨基因芯片技术在耐药结核早期诊断中的临床应用价值.方法应用基因芯片技术对2015年1月至2016年6月于本院住院的菌阴复治结核病患者的肺泡灌洗液及痰液标本各60份进行检测,对结核分枝杆菌阳性标本进行耐药性分析,以传统培养加药敏方法为金标准,比较符合率.结果共42份标本分离出结核分枝杆菌(包括灌洗液27份,痰液15份),2份标本(均为灌洗液)分离出非结核分枝杆菌.对42份标本进一步行rpoB、KatG、inhA基因突变检测发现,12例异烟肼、利福平均敏感者rpoB、KatG、inhA基因型均为野生型;17例耐利福平者均检测到rpoB基因突变;26例异烟肼耐药者中有22例检测到KatG基因突变,4例检测到inhA基因突变.以传统培养加药敏结果为标准,基因芯片法检测异烟肼与利福平耐药的敏感度和特异度分别为92.9％、85.7％与94.4％、95.8％;基因芯片法检测异烟肼、利福平耐药性的符合率分别为90.5％、95.2％.结论基因芯片技术可直接进行耐药性分析及分枝杆菌菌属鉴定,与传统药敏试验具有较好的一致性,且适用于不同标本,简捷快速,灵敏度高、特异性好,值得临床推广应用.【总页数】3页(P812-814)【作者】吴国兰;陈晓红;陈力舟;李学玲;黄明翔【作者单位】福建省福州肺科医院呼吸科,福建福州 350008;福建省福州肺科医院呼吸科,福建福州 350008;福建省福州肺科医院呼吸科,福建福州 350008;福建省福州肺科医院呼吸科,福建福州 350008;福建省福州肺科医院检验科,福建福州350008【正文语种】中文【中图分类】R446【相关文献】1.痰耐药结核分枝杆菌embB基因的快速检测及乙胺丁醇耐药机制研究 [J], 杨松;张耀亭2.痰中耐药结核分枝杆菌katG基因的快速检测及异烟肼耐药机制研究 [J], 杨松;张耀亭;钟敏;王易伟3.痰耐药结核分枝杆菌rpoB基因的快速检测及利福平耐药机制研究 [J], 杨松;钟敏;张耀亭;王易伟4.2种结核分枝杆菌耐药基因突变检测方法诊断利福平耐药结核病的评估研究 [J], 薛建昌;梁冰锋;吴海峰;郑浩;孙志平;任哲5.2种结核分枝杆菌耐药基因突变检测方法诊断利福平耐药结核病的评估研究 [J], 薛建昌;梁冰锋;吴海峰;郑浩;孙志平;任哲因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

基因芯片在分枝杆菌菌种鉴定及结核耐药基因检测的诊断价值

赵连爽，代娣，陈昕，云科，王倩△（中国医科大学附属第一医院检验科，沈阳ｌ１０００１）
【摘要】目的探讨基因芯片检测系统在分枝杆茵菌种鉴定及耐药基因检测中的－】盏床应用价值。方法应用
发生Ｃ — Ｇ突变，１例为ｒｏｐＢ基因５３１位点发生Ｃ —Ｔ突变，还有１例为异烟肼耐药相关基因，ｉｎｈＡ基因启动子一１５
位点发生Ｃ — Ｔ突变；没有检测到多重耐药株。结论基因芯片技术适用于不同标本类型的分枝杆菌菌种鉴定及
检验医学与临床２０１４年６月第１１卷第１２期ＩａｂＭｅｄＣｌｉｎ，Ｊｕｎｅ２０１４，Ｖｏ１．１１，Ｎｏ．１２
・
・１５９５・
论著・
基因芯片在分枝杆菌菌种鉴定及结核耐药基因检测的诊断价值
Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｖａｌｕｅｏｆｇｅｎｅｃｈｉｐｉｎｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｎｄｄｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆｄｒｕｇ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔｇｅｎｅｓ
耐药基因检测，操作简便快速，灵敏度高，特异性好。
【关键词】基因芯片；分枝杆菌；鉴定；耐药

分析基因芯片法检测耐多药结核分离株的临床意义

分析基因芯片法检测耐多药结核分离株的临床意义发表时间：2017-04-19T14:00:55.853Z 来源：《健康世界》2017年第4期作者：程峰[导读] 分析基因芯片法检测耐多药结核分离株的临床意义。

黑龙江省绥化市人民医院黑龙江绥化 152062摘要：目的：分析基因芯片法检测耐多药结核分离株的临床意义。

方法：采用分层抽样检测方法从上海同济大学附属上海市肺科医院、北京胸科医院、广州市胸科医院的临床菌株库中的敏感组和耐药组，随机抽取耐药株利福平400株，异烟肼363株．耐多342株，利福平／异烟胼双敏感180株。

用基因芯片法检测基因的511、513、516、526、531、533位点、katG的315位点以及inhA的-15位点的耐药突变。

计算出基因中的芯片法的特异度、敏感度以及符合率。

还要对核酸扩增产物进行测序，通过验证基因芯片对核酸序列检测的准确性。

结果：在利福平基因芯片检测中，突变频率最高的位点是531，突变率为63.4％。

在katG／inhA突变菌株中，基因芯片检测为ktG 315单突变的为76．3％。

与测序结果基本一致，有4例菌株中不相符。

结论：基因芯片法能够检测结核临床分离株利福平和异烟肼的耐药性．可以在临床诊断中应用。

关键词：结核抗药性细菌基因芯片检测Clinical significance of detection of multi drug resistant Mycobacterium tuberculosis by cDNA microarray Cheng Feng（Suihua People's Hospital，Heilongjiang，Suihua，152062）【Objective】 to analyze the clinical significance of the detection of multi drug resistant Mycobacterium tuberculosis by gene chip method. Methods：using stratified sampling method to detect sensitive group and resistant group from Tongji University affiliated Shanghai Shanghai Pulmonary Hospital，Beijing Thoracic Hospital，Guangzhou chest hospital clinical strains in the library were randomly selected from 400 strains of isoniazid rifampicin resistant strains，363 strains of resistant strains. 342，Lee Fu Ping / isonicotinic double sensitive strain 180. Gene chip method was used to detect 511，513，516，526，533，，katG，and -15 sites of inhA gene. The specificity，sensitivity and coincidence rate of the microarray method were calculated. Nucleic acid amplification products were also sequenced to verify the accuracy of nucleic acid sequence detection. Results：in the RFP gene chip detection，mutation is the highest frequency of 531，the mutation rate was 63.4%. In the katG / inhA mutant strains，the gene chip was detected as ktG 315 single mutation of 76.3%. The results were consistent with the sequencing results，and there were no match for 4 strains. Conclusion：the detection of Mycobacterium tuberculosis resistance in clinical isolates of rifampicin and isoniazid to gene chip can be applied in clinical diagnosis.[Key words] tuberculosis；resistant；bacteria；gene chip detection结核病是能够威胁公共安全的传染病之一。

1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。

矿产资源开发利用方案编写内容要求及审查大纲
矿产资源开发利用方案编写内容要求及《矿产资源开发利用方案》审查大纲一、概述
㈠矿区位置、隶属关系和企业性质。

如为改扩建矿山, 应说明矿山现状、
特点及存在的主要问题。

㈡编制依据
(1简述项目前期工作进展情况及与有关方面对项目的意向性协议情况。

(2 列出开发利用方案编制所依据的主要基础性资料的名称。

如经储量管理部门认定的矿区地质勘探报告、选矿试验报告、加工利用试验报告、工程地质初评资料、矿区水文资料和供水资料等。

对改、扩建矿山应有生产实际资料, 如矿山总平面现状图、矿床开拓系统图、采场现状图和主要采选设备清单等。

二、矿产品需求现状和预测
㈠该矿产在国内需求情况和市场供应情况
1、矿产品现状及加工利用趋向。

2、国内近、远期的需求量及主要销向预测。

㈡产品价格分析
1、国内矿产品价格现状。

2、矿产品价格稳定性及变化趋势。

三、矿产资源概况
㈠矿区总体概况
1、矿区总体规划情况。

2、矿区矿产资源概况。

3、该设计与矿区总体开发的关系。

㈡该设计项目的资源概况
1、矿床地质及构造特征。

2、矿床开采技术条件及水文地质条件。