DNAstar中Seqman拼接序列使用方法
DNAStar中文使用说明书
DNAStar中文使用说明书一、EditSeq打开已有序列我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用W indows 打开“tethis21.seq”开始。
假设序列的末尾有载体序列污染。
我们在用EditSeq 打开序列的同时，用Set Ends命令去除5’和3 ’污染序列。
z 从文件菜单（），选择Open。
z 打开文件夹“D e m o S e q u e n c e s ”单击选定单击位于对话框右下角的序列“T E T H I S 2 1 ”。
z Set Ends 按z ，点钮。
Set Ends被打开（如右）。
在5 ’框和3’框中键入50和8 5 0击OK。
单击Open打开序列。
当EditSeq 窗口打开时，序列长度显示在右上角。
通过“setting ends,”现在你只有最初序列中的80 1 b p 的片段。
Se t En d s 选择在全部Lasergene 应用程序中都可以使用。
2寻找开放读框在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。
z 从S EARCH MENU找到O RF，点击打开会出现右边的对话框。
z 单击Find N ext 寻找第一个ORF 的位置。
z 继续点击Find N ext 直到你把O RF的位置选定在位置183-455。
ORF 的坐标会出现在EditSeq 窗口的顶端附近。
DNA 序列翻译这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF，不过任何序列中的读框内部分翻译。
如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。
如果都可以用下面的方法进行3你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。
z 选定ORF ，从GOODIES MENUr a n s l a t e ）。
z 翻译的蛋白菜单中选择翻译（T质序列出现在一个新的未命名窗口中（如右图）。
它是使用标准的遗传密码翻译的。
4使用其它遗传密码根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。
DNAstar软件包的使用_
二、GeneQuest
GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中 的基因，并帮助您操作生物学所关心的DNA的其 他feature：包括ORFS、拼接点连接，转录因子 结合位点、重复序列、限制性内切酶酶切位点等。 通过应用“methods”到序列，序列的feature可 以以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释 任何你发现的feature。和其它的应用程序一样， GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。
PrimerSelect
5. Design primers or compare your own primers against a sequence template • Analyze primers for hairpins and dimers • View the consequences of primer mutations
DNASTAR软件包
• • • • • • • EditSeq GeneQuest MapDraw MegAlign PrimerSelect Protean SeqMan
EditSeq
1. Edit and import sequences and annotations • Translate, back-translate and reverse complement sequences • Locate ORFs and create annotations • Cut/paste sequence with inclusive annotations • EditSeq included with all systems
Sequence Entry
• GeneQuest能直接打开DNASTAR，ABI和 GenBank文件。其他格式的序列文件也可 以使用EditSeq改为DNASTAR格式。如果 你知道Genbank序列的登录号或名称，你 可以直接打开序列。另外，你还可以在 Entrez数据库进行序列查找和输入。
DNAstar的介绍及使用
DNAstar软件组成 DNAstar软件组成
1. EditSeq ：用来将DNA或蛋白质序列的数据输入计算机的 ：用来将DNA或蛋白质序列的数据输入计算机的 工具，同时还具有编辑已有序列的功能。 2. MapDraw：酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理 MapDraw：酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理 实验结果等。同时还具有绘制质粒图谱的功能。 3. GeneQuest：帮助查找和注释DNA序列中的基因和其他特 GeneQuest：帮助查找和注释DNA序列中的基因和其他特 征序列，包括ORFs，剪接位点，转录因子结合位点，重复序 征序列，包括ORFs，剪接位点，转录因子结合位点，重复序 列和酶切位点等。 4. MegAlign：对DNA或蛋白质序列进行同源比较，有六种 MegAlign：对DNA或蛋白质序列进行同源比较，有六种 不同的对准算法供用户选择。在同源比较的同时，能很快输 出进化树和进化距离等数据。 5. Protean：分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以 Protean：分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以 图形的格式输出结果，显示蛋白质分子的各种理化特性以及 例如抗原决定族等功能区的预测功能。 6. PrimerSelect：设计PCR引物、测序引物和探针。 PrimerSelect：设计PCR引物、测序引物和探针。 7. SeqMan II ：多序列拼接。最多支持64000条序列的同时拼 ：多序列拼接。最多支持64000条序列的同时拼 接。在拼接前可以对序列进行修正，对自动测序的序列结果 可除去污染序列或载体序列。整个拼装过程即时显示，并提 示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。
分析和预测蛋白质结构提供各种分析方法并以图形的格式输出结果显示蛋白质分子的各种理化特性以及图形的格式输出结果显示蛋白质分子的各种理化特性以及例如抗原决定族等功能区的预测功能
DNAstar_使用说明
Sequence Analysis Softwarefor Macintosh and Windows GETTING STARTED Introductory Tour of the LASERGENE SystemMAY 2001DNASTAR, Inc.1228 South Park StreetMadison, Wisconsin 53715(608) 258-7420Copyright . 2001 by DNASTAR, Inc.All rights reserved. Reproduction, adaptation, or translation without prior written permission is prohibited,except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR, Inc.Sixth Edition, May 2001Printed in Madison, Wisconsin, USATrademark InformationDNASTAR, Lasergene, Lasergene99, SeqEasy, SeqMan, SeqMan II, EditSeq, MegAlign, GeneMan, Protean,MapDraw, PrimerSelect, GeneQuest, GeneFont , and the Method Curtain are trademarks or registered trademarks of DNASTAR, Inc. Macintosh is a trademark of Apple Computers, Inc.Windows is a trademark of Microsoft Corp. ABI Prism 373, 377 and 3700 are registered trademarks of Applera Corp., ALF is a registered trademark of Pharmacia Biotech A.B.,MacVertor. and GCG. are registered trademarks of Pharmacopeia, Inc.Disclaimer & LiabilityDNASTAR, Inc. makes no warranties, expressed or implied, including without limitation the implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose, regarding the software. DNASTAR does not warrant, guaranty, or make any representation regarding the use or the results of the use of the software in terms of correctness, accuracy, reliability, currentness, or otherwise. The entire risk as to the results andperformance of the software is assumed by you. The exclusion of implied warranties is not permitted by some states. The above exclusion may not apply to you.In no event will DNASTAR, Inc. and their directors, officers, employees, or agents (collectively DNASTAR) be liable to you for any consequential, incidental or indirect damages (including damages for loss of business profits, business interruption, loss of business information and the like) arising out of the use of, or the inability to use the software even if DNASTAR Inc. has been advised of the possibility of such damages.Because some states do not allow the exclusion or limitation of liability for consequential or incidental damages, the above limitations may not apply to you.DNASTAR, Inc. reserves the right to revise this publication and to make changes to it from time to time without obligation of DNASTAR, Inc. to notify any person or organization of such revision or changes. The screen and other illustrations in this publication are meant to be representative of those that appear on your monitor or printer.目录在苹果机（Macintosh）上的安装与升级05通过因特网升级06 软件安装 07 网络安装 08 疑难解答 12在PC机（Windows）上安装与升级17通过因特网升级18 软件安装 19 从EditSeq 开始 21 从GeneQuest开始 31 从MapDraw 开始 44 从MegAlign开始 54 从PrimerSelect开始 65 从Protean 开始 78 从SeqMan II开始 89L A S E R G E N Ef o rWi n d o w s & M a c i n t o s hDNASTA R I n c . ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 2 0 f a x : ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 3 9e m a i l : s u p p o r t @ d n a s t a r. c o m在苹果机（Macintosh）上的安装与升级通过因特网升级必备条件 6 下载升级程序 6软件安装必备条件 7 从CD安装Lasergene7网络安装必备条件 8 定义 8 Dongle安装 10 服务器安装 10 终端机安装 11疑难解答系统配置冲突及网络问题 12 解决网络问题的其他工具 13 授权错误报告 14 程序使用及更多的授权信息 15通过英特网升级如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系，您就可以通过英特网来升级您现有的版本，各种模块（module）都是以自解压形式存储的，你可以选择性的下载安装。
DNAstar软件的使用（一）Ｍegalign序列比对
DNAstar软件的使⽤（⼀）Ｍegalign序列⽐对DNAstar软件共有七个⼩程序（见下图），各⾃执⾏不同的功能，Editseq⽤于序列编辑，Seqman可以去除载体序列和拼接序列，MegAlign则主要执⾏序列⽐对的功能．开启MegAlign软件⾸先需要点击File---New 新建⼀个⼯作⽂件再点击File---Entersequeces 添加需要⽐对的序列，⽀持多种格式的⽂件（.seq;.abi;.pro;.fas等），点Ａdd可添加多个⽂件，点Done导⼊选中的⽂件．这是⽂件导⼊后的界⾯点Align选择序列⽐对的算法，其中多序列⽐对有三种算法：The Jotun Hein method，ClustalＶ和Clustal Ｗ；⼀般选择Clustal Ｗ即可。
三种算法的差异如下：“The Jotun Hein method was devised to align sequences that are previously known to be related by descent. The ClustalV and ClustalW alignment methods do not make this assumption. ClustalW is an advancement over ClustalV, and was designed to create more accurate alignments for highly diverged sequences”。
“CLUSTALW 是⼀种渐进的多序列⽐对⽅法，先将多个序列两两⽐对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产⽣系统进化指导树，对关系密切的序列进⾏加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引⼊临近的序列并不断重新构建⽐对，直到所有序列都被加⼊为⽌”。
红⾊区域表⽰的是相似性最⾼的区域，蓝⾊和绿⾊是同源性较低的区域；多序列⽐对的⼀个缺点就是不会⾃动对序列反向互补后再⽐对，所以反向互补后同源性⾼的序列检测不出来。
DNASTAR使用说明
DNASTAR使⽤说明DNAstar中⽂使⽤说明书⽬录DNAStar的安装与升级 (6)EditSeq的使⽤⽅法 (7)打开已有序列寻找开放读框DNA序列翻译遗传密码选择使⽤遗传密码修改序列的反向互补及反向转换BLAST检索序列信息查看序列校读序列的保存与输出GeneQuest的使⽤⽅法 (12)打开已有分析⽂件GeneQuest的DNA分析⽅法⽤分析⽅法操作⽅法参数改变结果展⽰优化Feature注释BLAST检索Entrez Database检索GeneQuest的其他特点保存分析⽂件MapDraw的使⽤⽅法 (18)新酶切图制作过泸器类型应⽤频率过泸器应⽤⼿动过泸器使⽤过泸器⼀览表使⽤Must Cut Here/Don’t Cut Here调⾊板⼯具酶信息显⽰环形展⽰ORF图显⽰择选保存，退出MegAlign的使⽤⽅法 (23)创建队列⽂件序列设置Pairwise Alignment 使⽤ Dot Plot Method 多序列⽐较Phylogenetic Tree查看查看队列报告Decorations/Consensi MegAlign⽂件保存PrimerSelect的使⽤⽅法 (28)创建PrimerSelect⽂件定义引物特点查找引物对浏览其他的引物信息按特征对引物分类引物长度改变在引物中引⼊突变设计新引物使⽤寡核苷酸订购表格保存PrimerSelect⽂件Protean的使⽤⽅法 (34)创建蛋⽩质分析⽂件Protean’s蛋⽩质分析⽅法应⽤分析⽅法⽅法参数改变优化结果显⽰使⽤蛋⽩酶消化与SDS PAGE Feature注释BLAST检索⼆级结构模拟展⽰滴定曲线保存分析⽂件SeqManII的使⽤⽅法 (39)输⼊序列⽚段Pre-Assembly Options操作检查修整的数据序列装配查看范围和构建结果去除⽭盾碱基和缺⼝⼿动修改序列末端⽂件保存与序列输出DNAStar的安装与升级如果您以前已经安装了Lasergene ⽽且⽬前有升级和服务联系，您就可以通过英特⽹来升级您现有的版本，各种模块（module）都是以⾃解压形式存储的，你可以选择性的下载安装。
DNAStar详细中文使用说明书
Sequence Analysis Software for Macintosh and WindowsGETTING STARTED Introductory Tour of the LASERGENE System MAY 2001DNASTAR, Inc.1228 South Park StreetMadison, Wisconsin 53715(608) 258-7420Copyright . 2001 by DNASTAR, Inc.All rights reserved. Reproduction, adaptation, or translation without prior written permission is prohibited,except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR, Inc.Sixth Edition, May 2001Printed in Madison, Wisconsin, USATrademark InformationDNASTAR, Lasergene, Lasergene99, SeqEasy, SeqMan, SeqMan II, EditSeq, MegAlign, GeneMan, Protean,MapDraw, PrimerSelect, GeneQuest, GeneFont , and the Method Curtain are trademarks or registered trademarks of DNASTAR, Inc. Macintosh is a trademark of Apple Computers, Inc. Windows is a trademark of Microsoft Corp. ABI Prism 373, 377 and 3700 are registered trademarks of Applera Corp., ALF is a registered trademark of Pharmacia Biotech ., MacVertor. and GCG. are registered trademarks of Pharmacopeia, Inc.Disclaimer & LiabilityDNASTAR, Inc. makes no warranties, expressed or implied, including without limitation the implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose, regarding the software. DNASTAR does not warrant, guaranty, or make any representation regarding the use or the results of the use of the software in terms of correctness, accuracy, reliability, currentness, or otherwise. The entire risk as to the results andperformance of the software is assumed by you. The exclusion of implied warranties is not permitted by some states. The above exclusion may not apply to you.In no event will DNASTAR, Inc. and their directors, officers, employees, or agents (collectively DNASTAR) be liable to you for any consequential, incidental or indirect damages (including damages for loss of business profits, business interruption, loss of business information and the like) arising out of the use of, or the inability to use the software even if DNASTAR Inc. has been advised of the possibility of such damages. Because some states do not allow the exclusion or limitation of liability for consequential or incidental damages, the above limitations may not apply to you.DNASTAR, Inc. reserves the right to revise this publication and to make changes to it from time to time without obligation of DNASTAR, Inc. to notify any person or organization of such revision or changes. The screen and other illustrations in this publication are meant to be representative of those that appear on your monitor or printer.目录在苹果机（Macintosh）上的安装与升级05通过因特网升级06 软件安装 07 网络安装 08 疑难解答 12在PC机（Windows）上安装与升级17通过因特网升级18 软件安装 19 从EditSeq 开始 21 从GeneQuest开始 31从MapDraw 开始 44从MegAlign开始 54从PrimerSelect开始 65从Protean 开始 78从SeqMan II开始 89L A S E R G E N Ef o rWi n d o w s & M a c i n t o s hDNASTA R I n c . ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 2 0 f a x : ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 43 9e m a i l : s u p p o r t @ d n a s t a r. c o m在苹果机（Macintosh）上的安装与升级通过因特网升级必备条件 6下载升级程序 6软件安装必备条件 7从CD安装Lasergene7网络安装必备条件 8定义 8 Dongle安装 10服务器安装 10终端机安装 11疑难解答系统配置冲突及网络问题 12解决网络问题的其他工具 13授权错误报告 14程序使用及更多的授权信息 15通过英特网升级如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系，您就可以通过英特网来升级您现有的版本，各种模块（module）都是以自解压形式存储的，你可以选择性的下载安装。
DNA Star2
June 14, 2014
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• 选择好前后载体后，导入文件的Vector一栏会有显示，注 意两栏都要选上
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June 14, 2014
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• 选好之后点击Options会弹出一个对话框，点击Scan All 即可
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June 14, 2014
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4 打开后的情形：
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June 14, 2014
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• 从条件菜单（CONDITIONS MENU），选择Primer Characteristics打开左面的对话框。这对话框可以用来 设定各种参数诸如：引物长度、最大的3’pentamer稳定 性和可接受的重叠。注意默认的引物长度为17-24 bp，并 且1或2 bp的二聚体和发卡样重叠示可以接受的。
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出现此对话框，里面可进行一系列设置，可根据 自己喜好进行，使界面更美观形 象
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June 14, 2014
•
设置后可看到错配碱基
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June 14, 2014
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列文件（.Seq格式）放入到安装目录的 VectorData文件夹下，在这个文件夹也可以找到 已有的载体序列
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启动Seqman，点击面板中的Add sequence 按钮添加将要拼接的序列
选中目标序列，点击Add--Done导入目标序列
如果导入的是峰图文件，可以双击文件名会弹出峰形图，通过移动黑色的分隔线可以去除测序质量不高的区域（黄色区域），从而避免在拼接过程中产生模棱两可的数据。
数据修正后点击Assemble即拼接，运行结束后会弹出一个新对话框，如果能拼接上，则在Contig一栏有显示。
双击Contig可以看到拼接好的完整序列，以及两个峰图的重叠区域，如果两个峰图的重叠区域完全匹配，则表明拼接的结果可靠；如果两个峰图间有不同碱基，则需要比对两个峰图，选择峰图清晰的作为最终结果。
点击文件前面的三角形可以直接查看序列的峰形图
点击菜单栏的Contig--Save Consense--Single File 可以保存拼接好的序列。